1A8EA

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Two high-resolution crystal structures of the recombinant N-lobe of human transferrin reveal a structural change implicated in iron release.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
total genus 107
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8eA02
3H4ZA 1B7ZA 4QFNA 4ZZAA 2OK2A 3V5AA 1CE2A 3IX1A 3IOTA 4LZ8A 1QW0A 1B5IA 4NF6A 4O3BA 4EUOA 2YJPA 3DM0A 4U4XA 1XT8A 3M8UA 1NH7A 3JV9A 3S9NC 4DZ1A 2QMWA 1MXUA 2OLBA 4NMYA 1SVXB 5ELVA 2A5TA 5CRYA 1F9BA 1I6BA 5I2KB 4R75A 4LVQA 3RY3A 4LA9A 3S9EA 1GGGA 3U8QA 4IY5A 5DEXB 1B3GA 4IO4A 2F7BA 1II5A 3K1MA 1B05A 3OD7A 3LSXA 2GH9A 1US5A 2B3FA 2NOOA 5FHNA 3M3LA 4HCYA 5CBSA 1M5EA 2NWJA 1MPCA 1J1NA 2P0SA 3E9XA 3PU5A 4F3BA 1OVBA 2F35A 4ZZEA 4F22A 1XVYA 2YLNA 1P1NA 4H6DA 4YB6A 2Q88A 3QXMA 3TKDA 1PB7A 5KZTA 1EZOA 2P1SA 5FHMA 2B65A 1D3KA 2DE2A 1Y3NA 1PEBA 4FECA 5IAIA 1N7WA 5DVIA 4OQOA 1YCJA 4QFPA 1B52A 2Z8FA 4YMBA 3N6UA 4ZEKA 1MM7A 4H8IA 5H8HB 1QUIA 5F7VA 1B46A 4EQ7A 4OHNA 2ZYKA 2VP1A 4C1UA 4JXIA 1DPPA 3FGSA 4U22A 2PMSA 3G3IA 5H8QA 1LAFE 3QK6A 1TFAA 3MP8A 5FTHA 4XIGQ 1I6AA 2DVZA 4TLMB 3FJ7A 1R9LA 3ILTB 5IKBA 1LB8A 4PE5B 4OYVA 4WEPA 1T0KA 1AMFA 4GF8A 1MM6A 4DIGA 1OQHA 4M4GA 2Z8EA 2Q8JA 3QSLA 1IQ7A 1OMPA 3MZBA 5TP9A 4H1XA 1QVSA 3OELA 3KGCA 3SEUA 1B40A 1LAHE 2V25A 4ECFA 1I6QA 3E3KA 1FQDA 4JWOA 1MH4A 2HZKA 2P2AA 1PC3A 3O28A 5H8FB 3SEVA 4AQ4A 5EHSA 1ZJLA 1LLSA 2DE4A 2VHAA 4TLLB 3TCHA 3OO8A 2LAOA 3FV2A 5DYHA 3MZ1A 3PPNA 1YAEA 4G8MA 5AA2B 3C36A 2Z8DA 1PB8A 2Z23A 3U1OA 1WDNA 1B3LA 5J1DA 3GXAA 1TT1A 3C35A 3JZJA 2E1SA 3KJTA 1NFTA 4R74A 3FVGA 4KYSA 1ZKBA 2FA7A 4H0WA 4I8CA 4RPNA 3O29A 4WKMA 3FATA 5A5XA 3WAFA 