1GV8A

18 kda fragment of n-ii domain of duck ovotransferrin
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
159
structure length
159
Chain Sequence
SYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHRGDIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATTEQKLCRQCKGDAKTKCLRNAPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGTRQPVDSYKTCNWARVAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Mechanism of Iron Uptake by Transferrins: The X-Ray Structures of the 18 kDa Nii Domain Fragment of Duck Ovotransferrin and its Nitrilotriacetate Complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport
molecule keywords OVOTRANSFERRIN
total genus 45
structure length 159
sequence length 159
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-02-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gv8A00
3S2VA 3IX1A 3T96B 5H8QB 4R6KA 1JW5A 3C32A 4G77A 3VVDA 3LC8A 5H8FB 3V8XB 5AA2A 4ZEIA 1WVJA 4FORA 3O28A 1IZ1A 5CRYA 2GH9A 1B5JA 2HAVA 4H5FA 4HCYA 1NNPA 2RKMA 1P1WA 5FHOA 1SDXA 4H5GA 3CIJA 3PPPA 3T9VA 4NF5B 3VVEA 1B5HA 1US5A 4ISUA 1LCFA 3PD8A 1WODA 4WEDA 1JEUA 1Y4TA 4F18A 1SYIA 4ESWA 4F22A 1XC1A 1B4HA 2NOOA 5DTBA 4LZ7A 5FHMA 2DE3A 3WAFA 1LBCA 1ZLQA 2VP1A 1Y4CA 3FD3A 1OLAA 4U23A 3EHSA 3Q28A 1B51A 1UQWA 3KOTA 1GTKA 2GHBA 4F3BA 5AE4A 4EQBA 1I6QA 4UACA 3V83A 1MY0A 3OSQA 3K00A 1Y9UA 2DE4A 5DVFA 5CMKA 1B3LA 1SW5A 3OO9A 5I2KA 4HCWA 3FV2A 2GHAA 1RYXA 2REGA 1BP5A 1MXXA 3PPRA 1POY1 5H8HB 1JW1A 5TP9A 1FTLA 3MZBA 3ZS6A 2G93A 5EHMA 4YMAA 2Y84A 1ELJA 2XXVA 3MJNA 4OETA 4R73A 3FXUA 1MPDA 2P2AA 5CMBA 1LB9A 1DPPA 4OFLA 2Z8DA 2I0CA 3OEKA 3UN6A 4MF3A 1B4ZA 3TQLA 3ZKLA 1USYH 3K2DA 2DWHA 1A8FA 4XKRA 3RNNA 1MH3A 5DT6A 3TYHA 2UVJA 3PV0E 1IXIA 3IB2A 4ZDMA 1B58A 4ECFA 3EPEA 1MQIA 2XXUA 1MQGA 3M8UA 4EUOA 2PMSA 