1I6QA

Formation of a protein intermediate and its trapping by the simultaneous crystallization process: crystal structure of an iron-saturated intermediate in the fe3+ binding pathway of camel lactoferrin at 2.7 resolution
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
ASKKSVRWCTTSPAESKKCAQWQRRMKKVRGPSVTCVKKTSRFECIQAISTEKADAVTLDGGLVYDAGLDPYKLRPIAAEVYGTENQPQTHYYAVAIAKKGTNFQLNQLQGLKSCHTGLGRSAGWNIPMGLLRPFLDWTGPPEPLQKAVAKFFSASCVPCVDGKEYPNLCQLCAGTGENKCACSSQEPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKDSTVFESLPAKADRDQYELLCPNNTRKPVDAFQECHLARVPSHAVVARSVNGKEDLIWKLLVKAQEKFGRGKPSAFQLFGSPAGQKDLLFKDSALGLLRIPKKIDSGLYLGSNYITAIRGLRETAAEVELRRAQVVWCAVGSDEQLKCQEWSRQSNQSVVCATASTTEDCIALVLKGEADALSLDGGYIYIAGKCGLVPVLAESQQSPESSGLDCVHRPVKGYLAVAVVRKANDKITWNSLRGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGPLFKDTDSCRFDEFFSQSCAPGSDPRSKLCALCAGNEEGQLKCVPNSSERLYGYTGAFRCLAENVGDVAFVKDVTVLDNTDGKGTEQWAKDLKLGDFELLCLNGTRKPVTEAESCHLPVAPNHAVVSRIDKVAHLRQVLLRQQAHFGRNGEDCPGKFCLFQSKTKNLLFNDNTECLAKLQGKTTYDEYLGPQYVTAIAKLRRCSTSPLLEACAFLMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Protein intermediate trapped by the simultaneous crystallization process. Crystal structure of an iron-saturated intermediate in the Fe3+ binding pathway of camel lactoferrin at 2.7 a resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
molecule keywords LACTOFERRIN
total genus 171
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-03-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6qA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6qA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6qA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1i6qA03
