1DTGA

Human transferrin n-lobe mutant h249e
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSETVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
molecule keywords TRANSFERRIN
publication title Mutation of the iron ligand His 249 to Glu in the N-lobe of human transferrin abolishes the dilysine "trigger" but does not significantly affect iron release.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 331
sequence length 331
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dtgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dtgA02
1LAFE 1P1UA 4DDDA 1QKAA 4FORA 1GGGA 2UVHA 1OVTA 3ILTB 4AQ4A 3OMBA 2Q88A 1L5TA 4EQBA 4YKKA 3FXRA 3SKPA 5ITPA 3TQWA 2D3IA 2XXPA 1USYH 4OFJA 2W7YA 3OXNA 3QK6A 1NMUA 4DXBA 1S7YA 3PMXA 5F7VA 2F7CA 4NWDA 2Y7RA 1Q1KA 3EN3A 3FZVA 4GQOA 4U21A 4WXJA 3VFJA 3TAJA 3S9MC 1M5EA 3PU5A 1QJMA 5ICQA 3PPOA 1I69A 3TMGA 3MVXA 2DXYA 4DCYA 3ECRA 3U72A 5A5XA 1MH3A 1TT1A 3DM0A 3CIJA 1ZBMA 2ALUA 4ELOA 5H8QB 4MBPA 4F19A 3C9HA 4N13A 3MWBA 1B7UA 4WEPA 4Q30B 4DLDA 1IEJA 2F34A 1LAXA 5JTYB 2XXXA 4YICA 1B40A 4PE5B 4YB5A 3UK4A 3KSJA 2DVZA 3OEKA 5TP9B 4DCXA 4YKIA 3A09A 3KBRA 4EF2A 3FASA 1B3EA 4QFLA 3K6WA 5KZTA 1UTBA 5F1QA 2RCAA 3FVKA 3FJMA 4X48A 1TFDA 3CFLA 3WAFA 4R2BA 2DP8A 5FTIA 4U22A 1TFAA 2XX9A 4ELPA 2I0CA 3K6XA 2E1SA 4GLIA 4G68B 5I2NB 3FATA 3F11A 3RY3A 4YB7A 4BLAA 4BDQA 1BKAA 4K3FA 2OWTA 2X26A 2H99A 1JW5A 4DIGA 4FAJA 1HSEA 4DE8A 1O64A 3VE1B 3PD9A 4MF3A 1VFDA 1GVCA 5H8FB 2DSFA 2H9BA 2VD2A 5I58A 1FQBA 1XC1A 3VVEA 3IO6A 3OD7A 3K6UA 2REJA 3HO7A 3DLNA 1GV8A 3BFUA 1R6ZA 3RN8A 4OMBA 2HFBA 3VXBA 3THIA 3SEWA 4Q5TA 3O9PA 4OFOA 3T9HB 1M5CA 4POWA 2RKMA 2O1LA 1PB7A 2QS2A 1JNFA 3LBSA 3H7MA 4X1BA 5CMCA 2RC7A 4NWCA 3KZGA 5I56A 3GZGA 2OJTA 3FIRA 