1B3EA

Human serum transferrin, n-terminal lobe, expressed in pichia pastoris
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
Knots found
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystallography and mass spectroscopy reveal that the N-lobe of human transferrin expressed in Pichia pastoris is folded correctly but is glycosylated on serine-32.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 330
sequence length 330
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA02
3VXCA 3IAZA 3H7MA 4F29A 1HSLA 2ZNTA 3QAXA 3V89B 2B3BA 2F7CA 5FTIA 3ILTB 4H5FA 3SEYA 4EUOA 1XVYA 3C36A 3SESA 4DLDA 4F3SA 3FVGA 4R6HA 1FTMA 3C33A 3DP8A 1LAFE 1AMFA 5ICTA 5CBSA 1US4A 4ELRA 3M3FA 2I49A 2W7YA 4NF4A 3HN0A 4EQ7A 2I3WA 3MP6A 4ZZEA 5TU0A 1EZPA 5ITPA 4QSCA 4LA9A 4HTGA 1DPEA 1R9LA 2FA7A 4KYEA 3KN8A 1FQDA 2QRYA 3E4RA 5DYHA 4ZEKA 4TOZA 2AYSA 5LOMA 1QULA 2WKYA 2V3TA 3MQ9A 4P0GA 3MVWA 3S9MC 3TUSA 4OEUA 1IIWA 2I4CA 1VFEA 3VDFA 3RY3A 2Z8DA 4NF5B 3U92A 1SD3A 2V3UA 1FW0A 3IJOB 1PBQA 4BDOA 2A5SA 3EPEA 5H8FA 3T9UA 1Q35A 3MAMA 2HZLA 2ZNSA 4NF6A 1QW0A 4DCYA 4MFIA 1QKAA 1UTHA 1WVJA 4PFUA 5TPAA 1USYH 3BFTA 1AH5A 1LAHE 3JV9A 1MXWA 5I58B 5F1QA 1MY1A 1OQGA 2F6GA 2H99A 2DP8A 4JWXA 2H98A 1P99A 5KCJA 1LBBA 4K3FA 3KSXA 3R26A 4RYAA 5AA1A 5L9MA 3G3JA 4OQOA 4RA1A 4PFYA 1NH7A 4IGRA 4F2OA 1P1OA 2B3FA 3OO8A 4AB5A 4XKPA 2I48A 3ZKKA 4H8JA 3MZ1A 2HQ0A 5HM4B 2R71A 3PGFA 3OELA 3Q26A 3O29A 2QMWA 3TQLA 2F35A 4PP0A 4NWDA 4H8IA 1URGA 3A3UA 1B1XA 1GVCA 4F22A 4G8NA 4JXIA 3E9XA 1P1WA 1Y4CA 3O28A 3GBAA 1MRPA 3RPWA 2XD3A 1H45A 3PUZE 1NNTA 1DSNA 4YB7A 1SQYA 3F11A 2I58A 1PB8A 3RTFB 2BJJX 4OZ9A 2GHAA 5KZTA 2H4IA 2OLBA 3LSXA 4FORA 4FATA 1LB8A 3TTRA 2KLFA 4BDMA 4HCWA 3CSGA 3TYHA 4F3GA 