1B3EA

Human serum transferrin, n-terminal lobe, expressed in pichia pastoris
Total Genus 102

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
Knots found
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTVIII7 (254-257)AH2 (45-54)S1 (5-11)TIV1 (55-58)O4 (118-194)AH1 (13-28)O2 (9-48)TIV9 (290-293)TI16 (279-282)TVIII8 (280-283)TI18 (287-290)TI1 (31-34)S13 (250-254)O5 (137-331)S3 (59-62)TII3 (121-124)AH3 (64-71)AH11 (317-327)TVIa1 (72-75)S12 (244-247)TI2 (87-90)S5 (91-92)TI10 (183-186)S9 (202-206)S6 (94-102)TI14 (237-240)TI15 (238-241)S10 (223-227)TVIII6 (198-201)TII1 (102-105)TI11 (227-230)TI3 (108-111)TVIII2 (137-140)AH5 (147-152)TI4 (109-112)TII2 (112-115)TVIII3 (152-155)S7 (117-119)TVIII5 (181-184)S8 (157-158)TIV3 (124-127)O1 (141-143)3H1 (168-171)TI6 (163-166)TI9 (180-183)TII4 (159-162)TIV5 (154-157)TI7 (164-167)TI8 (171-174)TVIII4 (172-175)TII5 (174-177)AH6 (188-197)AH7 (208-213)TIV10 (292-295)AH8 (217-221)TI13 (235-238)S11 (231-234)TI12 (234-237)AH10 (311-315)AH9 (260-274)TIV8 (255-258)S14 (299-304)TII6 (275-278)TIV11 (293-296)TI17 (283-286)TI20 (306-309)S4 (77-86)TI19 (296-299)AH4 (129-137)S2 (36-42)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
publication title X-ray crystallography and mass spectroscopy reveal that the N-lobe of human transferrin expressed in Pichia pastoris is folded correctly but is glycosylated on serine-32.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
total genus 102
structure length 330
sequence length 330
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA02