2XX9A 4DCXA 2KLFA 4GXSB 2O68A 5H8SA 3EHTA 3CFXA 2OCUA 5BUUA 3B6WA 3K6VA 1IXGA 1UTBB 1ZKBA 2UYEA 4DXCA 4ESXA 3DELB 2QL3A 2QSXA 4DDDA 4U21A 4PFYA 4JSOA 3QUFA 1RYOA 3G3GA 5JTYB 2CMOA 4GQOA 1Y1ZA 1UTHB 5JK4A 4F2QA 1YCJA 4F3SA 1II5A 3UIFA 4H67A 2F7CA 3TZAA 3IO6A 4GLIA 2B3FA 1LAGE 3D4GA 3GBAA 4PQJA 4EQ9A 3MVWA 2V3UA 2Y7KA 1JEVA 1A54A 3V89B 2XX8A 2OBGA 2ZYMA 2XXRA 2F36A 1B0LA 2FNCA 3BKIB 3MWBA 4JSDA 4KCDA 1DSNA 4DXUA 5L9OA 2F6PA 3PMWA 3T9HB 1Y20A 2VGQA 1AOVA 1AMFA 1SW2A 3FJMA 4U1OA 3K02A 1DTGA 2RC9A 3C9HA 3KN8A 1GVCA 3ECRA 3B7DA 3MP6A 2F34A 4C0RA 3K6XA 5ITOA 5JEIA 1Y3PA 2RC7A 1NH7A 4JWXA 1MDQA 1HSEA 3S9EA 2Q9TA 4QRZA 4IO3A 5B70A 4YB7A 3PPOA 4FJPA 4ZEDA 4AQ4A 3TTLA 1YPNA 3W15C 2XXPA 2QS4A 3N6UA 3CR9A 2REJA 1FTOA 3H03A 4EXLA 1NKXA 2ALUA 2O1LA 3ILTB 3JZJA 1B1XA 2R9JA 3EF7A 2XD3A 3TKDA 2UXAA 4IGTA 2IA4A 3SKPA 1NMUA 4KFQA 4YKIA 2I58A 1DOTA 1MM7A 2HEUA 3TQWA 4XKPA 2O84X 1XVXA 4GF8A 1LB8A 4OFJA 5H8NA 3FXRA 5B7DA 3OOAA 3A09A 3CSBA 4QFOA 4LATA 3RN8A 3PUXE 2HCAA 5FTHA 2O69A 3M3KA 1H45A 5IKBA 3K0VA 5KZTA 1DMBA 1FTKA 2YLNA 5ITPA 4MLQA 5I2NB 3TCFA 4ZEBA 2DWJA 3SEYA 5I57A 3OENA 3DLNA 2O6AA 1N84A 3T93B 5FTIA 3E9XA 4OEVA 3CI8A 4DCYA 3IB0A 2PBWA 4F29A 2HZKA 2R71A 4X1DA 3VXCA 2NXOA 4I8CA 4G8HA 1OIBA 5DVJA 4DIGA 1JQFA 3UP9A 2Z23A 3FGSA 1EH3A 1MY1A 1CB6A 4DZ1A 4EXKA 3CG3A 3IK6B 3OSRA 1ANFA 3H4ZA 2ZNTA 1FQAA 1H76A 5K2XA 2DE2A 3VLVA 1RKMA 4RPNA 4LZ8A 3IJXB 3RTWB 1MXZA 4PP0A 3IO4A 4R72A 1SD3A 3FJGA 4KYEA 5KCJB 3RQTA 1AIVA 1Z7ME 3THIA 3T66A 1US4A 3QIMA 2I0BA 2B3BA 1N7XA 3CFZA 4FATA 1NL5A 4P0IA 3OO8A 2P0SA 4F31B 1Y3NA 1LAFE 1UIUA 2ZNSA 3H6VA 3TTNA 3CRBA 4R2FA 2O7IA 1PB7A 1MY3A 2LAOA 3IL1B 1FQBA 4N07A 4F19A 2OWTA 4X9TA 1JETA 1EU8A 4ZE8A 4BDMA 3CVGA 1MQHA 3OD7A 1B32A 1A55A 3N5LA 4ND9A 3JV9A 2NVUB 1N04A 3U1OA 4PFUA 4E0XA 4F1UA 3LR1A 