4THIA 4Q5TA 4EF1A 5AA3A 4O3BA 1LSTA 4HW8A 5I2NB 2O7IA 1FTLA 4F39A 5FHOA 1USYE 1S7YA 2GH9A 1DTGA 3T9HB 2Y7RA 3TTMA 3EN3A 2ESNA 4GFRA 1JETA 1D4NA 3LC8A 1FQFA 3IL1B 5H8HA 5I2KB 2O1MA 3IB2A 4POXA 1OVBA 3N5LA 1IXGA 1SDXA 3TZAA 1XC1A 1IXIA 4HCYA 3MUQA 4OEVA 3KG2A 3TEPA 1GV8A 1BKAA 5A5XB 4GWOA 4XTCQ 5CMMA 1ZJLA 3OEKA 4Q30B 4IO7A 4PQJA 1TT1A 3TKDA 1B7HA 3FJ7A 2YLNA 4MF3A 3K01A 4F3BA 1MPBA 2RKMA 1Y1MA 4KI0E 1N7WA 4C1TA 3VLWA 4JBZA 1MH3A 4XKQA 4XKNA 1B40A 4YMAA 4TQUQ 3H4ZA 4EF2A 2M8CA 3T22A 4BDQA 1PBPA 1B3GA 3QIMA 1OMPA 2NXOA 2UVHA 1PDAA 4FEDA 1B3FA 4DDDA 2D5WA 3O66A 3DLNA 2DE2A 2DXYA 3K6XA 2LAOA 2HAVA 3HV1A 2F7BA 3ECRA 4X9TA 1Y20A 1Y3QA 2PVUA 1IEJA 1JW1A 1TXFA 2OBGA 4DCXA 3CI8A 3C4MA 1ZBMA 1Q1KA 1YCJA 2ONKE 1NL5A 5EHSA 1BTJA 5JK4A 3A09A 4ZECA 1B6HA 1D3KA 3UA8A 1ANFA 2DYXA 3HCQA 4HS7A 3IR1A 4ELQA 5EYFA 4Q8RA 3FUZA 1ATGA 2H5YA 1ZLQA 2UVIA 5CM6A 4UACA 4EXLA 1PB9A 4NF4B 3O97A 1LB9A 1MPDA 3LSFB 3OSQA 1IUDA 4R73A 1AL3A 4I9DA 2XXTA 1B5IA 1JQFA 3U93A 3W9VA 4JSOA 5DT6A 1MQGA 3IORA 3RGYA 1WDNA 3KZGA 2QS1A 3KN7A 3PUYE 4QF9A 4I8CA 3FVNA 4ZEDA 3UORA 4N6PA 2XHDA 2ONSA 2AIXA 2UVJA 2QJEA 2F36A 1ZTYA 1B4HA 4GLIA 3EHSA 3S2VA 1QUIA 3IOVA 5I56A 4C1UA 2R9JA 3ZS6A 5H8FB 2Q9TA 4FJPA 3N6TA 4JWOA 4DZ1A 1B05A 3CR9A 3V8XB 2XXWA 1EZ9A 2CMOA 4RK9A 3PPRA 3H3GA 4GIZA 1UTHB 4H67A 2PYYA 5K2XA 1MXUA 5TPAB 2Y7PA 1PEBA 5FHNA 3N94A 1SW2A 4NWCA 4QSDA 5TP9A 4EQBA 2XX8A 4U21A 5ITOA 3VXBA 1XT8A 3PMVA 5KCJB 4OFLA 1MY3A 4R6KA 4ZEIA 4FAJA 2DOJA 3HO7A 5KDTA 5ISUA 1R9QA 5I59B 3MVXA 2RF1A 2DQVA 2NOOA 2F5XA 1BP5A 4R9FA 1PB7A 2A5TA 1SYIA 4IO2A 2PT2A 1B5HA 5K2YA 4GRKA 4ONYA 1AIVA 4FE8A 5AA2B 1RYOA 3TQWA 3IO4A 4BLAA 1MDQA 3KN3A 3QUJA 1OLCA 1MY0A 2Z8EA 1RKMA 1LCTA 4ZEFA 4KYDA 4FIMA 2ONRA 