1DTGA

Human transferrin n-lobe mutant h249e
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSETVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mutation of the iron ligand His 249 to Glu in the N-lobe of human transferrin abolishes the dilysine "trigger" but does not significantly affect iron release.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
molecule keywords TRANSFERRIN
total genus 106
structure length 331
sequence length 331
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dtgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dtgA02
1JNFA 2DWAA 3CG3A 3O97A 1PBQA 4JSDA 1MPDA 3IO4A 4EXKA 1MXXA 3W9VA 4OFJA 4IO4A 1MXUA 3FASA 3V83A 4C1TA 2H9BA 2V25A 4NF5B 4GL8A 2P0SA 4OYVA 1ZBMA 4F22A 3IOTA 3KN3A 3K1MA 4KCDA 1SBPA 3OMBA 2D5WA 4WKMA 4F3PA 3HN0A 4NTLA 4YICA 2HFBA 1SW2A 2O68A 4MH5A 3U8QA 2F7BA 2HAUA 4RPNA 2DYXA 2VHAA 2I3WA 1D3KA 3I5OA 1VR5A 2E1SA 4FEBA 4E0WA 2FNCA 4Q8RA 2F35A 3PUWE 5ITPA 3S9EA 3FIRA 4I8CA 2P1SA 4M4GA 4LQ2A 5CMBA 1ELJA 1LLSA 3RGYA 3DLNA 3FXQA 4KPTA 4BDOA 1H45A 4IGTA 5A5XA 5JK4A 5ITOA 1USYE 3S4UA 4I9DA 3MZ1A 3FJ7A 4NF8B 4LZ5A 1Y4CA 3FJGA 3N5LA 5H8SA 1N3WA 4F1UA 1MS7A 1MXVA 1SW5A 5H8HB 3E9XA 3CG1A 1FTKA 5AA4A 3PUXE 3MPLA 1YPNA 1SI0A 3N6UA 1GV8A 5FHOA 3EF7A 2ZNTA 4DXBA 2I3VA 2H5YA 2DXYA 5DEXB 4OZ9A 1SD3A 1S7YA 3MZ9A 2XXTA 3TTKA 3QIMA 2HAVA 4R74A 4M1VA 4PFYA 4O3CA 2RKMA 1QVSA 3USDA 2QMWA 4PFUA 4G8MA 2ZNUA 3MVXA 1MY3A 3TYHA 3TCHA 4JB7A 4FORA 5EHSA 4KYDA 3E13X 3CFZA 5CRYA 5H8QB 3Q26A 3TQWA 1QULA 3LBSA 4QFOA 4F3SA 4X48A 2DWHA 1I6AA 4ZEKA 4Z0IA 4R75A 3HPIA 3PPRA 3I3VA 2Q8JA 4GWOA 2ZMBA 1MQIA 1H44A 3CI8A 4P0GA 1H43A 2F8DA 4RA1A 4RYAA 2PX1A 3V89B 2PMSA 3TPAA 3MW0A 1B58A 1DOTA 4ND9A 4F2OA 3FGSA 3OSRA 1LSTA 3H6UA 4LUBA 