3WAEA 2DQVA 1QUKA 4H8JA 4YB7A 3O6GA 5I57A 4QSDA 3VLUA 4R9GA 1MXWA 3U93A 2I58A 5AA4B 3O2AA 1MG1A 1BIYA 2GFEA 2XXTA 1EH3A 2V93A 1Y20A 4I62A 1M5CA 1UQWA 3PMWA 2V3UA 3VVFA 2KLFA 4U23A 2ONSA 4POWA 5K2YA 1NNKA 2W7YA 3ZKLA 2AIXA 4F31B 5AA1A 3TYHA 3PUVE 3G3HA 2O7IA 4GLIA 1ZU0A 2DP8A 2UVIA 5JK4A 5HM4B 1NKXA 3S2VA 3BKIB 1LAGE 3UA8A 1Z7NE 1H3DA 5HBCA 4ZE9A 3FXQA 2I3WA 4QRZA 2ZXTA 5CM6A 3T9XB 1JVYA 1ELJA 2AL4A 4GD5A 2Y7WA 3B6QA 1BP5A 5CMBA 1AOVA 2VOZA 4OTEA 4KQPA 2I4CA 4ZDMA 1OVTA 1URDA 2XXQA 2DWJA 4JWYA 3K4UA 3EPEA 4H65A 1N76A 2XXUA 5H8NB 4FATA 3TFLA 1MXXA 3TODA 3GLBA 5AA2D 1DMBA 2F6GA 4PFTA 2FNCA 1O64A 4Q0CA 1B51A 3RGYA 1FTLA 2UXAA 4BDMA 1MQIA 2PT2A 2UYFA 3PUYE 1AH5A 3USDA 1FCKA 2H4IA 3H6UA 1QKAA 1BLFA 3KFMA 3R6UA 4Z0IA 4ZECA 4XKRA 1CB6A 4DLDA 1SYIA 3C34A 2OCUA 4GXSB 4NF6B 3ECRA 2F5XA 3CSGA 3KN3A 4NWDA 1MDP1 4AB6A 4FE8A 4Q5TA 1IXIA 1MQGA 2BJJX 3H06B 2ABHA 2R9JA 2A5TB 4R6KA 1S9TA 3TEPA 4F29A 4GOTA 5I56A 4G2ZA 2H99A 1MY4A 4IO5A 3ZKKA 4KHZE 4F1VA 3MAMA 4K3FA 1Q1KA 4KYDA 2I48A 3FVNA 2XXIA 3P7IA 4Q30B 2Y7KA 4YZZA 1MRPA 5I84A 4U4SA 1UTBA 1O7TA 2F7AA 2XD3A 3CR9A 4OVJA 1Y4TA 2HXWA 3K1NA 1ZBMA 5F1QA 5I2NA 3SETA 3FJMA 4OMBA 1WVJA 3VVDA 4NF8A 1MH3A 1MQJA 3PPQA 3Q28A 1LB9A 4MFIA 1ANFA 2PVUA 2ZNSA 4DXCA 3MWBA 4G8HA 1JEUA 2XXPA 4YB5A 2HZLA 2XX8A 3HCQA 1B5HA 4DXBA 4ONYA 1LFIA 2RC7A 2REGA 4O3CA 4E0WA 2I4BA 4GL0A 1EZPA 1JW4A 4OFOA 3QIMA 3EHUA 4BDQA 1MS7A 1URGA 3UORA 3KG2A 2DYXA 3PD9A 2OJTA 1A8EA 4HS7A 2VD2A 3CFZA 1Q35A 1SI1A 5H8QB 2R71A 3HV1A 4GRKA 3KN7A 3IO6A 3TAJA 3W9WA 1LFHA 1DPEA 4Q8RA 5B70A 4UACA 1NH8A 1XOCA 2R6GE 5JTYA 2IA4A 2Q2CA 3N94A 3MBPA 3TPAA 2RF1A 4R2FA 3FXRA 1YTVA 1USYE 3OOAA 3T9HB 3HHGA 3C33A 5TP9B 1QUJA 2Q89A 