3OEMA 4IO4A 1O7TA 1VSOA 2I3VA 2DXRA 4GL8A 3TCGA 2Q2CA 4I1DA 5L9SA 3GBBA 1M5BA 2RC7A 4F18A 1LFGA 4GQOA 1B51A 4U1OA 4RJZA 2FYIA 2UVGA 1CE2A 2QL3A 3KOTA 4IO3A 4OTEA 3LUYA 3H03A 3H06B 1H76A 1MPCA 1EZOA 3EQ1A 3LSWA 4G2ZA 4DXBA 4EXKA 5H8NA 3CFLA 5CRYA 2HZKA 3C34A 1FCKA 4X1BA 3L6GA 3RT6B 1B7UA 3FXUA 1OLAA 4Z7EA 1POTA 4OESA 1B4ZA 4UA8A 1IITA 2RCAA 3MZ9A 3FGSA 1UTBB 2I6EA 3DP4A 1B7ZA 3O2AA 1KWHA 1LBCA 4G8HA 4F31B 1N84A 3TTLA 4GOTA 4JB7A 3K6VA 2G93A 2OZZA 2XXUA 3LSLA 1NNFA 2XXIA 3TMGA 3VE1B 3KEIA 4ZEBA 3RUMA 2X26A 3QUFA 3K00A 4RNSA 1B3EA 4R75A 3CIJA 4M1VA 1SW5A 2XXRA 2O68A 2QMXA 4DIGA 3K4UA 3PD9A 4O3CA 3PUWE 3QK6A 2V93A 1QUKA 1JEVA 1N3WA 3E13X 3QSLA 3K02A 1FTOA 2HFBA 1H3DA 1MM6A 1NNKA 1IZ1A 5B70A 4NMYA 5AA4B 1I6QA 1XS5A 3DELB 3JZJA 5IAIA 4RK2A 1Y3PA 4MLQA 1H43A 5DEXB 1IXHA 2O69A 3KOSA 3B6WA 2VD3A 3QYTA 2IEEA 4LUBA 4RXLA 1NH8A 3RNNA 4PFWA 4GD5A 2F34A 1B2HA 4Z0IA 3HHFA 4LQ2A 1MXVA 3FASA 1MXYA 1NMUA 2B65A 2DWHA 4OENA 2XXPA 1VFDA 3IJXB 3H6UA 2FNCA 2HEUA 3UGWA 2F6PA 2E0SA 4G8MA 1GGGA 2GRVA 4YKJA 3SEUA 2DVCA 3FV2A 2Q88A 2Q8JA 4YZZA 3SETA 2ZNUA 4QRZA 4KCDA 3SKPA 4YB5A 1FTJA 1S9TA 1LCFA 3GZGA 3OMBA 2REJA 3MVZA 3I3VA 4OERA 3T9XB 4R72A 3R7XA 2XXVA 1A54A 4WXJA 4G68A 3FV1A 1MG1A 3FXQA 4YICA 1SVXB 3SEWA 3PV0E 2I0CA 1XVXA 3FD3A 1UQWA 1JNFA 1A55A 3C9HA 3MP8A 4POWA 2QPQA 2P1SA 3RTWB 5CBRA 1B1HA 3BFUA 1Y3NA 3FVKA 3MPLA 1SW4A 1B58A 4X48A 1MY2A 4RPNA 4OWDA 4ISUA 5EHMA 3FJMA 1FQEA 4XIGQ 5I56B 4X1DA 3TTNA 3VV5A 1P1UA 3OO6A 3K0VA 3MBPA 1POY1 4OYVA 1QVSA 4Q0CA 3USDA 2YJPA 1FQBA 2O6AA 5TP9B 3O6GA 3N6UA 3QXMA 3SEVA 1JVYA 3IB0A 4KHZE 4H1XA 4OXVA 4IY5A 3KGCA 2Y7IA 3M3KA 4YMBA 2Z22A 1MH4A 4GL0A 4KPTA 3C31A 4LATA 1N76A 3K1PA 3S9NC 2PMSA 4PE5B 4G68C 5I2NA 5L8DA 3RN8A 3Q27A 