1BP5A

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe, apo form
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
328
structure length
328
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand-induced conformational change in transferrins: crystal structure of the open form of the N-terminal half-molecule of human transferrin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
total genus 96
structure length 328
sequence length 328
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bp5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bp5A02
1EZPA 1GTKA 4R6KA 5L9MA 2DE3A 4M4GA 5H8NA 4OENA 2LAOA 2R6GE 3CSBA 3LSXA 3VLVA 2F36A 1Y1MA 2UVIA 3FVGA 3EPEA 3IL1B 5DEXB 1POTA 2RINA 4IY6A 3G7WA 4OFOA 3B6WA 4YKPA 3V83A 1US5A 1RYXA 4H8IA 1FTOA 2P2AA 2F5XA 2QS2A 3CSGA 2ESNA 5EHSA 3MJNA 3RLFE 1B58A 4R6YA 3PMVA 4P0GA 1M5BA 3PGFA 5ISUA 3H03A 4ESWA 4RY1A 2XXQA 3T96B 1RKMA 2ONKE 3TZAA 2O6AA 1AMFA 3HO7A 3FVOA 1UTBA 1UIUA 4EQ9A 2UVJA 1MY1A 2D3IA 4LZ5A 2ONSA 2OWSA 1NNTA 4XKNA 2RF1A 5HPQA 4JB7A 5DVJA 4FIMA 1I6AA 3K2DA 2NOOA 5BWJA 3FVNA 1P1UA 3E13X 2DVZA 1XVYA 4G8HA 3UIFA 3H6UA 1IITA 3K6VA 1P1NA 3MZ1A 4FORA 3MVYA 1TXFA 4PE5B 3C9HA 4O3CA 4I62A 4EXLA 3CVGA 5I84A 4ESXA 1MXZA 1P1QA 1B0LA 1NH7A 3MPLA 3FGSA 4F3BA 2PT1A 3PD8A 3T9VA 2Y7WA 5TP9A 3U92A 3R26A 2GRVA 1DOTA 3O9PA 2FYIA 2NUVA 5H8NB 3RY3A 4H0WA 3FXQA 3KOSA 2O51A 4NF8A 4MF3A 4G68B 3IB2A 5A5XA 4H67A 1NNKA 2XXHA 4WEPA 3CRBA 2F7CA 1CB6A 4DCXA 1VFDA 4NF6A 5AA2D 1BTJA 4IO4A 3TCHA 3QAXA 1OLCA 3MZ9A 2XXWA 4HTGA 4OVJA 2QS1A 2HEUA 1JVXA 2PVUA 4OTEA 2OWTA 4QRZA 2Y7KA 1B52A 1UTHA 1N84A 4ELRA 3S9LC 3PPQA 2I48A 2XXPA 3BBRA 1SQYA 4G68C 2QS3A 4QFKA 1UTBB 3KN7A 4GF8A 3MVZA 1QUJA 1FQCA 2D5WA 2YPNA 4AB5A 2OK2A 4JDFA 1O64A 1TT1A 1R9LA 4F1YA 4IO2A 4JWOA 3UGWA 4NEDA 1N76A 2A5TA 3PPOA 1WDNA 2THIA 1MQJA 4AB6A 4ELOA 4OYVA 5L9SA 3LBSA 1A99A 1JW5A 3ODBA 3IJOB 3D4CA 3T9UA 2DE2A 3MVWA 4YB5A 3HV1A 1LSTA 3CIJA 3KJTA 5TP9B 3SEUA 2OZZA 