1A99A

Putrescine receptor (potf) from e. coli
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
QKTLHIYNWSDYIAPDTVANFEKETGIKVVYDVFDSNEVLEGKLMAGSTGFDLVVPSASFLERQLTAGVFQPLDKSKLPEWKNLDPELLKLVAKHDPDNKFAMPYMWATTGIGYNVDKVKAVLGENAPVDSWDLILKPENLEKLKSCGVSFLDAPEEVFATVLNYLGKDPNSTKADDYTGPATDLLLKLRPNIRYFHSSQYINDLANGDICVAIGWAGDVWQASNRAKEAKNGVNVSFSIPKEGAMAFFDVFAMPADAKNKDEAYQFLNYLLRPDVVAHISDHVFYANANKAATPLVSAEVRENPGIYPPADVRAKLFTLKVQDPKIDRVRTRAWTKVKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and mutational analysis of the Escherichia coli putrescine receptor. Structural basis for substrate specificity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Binding protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
total genus 126
structure length 341
sequence length 341
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a99A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a99A02
3R6UA 3KOTA 4JB7A 4C1TA 3D4CA 2ONSA 3O9PA 4N6PA 4THIA 1MXZA 1M5CA 1JVYA 5K2XA 2P0SA 3QSLA 1VSOA 1FTJA 4DE8A 3EHSA 3WAEA 1YAEA 4F1UA 3IOVA 4IO3A 1IITA 2PT2A 2O51A 1SBPA 3N6UA 3UN6A 2VOZA 1B3EA 2OBGA 2AL5A 3SKPA 1EZPA 4P0IA 3O66A 1BIYA 3RQTA 2PT1A 2XXHA 1FQCA 1B7ZA 4G8NA 4G4PA 3TTLA 2CMOA 3SEUA 2ANJA 4RK9A 4GD5A 5TPAA 3V8XB 3CVGA 1Y3QA 4U4XA 4RXLA 1GGGA 3FVGA 1HSLA 4IO6A 4X48A 3Q27A 3U94A 1URSA 4Q5TA 5I58A 1GVCA 4YMBA 4F29A 1SYHA 3USDA 1LLSA 2GH9A 4XKNA 1BP5A 4GXAA 2RC7A 3OD7A 3TQLA 1MDQA 4G2ZA 1ZU0A 2PX1A 4C1UA 2M8CA 2D3IA 3N6TA 4ZE8A 2QS2A 4U23A 1P1WA 4POXA 1S50A 4R74A 2R71A 2F7CA 4X1DA 1US5A 1Y4TA 1MXVA 5H8HA 2Y7PA 4HS7A 3UIFA 3TKDA 3LSWA 3S4UA 5CMBA 3KFMA 3MPKA 1NL5A 5DEXB 4R6HA 1BTJA 2H98A 2XXRA 4G68A 3FXUA 4YMAA 3H6VA 2GHAA 4H0WA 5L8DA 3IOUA 3W15C 3TCGA 1NH8A 4GIZA 4IO4A 4QSDA 2D21A 4G68B 2NUVA 3CSGA 2G29A 1EZ9A 4JWOA 1D4NA 2H25A 3GBAA 1Q35A 2DVCA 2XXTA 4GL8A 1J1NA 3HSTA 4EXLA 3MP1A 5FHMA 5JTYA 3IX1A 3I5OA 3K6XA 1DPPA 4LZ5A 3VDFA 4DZ1A 1B3FA 4FEBA 3TAJA 3P7IA 2Y7RA 3MP8A 4YB7A 1UQWA 3SESA 2YPNA 5JTYB 1NNPA 3Q28A 4FE8A 3BFTA 