1BIYA

Structure of diferric buffalo lactoferrin
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKNVRWCTISQPEWLKCHRWQWRMKKLGAPSITCVRRAFVLECIRAITEKKADAVTLDGGMVFEAGLDPYKLRPVAAEIYGTKESPQTHYYAVAVVKKGSNFQLDQLQGRNSCHTGLGRSAGWNIPMGILRPYLSWTESLEPLQGAVAKFFSASCVPCVDRQAYPNLCQLCKGEGENQCACSPREPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKETTVFENLPEKADRDQYELLCLNNTRAPVDAFKECHLAQVPSHAVVARSVDGKEDLIWKLLSKAQEKFGKNKSGSFQLFGSPPGQRDLLFKDSALGFLRIPSKVDSALYLGSRYLTALKNLRETAEEVQARRARVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQIVTCATASTTDDCIALVLKGEADALSLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIANQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLNREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSLSERAAHVEQVLLHQQALFGENGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of buffalo lactoferrin at 3.3 A resolution at 277 K.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron-binding protein
molecule keywords LACTOFERRIN
total genus 187
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1biyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1biyA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1biyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1biyA03
3MC2A 5I2KB 3ZKLA 3QK6A 3U72A 2Q8JA 2DWIA 2V84A 3TEPA 3C36A 3RNNA 2RC8A 4ESWA 5AA2A 2H9BA 3CRBA 2HEUA 4F29A 1H76A 1FQBA 4FATA 5EHMA 3PUZE 3O29A 3A3CA 3MJNA 3K6XA 1PBQA 2ONSA 2H4IA 4IO7A 4QSEA 3FIRA 3EPEA 3IB1A 5KDTB 3HPIA 1Q35A 4Z0IA 3KEIA 4FAJA 5FTIA 4RY1A 3K1PA 1N0TA 3MZ9A 1EU8A 3LC8A 4OERA 5M2VA 1IXHA 2QSXA 2FNCA 3SEXA 1P1UA 5AA2D 1B51A 1JVYA 4U21A 5DTBA 3IX1A 1MQHA 2DQVA 1MM6A 4N07A 1LAXA 1R1NA 2THIA 4OFJA 3U92A 3ZS6A 1MH3A 4EUOA 3FJGA 3TELA 1MY3A 1B7UA 4HTGA 2XD3A 3PPRA 4F22A 1FTOA 1QKBA 4OETA 1OQGA 1OLAA 4JB7A 4XKNA 2DXRA 2A5TB 2P1SA 3ZSFA 2PBWA 5I58A 1MY4A 4KR5A 3LR1A 4H0WA 4QHQA 4R6YA 3RN8A 1BKAA 4O3BA 3VVFA 2I4CA 1WDNA 2PT1A 3C34A 3G3JA 1DTGA 4NE4A 4KQPA 5IKBA 4MH5A 4DXCA 2GHBA 1NNFA 1UTBB 3KSJA 2D3IA 1QW0A 2OBGA 1JETA 3O6IA 1JW1A 3O28A 4NF6B 2UVHA 4R9GA 1JEUA 3DP6A 1MY0A 3MVXA 3TCHA 