1YAEA

Structure of the kainate receptor subunit glur6 agonist binding domain complexed with domoic acid
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
289
structure length
261
Chain Sequence
PANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the kainate receptor subunit GluR6 agonist-binding domain complexed with domoic acid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 73
structure length 261
sequence length 289
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1yaeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1yaeA02
1NFTA 3UP9A 1IQ7A 4G8HA 2XX8A 1MDQA 5L9SA 3M3LA 1NNKA 1LB8A 3V5AA 5ICTA 3EN3A 3IR1A 3CI8A 4FEBA 2XD2A 4DCYA 1FQAA 4YKPA 3LSFB 3Q25A 3TYHA 2Y7RA 4YZZA 4I8CA 1RYXA 1QVSA 5H8NA 3M3FA 4K3FA 3OD7A 1B6HA 2XXPA 5KZTA 4NF4B 4BDOA 1JQFA 4U4SA 1A8FA 1JW5A 1TFAA 3TODA 5KCJB 3O97A 2LAOA 5CMCA 4DLDA 3RUMA 4LQ5A 3OXNA 3I6VA 4LVQA 4U4XA 2AIXA 5ITPA 3VXCA 1URDA 2H4IA 1B3FA 3DM0A 4GFRA 4ZEDA 4NWCA 3LSWA 3K1PA 3E4RA 1ZBMA 5DVIA 1LGBC 2HAUA 1LFGA 3KN3A 1MXZA 3W15C 1AIVA 2UYEA 4LZ8A 2QMWA 3PGFA 4H8JA 5I59A 1M5EA 4F3PA 1B5JA 3TCHA 4H1XA 1MM6A 1D4NA 3TUSA 2G29A 2VD2A 2E1SA 4EQ7A 4DE8A 1O63A 4KYSA 3FGSA 4GQOA 1H76A 3OSQA 1S9TA 3ZS6A 2V25A 3O9PA 2F7BA 3K4UA 4OEUA 4F1UA 1OIBA 3QK6A 2WKYA 3IJOB 2ALUA 4OFOA 3C36A 4OFLA 1A8EA 1GTKA 2QJEA 3LUYA 3K02A 1QUIA 4JSDA 4U1ZA 5TPAA 5H8NB 2OWSA 3S9EA 3OO8A 4PFWA 1R9LA 5I56B 3H6UA 3FJGA 3TTKA 1EZOA 5DEXA 5I2KA 2VP1A 3K6VA 1SBPA 2NVUB 5JK4A 1DPEA 1XVYA 3FVKA 4TOZA 1PB9A 4XKQA 3K00A 1MY0A 2UVHA 3U1OA 1XVXA 4G2ZA 4ZZEA 1GGGA 3GZGA 3MBPA 3UORA 2Q2AA 3O6IA 2Q2CA 5AA4A 5ITOA 4RK9A 4C1UA 3OO9A 1XOCA 2ESNA 5ICQA 1QKBA 2ZMBA 1N76A 1I6AA 2DOJA 3DP4A 4BDQA 4TLLB 1FQFA 5I2NA 1EZ9A 4LATA 3ILUB 1B4HA 