2THIA 3OO8A 4U1OA 1P99A 2OK2A 3E9XA 2R9JA 2DVZA 3TCHA 4RA1A 4H67A 1M5DA 3MWBA 3LC8A 5KZTA 4XTCQ 4KI0E 3H6UA 1YTVA 4BDQA 2ONKE 1XOCA 1VFDA 5I56B 3IL1B 3PMWA 3U1OA 5B70A 4LONB 2HCAA 3T9HB 2VP1A 5DVIA 4NF6B 2I6EA 1R6ZA 2V25A 1A99A 2XHDA 1S7YA 2Q89A 2Y7WA 3K1PA 1FQFA 1O7TA 4KPTA 3ODBA 2Q88A 3U72A 3RUMA 2QMXA 3DP8A 1B7UA 1N3XA 3BKIB 2Z23A 2H5YA 1QUIA 1SQYA 5AA1A 4F3BA 4IO7A 2V84A 3PD8A 4GFRA 1YPNA 1A40A 2QPQA 1FQEA 3G3KA 3H7MA 4QFNA 3FASA 1II5A 2HEUA 2I4BA 2OWSA 3UORA 3T9XB 4AB6A 1FTMA 2XX8A 3PUYE 3H3GA 1POTA 3OEMA 1RKMA 4PP0A 3T22A 1N3WA 1IXCA 1EH3A 1URGA 2H4IA 5TU0A 5CRYA 3BBRA 3UK4A 1IXIA 2OZZA 2Q9TA 5EYFA 2F6PA 1PEBA 1JETA 2Q2CA 2DSFA 4X1BA 5CBRA 3M3LA 1POY1 5LOMA 2F97A 3PGFA 2UYEA 1US4A 3FJ7A 3VVEA 1JQFA 4LUBA 5L9SA 3VLUA 4YB5A 3PPQA 4QSEA 2ONRA 1B3HA 1B4HA 2X7QA 4QHQA 1SYIA 4XXUA 1BLFA 1JW1A 3TTRA 4F1VA 4R9FA 3VLWA 3TQWA 2ZYOA 4KFQA 4QFPA 2FNCA 4I9DA 3GXAA 4R9GA 5H8NA 4I62A 4Q0CA 3OSQA 3MJNA 3N94A 3N5LA 3EPEA 1B0HA 1AMFA 3RT8A 3OELA 4KYDA 1ANFA 5IAIA 4WEPA 3E13X 1ZBMA 4JSDA 2UVIA 2G93A 3KG2A 3RPWA 1OVTA 5I2KA 2XXWA 1MH3A 4H1XA 2NWJA 2F6GA 4LVQA 5HM4B 4OFLA 4R6YA 1D9VA 4KR5A 3FVNA 2YLNA 3WAFA 5I2KB 3PD9A 1QKBA 5I84A 2XX7A 2B3FA 3QUFA 5I57B 3C34A 4P0GA 3JZJA 3IB2A 4GWOA 2V3UA 3CG1A 3ILTB 1P1QA 4JBZA 1Q1KA 3RT6B 5DYHA 1B46A 3SERA 4YAHX 4EQ7A 1N76A 4XKRA 5HPQA 2XXVA 2I3WA 4YZZA 3SEWA 4KHZE 3O6HA 1H3DA 2RC9A 4IB2A 4F3GA 1VFEA 4HW8A 2XXYA 4OVJA 1WODA 3RN8A 5J1DA 3PMVA 1MXXA 3QAXA 3HCQA 3MVXA 2GRVA 1NMUA 4NF4A 2XD3A 4OEVA 4XKQA 1ZJLA 1EZOA 2O7IA 2RCBA 1B0LA 1FQDA 4POWA 3T9VA 1PBPA 1DOTA 3BFUA 3FIRA 1OMPA 5H8FB 3C33A 1JNFA 2QMWA 2AL4A 4WKMA 4GXSB 3MQ9A 2ZXTA 4FIMA 1DPEA 3KSXA 2UVGA 4EQBA 1LAFE 1B9JA 1LB9A 3A09A 2DS9A 2GFEA 3KN3A 5CMKA 1CB6A 3C36A 3JV9A 4MLQA 5FHNA 2YJPA 2ABHA 2Q2AA 3C4MA 4JWXA 3FD3A 1IQ7A 1MPDA 2UVHA 3KJ7A 4G8MA 2FYIA 4YICA 3MVZA 4RPNA 2B3BA 3CFZA 1YCJA 3O6GA 2O7UA 3HO7A 3KN8A 4F2OA 1N7WA 1O64A 4I8CA 4R6KA 1S9TA 2O68A 1QW0A 3MW0A 1USYE 5AA4B 2RC8A 1SW4A 4K3FA 3PUXE 3TCFA 3GBBA 4DDDA 5I2NA 4IY6A 