1A8E | Genus

Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	107
Knots found	KnotProt 2.0: K
sequence length	329
structure length	329
Chain Sequence	DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__743730067036328__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__743730067036328__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1a8e/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__743730067036328__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"743730067036328","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1a8e/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__743730067036328__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Iron transport
source organism	Homo sapiens
publication title	Two high-resolution crystal structures of the recombinant N-lobe of human transferrin reveal a structural change implicated in iron release. pubmed doi rcsb
molecule keywords	SERUM TRANSFERRIN
total genus	107
structure length	329
sequence length	329
other databases	KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date	1998-03-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00405	Transferrin	Transferrin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1a8eA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1a8eA02

1N0TA 1MQDA 1NFTA 3QAXA 3A3UA 4GRKA 3IO6A 1GGGA 3MBPA 3N6TA 1FTKA 4MFIA 2I58A 3TZAA 2DS9A 3TQWA 3DP6A 4Z7EA 4KYSA 1B3GA 1TWYA 4FECA 4XKQA 4YB5A 1H3DA 2QL3A 4MBPA 3A3CA 2OLBA 1IUDA 3PV0E 1USYE 1D3KA 2F6GA 3TFLA 3K0VA 3ZKLA 2VHAA 3CG1A 5CMKA 2I0BA 1PEBA 3RTWB 1N3WA 3U94A 4TLLB 4RYAA 3SEXA 1B9JA 1Q35A 1Y9UA 4GXSB 2W7YA 3RUMA 3K2DA 1M5FA 3V5AA 5AE4A 2GFEA 1IEJA 1T0KA 4HS7A 1UIVA 4BDMA 1TFDA 4R6YA 1R9QA 2B3BA 1MPCA 3Q25A 2AL4A 2O84X 2I3WA 4O3BA 3KBRA 3G3KA 3S2VA 2I48A 3EPEA 1O64A 5J1DA 3PUXE 4PETA 3VVFA 1XC1A 4LONB 4JDFA 2Q2AA 5TP9B 2F7BA 1QUKA 4IO4A 2XXIA 4OFOA 4O3CA 4RNSA 1NNKA 1VE4A 5DTBA 4H67A 