1B3EA

Human serum transferrin, n-terminal lobe, expressed in pichia pastoris
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
Knots found
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title X-ray crystallography and mass spectroscopy reveal that the N-lobe of human transferrin expressed in Pichia pastoris is folded correctly but is glycosylated on serine-32.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
total genus 102
structure length 330
sequence length 330
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA02
4RPNA 5CBRA 4UACA 3IB1A 4ZEDA 2I4CA 1B3HA 1OMPA 1POTA 4P0IA 1PBPA 3TQLA 2HZKA 1ZIUA 3CIJA 4BDRA 1WODA 3HPIA 1MY0A 5HPQA 1PB7A 2DVCA 2I48A 2H99A 5JTYA 2OLBA 2G29A 4GOTA 5KDTB 3O66A 4EF2A 1DPEA 4RNSA 5L9SA 2RCAA 4R75A 1JW1A 1S7YA 4H8JA 1MDP1 2VOZA 3H7MA 3QAXA 4QFOA 1IITA 2UVGA 4L17A 3ZKLA 3M8UA 3OSQA 2Q8JA 4YMBA 3LBSA 5I2KB 4YAHX 4G68C 3IB2A 2QJEA 2AIXA 4U1OA 4G68B 1GV8A 1DOTA 3TCFA 1QKBA 3ODBA 2DXRA 4JSDA 1II5A 1FTOA 1FQBA 3QYTA 1B9JA 3PGFA 1ZLQA 4U2RA 4I9DA 2HQ0A 4R2BA 1MXVA 3PV0E 4NF8B 4G8MA 4R9FA 3G3HA 2I3WA 5LOMA 1PEBA 4BDQA 4OEVA 3SESA 2VD2A 1FW0A 3KN7A 1B0HA 2OZZA 3HHFA 3SEUA 1SQYA 4NF6A 2E1SA 1JNFA 3OD7A 1SW1A 3FGSA 3FXUA 3UA8A 4IO3A 1HSEA 2VHAA 4IY6A 3FATA 1PDAA 2D21A 1DMBA 2RKMA 3KJ7A 3VXCA 3PPOA 4YB5A 4YKKA 1TFDA 2GHAA 1S50A 3MP1A 4M4GA 4IO7A 1PC3A 3P7IA 3MJNA 3E4RA 1ZKBA 1H45A 3PMWA 4QSEA 1EH3A 1SBPA 3H6WA 3RT6B 3T66A 1MXXA 4N07A 3RTWB 2Z8DA 4KR5A 5KCJA 1IIWA 1OLCA 1HSLA 4G68A 2DXYA 4JXIA 2Y84A 1MH4A 2XHDA 5JEIA 4KI0E 2X26A 1NKXA 1QVSA 4FEBA 2ONKE 5FHNA 3K4UA 1R9QA 2Q2AA 3UORA 2Z8EA 5AA2D 5ITOA 1AH5A 3KZGA 1CB6A 2DE4A 3T9VA 3RUMA 1MQGA 4PFTA 5ICQA 3O2AA 1M5CA 3PPRA 1DSNA 2F35A 1URGA 1B7UA 1YAEA 1T0KA 1LAGE 3U94A 4LVQA 2O7UA 4F1VA 4F29A 4U22A 5BWJA 2X7QA 1OVBA 4H5GA 3MZ1A 1S9TA 1ZMGA 4F39A 3A3UA 2AL4A 2OBGA 2CMOA 2Z22A 1B58A 4JDFA 5I56A 4GWOA 4YZZA 4MBPA 5DVIA 1FCKA 1LFGA 3OENA 1A8EA 2FNCA 3MP8A 2REJA 5I57A 