1M5DA 4DLDA 1Z7NE 3IOUA 1SDXA 3RGYA 1YAEA 2I48A 4Q30B 1TWYA 1AMFA 3HSTA 3QUFA 3RT8A 1QVSA 3MPKA 2Z22A 1QUJA 3CI8A 4PFYA 1MXZA 5CRYA 3PPPA 1URGA 4Q0CA 1H3DA 5CBSA 5I2NA 4QSCA 2UVJA 4X1BA 4YMBA 3VLWA 4BDMA 4RK2A 2ZMBA 3PUYE 3SESA 4JSOA 3IB0A 1FCKA 3IOVA 3U94A 1JEVA 1GVCA 3LBSA 3W9WA 2NOOA 2O68A 1N3WA 2YPNA 3VXBA 1ZKBA 3CSBA 1LGBC 1B3LA 4GFRA 1BLFA 1MXYA 1B3FA 1SI0A 1Y3QA 1MPDA 1P1WA 3JZJA 1PEBA 2Z8EA 5JEIA 4F2QA 1LAFE 1BP5A 1IUDA 3H6UA 5F7VA 1UTHB 5H8NA 3CFXA 2AYSA 3C35A 1XS5A 3E13X 3TPAA 5AE4A 1CE2A 4H1XA 5CC2A 3PGFA 4RPNA 4OWDA 4OHNA 1POTA 2DSFA 5HPQA 4GWOA 2UYFA 3SDFA 4BDNA 3SEUA 2RKMA 3TKDA 1O64A 5JTYB 4IY6A 4YAHX 4BDOA 3KOSA 3B6QA 1B3EA 3TCGA 2KLFA 3H6VA 5FHMA 3I5OA 4G68A 3SETA 4EQ9A 3FUZA 1N7WA 4FORA 4DZ1A 2HCAA 2HAVA 5ELVA 3FJ7A 5DYHA 1XHYA 1GTKA 3RY3A 4Q8RA 4G8NA 4ELQA 4NTLA 1B7ZA 3I3VA 2DYXA 3IORA 4PFTA 3VVDA 4RXLA 3C31A 3OEKA 2HAUA 2O69A 1N3XA 2QJEA 4NWCA 1SYIA 1SYHA 4OEUA 1DMBA 4C1UA 1I6BA 1B58A 1IQ7A 1YPNA 4H67A 2F36A 3OXNA 2ZXTA 1B9JA 3ECRA 4X1DA 2H98A 5L8DA 1MPCA 3SERA 3FVGA 4YKKA 1MXXA 2QMWA 4TOZA 1QKAA 1AL3A 3WAFA 2OLBA 4F3GA 1IITA 1JQFA 4ESXA 3Q26A 2OJTA 2ABHA 4N6PA 3EHTA 5JK4A 1TFDA 3TYHA 1MXVA 3JYRA 3IJOB 4R2FA 3DLNA 4PP0A 1OVBA 4OMBA 5CBRA 2QMXA 4IB2A 2ZNUA 4AQ4A 1MXWA 4G68C 4UACA 3A09A 3O66A 5I57A 1LFGA 4HW8A 1MDP1 1B3HA 4FECA 1POY1 5FHNA 5KZTA 4XKRA 5HBCA 1B40A 4QFPA 5DEXB 1RKMA 3RTWB 3Q28A 4F1UA 2RC9A 3DM0A 4OXVA 4BDRA 3MP1A 1USYE 4BDQA 4G2ZA 1H43A 2ANJA 1A8EA 1EZ9A 3PD9A 4F39A 5HM4B 4NF4A 3BFTA 1LAGE 3FZVA 3USDA 1DTZA 4FIMA 3MAMA 3VLVA 4KYSA 3OO7A 3K6WA 3TTLA 2RCBA 3EQ1A 3IB2A 4IO3A 3IOTA 1S9TA 3SEVA 1B46A 5A5XA 4LONB 2Z8FA 4E0XA 1Z7ME 1NNKA 1ZU0A 1MY1A 1XT8A 2DWHA 4WXJA 4FE8A 2CMOA 1XC1A 1USYH 1LCTA 3OO6A 4OFOA 2REGA 3KOTA 2DVZA 4QFLA 3OO9A 1Y1MA 2NVUB 4YB6A 4OZ9A 3LSXA 4NF8B 3FVKA 3KJ7A 2ONRA 4MF3A 1T0KA 2UVGA 1Y1ZA 2PYYA 1NMUA 4K3FA 5TU0A 2AIXA 2VHAA 2YLNA 1VFDA 4YZZA 1WVJA 2HQ0A 1FTKA 1M5EA 1LFHA 1DOTA 1LSTA 3PUWE 3M3KA 4THIA 1QJMA 3BFUA 2B3BA 3U1OA 1IZ1A 1M5CA 2VD2A 1ANFA 2G93A 3D4CA 1MQDA 3M3FA 3PMVA 3RQTA 3CIJA 3FATA 5I84A 1US5A 1ZBMA 4X48A 1FQDA 