1LCFA 4IO4A 4EF1A 4ZEKA 1TXFA 1SW1A 2Q8JA 3JV9A 2I3VA 5KDTB 3C31A 1SVXB 2BJJX 1JVYA 4U4XA 5I57A 4G8HA 3ONMA 3G3HA 4KPTA 4R6YA 1B9JA 2ZYMA 3FV1A 2XXWA 2DE4A 2PBWA 3HPIA 4X9TA 3K00A 1FQCA 3PPRA 3K2DA 4EUOA 3B6WA 3OOAA 3VVFA 1P99A 3DP4A 3TODA 3SEXA 4GXAA 3RTFB 1ZTYA 5HPQA 1MQDA 4OFLA 3G3GA 3SERA 5M2VA 4C0RA 4ZECA 1XT8A 4X1DA 3EPEA 4OYVA 4NE4A 4JWYA 3CRBA 5B70A 1SDXA 2NUVA 2DXRA 3PPNA 4FEBA 1LFIA 4YKPA 3CFXA 2Q89A 3RQTA 3IOWA 3RNNA 3TTLA 1PBQA 2UVJA 3QUFA 3H6VA 2ZMBA 3MJNA 3MZ9A 2AL4A 2QL3A 1XHYA 5CC2A 1MDP1 1D9VA 1EH3A 3H03A 3Q26A 1MXZA 4HTGA 3UGWA 2Y7KA 4DZ1A 4YAHX 5EHMA 4KYDA 5CMBA 4WEDA 1EU8A 2GFEA 4KQPA 1LBBA 1UQWA 1LAHE 5AA4B 5EYFA 4TLLB 4QSCA 3I3VA 1FQDA 3IAZA 1OLAA 3E9XA 1AIVA 1KWHA 2H5YA 3U92A 4IO2A 4LVQA 1B46A 3FD3A 1VE4A 2DOJA 1H76A 2UXAA 3UA8A 3FJGA 2V84A 4JWXA 1B52A 1OMPA 1M5BA 1O63A 4IO6A 3UP9A 5K2YA 2DE3A 1XOCA 5CI5A 4F1VA 4JWOA 3TQLA 3PPPA 2H25A 1LFGA 4IGRA 4QF9A 2V93A 3MZ1A 3T66A 3G3IA 2E0SA 4ZEIA 3RLFE 1LB9A 1P1QA 5ELVA 3PPQA 2X7QA 2Q9TA 1MXYA 3MPKA 4F1UA 2HAVA 2R9JA 5DEXA 1M5FA 3U8QA 4OVJA 1H3DA 2P0SA 4XIGQ 5B7DA 3DP8A 3FGSA 4BDMA 2A5TB 4R75A 1A7LA 2OLBA 4NF5B 1LGBC 1Y4TA 1ELJA 1FTLA 4F22A 3IOUA 2Z23A 4YMAA 1B51A 2F35A 3FVOA 1PDAA 3OO9A 4OTEA 3EF7A 1IIWA 4F2QA 3LSFB 4I62A 1QUIA 2OBGA 1S50A 4GVOA 3HN0A 2G93A 4M1VA 3LSXA 4PFTA 4ZEDA 2O7IA 2ABHA 1LSTA 4ZZEA 1MQIA 1B05A 4O3AA 5K2XA 4OENA 1A8EA 4JSDA 2QJEA 3U94A 4YMBA 1POY1 1UTHB 1Z7NE 4NF4B 3T9UA 1FTKA 1B0HA 3H06B 1US5A 5H8SA 3V83A 1N7XA 3FVGA 4RK9A 4Q8RA 3D4CA 3ZKLA 3CSGA 2CMOA 4NF6A 4BDNA 5IKBA 4IGTA 3Q25A 5I2KA 1QUJA 4I8CA 3FUZA 1AOVA 2AYSA 1OIBA 1URSA 5I59B 4H6DA 1D4NA 2KLFA 2CZLA 4F3BA 2O69A 1FTOA 5TPAB 3C34A 3VLVA 3PMVA 2Y7IA 3RTWB 4AB5A 3IB0A 1S9TA 2DWIA 2Y7WA 1XVXA 1WODA 