1D3KA

Human serum transferrin
Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVQHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTVIII3 (254-257)S1 (4-11)TI1 (31-34)AH2 (45-54)AH1 (13-29)O2 (9-48)O4 (118-194)TIV13 (279-282)TI12 (283-286)S2 (35-42)TIV1 (55-58)S13 (250-254)S3 (59-62)TIV14 (290-293)O5 (137-331)TII3 (121-124)AH11 (317-328)AH3 (64-71)TVIa1 (72-75)TIV2 (73-76)TIV12 (255-258)S4 (77-86)TIV15 (292-295)S12 (244-247)S5 (91-92)TI8 (183-186)S10 (223-227)S6 (94-102)TII1 (102-105)TI9 (227-230)AH8 (217-221)TI2 (108-111)TII2 (112-115)S7 (117-119)S9 (202-206)TIV5 (124-127)TIV9 (154-157)S8 (157-158)TI3 (125-128)AH4 (129-135)TIV7 (140-143)3H1 (136-138)3H2 (168-171)AH5 (146-153)TI5 (164-167)TII4 (159-162)TIV11 (172-175)TI6 (171-174)TI7 (180-183)TII5 (174-177)TVIII2 (181-184)AH6 (188-197)AH7 (208-213)TI13 (287-290)S11 (231-233)TI10 (234-237)AH10 (311-315)AH9 (260-274)TI14 (296-299)S14 (301-304)TII7 (306-309)TIV3 (87-90)TIV4 (109-112)TIV8 (143-146)TI4 (163-166)TII6 (275-278)3H3 (238-240)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structures of two mutants (K206Q, H207E) of the N-lobe of human transferrin with increased affinity for iron.
pubmed rcsb
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA02
3T93B 4XIGQ 3EHUA 3Q25A 4GLIA 4NF8B 3TFLA 3VLVA 4LQ2A 2DWAA 1XC1A 5LOMA 1B7ZA 2QS3A 2X26A 1B52A 1POY1 3IL1B 5KCJB 2I0CA 4GOTA 3CI8A 2GHBA 3SESA 4DCYA 4G68B 4HW8A 3RLFE 4KCDA 4LONB 1SQYA 4ZEKA 1CB6A 1T0KA 1OLAA 3KGCA 1M5FA 4NF4A 3K00A 3U8QA 3IR1A 2B65A 1N7WA 3RUMA 3IOWA 1LB8A 1MQHA 4HS7A 1JVXA 3HV1A 5I2KB 2G93A 3PUZE 1VSOA 1H45A 5TP9B 1B7UA 2F34A 3MP6A 2B3FA 1OLCA 4N6PA 1B4ZA 3C35A 4O3AA 1Z7NE 3U72A 4BLAA 4EXKA 3OELA 3AXFA 3GBBA 1QVSA 3KN3A 2RC9A 4ECFA 3LR1A 4KI0E 2DWIA 4JB7A 4R72A 3V89B 4GF8A 4WXJA 1S50A 4YZZA 4F2QA 5B7DA 3MWBA 5ICQA 1KWHA 4IO7A 1OQHA 1I6BA 4DLDA 2XXRA 3CG3A 3USDA 2DXRA 1XHYA 1B1XA 3FXUA 4R9FA 1MXXA 3FJ7A 1LAGE 3E9XA 4OESA 3THIA 1EH3A 3IOVA 3T66A 2I0BA 2DVCA 4YKJA 2H9BA 4OZ9A 2DS9A 1N3XA 1FQDA 2XXPA 2QRYA 4G68C 3TQWA 1IXIA 4RNSA 2REGA 1NFTA 1XS5A 2F7CA 5I56B 3K4UA 2F5XA 1UTHB 2ONRA 5TPAB 5ISUA 3G3GA 3CFZA 1PBPA 