5CI5A 4F3BA 5H8FA 2Y7RA 4GOTA 3JV9A 4AB5A 5TPAA 3H3GA 4YB5A 3TDJA 2O7IA 3T9HB 3HCQA 1IEJA 4G4PA 3C9HA 2RC7A 4MBPA 3LSLA 4QFNA 5EHSA 1N76A 4GF8A 4C1TA 2Z8DA 2Z23A 4H8JA 3UN6A 3FXRA 2F6GA 5CMKA 4EQ7A 1B3GA 2OK2A 5DT6A 4H6DA 5ISUA 2I0CA 1D9VA 2V93A 2OCUA 1Y3PA 3BBRA 4F31B 1AOVA 3FXQA 5I2KA 1L5TA 1MY2A 1J1NA 2F34A 2QS3A 3TQWA 1SW5A 1FTLA 4U4SA 2XXQA 4DCYA 1YCJA 1P1QA 2ZYOA 3DP8A 1D3KA 5B7DA 3EN3A 2F78A 2YJPA 3S9NC 3DP4A 2Y7IA 2NWJA 4U23A 3TTRA 1N7XA 2GH9A 1A8FA 1MPBA 3ODBA 1SW1A 3N6UA 1H44A 3S9LC 1NH7A 3G3HA 3RPWA 4JBZA 4R73A 3BKIB 3QIMA 4PFUA 1SD3A 4XXUA 4LZ7A 2O7UA 3RT6B 2DS9A 4FJPA 3PPQA 3O6HA 3IAZA 1OVTA 2QS4A 1FQFA 1OQHA 1HSJA 5KDTA 1A54A 1VFEA 1US4A 1M5BA 1LBCA 1FW0A 1FQEA 1P1NA 2G29A 1R6ZA 3RUMA 2HZKA 2I0BA 5H8HA 2HZLA 4HCYA 4DXBA 3IO4A 1RYXA 4X9TA 1OMPA 2NXOA 3Q29A 4R75A 1HSEA 2F8DA 3B6TA 4YKIA 1DPEA 3IOWA 3G7WA 2F97A 3ONMA 3M8UA 3OMBA 3QUJA 2QS1A 3CVGA 2UYEA 1XVYA 4RYAA 4ZEKA 3MWBA 4BDLA 2OWTA 4KPTA 1TFAA 3K0VA 1JNFA 1M5FA 2I49A 2ZNTA 4AB6A 1S50A 4F3SA 2A5TA 1Y9UA 1D4NA 1B5HA 4F2OA 4LATA 4TLMB 3MP8A 4ZEBA 4OYVA 3GLBA 2XXRA 4ZE8A 4NF5A 1ZJLA 3MUQA 1ELJA 2Y7PA 5K2YA 1Q1KA 4F1VA 3OSQA 1B32A 3KFMA 3PPOA 3KN3A 3N5LA 2XD2A 4G8HA 2QL3A 3VXCA 2I3VA 3PPNA 4R74A 4R2BA 1MQJA 2Y7WA 3H6WA 1LB9A 4WKMA 2XXHA 3N26A 4HCWA 2DVCA 4DE8A 2E1SA 3VFJA 4PFWA 4YICA 2XXXA 5I59B 4M4GA 1JW5A 3QAXA 3K00A 2PMSA 2D5WA 1VSOA 2Q89A 3TAJA 5H8QB 2V25A 3FGSA 4TQUQ 1HSLA 4OENA 1BTJA 3LSFB 5L9SA 2FA7A 2IA4A 4KYDA 3MVWA 1N84A 3PU5A 5BUUA 3TQLA 4EQBA 2F6PA 3TTKA 2BJJX 3OSRA 3IK6B 3MZBA 3TMGA 1AIVA 3R26A 5L9MA 4JWYA 3FASA 1OIBA 1O63A 3MW0A 5ICTA 4C0RA 1PDAA 1H45A 1II5A 1URDA 4XIGQ 2F7CA 4FEBA 1R9QA 4O3AA 3U8QA 1GGGA 3OEMA 1UTHA 2XHDA 5BWJA 4GXAA 3K1MA 4NF4B 4LVQA 2ZNSA 4LA9A 2R6GE 3EHUA 3G3KA 1MRPA 5TP9A 3LSWA 2UVIA 3S9EA 1B5IA 4R72A 4ECFA 1Y4CA 1A7LA 1SW2A 5JTYA 2Y7KA 2Q2CA 3H03A 3UA8A 5DVFA 1B5JA 1NNPA 1JW4A 2B65A 1PC3A 4XTCQ 2R9JA 1QUKA 3TODA 3CG3A 3H4ZA 2V3QA 2I3WA 1SBPA 3K6UA 5I56B 4EXLA 2P2AA 2REJA 3C33A 3MPLA 3PUXE 4JWOA 3TCFA 3EHSA 2RCAA 2I4BA 2XX8A 4OTEA 4M1VA 1XVXA 2PVUA 4KCCA 2H25A 3H7MA 3MQ9A 4F19A 