1QULA 3IOUA 4I1DA 3HHFA 4IO6A 3RT6B 3IOVA 2Z8EA 3ZKKA 4XKNA 2HXWA 3TFLA 3G3HA 2I49A 3LUYA 4G4PA 3IB1A 3PUYE 1QUKA 4NE4A 3HHGA 3O66A 1NNFA 1FCKA 3QK6A 2A5TB 5ELVA 3E13X 3O6IA 3KSXA 1QVSA 3H6WA 4AB6A 2I4BA 4U22A 3N6TA 5TPAB 3RLFE 4YMBA 1R6ZA 1D9VA 4O3CA 4POWA 4QHQA 1OMPA 1I6AA 3H6UA 2ONSA 4JBZA 2BJJX 3I5OA 4NF6A 2FA7A 2ONRA 1SI0A 2NWJA 2RC8A 2V25A 4GL0A 5I56A 1FTJA 4RK2A 3MPLA 2Y7RA 2H99A 4XTCQ 4TLLB 4F39A 4ELRA 1VFDA 3B6QA 1GGGA 1XVYA 1F9BA 1H3DA 4MH5A 4F1VA 4NWDA 2UVIA 3BFUA 4N6PA 5H8QA 1BKAA 3Q29A 3W9VA 5H8FA 4FAJA 4U4XA 4NWCA 4DXBA 2DSFA 2DYXA 1MXYA 3HSTA 4H8IA 2R6GE 3KJ7A 4THIA 3TTKA 4NF5A 3A3CA 4U4SA 4OYVA 2H25A 4YKPA 3D4CA 4I9DA 2QS3A 4KI0E 2Q2CA 1MPBA 1MXWA 4KCCA 3K6WA 3HCQA 3IORA 3MW0A 3P7IA 3PGFA 4H6DA 4ZECA 5CC2A 4N13A 4EQ7A 1MXUA 5L8DA 1B7HA 2H9BA 1Y3QA 4GWOA 2XXIA 1CE2A 3C34A 1B46A 1P1UA 4LUBA 3OELA 5K2YA 4YKKA 4OHNA 1QKBA 4MBPA 4NMYA 3VFJA 1OVTA 4R6YA 2ANJA 1P1OA 3KGCA 3G3IA 3OMBA 5FHNA 2X7PA 4R75A 1A8EA 5CMMA 4I62A 1NNTA 4LP2B 5H8HA 1MH4A 1MS7A 1AH5A 3C36A 3T22A 3VE1B 3RUMA 3FJ7A 5HBCA 3S9NC 2FYIA 4BLAA 2OWSA 5CI5A 2XXQA 2VD2A 1TFAA 4ZZEA 1LAXA 1AL3A 3DM0A 2ZYNA 1ZU0A 1B6HA 3DP6A 2Q89A 4LZ5A 4IB2A 2OLBA 3TCHA 3FVGA 3GBBA 3PMXA 2Y7WA 1Z7NE 2QS1A 2QS2A 5F1QA 1EZPA 3KEIA 2ESNA 2PVUA 4KYDA 4R9GA 4C1UA 3R7XA 5A5XB 4OQOA 2V93A 3PUVE 1PBPA 4R6HA 2O7UA 2RINA 1LGBC 3WAEA 2AL5A 1N3XA 4U1ZA 3TCGA 3PUWE 2Y7IA 3ILUB 2QJEA 3K4UA 3PPNA 3EHUA 1L5TA 1B7ZA 4G8MA 1UTBA 1B3EA 2DS9A 2I3WA 2XXHA 4FIMA 3TEPA 4ZEFA 5I58B 4F1YA 2O1MA 3QSLA 3I6VA 1PC3A 3PMVA 5JTYA 3OEMA 3F11A 1SYHA 1UTHA 1URDA 3UA8A 3N94A 4FE8A 5A5XA 3U8QA 3DP4A 3KN3A 4QFKA 1IEJA 1S50A 1B5IA 3PD9A 1JVYA 3QXMA 4YZZA 3HV1A 3B6TA 3QYTA 1OQGA 4GIZA 4XKQA 4IO4A 3CG1A 1A99A 2Z22A 2QMXA 2AIXA 2YJPA 3PUZE 4X1BA 1B3GA 3SEWA 2XX7A 5I58A 3SEXA 4AB5A 