2BJJX 2ZXTA 4RXLA 1BIYA 1NH7A 5I59A 1FQEA 2F6GA 2REGA 4MFIA 3TCGA 1EZ9A 3FVGA 3MPKA 4YKPA 3K1NA 4HTGA 1ANFA 1R1NA 2DWJA 1ZJLA 3K2DA 1JEVA 1ELJA 5EYFA 3V5AA 3LSWA 3UN6A 5IAIA 4OYVA 3FJ7A 1B3GA 4QFLA 4ZZAA 3RQTA 3EPEA 5BUUA 2B65A 2QPQA 3TDJA 2NUVA 3K6XA 1N0TA 3E9XA 3O29A 5CMKA 4KYDA 4MF3A 3MVZA 5EHSA 1US5A 3A09A 3GZGA 3W9WA 5AA3A 4KCDA 5DT6A 3BFUA 2XXUA 4KFQA 3IR1A 2V3QA 2B3FA 5KZTA 2XXXA 3T9HB 3OELA 3FVOA 3QUJA 1PB9A 2O51A 2DWIA 4R6HA 3GBBA 2OCUA 4Q5TA 3M3KA 4IGRA 3V83A 1B6HA 3B6WA 3K0VA 2R6GE 1JQFA 4LQ5A 4G8HA 4TOZA 3IOWA 3SEXA 4X1BA 3SEWA 1B5HA 2XXRA 2Q9TA 4H67A 2Q2CA 4XKNA 1VR5A 2H98A 2ZNTA 5AE4A 4NF5A 4C1TA 1J1NA 3TMGA 1FTLA 4EXLA 1FTKA 3ONMA 3TTNA 2Z23A 3TCHA 1VFDA 3LSLA 5ISUA 3CFXA 1FQFA 5FHMA 1N76A 2OK2A 4QRZA 4ELOA 4H8IA 3T22A 1FTJA 1MQHA 4ZECA 1URDA 4Q30B 1MPCA 1IXCA 4I1DA 4KHZE 2FA7A 4JSOA 1XT8A 4U21A 2XXQA 2DVZA 1LAHE 3PD9A 3IO4A 3I5OA 1UQWA 3OXNA 3TTKA 1Z7ME 4YB6A 1Q35A 1SD3A 1D9VA 4EDPA 1MXZA 1NMUA 4TLLB 4NMYA 4TLMB 4F19A 4ND9A 2VGQA 4POXA 2UYFA 5CI5A 2GFEA 4QFKA 1A40A 1LCTA 3O6GA 3B7DA 1NNTA 1UTHA 1MY3A 1P1OA 4EQ9A 1N7WA 1Y3NA 2F5XA 3FD3A 3H03A 4ZEIA 4RY1A 4LZ8A 1UTBB 3I6VA 3EF7A 2DWAA 5AA1A 5AA2B 4FATA 3H06B 2RC8A 4Z7EA 4FEDA 3TYHA 1P1UA 1B1XA 3C32A 4LONB 2F7CA 1DPPA 4K3FA 2YJPA 4YKJA 4MLQA 5CMBA 1JVYA 5A5XA 2I0BA 3B6TA 3TFLA 3K6UA 1IXGA 2VD3A 5AA4B 3CVGA 3CR9A 5H8SA 3EHSA 1GVCA 3TQWA 1M5BA 3S9LC 3TELA 3GBAA 1QJMA 4R6KA 1MRPA 5FHOA 1LAFE 3H6VA 2ONSA 1RYXA 2XXYA 1FTMA 2QS1A 5FTIA 5I58B 1IXHA 2I0CA 2DE2A 3G3FA 3FUZA 3IL1B 3KN8A 5H8NA 3G3JA 3DP4A 1XOCA 1B32A 4GL0A 4DXCA 1IEJA 4R72A 3GXAA 3KG2A 3MQ9A 4E0WA 5H8QB 4GFRA 2P1SA 2XX8A 4Z0IA 3OO8A 4PFWA 2IA4A 4YU0A 3T9XB 2OJTA 3ECRA 3W15C 1O7TA 2ZNUA 4GIZA 5H8FB 1USYE 3FV1A 1Q1KA 5CMCA 3M3FA 5DVFA 4FJPA 3K00A 2ESNA 1H44A 5TPAB 5DEXB 2Y7RA 4OETA 4EQBA 3JV9A 5I2NB 1OQHA 3HN0A 2V3UA 2H9BA 2H25A 5IKBA 2ZYKA 3TKDA 3PUZE 4M1VA 4PQJA 1B1HA 1Y4CA 3PD8A 2DYXA 4FIMA 3MW0A 1VSOA 4F3BA 2XXVA 2PBWA 