5CMMA 1EH3A 5AA1A 3SERA 3RTFB 1B1XA 4GOTA 1PB9A 2BJJX 4XIGQ 5ICQA 1QUKA 3DELB 3MW0A 4QRZA 2UVJA 4FEBA 4PP0A 1A8EA 1B40A 1SW4A 3PU5A 1LAHE 3U72A 3UIFA 5CC2A 1NNPA 2AL4A 4I8CA 1DPEA 3D4GA 1SW5A 3K0VA 4TLLB 5CMBA 1LB9A 4BDMA 4QFNA 2QS1A 5K2XA 1VFEA 3H03A 3THIA 3FV1A 3HHGA 4U4SA 3DM0A 1P1QA 4KHZE 3TZAA 2DWIA 3TQLA 1Y4TA 4KPTA 3FVOA 4E0WA 2O1MA 1B0LA 3PUYE 1H45A 1BP5A 2F34A 1PB8A 2GHAA 1WDNA 2M8CA 3EN3A 2OWSA 1BKAA 2Y84A 1R6ZA 3DP4A 2RC8A 4U23A 1MY3A 1H3DA 3HO7A 4ND9A 1XOCA 4RNSA 3QK6A 2H4IA 3OELA 3H7MA 3ILTB 1ATGA 4YICA 3ZS6A 4AB5A 3PPQA 3S9EA 3CI8A 3LSXA 1FQEA 4YU0A 2YLNA 1Y9UA 4O3BA 4P11A 3KGCA 4KD5A 4Q30B 4U2RA 5AA2B 4X1DA 1P1NA 1LGBC 2I4CA 5I57B 3OEKA 3FJGA 2Y7WA 2UYEA 1B58A 4NF4A 3CIJA 5DVIA 3ILUB 5AA4B 2DVZA 2G93A 3O29A 3OMBA 5EYFA 3OEMA 1YCJA 1FTLA 3GXAA 4OTEA 1YAEA 4ZS9A 4LONB 3QUJA 1AL3A 3RTWB 1US5A 3EHUA 3MZBA 3K2DA 1SBPA 4QSDA 2Y7IA 4H5GA 1MXYA 1ANFA 3FVGA 4I1DA 1P99A 1JW5A 2H98A 4OVJA 5ITOA 3TCGA 5CMCA 2XD3A 3OXNA 2O7IA 3TTLA 2F7BA 2OCUA 3C9HA 3OD7A 4LQ2A 4RY1A 3MZ1A 4THIA 3R7XA 2ANJA 4K3FA 1QJMA 4FE8A 3K6VA 3VE1B 2UVIA 3FXUA 2KLFA 3OO6A 4F29A 3T96B 3VLVA 3GBAA 1USYE 4N13A 1B46A 1DMBA 5DVJA 1H44A 4LZ5A 3MJNA 2VGQA 1DSNA 2I3WA 1MH3A 4JWXA 1Q35A 2ONKE 4R74A 4G68B 1NH8A 4IGRA 4XKQA 3LC8A 5A5XA 3TTRA 4NTLA 1IEJA 1PC3A 1I6BA 4ISUA 4HCYA 1A7LA 3H6TA 1N84A 3VLUA 2RC9A 3S9LC 1RKMA 2XXQA 3O9PA 1QW0A 5BWJA 4F3BA 3UGWA 4P0GA 5HPQA 2AIXA 4ELRA 2XX7A 3EF7A 4H8IA 4DXUA 2I3VA 4G77A 2NWJA 3FVNA 5EHMA 2R71A 1JNFA 3DLNA 1O63A 2RCAA 3TUSA 1AOVA 5HBCA 2PT2A 5HM4B 1LAXA 1N76A 4RPNA 4JSOA 4O3AA 3O66A 3SESA 3MP6A 1MQJA 1FQCA 3O2AA 1UQWA 1NFTA 1MS7A 4JXIA 3G3HA 4HCWA 3FVKA 1POTA 1ZU0A 2AYSA 5AA2D 4TQUQ 4ELOA 1Y1MA 1PDAA 3G3IA 2ZYMA 1ZBMA 4YKPA 4KYEA 1B0HA 3GLBA 2Q9TA 1JW1A 2HZLA 3D4CA 1UTHA 1HSLA 2F5XA 2O51A 2O84X 4ZEDA 3ECRA 4R73A 1XS5A 1CE2A 3K1PA 3K02A 2VP1A 5I56B 5JTYA 3O6IA 4RK2A 3E9XA 4MBPA 4BLAA 4YB5A 3QXMA 3OO9A 3PUXE 5I84A 2O1LA 2NXOA 3HV1A 1LCTA 5H8NB 1N7XA 1XVXA 1MY0A 3O97A 5L9OA 1FTJA 1Y20A 4R72A 2ZYKA 3KN8A 3LUYA 3N94A 3W9VA 4FORA 4QF9A 1JEUA 1LLSA 2F36A 3RLFE 1TT1A 3TTNA 2HXWA 4KCDA 1PBQA 2XXPA 1LFIA 1P1WA 2H5YA 3T9HB 4NF6B 3KN7A 4LUBA 1SYHA 1IXCA 3BKIB 1D3KA 2VD2A 2UVGA 1VR5A 2H99A 2OBGA 