1D4NA

Human serum transferrin
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKESTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
molecule keywords TRANSFERRIN
publication title Crystal structures of two mutants (K206Q, H207E) of the N-lobe of human transferrin with increased affinity for iron.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d4nA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d4nA02
2B3FA 2DWAA 4JB7A 4DZ1A 1Z7NE 3T9UA 3R26A 5KCJB 4TLLB 4JSDA 4ELRA 4M1VA 3GZGA 4F1UA 3UN6A 4NF4B 3GBAA 1JETA 2XXPA 4H67A 4FATA 5HM4B 2F5XA 4F31B 1MQJA 3G3IA 1O64A 5IKBA 5I59A 2ALUA 1Z7ME 4X1DA 2AIXA 4FE8A 1NNTA 1PBPA 1MM6A 2RF1A 3SKPA 3ILTB 4OETA 4F3SA 4IO7A 2GRVA 2O1LA 1ZMGA 3K1PA 2O6AA 4DXUA 4ND9A 4YMAA 1URSA 2QL3A 1EH3A 3OSQA 4GL8A 4GF8A 4OERA 2PT2A 5DVFA 1URGA 3W15C 3I5OA 2QSXA 4OWDA 2VOZA 4OESA 2OJTA 1WODA 3VLVA 3MC2A 3C34A 3MJNA 3K6XA 2VD2A 2F36A 4BDNA 1UIVA 5H8QB 4POWA 1N04A 2GHAA 3MBPA 1SQYA 3UIFA 3OELA 5M2VA 2R9JA 1N84A 3TFLA 1UTHA 4YKKA 5FTIA 1VR5A 4ESWA 4GD5A 4ONYA 4FAJA 4O3BA 3V8XB 3MZBA 3UA8A 1MY3A 1Q35A 2DOJA 1NNFA 2RINA 4KR5A 4G77A 5IAIA 4YB7A 1LFHA 5H8FA 3QSLA 2THIA 4NF6B 5B7DA 3PMVA 3N94A 5CMCA 2XX8A 3SERA 5DEXA 2PT1A 4MFIA 3K00A 4NWDA 5TP9A 1GTKA 2FA7A 2AYSA 3VXCA 4HW8A 2QS4A 5AA1A 4AB5A 3FGSA 1A8EA 4FEDA 1ELJA 3PGFA 3O29A 4QFPA 3LSWA 2E1SA 3K2DA 2XD2A 2D5WA 1UTBB 4OYVA 1NNPA 1Y4TA 5H8NB 3A09A 1I6BA 4YKJA 3PUWE 4F29A 4OEUA 3H7MA 2X7PA 3CSGA 1H3DA 4DIGA 3G3JA 4BDRA 4AB6A 4JBZA 1M5DA 3TODA 1GVCA 2V25A 3IORA 1US5A 4ZEIA 2GFEA 3FXRA 2GHBA 4EXKA 3LC8A 1AMFA 3BFTA 1XHYA 1I6QA 1P1NA 1SYHA 2Q2CA 5HPQA 4YB5A 5KCJA 4KYEA 4JWOA 4YKPA 3IX1A 5I58A 1QULA 4R9GA 2PBWA 5CMKA 3FJ7A 1RKMA 1P1UA 1MQGA 