1ZKBA 2PYYA 4H8JA 2KLFA 4ZEBA 5AA2B 4DE8A 4R74A 3ECRA 2DE4A 2Y7PA 4RPOA 3IOUA 3HPIA 1N76A 4KQPA 2X7QA 4EUOA 4GWOA 3IK6B 3L6GA 1FW0A 1UTBA 3HN0A 3LSFB 2REGA 4G68A 5JEIA 3RNNA 1B58A 2O7IA 1N3XA 1UIUA 3PPQA 4OFLA 4HS7A 4LZ5A 3CG1A 1BLFA 1B5HA 3CSGA 3IJXB 3IORA 2F8DA 3OENA 4ZEIA 5AA2A 1DPPA 1WDNA 3C9HA 4GLIA 3TODA 1USYE 4YB5A 2Y7RA 1Y9UA 5EHSA 3OOAA 3ILTB 3PGFA 3LSWA 4OEVA 1LBBA 3LC8A 3VLUA 4LZ7A 2O69A 2A5TB 5IKBA 5CBSA 5DTBA 3OEMA 3B6WA 2R71A 4ELRA 1GR2A 4YU0A 1A8EA 3IOTA 2P0SA 3SDFA 4Q8RA 3FVOA 1SW2A 1H44A 4TOZA 1SW4A 1AIVA 3EHSA 5F7VA 5DVIA 4EF2A 2F7CA 2I0BA 4RNSA 4M1VA 5CMBA 3N94A 1B4HA 4Z0IA 1MY0A 3PPPA 2OLBA 2UVHA 2A5TA 4OTEA 5ITOA 4FAJA 1MY2A 1URDA 3VE1B 3WAEA 4G4PA 3UK4A 1B6HA 2I3WA 1D3KA 3TPAA 4RJZA 4NMYA 4QSCA 3MBPA 3Q25A 4IGTA 1QKAA 3VDFA 5ITPA 3KGCA 1POTA 2OK2A 3IB0A 5CRYA 3G3FA 3TQLA 1FQDA 5AA3A 4DIGA 1B4ZA 2H4IA 4MF3A 1Y1MA 3MUQA 3V83A 2Z8FA 2I3VA 2HFBA 3KBRA 4F22A 3FGSA 3W9WA 5J1DA 3CG3A 4DLDA 5H8NB 4O3AA 2V3UA 3R26A 4IY5A 2F34A 1N3WA 4ZZAA 2ONSA 4PFYA 3CFLA 2XXQA 1MS7A 5ICTA 2Q2AA 4Q30B 3VXBA 3MWBA 4F1UA 3RN8A 1ELJA 2IA4A 5DT6A 4C1TA 3N5LA 4WEPA 4NF8A 2GFEA 4IO6A 3S2VA 1M5EA 1UTHB 3M3KA 5I84A 3EN3A 3TFLA 4E0WA 5H8NA 2ZYMA 3F11A 4PQJA 3K1PA 3H7MA 1O64A 4EQBA 5ISUA 1RYXA 3RTFB 4U23A 2Q88A 4OZ9A 1MY1A 4G8HA 1MQJA 3C36A 1N7WA 4MBPA 1TXFA 5AE4A 3UGWA 2NXOA 4JB7A 4NF4B 4ESXA 1ZLQA 2E1SA 4QFKA 3OSQA 1UTHA 2B3BA 4QSDA 4X9TA 3G7WA 1DSNA 1MPDA 2Q89A 1B3GA 3R7XA 4YKKA 2XXYA 2XXUA 1GTKA 3GBAA 2NUVA 3OO9A 1B7ZA 2F36A 4IO7A 1ZMGA 5DYHA 3CFZA 3U8QA 1B1HA 4OFJA 3KSJA 3KOSA 1DOTA 1NL5A 4IO3A 4I1DA 1MM6A 3PD8A 4R9GA 3S9LC 4NTLA 2QSXA 2QMWA 4R2BA 2DE2A 3T9XB 4GOTA 4KCCA 3D4GA 4KI0E 2OWTA 3M8UA 3CRBA 3PPOA 1TFDA 2I48A 5ELVA 3E13X 1FQBA 2CMOA 3QXMA 3S4UA 3N26A 4DCXA 4FIMA 1S50A 1M5CA 3HHFA 3TQWA 1ZBMA 5FTIA 1M5BA 3V5AA 4U21A 2X26A 5EYFA 4WKMA 1BP5A 3MP6A 4PETA 5H8QB 4OFOA 4NWCA 1MY4A 3TTKA 5EHMA 1MH3A 4MFIA 5I57B 3U92A 1S7YA 3MC2A 2O6AA 4JSDA 4LZ8A 4ELQA 3FD3A 4RK2A 3ILUB 4FECA 