4IO6A 4ECFA 2O7IA 4R74A 1OVTA 4FORA 2QS1A 3FJ7A 4OEUA 4ZDMA 4PFYA 3N5LA 3IJOB 4OENA 3ZKKA 2F35A 4IO3A 2REJA 2Z8EA 5H8HA 3VLUA 5FHNA 3O97A 4EUOA 5ICTA 1M5BA 2Y7IA 5TPAA 3SDFA 2NVUB 2ONRA 5IKBA 3Q26A 2V3TA 3USDA 4PFTA 1O7TA 4NF8A 4XKNA 3O2AA 2RC8A 1PB7A 4P0GA 5F1QA 2ZNSA 1ZLQA 2XXVA 3MZBA 3IL1B 1B40A 2XX7A 4Q8RA 1HSJA 4JBZA 3G3GA 3LUYA 4F2OA 4ND9A 3G3HA 4DE8A 4G68A 3KG2A 1AH5A 2DSFA 4QSEA 5H8NA 5BUUA 3FXQA 1O63A 1Y1ZA 1MXZA 2OZZA 1AIVA 2HXWA 3DELB 4BDQA 3KN7A 2ZYOA 4BDRA 4DXCA 1SBPA 5JTYA 3RT6B 2H5YA 1B1HA 4N13A 3TQLA 4BDNA 3T66A 3O28A 5I56B 4RK9A 3QSLA 4GLIA 1MQIA 4LATA 1SW2A 3FXRA 2Q88A 1R9LA 1FTOA 1MXXA 3BBRA 2Y7RA 3FV2A 2DXRA 4IY6A 1WODA 4Z0IA 5I2NA 3S9EA 4PFUA 5JEIA 1B2HA 1JW5A 5I59B 1MPBA 2Y7PA 1L5TA 1J1NA 3BFUA 3KEIA 2D5WA 3MW0A 1PB9A 4P0IA 1XT8A 4OESA 4GL0A 1AL3A 2ESNA 3MVZA 4C1UA 2I4BA 3OENA 3S9LC 4NF6B 1A8FA 1URGA 1QVSA 1UTBA 1MQHA 1LFIA 3N94A 2Y7KA 3T96B 1Y4CA 3M3KA 3FVOA 1LGBC 5HM4B 4JWOA 4I8CA 1LBCA 3MUQA 4KCDA 3SEYA 4JSDA 1IXIA 4LZ7A 4N07A 3TCFA 2H9BA 3T9UA 4GWOA 2RCAA 1A40A 3QUJA 4GF8A 1Y4TA 3Q27A 2R71A 4MH5A 3DP4A 1MY2A 4BDOA 3PUYE 1B4ZA 1MH3A 2UVGA 5B7DA 1MXWA 1QULA 3FJGA 3U8QA 1BTJA 2XD2A 2DWIA 1LSTA 4H8JA 5EHMA 3WAFA 1H45A 3IX1A 1UTHA 4DCXA 3CRBA 1MG1A 2RKMA 4YKIA 4H65A 4OYVA 2P0SA 4KQPA 3RY3A 3IAZA 4RPNA 4X48A 5KDTA 5F7VA 1LCFA 1YPNA 1EZOA 5FHOA 4EQBA 3FXUA 2HFBA 2ZYMA 3FUZA 4YB6A 2ZXTA 2Z8FA 3FIRA 4DZ1A 2HAUA 3HN0A 1ZBMA 4KHZE 1RYXA 3OEMA 2FYIA 1IITA 4UA8A 3LSLA 4U22A 4NMYA 3C31A 5CMMA 1QUIA 4R9FA 1US4A 1LAHE 4OXVA 3K6XA 2HAVA 1P1UA 4YKKA 3ZS6A 2E1SA 2QS4A 3HSTA 3SERA 2GHAA 1Y3QA 1AMFA 4KR5A 5A5XA 4TOZA 4R6KA 1H43A 1OVBA 3OSQA 4GD5A 4ESWA 3PU5A 3R6UA 5A5XB 4KPTA 3DM0A 2DP8A 1MPDA 5B70A 1ZIUA 3TEPA 5DYHA 4F1UA 2A5SA 1JEUA 4DXUA 2H99A 3EHSA 4GOTA 2NXOA 1KWHA 3TKDA 1ZU0A 1SW1A 5DVFA 1A54A 4WEPA 3ECRA 1EZ9A 4QFLA 4H0WA 2GHBA 4U23A 1H76A 4WEDA 5AA1A 4F3SA 2UVJA 1MM6A 1S7YA 2XD3A 3IK6B 1B1XA 3OD7A 2ANJA 4GL8A 3TTNA 3CFZA 1Z7NE 5H8QA 4F29A 