1AL3A

Cofactor binding fragment of cysb from klebsiella aerogenes
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
TWPDKGSLYVATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPEHPLATKGSVSIEELAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPVSDPDLVKLDANGIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEDIEAMFKDIKLPEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structure of the cofactor-binding fragment of the LysR family member, CysB: a familiar fold with a surprising subunit arrangement.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription regulation
source organism Klebsiella aerogenes
molecule keywords CYS REGULON TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR CYSB
total genus 71
structure length 237
sequence length 237
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1al3A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1al3A01
3ECRA 2I49A 4POWA 1JVXA 3V89B 1R9QA 1FQFA 3ODBA 3CIJA 1B1HA 3R6UA 4TQUQ 4Z0IA 1XHYA 1PEBA 1Y3PA 1MQGA 3Q26A 3O28A 4KYEA 3FUZA 5I2NB 1IXHA 3TZAA 5LOMA 4KQPA 4RPOA 1O63A 4YKKA 4Q30B 3IOVA 5DVIA 1SI1A 3MAMA 4AB6A 5IKBA 3JYRA 2NUVA 1B58A 4IO2A 4AB5A 4F29A 1YCJA 4H65A 3TTRA 4QRZA 4F2QA 3OMBA 4ONYA 1XT8A 2BJJX 1VFEA 3Q29A 3VFJA 3U72A 2G29A 3MZ9A 4FIMA 2A5TB 3RPWA 3KN7A 1DMBA 2B65A 2XX9A 2X7PA 1LB9A 1BIYA 2PT2A 2A5SA 5KZTA 3R26A 4NF5A 2QS4A 1MY4A 3KOTA 3UN6A 4FEBA 5DT6A 1VFDA 3KEIA 4U22A 1SI0A 4BDRA 4GL0A 1ZMGA 5I59A 1FQCA 1DPPA 3MVWA 4ZZAA 3O6GA 2RKMA 4JWYA 4K3FA 3VVFA 3PD8A 3RGYA 4G2ZA 2XHDA 4G4PA 2OBGA 2Y7KA 1GR2A 3H4ZA 2F6PA 4DZ1A 3K1PA 4GIZA 3TMGA 3PU5A 3S9LC 4H8IA 2ONSA 3OOAA 4F1YA 3FASA 2DYXA 3O2AA 1NNTA 1S7YA 2RCAA 1H76A 1A54A 2UVIA 4RJZA 4OFJA 2H98A 4MLVA 4DDDA 3RT8A 3KN8A 4U4SA 5CMBA 4F18A 1XVYA 4PFYA 4QFNA 1N04A 1IEJA 2I48A 