3MPKA 3W15C 1XOCA 4N07A 4LZ5A 5HBCA 1BIYA 4WKMA 2D21A 2XX9A 1B0LA 5B7DA 4KCCA 4R6YA 3LR1A 3N26A 4U2RA 1LAXA 1TFAA 2AL5A 3PD8A 2RINA 1DTZA 2DSFA 2X7QA 4NE4A 4ZZAA 2XD2A 1Y9UA 4IO6A 1WODA 1UIVA 1MQDA 4U22A 1A7LA 4PETA 2Q89A 2QSXA 3PPNA 4P0IA 1SI0A 3U94A 1ZIUA 3RLFE 4PFTA 3TELA 5A5XA 2THIA 3H6WA 3C32A 3BKIB 5H8NB 5AE4A 2RCBA 1B32A 5ICQA 1GR2A 2Y7KA 2XXHA 3DP6A 3Q29A 1FQAA 3I5OA 3B6TA 1Y1ZA 2Y84A 3B6QA 4WEDA 4YKPA 2UYFA 2DWIA 3OENA 2O7UA 4U4SA 1URDA 2O1LA 3MP1A 4NF6B 3UK4A 1UIUA 3PPPA 1JEUA 1S50A 3Q25A 3VVDA 3EF7A 5H8QA 1R6ZA 4ELOA 1YAEA 2V84A 3OO7A 3U8QA 2NUVA 3PU5A 5I84A 1CB6A 3IOWA 4QFOA 3VLVA 1SBPA 2ZYMA 3T9VA 4OMBA 3M8UA 4IO5A 2QS3A 4G77A 3SDFA 4R9GA 3VLUA 4FECA 3A3CA 1XHYA 4LQ5A 4NF8A 2VP1A 2IA4A 3B7DA 3D4GA 1A99A 5L9OA 1IQ7A 3IOUA 4F3PA 3OXNA 3MZBA 1SW1A 4F19A 2F8DA 2XXQA 3SEXA 2YPNA 5ELVA 5DTBA 5I57A 3EHUA 4F1UA 3G3FA 3HHGA 3U1OA 4H0WA 1B46A 3CG3A 3PUXE 1DPPA 4F2QA 4ZE8A 2F78A 4OHNA 5BWJA 4KYSA 3FJGA 4QFPA 5JTYA 1HSJA 2I0BA 3WAFA 3K6UA 4E0XA 3RQTA 2GHBA 3PMWA 4U1ZA 5FTHA 3MJNA 3G3GA 4IGTA 3VVEA 4NEDA 2O51A 2DS9A 1TFDA 3W9WA 2DWJA 2VOZA 3G7WA 1A40A 4EDPA 2P2AA 2O84X 3G3HA 5M2VA 1LGBC 4KD5A 4QFNA 1N3XA 1FQCA 4E0WA 4BDLA 1N04A 2D3IA 1EH3A 3ILUB 4GXAA 1HSEA 2ZXTA 4P11A 1OIBA 1VR5A 2ZYKA 5H8HB 3DM0A 1SI1A 1B5JA 2V3QA 4RPOA 4O3AA 2H25A 3MWBA 3Q28A 1JW4A 1N0TA 2ABHA 1JVXA 3IB1A 2PX1A 4G68B 1A8FA 2F7AA 3BBRA 2XXYA 4G4PA 4LZ8A 3OD7A 2R6GE 4YKIA 3HSTA 4OETA 1MQIA 1DOTA 1QUJA 5I59A 2F97A 4YU0A 2ZYOA 4FEBA 3O9PA 3T96B 4BDRA 4ZE9A 1II5A 5FHMA 4AB6A 2VHAA 2CZLA 2OK2A 4EQ9A 4N13A 3KSJA 4R2BA 3SERA 1F9BA 4DXUA 5AA2A 1QKBA 2ZMBA 4YB6A 4KQPA 3OSRA 1SYHA 2VGQA 1B9JA 1MXZA 3G3IA 3P7IA 1D9VA 1NFTA 5CMBA 3E3KA 3TCFA 1TWYA 1MY4A 4OFJA 2ALUA 5BUUA 