1A8FA

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Iron transport
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
publication title Two high-resolution crystal structures of the recombinant N-lobe of human transferrin reveal a structural change implicated in iron release.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8fA02
4NEDA 1B1HA 4U4SA 3QSLA 4JSOA 5BUUA 3A3UA 2PBWA 5DT6A 3T9UA 3UK4A 2XXQA 2Q89A 4MH5A 4OFOA 3DP8A 4ELRA 1IUDA 2Z23A 2KLFA 3EHUA 1L5TA 3ZSFA 1B9JA 3ODBA 3K6XA 2XXRA 3EHSA 3BKIB 4K3FA 3T9XB 3O2AA 4OQOA 3EN3A 1FTKA 4XXUA 3VE1B 1DPEA 3QAXA 1B3HA 1VE4A 4F3PA 5TU0A 1XT8A 4N6PA 3M3KA 5CC2A 1AMFA 4RPNA 1FQCA 5CMBA 5B7DA 3U93A 3RUMA 2RCAA 1S50A 4AQ4A 5L9OA 2OJTA 3ZS6A 1Y4CA 3C33A 3LR1A 5AA1A 1SW4A 3IOVA 4PFTA 5H8FA 3IAZA 1A99A 1MXVA 3U1OA 4QSCA 1EH3A 4EQ7A 5I59A 1LFHA 4POWA 3O97A 1RKMA 2P2AA 2O7IA 1PBQA 2F97A 2Q8JA 2NVUB 4TOZA 1Q1KA 4TQUQ 4F1YA 1LAGE 4EF1A 1A55A 3N6UA 4WEPA 1FQBA 3FASA 3SEVA 5JTYA 4Q30B 2R9JA 3C4MA 4R74A 5F7VA 2UVHA 3TYHA 3MPLA 4F19A 1LAFE 2Y7WA 1BKAA 4PETA 2UYEA 2XXPA 1ELJA 1XC1A 4X1DA 4ECFA 4EXLA 4R2FA 3AXFA 3QXMA 1B3FA 2QJEA 3OELA 3UGWA 3GBAA 1VFEA 1M5EA 3VDFA 1LB8A 2Q2CA 2Z8DA 1MQGA 3CFLA 5LOMA 4NE4A 2YJPA 5FHNA 3OEKA 4POXA 1OLCA 2ALUA 3KJTA 4ISUA 4DCXA 2V3UA 4R72A 4IO7A 3V89B 1ZKBA 3FXQA 3TKDA 4F1UA 3E3KA 3KG2A 4ZE8A 3C34A 4OERA 3G3HA 3GBBA 4Z7EA 4E0WA 2A5SA 4QSDA 4JSDA 1B0HA 2Y84A 2GHAA 2M8CA 3MBPA 2QMXA 5L8DA 1A40A 1H3DA 3M3LA 3MVXA 3QUFA 5JEIA 3CFZA 2HZKA 2R71A 3B6QA 2ONRA 3KFMA 3SEUA 3FXRA 5I84A 1B1XA 4DE8A 2A5TA 4R6YA 4KFQA 3LUYA 4FORA 4OFJA 5H8FB 1GVCA 5ICQA 4KR5A 3TTLA 2AYSA 4ZEKA 1B4HA 5I59B 1I69A 2OLBA 4R73A 3IOUA 3HPIA 4I8CA 4O3CA 4U22A 2HXWA 