2NOOA 3UGWA 2DWHA 1URGA 1BP5A 1H3DA 4NMYA 4PETA 2UYFA 5H8FA 5AA2D 4R72A 2HXWA 4YMBA 3H6VA 3MBPA 3IOTA 5I57A 1T0KA 4GXAA 1URSA 3GBBA 1CE2A 2Q2AA 2OZZA 4XXUA 3WAFA 4ZDMA 2F7BA 4H67A 1QUIA 2PT1A 2UVGA 3VE1B 1FW0A 2UXAA 2H4IA 1QKAA 2DS9A 3PPQA 3MZBA 1A8EA 1DPEA 4DXCA 2F36A 4H5FA 1NKXA 3D4GA 1MDQA 3Q27A 2P2AA 2O6AA 3B6QA 4DXBA 3ZKKA 2XX7A 1IUDA 1IZ1A 1ZJLA 2AL4A 2F7CA 4YKIA 1B4HA 4U4XA 3DM0A 3S2VA 2NWJA 4EXKA 4X48A 2XX8A 1II5A 3GZGA 4NF8B 1AMFA 1N76A 4EUOA 3QXMA 4OXVA 5H8FB 3HO7A 3VV5A 5AA4A 4EDPA 2DVCA 4C1UA 3TTMA 2KLFA 4IO6A 4PFWA 4ND9A 1JQFA 1LAXA 3EF7A 1F9BA 2OJTA 3FVNA 5F7VA 2IA4A 3SDFA 4QSDA 1WODA 5I84A 4OEVA 1Z7ME 1J1NA 3QUJA 3N26A 1POTA 2V3QA 1US4A 2AL5A 4X1DA 1ZBMA 1UIVA 3MVXA 3T9VA 4Q8RA 3FZVA 3N94A 1ZLQA 1HSEA 4NWCA 5ITPA 4X1BA 2F6GA 4JBZA 5TPAA 2RINA 1YPNA 4ZS9A 2QJEA 1N7XA 1VSOA 2DWIA 1MXVA 4HS7A 1OIBA 1JW5A 2NVUB 4R6YA 2DXYA 4FE8A 5BUUA 4LATA 3EPEA 4G8HA 4R75A 4JSDA 5CM6A 4QSEA 2RC9A 1TFAA 3K02A 2HAVA 4E0XA 1UTHB 4TLMB 3H03A 1TWYA 2O7IA 3TKDA 4POXA 4IB2A 1XVXA 3OENA 5K2XA 1OLCA 2Q8JA 2ZNTA 2IEEA 3N5LA 1JETA 4OFLA 1B2HA 5JEIA 1B52A 2XXXA 1B9JA 4ZE9A 2ZMBA 1EU8A 1M5CA 3H3GA 4LVQA 3U92A 4G8NA 3PD9A 1BKAA 4OFOA 1ELJA 3T9UA 1H45A 3FVGA 5TPAB 1MY3A 3UP9A 1QULA 3G3GA 2V93A 3PPNA 1LCTA 3VVDA 3IORA 4ZECA 3OXNA 3CI8A 1FTKA 1B32A 2QMXA 2F35A 4I8CA 1WDNA 1USYH 4MH5A 4R74A 1B51A 1FQEA 4KYDA 3I3VA 1A7LA 1Y3QA 1B40A 3FXQA 4U23A 5I2KA 3LBSA 2GRVA 1I6QA 4ELRA 4QFLA 3SEUA 3G3FA 4DCXA 3TCFA 1FQAA 3OO9A 3MP6A 2P0SA 2XD2A 4PP0A 4FEDA 3IR1A 4OHNA 1EZOA 2O69A 5HPQA 3W9WA 1VE4A 1GV8A 5I2NA 1S9TA 3WAEA 1QJMA 2Y7PA 4DCYA 3S9EA 2I3VA 2HQ0A 4NF4B 2GHAA 1B1XA 1H43A 3G7WA 2LAOA 1SVXB 5CRYA 5CBSA 3PPPA 4I9DA 3G3IA 1PB9A 3MQ9A 4LQ5A 4ZEDA 1B5HA 4H1XA 4O3AA 2OK2A 1POY1 4XKNA 4UA8A 2R9JA 2V3UA 3PUXE 3KBRA 1S50A 4GFRA 3FVOA 4XKRA 1OLAA 