1YCJA

Crystal structure of the kainate receptor glur5 ligand-binding core in complex with (s)-glutamate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
GANRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the kainate receptor GluR5 ligand-binding core in complex with (S)-glutamate
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ionotropic glutamate receptor 5
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ycjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ycjA02
4EQ7A 3C9HA 1OQHA 3IO4A 3V83A 1JVYA 4C1TA 3G3FA 4IO4A 3FXQA 1MXWA 2F6PA 3VDFA 2FNCA 3HV1A 4Q30B 2H5YA 3EHUA 3KN8A 4RNSA 3PPRA 3OENA 2OWTA 1MPDA 4ZDMA 2HZKA 2OZZA 5JK4A 3O66A 4QSDA 1B1XA 2HEUA 1DTZA 3CR9A 2Q89A 2IA4A 1XVYA 4F3SA 4R75A 1Q1KA 3U72A 1USYH 4H1XA 4DE8A 4DCYA 3G7WA 1PB7A 2XXQA 4BDRA 3C31A 2HAUA 5JTYA 5JTYB 2QMXA 1GR2A 5I59A 1OMPA 5I59B 3SESA 4ECFA 3C34A 1N84A 4PETA 4KHZE 3I6VA 2G29A 4KYDA 4F22A 5AE4A 3N6TA 4R6YA 2NUVA 4OVJA 1FTJA 4JWOA 4JDFA 1YCJA 4GFRA 1B0HA 4RYAA 1NNTA 3PPNA 4H65A 2F7AA 1P1QA 4FECA 4P11A 3UIFA 1DMBA 4YKPA 4NF5A 1BIYA 4NF5B 2ZYOA 1N0TA 1JETA 1JNFA 2H25A 5AA2A 5ISUA 1ELJA 1LAHE 1Y1ZA 2QL3A 4BDNA 1PBPA 3G3JA 1AIVA 4I9DA 5HBCA 3S9LC 2ZNUA 1FTOA 3L6HA 2I58A 4XXUA 4ELOA 1N7XA 3WAEA 1QKAA 3EN3A 1B7UA 5ICTA 3C32A 4GF8A 3IJOB 1MXVA 3HCQA 1ATGA 3CG1A 4ELQA 2DVZA 2QS4A 2H4IA 3EF7A 3RNNA 1IXIA 3GLBA 4KFQA 1TFDA 1MY1A 3K02A 1FQCA 3RT8A 3KEIA 4TQUQ 3K00A 2LAOA 4RJZA 3ZKKA 1JEVA 4F1YA 4Q5TA 2R6GE 4NTLA 1QUIA 1OQGA 1HSLA 3HO7A 2F6GA 4R9FA 4NWCA 3S9MC 1AL3A 1MPBA 2XX8A 3S9NC 3U92A 1JW4A 3O6GA 1LBCA 4IO6A 2DE2A 1QULA 2OBGA 3PPPA 1TXFA 2HAVA 2I4BA 2FYIA 4F1VA 3CVGA 3PMVA 3IO6A 2OK2A 1VFEA 3PV0E 1Z7NE 3K1NA 2RKMA 5ITOA 2F34A 3WAFA 4OWDA 