1D3KA

Human serum transferrin
Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVQHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTVIII3 (254-257)S1 (4-11)TI1 (31-34)AH2 (45-54)AH1 (13-29)O2 (9-48)O4 (118-194)TIV13 (279-282)TI12 (283-286)S2 (35-42)TIV1 (55-58)S13 (250-254)S3 (59-62)TIV14 (290-293)O5 (137-331)TII3 (121-124)AH11 (317-328)AH3 (64-71)TVIa1 (72-75)TIV2 (73-76)TIV12 (255-258)S4 (77-86)TIV15 (292-295)S12 (244-247)S5 (91-92)TI8 (183-186)S10 (223-227)S6 (94-102)TII1 (102-105)TI9 (227-230)AH8 (217-221)TI2 (108-111)TII2 (112-115)S7 (117-119)S9 (202-206)TIV5 (124-127)TIV9 (154-157)S8 (157-158)TI3 (125-128)AH4 (129-135)TIV7 (140-143)3H1 (136-138)3H2 (168-171)AH5 (146-153)TI5 (164-167)TII4 (159-162)TIV11 (172-175)TI6 (171-174)TI7 (180-183)TII5 (174-177)TVIII2 (181-184)AH6 (188-197)AH7 (208-213)TI13 (287-290)S11 (231-233)TI10 (234-237)AH10 (311-315)AH9 (260-274)TI14 (296-299)S14 (301-304)TII7 (306-309)TIV3 (87-90)TIV4 (109-112)TIV8 (143-146)TI4 (163-166)TII6 (275-278)3H3 (238-240)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structures of two mutants (K206Q, H207E) of the N-lobe of human transferrin with increased affinity for iron.
pubmed rcsb
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA02
2X7PA 2NUVA 1OVBA 3VDFA 5I58B 4P11A 1ZLQA 3E9XA 3PUXE 1PC3A 1P1UA 1RYOA 3U1OA 4N6PA 4F3GA 4GLIA 2DVCA 2GFEA 3FV2A 4F1YA 3FATA 2UVJA 3MWBA 4YKPA 4KI0E 4FAJA 3W15C 2ESNA 4G8NA 4DXUA 2DE2A 3IOTA 2QMWA 1LFHA 4FEBA 4RK2A 3MP1A 4E0XA 4F31B 1TXFA 4Q8RA 1KWHA 2KLFA 4R6HA 3ODBA 1BLFA 2M8CA 5A5XB 1T0KA 3A3UA 1MH4A 1IXIA 4EQBA 5I2KA 2VD3A 4NF4A 2A5TA 4GXSB 2QRYA 4PE5B 4WEPA 3OXNA 3SESA 3TCFA 1B7UA 2I49A 3G3GA 1FQAA 1XC1A 4LQ5A 2ONRA 3TTRA 4H8IA 4NWDA 1ZTYA 1HSLA 3OENA 1MH3A 5FTHA 2RC9A 1MPBA 4LZ8A 3DELB 4F22A 3CSBA 1PEBA 4WXJA 4OFOA 5FTIA 3IO6A 3H03A 2HAUA 3I3VA 4GIZA 4H1XA 3DM0A 5TPAA 1P1OA 3T9XB 2V84A 3CRBA 1IXGA 2LAOA 1IIWA 2PYYA 4MLVA 3U72A 2I4CA 4LZ5A 4ZZEA 4FIMA 1MM7A 4DCYA 4OQOA 5LOMA 1QUKA 2RKMA 1ZBMA 3SETA 1QUIA 1DTGA 3MJNA 4H65A 4POXA 4M4GA 5I59B 5H8FB 5DEXB 3IB1A 4IO2A 4TOZA 4IGTA 4R9FA 5I2NB 3T66A 1QUJA 1P1QA 3E13X 3O29A 3ZKLA 