1B3EA

Human serum transferrin, n-terminal lobe, expressed in pichia pastoris
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
Knots found
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Iron transport
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
publication title X-ray crystallography and mass spectroscopy reveal that the N-lobe of human transferrin expressed in Pichia pastoris is folded correctly but is glycosylated on serine-32.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 330
sequence length 330
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA02
3G3JA 3I6VA 4OXVA 3MP6A 3THIA 4TOZA 2B3BA 4DCYA 3K1PA 2O7UA 3GBAA 3SETA 1JVXA 2H25A 1PC3A 1JETA 1Q35A 2H99A 3PPPA 5ICTA 2DWJA 5DEXB 3VLWA 4XIGQ 1JEVA 4YKIA 3H7MA 1PEBA 5DVIA 5H8NB 1J1NA 2ZNTA 5B7DA 1B40A 1FTLA 3V89B 4I1DA 3SEVA 3R6UA 2XX7A 1A55A 3UP9A 1YAEA 2YJPA 3IAZA 3EF7A 3OENA 1II5A 3FV2A 4KHZE 3CG3A 1PBPA 1LFHA 4H5GA 4R9FA 2O1LA 3K01A 1N0TA 2ZYMA 3PPNA 2DWHA 2DXRA 2KLFA 1MXVA 1DPEA 4EQ7A 3A3UA 2CZLA 4DIGA 3VV5A 1ELJA 5BUUA 5AA2A 4IY5A 4HW8A 2F36A 2QS4A 4OESA 2A5SA 4LATA 1LCTA 3H6UA 1EZOA 4OFJA 4Z0IA 3LR1A 3G3IA 3IORA 2GRVA 3M3KA 2NWJA 3K6WA 4K3FA 2ONRA 3FZVA 3K6VA 4JWOA 3JZJA 4U4SA 3SKPA 4YKPA 3T96B 1QJMA 1XC1A 3MW0A 4DZ1A 3CSBA 3VXBA 1R6ZA 1B32A 3PPQA 3A09A 5JTYA 4FAJA 3MVWA 4IO6A 1FQDA 1NMUA 4WEPA 5DTBA 1XT8A 3MWBA 4NF4B 1GTKA 2DSFA 2R9JA 1LBBA 3TCFA 3HHFA 3RY3A 4EQBA 2V84A 1HSLA 1N7WA 1MQIA 3JYRA 4NTLA 1VFDA 4RY1A 1QKBA 3DP8A 1YTVA 2GHAA 4R72A 1WVJA 3DP6A 1R9QA 3L6GA 2XXIA 1A40A 5JEIA 1OLCA 1ATGA 4LZ8A 3PV0E 2UYFA 4NF6B 3S9MC 5K2YA 2I3VA 1KWHA 3HPIA 3ZKLA 3G3HA 1B0HA 4U22A 1Y3QA 3H03A 3EPEA 3EHTA 3OELA 1YCJA 1IXIA 4YB5A 3T9VA 1WDNA 2PVUA 4KQPA 5FHNA 2AL5A 4E0XA 1B2HA 1FQFA 2O69A 3G7WA 3BBRA 4AQ4A 3UA8A 2UXAA 4X1BA 4FEDA 5I2KA 3RUMA 2QS2A 1UIVA 5EHSA 2Z8DA 4GQOA 3VLVA 2DE3A 1WODA 1LBCA 1USYE 3HHGA 3N6UA 3SESA 1B1XA 4P11A 2Y7IA 1MH4A 1HSEA 4MLQA 3T9XB 5AA2B 1B7HA 1PB8A 