1D3KA 1SYIA 5I2KB 2A5TA 2REGA 2DWJA 3T66A 2Z8EA 1NNFA 2QMWA 2ZNUA 3FV2A 5L9MA 3MP8A 3MVYA 3EHTA 3OSRA 4FAJA 1LB8A 1OVTA 4NEDA 3CSGA 5CBRA 4F3PA 2X26A 2X7QA 1B6HA 4ZEBA 3KOSA 2F5XA 1JVYA 2XXRA 3HSTA 2Y7RA 3MPKA 1LFIA 4ISUA 2V25A 3RTWB 3ZSFA 1IXCA 4IY6A 3SEXA 3IL1B 1Y3NA 1R9LA 3SEVA 3TCGA 3HPIA 2FYIA 5FHNA 3OO8A 3ZKLA 1JW4A 5EYFA 1FQDA 4C1TA 4F39A 4NF6A 2ZNSA 2DWAA 5M2VA 2XXYA 3TDJA 4QSCA 5DTBA 2Z8DA 2Z8FA 2QRYA 4LA9A 3U8QA 3PMWA 4AQ4A 4WEDA 5CI5A 2H25A 3C31A 2ZYNA 3QYTA 2DVZA 2NXOA 2Y7WA 4U21A 4R9FA 2GHBA 4O3BA 2ABHA 1HSJA 1KWHA 3LR1A 2DSFA 4H5GA 3MP1A 1B3HA 3OO7A 3S9NC 1B0LA 4EQBA 5A5XB 1SYHA 3ILUB 3IO6A 1LBCA 2QS1A 3TUSA 2OWTA 1A99A 2FNCA 3ZS6A 3FIRA 2H9BA 2XXPA 1BLFA 2H99A 1CB6A 5H8SA 1PBPA 4NF6B 2VHAA 4L17A 4NE4A 2V3TA 3IJOB 4RPNA 5CMCA 4F22A 1MH4A 4XKQA 3N6UA 1LLSA 3UA8A 4KCDA 3OO6A 1TFDA 2Y84A 4Q5TA 3CFLA 3RQTA 3Q25A 1H44A 1XC1A 4NF8A 3TAJA 1MQDA 5ICQA 3K2DA 4ZEIA 2ZXTA 1ZIUA 2OCUA 1JW1A 3M3LA 1QVSA 4EF2A 4R73A 1A8FA 4RK9A 3FJ7A 4IO3A 3CG1A 4IY5A 1B4ZA 5J1DA 3M3FA 1P1NA 4R2BA 5I56A 2UYEA 1AH5A 3H06B 2I3WA 1Z7NE 3T9XB 1M5DA 3ONMA 1PB7A 1TT1A 3H7MA 1Q35A 3B7DA 3U94A 3QAXA 1MXXA 4RK2A 2YLNA 5K2YA 4OESA 1LSTA 3O9PA 3S4UA 1YTVA 2O1LA 4BDQA 2Z22A 3CSBA 3K01A 1B3GA 3I6VA 4JSOA 3PGFA 3VDFA 1SW4A 1RYOA 2XXHA 2Q88A 3KG2A 2I6EA 1P1WA 1MQIA 4OZ9A 3FD3A 1B3LA 4YB7A 5DVFA 4YB5A 4G8MA 4Z7EA 1A55A 1DSNA 1MPBA 3DLNA 1USYE 1UTHA 3MPLA 4YKJA 3OD7A 1A40A 1ZTYA 3FJGA 4THIA 5I56B 3HN0A 4DIGA 1OQGA 3LSWA 5TP9A 1NMUA 3D4CA 3FGSA 4F3BA 4RY1A 4GD5A 1AOVA 1O7TA 1AIVA 1MS7A 3ILTB 2UVJA 3KSJA 3PMXA 1PDAA 1ZKBA 2O7UA 4P11A 5L9SA 4MLQA 3GLBA 1XS5A 4LZ8A 3C32A 1M5EA 2HAUA 3RNNA 5ISUA 1B46A 1EZPA 1N3WA 3IK6B 3VXBA 4YAHX 1HSLA 3PUVE 1URDA 2GH9A 4TLLB 2HZLA 2W7YA 3K6XA 3BFUA 2OLBA 2RC7A 3O6IA 3H6TA 4OYVA 3BBRA 3OEMA 2R71A 2XXQA 4JWXA 4GWOA 