1A8FA

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe
Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (36-42)AH2 (45-54)S1 (5-11)AH1 (13-28)O4 (9-48)O6 (118-194)TI13 (283-286)TI1 (31-34)TIV1 (55-58)S13 (250-254)TVIII3 (254-257)S3 (59-62)TIV13 (290-293)O7 (137-331)TII3 (121-124)AH3 (64-71)AH10 (317-328)TVIa1 (72-75)TIV11 (255-258)TIV2 (73-76)S4 (77-87)TIV14 (292-295)TI15 (296-299)S5 (90-92)TI2 (87-90)AH8 (260-274)S12 (244-247)TI8 (183-186)S10 (223-227)S6 (94-102)TIV10 (198-201)TII1 (102-105)AH6 (188-197)TI10 (227-230)O1 (105-107)TI3 (108-111)TII2 (112-115)S7 (117-119)S9 (202-206)TIV4 (124-127)TIV6 (154-157)S8 (157-158)TI4 (125-128)AH4 (129-134)3H1 (136-138)O2 (141-143)O3 (144-146)3H2 (168-171)AH5 (147-153)TI5 (164-167)TI7 (180-183)TII4 (159-162)TIV9 (172-175)TI6 (171-174)TII5 (174-177)TVIII2 (181-184)3H3 (210-212)TI9 (206-209)TIV15 (293-296)TI14 (287-290)AH7 (217-221)S11 (231-234)TI11 (234-237)AH9 (311-315)S14 (299-304)TIV12 (279-282)TI16 (306-309)TIV3 (109-112)TIV7 (163-166)TII6 (275-278)3H4 (238-240)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
publication title Two high-resolution crystal structures of the recombinant N-lobe of human transferrin reveal a structural change implicated in iron release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
total genus 107
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8fA02
4TLMB 3PMVA 3IB2A 3S2VA 1B9JA 3TZAA 4RXLA 4PFYA 3O9PA 1MQGA 1IXIA 1DMBA 5IAIA 2Z8FA 4H65A 3EF7A 4ZS9A 3HHGA 3MP8A 3E3KA 4OEVA 1LSTA 1H3DA 5M2VA 1NNPA 3W15C 1SDXA 4OEUA 4TOZA 3CR9A 5KDTA 1JW5A 1FTJA 5JTYB 2O1MA 3G3GA 3EQ1A 4NF4B 4Z0IA 4GOTA 4HCYA 1LFHA 3IB1A 1D9YA 4AB5A 4ECFA 3A3UA 3M3LA 3FD3A 3MBPA 4H1XA 1JVYA 3IK6B 3N6TA 1LAXA 3IOUA 5DT6A 3U94A 4KCCA 2ALUA 3FVKA 4N07A 2F34A 4U2RA 5L9MA 2E0SA 3VVEA 1B3HA 3JV9A 4X9TA 1LCTA 3IOVA 3RNNA 3U8QA 1MPBA 5FHNA 1PB7A 4ND9A 4R9FA 4OZ9A 4DZ1A 1JVXA 4U21A 5CMKA 1UIUA 1B46A 2I3WA 4GQOA 2RF1A 2RKMA 1MXWA 1DTZA 1A8EA 1SYHA 1SI1A 1B52A 3CI8A 4IY6A 1SW1A 1A7LA 1SYIA 4QSEA 2ESNA 1MQIA 3PPRA 1B7HA 1LB8A 3OENA 3SESA 5CC2A 1H44A 2DOJA 3CFLA 1NH7A 3MC2A 2H98A 3Q29A 4F2QA 3W9WA 1JW1A 4OFLA 3ILUB 2F35A 4U23A 