3O6HA 3CIJA 3A3UA 3W15C 4JWXA 1JETA 1OIBA 5K2XA 3FXRA 4ECFA 2O84X 5B70A 3OO7A 3UORA 1USYH 4HCWA 5HBCA 5BUUA 2XXTA 3GBBA 2RINA 1SDXA 1GGGA 2ONRA 3TCHA 2Q9TA 4ZS9A 5FHOA 5H8QA 2QS3A 3K6XA 1SD3A 2G29A 3KJTA 1HSEA 2D5WA 4R73A 5H8FB 1BTJA 4X1DA 4GQOA 4POXA 1PC3A 4BLAA 1VE4A 2V3QA 4OENA 5TU0A 2F5XA 1BKAA 3VVFA 4TLLB 1MXWA 1SBPA 4NF5B 4PFWA 3MVXA 2XD3A 4U2RA 1LCFA 1IXIA 2P2AA 1MDQA 4ONYA 1B7UA 4FORA 5JK4A 3FZVA 5HM4B 1JW1A 3K4UA 4NEDA 2NOOA 4UA8A 2A5SA 5L9SA 1VR5A 3BKIB 1MRPA 3PMVA 1WVJA 4F1YA 4H8IA 3HHGA 5DVJA 1OQGA 1SQYA 5DEXA 4F39A 2I4BA 4ZDMA 3O6IA 1FQCA 3BBRA 3RLFE 5FTHA 1JW4A 2Z22A 2B3FA 3Q27A 4F2QA 4U1OA 1A99A 4NF5A 4G68C 4YKIA 4FEBA 3VV5A 2DWAA 4ND9A 2OBGA 4H65A 4LUBA 4C1UA 5CBRA 4GIZA 1FQFA 2YLNA 4Q5TA 3CR9A 2HZKA 1VSOA 2PT1A 3ZKKA 2PX1A 4NE4A 1YCJA 3TAJA 3QUJA 1P1WA 4U4SA 2F6PA 5JTYB 4R72A 4FEDA 4F18A 3BFUA 1B46A 5H8SA 1PBPA 4KPTA 1PB8A 4NF6B 1OMPA 1T0KA 1D9YA 3PPNA 2REJA 3MP1A 1MQGA 1Y3QA 2UVJA 1QVSA 2UVIA 3QIMA 1IIWA 3S9MC 3UP9A 1B9JA 3G3KA 4FE8A 1B40A 1SI0A 5I2NB 4QFLA 2F78A 4H1XA 1HSLA 4BDRA 1MH4A 4KFQA 4ZEFA 5JTYA 4AB6A 2AYSA 3SEYA 3FVKA 2FNCA 1MQHA 4DXUA 3HSTA 1ZTYA 3L6HA 2B65A 1R9LA 4YICA 3O6GA 3RTWB 2O1MA 1ZJLA 4HCYA 3CFXA 2IEEA 2PBWA 2XHDA 4GXSB 1LLSA 1I6AA 1PB9A 4OXVA 1XC1A 3SESA 1NNPA 3FJGA 1NFTA 1OVBA 3C4MA 1PEBA 5I2NA 1FTLA 4X48A 2OJTA 3E4RA 3EHUA 1EZ9A 1NNFA 3VVEA 1SVXB 4KR5A 1QJMA 1XT8A 1SYHA 4O3CA 4LQ2A 1MXVA 1LAHE 1H45A 2XX8A 1AH5A 1MPCA 3FV1A 2FA7A 3QSLA 3P7IA 1GV8A 4R75A 2F7BA 2O7UA 4GVOA 1NNTA 4E0XA 2X7PA 3K2DA 3TMGA 1LAFE 4XKQA 3K1NA 1P1OA 1DTGA 4XKNA 3K01A 2WKYA 1FTOA 1NKXA 4N6PA 1Z7ME 1KWHA 4XKPA 2DWJA 1MXUA 4U1ZA 1DMBA 2THIA 2W7YA 4HTGA 3G3GA 1I6BA 3KOTA 4OYVA 3H6UA 3IL1B 3SERA 3DLNA 1H43A 1Y3PA 3RPWA 1SW1A 4OVJA 4OHNA 4RPNA 5CI5A 3EHTA 4WXJA 4XKRA 3PUVE 1VFEA 2ZMBA 5CC2A 