3K1PA 3K6VA 3PU5A 2B3FA 4NF8B 1FQBA 3S2VA 1XT8A 1FTLA 2DXYA 5H8FA 5H8FB 1Y9UA 4GIZA 2CZLA 4EDPA 4ZS9A 1XOCA 5CRYA 4OETA 4I62A 2V3TA 1I6BA 3A09A 1PC3A 4ZE8A 1ZJLA 1SW2A 3OOAA 1P1OA 4LZ8A 1ZMGA 3E3KA 4ZZAA 4RK9A 1B40A 1H44A 3FVNA 3QK6A 5A5XA 5DYHA 5A5XB 3GBBA 1N7WA 2F78A 4GOTA 3QYTA 4H6DA 4RY1A 2DWJA 4HTGA 3R7XA 3KBRA 1LAFE 3TCHA 3U93A 3FVOA 3KOSA 5EYFA 3U8QA 2ZYKA 4P0IA 1T0KA 4EF2A 3IOTA 2UYEA 5AA2D 3ILTB 1SW1A 5CC2A 4G68C 4IO7A 4YKJA 4YKIA 1S7YA 2NOOA 5L9SA 3SKPA 4U23A 3FVKA 1M5CA 1NNPA 3U1OA 2DYXA 3Q28A 3JV9A 5KCJA 5KCJB 2UVJA 3KZGA 4KI0E 3OSRA 4YB7A 4F19A 1B3GA 1Y4TA 5I57A 5I57B 1QW0A 2XXPA 1SQYA 1B46A 3K4UA 1LCFA 4G2ZA 5AA4A 5AA4B 1PBQA 1II5A 3I3VA 2YPNA 2XD3A 3C35A 3T9VA 4KR5A 5I58A 4HCWA 5I58B 2NVUB 2ZMBA 1EZOA 4F18A 3MZ9A 4ELRA 2UVHA 3FZVA 1SI0A 3LSLA 2NWJA 3UORA 3B6QA 1QJMA 2UVGA 3E9XA 1BLFA 1BTJA 3PMXA 1LCTA 3QAXA 3IK6B 2XXWA 3BKIB 4OERA 1FQDA 3D4GA 3HSTA 4IO2A 4WEPA 1ANFA 3QUFA 2H99A 3H7MA 1P1WA 2OCUA 1US4A 1H3DA 4GQOA 4MLVA 3HPIA 2I3WA 3OXNA 4KPTA 2ONRA 3H06B 4F31B 5DVFA 3IB1A 2XXHA 1QKBA 3VXCA 5I2KB 3I5OA 3MJNA 3C4MA 3USDA 1DOTA 4IO5A 1RYXA 4F29A 3PUZE 4Z7EA 3O2AA 3H3GA 4O3AA 2VHAA 1IIWA 1XVXA 4EXLA 1O7TA 3F11A 4KD5A 4NF4A 4NF4B 2D21A 1NNFA 2DXRA 4DXBA 1WVJA 5KZTA 3OD7A 1LSTA 3Q29A 4AQ4A 3PUXE 1SVXB 1FQEA 1MM6A 1FQAA 4ZEIA 2X26A 4PFWA 2I48A 1MXZA 4OHNA 2UYFA 2NXOA 4ZZEA 4JWXA 3DM0A 4KCDA 1B52A 1EZ9A 1XHYA 3CFLA 3VV5A 3K6UA 4QSEA 3T9UA 1VFDA 1NH7A 3MVWA 5FTIA 4R9GA 4PP0A 3FIRA 1MY3A 1N3WA 4G8MA 3B6TA 1MQGA 1B9JA 4GXSB 4JB7A 1FW0A 1IXHA 5CMMA 5K2XA 4PQJA 4R2BA 1S9TA 3LSWA 5KDTA 3TZAA 5KDTB 2Y7IA 2ABHA 1XS5A 2QRYA 1N76A 1Q35A 4ND9A 1GGGA 3RUMA 3KGCA 5AA3A 3TQWA 3ECRA 3C36A 4MH5A 2VD2A 1MXXA 1URSA 4DXCA 5CM6A 2VP1A 2O69A 