3EHTA 4EDPA 4G68C 1DMBA 1YPNA 2F8DA 4MLVA 3SEYA 2GRVA 4F22A 4GFRA 3MZBA 4OENA 2QMWA 1MRPA 1NNPA 3OO9A 5JTYB 3H06B 3F11A 3MP8A 1CB6A 2DE2A 1XS5A 2Q88A 4ZZAA 4G8HA 2RKMA 4GOTA 3E9XA 5I58A 1Y3QA 2OBGA 3FD3A 3MAMA 3Q25A 2I3WA 1AIVA 2H4IA 3UA8A 4ESXA 4R6HA 2XHDA 3PPQA 1B6HA 2HAVA 3CSBA 5K2XA 1P99A 4THIA 2QS2A 3VV5A 3MZ9A 4BDNA 3A09A 3BFUA 4BDMA 1N04A 3IOWA 5CBSA 4KD5A 2HAUA 3PMVA 1R6ZA 4LZ7A 1SI0A 5B70A 3O6HA 1URSA 3W9WA 3IO4A 5KCJA 2GHBA 3DM0A 4LZ5A 3VVDA 1BLFA 1MY1A 3S9MC 3SETA 4ZS9A 4OEVA 4OMBA 1NFTA 3IL1B 4AB6A 1MXWA 4U1ZA 1H45A 4N13A 3IK6B 4OTEA 1Y3NA 4JWYA 4TLMB 3V83A 1MM7A 2CMOA 2Y7PA 3L6GA 2ESNA 1IZ1A 3EPEA 3I5OA 2IEEA 2UVGA 4DXCA 5H8NA 3I3VA 4F3GA 2PVUA 4ELPA 1GV8A 3A3CA 4G8MA 4MBPA 2HEUA 2W7YA 5AA2D 4F3BA 4F3SA 3FVOA 1H43A 2OCUA 4OWDA 3C32A 4XTCQ 4FAJA 4GQOA 1B5JA 3ONMA 4F31B 5DYHA 3S9EA 5KZTA 3G3JA 1RYXA 3KOTA 3RPWA 2F7AA 4XKPA 2D3IA 1Y20A 3TUSA 1I6BA 4YAHX 4NTLA 3MW0A 1FQEA 3HN0A 3TPAA 3KJ7A 5FTIA 2I3VA 2V3QA 1LCTA 2PX1A 4UA8A 1ZJLA 5DEXA 3U8QA 3C35A 2F36A 3G3IA 4OXVA 2ZNTA 1M5BA 1XVYA 2O1LA 5CM6A 3G3FA 3MUQA 3H6UA 5EHSA 4ZEBA 4G8NA 1ZU0A 5L9MA 1UIVA 2GH9A 4R9GA 2HFBA 1DTZA 1D9VA 4NF4B 3O9PA 2VGQA 3RTWB 3T9VA 2PYYA 2B3BA 3MQ9A 4MFIA 4ELOA 4FEBA 4JDFA 2RCBA 4YKJA 1MPDA 4U1OA 1EU8A 1B52A 1A8EA 1OQGA 2H25A 4GF8A 3K1MA 2DP8A 2DXRA 4BLAA 1LBBA 5KCJB 4KYDA 1B7UA 3OO6A 1VSOA 4FATA 5AE4A 3JYRA 2I48A 1MQDA 1NNFA 1P1UA 1SW5A 1MPCA 2NWJA 1Y1ZA 3KN8A 1DSNA 4RY1A 4C1UA 3USDA 3THIA 3U92A 4BDLA 4GVOA 4EUOA 1FW0A 3KZGA 4R6KA 4YZZA 1R9QA 3RLFE 2Y7IA 3GLBA 5H8NB 1LB9A 2F78A 2HQ0A 5EYFA 3PPNA 3SDFA 2O6AA 3VLWA 2XXHA 4GL8A 4LONB 1SVXB 4QHQA 1LLSA 1UTBA 3G3GA 4YKKA 3HCQA 1MXUA 3U94A 1P1OA 4KCDA 1JNFA 3JV9A 1IITA 