1BLFA

Structure of diferric bovine lactoferrin at 2.8 angstroms resolution
Total Genus 207
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
207
sequence length
685
structure length
685
Chain Sequence
NVRWCTISQPEWFKCRRWQWRMKKLGAPSITCVRRAFALECIRAIAEKKADAVTLDGGMVFEAGRDPYKLRPVAAEIYGTKESPQTHYYAVAVVKKGSNFQLDQLQGRKSCHTGLGRSAGWIIPMGILRPYLSWTESLEPLQGAVAKFFSASCVPCIDRQAYPNLCQLCKGEGENQCACSSREPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKETTVFENLPEKADRDQYELLCLNNSRAPVDAFKECHLAQVPSHAVVARSVDGKEDLIWKLLSKAQEKFGKNKSRSFQLFGSPPGQRDLLFKDSALGFLRIPSKVDSALYLGSRYLTTLKNLRETAEEVKARYTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLNREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVKQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Three-dimensional structure of diferric bovine lactoferrin at 2.8 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron-binding protein
molecule keywords LACTOFERRIN
total genus 207
structure length 685
sequence length 685
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1blfA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1blfA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1blfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1blfA03
3IX1A 4JWYA 5FTIA 4C1TA 5I2KB 1MXWA 2ZNSA 3V83A 1N3WA 4G68A 2XXQA 4LQ5A 3MVYA 1EZOA 3CR9A 4JB7A 3CSBA 4H1XA 4Z7EA 2I4CA 1PBQA 1A8EA 5JK4A 3LSFB 4H8JA 3TQLA 3LC8A 4QSEA 2QPQA 2ESNA 4C0RA 3G3HA 2PMSA 3TZAA 1IXIA 3IAZA 4EQBA 3MVWA 1DPPA 3T9UA 3PU5A 3QUFA 3VXBA 1LB9A 3MZ1A 4QFPA 3FVGA 3MVXA 3N5LA 2P1SA 1B7UA 3I3VA 2I58A 4R72A 4F39A 4GIZA 1NL5A 4F31B 1WDNA 3TDJA 1D4NA 1B2HA 4K3FA 4DCYA 3LSWA 1B1XA 3KJ7A 4ZE8A 3IOUA 3H6UA 3OSRA 2O1LA 2ONKE 3PPOA 3TELA 5CMKA 1IXHA 1SW4A 2DSFA 4GXAA 3OO7A 2QRYA 3U1OA 3SEYA 1UIUA 3HO7A 1B5JA 2F7CA 4RA1A 5CBRA 2DS9A 4NF5A 3E13X 1MDQA 3IO4A 1DPEA 2XX7A 2Z8EA 3TFLA 1P1NA 1BKAA 2XXIA 3I6VA 4GFRA 3TKDA 4LATA 4THIA 5KCJA 1FTKA 1M5DA 4XKRA 2DWAA 4WKMA 1NNTA 3IOWA 4H6DA 4NTLA 1MY4A 3B6WA 3M3FA 1B3LA 1FTOA 1IZ1A 1QKAA 3VLWA 3GXAA 1QJMA 4ELPA 4NF5B 4PFWA 1SW5A 4GRKA 3R26A 1FQDA 