4OESA 3EPEA 4Z7EA 3DP6A 3HO7A 3K6VA 4F18A 2G93A 1DPPA 4NF8B 5AA2D 3TELA 1SQYA 4XKQA 3SEYA 4BDMA 2PMSA 3O6IA 2AYSA 3DP4A 3H6UA 3K2DA 2OK2A 3USDA 2O6AA 4U21A 3S9NC 4RYAA 4YU0A 1EZOA 2A5SA 5I58A 3O9PA 4O3BA 2O1MA 1FQEA 4YMAA 1MG1A 5ELVA 4ELOA 4YB5A 2OWTA 1A40A 3EF7A 1LAFE 1VFEA 2H5YA 1H76A 3KG2A 3FV1A 1JQFA 2ABHA 1N7XA 5FHMA 1A7LA 3KJTA 4G8HA 1QJMA 2XXRA 3PUZE 1DPEA 1SD3A 4C0RA 3OEMA 4F3SA 1B7HA 2D5WA 2RC7A 2Y7KA 2FNCA 4KD5A 3TAJA 4YKKA 4U4XA 1XVXA 3PMWA 2AL4A 1J1NA 3LSFB 1MXZA 3O6GA 1LB9A 5JTYB 1B7ZA 4MF3A 3RPWA 1A99A 3HSTA 4BDOA 4PP0A 2XXWA 1N7WA 1LFIA 3IK6B 5ICTA 3SEXA 4X9TA 1USYE 2F6GA 1XT8A 4FECA 2DE3A 3IJOB 3UA8A 3VLUA 1LCTA 4LQ2A 4MBPA 3FD3A 5AA2A 4ZEBA 4DZ1A 2R71A 2Z23A 2QS1A 1MQDA 4U4SA 1B46A 3CG1A 3H6TA 1S50A 3C33A 4MLQA 1MQIA 2O68A 3VXCA 2HZKA 2Q9TA 1XVYA 4THIA 4XIGQ 1MDQA 4ZECA 1Y1MA 3UK4A 3MVXA 3PPRA 3MPLA 1JW4A 4G68C 3LC8A 1B5IA 5JK4A 4M1VA 4ZEKA 1Y4TA 1B05A 4EF2A 1VSOA 2REGA 2OLBA 3RLFE 3C31A 1SW4A 4NMYA 2DSFA 2O1LA 4DXCA 2DXRA 3FVNA 3QK6A 2GRVA 4DE8A 1FTLA 2F78A 3QIMA 3TCGA 2FYIA 3Q28A 2E0SA 4ZZAA 1GGGA 5I59A 1Q35A 2PT2A 5H8FA 1POTA 3F11A 3C32A 1DOTA 2B3BA 3TZAA 4YKJA 2B65A 4OFLA 1P1WA 5F7VA 4OENA 4H8JA 1PBPA 1B0HA 1M5CA 3K01A 1B0LA 2ONKE 3H3GA 4K3FA 3TCHA 1LFGA 5CC2A 3PMVA 4QSEA 4F1VA 3W9VA 3EHSA 4RNSA 2ZYOA 2V3QA 4EXKA 4YMBA 3H6VA 3L6GA 3CIJA 3V8XB 1SI1A 2Y84A 3HHFA 3TTLA 3G3FA 1P1NA 3PPOA 4OYVA 5HPQA 1MQGA 4YICA 1URGA 5I56B 4P0GA 5TPAB 1Y20A 3FXRA 1CE2A 4QFNA 2B3FA 3M3LA 1EU8A 2F5XA 3LSXA 1B5JA 5M2VA 4YB6A 3H6WA 4BDLA 4GRKA 1H45A 2DWJA 1OQHA 3DP8A 4KQPA 1GTKA 4R74A 2PVUA 4AB6A 3CSGA 3OSQA 4LA9A 3OO7A 4KHZE 3R7XA 4ZEFA 4LP2B 1Y4CA 2UYFA 1AIVA 4JWXA 1YAEA 3C35A 3H4ZA 4QF9A 3UORA 2H9BA 4H5GA 3JV9A 1NNTA 2DXYA 3V5AA 4GL0A 5K2YA 2XXPA 2Q2AA 1SYHA 5JTYA 4R2BA 3E4RA 4I1DA 2E1SA 3IX1A 4DIGA 2XXTA 4GL8A 3T22A 3KN8A 3G3HA 4BDQA 2NVUB 2HZLA 1N84A 1JW1A 3O28A 1QW0A 3T9UA 2PT1A 3M3KA 3IB0A 1ZMGA 2OBGA 2P0SA 4E0WA 1URDA 1PB8A 4JXIA 3HPIA 4QFKA 1AH5A 4QSCA 4GF8A 1MPCA 2HEUA 1FQCA 2PX1A 1FTKA 2F34A 2QPQA 2ALUA 5DT6A 1SDXA 2DS9A 1B3FA 3RT6B 3CVGA 3MUQA 1FW0A 4EUOA 3RNNA 4X48A 4KYDA 1OQGA 4XKNA 1I6QA 1LBCA 3C9HA 4OVJA 4YB7A 3O66A 3MVZA 3FGSA 