1JQFA

Human transferrin n-lobe mutant h249q
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSQTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand variation in the transferrin family: the crystal structure of the H249Q mutant of the human transferrin N-lobe as a model for iron binding in insect transferrins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords TRANSFERRIN
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA02
1H3DA 4G77A 3CI8A 1J1NA 4X48A 4F1YA 1P1QA 2Z23A 3FVNA 2OLBA 4O3CA 4LP2B 4YKPA 4F3BA 1LAGE 3H7MA 3ILUB 3T93B 4XKRA 1NKXA 3MQ9A 1B7ZA 3IB0A 5CBRA 1B32A 3QK6A 3RLFE 4P11A 5K2XA 1Z7NE 4KCDA 1LGBC 2E0SA 2DYXA 2CZLA 2O69A 1SI1A 4ESWA 3GXAA 3VXBA 1MH3A 4HCWA 3LSLA 4GL0A 1BP5A 3OXNA 4ISUA 3IO4A 1SBPA 4F18A 2VGQA 3G3IA 1SW2A 3RGYA 3SEXA 3LUYA 3S2VA 2B3FA 3TTKA 1ZU0A 4H5GA 2RF1A 4G8HA 4ND9A 5IAIA 3SETA 3BBRA 2RC8A 3G3FA 1FCKA 1R6ZA 2P0SA 1FTJA 2HCAA 1Y20A 4EQ7A 1B40A 4F31B 1B5JA 4R6HA 4F1VA 2PT1A 1M5BA 3JZJA 4NF4B 2F5XA 3Q26A 4QHQA 1B3EA 2E1SA 5BUUA 1Y4TA 3KZGA 5CM6A 3RTFB 1VE4A 4H8IA 3U92A 2XXXA 1N7WA 1LBBA 1BKAA 4YKKA 2ZYOA 3SDFA 5JEIA 1S7YA 1TFDA 4YB5A 2REJA 1UTHB 3K02A 4R73A 3IO6A 5FTIA 2FNCA 5I56B 1FW0A 3MVXA 3HSTA 5I2KB 3TUSA 3C9HA 3MVZA 3L6GA 3MP8A 3K6UA 4KHZE 1FTOA 1BLFA 4JWXA 3FVGA 5AA4A 1B3FA 3PUYE 1T0KA 1MQIA 4ELPA 4U4XA 1POTA 3MWBA 5KDTA 1US4A 4FECA 1LFIA 2R71A 4DXUA 3K00A 2OJTA 2UVGA 3M8UA 1MQHA 2H25A 2AL4A 5I57B 4RYAA 3H6WA 3D4GA 3FZVA 5DVFA 4KD5A 5EHMA 3BKIB 3WAFA 1B0HA 3FXQA 3IORA 1RYOA 3B6QA 4EXKA 3PPNA 3KG2A 3H3GA 2HAVA 1H44A 3IJXB 3MAMA 4I9DA 1EH3A 2LAOA 2ONRA 3N26A 4DCYA 4E0XA 2DS9A 4R9FA 2RKMA 2ZNTA 4U4SA 1OQHA 3C32A 4X1DA 2GFEA 5I59B 4PFTA 2ONSA 3V8XB 2O6AA 4F2QA 1O64A 1DOTA 5KCJB 5CMBA 4KYEA 1AOVA 1MS7A 4HW8A 1GR2A 4LONB 4AB6A 2Q8JA 3GLBA 2M8CA 4WXJA 2Z22A 2DSFA 1JVXA 4OERA 4OQOA 1I6BA 3JYRA 3TFLA 3MVWA 4DZ1A 4IO6A 3CRBA 4BLAA 4G68A 2ZYMA 1HSEA 2P1SA 4EUOA 1Y9UA 1MXZA 3MPLA 