1D3KA

Human serum transferrin
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVQHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
publication title Crystal structures of two mutants (K206Q, H207E) of the N-lobe of human transferrin with increased affinity for iron.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA02
4AB5A 5I58A 4DXCA 3P7IA 3KEIA 2Q9TA 1LAFE 4OERA 5HM4B 3IAZA 1IIWA 1BTJA 1UIVA 4IY5A 4NF8A 1MY3A 4IB2A 3A3UA 2BJJX 5K2YA 3LBSA 1D4NA 5ISUA 4PFWA 3SEUA 4Q8RA 4GD5A 1DPEA 3A3CA 3U8QA 5TPAB 2F78A 4RA1A 2NXOA 4DZ1A 4LUBA 3SETA 1A55A 2VGQA 2V3TA 3MC2A 3IR1A 2XX7A 4G8HA 1SW5A 2DYXA 4IY6A 1B51A 4GRKA 5I2KB 1LGBC 1PEBA 3HHFA 1EZPA 1Y4TA 3PPPA 3TAJA 3GBAA 2PYYA 1OVTA 3MJNA 4EQ7A 3FD3A 1ATGA 1TXFA 1LBBA 2IEEA 3OD7A 2CMOA 1B3LA 1MY4A 3E4RA 3OXNA 4GL0A 2ANJA 2ONRA 4QFNA 3OO6A 5CBSA 2HXWA 4ZEDA 1B32A 3MP8A 3FGSA 3KFMA 4OEVA 3RPWA 4H8JA 4BDMA 5TPAA 1MDQA 2UYEA 2XXWA 1B3GA 2G93A 1TFAA 2O51A 2GFEA 3QUFA 1HSEA 1O63A 2M8CA 1NL5A 1B46A 1GR2A 4LZ8A 3Q28A 5K2XA 2AL5A 4LZ5A 1SI0A 1MPDA 2ZNTA 1H76A 4YMBA 2XXRA 1OLCA 4POWA 2ZNSA 3N94A 3DM0A 1JEUA 4F2QA 2UVGA 1FTKA 2FNCA 4GXSB 3IO4A 3GBBA 1AOVA 2ABHA 2F8DA 4KHZE 5ITOA 3Q29A 3TCFA 1MQHA 3HV1A 3FATA 3IB0A 4HCYA 2Z22A 4MFIA 2F97A 1N7XA 3E3KA 1SW1A 2F7AA 1CB6A 1NKXA 4I8CA 1ZLQA 4G4PA 4GWOA 4IO6A 4RPNA 1ZU0A 2E0SA 4NWCA 1LFGA 4MF3A 1NFTA 3V8XB 2P1SA 4QSEA 2E1SA 1MS7A 3B6WA 2Y7RA 1XVXA 4IGTA 4GQOA 2DE2A 3V5AA 3THIA 1JNFA 1MQDA 4JWOA 3O97A 3V83A 2NWJA 1P1WA 2DXRA 1MQJA 4H5GA 4Z0IA 4YB6A 2Q88A 4Q5TA 3H4ZA 2OJTA 1OIBA 1Y3PA 4F3BA 2UVIA 3VVEA 4DXBA 3LSWA 4EF2A 1URSA 4YB5A 2QL3A 3EF7A 4ZZAA 4GFRA 2O68A 2ESNA 5KCJB 3FJ7A 2UXAA 1MM7A 1MH4A 3R26A 4BLAA 1IEJA 1WODA 5EHSA 3N26A 2ZYKA 3MVWA 3O6GA 4MLQA 3C33A 2DWIA 3K6WA 2DSFA 3I5OA 3LSXA 5CM6A 4LP2B 1SVXB 5AA4B 3MZ1A 2O1LA 3LUYA 4I1DA 3FIRA 1LB9A 1PDAA 4YKJA 2QPQA 2VP1A 3TDJA 5H8QB 3T96B 4IO4A 4LATA 2PX1A 3O66A 4R9GA 