3PD8A 4OXVA 1WVJA 2OJTA 3BFTA 4AQ4A 4OTEA 3H6VA 5H8FB 3TTKA 1B3FA 5I58A 3OSRA 4I62A 4PQJA 1ZLQA 1XVYA 4F1VA 3S9LC 3LSFB 3FUZA 4F19A 1B0HA 1B4HA 1D9YA 1EZ9A 5EYFA 3FD3A 4MF3A 3O6IA 3C36A 4QRZA 2VOZA 2PT2A 3K1MA 3IB1A 4DXUA 1UQWA 1R9LA 3MAMA 1LAFE 3B7DA 2XX8A 3KN8A 4G8HA 1MS7A 3VXBA 5JTYB 1FQCA 3CG1A 3R7XA 4OERA 4IO4A 3HHFA 2I4CA 1EU8A 1MM6A 3VVDA 1MQJA 4LUBA 4AB5A 5CRYA 3LSWA 2DWJA 4LZ8A 3TTLA 3SERA 3GLBA 2Q2CA 1QULA 3H4ZA 2DOJA 3N6TA 4ZZAA 1VR5A 3G3IA 2V3TA 1JW1A 2Z8EA 3RQTA 2ZNTA 3ODBA 5AA4B 3TCGA 1NNPA 3TKDA 3G7WA 3ILUB 4QFOA 4F18A 3KZGA 1H76A 4ELQA 1YPNA 5JEIA 4P0IA 3S9MC 3IO4A 4N13A 4X1BA 1M5BA 2GH9A 1MG1A 3M3LA 3MJNA 3RN8A 3I6VA 1M5DA 4GXAA 4IB2A 3H03A 5DEXA 4XTCQ 5F1QA 4NWDA 1PEBA 1MPCA 1OIBA 2ZYKA 4GRKA 1A8EA 4IGRA 2XD3A 1QUJA 4F39A 1ELJA 4FEBA 1FQFA 3TTMA 3ONMA 1MY0A 3HCQA 3MC2A 4HTGA 4F31B 3G3JA 3UK4A 3OENA 4EXLA 1SW4A 4IO2A 4ZECA 1VE4A 1CE2A 3IO6A 1FTKA 2P1SA 1M5CA 3HN0A 3K0VA 4GD5A 3PMVA 2UVHA 1NKXA 2V84A 3IK6B 3E13X 3R6UA 1IXCA 3TQLA 3MPKA 3KOSA 3IJXB 2Y7PA 5IAIA 3PUWE 3D4GA 2R9JA 2VP1A 1BKAA 2D3IA 1O63A 4U4SA 3O29A 4H6DA 1A54A 1BTJA 1R9QA 3OSQA 1MXUA 1TFDA 2ZYOA 2IA4A 1B5JA 5DT6A 3EHTA 4OETA 1PB9A 1IEJA 1SYIA 2A5TB 3VE1B 1FTLA 2O1MA 2YJPA 4QSCA 4KYEA 2QS4A 3T96B 4GWOA 1QW0A 1JEUA 4THIA 5FTIA 5I84A 2XXVA 1M5EA 2F97A 1DTZA 1YTVA 4F2OA 1A55A 5CI5A 3MW0A 4R2FA 4DZ1A 4EQBA 1OVTA 1PB7A 3OO6A 4NF6B 3TPAA 2PMSA 4EQ9A 4I1DA 4RK9A 2DQVA 2YPNA 3CRBA 3O6GA 2NUVA 2ANJA 1LBBA 4NMYA 1P99A 3KN7A 1DPEA 3FVGA 1SD3A 2ZNUA 2ZXTA 1D9VA 4H8JA 1P1UA 3QUJA 1LCTA 3QAXA 1ZTYA 5ITOA 2DE3A 1NNFA 4Z7EA 4LZ7A 3QYTA 1O64A 1Y3PA 5ITPA 2PYYA 2R6GE 2KLFA 2QMWA 1IQ7A 5H8NA 4ELPA 1UTHA 5TPAA 2DYXA 3M3KA 3RTFB 2OZZA 2X7PA 3CSBA 4NF5A 3FXQA 1LCFA 3W9VA 4ZZEA 3VVEA 5AA2B 4H5GA 3IJOB 1ZBMA 5H8FA 3U94A 3LC8A 2HXWA 1JW4A 1QUKA 5I57B 3B6WA 3TELA 4OFJA 4F3PA 1OQGA 3UORA 4FIMA 4GL8A 5CMKA 1MXWA 3ECRA 1DSNA 4F22A 3HPIA 3KFMA 1TT1A 4RY1A 3PPNA 1AIVA 5H8HB 4MH5A 1NNTA 1MH3A 4AB6A 4F3GA 1PC3A 1B1HA 1GGGA 1SYHA 3MQ9A 2YLNA 3N26A 3PUXE 4YMAA 3DP6A 4LA9A 2PVUA 3GZGA 2XXTA 4ZE8A 3MZ1A 1TFAA 4FAJA 1QKBA 2Y7WA 3PU5A 1LLSA 4MLQA 5EHMA 3OD7A 4FECA 3TCFA 1AL3A 1YCJA 4OEVA 4NEDA 3ZKLA 3CR9A 