1A8EA

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Iron transport
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
publication title Two high-resolution crystal structures of the recombinant N-lobe of human transferrin reveal a structural change implicated in iron release.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8eA02
4HTGA 1PB8A 1SI0A 4U4XA 1UIUA 1ELJA 4LZ5A 4YKIA 3PPQA 2DE3A 4X1BA 3PD9A 2OWTA 3RPWA 4IO6A 1A8FA 4LZ8A 4GL0A 3LSFB 3KGCA 3UA8A 1ATGA 2FA7A 2D3IA 3MQ9A 2F36A 4O3CA 2OZZA 2Q2AA 1EZOA 2DSFA 2F5XA 2O7IA 3SEYA 1LFHA 3LSLA 4F18A 5CMCA 1O7TA 4GL8A 2XX9A 3FJ7A 2ONKE 3LUYA 3O29A 3EN3A 3FATA 1TFDA 2IA4A 3ODBA 3U72A 1NKXA 3QUFA 4QFNA 1POY1 5B7DA 4OHNA 5H8FB 3MPLA 2E1SA 2HZLA 4KD5A 1B4ZA 4ESWA 5AA2B 2QS4A 1M5CA 4DXUA 4N13A 1Y1MA 3KOSA 3TTRA 1B51A 4H5FA 1NMUA 2F7CA 3IL1B 3KZGA 2BJJX 3IOUA 4C0RA 2HAVA 4BDMA 1DPPA 3U93A 4Q0CA 2H9BA 2DQVA 1LCFA 3OO8A 4RA1A 3GBBA 3OMBA 4G2ZA 4R2BA 3T9VA 3O28A 1TFAA 2ZMBA 5CMBA 3T96B 3MAMA 4LVQA 2XXWA 4NF5B 2O69A 3RY3A 3TQLA 3MVWA 3IORA 1SW4A 1A7LA 2XXXA 1B4HA 1MQDA 3B6WA 1O64A 2P1SA 2VOZA 3KOTA 3CG3A 4DCXA 3MP1A 2QL3A 1P99A 1LSTA 4UACA 3MPKA 1HSEA 3VLUA 1IXGA 4EF1A 3FV1A 4OFOA 1R9QA 1EH3A 1B52A 1B5HA 4H67A 1B3GA 3H7MA 3QK6A 1I6BA 5I59B 3FASA 4GVOA 1SQYA 1OQGA 3K6VA 3PGFA 4NF6A 1PB9A 1MRPA 4IY6A 2XD3A 2XXQA 3D4CA 1LFIA 1MXXA 1SW1A 4QSEA 1H45A 4OMBA 5I2KA 5KCJA 1S7YA 4EUOA 3OEKA 3H3GA 3M3LA 2DYXA 1N0TA 1VR5A 4XKQA 1YCJA 2A5SA 1MQHA 4N6PA 5I56B 2DWAA 3T9HB 2I6EA 1MY4A 4FIMA 3IK6B 5CMKA 1A8EA 4U21A 4F3GA 3DP4A 1RKMA 4EF2A 1T0KA 3PUXE 3MP6A 4PFUA 1LAHE 2HCAA 4QSCA 3OOAA 4MBPA 1N84A 3ONMA 2UVHA 2XXRA 3I5OA 4XKPA 4I9DA 2Z8DA 3E3KA 3UK4A 3ILUB 4LATA 2QS3A 4DIGA 2F34A 1AIVA 5H8SA 4F29A 3S2VA 2VD2A 3FZVA 1NNTA 1TWYA 4R74A 4U4SA 4TQUQ 3N6TA 1N7XA 1HSJA 1N3XA 4QSDA 1VFEA 3CIJA 2F35A 3BFUA 2O1MA 2F97A 1MS7A 1XHYA 3G3GA 4U23A 5L9SA 3TFLA 2DE2A 2XXPA 2RC9A 1MXWA 5H8NA 