3MVXA 3IOWA 3T9XB 1CE2A 3M8UA 2B65A 4EUOA 4HS7A 1Y3NA 2QPQA 2Z22A 1M5EA 4YB5A 5H8HB 4PFYA 2QS3A 1R9LA 4OFLA 1UTHA 1UTHB 1M5FA 4DCXA 3IL1B 1D9VA 3TFLA 2DS9A 1MXUA 1D4NA 1CB6A 3O28A 3CFZA 2PBWA 5I56A 5I56B 5LOMA 3Q27A 3FJGA 1BP5A 1PB8A 4IB2A 3TODA 3T96B 1R9QA 5FHNA 3FJMA 3IAZA 5HPQA 3W15C 4G68A 2RC8A 4G68B 2GH9A 3Q26A 4ELPA 5ICQA 3K6WA 3DLNA 2V3UA 1TT1A 4E0XA 1SI1A 2UXAA 2R71A 3G3GA 3FXUA 4LZ7A 3IB0A 2I0CA 3KN7A 1UIVA 3DP6A 1M5BA 1MY4A 3GZGA 3MUQA 5CMBA 4RK2A 5CBRA 2OWSA 2X7PA 3UA8A 4FE8A 3TTLA 3QIMA 3K2DA 5DVIA 1A55A 3MPLA 2H9BA 4N07A 4R72A 4U2RA 3IOUA 3RY3A 4X9TA 2RCAA 1D3KA 1QVSA 4BDOA 3SEVA 3U94A 2DOJA 1URDA 3LBSA 3H6VA 3PUWE 4E0WA 2XXIA 4ESXA 3Q25A 3FV2A 3KSXA 5K2YA 3SERA 4IGTA 2WKYA 3MP8A 1UTBB 4QFKA 1MDP1 4RPNA 5EHMA 1Y4CA 4DXUA 2ALUA 3TAJA 3P7IA 1B3FA 4FJPA 4OEUA 3VVEA 3R26A 4K3FA 4R74A 4TLLB 4POXA 3QSLA 1NFTA 4JSDA 5ELVA 1M5DA 4ZEFA 2REJA 3KG2A 3TCFA 3W9VA 3TTMA 2ANJA 4NF8A 4TOZA 4XTCQ 3HHFA 2V25A 2OLBA 1USYE 1P99A 1LFHA 4NMYA 2XX9A 3VE1B 4ZEDA 4H67A 2D3IA 1MQIA 4XKPA 3C33A 3TQLA 1B5IA 3TMGA 3T93B 1N3XA 4QFPA 4NWDA 3KSJA 2ZYNA 2PVUA 1YPNA 4RPOA 5HM4B 3RGYA 4F3PA 3KN3A 3B6WA 2E1SA 1F9BA 2O7IA 3PPQA 4UACA 3TUSA 5AA1A 3VLUA 4KYEA 4QFLA 2XXUA 3PPOA 4FATA 4U21A 3H4ZA 3E13X 3MP1A 1A8EA 2A5SA 3M3KA 1Y3QA 5BUUA 1SD3A 4BDQA 4ESWA 3HHGA 3IX1A 4DDDA 3SDFA 4I1DA 2PYYA 5H8SA 4XKQA 1IXCA 4H5GA 3G3KA 1IITA 2XXYA 4F2QA 3PUYE 5DEXB 3ONMA 1DPEA 2DWAA 1IZ1A 2V3QA 1IXGA 4ZEBA 2AYSA 3TELA 5L9OA 4F2OA 3OELA 1A7LA 1LB8A 5IKBA 4DZ1A 3MP6A 4ZEKA 4THIA 2RC7A 2O51A 3RQTA 3EQ1A 4H5FA 2OJTA 3V8XB 4IGRA 2Q9TA 2HCAA 4WEDA 2F97A 2XXRA 3OO8A 1JEUA 1MM7A 3G3IA 1HSEA 3CG3A 1JVXA 3S4UA 3KJTA 4AB5A 2XHDA 4RA1A 3H6WA 1ZIUA 2ESNA 1R6ZA 3TTNA 3DP4A 4OESA 3UN6A 4H0WA 