1SYIA 1YPNA 4MLQA 4Q8RA 5CMKA 1EZ9A 4G8NA 4LATA 4F22A 3RN8A 4DCYA 3PV0E 3S4UA 4LA9A 1Y3QA 2D3IA 3RPWA 2I0BA 4MLVA 3KOTA 3A3CA 1UIVA 2QPQA 3G7WA 3O6HA 4DZ1A 4Z0IA 1GTKA 5H8FA 3C33A 3IO6A 3MP8A 2RC7A 1UTBB 4EXKA 1OVTA 3V5AA 2DP8A 1NNKA 4IO5A 2GHBA 4RA1A 2V3TA 2XXHA 4OHNA 2DQVA 3C35A 4QFOA 3K4UA 1IXGA 3PPOA 3G3GA 4H1XA 2NOOA 3K6XA 3OENA 1O64A 2P2AA 2RCBA 3M3FA 2Z8DA 1IUDA 2WKYA 5I58B 2B65A 1EU8A 2DWAA 4TLMB 2Y7RA 3LSWA 1NMUA 2REJA 3IK6B 1B32A 2PYYA 4QFLA 1OMPA 4GD5A 1VSOA 1URSA 2F6GA 5KZTA 5CM6A 4F3GA 5TU0A 4OZ9A 4NWDA 1L5TA 2NVUB 2ONRA 4MF3A 3EHTA 1JVXA 5F7VA 4G2ZA 2Q88A 1EZPA 4EDPA 3N6TA 4EQ9A 4JSDA 3CSBA 5ISUA 1H76A 4M1VA 4R9GA 1D9YA 1TFDA 5FHMA 3IJOB 1SDXA 3BFTA 3I5OA 1BLFA 1FTKA 3AXFA 3H6WA 4NF8B 4F1VA 3G3KA 1JQFA 3FJ7A 5H8HB 3MVWA 1SW2A 1BTJA 4U22A 4OENA 5ICTA 2HFBA 3PD9A 4ZEFA 4ESXA 1LAFE 5KCJB 4YB6A 2QRYA 5IAIA 3WAEA 3KEIA 3VVEA 1NNFA 3KG2A 4YMAA 4U1ZA 3M3KA 4UA8A 4MH5A 4PFUA 5ITPA 4H8JA 3FJMA 5L8DA 4OEVA 2I48A 5I2KA 1LFHA 2F35A 1XT8A 1IXHA 5JK4A 2XHDA 3U94A 2E0SA 1PEBA 3IB0A 3MVYA 5TPAB 2DSFA 4PE5B 3RY3A 3LBSA 1B4HA 3VLWA 2REGA 2XXIA 3L6GA 3HHFA 3G3JA 4OQOA 3TMGA 3JYRA 3TQWA 3FV2A 1B3HA 3S2VA 1M5FA 1LFGA 3TTMA 5AA3A 4TOZA 3BBRA 1IXIA 4KI0E 4RK9A 1D9VA 1BIYA 3SEWA 4ZZEA 5H8SA 4FIMA 4QSEA 5FHOA 5I58A 4NE4A 2D5WA 4R6YA 5FHNA 3ZSFA 2XXYA 5I59B 1OLCA 2ABHA 2I58A 3Q27A 1I6AA 3FUZA 2F7CA 2A5SA 3MQ9A 1R1NA 4PFWA 2I6EA 3CFLA 2Z22A 1RYXA 4JBZA 1B4ZA 2AL5A 1ZKBA 4NEDA 4XXUA 5AE4A 3M3LA 4POXA 2X7PA 1P1OA 3Q28A 4IGTA 4IO2A 1MY4A 1GGGA 1MDQA 4OYVA 3T66A 2UXAA 3T9XB 2DXRA 3RT8A 3RUMA 4N07A 2CZLA 4ZDMA 4RPOA 3IL1B 3HN0A 1FQFA 4IO3A 2DWHA 4C0RA 1DTGA 5CBRA 3N26A 3USDA 1N3XA 4ECFA 1MH4A 4P0IA 1B52A 2YPNA 3KSXA 1MY1A 1ZLQA 4F2QA 2QS4A 1SQYA 1P1UA 1DTZA 3QUFA 4GVOA 3VV5A 2DXYA 4QHQA 4R2BA 4F1UA 1XHYA 5I2NB 1FTOA 3PPRA 4FJPA 3U8QA 5TP9B 1QUIA 3N5LA 3DP8A 2Y7PA 4IY5A 4EUOA 4X9TA 3FGSA 4RJZA 3TTKA 3O28A 3KZGA 3V8XB 4AB6A 2DE3A 5AA2A 3V83A 1B7UA 3MPKA 2VHAA 3LSLA 4NF5B 5I57A 