5AA3A 1M5DA 3ZKKA 3TPAA 1D9YA 3PPRA 2I3WA 3IL1B 5H8HA 3GBAA 3BFUA 5CRYA 3PV0E 1IXHA 3EHTA 5H8NA 4KFQA 5IKBA 4N13A 3M3KA 4ELQA 5HPQA 3IK6B 4KR5A 3VVEA 2DE4A 3IOWA 3TQWA 3RQTA 2XXQA 2V3UA 3K01A 4L17A 1VSOA 3QUJA 3RUMA 2H9BA 3TTMA 3RN8A 1QKBA 2OBGA 4U1OA 4OENA 2RC9A 3TAJA 3IR1A 3ECRA 4XKPA 3FVOA 1M5FA 4OWDA 2I0BA 4YICA 5KZTA 4C0RA 3OO8A 1LAFE 4IO7A 5ITPA 4WEDA 2NXOA 4F22A 2Y7PA 1MQDA 1WVJA 1II5A 2FA7A 1XVYA 3VLVA 3R26A 3KOTA 3RT6B 3C4MA 3LBSA 3N6UA 1QVSA 4EF1A 3W9WA 4NEDA 3PUWE 3QAXA 4UA8A 1M5EA 3PPOA 5DT6A 4LVQA 1A7LA 5DTBA 4JSDA 1FQBA 4IB2A 1MY4A 3V83A 3CFZA 3SEUA 4IO4A 1SD3A 1PB8A 3H6VA 3R7XA 1JW1A 3CIJA 2DWIA 3MW0A 5TP9B 4YZZA 5BWJA 3VDFA 4NE4A 4RY1A 1MQGA 1IUDA 5TPAB 3I5OA 4Z0IA 1LBCA 4MLVA 4Q30B 3T9UA 4GXAA 3IB2A 5FTHA 4TLMB 1HSLA 4ZEBA 3EHUA 3C34A 3ZKLA 1A8EA 3L6HA 5I2NA 1USYE 4NMYA 2RCAA 1Y3PA 1GGGA 3USDA 3UORA 2UYEA 1I69A 5AA2D 4O3BA 1PBQA 3S9MC 2O1MA 1TXFA 1M5CA 4OFJA 5ISUA 1LB8A 1XS5A 3PPPA 3VE1B 4FORA 4QSDA 2KLFA 4M4GA 1N04A 4IY6A 1FTMA 3PD8A 5CMKA 2Q2CA 2DWAA 5L8DA 4OEUA 3KOSA 2I0CA 2VHAA 1H76A 4C1UA 1DSNA 4OESA 2DQVA 4ZE8A 3TTLA 4Z7EA 1MXVA 1XC1A 2H98A 2ESNA 2Y84A 1ZTYA 1LAXA 4PFUA 3V5AA 3EF7A 1TWYA 3C31A 2H4IA 3C36A 3G7WA 3LR1A 3TCGA 3DM0A 3FJ7A 3EQ1A 5ICQA 4TLLB 1ZBMA 4QSCA 2IEEA 2UXAA 3KGCA 4ESXA 4U22A 4GVOA 1NH7A 4I62A 3O29A 4DXBA 1EU8A 2V3QA 3W15C 2HQ0A 2ZYNA 5I2KA 3A09A 2GHAA 3K2DA 2XXRA 1QJMA 1UTBB 2QJEA 5AE4A 3U94A 4GQOA 2DXYA 3DLNA 1QKAA 1A54A 1Y3QA 4EDPA 1B3LA 4H1XA 1OVBA 4NWCA 3S4UA 4H6DA 3CVGA 3FXRA 5L9MA 2ALUA 1SI0A 2QL3A 1FTKA 1DPEA 5I57A 2GH9A 3H06B 3SEYA 3PGFA 2CMOA 1YAEA 4DXCA 3HHFA 2FYIA 1QUIA 3G3KA 4I1DA 3TTNA 1MDQA 3KN8A 3Q25A 4F39A 3FV2A 4JSOA 3ONMA 1B58A 1SVXB 3U1OA 2HZKA 2QRYA 3GBBA 4BDNA 4R9GA 4YMAA 2OK2A 1EZOA 3HO7A 4PFYA 5I59A 4KCCA 4R6YA 1P1UA 2Z8EA 1AIVA 2I58A 4RK2A 3SKPA 3HV1A 4OVJA 2ONKE 2H99A 5A5XB 3O6IA 1Y1MA 4IGTA 1Y3NA 2Y7KA 1EZPA 4NF5B 1SW4A 3C33A 4LZ7A 2ZYKA 1IEJA 1R9LA 1IXIA 1YCJA 