2P1SA 1B4HA 4H8JA 2IEEA 5JTYB 1JW4A 2UVHA 3QUJA 3G3IA 3W9WA 4Z0IA 4TOZA 3UA8A 2P0SA 4E0XA 2DP8A 2O1MA 1OQGA 4NF8B 1UQWA 5A5XB 1Q1KA 2UYFA 1DTZA 5L9OA 2V3UA 5DT6A 4N07A 3OSQA 4NF6B 1VFEA 3EQ1A 3VE1B 1SBPA 2REJA 4QF9A 3HN0A 3IB0A 4DIGA 1B3FA 4LZ7A 3TQLA 4KI0E 1T0KA 1B5HA 1P1OA 3PU5A 3ZKKA 4RJZA 3RT8A 3VDFA 2HAUA 5B70A 3VLWA 3FASA 1PBQA 4R2FA 1BKAA 3O2AA 1EZ9A 1FTJA 4GLIA 1Y4TA 4M1VA 2XD3A 3CFXA 3TTKA 2RC8A 4N6PA 1MQIA 3RUMA 1OMPA 3KSJA 1B32A 2ABHA 4TLLB 3FJMA 3OXNA 2H9BA 3VV5A 3O6IA 1XHYA 4XKPA 3RGYA 4OFLA 4P0IA 2I0CA 5DVIA 3VVFA 1MXUA 1NFTA 2I58A 2Q89A 2RC7A 4F3SA 3S9NC 4GD5A 1B4ZA 2I4BA 1PB8A 3T9HB 1MRPA 3IOVA 1QUKA 1IUDA 3OENA 2ALUA 3C35A 3VFJA 1DMBA 1MY2A 2ZYOA 3SERA 1WODA 3THIA 4F19A 3MPKA 2R71A 1YCJA 2RKMA 5F7VA 1A7LA 3VXCA 2UVGA 4RPOA 1KWHA 2VD3A 2DVCA 1DPEA 1D3KA 3M3LA 2PYYA 2NWJA 3C32A 2X7PA 1ELJA 3OO7A 1US4A 3EHTA 3IOWA 2X26A 1LBCA 1AOVA 1B51A 1A54A 1MG1A 4BDLA 5AA4B 2PBWA 4MH5A 3TCFA 1M5CA 1R9QA 4R6HA 4YKJA 1FQBA 1B46A 2O84X 4G8MA 4U2RA 2F35A 3R6UA 1LFIA 1LFHA 1EZOA 4LZ8A 1A55A 4C0RA 1IXCA 5FTIA 1MPDA 1M5DA 3K01A 4I9DA 1AL3A 3N6UA 1VE4A 4UA8A 3EHSA 5H8FA 1JQFA 3SEWA 3T22A 3MP8A 4ISUA 1ZU0A 3FV2A 3AXFA 4QFNA 5CI5A 4EXKA 3EHUA 1YTVA 3QYTA 1MXVA 1Y4CA 1H44A 1LB8A 4TQUQ 2DSFA 1Y3QA 3MWBA 1WVJA 3PPRA 1MXYA 1B2HA 4ZZAA 2HAVA 3EF7A 4DXBA 2DWAA 4NF5A 4YZZA 2I49A 2CMOA 5KCJB 5H8HB 5CM6A 3U93A 3H7MA 4YAHX 2ZYKA 1HSLA 3MP1A 2XD2A 2AYSA 4G68A 2E0SA 3KFMA 4QHQA 1N3XA 4FEBA 5H8QA 3JYRA 5KZTA 3VLUA 4OXVA 4IB2A 2DXYA 2ZYMA 2AL5A 1N7XA 5CMKA 2HZKA 5TPAA 5ICTA 4U21A 2W7YA 1OQHA 1IXIA 1MDQA 1MY4A 2UXAA 4FATA 2XXYA 4JSDA 1BIYA 4EF2A 1H76A 4ZEBA 2I4CA 3K1PA 1N7WA 2H99A 2YJPA 1AIVA 4DE8A 2PT2A 1TFAA 4NMYA 1GVCA 4KD5A 3N94A 3K02A 2XX9A 4RYAA 3HPIA 3Q29A 1DPPA 4Z7EA 5H8FB 4F18A 4GVOA 4X48A 4JWYA 1LAXA 1HSEA 5HBCA 3W9VA 4IO5A 2GHBA 2V3QA 1OVTA 2VGQA 1MPBA 2DYXA 4YMBA 3I3VA 2GHAA 5LOMA 3TEPA 3H6VA 3Q27A 4KCCA 4NF5B 3DLNA 4U22A 1I6BA 1UIVA 3LC8A 4GL8A 1QJMA 1SYIA 1MPCA 