5L9OA 4ZZAA 4IY5A 4EDPA 5AA2B 2XXIA 5CMBA 4PQJA 3OD7A 5H8SA 3H6TA 1ATGA 3KGCA 3K2DA 1MH4A 3K1NA 3CR9A 4IO6A 3L6HA 4GXSB 5H8FB 3N6TA 1MM7A 4RA1A 5TPAB 2X7PA 3UORA 4IO2A 1CB6A 1P99A 4MLVA 3PMXA 3KSXA 1DPPA 5AA4A 3VE1B 4OQOA 3GXAA 3O97A 3CFLA 4KCDA 3KG2A 4GLIA 1GR2A 1Y20A 3S4UA 2DP8A 4MFIA 4IO4A 2DOJA 2X26A 4H65A 3T93B 4RK9A 3MVYA 5J1DA 4R6HA 2Q88A 3OOAA 4XKPA 5DEXA 5FHOA 3UK4A 4R6KA 2O6AA 4U1ZA 3Q25A 1SQYA 3TFLA 3FV2A 4KYEA 3R6UA 2F7AA 4U2RA 1MXUA 5DVJA 4LQ2A 3W9VA 2DWJA 5I58B 4H5FA 4LUBA 5KCJA 2Q2AA 1QULA 1SI1A 1Y3NA 3PD8A 1LFIA 3S9MC 2V3TA 4LQ5A 5AA3A 1DSNA 3ZKKA 3AXFA 3T22A 3E4RA 4IGTA 4I8CA 1WODA 2F5XA 5CMMA 2O1MA 4EXKA 3S2VA 1MS7A 4PETA 1GV8A 3SEYA 1JVXA 5H8HB 4U4XA 4NF8A 3KJTA 2VP1A 1LB8A 4F18A 5AA1A 4GQOA 2O1LA 2RINA 3B6WA 3PV0E 3PMWA 3PUVE 4XKQA 2F7BA 4YKJA 2QPQA 4EF2A 3UIFA 2ALUA 4F1YA 3P7IA 1B6HA 2GRVA 1ZIUA 3ILTB 5I2NB 3CG1A 5ITPA 5LOMA 3U93A 2XXTA 2XXYA 3FVNA 2VD3A 1B4ZA 4ONYA 4GL0A 3R7XA 3K02A 3KZGA 2F35A 2OWSA 4NF5B 3SKPA 3K4UA 1TXFA 4EF1A 4G8MA 4I62A 3TZAA 5ICQA 2D21A 2HXWA 1FTMA 3CFZA 2AL5A 4LP2B 4GD5A 3FV1A 2GHAA 4ZECA 2VGQA 4WEPA 4ZZEA 4DCXA 3N94A 4P11A 2A5SA 2GFEA 3GZGA 1QUIA 5H8NB 2Q9TA 2RF1A 3OELA 4OVJA 3KN8A 2I58A 2M8CA 1MQGA 3K01A 3W15C 1MG1A 2NUVA 3TUSA 4NMYA 1MQIA 1FTJA 1NKXA 3O6GA 4NWDA 1NNTA 1A40A 3C32A 1B1HA 4QFKA 2ESNA 4OESA 3MBPA 1UIUA 4JWXA 1D9YA 4RJZA 3H06B 3E9XA 1P1OA 2OZZA 5CM6A 1NH8A 1I6QA 1B1XA 3Q27A 2H5YA 3T66A 4G68B 1NL5A 3UP9A 4UA8A 1IXCA 4GVOA 3MVZA 4TLLB 1PBPA 2LAOA 4WEDA 4IGRA 4IO5A 3C4MA 4L17A 2XXPA 2IEEA 1UTBA 3RTFB 3V5AA 4PE5B 2ZYKA 1O7TA 4DDDA 4QRZA 1LCFA 4NF6A 2ONKE 4ZEDA 3IO6A 1FQAA 1R9LA 3HN0A 2W7YA 1RYOA 1A99A 2ZYMA 2HFBA 2I6EA 4ZEIA 3TTNA 1SVXB 4QF9A 4RPOA 3OENA 1UIVA 1ZLQA 1PB7A 1B7HA 3SEWA 4DIGA 3HHGA 4P0GA 2Y84A 1UQWA 2DE2A 3V8XB 3T9XB 5TP9B 2XXWA 3TTMA 2O84X 5F1QA 1EZOA 4LZ8A 4DXUA 2DWAA 3HHFA 3FVOA 4JXIA 3V89B 4KHZE 3HO7A 5K2XA 3MZ1A 2XXVA 1I69A 4ELPA 1ZMGA 1OLCA 1PB9A 4ELRA 5I57B 4O3CA 4POWA 2P0SA 5DVIA 1B2HA 1IIWA 4KI0E 4ND9A 3HV1A 3WAEA 3QSLA 3QXMA 1IXIA 5FTHA 2FYIA 2XX7A 1VR5A 4H8IA 3VVEA 4YMAA 4YKPA 2PX1A 2CZLA 4R9FA 