3UIFA 1FTLA 3VVDA 5JTYA 3MVXA 3QIMA 3FIRA 2GRVA 3IJXB 2E0SA 2NUVA 2QJEA 3K02A 4IO7A 1JW4A 2Z23A 3L6HA 3KJTA 1XT8A 3LSWA 4POXA 4EQ9A 3TYHA 3K01A 4GOTA 3SEVA 1QKAA 2NWJA 1ZKBA 5A5XB 3O66A 1LGBC 2H4IA 1Y4CA 1YTVA 4ELPA 1M5DA 1YAEA 3RT8A 4F31B 5AA1A 3EHUA 1WVJA 5KZTA 3P7IA 4QHQA 2XXUA 5DVFA 1MM7A 3BKIB 4G77A 4OESA 3IO4A 1SI1A 1FQBA 3TAJA 4FEDA 2ZYNA 2V3QA 3M8UA 4P0IA 4MLVA 3Q26A 3PMWA 2VP1A 2V84A 3K6WA 1UTBB 1B05A 3SEUA 4BDLA 3IJOB 3IOWA 3I3VA 4YB5A 2DOJA 2B3FA 4IB2A 4G8HA 4IGRA 2XHDA 1FW0A 3H6UA 5DVJA 2ONRA 4NE4A 1ZMGA 4RPNA 1MDP1 3C36A 1BTJA 4Z0IA 2PMSA 1EU8A 2ALUA 2R71A 2Y7PA 4QFLA 2NVUB 2Y7IA 3RTWB 4EXKA 1R9LA 1LFGA 1ZTYA 1JW5A 2F6GA 4X9TA 4PFWA 2X7QA 4C1TA 5I58B 1N3WA 2DXYA 3CI8A 1Z7NE 2UVGA 4PQJA 2PT1A 1H43A 4OVJA 4GXSB 4N07A 1XOCA 1H3DA 3E4RA 2HXWA 2DWJA 2FYIA 3JV9A 4THIA 2HFBA 4DCYA 3CFZA 4I62A 4Q8RA 2UVIA 4LA9A 3HSTA 1OQHA 1RYOA 4ZEBA 1Y3QA 4IY5A 4WEDA 5H8QB 4R73A 5CMMA 5I57A 3OD7A 1GV8A 1IIWA 4OZ9A 4XXUA 5KDTB 2R9JA 1SW2A 1UTHB 4I1DA 5ELVA 3I6VA 5LOMA 4R6HA 1MG1A 4AQ4A 5CRYA 1EZ9A 4K3FA 3N94A 3PD8A 1VFDA 1MQGA 2VD3A 3K0VA 1GR2A 3FVKA 1SYHA 2O1LA 4RK9A 2I49A 1PBQA 4KR5A 2REGA 4KYEA 3PPNA 1F9BA 4NF8B 1J1NA 1B7ZA 1M5FA 3ZSFA 4P0GA 1II5A 3C4MA 1JNFA 3U94A 1Y1ZA 1PEBA 5H8HA 3JYRA 3MZ1A 2DWHA 4FJPA 1OVTA 1AH5A 3IX1A 2DVCA 3G3IA 4NTLA 1AMFA 2B65A 3IOTA 5ICQA 2QMWA 3TTKA 4GIZA 3THIA 1N7WA 3TDJA 4HCWA 5FHNA 3PUVE 3OSRA 4RNSA 4ZS9A 1ZJLA 4GD5A 2RCBA 4ZEDA 3Q25A 2OJTA 2O7UA 3TKDA 4YKKA 5CI5A 1OLAA 3CSGA 5TPAB 4JB7A 4F1YA 4I8CA 4ZZAA 2ESNA 2O68A 4EQ7A 1S9TA 3RT6B 1VSOA 1IEJA 3CR9A 4DXCA 3EHSA 1ZIUA 1SYIA 1B32A 5EHSA 3RNNA 1N76A 2Q88A 3K00A 4QF9A 1SBPA 4H65A 4PFYA 1IXIA 2RKMA 2ZYOA 3O6GA 3FJMA 4JWOA 1B0HA 1QUJA 1LAXA 1IXCA 2IEEA 4WEPA 3RQTA 3K6UA 3BBRA 3T9XB 3N26A 1LCTA 3FXQA 4M4GA 1ZBMA 4MFIA 2G29A 3EPEA 1P1WA 4H6DA 4JSDA 2YPNA 4QFKA 1I6AA 4NF4B 1P1NA 3HV1A 4R6KA 2ZNTA 3KEIA 1Q1KA 4GRKA 2VHAA 4OERA 2OCUA 3VFJA 