1AIVA

Apo ovotransferrin
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKSVIRWCTISSPEEKKCNNLRDLTQQERISLTCVQKATYLDCIKAIANNEADAISLDGGQAFEAGLAPYKLKPIAAEVYEHTEGSTTSYYAVAVVKKGTEFTVNDLQGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLLHRGAIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDPKTKCARNAPYSGYSGAFHCLKDGKGDVAFVKHTTVNENAPDQKDEYELLCLDGSRQPVDNYKTCNWARVAAHAVVARDDNKVEDIWSFLSKAQSDFGVDTKSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPSLMDSQLYLGFEYYSAIQSMRKDQLTPSPRENRIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGDVECTVVDETKDCIIKIMKGEADAVALDGGLVYTAGVCGLVPVMAERYDDESQCSKTDERPASYFAVAVARKDSNVNWNNLKGKKSCHTAVGRTAGWVIPMGLIHNRTGTCNFDEYFSEGCAPGSPPNSRLCQLCQGSGGIPPEKCVASSHEKYFGYTGALRCLVEKGDVAFIQHSTVEENTGGKNKADWAKNLQMDDFELLCTDGRRANVMDYRECNLAEVPTHAVVVRPEKANKIRDLLERQEKRFGVNGSEKSKFMMFESQNKDLLFKDLTKCLFKVREGTTYKEFLGDKFYTVISSLKTCNPSDILQMCSFLEGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of hen apo-ovotransferrin. Both lobes adopt an open conformation upon loss of iron
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport protein
molecule keywords OVOTRANSFERRIN
total genus 135
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aivA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aivA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aivA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aivA03
3D4CA 3FGSA 5TP9B 4KI0E 3H3GA 3QXMA 5F1QA 2XXHA 4JSOA 4FATA 3HO7A 2WKYA 3CR9A 2HXWA 4UA8A 3SDFA 2F78A 5JTYA 3FJ7A 1ZKBA 4ZE8A 2H99A 5EHMA 2B3FA 1N3WA 2F6GA 4F1YA 5FHMA 1MG1A 5TU0A 5I56A 3G7WA 1FQFA 4NWCA 3Q26A 1RKMA 3IK6B 3H4ZA 1TWYA 1QKAA 3I6VA 2F97A 4ZZEA 4GF8A 3FXQA 5KZTA 3TELA 1WVJA 4TLLB 4KFQA 1H45A 1MY1A 4WEDA 4IB2A 2UVJA 1MXVA 2DSFA 5DYHA 3EHSA 