1B7UA

Structure of mare apolactoferrin: the n and c lobes are in the closed form
Total Genus 182
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
182
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of mare apolactoferrin: the N and C lobes are in the closed form.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords PROTEIN (APOLACTOFERRIN)
total genus 182
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA03
1XS5A 1LGBC 3PUZE 4YICA 4F2QA 4IO3A 4U21A 5H8HA 3CFLA 3BBRA 1DSNA 3VXBA 3GLBA 4NEDA 4JDFA 4YB5A 1M5EA 2O69A 1B1XA 2WKYA 1FTJA 5JEIA 4C0RA 4H67A 4FE8A 3MVYA 1AOVA 5EHSA 5L9SA 4IGRA 4ZEDA 1LSTA 2F5XA 2O7IA 3RUMA 2AL5A 4MFIA 3IO6A 4MLQA 3GXAA 3SKPA 1B51A 3FVOA 2VGQA 1RYXA 2H25A 2E1SA 2PYYA 1POY1 2XXUA 3N5LA 4R9FA 3O66A 2QS4A 2REGA 2ZYMA 3OO7A 2VOZA 1SYHA 1GVCA 3EHUA 4QFLA 4NF5B 1ZJLA 4QHQA 2FNCA 1B0HA 3FV1A 3LSLA 2XD2A 4R6YA 3K6UA 4FJPA 2DWAA 4O3CA 1B58A 4ZS9A 4H6DA 4RA1A 1TXFA 3O2AA 4RPOA 2F97A 4XKNA 4R74A 4KYDA 2DSFA 4JWOA 4GIZA 1IEJA 4DIGA 3OO9A 3MP6A 2D21A 3RT8A 3ILTB 3SETA 2XXIA 3PMXA 4TLMB 2I4CA 5CBSA 5CMBA 4G68A 4KYSA 3LSWA 5H8SA 4X9TA 3FIRA 1B6HA 1URGA 1TWYA 4ESWA 3T9XB 2H98A 1EZPA 2P2AA 3QK6A 1MPDA 4IO7A 3HHGA 1T0KA 3MVWA 1PB7A 1URDA 4RPNA 5JTYB 2I4BA 4OFLA 3DM0A 1CE2A 4ZEBA 3HV1A 2H4IA 1SW5A 1US4A 5DYHA 1JNFA 2DE3A 4LP2B 3FVGA 5CI5A 4EF2A 1MDQA 5HPQA 1BKAA 1FCKA 4OFJA 1NNFA 3FUZA 3N6UA 2Y7IA 5BUUA 1JW4A 1QVSA 1JQFA 4LVQA 3V8XB 1QKAA 2F78A 2UVIA 2XXWA 3IB1A 2BJJX 2PVUA 4ZEFA 3QIMA 5I59A 4RJZA 1ZIUA 3KBRA 4XTCQ 1Y4TA 4FECA 3G3HA 2Y7KA 5I2KA 5K2YA 1NNPA 3T9VA 1FTKA 3TTMA 1USYH 2PX1A 2HCAA 1QJMA 2XHDA 2OWTA 3FVKA 2Q89A 5FHOA 5I56B 1OLAA 2PT1A 2G93A 2DXRA 2ZNSA 1JEVA 5FTIA 2X26A 4RYAA 1MG1A 5LOMA 2F7CA 4O3BA 3BFTA 2QPQA 3JZJA 1OMPA 1CB6A 5TPAB 3K1NA 4OEUA 3H03A 4I62A 4N07A 2ONKE 4G8MA 3O6IA 4LATA 3PD9A 3GZGA 1ZTYA 3IJXB 3PUVE 3U72A 4KCCA 4YB6A 5I84A 3UP9A 1PC3A 5F1QA 4IO2A 2Q88A 3IAZA 5KDTB 1Z7ME 