1WDNA 1NH8A 5F7VA 3AXFA 1SYHA 3MBPA 1Y3PA 3H6UA 1H45A 2ZYMA 4MLQA 1I6QA 3QUJA 1B5HA 3PMWA 3W9WA 3LSFB 1GVCA 4IY5A 4GD5A 4U4SA 1Y20A 1B2HA 1MRPA 2DE4A 3LR1A 3EHTA 4IY6A 3O9PA 3RT6B 2DVCA 4X1BA 5I2KA 2PT2A 1IUDA 1Z7ME 3LSXA 2R9JA 2DE3A 2Z8FA 2QS2A 2YLNA 1NNKA 4ONYA 1EZPA 4G77A 4EXKA 3OEMA 4OENA 1TWYA 4OFOA 1LGBC 3JZJA 4LQ2A 1B0LA 2XXXA 1FQFA 4EQBA 3N6UA 5JEIA 1WODA 2F36A 1DSNA 5ITPA 4I8CA 2H98A 2I0BA 4HCYA 4BDMA 4LONB 1QUJA 4RXLA 2CMOA 4YU0A 2ZNSA 4GXAA 4EF1A 4LZ5A 2VD3A 5TPAB 5TP9A 4R2FA 5TP9B 3PD9A 5J1DA 3CSGA 3V5AA 2F7CA 5FHMA 1I69A 3M3FA 1ZTYA 4ZECA 4Q0CA 4OFJA 2RC9A 4ISUA 1S50A 2XX7A 2UVIA 4AB6A 3N26A 5FTHA 1FCKA 1VSOA 1A8FA 3MQ9A 3OO7A 1R1NA 4JWYA 1OLAA 2A5TA 2A5TB 2Y7KA 3MVZA 4IO3A 3E4RA 1HSJA 1DTGA 3EPEA 2KLFA 5FHOA 3QXMA 3VXBA 2DWIA 2F7BA 4POWA 4U1ZA 5TU0A 2P1SA 2Y7WA 1N04A 3MAMA 3CIJA 3UP9A 3K0VA 2QJEA 2M8CA 3CI8A 4GLIA 2O1MA 1OVBA 3VLVA 1I6AA 4U4XA 1URGA 3SEYA 2B3BA 3FV1A 5H8HA 1PEBA 4NE4A 1MG1A 1ZBMA 2Y7RA 2RINA 1KWHA 2ZNTA 4FORA 5IAIA 3G3HA 1MDQA 1H43A 1B3LA 3FVGA 1PDAA 4OQOA 2E0SA 1FTMA 3VVFA 4XIGQ 2O6AA 3H6TA 3IB2A 3A3UA 3MC2A 3OO6A 1MH4A 3SEXA 4GWOA 4EQ9A 2HZLA 4G8NA 4LUBA 2AIXA 2D5WA 3THIA 1LFIA 3PGFA 2P2AA 5AA2B 4YMAA 2QSXA 1LFGA 4XKNA 4MF3A 3O97A 4H8JA 1PB9A 2QS1A 4JXIA 2HFBA 1JW1A 1SDXA 4YAHX 2DP8A 4OEVA 3RN8A 1OVTA 4FEBA 3VVDA 3FATA 4LATA 4YMBA 2IEEA 5DT6A 3TTRA 3O6HA 1SW4A 3H03A 4DLDA 1VR5A 4LP2B 2ONKE 1YAEA 4C0RA 1A99A 4NF6A 4NF6B 2HXWA 4JSOA 1VE4A 3TCGA 4LQ5A 3ZS6A 3KJ7A 3K6XA 3OO9A 3MPKA 4R6HA 1UTBA 4X48A 2I3VA 4X1DA 5DVJA 4BDLA 1LB9A 3OEKA 3L6GA 1JW5A 1B1HA 2V84A 1UQWA 3EHSA 5F1QA 1LLSA 3O29A 3TEPA 2F35A 1OLCA 1ZKBA 4F3GA 2REGA 1UIUA 2Q8JA 1O64A 3RTFB 3RLFE 2GHBA 3IR1A 3CRBA 1GV8A 3VLWA 3BBRA 4R6KA 3IOVA 