4QSDA 2RC7A 3IR1A 3OD7A 4RPNA 2ESNA 3C35A 4L17A 1IXGA 5CMMA 4BDLA 3JZJA 2O7UA 1FQDA 3TTNA 2F7AA 1LLSA 3PPRA 1FTJA 5I2NB 4U2RA 2Q89A 1YCJA 1FQFA 3OO6A 5A5XB 1P1QA 1N7XA 2RCBA 3MPLA 1QKAA 3C33A 4F19A 2RC8A 4U21A 1JW4A 3LBSA 4JSOA 1M5CA 4ZECA 1M5EA 5CMBA 2PMSA 4HCWA 1POTA 2I0BA 2OK2A 1FCKA 3SEXA 5DVIA 2DVCA 2QS3A 2DS9A 1N0TA 1BLFA 3WAFA 1IITA 1R9QA 2O69A 2HZKA 1IZ1A 3V5AA 4KCCA 1P1OA 4KD5A 5AA2B 1Y3QA 4ZEBA 1MDP1 3O6HA 4TLMB 2ZYKA 2IEEA 3D4GA 1ZTYA 2NVUB 1A8FA 4C1TA 2E0SA 1XC1A 3PUYE 5I59B 3ONMA 3N26A 3G3KA 3K4UA 3HCQA 3W9WA 4KI0E 2X7QA 3M3FA 3FATA 3EHSA 4ZS9A 3TDJA 4GXSB 5ICTA 3S9EA 4G68C 2O1MA 1B7ZA 4NF5B 2QJEA 3GLBA 3KGCA 1MPBA 1POY1 5DVJA 3EN3A 3KN7A 1MXXA 3IOWA 3TUSA 1MM7A 5AA2D 3FVGA 4IY5A 5JEIA 3USDA 4NWCA 1D9YA 3FV1A 4LZ5A 1SI0A 4KHZE 4H8JA 4FIMA 2I3WA 4KPTA 1SW4A 3KOSA 4F3GA 3MPKA 1MDQA 3S4UA 3SESA 3LUYA 1XOCA 2Q88A 2XX7A 4XKRA 2V3TA 1B3FA 1UTHB 2V3QA 2O7IA 5HBCA 4ZE8A 3UP9A 3G3GA 2F6GA 5FHNA 3R7XA 2XXXA 1B05A 1USYE 4GRKA 4ISUA 2Q2AA 1B9JA 1M5FA 2V93A 5H8FB 3FV2A 4LQ2A 5TPAA 2OZZA 4DCXA 1NFTA 5DEXB 4DXBA 5AE4A 3HPIA 3SEVA 5TP9B 1O63A 1MRPA 1JVXA 3KFMA 3H06B 3ILUB 5FHOA 1TT1A 3VE1B 3DP4A 2P2AA 2XXWA 3ZSFA 5CC2A 2ZXTA 3O97A 3B6TA 1MH4A 1QVSA 3G3FA 4F3PA 3W9VA 5H8SA 1Y9UA 1JW1A 3H6VA 1B4ZA 3VV5A 3AXFA 4F1VA 1AOVA 2Y7IA 5I57A 3KOTA 4EQ9A 3E13X 4LZ8A 1PC3A 4Z7EA 1D3KA 3OXNA 2O68A 4RXLA 2B65A 1DTGA 3CR9A 5K2YA 1B52A 1GR2A 3VVEA 5CBRA 5I58B 3IB2A 2OWSA 1B3HA 2F8DA 1LAGE 5AA2A 3VXBA 2X26A 2PYYA 1B5IA 3C36A 4LA9A 3TTRA 1JNFA 4I1DA 1SI1A 5LOMA 3FXUA 1S50A 4MF3A 3G7WA 1FQEA 2Y7RA 3D4CA 4OFJA 4R73A 2RCAA 1DSNA 4FEBA 2ONRA 5FHMA 1P1WA 1R9LA 5L9OA 4IO3A 4OEVA 2DE4A 1H45A 4Q5TA 4TOZA 4R75A 4DXCA 4LUBA 5AA3A 4IGTA 3E3KA 3HO7A 