3TCFA 3S9MC 3ZKKA 1CE2A 1OIBA 3TUSA 1GGGA 2DVZA 2AIXA 4POWA 2AL4A 4BDRA 4R9FA 4TLLB 1B3EA 1ZU0A 1B0LA 3KBRA 1JVXA 2R6GE 3CSBA 4YB6A 4IGTA 3QSLA 2Y84A 4WXJA 2O84X 4F3BA 4F39A 4FAJA 5I2NB 3VDFA 2D5WA 3VV5A 1ZLQA 2REJA 1I6QA 3UN6A 2QRYA 4L17A 3IB1A 3FUZA 1HSLA 4F2QA 2THIA 1IZ1A 3GLBA 4JBZA 3FV2A 1BKAA 4IO2A 4ZEIA 4OXVA 1URSA 4XKRA 1A55A 2GH9A 3FJGA 1RYXA 5TU0A 3CVGA 5DEXB 3KN8A 3W15C 1B5JA 4NWDA 3DP8A 3MVYA 1WODA 3PMXA 3CG1A 3MZBA 2DWIA 2A5TB 4R2FA 5BUUA 5H8FA 2QS1A 4ELRA 4G68C 5FTHA 3IR1A 1KWHA 3UP9A 4RXLA 5AA2D 3S9NC 5AA2A 1MH4A 3C32A 4BLAA 2XXIA 1IXHA 2B3BA 3T66A 3TZAA 5AA3A 1B1XA 4EQBA 4F3PA 1LAGE 3F11A 1FTJA 3C31A 3B6QA 1NH8A 2XXVA 4BDOA 2FNCA 4C1UA 3TTMA 3RTFB 2XX7A 3Q28A 1LBCA 3G3FA 4M1VA 5TP9B 2W7YA 4ND9A 4R75A 1B3HA 2H98A 4P11A 3PV0E 1H76A 2XXTA 2F6PA 2DE4A 1B9JA 1AOVA 2H99A 3KFMA 5FHOA 2I4BA 4OYVA 3O9PA 3G7WA 4PP0A 4ELOA 2I3WA 4G8MA 4NF5A 3S9LC 1SD3A 4XTCQ 4LQ2A 1N04A 3N5LA 3ZS6A 3E9XA 3SDFA 5DT6A 3MC2A 3PUZE 3T22A 2ANJA 1MQJA 4RK2A 1QVSA 3OELA 4DLDA 3U8QA 1O63A 3KJ7A 5AA4B 1FTOA 1D3KA 3S9EA 1LBBA 3W9WA 1TXFA 2XXHA 4BDQA 5ICTA 1L5TA 5ITPA 4OFLA 1MQIA 2Z22A 4BDNA 5I59A 1I69A 4F3SA 4JXIA 5I2NA 4HCYA 5HBCA 2Y7RA 2M8CA 1FQAA 3OENA 2OBGA 3CRBA 4KYDA 1NL5A 5ITOA 4GFRA 3ECRA 4ZEKA 3PMVA 3V8XB 1XC1A 2V93A 1UIVA 4U2RA 4FORA 1B58A 3C35A 3CFLA 1NFTA 1MY1A 5EHMA 2V3TA 4OEVA 3R6UA 5I56A 4Q30B 2OLBA 1FQDA 1DSNA 3A3CA 1DOTA 3MBPA 4LUBA 1B46A 5J1DA 1NNPA 2F7BA 1US4A 5F7VA 1A40A 1QUIA 4H5GA 1QJMA 3WAEA 3BFTA 4Z7EA 1URDA 1FCKA 3ZKLA 1QW0A 1Y20A 5B70A 1D9YA 2NXOA 1XS5A 3LC8A 2QS2A 4OETA 3PPOA 2Q9TA 1M5BA 4U1ZA 4AB5A 3K2DA 4KI0E 3PUWE 4GF8A 2ZYKA 4YU0A 3PPPA 1US5A 4UA8A 4E0XA 2Q89A 1P1UA 4ELQA 3FVOA 3MW0A 3FVGA 2PBWA 3RLFE 1LB9A 3B7DA 3OSQA 1DPEA 4U22A 3H4ZA 1FQCA 1FQFA 3H6WA 1CB6A 4ZEFA 1B7HA 2GHBA 4FEBA 1MXVA 2HZKA 2Q2CA 3O2AA 5K2YA 2CMOA 2ZXTA 1PC3A 5DTBA 2P0SA 3GZGA 1UQWA 1YPNA 3TMGA 5A5XA 1MY2A 4O3BA 3PU5A 5IAIA 