5ITOA 3KSXA 4QFPA 2V84A 2XXTA 4N6PA 1R6ZA 4MBPA 3SETA 1US5A 4FJPA 4U1OA 1MXWA 5HBCA 1MXYA 2ANJA 1SDXA 2F8DA 5TP9B 1UIUA 3MZ1A 2PX1A 5KDTB 4YB6A 5I58A 3IB0A 2VP1A 5H8NA 4ELPA 1B3EA 1MXUA 5FHMA 3B6TA 5TU0A 3C9HA 4KHZE 3C34A 1ATGA 2GFEA 4LP2B 2YJPA 3K1MA 2AIXA 3T22A 4IGRA 3AXFA 1SW1A 4GL8A 2QS2A 4IO7A 1QKBA 3MC2A 1SW2A 2I0BA 4NF4A 1OMPA 3QK6A 3RLFE 3FV1A 1ZU0A 5AA3A 3SERA 3E9XA 2ESNA 3UK4A 1UQWA 2M8CA 5IAIA 3KJ7A 3KGCA 1LAFE 4HCYA 4QFOA 4M4GA 4WXJA 2RC8A 4KFQA 4XTCQ 4HW8A 1SW5A 3P7IA 3JV9A 5B7DA 5EHMA 1B7ZA 4BLAA 2RF1A 4E0WA 5I58B 1NFTA 3QSLA 1B7UA 1SQYA 5H8NB 4ZE8A 1PBQA 1ANFA 3VLVA 3USDA 2YPNA 3TCHA 1FTJA 4R6HA 5DVJA 3PPOA 5DEXB 5ICTA 3M8UA 4KI0E 1P1QA 4G77A 1OQHA 3CG3A 3RT6B 4IO4A 1LBBA 3HHGA 2H5YA 5FTHA 3FATA 1L5TA 4I62A 3S9MC 1SBPA 4ESWA 4ELQA 2VD3A 3TTLA 3THIA 1Y1MA 1I69A 3TYHA 2I4CA 4EQ7A 4XIGQ 3JZJA 3DP8A 1Q1KA 4RYAA 3RN8A 1B05A 2Q2CA 1R1NA 4DXUA 4R2FA 3L6HA 2DE4A 1UTBB 3KJTA 1O64A 4GQOA 3N6TA 4U1ZA 3MVZA 3EHUA 5JTYA 3U93A 3EHSA 2RCBA 2ZYMA 3TPAA 4RNSA 1TXFA 4ZZEA 4BDLA 4YU0A 1XOCA 1Y9UA 4TOZA 4FATA 1D9VA 3VVEA 1AL3A 5A5XA 1IXIA 1MY2A 3W9VA 1LAGE 4MF3A 3PPRA 1Y4TA 4DE8A 1FTOA 1LCFA 1MDP1 1NNKA 1IXGA 3K6VA 1D4NA 3C4MA 4BDOA 2O68A 4XKPA 3T96B 4BDNA 2XXUA 2P1SA 2HEUA 3TFLA 4NWDA 2O84X 2REJA 2I4BA 1MY1A 3F11A 2THIA 4GF8A 3A3UA 3CVGA 3QIMA 5JTYB 4O3CA 2HCAA 1D9YA 1OVBA 4KYSA 5ELVA 3SEYA 2PYYA 3E3KA 1PB8A 3GBAA 3K6WA 4N07A 5AE4A 4FECA 2PBWA 3IO4A 3A09A 2WKYA 4F31B 4PFUA 3TQLA 3BFTA 2DE2A 3G3KA 4OENA 4G68C 2FA7A 3OSQA 4DLDA 4OWDA 1VR5A 3C33A 1P1OA 2E1SA 3LSXA 3PMVA 3O97A 5JK4A 3V8XB 3LC8A 3FXRA 3VLUA 1I6AA 1YAEA 3IAZA 4GVOA 1MG1A 3UIFA 1B3FA 1MH3A 1B0HA 4ESXA 4NF5B 3HCQA 2OWSA 2HFBA 3B6WA 4LQ2A 2QSXA 5I59B 2CMOA 3T9HB 3G3HA 3OEKA 4QF9A 4LZ7A 1DTGA 3K00A 2QS3A 3RUMA 5AA2A 4JWOA 4OERA 2Q9TA 1JEUA 3LSLA 3A3CA 