3I6VA 4TQUQ 1BTJA 5LOMA 3VE1B 4DE8A 1SW1A 4EXKA 4QSEA 3TQLA 1A40A 3MVZA 3FXUA 4EDPA 2Z22A 1VR5A 3IJXB 3VLWA 1MPDA 1N3WA 4G68B 4NF4A 4OXVA 1OLCA 1FW0A 3I3VA 3IL1B 2Y84A 3W9VA 4C0RA 1P1WA 1H76A 2AL5A 3KSXA 4WEDA 4BDRA 2G29A 3MPKA 3H7MA 3CFLA 2Y7PA 1POTA 4JWXA 1Y3QA 3RNNA 1YPNA 4F3SA 3DP4A 3LBSA 2DWAA 1FQFA 1MPBA 2H98A 4YICA 3T9VA 1VFDA 4GVOA 5CMMA 2Y7IA 3TTMA 3H3GA 5I57B 3M3KA 2PT1A 3A3CA 3FJGA 3PMXA 4OFJA 3TMGA 2XXRA 1B0HA 5ICQA 1I69A 4F3GA 2DVCA 1HSEA 3SDFA 3ZS6A 3LUYA 4R72A 3IB2A 5EHMA 3CFXA 2NUVA 1US4A 3VV5A 1N04A 2RINA 4OENA 4ND9A 2O84X 2F6PA 3RN8A 4ESXA 3JYRA 1LFGA 3PUWE 1NL5A 1MXYA 4M1VA 1WODA 3CI8A 3EF7A 3K6UA 4QHQA 5I58A 1B7UA 3L6GA 3DP6A 3D4CA 1M5FA 1JNFA 4GL8A 4P0GA 1SYHA 3E4RA 1IITA 5EYFA 3OEKA 3ODBA 2NXOA 3Q29A 3R7XA 3OO6A 3C9HA 3T66A 4BDOA 2HCAA 1JETA 3CG1A 1SD3A 1USYH 3SEXA 3FD3A 1S7YA 1D9VA 4F2OA 1ZTYA 5DT6A 1FTOA 4GQOA 4PFWA 1EZ9A 3Q25A 3SKPA 4GIZA 1LBCA 4ISUA 5ICTA 3OMBA 2Q9TA 4N6PA 1FQCA 3K00A 3RLFE 5DVJA 2O1MA 1Y3PA 4MH5A 4DCYA 5H8SA 1SW4A 4ELPA 2RCBA 1B1XA 2QSXA 2I49A 1URSA 5H8HA 4E0XA 2XXVA 3OSQA 2M8CA 4L17A 4G8NA 3FVKA 4KFQA 1B4ZA 4TOZA 3G3JA 4OZ9A 5TU0A 3ZSFA 3A09A 3TCGA 3N26A 4EQBA 2H25A 1JEVA 3HSTA 1OQGA 4RJZA 3K6XA 5I56B 1FQBA 4P11A 4OEVA 4U2RA 3RTFB 2CMOA 4FAJA 3CG3A 4EQ9A 3VLVA 2F36A 3KZGA 2Q2AA 4ELRA 4HTGA 3QYTA 1A99A 1IUDA 1UTBB 3M3FA 4F39A 5KCJA 1N84A 2XHDA 2XXXA 4DCXA 5I2NB 1JQFA 4G4PA 4NF8B 3KOTA 1ZMGA 1B3EA 4I1DA 4KYEA 3HPIA 1UTHA 5TPAA 1QJMA 3EQ1A 4PP0A 3VXCA 4MLVA 4OWDA 4LUBA 1LBBA 4OEUA 5L9SA 1N7XA 1RYXA 3TQWA 2GRVA 1OLAA 4OETA 1GV8A 4G77A 1A54A 1MXVA 3QAXA 3W15C 2ESNA 3LSLA 3MQ9A 3CVGA 4THIA 3LR1A 2X26A 1LAXA 2VGQA 1IXHA 1P99A 3LSFB 4U1ZA 2UVJA 3MP6A 1JVXA 4KCCA 