3FIRA 4PETA 3PMVA 1PEBA 2AYSA 2XXVA 4QFNA 4BDOA 5FHNA 4QSEA 4MH5A 4OFLA 1GTKA 3CG1A 1YPNA 2ZNUA 1JW4A 3MP1A 4WKMA 3OO9A 3JV9A 2PBWA 1UIVA 4LZ8A 4ZEDA 4NF8B 2DXRA 1N84A 1B7HA 1D9VA 4GD5A 3GZGA 1L5TA 4PE5B 1S9TA 2XXHA 3N5LA 4GRKA 5JK4A 4ZS9A 2O51A 2QPQA 2HZLA 4R6KA 1VR5A 2DE2A 4HTGA 2HXWA 4NTLA 1DMBA 1B1HA 2UVIA 1MXYA 3MBPA 4XIGQ 4AQ4A 4ZECA 2RINA 5ELVA 5LOMA 1JQFA 2NVUB 3HCQA 3TQLA 3E9XA 3U93A 2X7PA 3S9LC 2OWTA 4OXVA 3ILTB 4IO3A 3T9XB 1IZ1A 2ZXTA 2PT2A 2XXIA 4QFKA 2GRVA 2F6GA 3EPEA 3E4RA 3F11A 4DLDA 1LSTA 3T66A 1NNFA 4N07A 5ICTA 4YB7A 3TEPA 3K1NA 3FUZA 2YPNA 5L9OA 1BIYA 3K0VA 1H45A 3PU5A 1MXWA 2DWHA 1F9BA 3PMWA 1OIBA 2QS1A 3N94A 1FTLA 2P2AA 2NOOA 3B6WA 3Q27A 1B3GA 4X1BA 5DEXB 1FQDA 4UACA 5H8FB 3RNNA 3MJNA 2XXUA 2XX9A 3FD3A 3TKDA 3HN0A 4KI0E 5K2YA 5TPAA 4H5FA 2F97A 4F3GA 3BFTA 4Q8RA 2UVJA 1O7TA 1OVTA 1MM6A 2QSXA 3KN7A 2XX7A 3SERA 3RTWB 3ODBA 3IB1A 3P7IA 1AMFA 1PB9A 5KDTB 4EQ9A 3S9NC 3MVYA 5H8QB 4FATA 4WEPA 1R1NA 4X9TA 3PPQA 2YJPA 1IIWA 4YAHX 1A99A 3KSJA 1NNKA 1N3WA 2F8DA 1MY1A 2A5TB 3OO6A 4G68C 4PFWA 2AL5A 1UQWA 2DOJA 2HEUA 1POY1 4ZEIA 3PMXA 3T9VA 1GV8A 3VLWA 3W9VA 4YMBA 1NH8A 4G2ZA 1JW5A 2Z8FA 1S50A 2I3VA 4ZZAA 2UYFA 3TCHA 2Y7WA 1USYH 4NWDA 4ZZEA 3B7DA 2I6EA 4H8JA 4G8NA 2V25A 1B9JA 4FIMA 2F7BA 1Y4CA 1EZ9A 3FASA 2Q89A 4F19A 4GIZA 4IGRA 2PVUA 4H65A 5TU0A 5B7DA 2RCBA 3MZ9A 4M1VA 3EHSA 3IOVA 2QS4A 1ATGA 4O3AA 4DDDA 4TQUQ 4R75A 4RPNA 2F7AA 4GWOA 1B1XA 3VVFA 3HHGA 3VFJA 1IQ7A 3UN6A 4E0WA 4OEVA 2DE3A 3QYTA 1P1WA 4ZEFA 3KJTA 1WODA 2ZMBA 1H43A 2F78A 1DTGA 3M3LA 3OEMA 5I84A 1ZKBA 4NF6B 1URGA 2THIA 5H8HB 4K3FA 1NFTA 3TMGA 2B3BA 3D4CA 1B4ZA 5I58B 1FQEA 2DVCA 3FV1A 5JTYB 1NL5A 4FJPA 1TT1A 4OMBA 1SQYA 3DP6A 1MY0A 2DP8A 2F7CA 2O7IA 3SESA 4GF8A 1MXUA 2PX1A 4P0IA 1QW0A 4RJZA 2DVZA 3SEVA 2R9JA 4YKJA 3R6UA 3A3UA 3TODA 3MPKA 1JETA 2QS3A 4NF4A 4HS7A 1PC3A 3FXUA 2O84X 1DTZA 4GOTA 4GL8A 4N6PA 2ZNSA 3KN3A 1B7UA 4ELOA 3OO7A 3THIA 1JEVA 4OHNA 4R2FA 