1PEBA 3PMVA 1MY2A 2Y7KA 3LSWA 4ISUA 3VDFA 4C1UA 1BIYA 5DVIA 4R75A 3K6VA 4QF9A 3C4MA 1A99A 3E13X 2F7BA 4DCXA 1DOTA 3SEYA 1DTZA 4GXAA 3OEMA 2ESNA 4EQ9A 4NF5B 4RNSA 3PUWE 3S9MC 4TQUQ 3PPQA 3KFMA 3WAFA 3RTWB 4BDOA 4RY1A 4YB5A 3K6WA 2P2AA 3GLBA 4QSEA 2GHAA 2VHAA 3A3UA 1B3LA 4RXLA 3B7DA 3ILTB 3K1MA 1B9JA 4JWOA 2DXYA 3FVGA 2D3IA 4KD5A 4U4SA 4X1DA 5AA4A 1IEJA 2PMSA 4F39A 2OCUA 1QUKA 3L6HA 3HHFA 5KCJA 1A7LA 3W15C 3RN8A 2H98A 5H8SA 5HBCA 4ESXA 1IXGA 4G4PA 5DVJA 2O51A 4TLMB 2YJPA 3KN7A 5DTBA 1MPDA 4GFRA 2X7QA 3C34A 4OTEA 3SKPA 2DVZA 3C31A 4XKQA 3R6UA 4FE8A 4LQ2A 3TQWA 1JEVA 1IITA 3W9WA 1LFIA 3QIMA 3ILUB 3K6XA 3VXCA 4NMYA 4JDFA 4KQPA 2D21A 4QSDA 3K1PA 3B6QA 3TQLA 5BWJA 1MXZA 1QUIA 4DIGA 1PB8A 2XXPA 3L6GA 3RPWA 5CMCA 3VFJA 5CMMA 1UTHB 2F34A 3KGCA 4QRZA 2ABHA 1SW2A 3C32A 1RYOA 3FJGA 2DQVA 3IOUA 4G68B 1GV8A 4R6HA 4RYAA 3O29A 4KHZE 3MPKA 1AIVA 3GBBA 1JVXA 2UVGA 3MP8A 3RT6B 3K1NA 1B4ZA 4XXUA 3H6UA 3N5LA 3CFZA 1LCFA 4F3SA 1EZPA 4ZEDA 5AA1A 3DP6A 2I4BA 1UQWA 3IB1A 3LUYA 1MDQA 3SESA 4C0RA 4PFWA 2XXVA 4OVJA 3TTLA 1XVXA 1I6BA 1JVYA 1P1UA 5FHOA 1WODA 5I2KA 2HFBA 1QW0A 1FQBA 3UP9A 4GWOA 4F31B 2IEEA 5I84A 3PUVE 2A5TA 1P1OA 1P99A 2Q2CA 1FQEA 4OFOA 1B7ZA 5H8FB 3FASA 3VV5A 4HW8A 3T93B 1YTVA 2DOJA 4NF4B 1SW5A 3SERA 4YKKA 1Y9UA 2Z22A 1JETA 3MP6A 4PP0A 4F19A 2DXRA 1D9YA 1II5A 1NL5A 1SI1A 4ND9A 3U92A 2QS4A 4KCCA 1LAHE 4QFKA 2ZMBA 5AA2D 4R2BA 1NNPA 4BDNA 1MXWA 3Q28A 3HPIA 1MH3A 1EZ9A 1ZMGA 3SEUA 3JZJA 3KOSA 4NF8B 3CG1A 2F7CA 1LGBC 2UYEA 2H9BA 2VOZA 4JWXA 5TPAA 3CG3A 5I58B 2B65A 4F2QA 3TTMA 5DVFA 5I57A 4LQ5A 3FV2A 5EHSA 1H3DA 1XT8A 4NTLA 4OERA 4UACA 3TFLA 3OO8A 1R9LA 2DWAA 3KG2A 3M3FA 3CIJA 1I6AA 3TUSA 4PETA 1I69A 1MPCA 1SBPA 3FZVA 3JV9A 3M3KA 3OD7A 1LLSA 4JBZA 4IO3A 3T9VA 3W9VA 3RTFB 1TXFA 2XXUA 3TTNA 