4QFPA 5H8QB 1LFIA 3L6GA 3SEWA 2BJJX 4U1ZA 4E0XA 1MXVA 4RA1A 3IAZA 4G8MA 1SW5A 3HSTA 4G2ZA 3MZBA 3VVFA 1Y1MA 3E4RA 4IY6A 3H06B 3FATA 4OYVA 5AA4A 2XXWA 2GRVA 2UVGA 3T9XB 3C34A 3H7MA 3V83A 4JWOA 3T9VA 1MM7A 4PE5B 3UGWA 3OEKA 2NVUB 2RF1A 2XD2A 3O2AA 1WDNA 1Y4TA 1D3KA 3FASA 3QK6A 5CMCA 2X7QA 3KBRA 4YB5A 4KD5A 4PETA 3CSGA 2CMOA 5AE4A 2Y7RA 3H3GA 3UP9A 4BDQA 4QF9A 4YB6A 5KDTA 2CZLA 3TMGA 3QXMA 5A5XA 1MPDA 3OEMA 3FXRA 5HBCA 2XXHA 4KCCA 4P0GA 1S9TA 4MLVA 4PFUA 4NF4B 3MUQA 3BFUA 4Q30B 2I3WA 3M3FA 4ESWA 3SETA 2I48A 2OCUA 2AYSA 4ESXA 1IZ1A 4N07A 2D21A 3FJGA 4FE8A 3RY3A 3N5LA 4FATA 4OFOA 3CFXA 4PFYA 2Z23A 4BDLA 1B3HA 3D4CA 2ZNSA 1UIUA 5FHOA 4ONYA 1R6ZA 2F6PA 1IXHA 3DP4A 4H65A 3TAJA 2GHAA 2O51A 3T22A 3T9HB 2XXYA 1GV8A 3MVZA 1UTBA 1R1NA 3EPEA 4F1UA 2Z22A 4BDRA 2F7BA 1MH4A 1P1QA 3OO7A 5AA2D 1GR2A 3UN6A 1B3GA 2XXXA 4XKNA 1AMFA 1P1WA 4X48A 5DVJA 4QFNA 4PFTA 1OMPA 3LSXA 3IB0A 1IXGA 3S9EA 5J1DA 1ZU0A 3Q29A 4OMBA 2NOOA 4OEUA 3K02A 4IO6A 2HCAA 4FJPA 4UACA 5BUUA 4IO3A 5L9OA 4YAHX 3KSJA 1LAXA 4JSDA 4P11A 5ELVA 1RYOA 1MY1A 2QPQA 1UIVA 2XXQA 3MP8A 3V5AA 5ICTA 4GL0A 4BDOA 2RCAA 2V3UA 5I59B 1I69A 2O1LA 4ELOA 5CMBA 3N6UA 1LFGA 1TXFA 3TUSA 4ZEFA 3FVOA 1L5TA 3BKIB 4O3BA 3K1PA 4RPOA 1XT8A 2Z8FA 2A5SA 3C9HA 4Z0IA 5CC2A 3EQ1A 2ZMBA 5I58B 1Y3QA 1HSLA 1LB9A 3O97A 2HZLA 3FIRA 1Y1ZA 2UVJA 3FZVA 5CMMA 5B70A 1SDXA 3VLUA 1GTKA 2XHDA 3TTNA 1EZOA 4NF8A 3T9UA 3K1NA 1B51A 2Y7KA 4OFLA 1IITA 4KYDA 2D5WA 1JEVA 4F1YA 5L9MA 4Q8RA 2P0SA 2M8CA 3QUFA 2IEEA 3KJ7A 5DVIA 4U2RA 2I58A 4X9TA 3PGFA 2ABHA 2WKYA 2VHAA 3MBPA 4R9GA 4Q5TA 5KCJA 1MY2A 3O66A 4RXLA 3JZJA 1HSEA 4G68A 4FORA 5I2NB 2ALUA 2XX7A 2F7AA 2XXUA 5I57A 4O3CA 3Q28A 4TOZA 2QS1A 3MZ9A 3RT6B 3TZAA 5I2KA 1I6AA 3PD9A 4NE4A 1O7TA 1RYXA 1Q35A 3TCHA 5TP9A 3I5OA 1QJMA 3FV1A 1MY3A 2DVZA 5H8HA 1JVYA 5AA3A 2Q88A 3O9PA 4R6YA 3TEPA 4XKRA 2W7YA 4QFLA 4M4GA 3G3FA 4H5FA 3C32A 4XKPA 3W9WA 2I3VA 2E0SA 2H4IA 3PUYE 1US4A 4R6HA 1A99A 1MXZA 1BIYA 2O69A 3VLWA 4LZ5A 1WODA 4OVJA 2UYEA 4GQOA 1RKMA 3HO7A 1NH8A 2Y7IA 4I9DA 1F9BA 3FJMA 5H8QA 4C1UA 1ATGA 4TLLB 3OO9A 2DP8A 2V93A 4IY5A 4Q0CA 3FV2A 1MPBA 5L8DA 3MVYA 1LAHE 3TYHA 1DMBA 3K6WA 1FTJA 3G3HA 2RCBA 1A8FA 2FNCA 