3TFLA 4XKNA 2DVZA 5I59B 3SEUA 4F3PA 4NF5A 5F7VA 4XKPA 5KCJA 4OETA 4Q0CA 4G8HA 1SYIA 3ZSFA 3C9HA 3D4GA 3TTNA 2V3UA 2Q2AA 2F78A 2G93A 3VE1B 1OVTA 4YB7A 1I6BA 3O66A 2M8CA 4FECA 2UVGA 1US5A 1BTJA 1FQCA 2XXPA 1R9LA 3P7IA 1OMPA 1JQFA 4N07A 3S9EA 3MVYA 4RNSA 4JBZA 3IOTA 1SW2A 1BP5A 4M1VA 1NNKA 3FGSA 1SI1A 3DELB 4GXSB 1B1HA 5AA1A 3F11A 1AH5A 4LVQA 2O6AA 4MLVA 3IX1A 3U1OA 1HSJA 3HCQA 5L8DA 1US4A 3IOVA 4PETA 2XD3A 1FTMA 5KDTA 4ZZEA 2F7BA 4ZECA 2Q88A 3K1MA 1LGBC 1GV8A 3BKIB 3H6VA 2ONSA 3IB1A 4DDDA 4DXCA 4QFNA 3HSTA 4ND9A 2VD2A 2YLNA 3IB0A 2DVCA 3DLNA 3MZBA 2XXXA 3U72A 5H8FA 1LSTA 3ONMA 3CR9A 2HZKA 4XKRA 5I84A 2W7YA 3K2DA 3O2AA 1LB9A 3TAJA 2RF1A 1URSA 3OXNA 5F1QA 4GVOA 3OO6A 5I2NB 2OWTA 2FYIA 3IJOB 1IEJA 1B5JA 3N5LA 3MVXA 1B5HA 4GLIA 1Y9UA 1I6AA 3OEMA 4R2FA 3T66A 4Z7EA 1T0KA 3BFTA 1P1UA 4RA1A 3KSJA 5J1DA 3FIRA 1IIWA 1MY4A 4H65A 4FJPA 2Q9TA 4GIZA 3TUSA 1FCKA 3CVGA 3CIJA 3EHUA 3QUFA 1BLFA 4RJZA 4NF8B 3LBSA 2ZYKA 3T9HB 3S2VA 3CSGA 1JW1A 3CFXA 1SW1A 2NVUB 4OEUA 3KJ7A 2V25A 3N94A 5I57A 5KCJB 1UIUA 3WAFA 1SBPA 1B3LA 1QUKA 2XD2A 3KN3A 4GXAA 2HXWA 4RYAA 2Q8JA 3VLUA 1NFTA 1I6QA 2PT2A 3O29A 4NF6A 1M5EA 1GVCA 4ZEBA 1DTGA 4H67A 3RGYA 2REJA 1LFGA 3H3GA 4TLMB 3C32A 2DWAA 4DCXA 2VOZA 1Z7NE 1B7ZA 3VVFA 3TMGA 4F1VA 4F1UA 4PFWA 3T9UA 3RQTA 1A7LA 1SI0A 3LSXA 1B3FA 3TQLA 4ZE8A 2ALUA 1MRPA 3RTWB 4ECFA 1OQHA 5H8QA 3UIFA 3LSFB 5KDTB 1SDXA 2DYXA 2QMXA 2D3IA 3C34A 3TKDA 1Y1MA 3O6IA 3FXRA 1NKXA 1NNTA 3CFZA 3FASA 2VD3A 4H1XA 2YPNA 3UN6A 2ZNUA 2D21A 1TFAA 2I4CA 4JDFA 1IXGA 1ZLQA 3C35A 5H8FB 2VGQA 3TPAA 4QHQA 4HTGA 1H76A 2B65A 5FTHA 4U2RA 4L17A 1NNPA 4OZ9A 3RN8A 5I59A 4Q8RA 3OEKA 2QRYA 1B5IA 2V3TA 3RLFE 1H43A 1LB8A 5AE4A 3TEPA 4O3BA 3HN0A 4OFLA 1EZPA 4ZEFA 3Q29A 4PFUA 5B70A 3D4CA 2Y7KA 2AYSA 3OO9A 4ZS9A 5CM6A 3K02A 1N84A 2H5YA 4ZEIA 4BDOA 2QJEA 3O6GA 2XXUA 2XX8A 1SVXB 2RC9A 1O63A 4GD5A 3M8UA 4LZ5A 4GRKA 2F35A 3H6TA 5FHMA 3O6HA 1B7UA 2OWSA 1O7TA 3KJTA 5ELVA 3TQWA 4G4PA 3G3KA 5AA4A 3E9XA 2UYEA 