4AB6A 2Z8DA 4FJPA 4E0WA 4LVQA 1B52A 3DP4A 5ICTA 4ZDMA 1Y4TA 4GQOA 4Q5TA 4P0GA 1NKXA 2I0BA 3MP1A 4ZE9A 2V3TA 4KYDA 2PT1A 2P1SA 2ZYNA 3RUMA 1P1WA 1ZLQA 2FA7A 2V3UA 1OQGA 1LBBA 4RPNA 2H4IA 3OO6A 1Y20A 2D5WA 3K6UA 3VE1B 1H43A 4F3BA 1MXUA 4GD5A 5DT6A 3N94A 2HEUA 2PT2A 2XXTA 3JYRA 1OVTA 1P1QA 3R7XA 2XXXA 4XKRA 4NF6B 1B32A 2NVUB 1B0LA 4LATA 2DS9A 2YPNA 3C36A 1H76A 4LP2B 4Q30B 4DCYA 1B58A 4O3BA 5CRYA 5ICQA 3TKDA 2Y7IA 3IB0A 5A5XA 2OBGA 1SVXB 3IOVA 3AXFA 4FORA 3BBRA 3VVFA 3G3IA 1DMBA 1FQDA 2P0SA 4R6YA 1BKAA 2H25A 2RINA 2F6PA 3IORA 3O66A 1DPPA 1VFEA 2RKMA 1MXYA 2Y7WA 2Z8FA 4LUBA 2OLBA 3Q25A 2H5YA 1B5JA 3IL1B 4U2RA 4E0XA 5B7DA 3VLWA 3O6GA 2F7AA 3RGYA 4GOTA 4OQOA 3PUYE 4ZS9A 3KSJA 5FTHA 5JTYB 2DWJA 4QFPA 4YAHX 1NH7A 1MY3A 2XX7A 1QVSA 3IAZA 5I56B 5JEIA 1SYIA 4EDPA 5J1DA 1B2HA 4EXLA 2ONRA 3SEXA 3EQ1A 3O6IA 5CBSA 4KYEA 3ZKLA 1MM7A 3M3LA 2X26A 2PVUA 2Y7PA 3MVXA 4GL0A 3QSLA 4I8CA 3FVKA 4EQBA 3LR1A 3RQTA 2NWJA 1DSNA 4Z7EA 1XOCA 3OO9A 2LAOA 4WEPA 2E1SA 3HCQA 5H8QA 4WKMA 5I2NA 4RJZA 3PD9A 3USDA 4U4XA 3QYTA 2I4CA 4ZEFA 5CC2A 2THIA 4OFJA 2RCAA 3UIFA 3PMXA 4TOZA 1R6ZA 4Z0IA 2RCBA 4GIZA 4FECA 4OZ9A 3H03A 5ITPA 4OWDA 2Q89A 4GVOA 4OEVA 3R26A 4PQJA 4PE5B 3QUFA 4R2FA 4QHQA 4YB7A 4OFLA 2X7PA 4HS7A 1US5A 3DM0A 2XD3A 3OSQA 1MQHA 2XXRA 3PPOA 4ELPA 4JXIA 4R9GA 5AA4B 3U94A 2QS2A 3FD3A 3K4UA 1DPEA 4YKPA 4EF1A 3TEPA 1URSA 5KCJB 3IB2A 4N13A 2CZLA 2R6GE 1N7WA 4R73A 1JEUA 1S7YA 5FTIA 1D4NA 2HQ0A 3U8QA 1EH3A 1RYXA 3T22A 4KYSA 3CSBA 1B6HA 3PUZE 1VE4A 3KN3A 2RC8A 1FTLA 4NWDA 5L8DA 1FTJA 4F1VA 4POWA 3E3KA 1BLFA 1IXIA 3CVGA 4ELQA 3CSGA 1TFDA 2ONKE 1Y1ZA 3OEKA 4OXVA 4QFNA 2ZYKA 3S2VA 4LA9A 3QUJA 2QPQA 1FTMA 1O64A 3A09A 3O6HA 1SQYA 1UIVA 5HM4B 3OOAA 1SYHA 1VFDA 3KZGA 1B4HA 5B70A 4LZ8A 1B5HA 1GGGA 3DLNA 4O3AA 1B3EA 