2HCAA 1P1QA 1US4A 1DTZA 1MPDA 2ZYNA 4OVJA 1N04A 3IAZA 2V93A 4OERA 3PUXE 1WVJA 5KDTA 1Y1ZA 4F2OA 2GHBA 4LP2B 4ELQA 3FASA 3O9PA 2THIA 2ZYOA 5HM4B 1O64A 1LBCA 4X48A 4R2FA 2PT2A 2HAVA 2W7YA 3Q26A 1RYOA 1LFHA 3MPLA 4JBZA 1B3FA 2A5SA 1B5IA 2O1LA 3IO6A 4Q0CA 1OLAA 1B40A 3THIA 5H8QA 5I2KA 1SW5A 3I3VA 3TAJA 2Z8FA 4FECA 2XD3A 1OIBA 4PFYA 3KFMA 3MAMA 3VVFA 2RF1A 2QS3A 3DM0A 4U23A 4ZS9A 3V89B 1SI0A 4LZ7A 2O6AA 4TQUQ 1MY1A 4NF8A 2PT1A 4NEDA 4DDDA 1EZPA 1Y3PA 4RK9A 1MY2A 1Y9UA 1TXFA 4R6YA 1B0LA 4RJZA 3ZKKA 2I58A 4ISUA 3E13X 1N3WA 3EQ1A 1MXUA 1LCFA 3MVYA 3TZAA 3VFJA 3CRBA 1IXIA 4GVOA 4DCYA 2F78A 2NOOA 5ELVA 4F3PA 2FYIA 3TTLA 2HAUA 3UIFA 3G3GA 1MPBA 1TFAA 3ZS6A 3CFLA 2DQVA 4G2ZA 1EU8A 3SETA 4ESXA 4OFLA 3S2VA 4GRKA 3QSLA 3LSXA 3SKPA 4NWCA 1TWYA 3OO7A 1XHYA 2A5TB 3IOVA 4IO2A 1A55A 5L8DA 3O6IA 3K6WA 3N6TA 4Q8RA 1B46A 3N6UA 3CSGA 2RINA 1B7HA 3S4UA 2XXWA 4XXUA 1Y1MA 4HW8A 3UGWA 1MS7A 2Q88A 4KPTA 3VLUA 2R71A 2I6EA 4EXKA 3KEIA 1N3XA 2P2AA 4BDLA 2DOJA 1MG1A 1QW0A 5DYHA 3D4GA 1BKAA 4NF4B 1GGGA 2DP8A 5B7DA 1XVYA 4IB2A 4XKPA 3OOAA 3FIRA 4I8CA 3KSXA 2QSXA 5H8HB 4DLDA 3FV2A 1NH8A 1YPNA 1BTJA 2Y7KA 1MXYA 1A54A 2RC7A 3LSFB 3IX1A 2UYEA 1AOVA 2HEUA 3MBPA 4N13A 2PYYA 2UVJA 5TP9B 3W9VA 2G93A 3MWBA 4ELPA 3FJMA 2O68A 1QUKA 4THIA 1O63A 3BFTA 4U1ZA 3KOTA 3IB0A 3PUWE 2AYSA 4JWOA 3K1MA 1P1NA 3O97A 2XXTA 4PE5B 3SDFA 2UXAA 1I69A 3HO7A 2I49A 1SYHA 1UIVA 3MC2A 4IGTA 3PPQA 3RPWA 1F9BA 1D3KA 3FZVA 2RCBA 4FE8A 1B7ZA 1MY4A 4LATA 4H5FA 1B05A 4DXUA 3HSTA 1D9YA 3KBRA 1MQJA 1ZU0A 3FXQA 4GF8A 3ZSFA 1A7LA 1QULA 1SDXA 3U8QA 3K1PA 4LQ2A 2KLFA 2QMWA 3BBRA 1DTGA 5CBSA 1LAXA 1VFEA 2ONRA 3CG3A 3Q27A 3T93B 2RC9A 5CC2A 4WEDA 2H5YA 2OWSA 2V3TA 4YKIA 3RNNA 2XXPA 2B3BA 1HSJA 4QSDA 3QK6A 4U4XA 1LLSA 3KOSA 1ATGA 2DSFA 1P1WA 2QS4A 3L6GA 3IJOB 3CG1A 1MM7A 5JTYB 1LB9A 1B51A 3VLVA 4C0RA 4F3SA 4LUBA 3GLBA 4EQ7A 2UVHA 2OWTA 5F1QA 1JVXA 2ALUA 3ILUB 4FAJA 3CI8A 3LUYA 2NXOA 4QFNA 2XX9A 5K2XA 3VVEA 4WXJA 4JWYA 3IJXB 3PMVA 