4RY1A 3O6IA 4OEUA 1AL3A 3B6TA 3MZ9A 1MDQA 5JEIA 2F78A 1B1HA 1JEVA 2O6AA 2D21A 3TODA 1QUKA 3DM0A 3FVNA 3KSJA 4KYSA 1USYE 2YJPA 3SKPA 1UTBA 1R6ZA 3V5AA 4ZDMA 1FTKA 3TCGA 4ECFA 4ZECA 1MPDA 4H8JA 3EHTA 2O51A 3H6TA 1A99A 2CZLA 4OFJA 3HHFA 4NF6B 4YKJA 1Y4TA 2RINA 2X7PA 2Y7WA 3C34A 4RPOA 3IO6A 4ZZEA 2OWSA 3K6XA 1M5EA 5CM6A 3JZJA 5I2KB 4LQ5A 1OLCA 4KPTA 5KCJB 2H25A 1Y3NA 2OK2A 4DZ1A 2P2AA 1Y9UA 3KSXA 5FTIA 3EF7A 2XD2A 4R72A 2WKYA 3FGSA 5I58A 4JWXA 1EZPA 2I0BA 3HPIA 4X1DA 4ZE8A 3DP6A 2RC7A 1MXZA 5K2XA 1B3FA 3IB0A 1OMPA 3U1OA 1D9VA 3QYTA 2AYSA 4OENA 1PBPA 3TPAA 2I0CA 3RUMA 4OQOA 2RCAA 1B6HA 3KG2A 4JWYA 3IAZA 1OVBA 1MY0A 3A09A 1P1OA 2NOOA 3PPRA 2UXAA 2DP8A 5H8QA 3HN0A 3M3KA 3SEWA 3LBSA 4QRZA 5KDTA 5AE4A 4H0WA 2Z8FA 1UTHA 3EQ1A 3K1PA 4YMBA 3HO7A 4Q5TA 2Y7KA 4PFTA 1VE4A 3PUYE 1B5IA 1GTKA 4KCCA 2I48A 5H8NB 3OXNA 3V83A 2I58A 5JTYB 4KQPA 1P1QA 3WAFA 4NF8A 3VE1B 4HW8A 4AB6A 1MM6A 2ZNUA 3C9HA 3VXBA 2QMXA 3O97A 4IO3A 4IO5A 4OWDA 4ZE9A 1NNKA 3MP8A 3G3KA 3SERA 2HEUA 5L8DA 4R9GA 3FXRA 3FD3A 1SDXA 3T93B 2I3VA 4F22A 3TEPA 3ILTB 5HPQA 2UVJA 1ANFA 3H06B 3VVFA 5HM4B 3H6VA 1GVCA 3OO7A 1TT1A 1D4NA 2VGQA 4ISUA 3H03A 1JETA 2ABHA 2GFEA 4XKNA 4JDFA 5TPAA 2PX1A 2QSXA 1DTZA 4IO4A 1MPCA 4KHZE 4DXBA 1XVYA 4H1XA 4FECA 4QFOA 4U1OA 2V3UA 1WDNA 4MLQA 4F1VA 3IB2A 1Z7ME 1SW5A 4OTEA 1QULA 4YZZA 3K1NA 1QKBA 3TTNA 1DTGA 3RN8A 3L6GA 2YLNA 3RGYA 5I84A 3HCQA 2KLFA 4O3AA 2H5YA 4F1UA 4LONB 1PDAA 5M2VA 1JW1A 4E0WA 1MXYA 4EXLA 2DXRA 3VVEA 1LB8A 4DDDA 1BP5A 1LAFE 3UGWA 3KN7A 5CC2A 3G3JA 4G68B 4TLMB 1SVXB 3OO9A 1NNFA 3Q27A 4F19A 2Q8JA 4NF4A 2RC8A 4X48A 1FQEA 1LLSA 2F7AA 3AXFA 1BIYA 1Q35A 3U92A 4YKPA 1H44A 4NMYA 5I57B 4FATA 1PB7A 4ESXA 4MF3A 3LSXA 3GBAA 3MWBA 2X26A 3VLWA 4ONYA 2I4CA 2G93A 3M3FA 1MH3A 1JEUA 3QXMA 2PVUA 3DELB 3OEMA 2HQ0A 4YICA 4GLIA 3SEXA 3IOVA 3TTLA 3CFXA 2PYYA 3V89B 4G4PA 2QPQA 1DMBA 1MY3A 3SESA 3E13X 3OO6A 3GXAA 4XIGQ 4GWOA 3TCHA 2PT2A 4YMAA 