2E0SA 5HBCA 3ZKKA 1VE4A 2DE4A 3M3KA 3PPOA 2FA7A 3S9NC 1MY1A 5I2NB 3A3CA 4QF9A 1XVXA 2ALUA 1Z7ME 1B51A 1VR5A 4NF5B 2R6GE 3CR9A 4QFOA 1SW5A 4DCYA 4UACA 1SDXA 5KDTB 3HHFA 4GL0A 1LCFA 1BKAA 3MVWA 1MM7A 5TP9B 4GQOA 2PBWA 1JW5A 2QJEA 1FQAA 2HAVA 2UYFA 5BWJA 4FECA 1MY2A 4R2FA 3KSJA 2F8DA 4BLAA 3QIMA 2HAUA 2WKYA 5DEXA 2X7PA 2HZLA 1A8EA 4ZECA 5JK4A 1IIWA 1PDAA 1Y4CA 3G3IA 5A5XB 1JW4A 4R75A 3TTNA 2Z8DA 1Y1MA 4G68C 3N26A 4EF1A 3Q25A 3LSXA 1B05A 1A55A 1B5JA 3LSLA 3V83A 3FATA 4G8HA 4OMBA 5B7DA 1WDNA 1ZTYA 2P1SA 5ELVA 2F34A 2I3VA 1AIVA 2I4CA 2B65A 3T93B 1B3GA 1TFAA 1QKAA 1LAGE 3EN3A 1H44A 1M5BA 2PMSA 4F3SA 3PV0E 1EU8A 3CSBA 4NWCA 3M8UA 2I49A 3CI8A 2DOJA 1SW2A 2X26A 1D9YA 4GLIA 4H5GA 1LGBC 4NWDA 4ISUA 4F19A 5I56A 1PB8A 3SDFA 4EXKA 4EF2A 1OIBA 1IZ1A 1AL3A 3UP9A 4H65A 1L5TA 3VE1B 4NF6A 2DE2A 5KCJA 1Y3NA 1B1HA 4UA8A 3FUZA 3R7XA 1MS7A 3IO6A 2A5TB 5KCJB 2HZKA 3D4GA 3TTKA 4ND9A 4OEUA 1ZLQA 1F9BA 1AOVA 2KLFA 1MQDA 1LB8A 1ZIUA 4LZ8A 2XXQA 4QFLA 1MQIA 4OTEA 4OHNA 4KCCA 1Y1ZA 2Y7KA 4RJZA 3FVOA 1TXFA 3U8QA 3PUZE 2REGA 3EHUA 4ONYA 3S2VA 4OQOA 4H8JA 3KBRA 3SEYA 3RTFB 4EDPA 4AB5A 1RYOA 2O1LA 3VXCA 1MPBA 1SI0A 2DP8A 3TODA 1DTGA 2F36A 4PFTA 3MAMA 2Z8FA 2QL3A 3F11A 4U22A 4O3AA 5H8QA 2Q8JA 1OLAA 3VFJA 1P1NA 1B1XA 1I69A 4H8IA 3O29A 2UXAA 5ISUA 4ELRA 3AXFA 3SETA 2XXIA 2UVJA 5H8QB 1MM6A 4RYAA 2DQVA 1B4ZA 1CE2A 1PB7A 1MRPA 1NH7A 3T9UA 2XD2A 3IB0A 5FHOA 4EQ9A 3H4ZA 4KQPA 2HQ0A 4IGTA 4YB6A 3U93A 1DSNA 4FAJA 2HFBA 4BDLA 3L6HA 2IA4A 1A54A 3RLFE 2NXOA 1SI1A 4GOTA 1QUKA 3OO6A 3LSFB 4OYVA 4U1ZA 4MBPA 3RTWB 1MXYA 4C0RA 4X9TA 3K00A 4BDNA 5H8SA 2ZYNA 3HV1A 3ZS6A 3IJOB 3SEVA 3K2DA 1PC3A 3H6WA 1HSEA 4RPOA 1MY3A 1OQHA 4DXBA 4RK2A 1T0KA 4M4GA 5I57A 3FVKA 4O3CA 2F78A 3QK6A 4ZZAA 4XKPA 2A5SA 3HN0A 3O28A 1JVXA 2PVUA 2OJTA 4TQUQ 2AYSA 4M1VA 5CMCA 1MY0A 3C9HA 2VHAA 1B3LA 2ZYMA 4ESWA 3C32A 2REJA 3MBPA 4JXIA 4NF8B 4F31B 1I6QA 4TLLB 1LBBA 4ZDMA 3I6VA 2VGQA 1P1UA 1NNFA 4GF8A 4EUOA 3TDJA 3VXBA 4YKIA 3K1MA 1H45A 3FXRA 4F1YA 1N0TA 4IGRA 3KEIA 1SD3A 4ELPA 5FTHA 5H8FA 