1PB9A 1Y1ZA 4LZ5A 2RC8A 4FORA 4IO3A 4EXLA 3IK6B 4H5FA 1H44A 4NEDA 5L9MA 4ELOA 1SQYA 4KR5A 5I59A 3MVWA 4PFYA 4BDLA 3TZAA 3IAZA 4XXUA 2QS4A 1MQHA 1IXGA 3KN8A 1XC1A 5DVFA 4F19A 1ZIUA 4JB7A 3HHFA 5BWJA 4FIMA 3G3FA 3A3UA 3V8XB 4ZEBA 2E0SA 2DXYA 3RUMA 2QS3A 1POY1 3TTNA 3MPLA 3DP8A 3TTRA 4DDDA 2QJEA 4POXA 1MY3A 1VFEA 1LCTA 1UIVA 4LONB 3VFJA 2YPNA 4ESWA 2F34A 1ZLQA 1VE4A 4GFRA 2V3QA 2GHAA 3QUFA 3IOVA 5CMKA 5DTBA 1XVXA 1FQAA 3AXFA 3K01A 1Y4CA 4MBPA 4NF4B 2NVUB 3FASA 5CC2A 3DELB 3TTLA 1Z7ME 3Q26A 3K1PA 4UA8A 2DWHA 4R9FA 2QRYA 4OESA 1O63A 3TELA 1B58A 3C32A 3BFUA 4F1UA 3T9UA 3B6TA 3TTKA 2QPQA 1SI0A 2PYYA 4ELQA 2O7UA 2ANJA 3H6WA 2XD2A 5KDTA 1R9QA 1MQDA 3PPOA 3MC2A 2ZYNA 5FHOA 1PDAA 3RT8A 1B0LA 3G7WA 3OO9A 1B7HA 1JW1A 3C4MA 4PQJA 3RTWB 3FIRA 3FUZA 4U1OA 1QULA 3UGWA 2OZZA 3IOWA 4IO7A 4RY1A 3MZ9A 1P1QA 4IB2A 1FQEA 1MDQA 3LC8A 1SBPA 1NNPA 5I58B 1L5TA 3MJNA 4C1TA 2DOJA 3S9MC 5HPQA 2QS2A 3TCFA 3PGFA 4RK9A 1DTZA 4OERA 2HFBA 4LQ2A 1B32A 1OIBA 2RKMA 1M5DA 4LP2B 4YKKA 2X7PA 1B3HA 2XXWA 4H5GA 3OENA 4Z7EA 3OSRA 3IB0A 4NF5A 3IB1A 1R1NA 2ZMBA 2OWSA 3L6HA 4YKIA 4WXJA 3UIFA 3K0VA 1A55A 5A5XB 3SERA 1TFDA 3DLNA 3PV0E 4XKPA 1RKMA 5L9OA 2PBWA 2V3TA 1LSTA 4G68C 1PBPA 2O68A 4AB5A 4HW8A 3MVYA 2QS1A 4QFLA 3R26A 1P1OA 3S4UA 4FJPA 4IO2A 1TWYA 1Y1MA 5CI5A 3CIJA 2FYIA 1GVCA 3UN6A 2ZYMA 5ISUA 4GXAA 3D4GA 4BDNA 2GHBA 4ZS9A 1DTGA 2UYEA 5I2KA 3O66A 4R6HA 2A5SA 3EHSA 4H67A 1B3FA 3LSWA 3E13X 5DEXA 5ITPA 2H9BA 4IGRA 1M5BA 4DXUA 4FEDA 4QFKA 4KI0E 3B6WA 3VVEA 4NWCA 4IGTA 1R6ZA 2THIA 4RA1A 5KCJB 4RNSA 1B5JA 1IIWA 2RCAA 3O6HA 1GR2A 3IR1A 2OBGA 3K2DA 4MLQA 2QL3A 2CZLA 2G93A 2O1LA 3SESA 3H03A 1UTHB 2B3BA 2ZNUA 4O3AA 2H5YA 3MVXA 4R2BA 5TPAB 4YKPA 