3CSGA 3QYTA 3TELA 4ZE8A 1LB8A 2PBWA 4OXVA 4YZZA 5L9SA 1EZOA 5AA4A 5H8QB 2UVHA 4YKKA 3MUQA 4U21A 2E1SA 1GVCA 1NL5A 3CG3A 5L9MA 5KDTB 1WODA 3KOSA 3IX1A 3UK4A 1YTVA 4M4GA 2ZNUA 1N0TA 4ELQA 3TYHA 3VXBA 2VD3A 4YB7A 4GRKA 4N6PA 3C32A 4F19A 1KWHA 1NH7A 3F11A 3RQTA 4ZE9A 2F7AA 4I62A 4GXAA 3KJTA 3P7IA 1A99A 3Q25A 3E3KA 4GXSB 1J1NA 3K6UA 2DS9A 2Z8EA 3K1NA 3R26A 1AIVA 2Y7KA 4OESA 1QKBA 4C1TA 3EQ1A 1O7TA 2FYIA 1MPBA 1VE4A 4AQ4A 4G68A 2GH9A 5F1QA 1MQGA 2FA7A 3U93A 1TWYA 4YAHX 3HSTA 3MZ9A 3RNNA 4ZECA 3PMXA 1B5JA 1JVYA 1I69A 3TFLA 2XXXA 5LOMA 2W7YA 1QULA 4JWYA 1B7HA 2OWTA 4EF2A 3CRBA 4OMBA 1IZ1A 2R9JA 1SI0A 3JV9A 1JETA 2FNCA 3IOUA 4NWCA 3EHSA 1IIWA 3ODBA 1D4NA 3QAXA 3KFMA 1Z7ME 3PUWE 1I6QA 3B7DA 1SVXB 4EXLA 3TDJA 2H9BA 3B6WA 4X1BA 3OOAA 3HPIA 1OIBA 2D21A 1OVBA 3U92A 3PPNA 5CI5A 4G8HA 4FATA 1SI1A 2O7UA 3PPPA 4EQ7A 1GV8A 1S9TA 4QFPA 3C34A 2VOZA 5DEXB 4F3SA 1QUJA 2O6AA 3IB1A 2O69A 5B7DA 1PB7A 4KCCA 2PMSA 4F18A 4O3CA 3KJ7A 2UYFA 4IO6A 1LBBA 4NF4B 3K6WA 1S7YA 4WKMA 2OZZA 2DE4A 3GZGA 3DP6A 5I56A 3MVXA 1XVYA 4OFOA 4OFJA 3QIMA 3S9NC 2XXWA 2GRVA 4H5FA 4XKRA 2DVCA 5H8NA 3PMVA 2Z8FA 4QFKA 4EQBA 3CFZA 4XTCQ 4DIGA 1MXWA 2V25A 2HAUA 5BUUA 1LCFA 3H06B 4OFLA 2DWJA 5ELVA 1OQGA 4G68C 1MQHA 2ONSA 1B9JA 1UIUA 4F3PA 3C36A 1XC1A 2F8DA 2F78A 1PBPA 4XKPA 2RKMA 3VDFA 1FTMA 1CB6A 2QSXA 3MBPA 4NF6A 2IEEA 3SETA 3TEPA 4ZEKA 3H6UA 4Z7EA 1OLAA 3IO4A 4DDDA 4ONYA 3PD8A 3O6GA 5A5XB 5DT6A 3LSFB 5EHSA 3TODA 5CRYA 4H67A 3OO7A 1US4A 4YKJA 3WAFA 1GR2A 2P1SA 3EPEA 1OQHA 3R6UA 3IOTA 2XXVA 1FW0A 1UTBA 3TPAA 3VVFA 2X26A 3QSLA 2ZNSA 1A8FA 3LR1A 5DEXA 1VFDA 4GL0A 1Q1KA 2R6GE 1N04A 1SW1A 4JDFA 4ZEBA 1R9QA 2OJTA 4KQPA 4BDNA 2B3FA 4G8MA 1MXUA 4YMBA 2XXTA 2ZXTA 4RYAA 3A09A 2P0SA 4WEPA 2HEUA 5IKBA 4F39A 2I49A 4PFYA 3OO8A 2PX1A 4BDQA 1MY2A 3CVGA 2Q2AA 1DOTA 5FTHA 3B6TA 2Q89A 4ZEIA 5JEIA 3OSRA 3B6QA 4GF8A 5J1DA 1Y3PA 3PUVE 1F9BA 2QS2A 1UTHB 2Q8JA 3UA8A 1RYOA 4U4XA 3N6UA 1MQDA 2G29A 4IY6A 1NNTA 4IO7A 4F31B 3W9WA 5JTYB 3K1MA 