3TODA 1VE4A 3QXMA 4O3BA 4GLIA 5DTBA 4GQOA 4ZE8A 2Y7PA 4U4SA 4H65A 3HHGA 1B2HA 4H6DA 4YB7A 3FVNA 5F7VA 3ILTB 3SEYA 4IY5A 4RPOA 3VDFA 2O7IA 2F7BA 5K2YA 4F22A 2XXHA 2ABHA 3RY3A 1R6ZA 4XKQA 1CE2A 4BLAA 4ZZEA 4OENA 3OMBA 1MDQA 2QL3A 1I6QA 4MLVA 1GR2A 5B70A 3M3LA 4DXBA 4H1XA 3PPNA 3MVWA 1M5DA 4GXAA 3C33A 4OXVA 4NF6B 4MH5A 4ZEKA 1Y20A 1SI1A 1NNFA 3OEMA 1IQ7A 2F34A 3MUQA 4N6PA 3DP6A 1NFTA 3R7XA 5ICTA 4QF9A 4DCXA 4OQOA 3Q25A 2GRVA 3QUFA 3C4MA 3CFZA 3USDA 4IO6A 4HCYA 1NL5A 3RLFE 4DZ1A 3HV1A 3G3KA 3RGYA 3KJTA 4QFPA 2XD2A 1UTBA 2F97A 4H0WA 5KCJB 3VXBA 3FXRA 1B4HA 1QUJA 5AA2A 5I84A 3T9UA 1TT1A 3EHUA 4XKRA 3FJGA 1OQGA 3S9EA 4PP0A 5CM6A 1Y4TA 3JYRA 4IO4A 3F11A 2P0SA 4OZ9A 1ZBMA 3MZ9A 1JETA 1UIUA 3PU5A 5AA4A 1A99A 1XS5A 4YMAA 2CZLA 3SEVA 1LB8A 3MVXA 3N5LA 2DE3A 4PETA 1I6BA 2I3VA 3TEPA 4X1DA 3CSBA 4F3GA 5I58A 4R73A 3U72A 4PFUA 3U92A 1POY1 4HCWA 3N26A 1MXWA 3TUSA 3N94A 1YTVA 2O1MA 4JWXA 1PB8A 3PMXA 5L9OA 3KN3A 4KD5A 4OTEA 2NVUB 5I56B 4OFJA 5J1DA 3O28A 3C31A 4OEUA 2YPNA 3PUVE 4QSCA 5H8FA 5TU0A 2HFBA 1N84A 5I57B 3KSJA 4JB7A 2DS9A 5I59B 1LGBC 4DIGA 5TPAA 5DEXA 3KGCA 1URSA 5I2NA 4POWA 1MQIA 2ZNSA 5FTHA 3H3GA 2AL5A 3WAFA 4NTLA 1B4ZA 3U1OA 4O3CA 3IOUA 4OESA 4FORA 3TTMA 1FQAA 3C34A 4R9GA 1Y3QA 3H6TA 1B52A 1USYH 4I62A 3EN3A 4UA8A 1JW5A 1AIVA 2F6PA 1D4NA 2XXIA 4WKMA 4EUOA 3U93A 3V8XB 1NNPA 4NE4A 3UK4A 2V25A 1BLFA 5JK4A 3OO6A 4ELRA 1LFIA 4RK2A 5HBCA 2ZYMA 1M5EA 3VV5A 4KQPA 3S9MC 2IEEA 1IZ1A 1P99A 4GD5A 3OEKA 4O3AA 2ZMBA 4AB6A 3D4CA 3PPPA 4ONYA 3QIMA 2VP1A 2O69A 3O6HA 4C1UA 2F7AA 3LC8A 2HXWA 3MZBA 5M2VA 1QKAA 4P11A 2WKYA 3DP8A 4G77A 4GL8A 4NF5B 3Q29A 3G7WA 1JEUA 1MM6A 2QS2A 2YLNA 4F18A 4XTCQ 4AB5A 4QHQA 3Q28A 2XX7A 4XIGQ 4KCCA 2F36A 3R26A 5CMMA 3FVKA 4RYAA 1LBBA 3OSRA 1FQCA 1H43A 3OO9A 1JW4A 2M8CA 4P0GA 3RT8A 2QMXA 4OFOA 3E3KA 1SW2A 4NWDA 3RN8A 4YICA 4OMBA 4F1UA 2PX1A 3IORA 3C35A 3RTFB 5L9MA 4GXSB 1A8FA 2A5TA 4F31B 1KWHA 1AL3A 2I4BA 3VVDA 2PMSA 2LAOA 4G8NA 5ITPA 3DELB 3IK6B 