4H5FA 4PFYA 1LB9A 3PPOA 1NNPA 2GH9A 2F7AA 3BFUA 3HCQA 1PC3A 2AL5A 3HHFA 5AA2D 2P2AA 4KPTA 3H03A 2I0CA 1Y3NA 4H8IA 3MVXA 1A99A 3MQ9A 1FTOA 2G93A 3TDJA 4KYEA 5H8SA 2RC9A 2D21A 4LUBA 5IAIA 1OLCA 2D5WA 4G8NA 5LOMA 5TPAB 1F9BA 4BDRA 3SEWA 3PU5A 1MXVA 1I6BA 1JETA 3FV1A 3T66A 2XXRA 3K1NA 4R6HA 3HV1A 4KCDA 4XKPA 1MY1A 4KCCA 5DEXB 4LQ2A 3MP1A 4OQOA 1M5CA 3T9VA 1NL5A 3FVOA 3OSRA 5I2KB 3TQLA 4FORA 3TTRA 1GVCA 1II5A 3MJNA 4QFLA 2XXUA 3IB1A 1LAFE 5H8HA 2F97A 1B1XA 4YKJA 4YB5A 2OCUA 3IO4A 2ZNTA 3VVFA 1MM7A 3VVEA 1QULA 4DXBA 1PBPA 3RTFB 3SEXA 3DP8A 1XC1A 1B7UA 1DMBA 3CFZA 4ZDMA 4IGTA 1ZJLA 3QYTA 2Z8EA 3PPNA 4R2FA 2HAVA 3OOAA 3PV0E 3SEYA 3LR1A 1JW4A 2DVCA 2PBWA 2DXYA 5TP9A 3TZAA 3T93B 4H6DA 3DELB 3R26A 5EYFA 4POXA 1OVTA 1D3KA 3T9UA 5I58A 3U72A 4NWDA 1PDAA 2GHBA 2OZZA 3F11A 2REGA 3KJTA 1US5A 1USYH 3C32A 2HZKA 1I69A 2YJPA 1N7WA 2O1MA 3V8XB 1R9QA 1P1WA 2V93A 2QL3A 1SD3A 1B3EA 1RKMA 2IA4A 1B58A 2I4CA 2H99A 4G77A 4JWXA 4OERA 1B3LA 4N07A 5FHNA 1FCKA 2ONKE 3K6WA 1LAGE 1MXYA 1VR5A 3IOUA 2XXVA 2P1SA 3FUZA 2DVZA 2M8CA 2XX9A 1GV8A 4P0GA 2RCBA 3FXRA 4IO3A 5L8DA 1SW2A 3D4GA 4OMBA 4PFTA 4HS7A 2CMOA 4YMBA 1DTGA 3IO6A 5IKBA 1NMUA 1MDP1 2IEEA 3A09A 4H5GA 4NF4A 4PE5B 3W9WA 4YB6A 3IL1B 1QJMA 1Y4TA 3FD3A 4KHZE 5KCJA 3MPLA 4ELPA 1ZMGA 2FYIA 5TP9B 2RC8A 2Z8FA 1RYOA 3G3HA 3FXQA 1B4ZA 3VE1B 1LFIA 1B9JA 2XXYA 5A5XB 1YTVA 3QUJA 2OWTA 4KI0E 4L17A 2A5SA 4ECFA 1A40A 1O64A 4KFQA 1R1NA 3SETA 5F1QA 2GRVA 3RGYA 1FQDA 1NH7A 4DZ1A 1SW5A 1P1OA 5FTIA 3E13X 1I6QA 1L5TA 5CI5A 2O84X 3FIRA 4EDPA 4GXAA 1CE2A 4TLMB 4WEPA 1B51A 4GXSB 3SERA 4JWOA 1LBBA 3LC8A 3MVWA 3K0VA 4OESA 2E0SA 1B1HA 5CMMA 1KWHA 4G8MA 4EQ9A 1Z7ME 2VGQA 4OWDA 4AQ4A 2Y7KA 1FTMA 4H0WA 5I56A 4JXIA 3MAMA 4PP0A 2Y7PA 1Z7NE 2UVIA 4GL0A 