1JQFA

Human transferrin n-lobe mutant h249q
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSQTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords TRANSFERRIN
publication title Ligand variation in the transferrin family: the crystal structure of the H249Q mutant of the human transferrin N-lobe as a model for iron binding in insect transferrins.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA02
3GBAA 4KHZE 4MFIA 2XX8A 2XXQA 4H8IA 3S9MC 1BLFA 2O7UA 1MQIA 4ZECA 4FAJA 3C33A 1MQHA 3QUJA 4PFTA 1ZU0A 4H67A 4F3GA 2QS1A 1NNPA 2VHAA 3E4RA 4M1VA 5AA1A 1A8FA 4MF3A 1RKMA 4F1VA 1QKBA 1ZMGA 2Q2CA 1CB6A 4IB2A 1OLCA 2O1LA 1IIWA 1OMPA 3R6UA 1URSA 4JSDA 4IY6A 1A7LA 2I48A 4FORA 3U72A 4C0RA 5KDTA 1LAGE 4RA1A 1JQFA 4NEDA 4LZ8A 2XXHA 2DE2A 1JW4A 2Y7RA 3SERA 3O2AA 3T9XB 4RY1A 3SEYA 1BP5A 1PBPA 1Q1KA 4YKPA 2OJTA 1ANFA 4Z0IA 2IEEA 4NF6A 3K00A 3TTLA 2RC7A 4DZ1A 4H8JA 1MDQA 2A5SA 2DS9A 1DPPA 1MPBA 3FVNA 4OFLA 3CFXA 1FQBA 2UXAA 2V3TA 3G3FA 1Y3NA 3TTKA 1RYOA 4RK9A 4G68B 1Z7ME 4EQ9A 4JWXA 5KZTA 3IR1A 5K2XA 4OEVA 4QFPA 4C1TA 5I59A 1RYXA 4OZ9A 3CIJA 3FXUA 2A5TB 3V83A 1MXXA 3PD9A 1XVYA 5I56B 2H5YA 1P1OA 2RKMA 2OK2A 1B52A 4XKRA 2D3IA 3KJ7A 1EZOA 1BKAA 2NWJA 1Q35A 3KEIA 4U1ZA 2ONSA 1NL5A 3L6GA 2I3VA 3LC8A 3QAXA 3HHGA 2OWTA 4NF5B 1O7TA 2B3BA 2XXUA 4PFWA 1Y1MA 4U4XA 4BDLA 1H3DA 3A3CA 2RC9A 3IOVA 4MBPA 2H25A 4F1UA 3TODA 1S9TA 1MH4A 3RT8A 3Q28A 4R72A 2Z8EA 4OXVA 4KFQA 2ONKE 4YAHX 1IXHA 1N3XA 3B6TA 3RPWA 1LFHA 1YCJA 4I62A 3FJ7A 1FTOA 3RUMA 1IXIA 2F5XA 3FGSA 3UIFA 1Y1ZA 3MC2A 2AIXA 4FIMA 3CR9A 2Y7KA 3QIMA 4F22A 2ZYKA 1I6BA 4OTEA 3VVEA 1B0LA 4F3SA 1S50A 1JW5A 3S4UA 3OENA 4JB7A 3U93A 5KCJB 2B65A 2V93A 3A09A 5IKBA 3TCFA 3RT6B 3SDFA 3FVOA 1WVJA 4QSCA 5CMMA 1SD3A 4KCCA 3I5OA 3Q27A 3VLVA 3PUVE 3PPQA 1ELJA 2RF1A 4NF8A 3KSJA 3QSLA 