4GIZA 2ZYKA 5DVIA 4ISUA 2HAUA 1B5IA 3K1MA 3U1OA 1M5EA 5I59A 3MVYA 4LP2B 1MY4A 2ONSA 1B3FA 1HSJA 3V89B 4UACA 3QUJA 2W7YA 1JETA 3EHUA 4IO3A 3K1NA 3T93B 2V3TA 2Y7KA 2V3QA 3CRBA 2HEUA 3T9UA 1I69A 3FZVA 1BLFA 1EH3A 1A40A 1F9BA 2RC8A 4YB5A 3TAJA 3K02A 4XKPA 1TFAA 1L5TA 1JNFA 4F22A 4I1DA 3PUVE 1MM7A 3OEMA 4POXA 3S4UA 4YB6A 3RT8A 3R26A 4DCXA 3JYRA 3O6HA 1JEUA 1MG1A 5ITOA 5I59B 2RINA 1M5DA 1JEVA 1FCKA 4DE8A 5FHMA 1HSLA 2P2AA 3KFMA 3C32A 3C34A 3PMWA 1T0KA 2DVZA 2VOZA 3W9VA 1P1WA 4FE8A 1LBBA 4LATA 1FTOA 3MVZA 3MP1A 3PGFA 3GBBA 2GHBA 2ZNUA 1MY3A 5H8SA 3M3FA 1O63A 3IX1A 1GGGA 5H8NA 1P1QA 4XTCQ 2BJJX 4JDFA 1MQJA 3TTMA 2X26A 3SETA 3I5OA 2O1LA 4EF2A 4F1VA 2RC9A 3OO7A 3VV5A 2WKYA 1FQFA 2F78A 3VXCA 1OLAA 4R73A 1TFDA 1M5CA 4OHNA 3UGWA 1B7UA 2Y7WA 4KFQA 2F97A 2DYXA 3KN7A 1DPPA 4ELRA 1FQBA 2RCAA 1GVCA 5EYFA 3B6WA 3RTFB 2I49A 2ANJA 2H99A 5DEXA 4EQBA 1OIBA 3K6XA 1M5BA 3FVNA 5EHMA 4KI0E 4OERA 5ICTA 4IY5A 1B0LA 1N76A 5H8NB 5KCJA 1ELJA 4R9GA 2I0BA 3EHSA 5HPQA 4DXCA 1XC1A 1Y1ZA 4QRZA 4OETA 5I58A 3U92A 2NVUB 3CVGA 4F3SA 3UP9A 2DWAA 3FJMA 4JWOA 3KJTA 3PUYE 3H4ZA 1B32A 4KPTA 4N13A 4DIGA 3VVFA 1VR5A 2F8DA 2Q88A 3LBSA 4IO2A 2R71A 3VFJA 4YAHX 1RYXA 3G3IA 2F7CA 4PP0A 1QUKA 1FTKA 2XXPA 3O2AA 1USYE 3HO7A 5BWJA 3D4CA 2O7IA 4ZZEA 1OVBA 2AYSA 4MH5A 4KR5A 3T66A 4F3GA 5DEXB 4FATA 2O69A 3DP8A 5L8DA 3A3CA 4BDRA 4EQ7A 1DTGA 1SW4A 1PEBA 1BIYA 4JSOA 5KCJB 2O7UA 3K4UA 3S9NC 1ZKBA 3CFXA 3K6VA 4P0GA 4RY1A 4OXVA 2X7PA 1URSA 2VHAA 1XOCA 1CB6A 3FJGA 5CM6A 1IZ1A 1UTBA 2Z8EA 3RN8A 4YICA 3KEIA 4OWDA 3BKIB 1LFIA 5IKBA 3MQ9A 5J1DA 3DM0A 1NMUA 4LA9A 1SVXB 4QFNA 2NOOA 1MPDA 1TWYA 3PUXE 2UVHA 1QKAA 4LVQA 5I56B 2XXVA 3LUYA 4NE4A 2HZLA 1NL5A 4QFPA 4NF5A 1B4HA 3RPWA 4IGTA 1MH4A 3MVWA 1MQDA 5JK4A 3HN0A 5A5XA 4OQOA 2I4BA 1XS5A 1UQWA 4H5GA 2F36A 3RY3A 4GWOA 2X7QA 3MUQA 3WAFA 1CE2A 5AA3A 3SEXA 1UTBB 2VP1A 3S9LC 1YTVA 3KN3A 5H8QA 5DTBA 2PX1A 5I57B 3Q28A 4G4PA 4TLLB 4GVOA 1KWHA 2NUVA 3BFTA 3K2DA 1N7XA 1I6AA 3C31A 3SEWA 3VLWA 1IITA 5DVJA 5A5XB 1Y1MA 4ZEDA 2QS1A 3ZKKA 2XXWA 2Z22A 2R9JA 1EU8A 1AH5A 5K2YA 3PD9A 3VLUA 4Q5TA 2CZLA 2XXIA 3USDA 3QK6A 3IR1A 1I6QA 4YKIA 4OENA 1ZIUA 5CMBA 4F1UA 1SBPA 4POWA 2P1SA 5L9SA 4BDNA 1B5JA 1LFGA 3O6GA 5H8QB 1R1NA 