3PU5A 3SDFA 1PBQA 4OFOA 4IGTA 4G77A 1LFIA 1MQJA 1JW5A 5FTIA 3L6HA 5CMMA 3VVEA 2I4BA 1JVYA 1ZMGA 5I57B 1Y1ZA 1CE2A 1LAXA 1AOVA 3V5AA 1B46A 3MJNA 4ZE9A 4C0RA 3QAXA 1URDA 2QMWA 1URGA 3C31A 4OWDA 2OJTA 4BDNA 3TTMA 4F3SA 4UACA 2DWIA 2HAVA 4PE5B 3H4ZA 1A8EA 3Q28A 3O97A 5I2NA 2Y7WA 4OERA 4EXKA 3ILTB 2ANJA 2ZYOA 4EQ9A 2PBWA 1MPDA 4ZEKA 4BDQA 1R1NA 3LC8A 1XVYA 3PUVE 4YU0A 2O68A 3MPLA 2XX9A 4YKJA 2FNCA 4H8IA 1H45A 5H8QB 3FUZA 3B6WA 4QF9A 3IOWA 3CFLA 1SYHA 3FVKA 4I9DA 4PP0A 4U21A 4OTEA 1UTBA 3KG2A 5CC2A 2VP1A 1UTHA 5CRYA 4ELRA 3SEYA 3TTLA 3B7DA 3KZGA 3QXMA 4LUBA 4DE8A 2V93A 4BLAA 3V8XB 1NL5A 4RXLA 1N3XA 2UVHA 4YICA 1M5BA 4BDMA 4NE4A 4NF8A 5DVJA 5CMKA 1I69A 3K1NA 1MDP1 2A5TA 2THIA 3N6TA 3SEWA 4RK2A 1B05A 4F39A 4IB2A 2DE2A 3TZAA 3USDA 4JB7A 1MS7A 3UGWA 1IUDA 4R74A 3PPRA 1ANFA 2RCBA 3KN8A 1BIYA 5EHMA 3IOUA 3OO8A 4KR5A 2QS1A 3TDJA 1EU8A 1USYH 4AB6A 5H8HB 5A5XB 3KFMA 5DYHA 1B58A 2RC7A 1ZTYA 1Y3PA 2F7AA 4NWDA 2REGA 4XTCQ 1MXUA 2OK2A 3K6UA 1S9TA 5HPQA 4KYEA 5L9MA 3CG1A 4Q30B 1D9VA 4NEDA 1MM7A 3C4MA 3E3KA 3PD8A 4POXA 1Z7ME 5AA4B 4DLDA 2IA4A 3AXFA 4QFPA 1B3HA 2Z22A 1OLAA 1MXXA 2F34A 5H8SA 5CBSA 5CI5A 1B51A 4LQ5A 1B6HA 2VHAA 2Z8FA 3PMWA 5ISUA 2H98A 2PT1A 1OVBA 3MBPA 3G3GA 1SQYA 1Y3NA 5IKBA 1IITA 3HV1A 1NNFA 3OSRA 5ITPA 1D9YA 3PD9A 4YMBA 3IL1B 3QSLA 2ONKE 5CBRA 1FQAA 1TWYA 2DE4A 4IO7A 3A3CA 4EUOA 2R71A 3KSXA 1MY1A 4RPOA 1FTKA 3I3VA 3ZKKA 4QFOA 3WAEA 4GF8A 3GBBA 4HCWA 4WEDA 5TU0A 1ZU0A 4LA9A 2PMSA 1GR2A 4H6DA 1TFDA 1LLSA 1A54A 3UK4A 4LQ2A 4MBPA 1N7XA 4EF1A 1XS5A 4IO3A 3G3FA 5AA2D 1N04A 4N6PA 1B9JA 4ISUA 1ZIUA 3PUYE 4KI0E 1QUIA 3ZS6A 4JXIA 4F29A 1ZBMA 1P1QA 1UTBB 3QUJA 1Y4TA 1DPPA 1UTHB 3ODBA 3H06B 4R6HA 1JNFA 3K4UA 2RC8A 1LCFA 5K2XA 2P2AA 5KZTA 2O1MA 4YMAA 3SERA 3KBRA 3B6QA 4QRZA 2Q2CA 4YKKA 4JSDA 3KOSA 4EDPA 2A5TB 3W9WA 3KN7A 1PB7A 1B4ZA 1PDAA 4G8MA 1TT1A 3GXAA 4LZ7A 2X7PA 2Y7RA 3CRBA 1AMFA 4POWA 1VE4A 1H44A 2DQVA 1FQBA 4RPNA 3OMBA 3U8QA 1MQDA 3TTKA 2DOJA 3MZ9A 2I49A 3QK6A 3KOTA 