1LBCA 3VFJA 3FASA 3PV0E 2ABHA 2XXQA 3K1MA 3N5LA 1EZOA 3MVXA 4WXJA 1B3EA 4EF2A 4NF5A 3VVFA 3O6IA 1B5JA 3VDFA 3TZAA 3F11A 1N3WA 3CRBA 4E0WA 1JEUA 1A7LA 3KBRA 5J1DA 3E4RA 3DP8A 1Y4CA 1RYXA 3KZGA 4U22A 2NOOA 3TCGA 1MY0A 1I69A 4OFOA 3UORA 2DWJA 1LB9A 4YMBA 4ECFA 5ICQA 3RTWB 4Z0IA 3BBRA 5AA4A 3EHUA 1LAHE 3PUZE 1ZIUA 2I48A 4YAHX 3S9LC 1LSTA 1UQWA 4RA1A 4JWXA 2UVGA 3HN0A 3H4ZA 1TFDA 4NF8A 2YJPA 3U92A 1H43A 2A5TA 1AIVA 1B32A 4YB6A 4PE5B 1URDA 1EZ9A 3PPNA 3U8QA 4ESXA 3T9HB 3MP8A 3OMBA 4HCYA 3EHTA 3FJGA 3CIJA 2D3IA 3CFZA 4IO6A 4GQOA 3ZKKA 5CM6A 1VFDA 1A40A 2ZNTA 5L8DA 3PPPA 3VLWA 2Z8EA 2DXYA 4MH5A 3OO7A 4GIZA 5I84A 4KFQA 3OENA 2DVZA 2I4CA 4BDOA 4P0GA 3TYHA 2D21A 3IB0A 3T9VA 1XVXA 1ZBMA 1LFGA 2P1SA 4GL0A 4GFRA 4Q30B 3TTMA 1IEJA 3HHFA 1T0KA 3CG3A 1ZKBA 3IB1A 1MH3A 2AL4A 1L5TA 3M3LA 1SYIA 3KEIA 3QUFA 3DELB 5TPAB 4G68A 4IO5A 4RK2A 1B46A 1Y1ZA 3IOVA 3DP6A 3O9PA 1PDAA 4G2ZA 3OO9A 3CG1A 1MQDA 4XTCQ 3K0VA 2Q9TA 4F22A 4FJPA 2FNCA 1YAEA 4AQ4A 1IXHA 1R6ZA 4C1UA 1KWHA 2Y7KA 2QRYA 4RYAA 1J1NA 4ZEKA 5I2KA 3C32A 3HV1A 3SEUA 4EQBA 3U94A 2REJA 4R72A 5K2XA 1LAFE 2UYFA 1FTMA 1TWYA 2O84X 1FW0A 3EPEA 3GBBA 3GXAA 4QSCA 5CRYA 2DSFA 4F2QA 4G4PA 3RGYA 2RC9A 1MS7A 5I57B 3EQ1A 2B3BA 4P0IA 3SETA 1HSLA 4NE4A 2V84A 4QFLA 2DXRA 4PFUA 4LVQA 1B0LA 1N7WA 1OMPA 4U4XA 4ZZAA 2XXRA 4R2FA 3B6QA 1MXWA 1QKBA 4IGRA 4F3BA 2VP1A 2XXYA 5I56A 2H98A 4IO2A 3ODBA 2DE3A 3I6VA 1LCFA 3T9XB 4OVJA 3MZ1A 5DYHA 3K1NA 1MXYA 2RKMA 3L6GA 4YKIA 2QS2A 1RYOA 4ZZEA 5JTYA 3H03A 3UGWA 4GXAA 4LATA 1PEBA 1LB8A 1XS5A 1VFEA 2XHDA 3M8UA 1OQHA 3M3KA 3LSXA 1GV8A 4PP0A 4G8HA 1B3GA 3RTFB 1II5A 5B70A 4F2OA 3IK6B 3B7DA 3FVKA 2H5YA 1OLAA 2Z8DA 4ZE9A 4N13A 4LONB 5ELVA 3O6GA 4NTLA 1ANFA 3SDFA 3EF7A 2HXWA 