2DE3A 1MY0A 1B2HA 1R9QA 1S9TA 4OVJA 2HFBA 2GH9A 3PUWE 1MXUA 2OK2A 3EPEA 4BDNA 1I6BA 2RKMA 1TT1A 4H1XA 1OQGA 3MVYA 1FTJA 4BDQA 4H6DA 4FAJA 3KN8A 4GIZA 3H6TA 2O7IA 1VFDA 3IOTA 1PB8A 4GXAA 4R2FA 4F3PA 3WAFA 1IITA 3PUYE 4IO3A 4O3AA 4ZEBA 3PUVE 5AE4A 4DCYA 5M2VA 1NNKA 5HBCA 2REGA 2V84A 5H8QA 4ONYA 4UA8A 1ZBMA 4ELRA 4Z7EA 3TZAA 2UVHA 3PU5A 5KZTA 3VVDA 4F2OA 1NNFA 2HQ0A 1VE4A 4F39A 3CFXA 3H06B 3PPQA 2HCAA 3QXMA 4IO7A 5TP9B 3U72A 3MQ9A 5I84A 1N0TA 4GLIA 1M5FA 1QJMA 1Y3NA 4I9DA 4ELQA 2XXTA 3FJGA 1BIYA 4H0WA 4R6YA 1A7LA 2KLFA 1USYE 5DVFA 4GF8A 4BDRA 4LA9A 1B5IA 2ONSA 3BBRA 4KCCA 3TELA 3TODA 4R75A 3IL1B 4PFTA 3N6TA 3W9VA 5KDTA 4OTEA 1EZOA 2NOOA 4G77A 3OELA 3UIFA 1A8FA 2F7CA 1JW1A 3I6VA 1B05A 2P2AA 4DCXA 3MUQA 3HN0A 3IOVA 2HAUA 2DS9A 2QS3A 2I3VA 1VFEA 4U1OA 3CG1A 4N6PA 4ND9A 3L6GA 4RNSA 4QSCA 3HHGA 4F3GA 3MZBA 5H8FB 2H5YA 2WKYA 4C0RA 4F3SA 4RYAA 1TWYA 5TP9A 4AQ4A 1N76A 3EN3A 2AIXA 3MP1A 1B3HA 1LCTA 1A99A 5FTHA 4G8MA 3G3JA 3EQ1A 1A8EA 4UACA 3C32A 1ZKBA 4OEUA 1JW4A 5AA2A 1OQHA 3MAMA 4OETA 1YPNA 5I59B 3O29A 4OHNA 3HPIA 4NWDA 1B3EA 4I62A 2RC9A 3KJTA 3K2DA 3D4CA 4OENA 4OFLA 3PUZE 3I3VA 4N13A 4R72A 3C35A 1ANFA 4GL8A 4JWYA 3VFJA 4XIGQ 3OMBA 1EH3A 1P99A 3L6HA 1B0LA 2QRYA 3A09A 3FZVA 2RCAA 4F29A 4X1BA 3MP6A 2R71A 4O3CA 4U4SA 3VLUA 2B3FA 4THIA 1LFHA 5H8FA 2B65A 3MBPA 5CMBA 5BUUA 3QAXA 1N84A 3RUMA 3UK4A 4PETA 2X26A 4U1ZA 3C4MA 5FHMA 3SESA 3ILTB 3HSTA 5I56A 2OBGA 4FEBA 3S2VA 2RINA 1FQCA 1JVXA 1MH3A 2ZYOA 1R6ZA 4R6HA 3KSJA 4NF4B 1JW5A 1IXHA 4U2RA 1N04A 3IX1A 2XXXA 4F1YA 4XKRA 4MH5A 2QMWA 2OCUA 2PMSA 3O2AA 5JK4A 3LC8A 3RY3A 1N3XA 1A54A 3FVOA 3PUXE 2ONKE 1TFDA 1QUIA 4X9TA 2H4IA 3ZS6A 4G68B 1L5TA 5BWJA 1DOTA 5IKBA 2ZNUA 3RGYA 1UTHB 3G7WA 3RQTA 3H7MA 3RTWB 2O84X 3QK6A 1QKBA 5AA2D 3U94A 3TFLA 4R73A 1JEVA 3S9LC 4IO5A 1GVCA 2R6GE 1POY1 3S4UA 2AL4A 5I2KA 3Q26A 4ZS9A 1MXWA 4DLDA 4NF5B 3QYTA 3CRBA 3QIMA 2RCBA 5I2NB 1YCJA 3SEWA 5HPQA 3T66A 