4H0WA 2RINA 1MXZA 2PX1A 2AL4A 1POY1 2NOOA 4BDRA 2ZMBA 3DM0A 2FA7A 3RTFB 1PB9A 4HS7A 1IZ1A 1EZ9A 4MF3A 2BJJX 4OENA 4GFRA 3W15C 1S7YA 4MFIA 3CI8A 1JEUA 2DP8A 4WXJA 1BKAA 4OMBA 3K0VA 1MY3A 1SW4A 2DXYA 4QFKA 3OSQA 4OVJA 4ELOA 2NXOA 4OQOA 2Y84A 3FATA 1Q1KA 1F9BA 3T93B 4KFQA 3IK6B 2HZLA 3LUYA 4DXUA 2XXTA 4P0IA 1QW0A 4KPTA 2F97A 1MM6A 3MPKA 1Y20A 4DXBA 3KGCA 4ZZAA 2ABHA 3VXCA 4IO5A 3TYHA 1FQEA 4FE8A 4IY6A 3U92A 1IXCA 4R9GA 1P1OA 1D4NA 4QSEA 1IXHA 1RYOA 3PUWE 4KYDA 3B6TA 5L9OA 4YAHX 3IJXB 2QPQA 5HM4B 3MVZA 3M3LA 2V3QA 2RKMA 1TXFA 3E4RA 1SW5A 5DT6A 1VSOA 5H8HA 3Q25A 4P0GA 2LAOA 5A5XA 2UVIA 3RPWA 1FW0A 1CB6A 4G8NA 4F19A 1VFEA 3VVDA 3LSWA 2UVJA 5JK4A 1MXYA 3MZ1A 3M3FA 1FTOA 1XVXA 2I0BA 3FJ7A 1L5TA 4ZEDA 4HCYA 4F3GA 3U93A 2ESNA 1MH3A 4UA8A 1LAHE 2XXYA 4YZZA 1OQGA 1GGGA 2ZXTA 2XXVA 2GFEA 2F6PA 4R75A 5ITOA 4O3CA 5CMBA 2HCAA 2R6GE 3U94A 4EF2A 1FTJA 3O28A 5TPAA 4ESXA 4I8CA 1MDQA 4NWCA 1MG1A 4OYVA 3DP4A 5TP9B 3S9LC 2E0SA 2QSXA 4GWOA 4R2BA 4E0WA 4QSDA 3OD7A 3TELA 3EQ1A 2XXWA 1M5FA 1ZJLA 3GLBA 3ECRA 3TTRA 2NUVA 3FJMA 3MUQA 4X48A 3QIMA 5HBCA 1A8FA 5I58B 3S9NC 3ILUB 4WKMA 4FORA 4KD5A 3FXQA 1LAGE 5L9SA 4PFTA 1DOTA 2IEEA 2Q89A 4RK9A 5IAIA 1UQWA 3FVGA 3RT8A 3RNNA 4OEVA 5EYFA 4U1OA 4THIA 2HQ0A 1YPNA 3JV9A 3KEIA 3N26A 3MP8A 5I56A 2X7QA 5AA3A 2XXRA 1P1WA 4XKQA 4U1ZA 4QSCA 3R7XA 1QKAA 1MQHA 1OIBA 3EHSA 4YB6A 3PMVA 3LSLA 4KCDA 3H6WA 4C1TA 1M5CA 3VDFA 4ESWA 2Z23A 4G2ZA 1MPCA 3OO7A 2F5XA 1IQ7A 4H5FA 3QYTA 3GZGA 3K6XA 4JWYA 3PUXE 1ZKBA 3OOAA 4JWXA 1MPBA 4G68A 4BDLA 1RYXA 3FV1A 4M4GA 1MXWA 3I5OA 4ELPA 2O51A 5BWJA 4ELQA 3MC2A 1QUJA 4KYSA 4X9TA 2ZYNA 3UORA 2P0SA 2F8DA 2X26A 5FHOA 4FEBA 2OZZA 4ONYA 4LONB 5ICQA 1NH8A 2GH9A 4GL8A 2CMOA 4X1DA 4U4XA 3TODA 1POTA 1AL3A 1B0LA 3PPOA 4R6YA 4G68C 4MH5A 2E1SA 4F22A 1A99A 1EH3A 3O9PA 1AIVA 1N3WA 4NMYA 2I58A 2HAUA 3SEXA 5TPAB 4GL0A 4IGRA 4F2QA 2PYYA 2I3WA 1H3DA 3Q27A 5JTYB 2Z8EA 5DEXA 1XOCA 2I6EA 1SD3A 3FVNA 2O7IA 3MAMA 5H8NA 1O64A 3C33A 4AB5A 3FVOA 