3ONMA 2YLNA 1ZJLA 1Q1KA 5F1QA 4H0WA 2O69A 5CBRA 2HCAA 3QYTA 1NMUA 3B6TA 1B9JA 1XHYA 3S9LC 1H44A 4PFTA 1M5EA 3G3KA 4IGRA 5I57A 1H3DA 1Y3QA 1IUDA 4RPOA 5AA2B 2XXIA 2DQVA 3K0VA 3OEKA 5TP9A 2RINA 1AOVA 1B4HA 1SYIA 4H5FA 1NNFA 3UIFA 2OCUA 3PV0E 3HCQA 4ZEDA 3RUMA 2P2AA 2H4IA 1EZPA 4FORA 4GVOA 4I9DA 3GBBA 4JSOA 3ZS6A 2O84X 2XHDA 2Y7IA 4KCCA 1N0TA 1MXVA 5EHMA 3LSWA 2X26A 1QKBA 4OFJA 3K1NA 1OVTA 3K6XA 1GV8A 5I56A 1POY1 4PQJA 5CMMA 1B1HA 3TDJA 1A8FA 3GBAA 1I6AA 1MQHA 3C36A 1VFDA 3OELA 3VE1B 3Q27A 3SEUA 5IAIA 3FVOA 1FTMA 3M3FA 4JDFA 3VVFA 3A09A 4F2QA 1IZ1A 4R73A 5CMKA 2G29A 1I69A 3FJ7A 3FXUA 3H06B 4EQ9A 1B3EA 2ZYNA 2QMXA 3KEIA 2AIXA 3RY3A 1Y9UA 3UGWA 3U94A 1QKAA 3N26A 4F19A 3GZGA 4JSDA 5H8QA 4JWYA 4O3AA 1TFDA 1NL5A 3KN7A 3OD7A 2UXAA 2H98A 1SVXB 2ONSA 3CFZA 2R9JA 4G2ZA 4MFIA 2WKYA 3K6WA 4YAHX 3MC2A 4RXLA 4KPTA 5ITPA 5H8SA 5HM4B 1LLSA 1ANFA 3KN3A 3PGFA 4F3BA 3QUFA 4OZ9A 3G3IA 3LR1A 3V83A 5H8HB 3U92A 4JWOA 1ZIUA 1NH8A 2F36A 1WVJA 4ZE8A 4NWCA 1FQDA 1HSJA 3K4UA 3QUJA 3KJ7A 5KCJB 2R6GE 3PD9A 1A55A 3MAMA 4EDPA 4R6YA 1US4A 2I0CA 4RPNA 1SW2A 2F8DA 1R9LA 4IO5A 3CG3A 2F35A 1N3WA 4WEDA 1P99A 1SI0A 4ISUA 4HTGA 2I58A 3T93B 4WKMA 1D3KA 5FHOA 4O3CA 3PUYE 1IXCA 1MRPA 4FE8A 2Q89A 4MH5A 1M5BA 1JNFA 4ZEIA 1R6ZA 1ATGA 4R9GA 4TLMB 3FJMA 2XXUA 1UIVA 5L8DA 1FCKA 4KFQA 2DWAA 4FATA 4EF1A 3IORA 1NNKA 3HHGA 2F97A 4RA1A 1JEVA 2OJTA 2QL3A 4N07A 3BFTA 4FJPA 4H6DA 3SEVA 3KOSA 4F3PA 4KCDA 3UN6A 3KBRA 1L5TA 4AQ4A 1LAXA 3IL1B 4NE4A 2XD2A 3Q26A 5EYFA 3RTWB 2O51A 1JETA 2UYEA 4PFYA 3R6UA 2F7BA 4R6KA 1MY3A 3ILTB 3PPQA 5JEIA 1LBBA 3CFXA 3M8UA 3MVYA 2DVZA 3WAFA 5ICQA 1JVYA 2YJPA 1IXHA 2VGQA 4ESXA 4OEUA 3TTMA 4G4PA 3WAEA 4LONB 1WDNA 5I57B 1LAHE 1NNPA 2RC8A 3A3CA 3FVKA 4QRZA 2UVIA 1DSNA 1MY2A 2V25A 4UACA 5TP9B 3ZSFA 1Y3NA 2QSXA 4NEDA 1ZU0A 3BKIB 4I62A 4G77A 4U2RA 3FUZA 1QULA 3PU5A 4DDDA 3E3KA 5H8NB 3FVGA 4GQOA 4XKRA 3MQ9A 5DTBA 1M5DA 4G68A 3VVEA 4Q30B 3OO9A 1IITA 4R72A 1LGBC 1XS5A 5L9OA 1BKAA 3LUYA 5H8HA 4IO3A 3B7DA 2O7IA 3UP9A 1URSA 4U23A 4DLDA 2I6EA 5KCJA 1ZKBA 2F7CA 2H99A 4NTLA 3TEPA 5B70A 3TQLA 1RKMA 2YPNA 5I84A 5AA1A 3D4CA 3N5LA 4KYEA 2QS2A 4OERA 5IKBA 1B3HA 1WODA 1OMPA 2X7QA 2BJJX 2Y7RA 1MY0A 