3MPLA 3VLWA 4THIA 4MLQA 4F1VA 4JWXA 2B3FA 5H8QB 4EQ7A 2FNCA 3OELA 2F34A 2RC7A 4EXKA 5I84A 3MJNA 4U4SA 4N6PA 2E0SA 3MAMA 1JW4A 1FTLA 3PGFA 3MP6A 2Q89A 3HHGA 1FQEA 3H4ZA 3PPQA 1LB8A 3BFTA 4ELOA 3B7DA 2DYXA 1QUJA 1PBPA 4G8MA 2DWJA 4ELQA 4YICA 3MC2A 4Q30B 3S9NC 1M5CA 5L9SA 4IO2A 4QF9A 3H03A 4ELRA 3KSJA 1XS5A 1FQAA 2ONKE 2XXTA 3PD8A 1PDAA 3W15C 1FQFA 1VSOA 2RCBA 2OJTA 3OSRA 1R1NA 2VP1A 3C32A 4RXLA 3U93A 4PFWA 1Y20A 2RINA 3ILUB 2F97A 2VD3A 2O1MA 3KZGA 3SEVA 3K1NA 5TP9A 2NOOA 3IB1A 4Q5TA 4AB5A 4LZ5A 3G3JA 1R6ZA 3PMXA 1FTMA 1UIUA 3OOAA 4AB6A 2PYYA 1A99A 3C34A 3CFLA 3TDJA 4ESXA 4OEVA 4F19A 4DXBA 2F6PA 3SESA 1I6AA 4JSOA 3U72A 3K00A 3JV9A 4NF4B 1B32A 1OLCA 1URSA 4OTEA 4YB7A 1MY4A 4OHNA 3S4UA 4X1DA 3RT8A 5AA2B 4ZZAA 5FTIA 3FGSA 2XXWA 3GBAA 1CE2A 1ZTYA 3LC8A 2A5TB 4ZEIA 1NNTA 1IXHA 1LFHA 2DQVA 4E0XA 3O6HA 1N84A 4XIGQ 4R73A 1DSNA 4RY1A 3KGCA 4NF5B 2OWTA 4POXA 3M3LA 1QKBA 1OIBA 3SKPA 4F22A 4C1TA 5CI5A 4EF2A 2PMSA 2Z22A 2I4CA 1Y1MA 3QK6A 4OERA 3O66A 3VE1B 2F36A 3H6WA 1A55A 3MVWA 3KN3A 5LOMA 2YJPA 4FAJA 5CMCA 3T9VA 3TUSA 3VLVA 4X9TA 3OEKA 4R75A 2ZYKA 3DLNA 4H5FA 4R2BA 3MPKA 2KLFA 3FJMA 2DOJA 5I56A 4XKRA 2ZMBA 1VFDA 2V84A 3O29A 3QIMA 1ZJLA 3Q28A 4OZ9A 1B51A 4JB7A 1BIYA 1DTGA 3V83A 3JYRA 1IIWA 4G77A 1ELJA 1MRPA 3R26A 3V89B 3PUVE 1YTVA 3IOUA 3MZ9A 1OQHA 3KSXA 3DP8A 4NWCA 3UGWA 4YU0A 4M4GA 3CI8A 2D21A 1NKXA 4U2RA 2Z8DA 3UA8A 2XXHA 4LA9A 4YKJA 1FQDA 4ZEBA 4OFLA 3H06B 3RTFB 2GRVA 2QMWA 4EF1A 3EQ1A 3RNNA 5I59A 1MQGA 1POY1 3KN8A 4NWDA 5CBSA 1B5IA 3CSBA 1FQBA 3HO7A 4G8NA 4KD5A 3TODA 3TMGA 1VR5A 3KFMA 3M8UA 3FZVA 1YCJA 1B3EA 3O6GA 3GXAA 4NF6A 3IB0A 1JVYA 2DXYA 4DLDA 1SYIA 2I49A 1UQWA 4GFRA 4IY5A 3AXFA 3FVNA 2CZLA 3E9XA 4R72A 1MY1A 3HHFA 3KJTA 1S9TA 1USYH 2LAOA 5H8FB 1SI0A 5L9OA 3H6UA 1ATGA 2YLNA 5KCJB 1DMBA 4M1VA 3OO8A 2QMXA 2AYSA 3TTMA 1H44A 4HTGA 1LCTA 3EN3A 5I57B 1P1QA 2Z23A 1IXGA 3T22A 3T93B 3GLBA 5CC2A 1JW1A 2QPQA 3G3IA 1LBBA 3C36A 4U1OA 1NH8A 1B5JA 3OO9A 4G2ZA 4F3GA 4LVQA 