2D5WA 2UVHA 1RYOA 3U92A 3EHTA 3T96B 4G68A 2XXHA 3I5OA 2RC9A 2DXRA 4QSCA 1HSLA 1Y9UA 4MF3A 2D21A 4KPTA 2REJA 2I3VA 3PD8A 3GBAA 1AL3A 2F7CA 4QF9A 3G3GA 3FZVA 3QUJA 1LCFA 1P1UA 2D3IA 3K6WA 3VDFA 2DWIA 3HN0A 3C31A 2ONKE 3FV1A 1SDXA 4JBZA 4JDFA 3HO7A 4JSDA 1A8FA 2F97A 2O51A 4IO6A 4RK2A 2HEUA 4P0IA 4U21A 2Y7RA 1H45A 5CMCA 2DSFA 5CBRA 4HCWA 3OXNA 4YU0A 5B7DA 2O6AA 4X1BA 5I59B 1PBQA 5AA3A 1FTJA 5K2XA 3PPRA 1B1HA 1MY1A 4N07A 2F8DA 3K6VA 3B7DA 3TDJA 2ZYOA 4PETA 4X48A 4PFUA 3G3KA 3PMVA 4JSOA 3VXBA 1B6HA 3PPPA 3K02A 3IO4A 3U72A 4GWOA 4XKQA 1SW5A 4N13A 3KSJA 5H8FA 4OFLA 1JW5A 1VSOA 4NE4A 1UIUA 3OO7A 4YMAA 2I0BA 5ITOA 3KBRA 1NMUA 4IY6A 5L8DA 2WKYA 5AA2A 1BKAA 4R73A 3SEYA 3H6VA 4F1YA 1KWHA 2OWTA 2I0CA 4EF1A 4RXLA 3IJOB 1ATGA 4F3PA 3S9LC 1N3XA 3IORA 1MXZA 2ONRA 4RPOA 4EF2A 4RYAA 1QKBA 5BUUA 1D9YA 3PUZE 1IXCA 3MW0A 1NNFA 1B4HA 3V89B 1GTKA 5KDTB 3CSBA 2VD3A 3T22A 3SEWA 4KD5A 1AIVA 5AA4A 1B9JA 3O9PA 2I6EA 3O6IA 4ZEIA 4QFOA 1EU8A 2UVGA 3ILUB 2ALUA 1MY2A 4LZ7A 3Q27A 2F78A 5JTYB 1HSJA 4ZEDA 4ZEFA 4BLAA 3RPWA 1LGBC 3KEIA 2HAVA 3EN3A 4LATA 1A7LA 3UK4A 2XX9A 2XX7A 4YAHX 1XHYA 3N5LA 2XXYA 2PX1A 3MUQA 1D4NA 1FTMA 1IEJA 4R6YA 3T93B 3THIA 5FTIA 4X9TA 2O69A 4FEBA 4NTLA 3BBRA 3OEMA 4LQ5A 3O97A 5JEIA 1MY0A 1DSNA 4ZE8A 3N6TA 5AE4A 1N0TA 2ZNTA 1NNTA 2HAUA 3PUXE 3MP1A 3H6TA 2X7QA 2DE3A 1SW2A 4F18A 3GBBA 4YKJA 3KJ7A 2IEEA 3F11A 3RQTA 4F2QA 1IZ1A 3UP9A 3ONMA 3V83A 5H8NA 3RT6B 4NF5B 1S50A 1FTKA 4XKNA 2AYSA 2QMXA 2DS9A 2V84A 5M2VA 1B2HA 4XTCQ 3TUSA 4KCDA 3GZGA 1DOTA 3CRBA 1XS5A 3FVOA 3U94A 3KOSA 1TXFA 2HQ0A 3IOUA 3BFTA 1H43A 4X1DA 4I9DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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