2OJTA 2G29A 1LBBA 3OO6A 1PDAA 2A5SA 2PT1A 2Z8FA 1PEBA 3SDFA 5HM4B 2Q88A 4LA9A 2ZNUA 4IY5A 4IY6A 3CSGA 5I59B 2Y7PA 3G7WA 3KBRA 5L9MA 2ZYKA 5LOMA 1R9LA 4G68C 3VV5A 2F7AA 1TFDA 1SW1A 4F3GA 1I69A 5AA2D 1XT8A 2XXWA 1LFIA 4KQPA 3VLWA 2DWAA 4KYSA 2PX1A 1QJMA 2DOJA 2DXRA 4ELPA 1BIYA 1GV8A 4E0WA 4OENA 4XXUA 1XHYA 3GXAA 2DXYA 1B9JA 4POXA 5AA4B 3ONMA 5AA3A 3SERA 4M4GA 3RPWA 2D21A 3L6HA 4WKMA 3H3GA 2F8DA 3R6UA 3BBRA 1OLCA 1EZOA 1B1HA 4EF2A 5KDTB 4GFRA 2I6EA 4DLDA 3VDFA 3RY3A 2UVHA 5I2NA 3IAZA 1O64A 5EYFA 5DEXB 4G68B 3QUJA 5M2VA 1LFGA 4TLMB 5ICTA 2M8CA 1HSJA 3LSFB 3TMGA 5CMCA 4HTGA 3FXQA 2X26A 3U93A 4U2RA 3N26A 4GVOA 3K1PA 1IXCA 1SBPA 1PB8A 3M3FA 3R26A 4RXLA 3TUSA 1O63A 3KN7A 4R74A 4FEBA 4XIGQ 5AA2B 3Q26A 1SVXB 3K6UA 4R9FA 3W9WA 3Q27A 2OZZA 1B7UA 1URSA 3BFTA 1LCTA 5KCJA 2QRYA 2XXYA 3A3UA 2F78A 3MZ1A 4OERA 4G68A 1ZJLA 4YU0A 4ZEKA 1T0KA 5EHSA 1SW4A 4L17A 3PPQA 2HAUA 3TODA 2ZXTA 3HN0A 4OEUA 4YKJA 3O29A 4KR5A 4KHZE 3O6HA 4PETA 4Q0CA 3T9XB 1VSOA 3MC2A 4ZE9A 2H4IA 1MRPA 5J1DA 2VD3A 4P11A 1FTMA 4RA1A 4H1XA 4LONB 4K3FA 4QFPA 2OK2A 4WXJA 3MP8A 3U72A 1P1NA 1WDNA 1FQDA 2XHDA 5ICQA 3G3JA 1D3KA 1D4NA 1N3WA 3SESA 1QW0A 3MVYA 5I2KB 4RK9A 2YPNA 1ZIUA 4ZZAA 4YB5A 3ZSFA 2UYFA 2PT2A 1POTA 1R1NA 1ZTYA 4P0GA 1NNKA 5TP9B 2ONKE 3FVNA 1DTZA 4LQ5A 4ELQA 3VVFA 2F5XA 2A5TA 2I3VA 4JWOA 1VR5A 4JXIA 4OTEA 2IEEA 2RCAA 4H65A 4YB6A 3K1MA 1MM6A 2E0SA 3MQ9A 3USDA 5TPAA 4RNSA 4GXAA 3O97A 3KSJA 3TELA 5TU0A 2VHAA 4ELOA 3FVOA 2VOZA 4O3BA 4GRKA 1B2HA 4IGRA 4OXVA 3FATA 4BDLA 1M5BA 4M1VA 3UK4A 3GZGA 3H6TA 1DPEA 1MPCA 1YTVA 5CBSA 4YICA 3G3KA 2CZLA 1QUIA 1B05A 3KFMA 1JVXA 3HO7A 4DE8A 3KOSA 1B52A 2F6GA 4ZS9A 4RY1A 1EZ9A 3IR1A 3IJOB 1QKAA 2AL4A 2DQVA 4PE5B 3O6GA 4QSDA 3TAJA 3DP8A 1MQDA 4O3AA 3T9UA 3G3FA 1N76A 4QSEA 2HQ0A 3FASA 4OWDA 5CM6A 3HPIA 4OESA 1S7YA 