1LFHA 1HSJA 1NNPA 2Z8DA 4NF8A 1B5JA 4FE8A 2DS9A 5TU0A 4C1UA 4KYEA 5I58B 3P7IA 4LA9A 4ZE8A 3PUXE 5L9OA 1FQEA 4OESA 5DYHA 4LZ7A 1VR5A 4RK2A 4GD5A 1N0TA 3C33A 4U1ZA 3C4MA 4OEVA 4O3BA 4IY6A 3R6UA 1GR2A 3AXFA 2ZYNA 2FA7A 1B3LA 4OXVA 4U23A 1JVXA 4EDPA 2O7UA 3OSRA 2PVUA 4RJZA 3U1OA 2XXQA 3R7XA 4KCDA 2XXHA 1MXUA 1B1HA 4OWDA 4F1YA 1Q35A 2F5XA 1PEBA 4TOZA 4GWOA 3M3KA 2ZXTA 1EZPA 3M3FA 2QPQA 4PFYA 2I6EA 2G29A 3I6VA 1SYIA 3TCGA 1MY0A 2HZLA 3FXUA 4MH5A 2IA4A 3DELB 3TELA 2O1MA 2B3BA 1XVYA 1US4A 3UIFA 3O29A 3TTRA 3C32A 3N5LA 4XKPA 5H8QA 1QKBA 4G77A 3PV0E 4ZEBA 4IO3A 1EZOA 1VFEA 3CFZA 4H5GA 3G7WA 1YTVA 1B0LA 1N3WA 5JTYA 2XD3A 4YZZA 3ZSFA 1MXVA 3G3JA 3QIMA 1CE2A 1SD3A 1IZ1A 4E0XA 3SDFA 4OZ9A 3C36A 1B7ZA 1RYOA 4N6PA 3S2VA 2R6GE 1DMBA 4Z0IA 4FIMA 3IO4A 5CMKA 2VOZA 3TYHA 2ESNA 1I6AA 4HW8A 3IJOB 4EQ9A 1MRPA 4Z7EA 4EXKA 2XXUA 2ZYKA 4PFWA 4POXA 1NKXA 4UACA 5H8NB 1LAGE 3N94A 2PYYA 4HCWA 4THIA 5I2NA 3VXCA 4R6HA 3TFLA 1R1NA 1LLSA 1JW1A 1IXGA 1Y3QA 4O3CA 3H6WA 3OENA 1Y1ZA 1B5IA 3T22A 1B7HA 4QFKA 1CB6A 1B58A 1Z7ME 4NTLA 1LBCA 2R71A 3JZJA 4RYAA 3MP8A 2Q2AA 5KCJB 1NH7A 4BDRA 1MPBA 4KI0E 3ODBA 2ONSA 1PB9A 3O66A 4F29A 3VLWA 3HCQA 4P0IA 2XXTA 3N26A 3N6TA 4H65A 5H8FA 1N84A 2GHBA 3U93A 3O97A 3MVZA 3OSQA 4IO5A 2DYXA 3B7DA 3QAXA 1IUDA 3UN6A 1MY2A 5HM4B 1ZIUA 3ZS6A 5CM6A 1D3KA 4OETA 4RY1A 1H45A 3CVGA 2ZYOA 2F8DA 4KYSA 4GL8A 3IB2A 3TDJA 1MY1A 2NVUB 2RF1A 3VVDA 1POTA 3S9LC 3KJTA 1D9YA 3E3KA 3O2AA 1R9QA 1A99A 4QFOA 1LCTA 5DEXB 4R2FA 2QSXA 3PGFA 5KDTA 2QS1A 2QS4A 3RGYA 2GRVA 1AL3A 2VHAA 2GH9A 2Z8EA 2NWJA 1A54A 4XKRA 5AA2A 4KHZE 2H98A 4OEUA 3LR1A 4ZDMA 4H8JA 3EHTA 2F6GA 1Y3PA 4JBZA 4R6KA 3HV1A 5DVJA 3MVWA 2Z8FA 2XXYA 2XXRA 1H44A 3O6GA 5LOMA 2OZZA 4U4SA 5H8HA 2F7BA 3LC8A 2QRYA 2F36A 1NFTA 