3M3KA 2DWAA 3O9PA 1LFIA 3DELB 3KG2A 1IQ7A 1S50A 3FXQA 1B5HA 4OFJA 1HSLA 4QRZA 2DQVA 1I69A 3PPNA 3K01A 1IZ1A 1GTKA 1FTLA 1P1UA 2P0SA 3MW0A 4R74A 4QFPA 4G68A 4F31B 1F9BA 4ESWA 3SDFA 2X7QA 2O69A 1LBCA 4YB7A 3UGWA 2HZKA 3OSQA 1MXVA 3C36A 5CMMA 5H8HB 3T9VA 3G3HA 4OFOA 3RLFE 3S9MC 2F36A 1HSJA 4FATA 2I0CA 3UORA 2Y7KA 4KCDA 3JZJA 2HAVA 1GGGA 3K0VA 5I2NA 4DIGA 1ZJLA 1M5CA 3KBRA 4NTLA 4EF1A 3Q25A 1IXIA 3FXRA 3FJMA 1AH5A 4M1VA 1FW0A 1JVYA 2XXUA 1LB8A 3S9EA 2Y84A 1R1NA 4HW8A 3OO8A 2IA4A 1USYH 1URGA 3JV9A 2GHBA 3FASA 4E0XA 4XKQA 3RTFB 1FTMA 2QS1A 4FEDA 5J1DA 3VLWA 3B7DA 2DVCA 4X1DA 3SERA 1NH8A 3JYRA 4NMYA 3TYHA 4OWDA 2D5WA 4JDFA 1MM6A 3BFUA 1XOCA 3TQWA 1B4HA 5DVIA 1D9YA 2REJA 1PB7A 2VD2A 2Z8DA 1H43A 1SI1A 1Z7ME 1DSNA 1AMFA 2O7UA 1SW2A 4XXUA 4K3FA 2H99A 4PQJA 1FCKA 1OMPA 4TLLB 3VE1B 4XKPA 1IXGA 1Z7NE 1ZMGA 2QS4A 3FXUA 4MLVA 4XKNA 4PFUA 5ICQA 3B6QA 5LOMA 4YICA 3KSXA 2A5TB 1POTA 4OQOA 2OWSA 1XS5A 4YKPA 2Y7WA 4ZEKA 4Q30B 4JB7A 3MPLA 3U92A 4BDOA 5KCJA 5JTYB 1B5JA 4OXVA 4WEPA 1B1HA 3SKPA 5A5XB 4WEDA 4U21A 4DXUA 1QVSA 4R2BA 4YMAA 3VDFA 2ZYNA 3IORA 4P0GA 5AA4A 4ESXA 2Z23A 4YKKA 3LR1A 2QMXA 3TQLA 3KOSA 2XD3A 2I6EA 5FHOA 2G29A 3TTMA 4G2ZA 4LONB 4NF6B 4FORA 2F7BA 4RJZA 1SQYA 1FQEA 2NUVA 2A5TA 2GHAA 3G3GA 1IUDA 1MQIA 4QSDA 5EHMA 2ZMBA 5L8DA 2B3BA 3V89B 3K4UA 4YZZA 1H44A 1SDXA 3UP9A 3HO7A 3OOAA 3C9HA 3RT8A 4PP0A 4KPTA 3OO9A 5IAIA 3MVZA 1MRPA 3TCGA 3VV5A 3U93A 2DP8A 4KI0E 1S7YA 3KOTA 3G3KA 5H8NB 1QKAA 1SYIA 2DVZA 4DE8A 2XXVA 4H65A 3KGCA 1MXZA 4JWXA 3GLBA 4RK9A 4R6KA 4QF9A 5CRYA 4H5FA 5L9SA 3KZGA 1M5BA 4IO2A 4ZE8A 3K02A 3VXBA 5DT6A 1PBQA 3FVKA 4MBPA 3IOUA 1LCFA 1MY1A 5CBRA 1ELJA 4KFQA 3ONMA 5I58B 4KQPA 1YAEA 4NF8B 4EUOA 3RNNA 2XXIA 2Y7PA 2VD3A 5FTIA 2D21A 2XD2A 1T0KA 4TOZA 3FVNA 1EZ9A 2PT2A 4O3BA 1Y9UA 1MY2A 2Y7IA 3SEYA 4OMBA 4QFLA 4HTGA 1RYOA 1PC3A 1Y1ZA 5H8NA 3FVGA 4ZZEA 1II5A 5CMKA 3GXAA 1YTVA 4RK2A 1GV8A 3T22A 1D9VA 3W9WA 4KD5A 