1A8EA

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Two high-resolution crystal structures of the recombinant N-lobe of human transferrin reveal a structural change implicated in iron release.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
total genus 107
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8eA02
4FEDA 1IITA 3MVYA 1QUJA 1BLFA 3RN8A 5FHOA 2I0CA 3EHTA 1S7YA 4GVOA 4U1OA 4RK9A 4FORA 5DYHA 3O66A 2Q2AA 3FIRA 1MPDA 4POWA 3E3KA 1B5HA 5H8QA 1Y1ZA 3TTMA 3FXRA 2ABHA 3TQWA 3S9NC 2F6PA 3UA8A 2DE2A 4IGRA 3VVEA 3ILUB 4RNSA 3B6QA 1MM7A 2ESNA 5AA4A 3USDA 3RGYA 4OETA 1B7UA 5FTIA 4NF6A 4P11A 1I6AA 4G8HA 4ZEBA 2UYEA 1LAHE 3MC2A 3SETA 4PFTA 4EQBA 2DVCA 3CI8A 3LR1A 4GIZA 5L9MA 4ZE9A 5CMCA 1SW4A 5L8DA 1WDNA 2F36A 3EHUA 5CBSA 3A3UA 3PMWA 1Y1MA 5EHMA 1EZPA 1LCTA 4N13A 4E0WA 3PV0E 2HZKA 3PPNA 2O84X 1NNKA 4H8JA 3OXNA 4NWDA 4LATA 2QS1A 2W7YA 5J1DA 1FW0A 3C31A 4R72A 2V3UA 4TLLB 1SYIA 2XXUA 4YKIA 1B51A 2OWTA 2XD3A 2OJTA 3C4MA 1B6HA 1N76A 2VHAA 4EF2A 4WKMA 1B52A 4R9FA 5H8SA 1NMUA 1UTHB 2PYYA 2VGQA 3D4GA 3IOVA 2E1SA 1KWHA 2DVZA 1P99A 2AL4A 3T22A 1B3EA 1LFGA 3KOTA 4N6PA 1Y20A 3UGWA 1B5JA 4LZ8A 3IR1A 1VFDA 2Z8DA 2REJA 4OERA 1JETA 5FHMA 5DEXB 1PB8A 4F22A 3IB0A 2I49A 3PUYE 3PGFA 1S9TA 3Q28A 2QPQA 3PUVE 3SKPA 1US4A 1JEUA 4GL8A 1YPNA 5JEIA 1QULA 3QIMA 1QVSA 3OEKA 5IKBA 4OZ9A 5A5XA 2I6EA 3U1OA 4G68C 4NMYA 5FHNA 1RKMA 3HCQA 5CMMA 1XC1A 4H5GA 5I2KA 4AB5A 2NWJA 1ZU0A 1MDP1 4LONB 3ONMA 5FTHA 4G68B 2XXVA 1A99A 1JEVA 4JWXA 1MY2A 4QFNA 1M5DA 3G3FA 1N3WA 3MPLA 3TCHA 2UVIA 1SD3A 3I3VA 2R71A 2R9JA 3MVZA 2DSFA 3LUYA 4MBPA 4GFRA 1LAFE 4YICA 3SERA 2V3QA 2REGA 3QYTA 3MVWA 1O64A 1QUIA 2GHAA 2OLBA 5KCJB 3FJGA 1GR2A 3GLBA 1QKAA 3MP8A 1LCFA 3KJTA 4FAJA 1FTMA 4F18A 3TYHA 3IK6B 4DXUA 3W15C 5H8HB 1YTVA 4DCXA 3C35A 5I56B 3KBRA 3IB1A 1RYOA 2G29A 4H67A 2I4CA 3H3GA 3CSGA 1VE4A 3QUJA 4OFOA 2FYIA 1O7TA 4LVQA 3JYRA 4BLAA 3K6XA 3TTKA 4BDRA 