3GXAA 2O51A 3O2AA 4U23A 4PETA 1LLSA 2I0BA 3PUZE 4KYDA 1AOVA 2UYFA 1VE4A 1HSLA 3VVDA 1MXUA 1SI1A 4XIGQ 1ZIUA 3PPPA 3UGWA 2DWJA 4DIGA 3QIMA 1M5BA 3LBSA 1SW4A 3RT6B 1MY3A 3OEKA 3LSXA 3SEVA 3Q29A 3USDA 1SDXA 2DSFA 3ONMA 3CSGA 3BFTA 4EXKA 4M1VA 3G3JA 4G4PA 1IXIA 3G3FA 3FZVA 1JVYA 1Y1ZA 4YAHX 5DTBA 4F29A 1R6ZA 1B5IA 3FVGA 1MQIA 3PUXE 4IY5A 4TQUQ 2F34A 1URGA 5CBRA 5H8QB 1N7XA 3V83A 3U92A 1SYIA 3GBAA 4FE8A 4EXLA 5I57A 2OLBA 2Y84A 4GLIA 4R75A 2O68A 1WVJA 2PX1A 4NF6A 1QKAA 3O28A 3RY3A 4ELQA 1NH8A 4P0IA 1SW1A 3N26A 1ZU0A 2HXWA 3D4CA 2XXTA 2VD3A 3HO7A 3MC2A 2F35A 4IO4A 2V3TA 4F2OA 1ZTYA 2DYXA 2VOZA 4KR5A 3EHTA 3JV9A 4G68A 1B32A 2H5YA 4YB7A 4O3BA 2QMXA 3P7IA 2FA7A 1A55A 4ELOA 2HQ0A 5DVFA 3K2DA 1BTJA 3QAXA 4OZ9A 4ZEIA 2ANJA 2X26A 3T96B 3B6QA 4OHNA 1Y9UA 4RPNA 3KOTA 1BKAA 3S9NC 1B3HA 1FW0A 1DOTA 2X7QA 3K6UA 1IXCA 1IUDA 3K1MA 2F6GA 3VFJA 3E3KA 4R72A 3TTMA 4F19A 4XKRA 1MQDA 1IXHA 1LBCA 4ND9A 1MQHA 3ECRA 3KSJA 3ODBA 1Q35A 3IX1A 4GL8A 1MQGA 1HSEA 4ZEFA 4AB6A 4OXVA 1S7YA 1J1NA 5B7DA 2ONSA 4M4GA 4QRZA 3G3IA 4JSOA 1FQEA 1B2HA 5I57B 5L9OA 1D9VA 4NF8A 2QS3A 4NF6B 4R2BA 3KEIA 5KDTA 4AB5A 4MLVA 2O7UA 3M3KA 3O6HA 4Q0CA 3U94A 3KZGA 4MH5A 3RPWA 2I49A 4OYVA 3VLWA 1N3XA 5L9MA 3FVNA 4GIZA 1USYE 1IXGA 4F3SA 1TT1A 2B3BA 1TFDA 4G68B 1FTKA 1UTHA 1YAEA 4MFIA 2Z22A 1B0LA 3OENA 1P1NA 5F7VA 3H6VA 2ONRA 5HPQA 4FAJA 1Y1MA 4E0XA 4C1TA 1D9YA 3TTNA 1M5FA 3TQWA 4C0RA 1IIWA 3MW0A 3TTLA 1S50A 4GVOA 4OEVA 4JDFA 1EZPA 2UVJA 4DDDA 2DWIA 2PVUA 3TEPA 3OMBA 3Q27A 2V84A 1POTA 2DE3A 4FJPA 1Q1KA 1MPBA 1VSOA 5A5XA 2O69A 5AA3A 1N3WA 4N13A 1MXWA 4POWA 2RF1A 3K6XA 3L6HA 1WODA 1B7ZA 3PMWA 2Y7IA 1XT8A 4E0WA 4QFKA 4NF8B 2DE4A 2F7CA 5KDTB 3C33A 2NXOA 3PMVA 5DT6A 1H3DA 3MUQA 5EHSA 4DXUA 5CRYA 3BKIB 5JTYB 2F36A 