2DE4A 4OVJA 4K3FA 3SESA 2DVZA 1UTBA 2V3QA 2Y84A 3LR1A 4F19A 3KOSA 2XX7A 2NXOA 2VD3A 1IIWA 2O7IA 1EZ9A 3UIFA 1MH3A 4JWOA 3GXAA 1FQCA 1LGBC 1SYHA 5I2KB 5B7DA 3PMXA 2A5TB 3PU5A 2XXUA 1B46A 4ZEDA 3R26A 2CZLA 4I62A 1FQBA 3U92A 2ONKE 4R73A 3FXUA 2V84A 2DSFA 3MWBA 1A54A 1P1WA 1NKXA 4N13A 1N84A 4RY1A 5CMMA 4OERA 4U4XA 3DP6A 5I59A 1DPEA 3K2DA 4ECFA 1B7UA 1JVXA 5H8FA 4KR5A 2O69A 2I48A 4F29A 1A99A 4GL0A 4YAHX 2Q88A 3BBRA 3IB0A 5M2VA 4ELQA 1TXFA 1MQDA 4H5FA 3DM0A 1B7ZA 3TKDA 4QFKA 5JTYA 3KZGA 4GLIA 4FATA 1T0KA 1BLFA 4NWCA 3FVKA 4ISUA 1TT1A 1B32A 4Q30B 3RUMA 4E0XA 4RK2A 3IK6B 2PT1A 1MRPA 1FQDA 2D3IA 3H6TA 5AA3A 3K1PA 5KDTB 1DPPA 3TZAA 4LZ7A 2Y7KA 5I56A 3OOAA 4ZEBA 3HCQA 2Z22A 1Y3NA 1LBBA 2X26A 4G8HA 2QSXA 1LFHA 2QS1A 4ZZAA 3U93A 4PE5B 2F5XA 2X7QA 3U94A 2PT2A 1H3DA 1LFGA 3R7XA 1NNPA 1USYH 4F3BA 3QYTA 1QW0A 5I2NB 4UACA 3H6WA 1DMBA 1DTGA 2UVHA 4IO3A 4FAJA 3MVYA 1I6BA 2KLFA 3VLWA 1B3LA 3FD3A 2R9JA 4WXJA 1II5A 4QF9A 4OEUA 3N26A 3CR9A 3QSLA 1Y20A 4YKPA 5HPQA 3G7WA 5TP9A 2GH9A 3OEMA 2UYFA 4G68A 1Y4TA 1PEBA 1UTHA 4LP2B 4POXA 2G29A 4OHNA 3B6QA 3UN6A 3K6XA 3KFMA 1NL5A 1M5DA 2IEEA 4ZE9A 4R6HA 1OIBA 4O3AA 1B5IA 4H5GA 2QPQA 1MM7A 1URGA 1WDNA 2ZYOA 1QUKA 4JWYA 1EZPA 2ESNA 3FATA 2R6GE 5CBRA 1B9JA 2DOJA 4YZZA 1IEJA 4XKRA 1B0LA 1Z7ME 3VLVA 3PUYE 2DE2A 4BLAA 1KWHA 1FTJA 3OELA 4XKPA 3KJ7A 4TOZA 2XD3A 1MH4A 4OETA 4LZ8A 3O9PA 2DWJA 5I58B 4ZECA 2LAOA 1QKBA 4WEDA 1VFDA 1Y1MA 2B3FA 1MG1A 1R6ZA 1LAXA 4XIGQ 5AA1A 2XXPA 4X9TA 2UYEA 1A7LA 2OZZA 2H98A 2Q9TA 5ELVA 4QSCA 4EXLA 4ONYA 4YB6A 5CMKA 3L6GA 5I57B 1URDA 4X1DA 1GGGA 3MBPA 1DSNA 2ANJA 3LSWA 3PGFA 1LAGE 1ANFA 3T66A 4KQPA 4OFLA 1B2HA 3IJXB 2I58A 3ONMA 3UA8A 3IR1A 5K2YA 3CFLA 3IORA 4R2FA 3Q29A 2V3TA 4MLQA 4NE4A 3RLFE 3K0VA 4P11A 2CMOA 