3O28A 2PMSA 5DVIA 1JNFA 4QFLA 1DPPA 3IJOB 1NNPA 1N7XA 3MUQA 5A5XA 1UTHA 1NMUA 4NF5A 1MDP1 2F35A 3IAZA 4OZ9A 5I56A 1ANFA 1VFDA 1BTJA 2D3IA 4U1ZA 3CSBA 4DCXA 4OYVA 2G93A 4QF9A 4KYDA 3FJMA 5CBSA 1MY3A 4IO2A 3CSGA 4JDFA 1MM7A 3EN3A 3KFMA 2QMWA 4H0WA 1B0LA 4NF8A 5FHOA 4JWOA 5DVJA 4OTEA 3VVDA 4XKQA 1TFAA 3PUZE 4GXSB 3M3FA 5EHSA 3OD7A 3O9PA 3UK4A 1A55A 1B46A 3B6TA 4JXIA 4U2RA 1MQJA 4FAJA 3K1MA 2XD3A 5I2NB 4KYSA 1P1OA 3UA8A 3G3GA 4P0GA 2Z8DA 1VFEA 1B6HA 2H5YA 1JEUA 5AA2B 3DP4A 1LCFA 1XOCA 1URSA 2W7YA 4F2OA 1RKMA 1GVCA 3ZS6A 4RNSA 3LC8A 5HBCA 4YKIA 3OELA 1XHYA 5CC2A 2NUVA 1OQGA 5CI5A 3TCFA 4FEDA 3OMBA 2XD2A 1AH5A 4KPTA 5AA1A 2VP1A 4LQ5A 2G29A 3LSXA 4BDMA 4Q5TA 2VD3A 1B2HA 1FQCA 1LB9A 4IO5A 2B65A 2RC7A 4THIA 1B05A 5KCJA 1Q1KA 4EQBA 4IY5A 1RYXA 1MG1A 4RA1A 1UIUA 4G4PA 1B51A 3FJGA 4ZE9A 1PB7A 2GHBA 4ZEKA 2ANJA 5DEXA 1O63A 2I48A 2NWJA 5H8FA 1B5IA 5F1QA 4F1UA 3RY3A 1FQAA 1N0TA 1SYHA 5HM4B 3CFLA 3VV5A 3IOTA 1N76A 2X7QA 3O66A 1OLAA 1ZIUA 3KSXA 1B3HA 5B70A 3AXFA 1WDNA 5F7VA 1MPDA 2XXYA 4MFIA 1PBPA 3N6TA 4ZDMA 3Q28A 1LAHE 2I4BA 3OSQA 3OSRA 4FE8A 4OFOA 4XXUA 5M2VA 1SYIA 4YB6A 3FVKA 1P99A 4TOZA 2AIXA 2A5SA 4QRZA 5H8QA 3SEWA 2BJJX 2I4CA 3QSLA 1ZMGA 4BDQA 1LLSA 4XTCQ 4LUBA 3TTRA 4C1TA 2A5TA 3K6VA 1YTVA 4U21A 3LSFB 1NNTA 2QMXA 3U72A 1JVYA 1MPCA 1QUJA 3G3JA 2XX8A 4R74A 3KEIA 1FQFA 1N3XA 3PUXE 3I3VA 1QUKA 4JWYA 1OMPA 3OOAA 3RT8A 4R72A 3OENA 2VOZA 4LQ2A 2Q88A 3FATA 3PUVE 1I6QA 3CFXA 2WKYA 3A3CA 3MZBA 1Y1ZA 1LCTA 3IOUA 5CMCA 5TP9A 4ECFA 1MY2A 5L9SA 4AB5A 4R2BA 4BDRA 4DE8A 2VD2A 1R9QA 4KQPA 2D21A 1IITA 3K6XA 2XXWA 4OETA 3T22A 3K4UA 2Y7IA 1KWHA 3H6TA 2F34A 2O1LA 2XXPA 5AA4B 4GLIA 3T9HB 1AL3A 4NF6A 4LA9A 1CB6A 3CG3A 4RK9A 1MXXA 1LFHA 1IXCA 1ZJLA 4QFOA 1D3KA 5I58A 2XHDA 4POXA 5CMMA 5JTYA 4BDLA 3TZAA 3CR9A 4RPOA 4LATA 2QS2A 1ZLQA 2I49A 2UVHA 2R6GE 3T96B 1ELJA 4JB7A 3TELA 3DP8A 1MH4A 1P1NA 2PYYA 3O6GA 2OCUA 4QFPA 4MLQA 3K1PA 1QULA 1MPBA 2Q9TA 5EYFA 3QUFA 2XXTA 