3WAEA 4ECFA 1M5DA 4YAHX 2RC8A 1MQHA 3C35A 4OFOA 3TPAA 3MW0A 3UP9A 5CC2A 2ANJA 3GLBA 4I62A 4ELPA 4R2FA 4QFKA 3VVFA 1O64A 2REGA 3K6WA 4GXSB 3PUVE 5DVIA 4ND9A 2QS4A 4ESWA 4RY1A 4ZS9A 1L5TA 1B0HA 1B52A 4LVQA 4U23A 4MH5A 3KFMA 3PPOA 3ZSFA 4MBPA 4H5GA 3ZKLA 4ESXA 1MXXA 3TDJA 3T66A 3FXRA 1MS7A 2QS2A 2Y7WA 3H6TA 2DWAA 4NF5A 1T0KA 1EU8A 3CFZA 4DXCA 4L17A 1DMBA 4DE8A 1ZU0A 3TCHA 1JW5A 2ZYNA 1UTBA 4QHQA 1RYXA 2XX7A 1O63A 3FIRA 2RC9A 3FVOA 3PPQA 2GFEA 3V83A 5DVFA 4F1VA 3JYRA 5I58A 2HAUA 4IB2A 4F1YA 3R6UA 1M5CA 3CVGA 5J1DA 4H65A 4IY6A 5F7VA 3RT8A 3UN6A 3CSBA 4GF8A 3OOAA 1YPNA 3MVYA 1M5FA 4LP2B 4LONB 2VD2A 1FTKA 2X7PA 2Z23A 5HPQA 1P1NA 1MDP1 4JSDA 1OQHA 1GTKA 2I4BA 3K1NA 4TLMB 1PC3A 3MC2A 1A8EA 1OVTA 4AQ4A 2P0SA 4GVOA 1LLSA 1URSA 2OWSA 3TAJA 5AA4A 1P1QA 1VE4A 2Q2AA 2PT1A 2DE4A 5DEXA 5H8QB 1AOVA 4QFLA 1Y4TA 1I6BA 3O6HA 4NTLA 1R1NA 4TLLB 2PBWA 3I6VA 2NWJA 1ZMGA 3AXFA 1J1NA 1IXCA 3T93B 1I6AA 3HPIA 3VFJA 1MM7A 5KDTB 3KJTA 3L6HA 1LAGE 4NF8B 2OWTA 3G3KA 4XKRA 1N7XA 2A5TB 1M5EA 2V25A 3TODA 1Z7NE 4YKKA 4JWYA 1BLFA 3IOTA 5I57B 2NVUB 4KR5A 5CMCA 1LFIA 3PMXA 1I69A 3KBRA 5DVJA 2HCAA 3LBSA 3K1MA 3D4CA 5JTYB 4LZ7A 5I2KA 4BDNA 3S9LC 3IK6B 1B3HA 1NNPA 5H8SA 3K2DA 1NKXA 2G29A 2DVZA 3CRBA 2UXAA 2HXWA 1QJMA 1ELJA 3CFXA 1ZKBA 3M3LA 1B3LA 3KJ7A 2E1SA 4QSEA 3UIFA 3ONMA 3S4UA 4JDFA 3TTKA 2OJTA 4H6DA 1US5A 4M4GA 3FZVA 5CI5A 2DE3A 2OCUA 5AA2D 3S9EA 4WEPA 4U4XA 3H6VA 2Z8FA 4KFQA 4OVJA 2H9BA 1H44A 4XXUA 4R74A 5CMKA 1MQJA 5JEIA 3IO6A 3U72A 4MLVA 4C0RA 3OO9A 3THIA 5IKBA 3GXAA 2XXXA 4ZDMA 3TFLA 2UYEA 3CG1A 3FATA 1YTVA 2AL4A 1D9YA 3IX1A 1Z7ME 1LFHA 3V5AA 3EHTA 3ODBA 3O6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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