4QRZA 2O1MA 4THIA 1A55A 3MC2A 3CRBA 4DZ1A 5H8NA 4OESA 1AOVA 1LAFE 3FZVA 4IO2A 3IOUA 1P1OA 1BKAA 3BFTA 2X7PA 3W15C 1MM6A 2OWTA 5EYFA 5AA4B 1OQHA 2HZLA 3MAMA 3SEUA 5I84A 3MZBA 1MDQA 3MUQA 4NF5A 1MXZA 2PYYA 4AB6A 1N76A 3KGCA 2O51A 1NNTA 2AL4A 1IXCA 4XTCQ 5B70A 1FTLA 3ZKKA 1LFIA 3T96B 1VSOA 1WODA 4KHZE 3FV2A 1GR2A 3O6GA 1UIUA 4LATA 5L9MA 2Z8DA 2AIXA 3A09A 3U72A 5AA2D 1MY0A 5KZTA 1A8EA 2RINA 5ICQA 3SEXA 3IB2A 3BFUA 2QJEA 4H67A 1RYOA 2OLBA 1AH5A 3L6HA 3TCFA 1JEVA 3B7DA 4RK9A 4OENA 4DDDA 3KBRA 1EZOA 4AQ4A 3RT6B 2YPNA 3GBBA 4GOTA 4U22A 3EPEA 3EN3A 5K2XA 4QHQA 3ODBA 1TFDA 3VV5A 4Z7EA 1HSLA 5TU0A 3H7MA 4GFRA 3HV1A 4NF8A 4YB7A 1JEUA 1SW1A 5BWJA 4N07A 3MPKA 3T9UA 4GRKA 4YKKA 4ELRA 1L5TA 3HHGA 4MF3A 2YLNA 2GFEA 3MVZA 1UTBB 5CBSA 2DP8A 3G3HA 3MQ9A 2UXAA 2O84X 5IAIA 2VOZA 4IO5A 3IOWA 2AL5A 4ZZEA 1D4NA 1B3HA 3PD8A 4EQ7A 1POTA 2E0SA 4F39A 2GHBA 2NUVA 1N7XA 1US4A 3PPQA 4NF6B 2M8CA 3MJNA 2UVIA 1B4ZA 1RKMA 1POY1 4HTGA 3A3UA 1I69A 3H4ZA 2F6PA 1A8FA 3G3IA 1EH3A 3TFLA 1ATGA 2DQVA 1R9LA 2ONRA 4ESWA 5DVFA 5H8QA 3PV0E 3ZS6A 2RC9A 4BDNA 3C35A 4OQOA 2OBGA 4H8IA 3G3KA 1PDAA 1GTKA 3VFJA 3IX1A 3K6VA 2DVCA 1EU8A 3FVOA 1B5JA 4TLMB 3O66A 1NH8A 2QMXA 1OVBA 2I0BA 1GVCA 3UP9A 2AYSA 1M5FA 4P0IA 2OCUA 5DVIA 3TMGA 5ICTA 3ECRA 1B1HA 1CB6A 4YU0A 4BDRA 4KCCA 3U1OA 1FTMA 4DCYA 5I56B 3SKPA 3FVNA 1BTJA 3PUZE 1SYIA 1A40A 4EUOA 1URSA 1YTVA 3IL1B 4MFIA 5J1DA 2FYIA 3MP8A 1M5BA 3QAXA 5ISUA 4ELOA 1LB9A 1R9QA 3F11A 4OFOA 3SETA 3EHSA 1HSEA 2VP1A 3ILUB 3OO7A 1UIVA 5AA2B 3KN7A 1P99A 1SQYA 4L17A 4I1DA 4G68C 3C33A 4GXAA 3B6TA 3M3KA 1S9TA 3OD7A 1ZLQA 3DP8A 3TTMA 3K02A 1ZMGA 2F78A 5DVJA 4GVOA 1Y9UA 3H06B 1TWYA 1MY1A 3VLUA 4FE8A 2OWSA 2IA4A 1B0HA 3T22A 1QUIA 3HSTA 4KFQA 1AMFA 1JQFA 3O6HA 1YCJA 4O3BA 4OEVA 