2YJPA 3BKIB 3KEIA 1MXXA 2FYIA 3S2VA 2Y7RA 5CBRA 1B7HA 4Q0CA 4JSOA 4BDNA 1JVYA 1O7TA 1LAFE 4QFNA 1BLFA 3DLNA 4H65A 4MH5A 2REJA 4Z7EA 1PEBA 5I58B 1UQWA 4JWYA 3U8QA 1B2HA 1D9VA 3VV5A 2NWJA 1LCTA 1SW1A 3MJNA 4L17A 4NWDA 1WODA 5H8FB 2D3IA 1S7YA 3N26A 5DEXA 1N76A 1USYE 2YLNA 3OEMA 2I49A 1MXYA 4LQ5A 5H8NB 3PU5A 1H3DA 3K0VA 3RQTA 2V84A 5I57B 2XXQA 3RPWA 5AA3A 4WKMA 3LSFB 2Q8JA 3TTRA 4OYVA 3RNNA 1EH3A 3ILUB 3O6HA 4LA9A 2RC8A 2XD3A 4KYEA 4JWXA 2ONRA 3KFMA 1MM7A 1B52A 2O1LA 5TP9A 2Z22A 4FATA 4GL8A 1R9LA 4OEVA 3F11A 3LSXA 5DT6A 2PMSA 3C9HA 3EHTA 4KI0E 1MPCA 2ZXTA 3H6TA 2AIXA 1MY2A 3OO8A 2XX9A 2KLFA 4O3AA 3QSLA 4F3BA 4F31B 4JB7A 4YMBA 1JEUA 2DVZA 3VDFA 4IY6A 4ZEKA 2ZMBA 1MQHA 3MVXA 3T66A 4E0WA 2V3UA 3UGWA 1NNTA 4NF4B 3MWBA 1UTHB 4NF8B 4U23A 1GTKA 4TLLB 4ISUA 1ELJA 2E0SA 3TKDA 3W9WA 3C35A 1NFTA 3Q29A 1D4NA 3VLUA 3PPRA 4IO4A 1P1WA 5JK4A 5CMKA 3EHSA 3OSQA 4I9DA 1B5IA 5FHMA 2QRYA 2HAUA 1MXVA 4FAJA 4R2FA 1UTBB 1UIUA 3MUQA 1MXZA 2RINA 1P1OA 3RT6B 2XXRA 4I8CA 4GRKA 1B3LA 4RY1A 3CI8A 2R6GE 4FEBA 3TZAA 1P1QA 3FGSA 1I6AA 3FATA 3EPEA 4YU0A 1B3FA 3M3FA 1SBPA 1DOTA 4PQJA 2UVHA 3PUWE 3I3VA 2VD3A 3MZ9A 4GF8A 5AA2B 1YPNA 2UYFA 1A54A 3ZS6A 4UA8A 2OWSA 4F3PA 3O28A 1SW2A 4IGTA 4C1UA 4IB2A 4OFOA 1MXWA 3B6QA 5J1DA 3C31A 4H8IA 1H44A 3D4CA 4EQ7A 2IEEA 1VR5A 4F1VA 2G29A 1MY4A 1XHYA 1S50A 4NF6A 4ESXA 2Y84A 2Y7WA 5AA4A 3K02A 1A8EA 1JETA 3TUSA 3C34A 4OTEA 5AA2D 4ZECA 1KWHA 1XOCA 3DELB 2UYEA 1YCJA 2O1MA 3K1MA 5KCJA 4EQBA 4N6PA 1NH7A 3TQWA 1B3HA 3Q28A 5M2VA 1LB9A 4GXAA 4QSCA 4RK9A 2P1SA 1MQGA 4ZEIA 5AA1A 3FXUA 1B5JA 4HCYA 4KD5A 4ECFA 4H5FA 2ZNTA 4F3GA 3IORA 1XVYA 1Q1KA 3FD3A 4ELQA 3E4RA 4YKPA 1SDXA 1DTZA 1R1NA 1P1UA 2QJEA 4Z0IA 4H8JA 3FVNA 1BP5A 4R2BA 1N7WA 3K1PA 2HAVA 1Y1ZA 2R9JA 2CZLA 4H1XA 3R6UA 2QMWA 1FQEA 2ONSA 2W7YA 4HCWA 3TQLA 4TOZA 4GXSB 2I58A 2A5TB 3M3LA 1XT8A 4NF5A 1AIVA 3CFXA 1ANFA 4RK2A 3KOSA 1ZLQA 2O6AA 2Z23A 3IOWA 3OEKA 3PMWA 1FQAA 1FQBA 1IXCA 1ZMGA 