3W9VA 3R26A 1R1NA 1FTMA 5H8HB 4WKMA 5DEXA 3QUJA 4LP2B 2HAUA 4KCDA 2XX8A 4PETA 4MH5A 5ISUA 4PE5B 4R6YA 4GQOA 2A5TA 3QAXA 2F8DA 5BWJA 1BLFA 1USYH 3MVZA 4RJZA 3R7XA 3TELA 3FXUA 3T9UA 3MJNA 4H8IA 4GXAA 3TQWA 5FHMA 3N6UA 3DLNA 4TOZA 1JQFA 5DVIA 4FE8A 5CBSA 3MUQA 3K1MA 1S50A 5CBRA 1A54A 2UYFA 2XXYA 1JVYA 2Z8EA 1B7UA 5TP9A 2LAOA 1MPBA 5IKBA 4JSOA 1IITA 4G68A 4NWCA 2DS9A 4NEDA 4LZ7A 3LR1A 5L9OA 3G3HA 1B40A 4KFQA 3O6HA 4HS7A 1MXUA 2AL5A 1XVXA 2GHAA 1POTA 3C33A 1IQ7A 3D4GA 2ZNSA 3S4UA 5JK4A 3UORA 2UYEA 2ONSA 3KN3A 3SETA 3VLVA 4RYAA 5DYHA 3USDA 5EYFA 1NH7A 5AA4A 3HHGA 4YAHX 2RF1A 1IUDA 4G8NA 1B3LA 2V25A 5F1QA 4QFPA 5L9MA 4DE8A 1Y3PA 1B2HA 2ZYMA 1URGA 3A3UA 3Q29A 4YB7A 4EDPA 3VXCA 3K4UA 4F2OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G0IA 4HTGA 1PB8A 1SI0A 4U4XA 4NHBA 1UIUA 1ELJA 4LZ5A 4YKIA 2FHYA 3PPQA 2DE3A 4X1BA 3PD9A 2OWTA 1KZ8A 3RPWA 5IZZA 4IO6A 1A8FA 4LZ8A 4GL0A 1NV5A 3LSFB 3KGCA 3UA8A 1ATGA 2FA7A 2D3IA 3MQ9A 2F36A 5I7IA 4O3CA 2CZKA 2OZZA 2Q2AA 1EZOA 2DSFA 2F5XA 2O7IA 3SEYA 1LFHA 3LSLA 4F18A 5CMCA 4QBAA 1O7TA 4GL8A 1IMDA 4H45A 2XX9A 3FJ7A 2ONKE 3LUYA 3O29A 3EN3A 3FATA 1TFDA 2IA4A 3ODBA 4GX6A 3U72A 1NKXA 2JJKA 3QUFA 4QFNA 1POY1 5B7DA 1NV3A 4OHNA 5H8FB 3MPLA 2E1SA 2HZLA 3MSTA 4KD5A 1B4ZA 4ESWA 5AA2B 2QS4A 4GBWA 4GWUA 1M5CA 4DXUA 4GWYA 4N13A 1Y1MA 1CNQA 2XWVA 3KOSA 1EYIA 3TTRA 1B51A 4H5FA 1NMUA 3FBPA 2F7CA 3IL1B 3KZGA 2BJJX 3IOUA 4C0RA 2HAVA 4BDMA 1DPPA 3U93A 4Q0CA 2H9BA 2DQVA 1LCFA 3OO8A 1IMAA 4RA1A 3GBBA 3OMBA 3EKIA 4G2ZA 4PDDA 4R2BA 3T9VA 3O28A 1TFAA 2ZMBA 5CMBA 3T96B 3MAMA 4LVQA 2PFZA 4NF5B 1RDYA 2XXWA 2O69A 3RY3A 3TQLA 3MVWA 3IORA 1SW4A 5ET7A 1A7LA 4MAGA 2WBDA 2XXXA 1B4HA 1MQDA 3B6WA 1O64A 2P1SA 2VOZA 3KOTA 3CG3A 4DCXA 3MP1A 2QL3A 1P99A 1LSTA 4UACA 3MPKA 1HSEA 4N8YA 3VLUA 1IXGA 1NV0A 4EF1A 4MHFA 3FV1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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