4OFJA 2PT1A 4ZZAA 4IY6A 1FTLA 4P11A 4QFNA 1Y4CA 3TKDA 2I3VA 3U8QA 1ATGA 3E9XA 4XKNA 3TELA 2B3FA 4MBPA 1H44A 3H4ZA 4G68C 2Q8JA 2XD3A 1UTHB 1SVXB 4ZE9A 4F3GA 4ELRA 2NWJA 2QS1A 1HSJA 1LCFA 4OENA 1UTBA 4X9TA 2THIA 4Q30B 1OVBA 1LCTA 4RYAA 4OVJA 3KJ7A 4YKIA 4LP2B 4PQJA 2GHAA 1JVXA 1UIUA 2DWHA 4QHQA 4WEDA 4X48A 5ISUA 3AXFA 3IOVA 2VHAA 5H8FB 3PD8A 4HW8A 1MPDA 3FATA 3EQ1A 3GBBA 4X1DA 1B0HA 4JWYA 3OELA 4BDMA 4GRKA 5DVJA 4R6KA 3C34A 3TFLA 3MP6A 3PD9A 1OQHA 3SKPA 4R74A 1IZ1A 4GF8A 3KBRA 1N84A 3CIJA 2NOOA 2Y7WA 4IO2A 5HBCA 4Z0IA 3O6GA 3ZKKA 2KLFA 2YLNA 3FV2A 2GFEA 3SDFA 3KN8A 5BWJA 1YPNA 3IB2A 3H06B 3CVGA 4Q8RA 1AMFA 3UN6A 2H9BA 1NKXA 1BIYA 3QXMA 1JW1A 2OBGA 2RC7A 2F6PA 4F39A 4DXCA 4LA9A 2A5TB 1QUKA 4R73A 1MQJA 4O3AA 2OJTA 2R71A 3PUVE 3UA8A 2DQVA 1VFEA 3CSBA 5H8QA 1URSA 5AA1A 4DCXA 2XXXA 3HHGA 2DE2A 3CRBA 1UTBB 1YCJA 5AA2B 3C9HA 4RXLA 3EHUA 1MY4A 1IEJA 3CFXA 1Y20A 2ZYNA 1MPCA 4R9FA 2Q9TA 3FXUA 4ISUA 2V3QA 3N6TA 4H65A 3EHSA 3VLUA 4UACA 1TXFA 5I84A 3OO6A 5TU0A 2Z8DA 1H43A 1P99A 4U1OA 2W7YA 2UXAA 4RK2A 2Q88A 4HTGA 2F78A 3IJXB 2X7PA 2RINA 2R6GE 1PB8A 4KQPA 5K2XA 1Y3QA 3MZ1A 3ZSFA 4EQBA 4IGRA 2HFBA 4EF2A 1WDNA 4R6YA 3TMGA 4IO5A 2Z23A 2I4BA 1B5HA 4X1BA 3WAFA 2CZLA 2F5XA 3CG3A 5FHMA 2DWAA 3VLVA 1MRPA 1JNFA 4ONYA 1FTJA 3T9XB 4ZE8A 5FHOA 3RTWB 5DYHA 1UIVA 2ZXTA 4IO6A 3R7XA 2PYYA 4QSDA 1BP5A 3LSLA 4XTCQ 4I1DA 2AYSA 3OEMA 4R9GA 5K2YA 1FQCA 4PFUA 1AL3A 1A54A 4WXJA 4EF1A 2OK2A 2I6EA 1N0TA 2P0SA 4F18A 2ZNUA 1XS5A 2RKMA 3W9VA 3N5LA 3TCFA 4QSCA 3G3GA 5CM6A 4IO7A 3RNNA 3IB0A 3N94A 4FATA 1LAHE 5AE4A 1OQGA 5ELVA 3PPRA 5B70A 5BUUA 1MG1A 2B65A 4GOTA 3I3VA 1AH5A 3KOSA 3KFMA 3V89B 1SI0A 4FEDA 1ZKBA 2QS2A 3QUFA 3S9LC 2DP8A 3VDFA 3PUYE 2XHDA 2HCAA 3CR9A 3QSLA 3KSXA 5CC2A 1FQBA 