2Q2CA 1SBPA 1XHYA 3KN7A 3DP6A 1SW4A 1H45A 2F6PA 1BLFA 1NNTA 1LAGE 4FE8A 3K6VA 3IO6A 1IXCA 3DLNA 4TQUQ 3OSRA 3VXCA 1VR5A 2ALUA 4ELOA 2D3IA 4H67A 4POXA 2I48A 2XX9A 3SEVA 5DVJA 2H9BA 3TMGA 2F5XA 3TTKA 5DTBA 3LSFB 1DMBA 3CVGA 2ZXTA 3LSLA 1B7HA 3TEPA 2LAOA 4L17A 4LQ2A 5I59A 1DTZA 5DYHA 3W15C 1MQGA 4RPOA 1LAXA 2CZLA 5FHNA 3RT6B 3K1PA 2Z8EA 1JETA 3TTNA 1FTOA 4JSDA 1WDNA 4OYVA 3UN6A 2XXYA 3TTRA 4ZEFA 1MPBA 3O28A 5DEXB 5TU0A 2DXYA 5AA1A 4QFKA 3EHTA 4NEDA 1Y4CA 2VHAA 2OWTA 3WAEA 3ZSFA 2XXPA 3C31A 3IJOB 1R9LA 4OESA 1SD3A 1MDP1 2V3QA 1B1XA 3H03A 5CC2A 1M5EA 4KYDA 1B0HA 4YAHX 2Q89A 3OO7A 1B40A 2YJPA 3FV2A 1QW0A 3CR9A 1FQDA 1LAHE 4NF4A 2XXHA 3OEKA 1NNPA 2FYIA 3IB1A 5CMCA 4G68C 3K6XA 2V3UA 3H6UA 1AIVA 3FV1A 1NH7A 4LVQA 3MPKA 5B70A 2R9JA 3B6TA 5DEXA 4F19A 4ZDMA 3C34A 2QSXA 4XTCQ 4F22A 2DWJA 4U23A 1B58A 1UTHA 4RY1A 4C1UA 4P0IA 4ZE9A 3QUJA 1SYHA 2X7PA 1B52A 4KYSA 2NVUB 4FIMA 4Q0CA 2QJEA 3KJ7A 4NF5A 1PBPA 3T9HB 3TCHA 1URDA 1US5A 5EYFA 5ELVA 3N5LA 2HEUA 1PB9A 1P1QA 3OEMA 1Y20A 3MZ9A 4PE5B 3TTLA 2F35A 2I4BA 2H98A 3CSGA 3KN3A 4F1UA 3GZGA 3CIJA 4KYEA 3PGFA 3CI8A 3H3GA 1I6QA 3K1NA 1OLAA 3VLVA 1P1OA 1QUJA 3DP8A 1VSOA 1XVYA 3EHUA 1B7UA 3HCQA 1QULA 2W7YA 3ODBA 1FQAA 4EXLA 2THIA 4G8NA 3QSLA 2H25A 2O1MA 1XT8A 1I6AA 3PMVA 1EU8A 3K6UA 3VVFA 2ZYMA 5H8HA 4QFOA 4FJPA 3K1MA 4PFYA 3CSBA 4C1TA 1B7ZA 3M3FA 3E13X 2PT1A 4KR5A 2YLNA 1O7TA 1DPPA 3FUZA 1BP5A 1J1NA 1P1NA 3TKDA 4JSOA 3F11A 3AXFA 1KWHA 4ZEIA 3ZKLA 4JBZA 2RC7A 3IJXB 4ISUA 4DDDA 5F1QA 2A5SA 3T9XB 4U4XA 3MWBA 3USDA 3H6WA 1H3DA 3MVXA 1ZTYA 2Q8JA 1Q35A 3DP4A 4YU0A 4M4GA 3PPRA 1FQBA 1WVJA 3PD9A 4IGRA 3N6UA 1DTGA 1N3WA 5H8SA 3TUSA 3PV0E 1Q1KA 2VOZA 2V25A 5JEIA 1Y1MA 1JQFA 4LQ5A 2UVJA 3UA8A 2XXQA 2FA7A 4AB6A 3PD8A 2DOJA 3R7XA 2F34A 3M8UA 3K00A 3Q27A 3TPAA 3U1OA 5I57B 4TLMB 1XC1A 3RN8A 4F18A 4ECFA 3PPOA 1A40A 3BKIB 1UIUA 5ICTA 3IK6B 4R9FA 1UTBB 2HZLA 1M5DA 1ZIUA 4GVOA 2OZZA 4EXKA 4EQBA 2XHDA 