3VE1B 2HQ0A 5F7VA 2QL3A 3KSXA 4KPTA 5FHNA 2GHBA 3C32A 3R7XA 3I5OA 1NL5A 3G3KA 3CIJA 4DCXA 3VVDA 2RCBA 2I48A 5CC2A 3SERA 4M1VA 3T9UA 1GGGA 3E3KA 1PB9A 3TMGA 4EQ9A 4LZ7A 3G3FA 3H06B 5ITPA 2GHAA 3EN3A 1AL3A 5JTYA 4R6KA 1UIVA 3PGFA 4JBZA 4YMAA 2NXOA 1SW4A 4DXUA 1LAHE 4AB5A 3P7IA 3ZSFA 4ZE9A 3UORA 3CSGA 1F9BA 1NMUA 2I3VA 4RNSA 1N04A 1M5FA 4GLIA 4F1UA 5IKBA 2B3BA 1ZU0A 3QYTA 5ICTA 5BWJA 4IY5A 4F19A 4XIGQ 4OENA 1WDNA 3KZGA 4OQOA 1IXGA 1SI1A 3T9HB 1SQYA 2Z8FA 1MQJA 1LBBA 3EF7A 1TT1A 4G8NA 3UK4A 2HFBA 4QFKA 1B3EA 4F39A 1HSEA 2QS2A 3QXMA 1N3WA 2V25A 3MPKA 3KGCA 2ANJA 4OMBA 4R75A 2X7PA 3TFLA 3N6TA 2UVGA 1M5DA 4ONYA 2F7AA 4JXIA 5I2NB 1IIWA 4LZ5A 4R73A 3TDJA 2CMOA 3IOVA 4HS7A 2HZKA 5DEXB 4G4PA 2ABHA 4DXCA 1GV8A 3Q25A 4E0XA 3FXQA 4R72A 1B4ZA 4LZ8A 3SEUA 5TPAA 4GOTA 1N3XA 3O29A 3UN6A 3DP8A 4UACA 5H8QA 3MZ1A 3A09A 2OCUA 4PFWA 5K2XA 3PUYE 1HSLA 3PUXE 1DPEA 3MP8A 2R71A 1VE4A 1NNKA 4F3SA 2ZNUA 3PPPA 3G3JA 4DXBA 3KOTA 3E9XA 2OBGA 3C33A 2Z8EA 1LFGA 1QULA 3BFUA 4GL0A 5KDTA 5AE4A 2AL4A 4KQPA 4HW8A 4OWDA 3HPIA 4U4XA 3N94A 3HSTA 1RYOA 3WAFA 1LFIA 1Y20A 4U4SA 3FXRA 3D4GA 3OOAA 1N7XA 2VP1A 3IB0A 3O6GA 3K01A 2QSXA 3G3IA 4ZZEA 2X7QA 2OJTA 5I58A 2V3TA 3CR9A 3HCQA 2DE2A 4Q8RA 3TTKA 3U1OA 1MRPA 1SYIA 2P0SA 1A99A 1RKMA 3QUFA 3A3CA 3FJ7A 3B7DA 2FA7A 2F34A 1DTGA 4X1DA 1OQHA 5H8FA 2XXHA 2RC7A 2O84X 4XKRA 1PDAA 2ZYNA 3MAMA 2B3FA 1B32A 5H8NA 2H5YA 2UVJA 1A40A 5I57A 3E13X 4Q30B 2XXXA 3S4UA 3CSBA 1VFDA 3H4ZA 4YZZA 4N13A 1A7LA 3LBSA 3OELA 4XKPA 1LAXA 3PPOA 3GBBA 1A55A 3A3UA 4NE4A 1EZ9A 4P0GA 3VLWA 2RC9A 1ATGA 3KJ7A 5H8HB 3TAJA 3RLFE 3C4MA 3VXCA 1M5BA 4MLVA 3K00A 5CMMA 4HTGA 4PE5B 2YPNA 3IK6B 1MQIA 2Z8DA 3KG2A 1B5HA 1BTJA 1B0LA 4OVJA 4U1OA 3R26A 2O51A 3B6WA 2V93A 4ZE8A 2DYXA 1MY0A 2F8DA 1D3KA 4RXLA 3VVFA 3UIFA 3FASA 4JSDA 4TQUQ 4NF4A 1UTHA 4NF8A 2XXVA 2RKMA 2DQVA 1MH3A 4YKJA 3H6VA 3RY3A 3IX1A 4FIMA 4POWA 4WEDA 3IJOB 3PPQA 2F35A 2ZYOA 5A5XA 3FV2A 3LR1A 2NUVA 3K6WA 4GFRA 