5EHMA 4BDMA 1RKMA 3WAEA 1B5JA 4ZEFA 4LZ5A 2PVUA 3EHTA 3G3IA 1ZTYA 4NF4A 4RA1A 5DVJA 2O84X 4BDOA 4X9TA 3VE1B 1UTHB 3MP6A 3HCQA 4ZDMA 1FQDA 1NNKA 1B3LA 1QUIA 3JZJA 2HZLA 3DLNA 1SYIA 3TPAA 5H8HA 3TTRA 1LSTA 2X7PA 4G4PA 2Y7IA 1XC1A 4ECFA 2H4IA 2Y7WA 3K6VA 1YCJA 4OWDA 4WEPA 2GH9A 2NWJA 1WDNA 4R74A 3R6UA 3PUYE 1H76A 3B6QA 5TP9A 3AXFA 5A5XB 1BP5A 1EZOA 2D5WA 2QRYA 1MH3A 2E0SA 4KYSA 1I6AA 1H3DA 3K02A 3H6UA 1OVTA 2F8DA 2R9JA 1MQDA 1XVXA 4EF1A 2UVIA 1L5TA 3C36A 1IUDA 1R9LA 3BKIB 5CRYA 4BDNA 2D3IA 1PBQA 4KYEA 4F2QA 1M5FA 2Q89A 2ANJA 1SVXB 1GTKA 5H8NB 4F1YA 1SW4A 4LA9A 3VLWA 3L6HA 1N7XA 3T96B 3SERA 4ZE9A 2V84A 2DWHA 4ESWA 3LR1A 3K01A 3UP9A 4DE8A 4HS7A 4ZEBA 4IO5A 4E0XA 1B3EA 3C9HA 3S9NC 3H4ZA 1AMFA 3A3CA 4AQ4A 4OHNA 1Z7NE 3IOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RPNA 4AS5A 5CBRA 4UACA 3IB1A 1IMEA 4ZEDA 2I4CA 5I3SA 1B3HA 1OMPA 1POTA 4P0IA 1PBPA 3KBZA 3TQLA 2HZKA 1ZIUA 3CIJA 4BDRA 4PGNA 1WODA 3HPIA 1MY0A 5HPQA 1PB7A 3B50A 2DVCA 2I48A 2H99A 5JTYA 2OLBA 2G29A 4GOTA 5KDTB 1FBDA 1NV3A 3O66A 4EF2A 4P1EA 1DPEA 4RNSA 5L9SA 2P3VA 2RCAA 4R75A 1JW1A 1S7YA 4PF8A 4H8JA 1MDP1 2VOZA 3H7MA 3QAXA 2XA5A 4QFOA 1IITA 1FPIA 2UVGA 4L17A 3ZKLA 3M8UA 3OSQA 1FBGA 1NV6A 2Q8JA 4YMBA 3LBSA 1Q9DA 5I2KB 4YAHX 4G68C 3IB2A 2QJEA 1D9QA 2AIXA 2JJKA 4U1OA 4P8BA 4G68B 1GV8A 1DOTA 2QVRA 3TCFA 1QKBA 3ODBA 2DXRA 4JSDA 1II5A 1FTOA 1FQBA 3QYTA 1LBVA 1B9JA 3PGFA 1ZLQA 4U2RA 4I9DA 2HQ0A 1NV0A 4R2BA 1MXVA 3PV0E 4NF8B 4G8MA 4R9FA 3G3HA 2I3WA 5LOMA 1PEBA 4BDQA 4OEVA 3SESA 2VD2A 1FW0A 3KN7A 1B0HA 3RYDA 2OZZA 3HHFA 3SEUA 4GBVA 1SQYA 3BIHA 4O7IA 4NF6A 2E1SA 1JNFA 3OD7A 1SW1A 3FGSA 3FXUA 3UA8A 4IO3A 1HSEA 2VHAA 4IY6A 3FATA 1PDAA 2D21A 1DMBA 1LBWA 2RKMA 3KJ7A 4N91A 1FRPA 3VXCA 1RDZA 4PFIA 3PPOA 4YB5A 4YKKA 1TFDA 2GHAA 1CNQA 5IZ3A 1FJ6A 1S50A 3MP1A 4PTKA 4M4GA 4IO7A 1PC3A 4AS4A 3P7IA 3MJNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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