1H76A 3HO7A 3S9NC 4RPOA 2O1LA 1MQGA 5DT6A 5HBCA 4G68B 1FTOA 3TCGA 1UTHB 3PPNA 4IB2A 1MDP1 5FHMA 1LCFA 4FIMA 3CSBA 4RNSA 3QUFA 1IZ1A 4QSEA 3M8UA 2RCAA 4H1XA 4ELPA 3UK4A 2Z8FA 1D9YA 4NWDA 3EHTA 4C0RA 1D9VA 2G93A 1Y1ZA 2ONSA 5KDTA 1B4HA 1RYXA 1LB8A 4R72A 4AB5A 3KOTA 4NF4B 1MPCA 1NNKA 4UA8A 4YKIA 4R9FA 3CSGA 3I6VA 3KSJA 3C32A 4H6DA 2XXXA 1XS5A 4F18A 4IO6A 1Z7NE 3KJTA 3KSXA 2BJJX 1IITA 3TDJA 1LCTA 4JDFA 4MBPA 1ZKBA 5KCJB 2V93A 2XX8A 4OXVA 5HM4B 3Q25A 4GQOA 4KYSA 1MPBA 1DTZA 3O28A 4F31B 4HW8A 3PMVA 4U21A 5L9SA 2XXIA 2H25A 4TQUQ 4DXCA 1XVYA 3UORA 2QS2A 3JV9A 3OO8A 1B51A 3TQLA 3OO9A 3FVGA 3RQTA 2XXVA 1MY4A 3O2AA 2O7UA 3MP1A 1PC3A 4G4PA 4H0WA 1CE2A 1FQFA 1AL3A 1N0TA 1B3FA 3S2VA 2XXRA 3LSFB 2I4BA 2THIA 4G8NA 3E3KA 3PPOA 1P1UA 3K01A 3MP6A 3TODA 4ZDMA 4F1YA 1SVXB 3OENA 3Q28A 4NEDA 3KN8A 1UQWA 4U2RA 1IQ7A 3SDFA 3SEVA 3PMWA 1ZIUA 3IOVA 1NNFA 3CIJA 1XT8A 4NMYA 1IXGA 4DLDA 2B65A 3C9HA 3FXRA 4IO7A 1B05A 5A5XB 5CMCA 4QFLA 3EHUA 2F36A 3RPWA 2GRVA 5I58A 4OMBA 2Z8EA 4HCWA 5TPAA 4OTEA 4HS7A 3VVDA 3LUYA 2DWIA 2NWJA 3M3FA 5DTBA 1I6QA 4DXUA 4PQJA 1US5A 2DE3A 2VD2A 4IY5A 4HCYA 5I57A 3O6IA 4BDMA 4POWA 4H65A 5FHNA 1OQGA 4ZE8A 1XOCA 3S9MC 3KEIA 4U4SA 3IB1A 5L9OA 1OMPA 4U23A 1FW0A 4X1BA 3D4GA 1TFAA 4LA9A 3C36A 1N7WA 2H99A 2DXRA 3LC8A 4FEDA 2Z23A 1M5EA 4IY6A 4RXLA 3C34A 1Y3PA 2F97A 1B7HA 3SEYA 5JEIA 3TELA 4PFTA 3K4UA 1B1XA 1ZTYA 2YJPA 1P1NA 4DIGA 1Q35A 3TEPA 3IJOB 4LONB 4PETA 3VE1B 4R6YA 3OO6A 1YAEA 1JW4A 1VFEA 3VXCA 2I0CA 4H8JA 1FCKA 4KD5A 1O64A 2UVJA 2ABHA 3V8XB 3K00A 1BIYA 2OJTA 2F34A 2I4CA 2RC7A 2Q2AA 1O63A 3TTNA 5CI5A 5H8HA 4EQ9A 2RCBA 1B3EA 1QJMA 1XHYA 4R2BA 3TUSA 1MXWA 2Y7WA 2Y7IA 1Q1KA 5F1QA 1NMUA 4F2QA 1LBCA 1WVJA 1NH7A 3PD9A 5DEXA 5FTIA 2ZYKA 3LSLA 3OSQA 4YMBA 2RF1A 