4ELPA 1MPBA 1AH5A 4C1TA 1JW1A 1H43A 5KCJB 5B7DA 4QSEA 1DPPA 2VD2A 4F22A 5L9OA 1J1NA 4BDQA 1UTBA 2I6EA 4F18A 4WEPA 5EHMA 3U93A 2VHAA 3SEVA 1MH4A 1Y4CA 1I6BA 2PBWA 4IO6A 2GH9A 1OVBA 2DXYA 3TCGA 2AYSA 4I1DA 4OESA 3S9NC 1YTVA 4BDRA 1WVJA 1FQFA 5AA2A 4YKKA 2H9BA 4OETA 1B1HA 3LC8A 1HSJA 1MDP1 1FTMA 3AXFA 4G68B 1I6QA 2I3WA 1NH8A 4FORA 3T96B 1IUDA 3KN8A 5ITOA 4BDMA 3IL1B 3SDFA 1LLSA 2QS3A 3DP4A 2F7BA 4OXVA 3T22A 4X1BA 3K6XA 1LCFA 1B46A 2OLBA 4DCYA 2F6PA 3RN8A 1TFDA 1II5A 5ICQA 3CG1A 3OSRA 3O97A 3USDA 1MS7A 4YB7A 2O68A 1O64A 2UXAA 5B70A 3SEYA 4K3FA 1B4HA 4R6HA 3KSJA 3UA8A 4MBPA 1YAEA 3OXNA 2PT2A 1US5A 4KR5A 2NOOA 5CRYA 3K6VA 3QAXA 1SD3A 4NWCA 3MC2A 5FTHA 1S9TA 1P99A 1R6ZA 2A5SA 1LAGE 1O63A 5I59B 1Y3PA 3W15C 5KZTA 5DVIA 5I2KB 2HZLA 3O9PA 4PFYA 1JW5A 2QMXA 5DVJA 4THIA 1B05A 3S9LC 3G3GA 3IOTA 1VSOA 4PETA 5CM6A 3G7WA 2DVCA 3MZBA 1MY1A 2OZZA 4H0WA 3OENA 2DP8A 3MBPA 3W9VA 3C36A 1IZ1A 4IO5A 4QFOA 3V83A 3ZKLA 4POXA 3CG3A 4KFQA 4G2ZA 4EDPA 5ISUA 3L6GA 1IQ7A 3MPLA 3ONMA 4YAHX 4BDLA 4DZ1A 3CVGA 1FTOA 2DWHA 2XXTA 3K2DA 1N84A 2A5TA 4PFTA 1MXUA 3RGYA 1IITA 2Y7PA 1DMBA 1OLCA 2DWJA 2I0BA 1LFHA 4QFPA 3IOUA 2DWIA 1MY3A 2ESNA 3CRBA 3LUYA 4ZDMA 1EZOA 3RTWB 3TTLA 4DE8A 4G8HA 1FW0A 2V3QA 2XXYA 3S9MC 4AQ4A 1IXHA 1ZKBA 4QF9A 1L5TA 5IAIA 1LB8A 3TCHA 5ELVA 3TPAA 2Q9TA 3U94A 4F2OA 3MQ9A 5TU0A 1BIYA 2ZYKA 1P1NA 4OHNA 4EXLA 2HEUA 3TEPA 4DDDA 3TODA 4ELOA 1MQDA 4KCDA 2Q2CA 5L8DA 2Q2AA 4QRZA 2NVUB 1Y3NA 5H8QB 5I56A 4AB6A 4ELRA 3I6VA 3KN3A 3PD8A 2THIA 1B7UA 4YKIA 3VLVA 2GRVA 3B6TA 4Q5TA 2GFEA 3IR1A 3U92A 2RCAA 3PV0E 4P11A 2ALUA 1Z7NE 2DS9A 1H45A 1H76A 5CMCA 3IO4A 3MP1A 4GVOA 5DVFA 3DP6A 4EUOA 2F6GA 1QW0A 5DTBA 1QKBA 4U1ZA 3H6UA 4BDOA 3TYHA 3SEXA 3M8UA 1A8FA 3TTNA 2RF1A 3H6WA 3PPNA 4PP0A 1OQGA 1B40A 3IB2A 5TP9B 1Y3QA 4GD5A 3Q26A 1PB8A 1GR2A 3EQ1A 4EF1A 4LQ2A 4PFUA 5I2NA 3ODBA 1POTA 3CFZA 1QUJA 1PBPA 3Q27A 4MF3A 1Y9UA 3PMVA 4F1YA 1XVXA 2O7UA 3M3KA 1Q35A 3QUJA 4FEDA 