1A7LA 4JBZA 3QUJA 3BFUA 2OJTA 4JXIA 4MF3A 1S7YA 3DP6A 4M1VA 1MQHA 2FYIA 3C36A 3MWBA 3RLFE 1TFAA 3W9VA 5H8NA 3A3UA 1OVBA 1RYXA 4KYEA 3MC2A 4LUBA 3O6GA 1SI0A 5AA1A 3G3IA 2DE4A 3DP4A 3TAJA 1B0HA 5M2VA 1H3DA 4F29A 4EUOA 3VDFA 4JWOA 3FGSA 2F97A 4X1DA 5DYHA 1T0KA 2VHAA 5IKBA 5K2YA 3RTFB 2H9BA 4YKJA 3KOSA 1MY0A 1NNPA 3MPKA 1H44A 5H8NB 1QW0A 1B58A 4RYAA 2V84A 1EZ9A 5B70A 3U72A 4RK2A 4JSDA 2ZMBA 1ZTYA 3C34A 1NKXA 3SESA 2QS3A 1TT1A 3E3KA 1N04A 2QL3A 1HSJA 1ZJLA 3DM0A 1MM7A 4R9FA 1ZBMA 3FV2A 3SEVA 3SKPA 1GTKA 4O3AA 5FHMA 3EHUA 3C33A 2PVUA 1PBPA 3M8UA 4ZZEA 4O3BA 4XXUA 3Q25A 3EHTA 3O6IA 4EF2A 1B3HA 1QKBA 5I2NB 2UXAA 3IB0A 4OESA 5KDTA 2Q8JA 1OIBA 4M4GA 1IUDA 1MPDA 2VGQA 3MP6A 3SERA 5AE4A 1N76A 1Y3NA 3OOAA 4QF9A 3K1PA 3BBRA 4GL0A 3ONMA 3T9HB 4YZZA 3RT8A 1M5CA 5CI5A 3TCFA 1CE2A 3N6TA 1ZLQA 1EH3A 2FNCA 5KDTB 3PMXA 4DXBA 2E1SA 3GBBA 4OFJA 3KFMA 4ECFA 3FXUA 3KBRA 3RT6B 3K6XA 1R1NA 1LAGE 4KFQA 4GXSB 4F3BA 2XX9A 1P1OA 1JNFA 2Q2AA 3MUQA 1PDAA 3RPWA 4X1BA 4EQ9A 3THIA 4FATA 1SW2A 2XD2A 3TODA 3QAXA 2I6EA 4AQ4A 1UIVA 4F3SA 4PQJA 5B7DA 5LOMA 4F3GA 1UTHA 1B6HA 1VR5A 2H99A 4O3CA 4F22A 3TMGA 1ATGA 4UA8A 2PYYA 1MS7A 2O68A 1AOVA 4IO7A 3K1NA 2Q9TA 4FORA 4PFUA 4QFLA 5DVFA 1DMBA 1USYH 3OELA 2QS4A 4PP0A 3FXQA 1ZU0A 2XXUA 1M5EA 3P7IA 2DE3A 1MPBA 1UTHB 3VVEA 4FIMA 4Q30B 5JEIA 3OSQA 4FJPA 1JQFA 3M3KA 3CSGA 5CM6A 4MLVA 3OXNA 1N7XA 3TTKA 5DEXA 5DVJA 2R6GE 4GOTA 4KR5A 3IK6B 1OVTA 3G7WA 4EDPA 3VXCA 4YMBA 3WAFA 2O7UA 1II5A 2X7QA 4NF8A 4U2RA 2CMOA 3QYTA 2HFBA 3O2AA 1RKMA 1A54A 3CRBA 4OFLA 1US5A 3FVOA 5CMMA 4F18A 1VSOA 5I56A 2DWHA 3T66A 1A55A 1LAHE 1O63A 4OYVA 1MXUA 3IB1A 4DCXA 3ZKKA 3LSLA 4NMYA 3G3KA 3UA8A 2I4BA 1Z7ME 3EN3A 2GHAA 1J1NA 5I2KA 4DDDA 2O7IA 1VFEA 1IXCA 2AL5A 3DELB 3O29A 3K01A 4F1YA 4NF8B 3PMWA 2A5TA 3Q27A 2OBGA 4Z0IA 1QUJA 5I56B 2HEUA 4MH5A 2QMWA 2RKMA 2PBWA 1I6AA 2I0CA 3C35A 3FD3A 1NH8A 4ZEBA 4JSOA 4OHNA 3BFTA 3PPRA 4KYSA 3C4MA 2A5TB 1B3GA 2Z23A 4LZ8A 1FTJA 1OMPA 3VVFA 4U22A 3PUYE 3D4CA 2XXYA 1Y3PA 2ZNTA 5F1QA 4PFTA 4LQ2A 1B4ZA 4PE5B 4BLAA 1P1WA 4NE4A 4XKQA 4KI0E 3Q28A 1BTJA 4EF1A 4ZECA 4U21A 3TTLA 3WAEA 