1MDQA 1A55A 4I1DA 1SW4A 1FQCA 4OEVA 2VOZA 1I6AA 1BIYA 4GIZA 4U1OA 4ZDMA 4YU0A 2H99A 3G3GA 1AH5A 3THIA 4MLQA 4ELOA 1YTVA 4E0WA 2B3FA 1LLSA 5B70A 3QYTA 3VLUA 1Y4TA 3E3KA 5I59A 1B52A 4KFQA 3B7DA 4ZS9A 2O51A 4U22A 1B0LA 5A5XB 1TT1A 1PB8A 4QFOA 5CMCA 2E0SA 5H8QA 2XXUA 1VE4A 4KD5A 1N04A 3GBBA 4P0IA 4LZ5A 4FEDA 3I6VA 4GRKA 2DE3A 3F11A 5AA4B 2R71A 4ZEFA 4HS7A 3G3FA 3DELB 1B4HA 1B0HA 1S7YA 4YB7A 3T9UA 3FD3A 1EZPA 4Z7EA 1LBBA 4G77A 5EYFA 3O9PA 4JSDA 3CSGA 4BLAA 2XX9A 3MP6A 4JDFA 3GBAA 3G3IA 3M3LA 1XOCA 3T96B 1B05A 1URSA 3T9VA 2X7QA 2QRYA 3K6VA 4ISUA 3LUYA 1ZTYA 4OFLA 3D4GA 5IAIA 2AL4A 4F3PA 5KCJB 3O2AA 3EF7A 3KN7A 1LAHE 4H5GA 4I9DA 3A3UA 3L6GA 4N13A 4POXA 2UXAA 5ITOA 2DXYA 3IR1A 3FXUA 2V3UA 4GL8A 2WKYA 4NEDA 3OO8A 3RLFE 4RNSA 3IL1B 4Q5TA 2PT2A 3IJXB 3ILUB 1F9BA 4QSDA 3VV5A 2ZYNA 2QS2A 1EH3A 3KBRA 3V83A 3FJMA 5I56A 3UGWA 4ZE9A 1NFTA 3VDFA 1IXGA 2DE4A 1KWHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I5PA 1XI6A 3MC2A 5IZ3A 5I2KB 3ZKLA 3QK6A 1NV0A 3QMFA 3U72A 2Q8JA 2DWIA 2V84A 3TEPA 3C36A 3RNNA 2RC8A 4ESWA 5AA2A 2H9BA 1FPLA 3CRBA 2HEUA 4F29A 4G61A 1H76A 1FQBA 4FATA 4NG7A 3D1RA 5EHMA 3PTYA 3O29A 3PUZE 3A3CA 4GWUA 1FBPA 3MJNA 3K6XA 2Y5LA 2L5VA 1PBQA 2ONSA 2H4IA 4XF5A 4IO7A 4QSEA 3FIRA 3EPEA 4GX3A 2Q8MA 3IB1A 5KDTB 3HPIA 1Q35A 4Z0IA 3KEIA 4FAJA 4X8RA 5FTIA 4RY1A 5ET7A 2KQZA 3K1PA 1N0TA 2B4LA 2XA5A 3MZ9A 1EU8A 3LC8A 4OERA 5M2VA 1IXHA 2QSXA 2FNCA 3SEXA 1P1UA 5AA2D 1B51A 4HE2A 1JVYA 4U21A 3U65A 5DTBA 3IX1A 1MQHA 5EYGA 2DQVA 1MM6A 4N07A 1LAXA 1R1NA 2Y5KA 2THIA 4HXVA 4OFJA 3U92A 2FVZA 1INPA 3ZS6A 1MH3A 4EUOA 5ESYA 3FJGA 3TELA 1MY3A 1B7UA 4HTGA 2XD3A 3PPRA 4F22A 1FTOA 1QKBA 4OETA 1OQGA 1OLAA 4OVSA 4JB7A 4XKNA 2DXRA 5I3SA 2A5TB 2P1SA 3ZSFA 2PBWA 5I58A 1MY4A 4KR5A 3LR1A 4H0WA 4QHQA 4R6YA 3RN8A 1IMDA 4I3YA 1BKAA 4UABA 4O3BA 4N4UA 3VVFA 2I4CA 1WDNA 2PT1A 3C34A 3G3JA 1DTGA 4NE4A 4KQPA 5IKBA 4MH5A 4DXCA 2GHBA 1NNFA 1UTBB 3KSJA 2D3IA 1QW0A 2OBGA 2V4CA 1JETA 3O6IA 1JW1A 3O28A 4NF6B 2UVHA 4R9GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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