3PPNA 4H6DA 1N04A 4H5GA 5KZTA 4QFOA 1PB8A 3PD9A 3UIFA 3VVDA 3O9PA 3OO6A 2HEUA 3FASA 5I58B 2R6GE 4YAHX 3VDFA 2O69A 1Z7ME 2UYFA 3MWBA 5BWJA 2OWSA 2NWJA 3GZGA 2M8CA 4U21A 4FIMA 4GXAA 1B46A 1LAFE 2DE2A 2AIXA 2ZYNA 2PVUA 3SEUA 2R9JA 3K1MA 4HCYA 4R9GA 1P1OA 1WDNA 1SD3A 3TAJA 3MVXA 3IO4A 2REGA 1B4HA 2YPNA 1MY3A 3CVGA 1Y3NA 1B58A 3K6UA 4U4XA 2D3IA 3Q29A 3K01A 3S9MC 4NEDA 4KFQA 3F11A 2IA4A 4RJZA 1MY0A 1QJMA 4ZEDA 1MS7A 2PT2A 1OQGA 4ZEFA 1FCKA 2X7QA 4O3AA 2F8DA 1ZMGA 2GH9A 2HQ0A 1I69A 3IOTA 2DVZA 1N3XA 3OMBA 3H6VA 1Q1KA 4X1BA 5EHSA 1MDQA 2X26A 1N7XA 5DVJA 2P2AA 5CRYA 4ISUA 3L6HA 4NTLA 2DWHA 3D4GA 1POTA 5K2YA 3BKIB 3VVEA 1GTKA 2PX1A 4RK2A 2F78A 1EU8A 2H98A 5ELVA 1FQCA 3JZJA 2X7PA 5DEXB 4QSDA 2ZNUA 3I5OA 1D9YA 4ONYA 1MM7A 3H7MA 4HCWA 2QJEA 3SETA 4IO5A 5M2VA 2I6EA 2I3VA 5DVIA 5I2KB 3OXNA 3TELA 2XX8A 1US5A 4LQ2A 2O6AA 4GIZA 2THIA 1VFEA 3FV1A 3UORA 1NL5A 3K1PA 4F1YA 1GV8A 4K3FA 1FTJA 1P1NA 1I6BA 4FATA 2ZNTA 1TT1A 2DWAA 1S50A 3G7WA 3CIJA 3ILTB 3EF7A 3VXBA 2OK2A 3T9HB 3LR1A 1MH4A 1GR2A 3K6WA 1SQYA 2QS3A 2Q8JA 4EXLA 4QSCA 2BJJX 2G93A 4KCCA 1JETA 1B3HA 4FE8A 1CB6A 3VXCA 3E4RA 1JQFA 2V3UA 1BKAA 3N6UA 4ZS9A 3OO7A 3PMVA 3RN8A 1D4NA 5CM6A 2UVHA 3PUZE 3VV5A 2QS2A 3B6WA 2QSXA 4TLMB 4F18A 3D4CA 3V8XB 3CR9A 5H8SA 4POWA 4YMBA 4U1ZA 1DTZA 3WAEA 1MXVA 4EDPA 2CMOA 3HPIA 2XXPA 4YMAA 1IXCA 1GVCA 1XOCA 4GVOA 1BP5A 3LSXA 1AOVA 4MLVA 4Q0CA 4NF4A 4F31B 4KI0E 5FTHA 3UN6A 4EQ9A 1MDP1 4FEDA 3U1OA 3QYTA 4F39A 3LSWA 4PP0A 5AA2A 3MVYA 3IB2A 5AA4A 4P11A 4JXIA 1SI1A 3K4UA 3ONMA 1MQJA 3RLFE 4DIGA 3I6VA 2V93A 5AA4B 1XHYA 2A5TA 3CFXA 4ZZEA 4C0RA 3QXMA 5H8HB 3ZSFA 1NNPA 4DCYA 2UYEA 4NF5A 5TPAB 3PMWA 4AQ4A 1SW5A 2DVCA 3I3VA 3C35A 4R2FA 2Y7WA 4BLAA 3KOTA 3UP9A 2FA7A 1B5HA 1NMUA 1QW0A 2XHDA 1JNFA 4NF8B 3N26A 5ICQA 4WXJA 4LQ5A 2PT1A 2VOZA 5FHMA 4FJPA 1B3LA 2H4IA 3T9XB 3MQ9A 1JVXA 2QRYA 3IORA 4ZECA 1LAXA 1NH7A 4IB2A 3E13X 3HV1A 4F3BA 3IOWA 4G68B 2V3QA 3H6TA 2NUVA 3IOVA 5H8NB 3B6QA 1SW4A 1B7UA 4WKMA 3C33A 