2THIA 3JYRA 4HCYA 4NF6A 2ANJA 2I48A 5H8QB 5CM6A 1B3LA 3MBPA 3QAXA 3I6VA 1B40A 4OXVA 2UVHA 3FIRA 3TYHA 5DVIA 3DLNA 4YKIA 3VLVA 3Q29A 4AB5A 1I6BA 3N94A 1PBQA 2VOZA 1SW5A 4N13A 2D21A 1TT1A 2NOOA 1Z7NE 3MZ9A 2DWHA 3L6HA 3RN8A 3KFMA 5CI5A 2ZNTA 1MDP1 5CRYA 2XXXA 3IB2A 3FZVA 2V93A 3OO8A 3OOAA 2D3IA 3B6QA 3C4MA 3BFUA 5FHNA 1RYXA 1D9VA 3N6UA 2Z22A 4HCWA 3LBSA 2ZXTA 4QFLA 1JVXA 4X1DA 1JW5A 4BLAA 4TQUQ 5CBSA 4NF5B 3MP6A 2NWJA 5AE4A 4ELRA 4FEDA 4KYSA 2GHBA 5AA4B 5BWJA 4OHNA 4X1BA 4LUBA 1H43A 2I3VA 3IOUA 3MZ1A 4P0IA 4LVQA 3VLWA 5KDTA 1PB9A 2VHAA 1DTZA 3N6TA 1M5FA 2Y7PA 4LZ7A 5H8NA 2HQ0A 2ZYMA 4IO6A 3TTNA 1B51A 4XXUA 1PDAA 3RT8A 5EHSA 3VV5A 3THIA 2UVGA 1BIYA 4OETA 3D4GA 4OMBA 1B58A 4F39A 1A8EA 4EXLA 2I0BA 2Z8EA 1UTHB 4POWA 1VR5A 1EH3A 4U1OA 3RTFB 1TFAA 3TODA 3I5OA 3R26A 3VVDA 3EHUA 3K1MA 2DP8A 3TUSA 1BP5A 3MVWA 3CFLA 3V89B 4QFOA 1FTOA 1MY1A 1O64A 3KGCA 2XX9A 5DYHA 1LSTA 2XXQA 2DYXA 1YTVA 4U1ZA 4R2FA 2QS3A 4YZZA 2DWIA 1Z7ME 1BTJA 2F7AA 3VFJA 3TTKA 1LB8A 4F29A 1OLCA 1GVCA 1UTBB 3GLBA 3QSLA 1QVSA 1US5A 3EHTA 4IO7A 3SDFA 3QXMA 2XD3A 4F2OA 2XXHA 4ONYA 1MPDA 4C1TA 1O7TA 2Y7WA 5B7DA 1Y3PA 3KSXA 2XX8A 1D9YA 2ZMBA 1NKXA 3JZJA 4QHQA 3O6HA 3S4UA 3O97A 4IB2A 4C1UA 4G68B 2PBWA 3CR9A 4OTEA 3W9WA 2OZZA 4ELQA 5BUUA 3TKDA 3IOVA 3TPAA 2VD2A 1OIBA 2I3WA 1SW1A 3PUVE 4ESWA 4H67A 3OMBA 4Q0CA 1MS7A 3TFLA 5DVJA 3KSJA 2ZYKA 2DE4A 3PPNA 4PFWA 2CMOA 1R1NA 2QJEA 3MW0A 2FA7A 3FJGA 2Z8DA 3IOWA 2ZNUA 4OEVA 1XOCA 1IQ7A 2H25A 2XXYA 1LAGE 4I8CA 1B3GA 3ILUB 4GWOA 1FTJA 3TQWA 3RQTA 2RF1A 1VE4A 3T9VA 1YPNA 4GXAA 1D4NA 4JBZA 3P7IA 1DMBA 4UA8A 4NF6B 1AL3A 4NF5A 3HN0A 1B52A 3FASA 3RGYA 2V3TA 2RCAA 1B1XA 2CZLA 3Q25A 4U22A 3OO6A 5AA4A 1USYH 2NXOA 4DXBA 5L9SA 5A5XA 4XKPA 1MXWA 4QFPA 4Q5TA 5KZTA 3U93A 2HAVA 5ISUA 4HS7A 3PPPA 5L9MA 4L17A 3MP8A 4IY6A 1MM6A 3K02A 3S9EA 3EN3A 3B6WA 1S9TA 3ZKKA 3H7MA 5DVFA 5CMBA 1HSEA 4IY5A 5TU0A 3VXBA 3T96B 1MQJA 3G3JA 2QS4A 3MZBA 1B32A 1N04A 3FXQA 2GH9A 2Q8JA 4LATA 4QSDA 3IAZA 3SERA 1TWYA 4GOTA 3S2VA 4ECFA 1B4ZA 3TMGA 1UTHA 1OLAA 1IEJA 5CMCA 1LCFA 3K00A 4R75A 3C34A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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