2DWJA 3QIMA 4HCYA 1HSJA 2YLNA 3HPIA 5J1DA 5H8SA 1Z7ME 2ABHA 3Q29A 1XVXA 1B52A 4PP0A 3MC2A 4GFRA 3TYHA 3IX1A 2Y7RA 1URDA 4U23A 2V84A 4F3PA 3C35A 3H03A 1IXGA 2D5WA 3KBRA 3O97A 3G3HA 3QXMA 3PD9A 4H67A 4PQJA 1B5HA 4FEBA 3E3KA 4XKNA 4ONYA 1UTBA 3KJ7A 3ZSFA 3H4ZA 1A40A 4G68B 3TDJA 1B4HA 4RXLA 1LFGA 2O68A 3FGSA 1MRPA 3WAEA 1I6AA 3I6VA 2Q2AA 3K6WA 4YU0A 4EF2A 3O6HA 1SW5A 2V93A 5H8NB 4F29A 2X26A 3MP6A 3UIFA 4Q0CA 4JBZA 5DYHA 1US5A 2IA4A 5ITOA 4EXLA 3VXCA 1SW1A 2HFBA 2HAUA 2F6PA 4MBPA 1CE2A 4F3SA 2REGA 5AA2A 2V3TA 3O2AA 3V89B 4I8CA 1D4NA 4DIGA 3VLUA 3OEKA 3H6UA 1OLCA 1A8FA 3UP9A 1PDAA 3DELB 3MZ1A 1XT8A 4LZ5A 2F36A 3RPWA 3U8QA 5FHMA 2OWSA 4MF3A 1SDXA 3E13X 3UGWA 1Q35A 4G8MA 3LSWA 4ELRA 4POWA 2O7UA 3S9EA 2OZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FPFA 1H3DA 4OVPA 4G77A 3CI8A 1FPGA 1J1NA 4X48A 4F1YA 1P1QA 2Z23A 3FVNA 1FBEA 2OLBA 4O3CA 4LP2B 4YKPA 4PGNA 4F3BA 1LAGE 3H7MA 3ILUB 3MYUA 3T93B 4XKRA 1NKXA 3MQ9A 1B7ZA 3IB0A 5CBRA 2CZIA 1B32A 4GBWA 3QK6A 4X8RA 3RLFE 4P11A 5K2XA 3LUZA 1Z7NE 4KCDA 1LGBC 2E0SA 2DYXA 2WBDA 2CZLA 2O69A 5I7IA 1SI1A 4ESWA 3GXAA 2WYKA 4PDHA 3VXBA 1MH3A 4HCWA 3LSLA 3E78A 4GL0A 5J16A 1BP5A 3OXNA 4ISUA 3IO4A 1SBPA 4F18A 2VGQA 3G3IA 1SW2A 3RGYA 3SEXA 3D1RA 3LUYA 3S2VA 2B3FA 3TTKA 1ZU0A 4X04A 4H5GA 2RF1A 1QGXA 4OVSA 4G8HA 4ND9A 5IAIA 3SETA 3BBRA 2RC8A 4KXPA 3G3FA 2GQ1A 1FCKA 1R6ZA 2P0SA 1FTJA 2HCAA 1Y20A 4EQ7A 1B40A 4F31B 1B5JA 4R6HA 3B8BA 4F1VA 2PT1A 1M5BA 3JZJA 4NX1A 4NF4B 2F5XA 3Q26A 4QHQA 1B3EA 2E1SA 5BUUA 1Y4TA 3KZGA 4N8GA 5CM6A 3RTFB 1VE4A 4H8IA 3U92A 2XXXA 1N7WA 1LBBA 1BKAA 4YKKA 4DI4B 3PTYA 2ZYOA 3SDFA 5JEIA 2HXRA 1S7YA 1TFDA 4YB5A 2REJA 1UTHB 1IMAA 3K02A 4R73A 3IO6A 5FTIA 2FNCA 5I56B 1FW0A 1EYIA 3MVXA 3HSTA 5I2KB 5T3JA 3TUSA 3C9HA 3MVZA 3L6GA 3MP8A 3K6UA 4KHZE 1FTOA 1BLFA 4JWXA 3FVGA 5AA4A 1B3FA 3PUYE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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