1HSEA 3ZS6A 5AA4B 1O7TA 1VSOA 2NXOA 1DTZA 5DTBA 2R71A 1ATGA 4ZEDA 4OZ9A 1ZU0A 4BLAA 1Y3NA 1AH5A 1P99A 4NMYA 4NF8B 3BFUA 3VLUA 3KN8A 3MWBA 2F78A 5EHMA 3FVOA 3QAXA 2A5TB 3RUMA 3PMXA 3I3VA 1GGGA 1NL5A 1DPPA 4JXIA 2WKYA 2DQVA 3IO4A 3TTLA 3Q27A 3RT6B 1FTLA 3HSTA 4MBPA 4OTEA 5BWJA 3FZVA 4JWYA 1NKXA 4ZDMA 2XXTA 3Q25A 3FVNA 3QXMA 2DWHA 3A3CA 2HEUA 2XXVA 1D4NA 1NH8A 1XT8A 1US4A 4PFYA 4QFNA 3O2AA 1MY1A 1S7YA 3U93A 2VGQA 3G3HA 1NMUA 3IOUA 1MG1A 1OVTA 4GWOA 3KJTA 3TMGA 1QW0A 3IAZA 2I0CA 3Q29A 2HFBA 3PU5A 4LZ7A 1FQCA 1ZLQA 3KSXA 2Z22A 4THIA 2HAUA 2XXHA 2ZMBA 2NUVA 1B1XA 4H65A 5KDTB 4X1BA 2ZYOA 1B2HA 4RK9A 1Y20A 1JQFA 3IO6A 2VHAA 2YLNA 4G68B 1H44A 5TU0A 4I8CA 3K6VA 4DLDA 3S9NC 4H8IA 4WKMA 3C4MA 4YICA 4TQUQ 2H25A 4WEPA 3U72A 4QSEA 1Y3PA 4QFKA 4R9FA 3TEPA 5EHSA 5KZTA 1MY2A 5H8HA 4OXVA 3PUXE 1JVYA 1B1HA 2BJJX 1B0HA 1VE4A 3N6TA 2VD3A 3FJMA 1PBQA 3CSBA 4QFOA 2DYXA 4RY1A 3LSFB 5I2KB 4YU0A 4GOTA 3JV9A 3FD3A 3FXQA 4Q0CA 5F7VA 3RT8A 2R6GE 3UK4A 4QF9A 2HCAA 2I4BA 4HS7A 4M4GA 3CFXA 1NH7A 1S9TA 4KYDA 2Z8FA 1AL3A 3KG2A 4H1XA 3T96B 5CI5A 4RNSA 2HQ0A 1A55A 4IY6A 3LR1A 3H6UA 1B3LA 4EXLA 3OO8A 3MQ9A 1LCTA 3O66A 1MXVA 4DDDA 2F97A 3S9MC 4U1OA 1SD3A 4EF1A 5CBSA 3LSLA 3PMWA 3TELA 1BIYA 5I56B 4GLIA 3MP6A 1NNKA 1MY4A 3RPWA 4IB2A 4PETA 2ANJA 3CFLA 2UVHA 2XXIA 2ONSA 2F35A 4KYSA 2UVJA 4XIGQ 2QPQA 2CMOA 3TTKA 4LQ5A 3K6WA 4DCYA 4RPOA 5JTYB 2QMXA 3ZKLA 1SW1A 3TKDA 1MQHA 3PD9A 1YPNA 1DMBA 3C31A 3OEKA 2ZYNA 3K02A 4OHNA 2XD3A 1WDNA 3PUVE 4UA8A 5L9MA 1B6HA 3MP1A 3MVZA 1IUDA 1SW5A 3WAEA 3MUQA 3RY3A 1JW5A 2Q8JA 3KJ7A 1EU8A 3Q28A 4N07A 1LFIA 3RN8A 1N3XA 2F6PA 3JYRA 4PFWA 4U23A 4U4SA 5JK4A 1DPEA 5EYFA 3BKIB 1A99A 4F18A 2NWJA 1TXFA 5ISUA 5KDTA 3H3GA 4U1ZA 1B7HA 1OLCA 