1F9BA 1Z7ME 2AL5A 1JW5A 2XX8A 1I6BA 4EXKA 4OYVA 3IX1A 4XKNA 4R6YA 5TP9A 1B46A 1ZTYA 4MLVA 3W9WA 3EN3A 3BBRA 4Z7EA 4QHQA 5H8FA 2A5TB 1SYHA 4OMBA 3IB2A 1LFHA 4XIGQ 2F97A 4C0RA 5DVJA 3U8QA 4JWYA 4DE8A 2DWHA 5DEXA 4ZZAA 2ZMBA 3IORA 5TPAB 1QKBA 1B3FA 1ZMGA 3B6WA 2DWJA 1TWYA 3VVDA 2DXRA 4RY1A 5I58B 3P7IA 3OSRA 3MJNA 4U2RA 1GV8A 3RQTA 1QJMA 1FQCA 4KPTA 3S9MC 1MQIA 2UVHA 4H5FA 1A8FA 3ILTB 4H0WA 2RC7A 1WVJA 3EPEA 1P1UA 3CIJA 1MQJA 3RTFB 5H8NB 1BIYA 4Q0CA 1N7XA 4PFYA 3UP9A 3O28A 4LZ7A 1A40A 1EZOA 3V89B 4O3AA 1MRPA 1TT1A 2A5SA 1ZKBA 3OOAA 1Y4CA 3MQ9A 1PEBA 4BDQA 4JSDA 1ATGA 3TUSA 4HS7A 2DS9A 2ZXTA 1MH4A 1FQEA 4NF5A 1UTBA 4R2FA 1DMBA 3R6UA 3KGCA 5ITPA 5I57B 1TXFA 3KOSA 4MLQA 4YMAA 3ZKKA 2QRYA 4FECA 3HN0A 4ELQA 3GXAA 1MXYA 3U72A 3T66A 5AA2D 1FQBA 2ZYMA 3RNNA 4X1DA 3I5OA 2B65A 5L9SA 4ELOA 1XS5A 1EZ9A 1OVBA 2GHBA 5F1QA 4ZEFA 4KI0E 1URDA 4YB5A 3WAEA 4GXSB 1NNFA 2Y7KA 3OELA 4NF4B 4U22A 2YJPA 3FD3A 3SESA 4OXVA 1H44A 3U93A 1JW4A 2O68A 1MPCA 1EU8A 2ZYOA 5ICQA 3HHGA 4RPOA 4LP2B 4ESXA 1URSA 1AOVA 4EUOA 3QK6A 3RT6B 4FE8A 4G8MA 1MXUA 1PB7A 3CG1A 3RY3A 3IOTA 1SW1A 5DT6A 3IO4A 3VLUA 2O6AA 2X7PA 4R73A 4XKQA 5CMKA 3TZAA 3G3IA 3WAFA 3VXBA 2A5TA 1LB9A 4QSDA 4OHNA 3K0VA 5AA3A 5JTYA 3HSTA 3B6TA 3K6UA 1LSTA 4H6DA 4NTLA 3TTLA 3PUWE 4F3BA 4ND9A 3PUZE 4FJPA 2QSXA 5I58A 2Q2CA 1MH3A 2FA7A 3T9VA 1IEJA 1ZJLA 3Q29A 4ZE8A 3PPOA 1FQDA 4EF1A 2ANJA 3RTWB 3AXFA 3FV1A 3K1PA 2DXYA 2DQVA 4OEUA 4KHZE 1DSNA 3K6VA 5M2VA 1J1NA 2OWSA 5BUUA 4IO7A 2QMWA 3O29A 2XXTA 2GH9A 4O3BA 4DXCA 5KDTB 2WKYA 2DWAA 1IIWA 3BFUA 4H1XA 2DP8A 3VDFA 4QFLA 4LUBA 2I58A 3KSXA 1OLAA 4YKPA 3CVGA 2YPNA 1OMPA 3R7XA 3MW0A 4YU0A 4KYDA 1R9QA 2XXXA 3LSFB 4DLDA 4KYEA 3GZGA 4AB6A 2NOOA 3S9LC 5AE4A 1TFDA 5DVIA 3H6TA 4LZ5A 1R6ZA 3U94A 3MWBA 2QJEA 2RC8A 2DE4A 4U21A 3S9EA 4YKJA 3MAMA 1NNTA 3ECRA 4NF4A 4C1TA 1OLCA 4QFPA 5DVFA 4PP0A 2DWIA 3N94A 3H4ZA 4F39A 1A8EA 3VXCA 3EHSA 2F7AA 3G3HA 2Y84A 1MY3A 