3FXUA 3OELA 2I3VA 1LCFA 3MP6A 4C1UA 1GTKA 1UTHA 3UORA 2Z23A 3MW0A 3G3FA 1MXZA 1SW2A 1H43A 2YPNA 3OXNA 4ESXA 4H67A 3B7DA 3O29A 4YKKA 2B65A 3SERA 3VVDA 4ZECA 3GBAA 4XIGQ 3OSRA 2HAVA 1MY2A 4WEDA 2ZMBA 5FTHA 3OD7A 1D3KA 1B5HA 5KDTB 3UA8A 4PFWA 3CSBA 4H8IA 3SKPA 1LGBC 4OYVA 2P0SA 4GRKA 2Q89A 4KHZE 3DELB 3H06B 1Y3NA 4GXAA 3OO6A 4WEPA 3FATA 3FIRA 3HCQA 1IXHA 1VFEA 4MFIA 3PPNA 1Y4TA 4R72A 3UK4A 3EHTA 4E0XA 3IOTA 2XXTA 1Y9UA 4XKNA 1GR2A 2XX7A 1D4NA 3F11A 2DP8A 3Q26A 4WXJA 2XXYA 1MY1A 1B1HA 4X1BA 2IA4A 4F29A 2F6GA 2QPQA 4GL0A 3QXMA 3H6WA 4G68A 3ODBA 4RNSA 4FEDA 1I6BA 3MPLA 4G68C 3IL1B 4PFTA 4BLAA 3P7IA 3LSFB 1POY1 2HZKA 4YMBA 2H5YA 4R2BA 4ELQA 4NEDA 2PT1A 3ZKLA 3UIFA 4LUBA 1DSNA 4G8MA 1IQ7A 3FV1A 1JQFA 3H03A 3IAZA 5BUUA 3TQLA 3PPPA 3QSLA 3AXFA 2O68A 3VE1B 1WDNA 2QJEA 3CG3A 2HXWA 1IEJA 2QRYA 1XHYA 3K6UA 3HPIA 2G29A 1J1NA 2Q8JA 5B70A 1BP5A 4F19A 4DLDA 5AA4A 3TUSA 1ZLQA 1FTMA 3IOWA 1SI0A 2GFEA 4HS7A 4NF8A 1US4A 4JWYA 4AB6A 2Q2AA 3K1PA 3MZBA 3SEVA 3N94A 3TCFA 1TT1A 2XXRA 1Q1KA 2Y7RA 2H9BA 2GRVA 3SEYA 2CMOA 1A55A 1VFDA 1OQHA 3ONMA 2UVIA 3IB0A 2UVJA 5H8HA 3H3GA 1QVSA 1AOVA 5FHOA 2QSXA 4BDOA 1N3WA 2Y7PA 3TDJA 2I58A 1MQHA 1S50A 2HQ0A 5AE4A 1O7TA 1N0TA 5TPAA 4ZEIA 5L9OA 5AA4B 2REGA 3C33A 2D3IA 1FQEA 5AA2D 2DS9A 3H6VA 2GHAA 4NF8B 1ATGA 3A09A 5F1QA 3PPOA 4G77A 3MAMA 2Q9TA 1SW5A 5HBCA 4EF1A 2YJPA 4ZE9A 4GD5A 4ZEFA 3WAEA 2I48A 1B3EA 2FNCA 1UIVA 4KYDA 2D21A 1IIWA 4DXUA 3IO6A 2O51A 4EUOA 3LC8A 3TELA 3D4GA 4H0WA 2NXOA 3MWBA 5H8FA 3TTRA 3T9XB 4R74A 4Z7EA 4ONYA 3GLBA 4HCWA 5H8HB 3G3JA 3KBRA 3MZ9A 3N5LA 4P0IA 2DWHA 2QL3A 1ZMGA 2PMSA 5K2XA 2DVCA 4U1ZA 3RQTA 5AA2A 4KD5A 5TPAB 3ZSFA 4LQ2A 1A54A 3JZJA 3KSXA 4FJPA 2DQVA 2G93A 1SQYA 4AQ4A 1P1OA 5CBRA 5CRYA 4H6DA 3RLFE 4QSCA 3TTNA 2DE3A 2FA7A 4QFOA 3V5AA 1MXUA 1Y3QA 1QULA 3IORA 2XXXA 1ANFA 5DYHA 1XT8A 2XX9A 5TU0A 1VE4A 4XXUA 1P1NA 3ILTB 4EQ9A 1ZBMA 4QFLA 3V8XB 3THIA 1B40A 4HW8A 4ESWA 1EZ9A 1QJMA 5I58B 4YKPA 1BTJA 4M1VA 3VDFA 1A99A 4QF9A 2LAOA 3OSQA 1URDA 3TCHA 2QS4A 5AA2B 2F5XA 3ZS6A 4Q8RA 5ITPA 4GF8A 5F7VA 3MVXA 2QS2A 4JSDA 3K6WA 4U4XA 1FQAA 4ELOA 2DE2A 5I2KA 4DCYA 1R6ZA 5KZTA 2OWTA 1GV8A 1O64A 2NWJA 3L6GA 4DDDA 4U4SA 4NMYA 4QSDA 3IO4A 4YU0A 3ECRA 4JBZA 2XXQA 