3KSXA 1QW0A 1SQYA 2ONKE 3DP6A 4C1TA 4F18A 3S9EA 2YLNA 3FJ7A 2I58A 3BKIB 2PMSA 1QUKA 5FHMA 1YPNA 5AA1A 2AL5A 1UIVA 1DOTA 1IXCA 1NH8A 4ND9A 1WVJA 3IL1B 3RPWA 3V89B 1URDA 4G68C 3I5OA 4GOTA 5AE4A 5L8DA 1P1OA 2IEEA 1SYHA 4Q0CA 4NF6B 4R9GA 2XX7A 2ZNUA 3WAEA 5I2KB 2Q2CA 3T9VA 3MW0A 2O68A 5A5XB 4RXLA 2UYEA 3KN8A 3OO6A 5AA4A 4XTCQ 3A3UA 4JB7A 2QS3A 4RNSA 4U1OA 2Y7PA 5CRYA 3TTNA 3O6IA 3RT6B 1P1NA 4YB6A 4H5FA 5EHSA 4G2ZA 3K1MA 3PD8A 3OO7A 2LAOA 3QXMA 3W9WA 1WDNA 4H8IA 4MLVA 4PETA 5DVIA 4HCYA 1DPEA 5ISUA 1XS5A 3K6VA 4ELQA 3SEUA 5BUUA 3E4RA 4RPNA 3SEYA 1FTMA 1YCJA 3FXQA 2OWSA 4ECFA 1PB8A 4GXSB 4RA1A 1NL5A 1B4ZA 4I9DA 3TEPA 1N04A 1MQHA 3B6QA 4LONB 4GL0A 3O28A 2OK2A 2Y84A 5J1DA 1UTBB 4ELRA 3OO8A 3W9VA 1QULA 4ESWA 4G8NA 5JK4A 2YJPA 4N07A 4YKJA 1AH5A 2F6PA 3CR9A 5IAIA 3W15C 2RC8A 2M8CA 4YU0A 4R74A 3R26A 2B3FA 3SESA 1OVBA 2AIXA 4LATA 2OCUA 3IB1A 2F78A 3M3LA 4R9FA 4XKQA 5AA3A 1ZLQA 3L6GA 2A5TA 4HS7A 3G3KA 5ITOA 4LQ2A 4JXIA 2I4CA 4NF5A 4I1DA 4F2OA 1ANFA 3H4ZA 4E0WA 3MP6A 5CBSA 3HSTA 3MC2A 4U2RA 4MLQA 5DVFA 1SI1A 2F7AA 1JEVA 3JYRA 4LZ5A 4XXUA 4F31B 1TWYA 5FHNA 1JQFA 5CMMA 1B5HA 1HSLA 3GXAA 1SW4A 4TQUQ 3K02A 4KR5A 3MQ9A 2DWAA 3RUMA 3K01A 3GLBA 4UA8A 1B3FA 2B65A 1UTHA 4NF4A 1O7TA 4R72A 3GBAA 1N76A 3T96B 5BWJA 5I56B 2HQ0A 4DXUA 4F39A 3H6UA 2UVIA 3FV2A 1IQ7A 4H0WA 1B6HA 3V5AA 3RT8A 3IORA 1B1XA 4FATA 4L17A 3MZBA 2O6AA 5I57B 2QMWA 4MFIA 4KD5A 3TCHA 5CBRA 2X7PA 4ONYA 1H43A 1BIYA 4WKMA 5I59A 2I0BA 1A55A 3IK6B 1B4HA 1AMFA 1RKMA 1MXXA 1PC3A 3KG2A 5TPAA 3E13X 1A40A 2HCAA 1P1WA 1MQJA 4OERA 3PUWE 2DVCA 4ZEFA 2P1SA 3V8XB 1SI0A 2O51A 4FECA 2GHAA 1MM6A 4PP0A 2F97A 4F3GA 3TPAA 4ZE9A 2UYFA 1Y3NA 2V3QA 1F9BA 3VV5A 3LUYA 4FEDA 4RPOA 5TP9A 3D4GA 2V3UA 1PBPA 4DXCA 3GBBA 4G4PA 3IJXB 