3QUJA 4TLMB 1P1OA 4JDFA 3VVDA 1MG1A 1UTHA 2D5WA 3OMBA 3IR1A 3PPRA 4U21A 3IAZA 1URDA 1MY4A 4NMYA 1UIVA 1UTBB 1PBQA 1UTHB 4OFOA 3K02A 3PPNA 4PQJA 4U4SA 1B52A 1MQHA 1NNKA 2RINA 4L17A 4BDOA 4P11A 1GR2A 2ESNA 4LZ7A 2QS3A 1Z7NE 2XXXA 1B32A 4YKKA 3TZAA 5AA2A 4HCWA 1R9LA 1XT8A 3HHGA 5AA2B 5AA4A 3MPLA 3MUQA 1QUJA 4LATA 1M5EA 2ZNTA 4LQ2A 3K1NA 5AA3A 5DT6A 5DVJA 3V89B 3KGCA 4NE4A 2QS4A 2ZYKA 2RCAA 3MC2A 1FTKA 5ITOA 4DIGA 4YKJA 3QXMA 3B6WA 2IEEA 3VV5A 1N7XA 2F35A 1PB9A 4QSCA 2Z22A 4BDRA 4XIGQ 2DWIA 3O2AA 5DVFA 3IOWA 2V3QA 1IXGA 3RGYA 4ECFA 1GTKA 4OESA 2O84X 4NF5A 3Q26A 1MQJA 2Z8EA 3PUWE 1GV8A 3ECRA 3FJGA 4FORA 1ZMGA 1DTZA 2Y7IA 5KDTA 1OQGA 1Y20A 5TP9A 3IOTA 3QYTA 3VVFA 2Y84A 5EHMA 3CFXA 3MZ1A 2DWAA 3CRBA 2DXRA 5CM6A 3G7WA 3W9WA 4HTGA 5TPAB 4F3PA 1XC1A 1XHYA 1B7HA 4N13A 3O97A 3DLNA 3MVYA 3OO7A 1FTLA 5I58B 1A8FA 4MFIA 1TFDA 2XX9A 2O6AA 3U92A 1MXUA 5A5XA 1RYXA 4OWDA 5CC2A 2DWHA 4OXVA 1LFHA 2LAOA 1LFGA 3E3KA 3KZGA 4E0XA 3H03A 2ZMBA 1LCTA 3G3GA 1LFIA 1TT1A 1FCKA 4F2QA 2E1SA 3EHTA 5H8HB 2V93A 2W7YA 5M2VA 3LUYA 2NOOA 3S9EA 2GHBA 3CFLA 1A7LA 2BJJX 2OLBA 2XXUA 4ESXA 2V3TA 4KYEA 3OENA 1B5HA 1QVSA 4ZEBA 3O6IA 4PE5B 3KJTA 1ELJA 4PETA 3TFLA 3IJXB 5ICTA 2CZLA 4PFUA 2HXWA 3DP4A 3R26A 4TOZA 4E0WA 4WXJA 1TWYA 3PU5A 4FEDA 3EQ1A 3IB1A 4PFYA 5DTBA 2DWJA 3ZSFA 1JEUA 3K4UA 5CI5A 2NVUB 4DLDA 3TTMA 4RNSA 2DXYA 2DE3A 1HSJA 2DYXA 4MH5A 4R2BA 2P2AA 5ITPA 3K6UA 4OZ9A 1FTOA 4BDMA 3MP6A 3ONMA 4QRZA 4F39A 1DMBA 4Q8RA 3GZGA 4QFKA 2O1MA 4KCDA 1MH4A 2RF1A 1LSTA 2A5TA 3K6VA 4GVOA 5JEIA 3S9LC 3TPAA 3FXQA 2VD2A 1FQBA 3DELB 4NTLA 1MXWA 3ILUB 3PPPA 4ZS9A 2O69A 3B6TA 3OEKA 1I6BA 3KN7A 1N04A 1JEVA 5I59A 5AE4A 5F7VA 4MF3A 4LQ5A 4I1DA 4R72A 1WVJA 4OERA 1XS5A 5I59B 3A3UA 5K2YA 1OLCA 2QRYA 3OSRA 3CG3A 1O63A 3FZVA 2H99A 4Z7EA 5L9OA 2AIXA 1MQGA 2F7BA 3CIJA 3PMXA 2F5XA 3FV2A 1B2HA 4WEDA 1Y9UA 1XVYA 1R1NA 4DXCA 3DP6A 4NEDA 3MZBA 3K01A 1USYH 3Q29A 1IXHA 2I0CA 3FGSA 3FV1A 2I58A 4YU0A 3L6GA 2F7AA 3LR1A 4Z0IA 1Y3PA 1I6AA 3OO9A 3THIA 3TMGA 4FATA 4U2RA 1B58A 4ZEDA 1NFTA 4FJPA 