1MPDA 1FTKA 3IOTA 1B51A 2HZLA 2PVUA 4KCDA 1IXIA 2OLBA 1B40A 3OSRA 2IA4A 4HTGA 1QJMA 3T22A 1XVYA 3L6HA 4H6DA 1B4HA 3T66A 4IO4A 2OBGA 2H4IA 4MLVA 5BUUA 2LAOA 4RJZA 1Y1MA 3A3UA 3RQTA 4ZEFA 3S2VA 4NF4A 2UXAA 2A5SA 3DLNA 2PX1A 3TAJA 4K3FA 2REGA 4F1YA 3QUJA 1OIBA 1ZJLA 3SEYA 2ZYMA 1IXCA 4BDMA 4EDPA 4LP2B 5ITOA 4EQ7A 1BTJA 2DP8A 1UIUA 1MQIA 1M5BA 3H6WA 4H0WA 2FYIA 1SW2A 2Y7WA 2ZNUA 2Y7PA 4H5GA 3TQLA 2AL5A 1LBBA 2HAVA 3MAMA 1OQGA 3TCHA 1USYH 3P7IA 3IJOB 1HSJA 1CB6A 4G8MA 4DE8A 3U1OA 1B5HA 3V83A 3MVWA 4UACA 5FTHA 3C9HA 2DWIA 5H8HB 1Q1KA 4R2BA 3E9XA 3TCFA 3K01A 1R1NA 5H8QA 1TFAA 1PB9A 4MLQA 5L9SA 1N76A 5ITPA 2OCUA 1H76A 4OMBA 3B6WA 3V89B 1I6AA 4GVOA 1IQ7A 4Q8RA 2ONKE 1SBPA 4ELOA 3H6TA 2ZNSA 4R6YA 4F39A 2H99A 3CI8A 1EZPA 2DE2A 3N6UA 1B58A 2F34A 1FQAA 5F1QA 4NF6A 4EUOA 4JDFA 3ECRA 2UVIA 4QHQA 4O3CA 3VVDA 4OFLA 1JEVA 1OVBA 1QUIA 1D9VA 4ELPA 3HHGA 1MXZA 3OOAA 1DOTA 3PPQA 1CE2A 2G93A 3TQWA 4FECA 4O3AA 3CVGA 1QUKA 3MVYA 2UYEA 4POXA 3KSJA 2I3VA 1A54A 4PQJA 4X48A 4E0XA 1UTBA 2YPNA 2I6EA 5H8NA 3RLFE 2W7YA 4R6HA 3FUZA 2QS1A 3MZ9A 4I62A 5DT6A 4G8NA 2P0SA 4I9DA 3TPAA 1YTVA 4FORA 1PB8A 3IJXB 3QIMA 4YZZA 1BP5A 4P11A 4KQPA 4C0RA 4ELQA 2M8CA 2OWTA 1FTOA 2XXUA 3T93B 3IL1B 2XX9A 2Z23A 1PB7A 3FIRA 3QYTA 4R74A 1FQBA 2O51A 1F9BA 2Y84A 2F7CA 2I49A 3RNNA 1WVJA 4XKNA 2F7BA 3K6UA 2GH9A 1MXUA 1SVXB 4XKPA 4H5FA 3DM0A 3THIA 1MPCA 3PPOA 1QUJA 4OQOA 4OENA 3O28A 3R6UA 3Q26A 4X9TA 2QMWA 2H9BA 5I2NA 4WEDA 3MW0A 4XXUA 3OEMA 3PD8A 4PFTA 3SEWA 1LAXA 1LGBC 2G29A 5A5XA 2KLFA 4XKQA 4BDQA 4NEDA 4N6PA 2V3UA 1SDXA 3KN3A 2CZLA 3QK6A 2I58A 4QRZA 1BKAA 4R6KA 1IIWA 1B7UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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