4DZ1A 4H5FA 2PX1A 1URDA 4G8NA 1QKBA 2ZYOA 2KLFA 4M1VA 3IX1A 4GLIA 2QSXA 1PDAA 4H8JA 2GHBA 2XX9A 1XS5A 4FAJA 3C35A 2Q8JA 3KBRA 4G77A 3IO4A 3KOTA 1CB6A 2F8DA 2RF1A 5I2KB 2F35A 5K2XA 2Z23A 2QRYA 3H6TA 3B6WA 1Y4CA 2A5TB 3FVOA 2I58A 3PV0E 3ZS6A 1F9BA 1FCKA 3UORA 3IJXB 3HN0A 2VGQA 5I59A 2OJTA 2QS1A 4IGRA 2GH9A 2O7IA 2DE4A 3S9LC 2Z8EA 4I1DA 4F1UA 4DXUA 3OO7A 4ESWA 1D3KA 1WDNA 1YAEA 3PMWA 4YKJA 3C9HA 5AA2A 1ZBMA 1B7UA 3EN3A 2DWHA 3FIRA 4F18A 3CI8A 4R72A 1FW0A 4YZZA 1B51A 5TPAB 2OZZA 4AB5A 3PPPA 2DWIA 3QK6A 3G3HA 2XD2A 1JW4A 1B3HA 4YKIA 5FHNA 4U21A 4H8IA 4GXSB 5ELVA 3V89B 2AL4A 5I58A 4MF3A 1A54A 1MXXA 1BP5A 2REJA 3RT8A 3RY3A 4YMAA 1B5IA 3GBAA 4JWYA 3T96B 2XXIA 2REGA 3KN8A 3MWBA 3K2DA 3V5AA 3TDJA 1AMFA 1L5TA 1MQDA 5DEXB 4THIA 1D9VA 3MW0A 3U1OA 4X48A 5M2VA 3KSXA 2DE3A 3SEWA 4R9FA 1Y3PA 3VLVA 4GL8A 3PD8A 4AQ4A 2QMXA 3GZGA 3RNNA 1Y3NA 3G3FA 4BDMA 4F22A 2Y7RA 4OENA 2DP8A 4BDLA 1USYE 4XKNA 3FXRA 5CM6A 3S9NC 4X9TA 1HSLA 1PBQA 4FEBA 3VXBA 4BDRA 1UTBA 4YMBA 5BUUA 1MM6A 2O69A 3MC2A 3K01A 4LONB 4DXCA 3K00A 1S9TA 3FATA 3PGFA 3PUXE 3FVNA 4H65A 4EF2A 4IO5A 2ZNSA 1B0HA 3UA8A 2UYFA 3TPAA 3MVYA 2UVIA 1DTGA 5H8HA 2DE2A 1NMUA 3MVZA 1GTKA 4LZ5A 1FTOA 1A55A 3MZ1A 5JK4A 2HAVA 1QUJA 2I0CA 2IA4A 1MQJA 2O6AA 3MPLA 1LCTA 4BLAA 3QAXA 5ITOA 4ELRA 3V8XB 4RK2A 4ZECA 4IGTA 1MPBA 5L9MA 1Z7ME 4FIMA 2HZKA 4MH5A 5H8NA 1N0TA 4EQ7A 4F3PA 5EYFA 5A5XB 1PBPA 4H1XA 3THIA 1LFGA 2R9JA 5CMBA 5LOMA 3LSLA 4NE4A 3HHGA 4P0IA 2GFEA 1LB9A 2O84X 4H5GA 2ANJA 1ZIUA 1JW1A 1M5DA 1O63A 3BKIB 3C33A 4YB6A 1EZOA 3S4UA 4K3FA 5KDTA 3TCGA 4NEDA 5CBRA 4LZ7A 2AL5A 5IAIA 1BTJA 2ZYMA 4RK9A 1Y1MA 2QS3A 1O7TA 3O28A 4OYVA 1OIBA 4PFYA 3H06B 4U23A 1SW4A 4MFIA 3SEVA 3D4GA 4N07A 5TP9A 1MS7A 2I6EA 1SDXA 1JQFA 1JNFA 5L9OA 4JSDA 1S50A 5HPQA 1M5BA 4U1ZA 