4L17A 4RPOA 4LZ8A 4H8IA 5HBCA 1I6QA 3ODBA 3SEWA 3QUFA 2RC9A 2IEEA 3K6VA 2H25A 5JTYB 5HPQA 3W9WA 2V25A 3TTKA 5ITPA 1BLFA 3HCQA 4KYDA 1SDXA 3B6TA 5CBRA 2HZKA 1N76A 3U92A 2XXYA 3EHUA 4QFNA 2F7AA 4ZEKA 2OCUA 4IO7A 5I2NB 3G3FA 5EYFA 1JEVA 3FVGA 3L6GA 4UACA 3TPAA 4OETA 3VFJA 3W9VA 1IZ1A 3FD3A 4I62A 2G29A 1SVXB 3C4MA 1B3FA 1LB9A 5H8FA 1TFAA 2ABHA 1B52A 2XXUA 5KCJA 5TU0A 4LUBA 2XX9A 1A8EA 3LBSA 2UXAA 2RF1A 5I57A 1B7ZA 4JWYA 2O7UA 4F3PA 4QFKA 2Q2CA 1MXUA 1UTBB 1ZKBA 2WKYA 1HSEA 3MP8A 2DE3A 4R6HA 2VD2A 1RKMA 4QFPA 1B6HA 1NNFA 4XTCQ 3CSGA 3PPPA 2OBGA 1LAGE 5K2XA 1Y3PA 1B05A 3R7XA 5ISUA 3H3GA 1HSLA 3PUWE 1B7HA 5I58A 2I0CA 1WVJA 4I1DA 3A09A 1EZPA 2VGQA 1ANFA 4PE5B 4G68C 1LLSA 1XVXA 4H1XA 5JK4A 3RQTA 4PQJA 2PBWA 3RPWA 4ZE9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1N0T A;  1MQD A;  1NFT A;  3QAX A;  3A3U A;  4GRK A;  3IO6 A;  1GGG A;  3MBP A;  3N6T A;  1FTK A;  4MFI A;  2I58 A;  3TZA A;  2DS9 A;  3TQW A;  3DP6 A;  4Z7E A;  4KYS A;  1B3G A;  1TWY A;  4FEC A;  4XKQ A;  4YB5 A;  1H3D A;  2QL3 A;  4MBP A;  3A3C A;  2OLB A;  1IUD A;  3PV0 E;  1USY E;  1D3K A;  2F6G A;  3TFL A;  3K0V A;  3ZKL A;  2VHA A;  3CG1 A;  5CMK A;  2I0B A;  1PEB A;  3RTW B;  1N3W A;  3U94 A;  4TLL B;  4RYA A;  3SEX A;  1B9J A;  1Q35 A;  1Y9U A;  4GXS B;  2W7Y A;  3RUM A;  3K2D A;  1M5F A;  3V5A A;  5AE4 A;  2GFE A;  1IEJ A;  1T0K A;  4HS7 A;  1UIV A;  4BDM A;  1TFD A;  4R6Y A;  1R9Q A;  2B3B A;  1MPC A;  3Q25 A;  2AL4 A;  2O84 X;  2I3W A;  4O3B A;  3KBR A;  3G3K A;  3S2V A;  2I48 A;  3EPE A;  1O64 A;  5J1D A;  3PUX E;  4PET A;  3VVF A;  1XC1 A;  4LON B;  4JDF A;  2Q2A A;  5TP9 B;  2F7B A;  1QUK A;  4IO4 A;  2XXI A;  4OFO A;  4O3C A;  4RNS A;  1NNK A;  1VE4 A;  5DTB A;  4H67 A;  4IO6 A;  4ECF A;  2O7I A;  4R74 A;  1OVT A;  4FOR A;  2QS1 A;  3FJ7 A;  4OEU A;  4ZDM A;  4PFY A;  3N5L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1A8EA

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