1ANFA 3GLBA 3KGCA 2Z8EA 5JTYA 3PUVE 3TDJA 4WEDA 4RA1A 3Q26A 4KHZE 2A5SA 3M3FA 4FJPA 4PFWA 2QSXA 1B5IA 4Q0CA 5H8QB 1MM7A 4K3FA 3CFZA 4X9TA 1LB9A 4OEUA 2ZMBA 3TAJA 3A3CA 3H3GA 1IXGA 3FATA 2QJEA 1JEUA 1FCKA 5TPAB 3L6HA 1YAEA 1MH3A 4GFRA 2D21A 2YLNA 1OVBA 1SI0A 3IO4A 2V3TA 1SD3A 5I56A 3TPAA 1LGBC 2ZXTA 2QS4A 5K2YA 3RTFB 3IORA 1PBPA 2G93A 3B6TA 3QUFA 5CBSA 4U23A 3LSFB 2Y7PA 4THIA 3IJXB 2OCUA 1SW5A 4QFPA 2O7UA 4YB7A 1B0HA 1MM6A 1OLAA 1XT8A 4POWA 4GXSB 3RT6B 4MLQA 4MFIA 4ZDMA 1USYH 4PFUA 4NF4A 3G3JA 4FECA 3QSLA 4F3GA 4KYDA 1M5FA 2CZLA 1O63A 1SW1A 2GFEA 5AE4A 4F22A 1SDXA 4F1VA 4XTCQ 4POXA 1IEJA 1I69A 2QRYA 4ZEIA 1ZJLA 2F34A 3C36A 1IIWA 2OJTA 3L6GA 5TU0A 2RC9A 3Q25A 3KEIA 1PEBA 1RYOA 2E1SA 4OETA 3IB1A 5H8SA 2HCAA 4KR5A 2Z23A 3ZKLA 4MBPA 3HHFA 4BDRA 2XXRA 2RCAA 1H45A 3O66A 2NXOA 1B9JA 2FNCA 3K4UA 1D9VA 1PB7A 1URDA 1Z7ME 1B6HA 2OBGA 1DSNA 2G29A 1P1WA 2Q8JA 4C1UA 1EU8A 5FHOA 3CG3A 3TTMA 3B7DA 3TTNA 3DM0A 2DOJA 4QSDA 5KDTB 4R9FA 2GH9A 5I56B 4GXAA 3KN3A 1R6ZA 4U4SA 5AA4A 3K00A 1JVYA 3KN8A 2VOZA 3C33A 4KFQA 4F1UA 3PV0E 3KZGA 2QPQA 5K2XA 4PFYA 3ZS6A 2I6EA 5ICQA 4AQ4A 2B3BA 3TELA 2QMXA 2F97A 3LSLA 1AH5A 3BKIB 3TMGA 4G8NA 4NF4B 3TTLA 3KBRA 3WAFA 1ZLQA 3JV9A 3KOTA 4OERA 3H6TA 3V8XB 2PMSA 3EN3A 1FTKA 5JK4A 4R2BA 2H25A 4P11A 3N26A 2F7BA 1B1XA 1MY0A 2DQVA 3RNNA 1S50A 3RTWB 2O68A 1B3EA 1TFDA 1NNPA 3S4UA 1XOCA 5IAIA 5KCJA 4YICA 5H8HA 1FTLA 1CE2A 1GR2A 1A8EA 1SW4A 2AIXA 2PX1A 3ECRA 4TLMB 5F1QA 3V5AA 4FEDA 2KLFA 5HM4B 4G77A 2AL4A 3N6TA 1BLFA 4R73A 3O6HA 3PUZE 5CMMA 1ZMGA 3FJGA 3OMBA 4OWDA 2O69A 4DXCA 3O97A 5M2VA 4HS7A 3GZGA 5EHMA 4KCDA 5ITOA 1ZBMA 3MC2A 1Y20A 1ATGA 3FD3A 3FXRA 2Y84A 4EUOA 2OLBA 1B3HA 3LUYA 3HHGA 3MVXA 1Z7NE 4F2QA 2XXVA 4ECFA 3SDFA 2ZYNA 4ZZEA 1LAGE 1Y3NA 1SVXB 4XKRA 4JXIA 1NL5A 2VP1A 3H6WA 2V25A 1XC1A 4OQOA 3U72A 3ILUB 3PUYE 4IO6A 3ONMA 3VXBA 3S9MC 5ELVA 1A40A 5DVFA 2Q9TA 3FVKA 1MQGA 4R74A 3O29A 2DXRA 1H43A 2O7IA 2BJJX 3GXAA 4DCYA 4H5FA 4ZE9A 3W15C 1MQDA 