4UA8A 4ZS9A 1II5A 2H25A 3N5LA 3UIFA 4I1DA 2GRVA 3LC8A 1B1HA 4POXA 1OQHA 4I8CA 3G3JA 4HCWA 4XKRA 1PDAA 2XHDA 2HZLA 4GWOA 4ELPA 4YB6A 3IOWA 4TQUQ 3CFLA 5F7VA 2PMSA 1R9LA 3UN6A 4M1VA 1US5A 4MF3A 4RYAA 1VR5A 1SBPA 3TKDA 4ZEIA 5EHSA 1LAXA 1NH8A 1B3HA 4DZ1A 1B7ZA 1B1XA 4C1UA 5B70A 3ODBA 1LFIA 2P1SA 3IL1B 2D5WA 4IO5A 4IO3A 3CRBA 1XOCA 3O97A 1EH3A 3PD8A 1SI1A 4DCYA 3QUFA 1B58A 1Z7NE 1FQAA 4NEDA 3CFZA 3ZS6A 3K02A 2V25A 1MQDA 4OESA 1Y3QA 4TOZA 1DTZA 3A09A 2THIA 4HTGA 4WEDA 1N04A 2F5XA 5I2NB 1B4ZA 4I9DA 4U4XA 5CRYA 2OBGA 4YAHX 2D3IA 2VD3A 2Y7IA 5K2XA 3FV2A 3IAZA 4X9TA 3T93B 4ELRA 1IQ7A 4F3SA 1O63A 3JV9A 2HXWA 4KR5A 4K3FA 2Y7PA 3H6WA 4GL0A 2H98A 4EQ9A 3MBPA 4ZEKA 1XT8A 1LBBA 3D4CA 1NH7A 3OEMA 1AMFA 1H45A 3H03A 5AA2B 1SW5A 3JZJA 3SEVA 2V93A 3FUZA 4ECFA 4IO2A 5B7DA 4ZDMA 3VFJA 4HW8A 1D4NA 2OK2A 3GBAA 1LGBC 2PT2A 2Y7RA 2IA4A 4BDLA 1UTHA 4ZECA 3V83A 1H3DA 5EYFA 1FQFA 3O6GA 2X7QA 4OTEA 4BDMA 2I4BA 2AYSA 1P1NA 3M8UA 5LOMA 1IXIA 4I62A 2I48A 3S4UA 2I3VA 2HAVA 4GQOA 3O2AA 4G2ZA 2QS3A 3MPKA 3M3KA 2HFBA 2UVJA 2B3BA 4HCYA 4OENA 3F11A 3SEUA 2XXQA 2H9BA 2DYXA 2FNCA 4MFIA 3KEIA 1MY1A 4JDFA 1SVXB 4F2OA 1IXGA 2Q89A 2HEUA 3OO9A 2O7IA 2RKMA 3TDJA 1Y3PA 5H8QB 3K01A 2NUVA 3G3KA 3TCGA 3FASA 1POTA 4Q8RA 3QXMA 2ZNUA 1MY0A 1TFAA 2PVUA 3MZBA 4QSEA 5AA1A 3SEYA 3I6VA 4KYSA 4F1VA 1ZIUA 1YAEA 5AA4B 1N3XA 4G4PA 3PMVA 4IY6A 2V3TA 4OWDA 1QUKA 4F1YA 4NF6B 4G68A 3TPAA 3IJXB 2O7UA 5I59B 4FEBA 4OEVA 3PPQA 2XXIA 3OO8A 4Q30B 1I6QA 1R1NA 3PUXE 1MXZA 2ONKE 4LQ2A 3O6IA 3RT8A 3MZ9A 1SW2A 3OMBA 5KCJA 4WXJA 5I2NA 1XVXA 2GFEA 2B3FA 2H5YA 2ONRA 1B05A 1JQFA 1OQGA 3DP6A 1HSEA 5CC2A 4P0IA 3T9XB 5JK4A 1A55A 3KJ7A 4QFKA 1MY4A 3T9HB 1Y4TA 3FVKA 4M4GA 5H8HA 4ZZEA 3TFLA 4JBZA 5I56A 1RYXA 4R6HA 1MPBA 1P1WA 3TMGA 3CSBA 3C9HA 3H7MA 1BKAA 4X48A 3IO6A 2VP1A 1FTJA 3HV1A 5AA2A 2V84A 3FJMA 1N84A 4OQOA 3OO7A 3B7DA 5BWJA 1JNFA 4DIGA 4L17A 1FTLA 1UIUA 1IZ1A 3SEWA 1IUDA 5K2YA 