5I56A 3SEXA 2ONKE 4JWXA 2QSXA 1FW0A 4DE8A 4JDFA 4E0WA 4KR5A 2O84X 3FVKA 2DE4A 3A09A 3RTWB 5JK4A 3QSLA 4JSOA 4X1DA 1MQGA 3U93A 5KZTA 3K6VA 4KYSA 1MQDA 1N04A 1B05A 4LP2B 1JW5A 1B46A 5DVFA 4WEPA 2UYFA 3P7IA 3H6UA 1N3WA 1LGBC 1II5A 4RPNA 3FVNA 3A3CA 1LSTA 4GVOA 4NTLA 2HZKA 2XX9A 4NWCA 2F78A 1LBCA 4DCXA 3SDFA 5K2YA 1MY4A 2QJEA 5CBSA 4ND9A 4XXUA 1NNKA 1ANFA 4BDNA 1AOVA 3LUYA 1XVXA 3DLNA 5JTYA 2UVIA 3UA8A 3UIFA 3IOUA 3V8XB 3WAEA 3PPQA 2DSFA 3C4MA 4OENA 2R71A 5K2XA 3I3VA 2NWJA 2E1SA 5F7VA 3S4UA 1NH7A 2VD2A 3U92A 4YB7A 1XOCA 2G29A 1QKAA 1EZPA 3EF7A 1AH5A 4IO5A 1SBPA 4WEDA 4R74A 5FTHA 3CFLA 2OWTA 3G3KA 3O28A 4H1XA 3SKPA 4GXSB 3L6HA 4BDMA 1I6QA 3ZSFA 4YKPA 1PBQA 2HEUA 2REJA 3U1OA 4H8IA 1GVCA 4RYAA 3DELB 3WAFA 2QMXA 1B7HA 3LSLA 3Q27A 3KG2A 2HFBA 5FHNA 2P2AA 5HM4B 1BLFA 1US5A 2I6EA 4U21A 3VFJA 2H98A 5CM6A 2RKMA 3GXAA 2THIA 4YMBA 2PT1A 3N94A 4OQOA 5I59A 3RGYA 4FEDA 4HCWA 2B3BA 5H8NB 1OVBA 2DWHA 3VV5A 5DTBA 4PP0A 2LAOA 4EDPA 4NF5B 4QHQA 3ILTB 1USYE 3SEUA 1S7YA 3A3UA 4POWA 3PPRA 4ISUA 2OLBA 1A40A 2XXIA 3ZKKA 1BP5A 2RINA 1B58A 2H99A 2DXYA 3IB2A 3MPLA 5L9SA 3C31A 3RPWA 1N84A 4DXCA 3IX1A 1ZJLA 2V3QA 4POXA 2V25A 1H43A 3O6HA 4GIZA 2Q2AA 1JETA 4ELRA 4C1TA 5EHSA 3S2VA 1P1OA 3KJTA 5AA1A 3QIMA 3R26A 1Y9UA 4F3SA 2O7IA 4R73A 4L17A 2VD3A 4U1OA 1FQAA 3DP8A 2Y84A 3OXNA 3KSXA 2ESNA 4U22A 3K01A 1FQEA 1Y20A 2VGQA 2O68A 4EUOA 3PMWA 1PB8A 3PMXA 4JXIA 5DYHA 4ZEBA 2QL3A 4KHZE 2F36A 1MDP1 4XKQA 2H5YA 1VFEA 5I2NA 3PPPA 4R6KA 3CIJA 1ZMGA 3W15C 3OOAA 4MBPA 4WKMA 4ZEDA 4QSEA 1Q1KA 3ZS6A 3DM0A 2A5TA 2Z8DA 2F6GA 4ZDMA 4ZEIA 5IKBA 4UA8A 1SW2A 4F3BA 2I49A 3F11A 4M1VA 2HAVA 4QSDA 1B9JA 3B6TA 4KFQA 1YAEA 1FTMA 1FTOA 3JV9A 3H6WA 1SW1A 2PBWA 3K6UA 2PX1A 5FHMA 1J1NA 3OMBA 4JBZA 1B6HA 3CVGA 1B5IA 2OBGA 3OO8A 4G77A 1P1NA 4HCYA 4ZS9A 1PDAA 4KPTA 1B3LA 1DOTA 4U4XA 2UXAA 1URSA 2AIXA 4GFRA 2HAUA 4H0WA 4NF6A 1SI0A 2Q8JA 3VDFA 3GBAA 4YICA 3RT8A 4H67A 1TWYA 3PV0E 4LVQA 1N0TA 3TODA 4YKKA 5BWJA 4PFWA 4LQ5A 2OWSA 5KDTB 2ONSA 1B0LA 3H6TA 3RNNA 2F8DA 2O6AA 5H8SA 2AL4A 5A5XB 1H44A 3S9NC 5TU0A 4U23A 1USYH 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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