3E4RA 2VHAA 1ZIUA 4U4XA 1MS7A 3C34A 1MQHA 3VVEA 5JEIA 1R1NA 2NVUB 1MH4A 4R9GA 4BLAA 5FHMA 2I3VA 3CI8A 2R9JA 1OIBA 3C31A 4WXJA 4EDPA 3G3GA 1IQ7A 4NWCA 3FXUA 2WKYA 1J1NA 4OESA 1N04A 1LLSA 4QSCA 2H4IA 3TYHA 1QKBA 1QVSA 4PFTA 1II5A 4I1DA 5EYFA 1LFGA 2XHDA 4ELQA 4H6DA 4JWXA 2DE4A 5I59B 4ZE8A 2ZNSA 3PUXE 3PPNA 4F3PA 2HZLA 1EH3A 4KPTA 4RNSA 3P7IA 1D9YA 3BFTA 3PPPA 5I58B 4GRKA 1B40A 3IR1A 1JW1A 3IK6B 4RXLA 4Q30B 3TTRA 4EQ7A 1FQDA 3FUZA 3KSXA 1LCTA 4FE8A 2F7AA 3LR1A 4DXUA 3ZSFA 4RK9A 4IGTA 1QUIA 1YPNA 4F39A 3DELB 3SKPA 3G3FA 2Z22A 4HCYA 3FIRA 3QXMA 1A8FA 1Y1ZA 2F6PA 1PB9A 3MZBA 1Q35A 1B7UA 3RN8A 3LSWA 3T66A 3S2VA 4DLDA 5I2NA 2QMWA 2H98A 1B3GA 3OO9A 3VVDA 3DP8A 5FHNA 3UK4A 4HW8A 1JETA 3SEXA 3B6QA 2RCBA 4F29A 2B3FA 5CMCA 4YKKA 3FZVA 1JEVA 5CMBA 3IO6A 4ZEDA 4OFJA 3OD7A 2Z8DA 4LP2B 2XXTA 3OO6A 3D4GA 2HFBA 1FW0A 4GL0A 1LCFA 5B7DA 5CC2A 3MP6A 3KG2A 5DYHA 4LATA 1LAFE 5KDTA 4ND9A 1MXXA 1NH8A 2V84A 5I2KA 3I6VA 5J1DA 4X1DA 4ZS9A 3USDA 1H3DA 3TUSA 4YU0A 2ZNTA 3MW0A 1SYHA 1D4NA 3HCQA 3TKDA 1O7TA 4BDNA 2M8CA 4F31B 2HQ0A 5ITPA 5CRYA 4E0WA 3UP9A 1FQFA 4FAJA 4JSOA 3MQ9A 1B7ZA 2VD2A 2Y7RA 2FA7A 2X7QA 4KYEA 1NKXA 4OEVA 3TCGA 5I2NB 1QW0A 3H06B 4YMAA 4LQ2A 3M8UA 4QFLA 1QKAA 4NWDA 1XVXA 1BP5A 5I57A 3K6UA 4I8CA 4PQJA 4RPNA 3O28A 3U1OA 3K6WA 3Q28A 5FTHA 2F8DA 3O6GA 4ONYA 3M3KA 2Q2CA 4GWOA 2F6GA 4HCWA 4XXUA 3QIMA 3S9EA 4G2ZA 3SEYA 3BFUA 4IY5A 1GV8A 3SEVA 3DP4A 3N5LA 1FQEA 4ZEFA 4ELPA 1N0TA 4PETA 4DZ1A 4YKIA 4GIZA 1Y9UA 3A09A 3CFLA 3MBPA 1MY3A 3G3HA 1URGA 3CG1A 2ZNUA 4DDDA 2B65A 1IXHA 4LA9A 1USYE 2DS9A 3MAMA 2DWIA 4EQBA 1SI1A 5I2KB 5AA3A 2HXWA 3PMXA 3OEKA 3FJ7A 1B3LA 1L5TA 4G4PA 1MDP1 1S7YA 4BDQA 1UTHB 1B5JA 1B1HA 2O1LA 3IOTA 3GBBA 3U8QA 1PC3A 1ZTYA 1POY1 3IAZA 4LVQA 1GGGA 3DP6A 4RK2A 1DTGA 4OZ9A 1MXWA 3U94A 4H65A 4GQOA 3K6XA 3QK6A 4KYSA 4MLVA 3F11A 4PP0A 5L8DA 2QL3A 3T9XB 3H4ZA 1HSJA 4U1ZA 2A5TB 4H5GA 1P99A 3E3KA 1NMUA 1FQAA 4ZEKA 3TQWA 1LBBA 2XX8A 1N3WA 5I57B 2IA4A 5AA2A 3UORA 3SETA 