2O69A 2AIXA 3JV9A 2XXWA 2UVHA 2OK2A 5HPQA 1FTLA 5ELVA 4ZEDA 4AB6A 2Y84A 3SDFA 4G8MA 4IY6A 3UK4A 5AA3A 4FEDA 3S9LC 3KZGA 5L9SA 5L8DA 3CFZA 1JEVA 4IGRA 1US4A 4BDOA 3FJ7A 1Q1KA 2VOZA 2I3VA 3MZBA 4OETA 2B3BA 2RF1A 3PUWE 3IOVA 2Z22A 1N0TA 1SW1A 4G2ZA 1FCKA 1XVYA 2HQ0A 5HM4B 5CBSA 3U92A 3CG3A 3PD9A 3TYHA 3OO9A 4R6KA 2F78A 3LBSA 2DWJA 5DT6A 3E4RA 4C1UA 1MG1A 5IAIA 1URDA 4IY5A 3FIRA 1EU8A 3MVZA 1IIWA 5TU0A 1D9YA 1LFGA 4FE8A 3KGCA 4R9GA 4RJZA 1DTGA 2DVZA 1Y9UA 1ANFA 1TWYA 4MLQA 2RC7A 1AL3A 1B4HA 2Q2CA 3FATA 1POTA 2Q89A 3KEIA 4BDLA 5K2XA 1B3EA 1MXZA 1JW4A 2O84X 4ELOA 3O97A 5HBCA 1LBBA 3CFXA 2HCAA 1P1QA 1AH5A 1MPCA 2GHBA 4WEDA 2ZXTA 3IOTA 3MJNA 5CRYA 4L17A 4U4XA 1M5FA 4U23A 3CFLA 3HCQA 4G8HA 3KN7A 2NUVA 2UVIA 5KZTA 3OMBA 2CZLA 3K6UA 2XX8A 3FUZA 2QS2A 4HW8A 3CI8A 3S9MC 2UVGA 5BUUA 2XXXA 4POXA 1B9JA 3JYRA 3MBPA 3PGFA 3M3LA 5FHOA 3OD7A 4OTEA 2OWTA 1S50A 4QFKA 1JEUA 1R6ZA 4E0XA 3K1MA 3Q29A 2V25A 2Z8FA 3AXFA 4TLMB 1UTBB 4KPTA 3FZVA 4OVJA 1VFDA 3TCHA 3LSXA 4QFOA 3U94A 1NFTA 1XOCA 5I2NA 3TTMA 2RCBA 1LCFA 3ZKLA 1XT8A 2REJA 4GF8A 2RINA 3DLNA 5EHSA 5CMBA 3IL1B 4I62A 4QHQA 4IO2A 4TQUQ 4KHZE 1BLFA 4NF6B 3S9NC 3GLBA 2NOOA 1PEBA 4R2FA 4RK9A 3T9VA 1JVYA 1H76A 3FXRA 4AB5A 3VVDA 3UORA 3BKIB 4OEVA 1R9LA 1YTVA 2IA4A 5ICQA 1ZMGA 1SI1A 3PPPA 5DVIA 4DXCA 4YB5A 4N13A 2I3WA 2XHDA 4GQOA 3DP8A 1A8FA 3IR1A 2XXPA 2DXYA 1B40A 3I5OA 2R9JA 4R75A 3R6UA 2KLFA 4WXJA 4YB7A 2H5YA 3W9WA 5L9OA 3H03A 4X9TA 3OO6A 3RUMA 4ISUA 4BDNA 4FEBA 4EXLA 4BDRA 2V3TA 4OENA 5DTBA 4KCCA 1XS5A 2O6AA 4TLLB 3H3GA 2I49A 1URSA 3Q26A 3KSXA 5F7VA 3VFJA 5FHNA 1MY1A 4LA9A 4R6HA 3U8QA 2DWIA 5I58B 5ISUA 4IO6A 4H5GA 5AA2D 1SBPA 3UGWA 5AA2A 3C9HA 4H0WA 1UQWA 2Y7PA 3T93B 1JW5A 4QSDA 2F7AA 1Y1MA 3SETA 4FECA 4DZ1A 5L9MA 5H8FA 3OEKA 2UVJA 2QS1A 1FTMA 1GV8A 4OMBA 4YAHX 3ODBA 3QIMA 3C31A 4I1DA 4OWDA 3QSLA 5AA2B 5FTHA 4HCWA 4DIGA 1IEJA 4IO3A 2UYEA 3D4GA 4ZDMA 1AIVA 3PD8A 3FVNA 2D5WA 3HN0A 5H8FB 2Y7IA 2X26A 2XD3A 3KJTA 5BWJA 2HAVA 1FQFA 4X48A 2PX1A 1MQJA 1LLSA 1DOTA 3JZJA 4GL8A 5H8QB 3MW0A 2A5SA 4GLIA 3SEWA 4HS7A 1SDXA 1MQGA 3UP9A 3RTWB 1MH4A 2YPNA 1I69A 3OO8A 