1M5FA 4RA1A 4RXLA 4MFIA 1GTKA 4LONB 5F1QA 4F1VA 4F19A 4R6KA 3RTFB 3K1NA 2Z23A 2DQVA 1MRPA 2B3BA 1MM6A 4WEPA 4F3SA 4KR5A 5FTIA 3K0VA 4F2OA 1FTLA 1NL5A 4PQJA 5CC2A 1GVCA 4EQ9A 1MQHA 2G93A 3TODA 5L9OA 1Y20A 3LUYA 3V83A 4NTLA 4HTGA 1SD3A 4KPTA 3GXAA 2PMSA 5CMMA 1P1UA 3IJXB 1DTZA 4IO5A 3O6HA 5FHOA 4M1VA 5AA2B 3CFXA 4YICA 3TELA 1LAHE 3IB2A 3BKIB 5I57B 4F1UA 3CR9A 3IOUA 4Q0CA 1MQJA 5KDTA 5H8QA 5H8HA 4H8JA 3O29A 4F3GA 2XD3A 1QW0A 1PC3A 2F97A 2R6GE 1LGBC 1IITA 3H6UA 1BTJA 3E4RA 3OELA 3R7XA 5AA1A 4OQOA 2ONKE 1FQBA 3RY3A 3TQWA 1MXZA 2DXRA 2ONRA 2VD2A 1LFHA 3K6UA 3MW0A 1NH8A 2Y7IA 1N7WA 2I0CA 1I6BA 2PVUA 4KD5A 3SEWA 3CRBA 2O1MA 2ALUA 2CZLA 1MPCA 5CMKA 3TTNA 3EN3A 5HM4B 4GRKA 3FVKA 2F78A 3DELB 2UVHA 3C35A 3SESA 3MWBA 5AA4B 4ZEKA 1JNFA 3PUZE 2XXVA 2ZYOA 4P0IA 1NNPA 3VXCA 5L8DA 3IOWA 4YKPA 4GLIA 2DP8A 4H6DA 2E0SA 4H0WA 3TEPA 5H8QB 1EH3A 5H8HB 3IB1A 4PFTA 4LZ5A 3MJNA 4JDFA 5EHSA 1WVJA 2AYSA 3FXUA 2QL3A 1LFGA 1RYXA 1Y1ZA 3L6GA 4G68A 3M3KA 5DEXA 3W15C 3Q28A 1NH7A 4JXIA 5BWJA 1P99A 3O66A 3UORA 4HCWA 2VOZA 4ECFA 2F34A 1FCKA 4P0GA 1GGGA 1QUJA 4LUBA 1Y4CA 1FTMA 4KCCA 1MPDA 3MUQA 5DYHA 5KCJA 4I1DA 4OVJA 4JB7A 3C36A 2D5WA 3KZGA 4PE5B 2XXIA 4EXLA 4OETA 4YMAA 1B5IA 4QFKA 4OMBA 1B5JA 2DE3A 2ZYKA 1UTBA 3G3JA 1MY0A 1DOTA 3DP4A 3FJMA 4N13A 4C0RA 4X9TA 1QUKA 4G68B 2XXWA 3QUFA 3HHFA 1N3XA 2F7AA 4EF1A 1EZ9A 4ZEFA 1IIWA 3V5AA 4QHQA 4R9GA 2O51A 3HV1A 4OEUA 2B3FA 4UACA 4BDMA 3PUYE 4GXSB 1N0TA 1N84A 3KFMA 2Q89A 5B70A 1RKMA 2DOJA 3U1OA 4U2RA 2VGQA 5KCJB 3LSFB 2I58A 2QPQA 3K4UA 3IX1A 2D21A 3SKPA 2D3IA 3I5OA 4YZZA 4OTEA 3KN3A 1MM7A 3CFZA 4GOTA 4ELOA 3PUWE 1M5BA 3T93B 1IQ7A 1B7HA 3H6WA 4WKMA 3E13X 3DP6A 3EQ1A 4IGTA 2HZKA 4FORA 3PV0E 3TTKA 3VLWA 1JEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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