1I6QA 1QUKA 4G2ZA 1N7WA 1FTLA 1S7YA 4DLDA 1JETA 4X1BA 3T93B 3H6TA 1Y9UA 4LQ5A 4QSEA 4BDOA 2I49A 3HO7A 2AL5A 4DXUA 4OHNA 1US5A 4FEDA 2RC7A 3P7IA 3OO8A 1MDP1 2DS9A 1MH4A 2I58A 1MPBA 4RK9A 2QS4A 4GXSB 5ITPA 1ATGA 1NMUA 3K02A 5DEXB 1LFGA 4IO4A 2D5WA 2F6GA 1B3EA 4RA1A 4F2OA 4H8IA 5K2YA 2XXTA 3KSXA 1US4A 5A5XA 1D3KA 1ANFA 4FE8A 1CE2A 3OEMA 3KEIA 4JWOA 4QFOA 3FV1A 3LSLA 3IB1A 5CMKA 2O7UA 3ILTB 3O28A 2FA7A 2ZMBA 4LA9A 3N6TA 2ZNSA 4QFKA 2I6EA 3RT8A 5L9SA 4M1VA 3ILUB 1TFAA 2THIA 4KYSA 3WAFA 4OESA 4GLIA 4OFLA 3FVNA 2Y7KA 1Y1MA 4HW8A 1ZIUA 2O69A 1URDA 1B46A 3OOAA 4YKPA 1KWHA 4ND9A 3IORA 2IA4A 3K4UA 3Q29A 4Z0IA 1BP5A 1OMPA 4LVQA 5F1QA 4YU0A 1NNTA 1AH5A 2DWHA 4HTGA 4IO6A 4H67A 3KGCA 1USYE 3FV2A 1USYH 1JEUA 2I4BA 1FCKA 1MY2A 2QS3A 3PMXA 3HHGA 1ZBMA 2RINA 3QK6A 3PUZE 5M2VA 1LGBC 1B40A 3TDJA 2VD3A 3E13X 3PUYE 3O29A 4LATA 4AB5A 1FQAA 5I56B 5AA2A 1UTBB 3L6HA 3T96B 3RT6B 4LZ8A 4C0RA 1R1NA 5ITOA 3SKPA 4ZDMA 2I0CA 4RXLA 5I2NA 4X48A 4F2QA 1A8FA 1MY3A 3UORA 3PPRA 1URGA 3SERA 2UYFA 1N3WA 2ZYOA 1S9TA 2F35A 2DE4A 3H4ZA 3MWBA 1FTJA 1A7LA 3R26A 2ZYNA 4I62A 3VXBA 3B6WA 5DVJA 3Q27A 4JWXA 3OO7A 3S2VA 3IR1A 4GWOA 2HCAA 3MZ1A 1II5A 1ZMGA 1XHYA 1PDAA 2H5YA 3S9LC 1Q35A 1SDXA 2YLNA 1D9YA 4RPOA 1O64A 4NF4A 4UACA 5A5XB 3HSTA 3V5AA 1EZ9A 3E4RA 4IO2A 4N07A 4HS7A 1JVXA 4HCYA 3BBRA 3CR9A 4HCWA 2XX9A 1IXIA 1WODA 3C31A 3OXNA 4YICA 3M3FA 4R9FA 3FJ7A 4WEDA 1LSTA 3IB2A 3TTMA 1GTKA 1FTMA 4IY5A 3H03A 4PE5B 1MQIA 4QFPA 2Q9TA 3VVEA 3IJXB 1TXFA 3OENA 1PB9A 1HSJA 5ISUA 2CZLA 1QJMA 2Y7RA 4LUBA 3ECRA 5BWJA 3TEPA 2E0SA 4FIMA 3DP4A 2XXVA 3TTRA 1VR5A 3FJGA 1IIWA 2H98A 4TLLB 3RY3A 2O1MA 1N7XA 4GL0A 4KQPA 3UP9A 1B3GA 1B7HA 1QUJA 4Q8RA 3D4CA 3TQLA 5TPAB 4IO3A 4G4PA 