3E13X 1NH7A 4LP2B 1DTZA 4TLLB 4KCCA 1M5DA 3IR1A 1B3GA 4F3BA 4F31B 3MP1A 4C1UA 4R73A 3TCHA 3PGFA 3HO7A 4JSOA 3EN3A 4EXLA 2QS3A 1B4HA 4H8JA 1D3KA 3R26A 2Y7PA 1N76A 4ZDMA 1B3EA 2F7CA 3FJGA 4QFLA 4F2OA 3RT6B 1MQGA 4Q5TA 3W9VA 1JW4A 4I62A 4TQUQ 1QVSA 4O3AA 2G29A 3K00A 5M2VA 2QL3A 4N13A 5I56B 3PMXA 3V83A 1XHYA 2WKYA 5CMCA 3Q26A 2AIXA 2HFBA 2O84X 4IO4A 2XXQA 2XHDA 1P99A 1Y4CA 1S50A 2GHBA 1RKMA 2XXHA 3C36A 1DMBA 3TCGA 5I2KB 3PUZE 3FXUA 1QULA 3IB2A 3FD3A 1P1NA 4F1YA 2RCAA 2ZNSA 1LAFE 2OLBA 4U23A 3VFJA 5TP9A 3IO4A 2OBGA 5DVFA 2H4IA 1B52A 1MY2A 2I48A 4NF4A 1VR5A 4G68B 4NF5B 1DSNA 3MQ9A 2B3FA 2DS9A 4FIMA 3T22A 2OCUA 2P1SA 5I58A 3S4UA 3IO6A 5LOMA 2H9BA 4OHNA 4PQJA 4R6KA 4F18A 2HEUA 4XXUA 2D5WA 4FATA 2F6GA 1MY0A 4GOTA 4PFYA 3BFUA 4IO2A 2I0CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3JA 3I6VA 4OXVA 3MP6A 3CHGA 3THIA 1K9YA 4TOZA 2B3BA 4DCYA 1NUYA 3K1PA 2O7UA 3GBAA 3SETA 1JVXA 2H25A 1PC3A 2WYKA 4PDHA 1JETA 1Q35A 2H99A 3PPPA 5ICTA 2DWJA 3B50A 4GWXA 5DEXB 3VLWA 5DW8A 4XIGQ 1JEVA 4YKIA 3H7MA 1PEBA 4MJOA 4GBWA 5DVIA 5H8NB 1J1NA 2ZNTA 5B7DA 1B40A 1FTLA 3V89B 4I1DA 3SEVA 3R6UA 2XX7A 1A55A 4PF6A 3UP9A 1YAEA 2YJPA 3IAZA 3EF7A 3OENA 1II5A 2XWKA 3FV2A 4KHZE 3CG3A 1PBPA 1LFHA 4H5GA 4R9FA 2O1LA 1FBCA 3K01A 1KA1A 1EYIA 1N0TA 2ZYMA 2DWHA 3PPNA 2DXRA 2KLFA 1MXVA 1DPEA 1FPKA 4EQ7A 3A3UA 2CZLA 4HE2A 4DIGA 3VV5A 1SPIA 1ELJA 5BUUA 5AA2A 4OVSA 2PCRA 4IY5A 4HW8A 3KBZA 1IMAA 2F36A 3LUZA 2QS4A 4OESA 4MHFA 3KC0A 3SZPA 2A5SA 4LATA 4P8BA 1LCTA 3H6UA 1EZOA 4PAIA 4OFJA 4Z0IA 3LR1A 3G3IA 3IORA 2GRVA 2XA5A 3M3KA 2CZHA 2NWJA 3K6WA 4K3FA 2ONRA 3FZVA 3K6VA 4JWOA 3JZJA 3T0JA 2MKZA 4U4SA 3MSTA 3SKPA 4YKPA 4OVRA 3B8BA 3T96B 1QJMA 1XC1A 3MW0A 4DZ1A 3CSBA 3VXBA 1R6ZA 4P9KA 1B32A 3PPQA 3A09A 5JTYA 3E79A 4FAJA 3MVWA 4IO6A 1FQDA 1NMUA 2CZIA 4WEPA 5DTBA 1XT8A 3MWBA 4NF4B 5IZZA 1GTKA 2DSFA 2R9JA 1LBBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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