4ZEDA 2NVUB 2R6GE 3H6VA 2F78A 4JB7A 2F8DA 1SDXA 3C36A 3BFTA 3H06B 1LAGE 3RLFE 1MXXA 1HSLA 3QAXA 3FXUA 4XTCQ 4PQJA 3FZVA 5KZTA 3SDFA 3FXQA 3K6WA 3QSLA 1BTJA 5TPAA 2RCAA 4DXBA 5A5XB 2QS4A 2I0BA 4DDDA 4H8IA 1A54A 4GXAA 3ZKLA 1B9JA 2UVGA 4F3GA 1USYH 3E4RA 2LAOA 4R2BA 5I2KB 3HO7A 4RA1A 4BDNA 4EXLA 3K1MA 3KN3A 1GVCA 1PB9A 3LSLA 1MQHA 1Y9UA 4Q5TA 1AL3A 2QMXA 5H8NA 1MDQA 3TODA 3KZGA 3W9VA 2PT1A 5I84A 3OSQA 3VE1B 3N6UA 5ITOA 3C34A 1OVTA 4P0GA 2ZNTA 3IOUA 5I59A 2HAUA 1I69A 1MG1A 4LQ5A 3IJOB 1B0HA 1MM6A 3DP8A 2XXWA 2Z8EA 2AIXA 4YB7A 3KG2A 5I57A 3KN7A 1NNPA 4IGTA 4F3PA 4RPNA 2DE3A 3TAJA 2I3WA 4PFWA 1Y3NA 1D9YA 4JXIA 1L5TA 3ZSFA 1NKXA 4PFUA 1GTKA 2XD2A 2ZNSA 4QF9A 2PBWA 3L6HA 1P1QA 3HPIA 2O1MA 5CI5A 3VLWA 4KD5A 4LA9A 4NF8B 1FTOA 1Q1KA 1ANFA 2O1LA 4GOTA 3MP1A 2F7BA 3E9XA 3FVNA 1CB6A 5DTBA 1JVXA 1NL5A 5TP9B 3FGSA 3OO6A 4FIMA 3TTNA 5H8FB 1YCJA 4U4SA 1UQWA 4R6KA 2XXYA 1VFEA 3MP6A 4YKKA 4JSOA 3OD7A 2G93A 2XXPA 4R9GA 1H76A 1MS7A 2Z22A 3PU5A 1AIVA 2Q8JA 1ELJA 2ZYKA 4MH5A 4IB2A 4ESWA 1B3LA 3V5AA 2D21A 2P2AA 2F7CA 1SI0A 4F2QA 3DP4A 1N7WA 4TLMB 2F34A 2Y7WA 4BDOA 5L9OA 1M5BA 3A3CA 2HQ0A 3L6GA 3UK4A 2DOJA 1H43A 3G7WA 3FATA 1B3GA 1XVYA 1T0KA 1MQGA 4YZZA 1AH5A 1CE2A 1MXVA 4YMBA 1D9VA 3GBBA 2ZYNA 4QSCA 4NF5B 1UTBB 2RC9A 5KDTA 1B4HA 3E13X 1VSOA 1LB8A 2HCAA 4GLIA 1ZLQA 3R26A 3DELB 1POY1 1LLSA 3PMXA 2XXRA 4X1BA 1IXCA 4JWOA 4R74A 3C32A 3TELA 2XX7A 3TEPA 1GGGA 1B32A 2OZZA 2YLNA 1WODA 3VVFA 3PPRA 2ALUA 3KFMA 1HSJA 2ONSA 4G77A 3KN8A 4ISUA 4U1ZA 5HM4B 4RJZA 1BP5A 1B40A 1FCKA 2VOZA 4NF8A 3S2VA 4NWCA 1B5IA 3M3LA 1PC3A 4PE5B 4XKPA 4F1UA 4H65A 4ONYA 4GF8A 2F35A 4IY5A 3LSXA 2Z23A 3DLNA 3K1NA 5HPQA 2RINA 3M3FA 4OFLA 1QW0A 3O6HA 4UACA 3G3GA 4XXUA 3PPPA 1ZBMA 1M5EA 2H4IA 3N6TA 4F29A 1IXHA 1PBQA 3V8XB 3N26A 4KFQA 2H99A 3EQ1A 3RUMA 3BKIB 3CFXA 2UXAA 5CMBA 1P1OA 3KSJA 5JTYB 2Z8FA 1M5CA 4GD5A 5TU0A 3Q25A 2NXOA 2VD2A 2XX9A 1XHYA 3K2DA 4AQ4A 3FJ7A 1PBPA 