1Q1KA 1URGA 2O1MA 3P7IA 4R74A 1ZTYA 2M8CA 5ISUA 4ELOA 1N84A 1B3FA 4PFTA 1LFHA 1R1NA 3V83A 2VD2A 4DE8A 3OENA 5K2YA 4POXA 1N7XA 1UIUA 1FQCA 4JB7A 4C1TA 3SETA 3S9EA 1AL3A 5AE4A 2OWSA 2Q9TA 1MY4A 3DELB 5CMKA 1N76A 2RC7A 1MH4A 1XHYA 4MBPA 5H8QB 1A40A 5I2NB 2V3QA 1B3GA 3T66A 3MZ9A 3TCFA 3G3GA 4EXKA 1LAFE 1POTA 1VR5A 3EHUA 3O97A 1IXCA 3IOWA 4DDDA 4NF5A 2A5SA 1H44A 2QL3A 1IUDA 4U1OA 4N6PA 1US4A 3TCHA 3EF7A 3TZAA 1T0KA 3MAMA 3I3VA 3HV1A 1NNFA 4XIGQ 3N6UA 4F3GA 3E9XA 3ODBA 4OEUA 1N04A 2ALUA 1IQ7A 2O1LA 4IY6A 1NFTA 3IOTA 1PB9A 3MZBA 3PPNA 2I49A 1OQHA 4KR5A 4G2ZA 3GXAA 3M8UA 2PYYA 5AA3A 4IO2A 1B1HA 2XXWA 2NXOA 2AIXA 1AH5A 1XVYA 3ZSFA 3CRBA 3EHTA 1MQGA 3OMBA 3U72A 1LBCA 4OMBA 3KEIA 1GVCA 4L17A 1GR2A 4G8HA 4GRKA 4R6KA 4ZEBA 1EU8A 3TODA 2ONSA 1MY0A 5L9SA 2V25A 4ONYA 1P1NA 1LAXA 3ONMA 2XHDA 2NUVA 2PBWA 4H67A 3K02A 2VP1A 1OLCA 3OELA 1UTHA 3A3CA 1YCJA 4IY5A 3FUZA 4O3CA 2CMOA 4ZZAA 4G68A 4YU0A 3TMGA 3N26A 1QJMA 1Y3QA 3ECRA 2V93A 1PC3A 1B40A 4IO4A 2I3WA 2F36A 1IIWA 4FEDA 4DXBA 3IO6A 1LSTA 3UGWA 4H0WA 2AYSA 3FV1A 3K0VA 3T9UA 1IZ1A 3MJNA 3TTRA 3LSXA 2BJJX 2ZXTA 1B05A 2UVHA 3TAJA 3O2AA 1R9QA 1FTKA 4HCWA 3OSRA 3N6TA 2Q88A 1ATGA 5IKBA 2RC9A 4QFOA 2F5XA 3BFTA 5H8FA 1NNKA 3EPEA 4F2OA 1TFAA 5I59B 2OWTA 3O9PA 3PU5A 4HCYA 4NF4A 3UK4A 1PB7A 2NOOA 2QMWA 1A8FA 3G3JA 2Y84A 1M5CA 4I9DA 4YICA 2YLNA 1NNTA 4XTCQ 4QSCA 1JW5A 5AA2B 2XX8A 1I6QA 2DVCA 3VVEA 1B46A 4ZEKA 4IO7A 4ZEIA 4XKPA 3TTKA 1SI0A 3VLUA 4NF8A 5I57B 3ZKKA 1LAGE 4PFUA 1M5EA 3OXNA 1CE2A 2QJEA 2HCAA 3UN6A 1J1NA 2Q2AA 1SD3A 4DLDA 2XXQA 3I5OA 1MQIA 2G93A 4MLQA 3FJMA 3TYHA 1OLAA 3MVWA 4IO6A 4BDQA 3VVDA 1N3XA 1POY1 1YPNA 1LB8A 4H6DA 4OETA 5DEXA 3H7MA 1TT1A 2HAUA 2HZLA 2FYIA 3MQ9A 2W7YA 2GRVA 3Q29A 1Q35A 4HTGA 1HSJA 3G3KA 1A8EA 3IR1A 4EUOA 3BFUA 5CI5A 