1URGA 3RTFB 2WKYA 4R2BA 3SEUA 1LFHA 3MVZA 4KD5A 2PYYA 3AXFA 1FQCA 1USYE 3MUQA 2XXXA 2E1SA 3S4UA 3C35A 3K1NA 1IIWA 1OVBA 4PFTA 1FQFA 3IOTA 1BLFA 4QSCA 1P1QA 1XOCA 5BWJA 5DYHA 1VFEA 4QFLA 4JB7A 3TTRA 4TOZA 4GD5A 4KPTA 1ZBMA 1Y1MA 1TXFA 4FECA 3ODBA 1D9YA 2V3TA 3TDJA 4OZ9A 3KZGA 3GLBA 3LSWA 1B3HA 4NF8B 1IUDA 3VLUA 1MXVA 3PU5A 2X7QA 2XXTA 3UORA 4LVQA 4BDNA 1IQ7A 3O2AA 1IITA 4H8JA 3I3VA 1IXHA 1B0HA 1N7WA 3S9LC 1O7TA 4MFIA 5ISUA 4JWYA 5DVIA 2Q2AA 3UGWA 4NF4B 3C33A 1JW4A 3MP1A 4TQUQ 2I48A 5HPQA 3S9MC 1JNFA 1M5CA 2DVZA 1UIVA 4BDQA 1LLSA 5AA1A 1H43A 4NF8A 4OVJA 4Q8RA 2HZLA 3JYRA 4IO5A 4X48A 3RT8A 3VXBA 1B3FA 1VE4A 2RCBA 5H8NB 3FUZA 3LSLA 1XS5A 1SQYA 4OFOA 3RGYA 5I57B 3H06B 3FZVA 4NTLA 4NF4A 4Q30B 4PFWA 4ONYA 1LAHE 4RJZA 1Q35A 4BDOA 5I84A 1ZMGA 3KG2A 3K01A 1YAEA 2V84A 4QFNA 4EDPA 1M5EA 3TTMA 1MQJA 1LSTA 2GRVA 1BTJA 3V5AA 4LQ2A 2V3QA 3EN3A 4F2OA 4YAHX 2UVGA 2ABHA 4WEPA 4OMBA 3L6GA 4GOTA 1M5DA 2B65A 2QPQA 2GFEA 2I4CA 4HS7A 2DWIA 3MBPA 5F7VA 2RF1A 4H0WA 1ATGA 3FIRA 1P99A 3SEVA 3SETA 4Q5TA 1NFTA 3FV1A 1N0TA 1MY4A 4F3PA 4RPOA 5IAIA 5L9SA 5I59A 3MPKA 4IO7A 1GR2A 2THIA 2AYSA 2D5WA 3E4RA 4FEDA 4BDRA 2DP8A 3MVXA 2F7BA 3E3KA 2QMWA 4RYAA 2D3IA 1Q1KA 3QAXA 3C4MA 1S9TA 3O9PA 2F35A 4UA8A 2XD2A 4Z7EA 3LSXA 2P1SA 4QF9A 1HSLA 4NEDA 4IO2A 4MLVA 3C31A 4G2ZA 2ZYOA 3LBSA 1PB9A 3H7MA 2Q8JA 5AA4A 3EQ1A 4HW8A 2HFBA 1QUJA 1FW0A 2NUVA 1H44A 4JDFA 2F97A 3MAMA 3M3LA 1M5FA 3OXNA 3KJTA 3CFLA 2DVCA 2H98A 3OO7A 3Q25A 4EF1A 5KDTA 1FQEA 1MY2A 2ZMBA 1J1NA 4G8NA 1I6BA 1TWYA 5DEXA 5CBRA 4NF6B 1OQHA 2W7YA 1R9QA 4GL8A 1PBQA 4Z0IA 3IOWA 1KWHA 5I56B 2O51A 4C1TA 3TPAA 1A7LA 2H5YA 1A40A 3U92A 1NH8A 1MG1A 3U94A 3FVKA 1B40A 1MDP1 1SI1A 1TT1A 3MZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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