3W9WA 4F3GA 4RJZA 4EQBA 2O6AA 4Q0CA 2NVUB 4JSOA 3H3GA 3TAJA 3A3CA 3BKIB 5EHMA 3GLBA 1N3XA 2FA7A 3PPPA 4GF8A 4BDLA 1FQAA 4QFNA 5F7VA 4MLVA 1SW4A 4QFPA 5DYHA 2H4IA 1MQJA 2QS4A 1B40A 2HCAA 1VE4A 1R1NA 1JW5A 5I59B 3N94A 3G3FA 2UVGA 3C4MA 4BDQA 1J1NA 5H8FB 4ZEFA 3TTRA 4ZS9A 2WKYA 4G2ZA 4C1UA 4PFWA 2F7AA 4WEPA 2XXYA 3THIA 4GIZA 2ZXTA 2I49A 2F7CA 4EF2A 2REGA 1B3GA 2D21A 5JTYB 4XKNA 4NF6A 2ZNSA 3WAFA 4EDPA 4R9GA 3FJMA 2HQ0A 1B5HA 4DCXA 1PBPA 3D4CA 3EQ1A 2VGQA 3Q27A 2XXWA 3B6WA 1P1QA 4N6PA 3S9LC 4ZEIA 4Q5TA 3T9VA 1MXYA 1ZU0A 1LAHE 1IUDA 1B6HA 2HXWA 1OLAA 2B3BA 2RC8A 2QS3A 3RTWB 2DS9A 4ESXA 1PB8A 5I2KA 3GBAA 2OK2A 2A5TA 3IO6A 3QUJA 3T9XB 5AE4A 3TTLA 2XD2A 3K1NA 3T9HB 3CFXA 3GZGA 4IGRA 3T93B 3VVFA 3RTFB 3CVGA 1MY2A 3SEWA 3V5AA 1JW1A 4YB5A 2XXQA 5CC2A 1QKAA 1F9BA 4LVQA 1M5CA 1B52A 4U1OA 3LSXA 2I6EA 3H03A 1AIVA 1HSJA 3MVWA 1Y3QA 3QXMA 5TP9B 1OVTA 2Y7PA 2ZYNA 3DP4A 4TLLB 2ALUA 3R6UA 1JVYA 3JZJA 3FUZA 1PB7A 4FJPA 4G77A 1NFTA 5IKBA 4F1VA 2ZYMA 1SDXA 3RN8A 4KYEA 2W7YA 5CM6A 2QRYA 2GHAA 3E4RA 4KI0E 2REJA 5AA2A 2P2AA 3VDFA 3ILTB 3PUVE 4XXUA 2HZKA 5BUUA 3RY3A 4FECA 4OWDA 3KG2A 3HHFA 1XVXA 1FQEA 4LQ5A 2V3UA 3FV1A 2XX9A 1OLCA 5LOMA 3O29A 2QL3A 3VXBA 1MQHA 5L8DA 2Q2CA 1ZJLA 3SERA 1IXIA 3OXNA 2R71A 3OEKA 2A5SA 4JXIA 4U1ZA 3DELB 2XXHA 1BP5A 3JYRA 1IXHA 3G3GA 2Y7RA 5I2NA 4JWXA 4GXSB 3RT8A 4EF1A 4QSDA 1QUJA 3ZKLA 1PB9A 4YKJA 3G3JA 4XKQA 2NOOA 4GD5A 4DE8A 4R6KA 1N04A 1S50A 3K6UA 5FTHA 3C31A 3UGWA 3VVEA 1JETA 4PP0A 1O7TA 4NF4A 3H6VA 3AXFA 4YMAA 2PVUA 3K6WA 3IAZA 3RNNA 3M3LA 3ZSFA 2Q89A 3P7IA 2HEUA 3N6TA 2XHDA 4JBZA 5KCJA 3QK6A 5H8NB 2F6GA 1SI1A 3WAEA 2PBWA 1XC1A 5TPAB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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