1PB8A 3VLVA 4DDDA 1YCJA 3O6GA 5KDTA 3H7MA 4H8JA 1MM6A 2AL4A 4RK2A 2ONKE 3VFJA 1JEVA 3TELA 1LBCA 2DYXA 2Z22A 5H8HA 4F39A 1B2HA 1NNKA 3G3KA 3K01A 2H99A 4GD5A 5AA2B 2QPQA 4FJPA 3RQTA 1SI1A 1NKXA 1JVYA 2NOOA 4G68A 1QKAA 2OZZA 4OVJA 1BTJA 5I2NB 3TFLA 4EQ9A 1EZPA 2DOJA 1MXYA 4H65A 1A54A 4H5GA 5HM4B 4GIZA 2HZLA 5H8SA 2X26A 3OSRA 3PMWA 1IQ7A 3KSJA 2PT1A 4ZZEA 3CRBA 3DELB 1TFDA 1Y3PA 2RC8A 3UN6A 4PFWA 2DWJA 3BFTA 3K6VA 2I4CA 4YMAA 4MF3A 1PB7A 4OEUA 4IGRA 1B7ZA 4R2BA 5TP9A 3CIJA 4PQJA 1B3LA 2AIXA 1AL3A 4ZE9A 1JW4A 1SBPA 2DVZA 3FGSA 3IO6A 3IX1A 3QUJA 3T22A 3TZAA 1HSLA 4NWCA 1OQHA 2XD2A 2VOZA 2F6PA 3RN8A 3DP6A 4LQ2A 3CG3A 2XXWA 5HBCA 1F9BA 4H1XA 1NH8A 1VFDA 1R9LA 2ABHA 2B65A 1BIYA 1H76A 1MY0A 2VP1A 4U4XA 3CFXA 3K1PA 5CMCA 3K6WA 3LBSA 1POTA 3R7XA 3B7DA 5KDTB 2NUVA 1SYHA 3K6UA 4OYVA 4ZECA 4Q0CA 2X7QA 3PUWE 5I56A 3N5LA 3TCHA 2ZYMA 1IXCA 1P1QA 5FHOA 1J1NA 2X7PA 3CI8A 2UVJA 1MQJA 5HPQA 2XXUA 1UIUA 3CG1A 4ELQA 3C36A 4H5FA 4WKMA 5H8HB 3TCFA 1NL5A 4U23A 1GGGA 1SYIA 4YB7A 3H6WA 1QW0A 3SEWA 1SD3A 1MH3A 4G68B 2Z8EA 1WVJA 2PT2A 2UXAA 2VHAA 3MPKA 4DZ1A 4PFUA 3HHFA 3PV0E 1TT1A 3CVGA 3FATA 1UTHA 1LCFA 4NMYA 5AA4A 2REJA 1MXXA 4F18A 1MG1A 1DTGA 3T9HB 3U72A 4G77A 2D21A 5FTHA 1IXHA 2I0BA 1GR2A 5H8QA 4LP2B 5I57A 3LSFB 2GFEA 2XD3A 4JB7A 2R6GE 3CSGA 2XXYA 3H6VA 1B5IA 4PP0A 4IB2A 1D4NA 3LSWA 1PC3A 4ESWA 3O66A 3LC8A 3LSXA 2BJJX 5TP9B 3Q28A 4NF6A 4BDRA 1OVTA 1LAXA 5AA3A 4P0GA 1MS7A 5IKBA 3PPOA 3MVZA 1T0KA 4YKIA 5DTBA 1ZTYA 3MJNA 1MY4A 5CRYA 3RNNA 1P1WA 1UQWA 4GRKA 1XOCA 1HSEA 5I2KA 3FJMA 4KCCA 3VXCA 3V8XB 2DSFA 3N26A 3KOSA 3PPPA 3RGYA 4JBZA 3HV1A 2XX7A 5TPAA 2XXXA 4GXAA 1OVBA 3TMGA 1QUIA 3MVWA 4DXBA 1WDNA 3VLUA 4IO5A 4XKNA 3EQ1A 2OWSA 