2V25A 1PDAA 4YMBA 3UN6A 4QFOA 2XXHA 3EF7A 3HO7A 2QS1A 2DYXA 4ZEDA 1J1NA 1XVXA 4O3BA 2ESNA 1Y1ZA 2DS9A 2YPNA 4KYSA 4G8MA 1JVXA 4P0IA 1B1XA 1LFGA 1LFIA 3RT8A 3K6WA 4RYAA 4ESWA 1TWYA 1EU8A 1II5A 4FATA 3JV9A 5FHMA 1P1NA 4I62A 4MH5A 4IO4A 4XTCQ 3MVZA 4DXCA 1IXHA 2ZNTA 1DTZA 2Z8EA 4QHQA 3TEPA 4G8NA 3FJMA 1Z7NE 4RA1A 3KSXA 4ZE9A 1FQEA 2XX9A 3O97A 3VFJA 3H6TA 1MDP1 2DSFA 4F19A 2HAVA 4P11A 4JDFA 3Q28A 4GFRA 1XHYA 1H3DA 1QUIA 3ONMA 4JWYA 3QK6A 1US5A 4M4GA 4XIGQ 1OVTA 3H6VA 2AIXA 2H99A 3K1MA 2R9JA 3WAFA 1Q35A 1MXYA 4F3GA 1IZ1A 4NF4A 5M2VA 5I59B 1SYIA 4R6HA 3U1OA 4MLVA 3RGYA 1FTKA 1BIYA 2HAUA 1NH8A 2I6EA 1B3FA 3SETA 3W9VA 4F31B 4EXLA 3FATA 1B05A 2Y7WA 4P0GA 3FVNA 2DQVA 5IAIA 3IX1A 1AL3A 3OO8A 4ISUA 4R2FA 4F3PA 2I0CA 4H5FA 3GLBA 4PP0A 4RXLA 2R6GE 4H6DA 2XXIA 3MPLA 3MP8A 2OWSA 2Q8JA 2HQ0A 4YMAA 1R6ZA 1A54A 3FVGA 4KYEA 1JQFA 1Y3NA 3C31A 1LAGE 2VD2A 1EZOA 3Q26A 2AL5A 2UVGA 2UYEA 4ZECA 3MZBA 3IAZA 4I9DA 1JNFA 2GHAA 2XXVA 2YJPA 2HEUA 2XXXA 3ODBA 1B2HA 1MQIA 4TQUQ 3KZGA 4H5GA 1DPEA 2RCAA 4IB2A 3K0VA 3D4CA 2M8CA 3AXFA 3HCQA 4GRKA 1IEJA 2XXWA 1NH7A 1IXCA 3I5OA 3DELB 3CVGA 1PB7A 1RYOA 3PV0E 2DWHA 2QL3A 3MAMA 1UQWA 3RT6B 3VXCA 1MG1A 4F1VA 2Z23A 5BWJA 2FYIA 2GRVA 3PUZE 5KCJB 4ELOA 3MZ9A 5I57A 3OMBA 4U22A 4OWDA 3U72A 2E0SA 4F3BA 4PFTA 3IB1A 2RC7A 2HXWA 4LATA 4YKPA 2QS2A 3FJ7A 4JXIA 4JWOA 3OEKA 3TELA 3THIA 1S9TA 2XXRA 3FASA 3FV2A 1MPBA 5I2KB 3SEVA 5AA4B 2VHAA 5KCJA 4TLMB 4FJPA 4IO5A 1OLCA 1US4A 1IUDA 5H8FA 1B51A 3T9UA 3ZSFA 3EPEA 1N0TA 3IO6A 3DP8A 1URSA 3O29A 2VGQA 3ZKLA 2F97A 1O63A 3A3CA 4UACA 1A40A 3KFMA 3FUZA 3KN8A 1O7TA 3OSRA 4H0WA 3TKDA 3IOVA 1B7HA 4G77A 3TZAA 4F29A 5I2KA 1Y4CA 3OD7A 4RY1A 5AA4A 1XS5A 2H25A 1SI1A 4PFUA 4K3FA 2XXPA 3S9NC 2AL4A 2UXAA 2OCUA 4RK9A 4DXBA 3Q29A 3K6UA 1Y20A 2OZZA 2XX7A 2RC8A 3N6UA 4THIA 