2XXPA 1MDP1 4OENA 3C35A 4IO5A 3V5AA 3IORA 3FJMA 2PYYA 3B6QA 4ZEFA 1ZKBA 3UA8A 2OWTA 3SEXA 1IEJA 4F22A 3LBSA 4KYSA 1B5IA 1M5FA 5F1QA 1LAXA 2ZNSA 3G3FA 4G77A 2I48A 1QULA 3G3HA 4LA9A 2RKMA 2QS1A 3K6WA 4R73A 3KOSA 1NKXA 5H8NB 4GRKA 4F18A 2OCUA 3GLBA 3TYHA 3G3JA 2H9BA 4KD5A 3RNNA 1UIUA 3T66A 3S9MC 1IUDA 4NF8A 3OXNA 3JYRA 5ICQA 2QSXA 4IO2A 4ELOA 1FW0A 3K0VA 3DM0A 5BUUA 1QJMA 1NNTA 1KWHA 1B40A 4ZEIA 4O3BA 4IY5A 1N84A 3C31A 1LAHE 1D3KA 4H5FA 4AQ4A 1MPCA 1H43A 4HCYA 3MZ9A 3PUVE 3TEPA 3HPIA 2VD3A 4ELQA 4JSOA 3E4RA 1UTBA 5CBSA 1SVXB 1AH5A 3ZKLA 3IK6B 3W9VA 4ZZEA 1OVBA 4ZE9A 3H6TA 3UGWA 5EHSA 3RY3A 1SW1A 3I3VA 3M3FA 1H76A 1LBCA 1R9QA 4JWYA 4RY1A 4PFWA 4DXUA 5FTIA 1ATGA 3IO4A 4NF4B 4LP2B 4H6DA 3OOAA 4N07A 4OFJA 3T96B 3VLVA 1B6HA 3B7DA 3TUSA 4YKPA 4Q30B 2I0BA 5AA2D 3H06B 3EF7A 4OETA 5CMMA 3TELA 4ZEKA 5IKBA 4MLVA 4DCXA 2ZNUA 5L9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1A54 A;  3RLF E;  2NXO A;  1SI1 A;  4GOT A;  1QUK A;  3OO6 A;  3LSF B;  2Y5L A;  1IME A;  4OYV A;  4U1Z A;  4MBP A;  3RTW B;  1MXY A;  4C0R A;  4X9T A;  2CZI A;  5I5P A;  3K00 A;  4BDN A;  2HXR A;  5H8S A;  2ZYN A;  3HV1 A;  3ZS6 A;  4NGU A;  3IJO B;  3SEV A;  3K2D A;  1PC3 A;  3H6W A;  1FBE A;  4H45 A;  1FPK A;  3E79 A;  1HSE A;  4RPO A;  1MY3 A;  1OQH A;  4DXB A;  1QGX A;  4RK2 A;  1T0K A;  4M4G A;  5I57 A;  3FVK A;  4O3C A;  1EYK A;  2F78 A;  3QK6 A;  4ZZA A;  4XKP A;  2A5S A;  3HN0 A;  3O28 A;  1JVX A;  2PVU A;  2OJT A;  4TQU Q;  2AYS A;  4M1V A;  5CMC A;  4GWY A;  1MY0 A;  3C9H A;  2FHY A;  2VHA A;  1B3L A;  2ZYM A;  4ESW A;  3C32 A;  3GYY A;  2REJ A;  3MBP A;  4JXI A;  4NF8 B;  4F31 B;  4N91 A;  4PGP A;  1I6Q A;  4TLL B;  1LBB A;  4ZDM A;  3I6V A;  2VGQ A;  1P1U A;  1NNF A;  4GF8 A;  4EUO A;  4NHB A;  3TDJ A;  3VXB A;  4YKI A;  3K1M A;  4I40 A;  2F3B A;  1H45 A;  3FXR A;  4GBW A;  4F1Y A;  1N0T A;  4IGR A;  3KC0 A;  3KEI A;  1SD3 A;  4ELP A;  2P3N A;  5FTH A;  5H8F A;  3QUJ A;  4TLM B; 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