1MH4A 3HSTA 3S2VA 4O3CA 1JEVA 3Q26A 2RCAA 2XXIA 3SESA 4QFPA 3VXBA 2O1LA 1EU8A 3RQTA 1QUJA 3IOTA 3O66A 1POY1 3IK6B 4Z7EA 3UIFA 4F2QA 3RT8A 4NTLA 3C4MA 3G3KA 4OETA 5I59B 4ESWA 1B05A 2QRYA 3WAEA 4HCWA 4ZECA 2O7IA 2I58A 2D3IA 2HZLA 1OMPA 1B7HA 2Q89A 3H7MA 1SYHA 3MVYA 4JBZA 3MPKA 4BDLA 1US4A 1B3GA 2DS9A 2UVGA 1EH3A 5JTYA 4WKMA 4ZEBA 1MY2A 3KG2A 2H98A 1DTZA 4GWOA 3S9MC 2FNCA 4JB7A 4MF3A 3TCGA 1Y3PA 4U22A 4RY1A 2XXHA 4NEDA 3MVZA 3K01A 3FASA 4H67A 2ZYKA 3SEUA 5EHMA 3M8UA 4I62A 2I48A 3U93A 3B7DA 3RN8A 3JYRA 3MZ9A 3EPEA 5M2VA 3T22A 4N6PA 3H6TA 4U21A 1QW0A 5H8FA 5AA4B 4RPOA 3B6TA 3Q28A 4LZ7A 2ABHA 1OLAA 1PEBA 1ELJA 4F1VA 4RJZA 3CFLA 1NNFA 4F31B 1MS7A 5CBSA 2ZYOA 1O7TA 3O29A 3ZKLA 4QSEA 1LAXA 3MWBA 3JZJA 5I2NB 4ZS9A 4MLQA 4FIMA 3MP8A 2PT2A 3THIA 1MH3A 3I5OA 2BJJX 1LSTA 1B40A 1PBQA 1XHYA 5CMBA 1M5DA 1JEUA 1PB7A 1B52A 3PPQA 1ZLQA 1ANFA 5FTHA 3KGCA 5JEIA 4QF9A 3TPAA 3RLFE 4FECA 1CB6A 1DSNA 4OTEA 3PUWE 4QFOA 3T9HB 2XXWA 2R9JA 1TWYA 1UQWA 4F1YA 3G7WA 3GLBA 2V3UA 2ZYMA 1SQYA 2A5TA 4Q5TA 4NF5A 2AL4A 2NUVA 2QPQA 4EUOA 3IORA 3FJ7A 4RNSA 1P1QA 3A3UA 1MXXA 4ESXA 4HCYA 1NNTA 4U2RA 5AA2A 2XXQA 5H8HB 5HM4B 2ZNSA 3ILTB 3N6UA 1T0KA 3FJMA 1IITA 1P1UA 3HN0A 4F22A 2XX7A 5CMKA 4YU0A 4UA8A 4XXUA 3A3CA 3CG1A 3UK4A 1N04A 3DP6A 4LONB 4I9DA 3C31A 3EF7A 4F3BA 3H6WA 4RA1A 3H3GA 4LZ5A 2I3WA 4BLAA 3DLNA 3IOWA 3KN7A 4ZEKA 3TAJA 3PMXA 3VV5A 2QSXA 2PMSA 3R6UA 4KD5A 4IB2A 4NE4A 5I58B 4BDNA 3OO7A 2QS4A 1BLFA 1DPPA 4GD5A 1GR2A 2H25A 3S4UA 3L6GA 2F8DA 4NMYA 1A7LA 2REJA 2O6AA 5J1DA 2DXRA 4YKKA 2HEUA 3IAZA 3BBRA 4NF5B 4YMAA 4THIA 3C35A 3HPIA 1VFDA 1H45A 3B6WA 2YPNA 4YICA 1LFHA 1B46A 3MZBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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