3KN3A 4XXUA 1JW5A 2Y84A 1IQ7A 4JBZA 4X1BA 1POY1 3TYHA 4MLQA 5HPQA 4AB5A 4EDPA 1NNKA 1L5TA 2DE3A 5AA2D 1WODA 2QPQA 4IGRA 4R6YA 3E3KA 1YPNA 1QW0A 3C33A 1AMFA 3A09A 1CB6A 3C32A 1FTJA 3O66A 4QFPA 5B7DA 3MVWA 1TFAA 4GD5A 1JVYA 1LB9A 1MY3A 1B3LA 3KN7A 3N6TA 3PUXE 4GXAA 3I3VA 3JYRA 3O9PA 3IJOB 2RCBA 4OESA 1D9VA 1ZIUA 3LR1A 3GXAA 1JEUA 4DDDA 2ONKE 3USDA 5DVFA 3H3GA 1XVYA 3H4ZA 4NF6A 4ZE8A 4BDMA 4LVQA 1D4NA 4C0RA 5CMCA 1LAXA 5I58B 1N7XA 2GH9A 4EQ9A 1LSTA 5ICQA 1JEVA 3MQ9A 4QRZA 4OETA 4OQOA 3KJ7A 4OEUA 3TTLA 2VD3A 3MZ1A 4BDQA 3S9EA 2V93A 2XD2A 4F2OA 1R1NA 3H6WA 1XOCA 4DZ1A 1P1UA 1A8FA 1ATGA 2ZNSA 5F1QA 3H03A 3IB2A 4Z7EA 3KEIA 1URGA 5I58A 3U93A 4ELPA 1B0LA 5H8HB 3M3FA 2H98A 4QF9A 4OMBA 1SW5A 1EH3A 2UYFA 1B32A 4POWA 5CM6A 2P1SA 2V84A 3IOWA 2NVUB 2ZYKA 4H67A 2HZLA 4LQ5A 1R9QA 4GL8A 1MQDA 4YZZA 4AQ4A 1ZU0A 4YKJA 5L9MA 3O2AA 3B7DA 4NF8B 1OLAA 1AOVA 2RC9A 2DOJA 1P99A 4GF8A 5AA1A 3TDJA 1FTMA 4KCDA 2BJJX 2LAOA 1Y4TA 5H8HA 4OERA 4YAHX 2PMSA 1MXZA 1IITA 2QRYA 3LSXA 3PD9A 2F7AA 3TTNA 4NWDA 1I6QA 2ANJA 2VP1A 1FCKA 2H5YA 2DXYA 4BDLA 3PMXA 1LFHA 1LCTA 2ABHA 2Y7IA 1HSJA 5A5XB 3I6VA 4F3SA 3T22A 1A55A 1M5FA 5CMKA 1CE2A 4LA9A 2I49A 4KD5A 2QJEA 2ZNUA 4Q0CA 2NWJA 2Q2CA 4YB7A 3RQTA 3DM0A 3BFTA 4EXKA 3CSBA 3OO6A 3RUMA 2GHBA 3MW0A 3K6VA 1LGBC 3OXNA 1B3HA 3TTMA 4BDOA 3SEUA 1EZPA 3HV1A 1OQHA 3T9VA 4PE5B 3LBSA 1A7LA 5A5XA 3JZJA 5TP9B 3SEWA 4BDNA 1F9BA 3G3IA 1M5DA 1LB8A 4EF1A 2CZLA 2I4CA 3QYTA 4QSEA 5TPAB 4L17A 3FXQA 4IY6A 3MJNA 1RKMA 2Z8DA 3V89B 3PUWE 4ZEKA 3DP4A 3G3JA 3T96B 3O28A 3DP6A 1LBCA 1VFDA 4G2ZA 4WEDA 3UIFA 2D21A 3IO4A 3TTRA 3SEXA 1B5JA 3CI8A 3T93B 2V3TA 2D3IA 5TP9A 3K02A 3T9HB 4KYDA 4I8CA 2QS4A 5L8DA 4JSOA 3C34A 2DVCA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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