4F1VA 4OZ9A 2XX8A 5F7VA 2RF1A 4FECA 1BKAA 5KDTB 5AA3A 3EHSA 1QUKA 3T93B 4WXJA 1LLSA 2Z8FA 1B3FA 5JTYA 2F6GA 4LZ7A 4WKMA 1UQWA 5A5XA 4P11A 5L9MA 3ILUB 1CE2A 2Q2AA 4BDLA 2I49A 1RYXA 4NE4A 3H6VA 1US4A 1O64A 1LSTA 2I0BA 3SEXA 5I57A 1B6HA 4ZECA 3OENA 1UTBA 4GOTA 3PMWA 1D3KA 2RC8A 1MXYA 4NF6A 3O6HA 3D4GA 4X48A 5ITPA 3CG3A 2PBWA 5AA2B 3PMXA 3CFLA 4EDPA 3CFZA 2V93A 4ELPA 1FQFA 4YKIA 3S9NC 3G3IA 1RKMA 1B9JA 3BFTA 3ZKKA 3G3FA 4H8IA 2GRVA 2I58A 3M3LA 4E0WA 4HS7A 2QS2A 5CI5A 3IOWA 2DWHA 2O6AA 2DE4A 4RXLA 3IB2A 5L9OA 3R6UA 3E9XA 1OVBA 1Y3QA 2UYFA 2I4CA 2OLBA 1AL3A 1N7WA 2YPNA 3T9UA 4QHQA 3O6IA 2PVUA 1MPCA 5B7DA 2AYSA 4JXIA 5I56B 4N07A 3ECRA 1MG1A 4EQ9A 1MXXA 1B4ZA 4U22A 4HCWA 1NMUA 2I3WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AB5A 5I58A 4DXCA 3P7IA 3KEIA 2Q9TA 1LAFE 4OERA 5HM4B 3IAZA 1IIWA 1BTJA 1UIVA 2HHMA 4IY5A 4NF8A 4XFEA 3T0JA 2JJKA 1MY3A 2P3NA 1FPGA 4IB2A 3A3UA 2BJJX 5K2YA 2B4LA 3LBSA 1D4NA 5ISUA 4PFWA 3SEUA 4Q8RA 4GD5A 1DPEA 3A3CA 5T3JA 3U8QA 5TPAB 2F78A 4RA1A 2VPNA 1FJ6A 2NXOA 4DZ1A 4LUBA 3SETA 1A55A 2VGQA 1FPFA 2V3TA 3MC2A 3IR1A 2XX7A 4G8HA 1NV3A 1SW5A 2Y5KA 2DYXA 4IY6A 4MAGA 3BIHA 1B51A 4GRKA 5LTCA 5I2KB 1LGBC 1PEBA 3HHFA 1EZPA 1Y4TA 3PPPA 3TAJA 3MYUA 1XI6A 2OWZA 3GBAA 2PYYA 4PC9A 1OVTA 2QVVA 3MJNA 4EQ7A 3FD3A 1ATGA 1TXFA 1LBBA 2IEEA 3OD7A 2CMOA 1B3LA 1MY4A 3E4RA 3OXNA 4GL0A 2ANJA 2ONRA 4PDDA 4QFNA 3OO6A 1RDYA 5CBSA 2HXWA 1B32A 3MP8A 4ZEDA 3FGSA 3KFMA 4OEVA 3RPWA 4H8JA 4BDMA 4MCOA 5TPAA 1MDQA 2UYEA 2XXWA 4PFRA 1B3GA 2G93A 1TFAA 1G0HA 2O51A 4GWWA 2GFEA 3QUFA 1HSEA 4NF0A 1O63A 2M8CA 1NL5A 4P47A 1B46A 1GR2A 4LZ8A 3Q28A 5K2XA 2AL5A 4LZ5A 1SI0A 1MPDA 2ZNTA 1H76A 4YMBA 2XXRA 1OLCA 4GWUA 4POWA 2ZNSA 3N94A 3DM0A 4PGPA 3EKIA 1JEUA 4F2QA 2UVGA 1FTKA 2FNCA 4GXSB 3IO4A 3GBBA 1AOVA 2ABHA 2F8DA 4KHZE 5ITOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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