5ELVA 4N07A 3FVOA 5ICTA 2IEEA 4NE4A 2KLFA 3T9UA 2QL3A 1USYE 3MUQA 2OCUA 1UIVA 3CR9A 2E0SA 1A7LA 1DTGA 4OVJA 3RPWA 1B0LA 4RK2A 2X26A 4Z0IA 3CG3A 4OFJA 3K00A 4THIA 2UYFA 4E0XA 1D3KA 5ISUA 4EQ7A 1OIBA 2Q9TA 4IO6A 1M5FA 2F6GA 5HBCA 2PX1A 1JW1A 2BJJX 3LSWA 4F19A 3H6UA 3THIA 1S50A 1JVYA 4O3CA 4WEPA 3UORA 1FTKA 3SEXA 3O9PA 5CBRA 1URGA 4IO4A 4G8NA 4KCDA 3C33A 3DM0A 4FATA 1N0TA 2P0SA 3FVGA 4EDPA 4KCCA 1DPPA 3K4UA 4RXLA 4GRKA 2RF1A 3MZ1A 3T96B 3TQLA 3TTRA 4R75A 3TCFA 5IAIA 2M8CA 3HHFA 3U92A 4KQPA 4F31B 2CZLA 3LBSA 4U23A 4QFOA 4QRZA 5CM6A 2XXHA 1B7HA 3PD9A 1SQYA 3Q26A 3VV5A 4PETA 1B2HA 1MXWA 1DPEA 2Q88A 1LBCA 2O51A 3MVXA 1NFTA 1DOTA 2QS2A 2RCBA 3EF7A 3VLVA 3OENA 3Q27A 2CMOA 2O69A 1Q35A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FEDA 1KA1A 1IITA 3MVYA 1QUJA 1BLFA 3RN8A 4NX1A 5FHOA 2I0CA 3EHTA 1S7YA 4GVOA 4U1OA 4RK9A 4PTKA 4FORA 5DYHA 3O66A 2Q2AA 3FIRA 1MPDA 4POWA 3E3KA 2FIXA 1B5HA 5H8QA 1Y1ZA 3TTMA 3FXRA 2ABHA 2BJIA 3TQWA 3S9NC 2F6PA 3UA8A 2DE2A 4IGRA 3VVEA 3ILUB 4RNSA 4AS5A 3B6QA 1MM7A 2QVRA 4UABA 2ESNA 5AA4A 4QBAA 3USDA 3RGYA 1FBCA 4OETA 2ZZWA 1B7UA 5FTIA 4NF6A 4P11A 1I6AA 4G8HA 4ZEBA 2UYEA 1LAHE 3MC2A 1IMCA 3SETA 4PFTA 4EQBA 1LBWA 2DVCA 3CI8A 3LR1A 4GIZA 5L9MA 4ZE9A 5CMCA 1SW4A 5L8DA 1WDNA 2F36A 3EHUA 5CBSA 2WBDA 3A3UA 3PMWA 1Y1MA 5EHMA 1EZPA 1LCTA 4P8BA 4N13A 4E0WA 3PV0E 2HZKA 3PPNA 2O84X 1NNKA 4H8JA 3OXNA 4N81A 4NWDA 4LATA 2QS1A 2W7YA 5J1DA 1FW0A 3C31A 4R72A 2V3UA 4TLLB 1SYIA 2XXUA 4YKIA 1B51A 2OWTA 2XD3A 2OJTA 3C4MA 1B6HA 1N76A 1EYIA 2VHAA 4P56A 4EF2A 4WKMA 4MJOA 1B52A 4R9FA 5H8SA 4PDDA 1NMUA 1UTHB 4NN3A 2PYYA 2VGQA 3D4GA 3IOVA 2E1SA 1KWHA 2DVZA 1P99A 1XI6A 2AL4A 3MYUA 1B3EA 3T22A 1LFGA 3KOTA 4N6PA 1Y20A 4MNCA 5ET6A 3UGWA 2PCRA 1B5JA 4LZ8A 3IR1A 1VFDA 1LEVA 2Z8DA 2REJA 3EKIA 4OERA 1JETA 5FHMA 5DEXB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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