4G68C 4NMYA 2I0CA 4M4GA 1MM6A 1I69A 3VVEA 3MW0A 1B7ZA 1R9QA 1NKXA 4U22A 4R9GA 4BLAA 4P0IA 3K4UA 3FJGA 2IA4A 3KJTA 4H5GA 3V5AA 4QSDA 4GWOA 1URSA 1VFEA 4WXJA 4DLDA 1QUKA 4KHZE 1LBCA 4XKQA 3HN0A 1QUIA 4G77A 2OK2A 4U2RA 1EU8A 2XXPA 2DE4A 2LAOA 3V89B 1FQDA 1IXIA 1SI0A 1M5CA 4OERA 2M8CA 3HO7A 1SVXB 5EYFA 1B9JA 1B3GA 3SESA 3ZKKA 3SEWA 3H3GA 3JYRA 3FZVA 2XX7A 4EXKA 4LONB 3RTFB 3MVZA 1Y1MA 3OD7A 2B65A 1XC1A 2DOJA 5L9MA 2D5WA 5A5XB 3ECRA 4OZ9A 1ZBMA 2XX8A 2QS1A 1JVXA 4F29A 1TFAA 4XXUA 4LUBA 3T93B 3HHFA 3H7MA 4X48A 2HXWA 3TCFA 1N0TA 3TELA 4ZZAA 4GQOA 5HBCA 1FTLA 3VFJA 3JV9A 2F36A 4NF6B 3FJMA 3GBAA 3L6HA 3OO6A 3OMBA 3KN7A 3S9EA 1OIBA 1AMFA 5AA4B 1OVTA 1FQCA 2H99A 3WAEA 4NTLA 4ND9A 1D9YA 1PBQA 5HM4B 3THIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XS5A 1LGBC 3PUZE 4YICA 4F2QA 4IO3A 4U21A 5H8HA 3CFLA 3BBRA 1DSNA 3VXBA 3GLBA 2Q74A 4NEDA 4JDFA 4YB5A 1M5EA 2O69A 1B1XA 2WKYA 1FTJA 5JEIA 4C0RA 4H67A 4FE8A 4JVIA 3MVYA 1AOVA 5EHSA 4MEVA 5L9SA 4IGRA 4ZEDA 1NV5A 1LSTA 2F5XA 2O7IA 3RUMA 2AL5A 4MFIA 3IO6A 4MLQA 5IZZA 1IMAA 2B4MA 3GXAA 3SKPA 1B51A 3FVOA 2VGQA 1RYXA 1EYIA 1IMBA 2H25A 2E1SA 1FPIA 2PYYA 1POY1 2XXUA 3N5LA 4R9FA 3O66A 3FXBA 2QS4A 2REGA 2ZYMA 3OO7A 2VOZA 1SYHA 1GVCA 3EHUA 4NF0A 3KC1A 1FBCA 4QFLA 4NF5B 1LBZA 1ZJLA 4QHQA 1K9YA 2FNCA 1B0HA 1FPKA 3FV1A 3LSLA 2XD2A 4R6YA 3K6UA 4FJPA 2DWAA 4O3CA 1B58A 1Q9DA 4ZS9A 4H6DA 4RA1A 1TXFA 3IFCA 3O2AA 1FBEA 4RPOA 2F97A 3FBPA 4N15A 4XKNA 4R74A 4KYDA 2DDKA 1FPJA 2DSFA 4JWOA 4GIZA 1IEJA 2CZHA 4DIGA 2QVVA 3OO9A 3MP6A 2D21A 3RT8A 3ILTB 3SETA 2XXIA 2QVUA 3PMXA 4TLMB 1NUWA 2I4CA 5CBSA 5CMBA 1AWBA 4G68A 1SPIA 4KYSA 3LSWA 5H8SA 4X9TA 3FIRA 1B6HA 1URGA 1TWYA 4ESWA 3T9XB 2H98A 1EZPA 2ZZVA 2P2AA 3QK6A 1MPDA 4IO7A 3HHGA 1T0KA 3MVWA 1PB7A 1URDA 4RPNA 5JTYB 2I4BA 4OFLA 3DM0A 1CE2A 4ZEBA 3HV1A 2H4IA 3IFAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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