3PV0E 5I59A 2AL4A 1XHYA 3RNNA 2XXTA 1JW1A 3B7DA 3V5AA 4ND9A 4XKNA 1HSEA 4QRZA 1D3KA 1BIYA 3H7MA 4U4SA 2Z8DA 4XKPA 2DYXA 4OXVA 3L6GA 1PB9A 4MBPA 3UIFA 4YMAA 1P1UA 4ZS9A 4F2QA 2G29A 1SYIA 5ITOA 1B5IA 2B65A 4OERA 2VP1A 5I59B 1MRPA 4F3PA 3TTNA 2D3IA 1IITA 4F1UA 4HCYA 5CMCA 1MQDA 1MY2A 1URGA 4ESXA 1B52A 4ONYA 4GD5A 2ZYMA 2DP8A 1MXXA 2O51A 4BDMA 3H4ZA 2QMXA 3FVKA 1L5TA 3H6WA 2RCAA 1FQBA 3TUSA 3EPEA 2F36A 1MXYA 4H67A 4PFYA 4TOZA 3HV1A 1I6QA 1LCTA 3TEPA 3G3GA 3S4UA 3PUXE 3U93A 1VE4A 2IEEA 4H65A 3KOTA 2F35A 2PT2A 2HZLA 1B05A 4YKKA 3EF7A 3FV1A 1FQEA 2THIA 1XC1A 3RY3A 3MZ9A 4G68B 4JWXA 4RPNA 1H45A 1A40A 2I0BA 1OQHA 3HSTA 4DE8A 1NMUA 2W7YA 2Y7RA 3K00A 2F8DA 4R2BA 2VD3A 1Y4TA 1N7WA 3EHSA 2QSXA 4NWCA 3N26A 4LVQA 3CVGA 3MQ9A 5TPAA 3KN3A 2DOJA 1LFHA 1B46A 2RC9A 3PPQA 2P0SA 1DSNA 1ELJA 5A5XA 1LB8A 1JVXA 4BDQA 1M5BA 4LONB 2XXVA 2DXRA 1QUKA 2ZNUA 3OEMA 2M8CA 2GRVA 3S9EA 2XXHA 2DE2A 5TPAB 2ABHA 3V8XB 1WVJA 1Y1ZA 5A5XB 1GR2A 3B6QA 1MH3A 3V89B 1NH7A 3H6VA 2YJPA 2FA7A 1Y20A 3HHFA 3CG1A 4E0WA 2HAUA 1UTBA 4JDFA 4H8IA 3HHGA 3IJXB 3L6HA 5I57A 1LAFE 3LUYA 1MY3A 3MAMA 3K4UA 5KCJB 4KD5A 4RY1A 4P0IA 4G77A 1MXVA 2G93A 2ZYOA 3KSJA 5J1DA 1SQYA 1EZPA 1LAXA 2NXOA 1QUIA 1SVXB 1YCJA 4PETA 4IGTA 2H25A 4Q0CA 4ZEFA 3OENA 4I8CA 2HXWA 1RYOA 1O7TA 3B6TA 2ZYNA 5ICTA 4NF6A 4R74A 5AA4A 4OFOA 5I57B 2F7BA 3IB2A 1Y4CA 1YAEA 1DTZA 2ONRA 2V3QA 4I9DA 4POWA 2OCUA 4G4PA 3FJMA 4R6YA 2ZYKA 2AYSA 4ZE9A 4IB2A 3N94A 4XIGQ 2XXRA 3CIJA 2DVCA 4U1ZA 5EYFA 4ZEKA 2H4IA 1Q35A 1AMFA 3VLVA 5AA4B 1PB8A 2P2AA 4QSCA 1FW0A 4F1VA 2DQVA 1ZIUA 2GH9A 3HPIA 3KN8A 3VV5A 1XVXA 1PB7A 1TXFA 4NEDA 3C32A 1B1HA 2QJEA 1WODA 1USYE 3RQTA 4XTCQ 1JETA 1BP5A 4F2OA 2X7PA 3K0VA 2Y7KA 4DXUA 4F19A 4EQ7A 3ZS6A 3MP1A 4KQPA 1SD3A 3F11A 1MM6A 1PC3A 4ESWA 5I58A 3GBAA 3ILUB 2ONSA 4YU0A 4G68C 4LP2B 5CC2A 4U1OA 1O64A 3USDA 1TFDA 2OLBA 1B7ZA 2H98A 3EQ1A 3IO6A 3H6TA 4Q8RA 2V93A 1NNKA 3H06B 3MP8A 1LGBC 1FQAA 4NF4A 4P0GA 5H8HA 3TCGA 3K6VA 3SEUA 4GVOA 2F5XA 3TPAA 2YLNA 3N6UA 3UN6A 2GFEA 3SEXA 1N84A 2O1MA 1Z7NE 3PMVA 2B3FA 3QK6A 4ZEIA 1YPNA 2F6PA 3PUZE 2ALUA 4RNSA 5JTYA 4Q5TA 2HZKA 