5CMMA 4RYAA 2F7CA 2DQVA 3TCGA 4KYEA 1LAHE 2F34A 4KHZE 5DVFA 3GZGA 4QF9A 2V93A 4QFLA 2DWIA 1B05A 1MXZA 1EZOA 3OD7A 5ICTA 1RYOA 1N3XA 1N76A 1MDQA 1IEJA 2OK2A 3Q26A 3MC2A 3TTKA 4NWDA 2ZYKA 3K1NA 3R6UA 2UVIA 4MLQA 4NF5A 3FVKA 4I9DA 3T66A 1LFIA 4U21A 2B3FA 1JW1A 2VD2A 2REGA 3FZVA 5FHMA 1XVXA 3TAJA 2ZNUA 1B4ZA 1UTHB 5JK4A 2QL3A 2XXIA 4XIGQ 4P11A 1PEBA 2ANJA 4JXIA 5AA4B 2P1SA 4QRZA 4RNSA 4QFNA 3PD9A 2QRYA 1SQYA 3MVYA 4OETA 4NF8A 2O84X 3EF7A 4H6DA 4R75A 3PGFA 2V84A 5H8QB 4KPTA 4E0XA 5I57B 1B5HA 4XKRA 3FXUA 3WAEA 2PMSA 3TODA 3DLNA 4YMBA 2WKYA 3SESA 4L17A 1QKBA 2H9BA 1SW2A 3KN7A 4NF6B 2F7BA 3JZJA 1FQDA 2E1SA 3O6IA 1M5CA 2Q2AA 3B6TA 1YAEA 3S4UA 1M5FA 1B0LA 1O63A 1P1NA 2LAOA 3S9NC 4ZEFA 4BDQA 4EQBA 1JQFA 4O3BA 4DIGA 5J1DA 1B32A 1AOVA 3OSQA 3ZKKA 5I2KB 4EXKA 1SW1A 4C1TA 3W9VA 2V3TA 3K00A 4O3AA 1Y4TA 2G29A 5DVIA 1QULA 2YPNA 3VVFA 2ZXTA 4U2RA 3N94A 4RJZA 3FUZA 2RF1A 4I1DA 4DCYA 3FIRA 1TWYA 5EHMA 5CBRA 2XX8A 4XKQA 2F5XA 2QS1A 1IXGA 3FVGA 1O7TA 3PUVE 4ZEDA 4FECA 3PU5A 2RC9A 1MQHA 3C9HA 3QYTA 2A5TB 3ZKLA 4WXJA 4ONYA 1QVSA 3RTFB 2O68A 2FYIA 2DXYA 2OWTA 2V25A 3H3GA 3IJOB 4KI0E 2NXOA 1B51A 1POY1 2ONSA 1Z7ME 4P0IA 2Z8FA 1DOTA 2G93A 2DWAA 3G7WA 1FQFA 1NH7A 4NF5B 2QSXA 4IY6A 4EF2A 4ZEIA 1FTOA 1ZLQA 1JW5A 3MP1A 4YB5A 1I6AA 3PD8A 3PUXE 4X9TA 1B58A 4PFYA 5IAIA 3D4GA 1OLAA 1YTVA 1N0TA 4F1VA 3MP6A 3TTNA 4F29A 3I6VA 1N84A 2DE3A 2FNCA 1Z7NE 3K2DA 1OIBA 1H44A 3KN3A 2O51A 3KBRA 5ELVA 3TQWA 1M5DA 4IGTA 1DPPA 3M8UA 4OZ9A 4M4GA 4H0WA 3SEXA 4NF8B 3UIFA 3GXAA 3IB0A 3IOTA 3K0VA 4YB6A 5CI5A 3W15C 4Q5TA 2DVCA 5I58B 2P0SA 1PBPA 3QIMA 3OMBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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