1Y4CA 5AA1A 3I3VA 3FASA 1N04A 5JTYA 4IO7A 2O84X 4LQ5A 1B58A 4I62A 1IUDA 3KJ7A 5CBSA 4F2OA 1DPEA 2ABHA 1MM6A 1PB8A 1N3XA 2FYIA 2V25A 4H8JA 5HM4B 1R9QA 4NTLA 3DP4A 5I2KB 4WKMA 4ZE8A 4NF5B 2V93A 2O6AA 5ICQA 4O3AA 5DVFA 2DSFA 3KSJA 2A5SA 3H6UA 2AIXA 3T96B 3EPEA 1MPCA 3IJOB 4M4GA 2OLBA 3IJXB 1B3GA 5TP9A 4MBPA 3OO9A 3T9HB 3N6UA 1B7ZA 4PQJA 2VD2A 2XXHA 2R6GE 5FTIA 1B1XA 2F7BA 2RCBA 1RYOA 4ZEKA 1PBPA 1B51A 4THIA 3QUFA 3B6TA 2REJA 3PUZE 1P1UA 2DXYA 1Z7NE 2XX8A 1Y3PA 4F18A 1YPNA 3FV2A 3O28A 1DOTA 1POTA 4X48A 1OVTA 2OBGA 2UVGA 2OK2A 3CIJA 2UYEA 3E13X 1B0HA 1B6HA 2OCUA 3BBRA 2ZYOA 4ZEBA 5CI5A 2PVUA 2UXAA 3V83A 3GXAA 2QS3A 2DWIA 3QYTA 1PBQA 2PYYA 1AIVA 1LAHE 2I6EA 4UA8A 2V3UA 2Z8DA 4OMBA 4YB7A 5TP9B 4G8HA 2XXUA 4BDQA 4BDMA 5LOMA 5I2NA 1AL3A 4HTGA 4MLVA 4ZDMA 1MDQA 1NH8A 4GL8A 3K0VA 4MLQA 4NWDA 3C35A 2QMXA 1P99A 1QW0A 1PB9A 3G3HA 2I4CA 1IXGA 4GFRA 1UTHB 3N26A 2B3BA 1JW4A 3TMGA 3O66A 3E9XA 1NNTA 2HCAA 4RYAA 3SDFA 2OWSA 3C4MA 1M5FA 3BFUA 1MXVA 4GXSB 1MS7A 2AL4A 4FEBA 1RKMA 3FGSA 1LAGE 5JEIA 4KYSA 4Q0CA 2UYFA 1US5A 4G2ZA 4G8NA 2Q2CA 1N7WA 1FQCA 1H76A 2ZXTA 1TXFA 4JXIA 4IO5A 4U1OA 3U93A 5I84A 1LLSA 5I2NB 4F31B 2AL5A 4F3BA 4NWCA 4YMAA 3FVGA 3QIMA 4IO4A 1YCJA 2PT2A 4XKQA 3O6IA 3S9EA 1H45A 4LZ5A 2D5WA 3T9VA 3CG1A 4NF6A 2XHDA 3PV0E 1YAEA 4FECA 1BKAA 4KCDA 3UN6A 1A8FA 4R6KA 1Z7ME 1MRPA 3RTWB 3FXQA 2F6PA 2ZYNA 4LONB 3FXRA 2E1SA 4OVJA 3TKDA 2ZNTA 5ELVA 1D9VA 4H5FA 3C36A 4IGRA 4G68B 2DXRA 1IXCA 2KLFA 3T22A 4ELPA 1OMPA 4U22A 1Q35A 3U72A 1WODA 3OOAA 4R6HA 1NNFA 1PDAA 4E0WA 1EZPA 4O3CA 3E4RA 3M3KA 2XD2A 4QFKA 4I9DA 4C0RA 2Y7IA 3RUMA 2GH9A 2Y84A 1MXXA 3PU5A 4NF6B 3S9MC 4EDPA 1FQDA 4RJZA 3CFZA 3VXBA 1ZU0A 3K00A 4QHQA 4DXBA 1N84A 3H6TA 1NFTA 1MXYA 2F7AA 4OESA 1S7YA 4N6PA 5EHSA 1EZOA 4BDLA 3I6VA 4FORA 4X1DA 4YZZA 3OEKA 1USYH 2IEEA 1ZTYA 4KQPA 2B3FA 3RGYA 4PE5B 1B2HA 3HHFA 3TPAA 2M8CA 4OTEA 3O97A 3LSXA 3Q25A 3KOTA 4R2FA 4RK2A 2ZYMA 1XVYA 4LZ8A 1HSEA 3EN3A 3L6HA 4OFOA 3VLVA 2ONKE 4OFJA 4GLIA 3LSLA 3PMXA 1QUJA 2YLNA 3FJ7A 3DLNA 3PPQA 1QUIA 3M8UA 4LZ7A 3TEPA 1NNKA 3TYHA 4F39A 1XVXA 4R6YA 4YKJA 5CMCA 3MJNA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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