2R71A 3E9XA 2D21A 1LFIA 4NF4B 3O9PA 4WEPA 4LZ5A 4P11A 4GWOA 1IQ7A 4RPOA 1B5HA 2VD2A 4RXLA 4IO4A 5H8HB 2F34A 3R7XA 3IORA 3QXMA 4MFIA 5H8QA 1F9BA 1B7HA 2PT1A 2Y7WA 1LBCA 2WKYA 5TP9A 3TTRA 4N07A 3W15C 5ITPA 2UYFA 3K02A 3KG2A 1B51A 4IO5A 1OLAA 3G3FA 4R73A 3ILTB 4H5FA 1Y3QA 1CB6A 3G3JA 5JTYB 3ZSFA 1R9QA 4N6PA 4ELRA 3K6WA 3TQWA 1B32A 1NNFA 4HTGA 2NWJA 3IJOB 3ECRA 1POY1 2F6GA 3T9XB 1OLCA 3A3CA 4DLDA 5EHMA 3O28A 4YKIA 5TP9B 3O66A 4ZZAA 1S9TA 1B0LA 2OWSA 4OEUA 2NVUB 2Q88A 4YB6A 4YKPA 3A09A 3O6HA 1N3XA 4EXKA 1A99A 1B3FA 4OQOA 2RC8A 5H8SA 1GVCA 5I84A 3MPLA 1H43A 1OQGA 1KWHA 4YICA 4FAJA 2REGA 4NWDA 4UACA 3T22A 4ELQA 2BJJX 1ZKBA 4KYDA 4OZ9A 3S2VA 4KCDA 1MQIA 2V3UA 1LSTA 1I6BA 2LAOA 5DEXB 1D9VA 1HSLA 2E0SA 1QVSA 4G8NA 1IXGA 3K2DA 4LZ7A 3PPNA 3T96B 4QFNA 2OZZA 3PUVE 2ANJA 3GZGA 3RN8A 3FJGA 1FQCA 2I48A 3VE1B 3VLUA 3LR1A 1GGGA 1SYHA 1MDP1 1QULA 3RGYA 3FASA 1P99A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WBDA 3IX1A 5EQAA 4PFBA 4JWYA 5FTIA 4C1TA 5I2KB 1MXWA 2ZNSA 3V83A 1NUWA 1N3WA 4G68A 2BJIA 2XXQA 4LQ5A 3MVYA 1EZOA 3CR9A 4JB7A 3CSBA 3MYUA 4H1XA 4Z7EA 4O94A 2I4CA 1G0HA 1PBQA 1A8EA 5JK4A 4JVCA 3LSFB 4H8JA 1FBPA 3TQLA 3LC8A 4QSEA 2QPQA 2ESNA 4C0RA 3G3HA 4PBQA 2PMSA 3TZAA 1IXIA 4X8RA 3IAZA 4EQBA 3MVWA 1DPPA 3T9UA 3PU5A 1INPA 4KXPA 3QUFA 4GX3A 3VXBA 1LB9A 3MZ1A 4QFPA 3FVGA 3MVXA 3N5LA 2P1SA 1B7UA 3I3VA 1SPIA 2OX3A 1NI9A 2I58A 4R72A 2PFZA 4F39A 4GIZA 1NL5A 4F31B 1WDNA 3TDJA 1D4NA 1B2HA 4K3FA 2Y5KA 5LDZA 4DCYA 3LSWA 1B1XA 3KJ7A 4ZE8A 3IOUA 3H6UA 3OSRA 2O1LA 2ONKE 3PPOA 5I7IA 3TELA 2WYPA 5CMKA 1IXHA 1SW4A 2DSFA 4GXAA 3OO7A 2QRYA 4OVQA 3U1OA 3SEYA 1UIUA 4AS5A 3HO7A 1B5JA 2F7CA 4PAKA 4RA1A 5CBRA 2DS9A 4NF5A 3E13X 1MDQA 3IO4A 4PBHA 1DPEA 4GBWA 1IMEA 2XX7A 2Z8EA 3TFLA 3B50A 1P1NA 1BKAA 1K9YA 2XXIA 3I6VA 4GFRA 3TKDA 4LATA 4THIA 5KCJA 1FPKA 1FTKA 1M5DA 4NHBA 4XKRA 2DWAA 4WKMA 1NNTA 1NV5A 2OWZA 3IOWA 4H6DA 4NTLA 1MY4A 3B6WA 1JP4A 2F3BA 3M3FA 4NX1A 1B3LA 1FTOA 5DW8A 1IZ1A 1QKAA 3VLWA 3GXAA 1QJMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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