4KYSA 2F5XA 4QSCA 2X7QA 3FGSA 4PFUA 1D9YA 4F39A 3GXAA 1A40A 3S9EA 1B05A 3T66A 1POY1 4NEDA 1AMFA 4YZZA 1MXYA 1A54A 1LAXA 3FXRA 2DSFA 1L5TA 3MZ1A 5CI5A 3K1MA 2Z23A 4MFIA 3LUYA 1EU8A 1RYOA 3SETA 1JQFA 4C1UA 2I4CA 1NMUA 3V89B 3GBAA 4O3BA 1H76A 4FAJA 2ZXTA 2Q2AA 1RKMA 1ZU0A 1TFAA 3CSBA 4QHQA 1B3EA 1NL5A 4L17A 1DPPA 1B58A 1B5JA 4M4GA 5CMKA 2I49A 3LC8A 3B7DA 4P0GA 2O1LA 4FEDA 3N94A 2Q88A 2DQVA 4YICA 4UA8A 1O63A 4OYVA 3PD8A 3VFJA 2I6EA 4GVOA 4YKKA 4PE5B 4WXJA 3UGWA 1BKAA 4HW8A 4R73A 1FTKA 3PUVE 4QFNA 1SYIA 1B4HA 5DEXA 5M2VA 5I2NA 1AOVA 5I2NB 4GRKA 3T22A 2Q2CA 3SEWA 1IQ7A 3ODBA 1MQDA 5B70A 3TTKA 4G4PA 2HQ0A 2G93A 1XC1A 4U22A 2YJPA 4MBPA 3IJXB 4U1OA 3FASA 4M1VA 2O84X 3DELB 1Y1MA 1OIBA 3K01A 4BLAA 2THIA 1AH5A 2P0SA 3TPAA 1MQJA 4OXVA 3D4CA 4YB6A 4Q8RA 1ZLQA 4N6PA 3BFUA 1B4ZA 4ZE9A 4OTEA 2Y7PA 1MQHA 1EH3A 1MY2A 2PT1A 3DP8A 3TYHA 1LAGE 5B7DA 1B32A 3A3CA 1YTVA 2GHAA 1QUKA 1MS7A 4PFTA 1B3HA 2PMSA 4DIGA 3MWBA 4KCCA 4G8HA 3O6IA 2DWHA 5DTBA 3FJ7A 3ZSFA 3OSQA 4LVQA 2RF1A 2XXTA 4KQPA 3TDJA 1P1UA 4H8IA 3MVYA 1MY0A 2QMWA 3MZBA 2FA7A 1B7ZA 4OMBA 1MPCA 5EHSA 2V93A 2Z8DA 1B51A 5L9MA 4GL8A 2Y84A 3HN0A 3CFXA 2RCBA 3T9HB 4F3BA 1POTA 3OMBA 4GL0A 3ZKLA 4O3CA 1P1NA 3RPWA 2VGQA 3UK4A 5CMCA 3R6UA 1NKXA 1B7HA 4N13A 3BFTA 2VOZA 2W7YA 5BWJA 4QFOA 5H8QA 2ONSA 5H8QB 4Z0IA 2O7UA 2BJJX 5CBSA 5I84A 4XKRA 3FUZA 4QF9A 2XXVA 4JBZA 3FD3A 3RTWB 3KOTA 2AL4A 1LBBA 3TKDA 2GRVA 4QRZA 5L8DA 3SEUA 2O68A 4OZ9A 2AL5A 2XD2A 1US5A 2F8DA 1IEJA 3KFMA 5TPAA 4WKMA 3ILUB 3IORA 1SBPA 4F1UA 1B6HA 4FIMA 4TLMB 3JYRA 4LA9A 3N5LA 1J1NA 1GTKA 1SW5A 5H8NA 2PX1A 5H8NB 1MH3A 2GFEA 3MW0A 2Z8EA 3M3LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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