2NXOA 1Y4CA 4JDFA 3QUJA 3SEVA 4IY5A 1EZ9A 1R9LA 2HAUA 2VGQA 1N3XA 3PMWA 3SETA 4P11A 4H67A 1Y9UA 2ZNSA 1FQAA 3C35A 4F3PA 4GIZA 3T9XB 4LZ8A 1Y1MA 4BDOA 5FHOA 1MS7A 4G68A 1MY4A 5JEIA 3T93B 4PQJA 2O84X 2Z22A 1ZU0A 4BDLA 1M5DA 3FVNA 3ILUB 1IXHA 3K0VA 5AA2D 3A3CA 3IR1A 5I84A 3H3GA 3LSWA 3CG3A 3KFMA 3IOTA 3HHFA 4R73A 3CG1A 4GFRA 5HBCA 3UORA 4M4GA 1SW2A 3KOTA 5AA2B 4LUBA 1SW5A 1FQFA 1DPPA 4TLMB 2I3WA 2RINA 4EXLA 5ICTA 2YPNA 4LQ5A 3KN3A 1MPDA 1IITA 2QMXA 3KEIA 4GRKA 5H8HB 2P2AA 3ZKKA 2XXVA 3CI8A 1FCKA 3Q27A 3OELA 1II5A 1ZJLA 1LB8A 1B3HA 3Q29A 1NNKA 1ATGA 3LSLA 3K1NA 4NMYA 1N7WA 4KFQA 3L6HA 4KCCA 3MUQA 3VDFA 2DWHA 2FYIA 3TZAA 3EQ1A 5L9MA 2VP1A 1OLCA 3TTMA 1A8FA 4QHQA 1BP5A 2V25A 3MBPA 3N6UA 2DQVA 1BLFA 5DTBA 1FW0A 4QFNA 3PUVE 1JW4A 1I6QA 5H8NA 1QVSA 3PUYE 1JETA 2PT2A 1MH4A 2DE2A 3KN7A 1SBPA 3HHGA 1BTJA 4IO7A 2XXIA 1GTKA 2RC9A 4QSDA 3IX1A 4ISUA 2D5WA 2D21A 4IB2A 1OQHA 3QSLA 4G8MA 3G3FA 1MQGA 4OQOA 3Q28A 3PUZE 3KGCA 2HXWA 3K1PA 4FJPA 1YAEA 1VSOA 2UVGA 2HZKA 2ONRA 1Y20A 5KCJA 1USYE 3B6TA 1MG1A 1MXWA 5DT6A 4QFPA 1I6BA 3OEMA 2I4BA 3BFTA 2XHDA 4GF8A 1MM7A 3EHSA 3VLUA 4XKNA 2XX8A 1B3GA 4QSEA 2WKYA 1RYXA 4AB6A 2I49A 1DSNA 2I48A 3KOSA 3IOVA 2HEUA 3K4UA 5FTHA 3BBRA 4ESXA 2THIA 1IXIA 1MDQA 3TCFA 3O6HA 2H4IA 3S4UA 3M8UA 1DTGA 3S9NC 5L9SA 3USDA 4ZS9A 2NOOA 3MP1A 2V3TA 2ZNTA 4JSOA 3KJ7A 4PFUA 3MAMA 1URGA 1MY3A 3EHUA 3H6TA 1J1NA 4F3SA 3MVYA 1NNTA 4H1XA 2PT1A 3CSBA 2ANJA 1OQGA 4OHNA 1T0KA 3TKDA 3TUSA 4NEDA 4P0GA 3MPLA 3TTKA 1FTJA 2VD3A 1MPCA 4ZZAA 2DWJA 4NF8B 4EQ7A 2RCBA 1UIUA 1DTZA 2PX1A 4LP2B 1B32A 1ZKBA 2FNCA 3QYTA 2A5SA 1B2HA 1ZMGA 1JEUA 2XD2A 2REGA 1NNFA 4QRZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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