3E4RA 3H6VA 4U22A 2ZNUA 1UTBB 1ELJA 1MDP1 2UXAA 2V84A 3HSTA 3KJTA 4ECFA 1MRPA 2OK2A 2ZNTA 4F29A 1KWHA 2I48A 1IXHA 1Z7NE 3CFXA 3H6WA 3IJOB 1FQAA 3MBPA 4G8MA 1ZJLA 4OHNA 3LBSA 4RPOA 1NH8A 3T9XB 5H8HB 4RA1A 2FNCA 1AOVA 2O68A 1QULA 4I62A 3CFLA 2XXYA 3FXUA 3U93A 4NF6A 4G68C 5F7VA 3PPRA 1VSOA 2E0SA 1OMPA 1B7HA 2B3BA 2I3VA 5H8NB 3RLFE 4QFLA 3MUQA 3LSFB 4Q0CA 4M4GA 4KPTA 3F11A 1M5FA 1USYH 1OVBA 2R71A 1XC1A 1ZU0A 2O7UA 3Q27A 2VD3A 4Q8RA 3KJ7A 3DP8A 2DYXA 1HSEA 1B1XA 4KCDA 5KDTB 1SW1A 4MLVA 4OESA 3LC8A 4WXJA 1ANFA 4P11A 3WAEA 2G29A 4X1BA 3B6TA 3T9HB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ISPA 3D4CA 3FGSA 5TP9B 4KI0E 3H3GA 3QXMA 4GX3A 5F1QA 2XXHA 4JSOA 4FATA 3HO7A 2WKYA 3CR9A 2HXWA 4UA8A 3SDFA 2PFZA 2F78A 5JTYA 3FJ7A 1ZKBA 4ZE8A 2H99A 5EHMA 2B3FA 1N3WA 2F6GA 4F1YA 5FHMA 1MG1A 5TU0A 5I56A 1BK4A 3G7WA 1FQFA 4PGPA 4NWCA 3Q26A 1RKMA 3IK6B 3H4ZA 1TWYA 3RPLA 4GBVA 1QKAA 3I6VA 2F97A 4ZZEA 4GF8A 3FXQA 5KZTA 3TELA 1WVJA 4TLLB 4KFQA 1H45A 1MY1A 4WEDA 4IB2A 2UVJA 1MXVA 2DSFA 5DYHA 3EHSA 1PEBA 3PMVA 1MY2A 2Y7KA 3LSWA 4ISUA 3VDFA 4NHBA 4C1UA 1BIYA 5DVIA 4R75A 3K6VA 4QF9A 2XA5A 1DK4A 3C4MA 1A99A 1FPDA 3E13X 2F7BA 4DCXA 1DOTA 3SEYA 1DTZA 3HFUA 4GXAA 3OEMA 2ESNA 4EQ9A 4NF5B 4RNSA 3PUWE 3S9MC 2ZZVA 4TQUQ 3PPQA 3KFMA 3WAFA 3RTWB 4RY1A 4YB5A 4BDOA 1FPFA 3K6WA 2P2AA 1KA0A 3GLBA 4QSEA 2GHAA 2VHAA 3A3UA 1B3LA 4N6DA 4RXLA 3B7DA 3ILTB 3K1MA 1B9JA 4JWOA 3KBZA 2DXYA 3FVGA 2D3IA 4KD5A 4U4SA 4X1DA 5AA4A 1IEJA 2PMSA 4F39A 2OCUA 5IZZA 1QUKA 3L6HA 2VPNA 4PTKA 3HHFA 5KCJA 1A7LA 3W15C 3RN8A 2H98A 5H8SA 5HBCA 4ESXA 2KR0A 1IXGA 4G4PA 5DVJA 2O51A 4TLMB 2YJPA 3KN7A 5DTBA 1MPDA 4GFRA 4N6KA 2X7QA 3C34A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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