1QULA 2ANJA 2Z8FA 2V93A 2Q88A 1Y3PA 4OMBA 4O3BA 2Q2AA 1B7HA 4LQ5A 3RQTA 2F78A 4C1TA 4XKQA 3T93B 1VSOA 2I3WA 4WKMA 5AA1A 2DWHA 1I6QA 3G3KA 1NNFA 4JBZA 4H1XA 1SW2A 4UACA 3HSTA 5CBRA 2XXUA 1JNFA 4R72A 3WAEA 1M5EA 3JZJA 4NE4A 3CR9A 4Q5TA 2XX7A 1LAHE 4IGRA 4F2OA 4U1OA 4EF1A 3KJ7A 5I59A 1VR5A 3PUWE 4N13A 4Q8RA 1B05A 3SESA 5DTBA 3R7XA 5DEXA 2H5YA 4QSEA 4IO3A 5I58A 2Y7IA 3FV1A 4YB6A 4IO7A 4LUBA 4O3AA 4GOTA 3K0VA 1S9TA 1F9BA 5IKBA 2ONRA 3OO8A 3C4MA 1ZKBA 2XXIA 4R75A 3ILTB 3RPWA 3E9XA 1IZ1A 1URSA 3K1MA 4X1BA 4XIGQ 4ZECA 4KQPA 4QFOA 3TFLA 4L17A 1TWYA 3I5OA 5AA2B 2I0BA 3GBAA 3PMWA 3MUQA 3IX1A 1FTMA 4LONB 3V89B 3A3UA 2DWJA 1XS5A 4BDOA 3UN6A 5BUUA 3IOUA 4OHNA 1PDAA 3OOAA 4BDMA 2UYEA 4NTLA 3PD9A 3K1NA 2REGA 3OELA 3OEMA 3OSRA 2XXXA 3TODA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EZPA 1GTKA 3IFAA 1FPJA 2Q8MA 4R6KA 5L9MA 2DE3A 4M4GA 5H8NA 4MNPA 4OENA 2LAOA 2R6GE 4H45A 3CSBA 3LSXA 3VLVA 5A5LA 2F36A 1Y1MA 2UVIA 3FVGA 1FBDA 3FXBA 3EPEA 3IL1B 5DEXB 1POTA 2RINA 4IY6A 1FBHA 3G7WA 2VT5A 4OFOA 3B6WA 4YKPA 3V83A 1US5A 1RYXA 5EYHA 4MIJA 4H8IA 1FTOA 2P2AA 2F5XA 2QS2A 3CSGA 2ESNA 2P3NA 5EHSA 3MJNA 3RLFE 1B58A 4R6YA 3PMVA 4P0GA 1M5BA 3PGFA 5ISUA 3H03A 4ESWA 4RY1A 1NUXA 2XXQA 3T96B 1RKMA 2ONKE 5IGAA 3TZAA 2O6AA 1AMFA 3HO7A 3FVOA 1UTBA 1UIUA 4EQ9A 2UVJA 1MY1A 2D3IA 4LZ5A 2ONSA 2OWSA 4P1EA 4PGPA 1NNTA 4XKNA 5IZ3A 2RF1A 5HPQA 4JB7A 5DVJA 4FIMA 1I6AA 3K2DA 2NOOA 5BWJA 3FVNA 1P1UA 3E13X 2DVZA 1XVYA 1FBEA 4G8HA 3UIFA 3H6UA 1IITA 3K6VA 1P1NA 3MZ1A 2FHYA 4N4UA 4FORA 1NV2A 3MVYA 1TXFA 4PE5B 3C9HA 4O3CA 4I62A 4EXLA 3CVGA 5I84A 4ESXA 1MXZA 1P1QA 1B0LA 1NH7A 4OVRA 3MPLA 3FGSA 4F3BA 2PT1A 3PD8A 3T9VA 2Y7WA 4P56A 5TP9A 3U92A 3R26A 2GRVA 4PAIA 1DOTA 3O9PA 2FYIA 2NUVA 1NV1A 5H8NB 3RY3A 1IMEA 5LDZA 4H0WA 3FXQA 3KOSA 2O51A 3B8BA 3LUZA 3MYUA 4NF8A 4JVIA 4MF3A 4G68B 3IB2A 5A5XA 4H67A 1NNKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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