1FQDA 3CG1A 1MDP1 3MP1A 1B3FA 2V3UA 4G4PA 3E13X 3W15C 3SKPA 4NMYA 1SD3A 4R9FA 4RXLA 1II5A 4IB2A 2V84A 4HTGA 4BDLA 1MQIA 1IITA 4LP2B 3G3FA 4R2FA 3FIRA 5DTBA 3GBBA 4DXCA 4NF8A 4BDOA 2ALUA 5H8HA 3SDFA 1URGA 4C1UA 3UN6A 4HS7A 3ZKKA 1FQBA 4ZZAA 3T22A 3PUZE 1MXXA 3FATA 5KCJA 1QKAA 5B70A 1NKXA 3SEVA 2H25A 4GLIA 2ESNA 4JWOA 4R6KA 5K2YA 1B1HA 4FEDA 3CFXA 1QVSA 1B3LA 1M5CA 2OK2A 4GL8A 3TCFA 1ZTYA 1USYH 2ZMBA 1MPCA 3VXCA 3I3VA 5M2VA 3BFUA 1M5EA 1N7WA 1A40A 1B5IA 4WXJA 4DXBA 1TXFA 5TPAA 2GFEA 4OWDA 3A3UA 1JEVA 3T9VA 2A5TB 4OEUA 1Z7NE 1URDA 4R75A 2F6PA 2CMOA 4YKIA 2LAOA 1B2HA 5H8FB 3IJXB 3RT6B 3K00A 1MXVA 4GFRA 2NUVA 4R6HA 4DCXA 2B3BA 1DPPA 2ZNTA 3Q29A 1ELJA 4WEDA 3ZKLA 3MC2A 4U1OA 3S9MC 4KFQA 2HCAA 3KN3A 2HAVA 4GIZA 1ZJLA 1TFAA 1R9LA 3HCQA 1M5BA 5I59A 4LQ5A 1A55A 4OERA 3UORA 3FZVA 1MM6A 2XXRA 4Q0CA 3C4MA 5DVFA 2DYXA 4UACA 4PQJA 3M8UA 2X7QA 3FD3A 4LZ8A 2RINA 1HSJA 2Q2CA 3IORA 1T0KA 2O68A 4ELPA 3JZJA 1B7ZA 4FAJA 1MM7A 4L17A 5DYHA 2ZYNA 1Y1ZA 1WVJA 3T93B 3H4ZA 3U1OA 1LBCA 3L6HA 4Q5TA 3TKDA 4H65A 3T9UA 2OLBA 4PETA 3CR9A 3FXRA 4GQOA 1AH5A 1AMFA 2XX9A 1B3EA 3FASA 2DOJA 4F2OA 1MPDA 4I9DA 1Y3NA 3IB2A 3H3GA 3IOWA 3VVDA 3FXQA 4HW8A 2PVUA 3SEXA 4DE8A 3OSQA 1Y4CA 1LSTA 1N3WA 2XX8A 4H6DA 1JW4A 1A54A 4F1YA 3IR1A 2XD2A 2YJPA 1ZIUA 2IA4A 1IQ7A 4IO4A 3PGFA 2V3QA 4KYSA 1B5HA 4DLDA 3TCHA 4KR5A 4X48A 2I0CA 4XKNA 3KSJA 4PFTA 1MRPA 3TAJA 1B05A 5I2NA 3MPLA 2QJEA 3SEYA 4FECA 4LZ7A 2DE2A 1FQAA 3IAZA 5TP9A 3ONMA 3K01A 3VFJA 1B6HA 1LAGE 2QS3A 3RGYA 3MVZA 4QSCA 2XXUA 2PT1A 2I4BA 1B3GA 5CBSA 4KYDA 3H6VA 1POY1 4NF5A 3MAMA 2THIA 1B51A 4H0WA 4POWA 3V89B 3KBRA 2A5TA 2QMXA 3IOVA 2F97A 4JB7A 5H8QA 3MWBA 2ZYOA 3I6VA 2HQ0A 5I2KB 2QMWA 1FCKA 2RF1A 1M5DA 3E4RA 4EF1A 1S50A 2V93A 4MFIA 4E0XA 5FTIA 5KDTA 1H43A 1MXZA 2Z23A 4BDRA 3Q26A 3SEUA 1MG1A 3C31A 4GWOA 4OETA 2HZKA 3UP9A 1ZMGA 4LVQA 2QL3A 1HSEA 3PMWA 4ESWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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