1LBCA 3RN8A 2H4IA 3FIRA 4H1XA 1ZKBA 4WEDA 4QHQA 2H99A 1SQYA 1SDXA 2F8DA 2VP1A 1OQHA 4F39A 5DTBA 1OVBA 2HAVA 3TUSA 4TQUQ 1USYE 4OENA 4LQ5A 3GLBA 2O51A 1FCKA 2DWJA 4R75A 2PYYA 5TP9A 4N13A 2XX9A 2O1MA 4I8CA 3HCQA 1JNFA 4LZ5A 3RQTA 1MM6A 2W7YA 3QUFA 4EXLA 2D5WA 2AL5A 1VR5A 2DQVA 2XXXA 4OETA 3N6UA 4ZEDA 3GXAA 1TXFA 2P0SA 3K1MA 4NF6B 1LB9A 2Y7WA 2NOOA 1N3WA 4ZDMA 4C1UA 3C34A 3CSBA 1M5DA 2FA7A 4GXSB 3MZ9A 4H65A 1TFDA 4PFUA 4G8NA 1Z7NE 5HBCA 3Q25A 3SEVA 2FNCA 4LZ7A 3V8XB 4G2ZA 3KN3A 4IO3A 3IJOB 2XD2A 3WAFA 2QS3A 4NE4A 4NTLA 3FZVA 1Y4CA 3RLFE 1N7WA 1B46A 5I2KB 2Q89A 1SW2A 1UTHA 5I58B 1VSOA 4E0XA 2GHAA 1PB8A 3ECRA 3KBRA 5CRYA 1XT8A 5I57B 4OYVA 3IX1A 4BDMA 3AXFA 3OSQA 1MS7A 3TTNA 3LUYA 1YPNA 1D9YA 2O6AA 1UTBB 1GR2A 3VFJA 2OBGA 4TLLB 3W15C 3PUYE 4H6DA 3VDFA 5CMCA 4U4SA 4K3FA 2DWHA 2HAUA 3WAEA 4QSDA 3PUZE 2PVUA 3SKPA 3HO7A 4KD5A 1LAHE 1NNFA 3UA8A 4Q5TA 4F3BA 3HHFA 3ZKKA 3VE1B 1A55A 2Q2AA 5I84A 4ZZAA 2X26A 1Y4TA 1ATGA 2I58A 3ILUB 2IA4A 4KCDA 3CFZA 3C35A 3TCHA 1B5JA 2YLNA 1FTLA 1DOTA 1XOCA 2XXTA 3VXBA 1AOVA 2VOZA 1MPDA 2AL4A 3TFLA 2WKYA 5F7VA 1B3FA 3FXRA 5ITPA 4FEBA 4RPNA 2XX7A 5ITOA 1H76A 3C32A 3L6HA 3MP8A 5H8FA 1H44A 3ODBA 5H8HA 2HQ0A 3B6WA 1N0TA 4R9GA 3JZJA 2HFBA 5ELVA 1M5BA 4ISUA 3IO6A 3E3KA 4POWA 4F18A 4F2OA 3BFUA 4OFOA 1NH8A 2I3WA 1MXZA 1DTGA 4OEUA 2Y84A 4PE5B 1HSLA 1ZLQA 1IXGA 3I6VA 3UN6A 4Q8RA 2DP8A 1QUJA 2DE4A 2F7CA 5AA2B 3Q29A 3MPKA 3M3LA 5CC2A 4DXCA 1EZPA 3DLNA 1MQDA 5A5XA 1VE4A 1SYHA 5JEIA 1NNKA 2DXRA 3ZKLA 2HXWA 3RNNA 1FTJA 1P1WA 2VGQA 3IK6B 1FQAA 2OCUA 4PP0A 4HCWA 4N07A 4QRZA 3TDJA 5TP9B 1D4NA 5AA4A 2F7AA 2ALUA 5B7DA 1US4A 3MVYA 4HS7A 1ZBMA 3K6XA 3SEWA 4TOZA 1LSTA 4FECA 4RK2A 4IGRA 2P2AA 5TPAB 5J1DA 2E0SA 3TYHA 3EPEA 2XXPA 4DDDA 4YB7A 4QSEA 5EHMA 3KOSA 3A3UA 3MAMA 3OOAA 1IEJA 3PD8A 2Z8FA 3DM0A 3KOTA 3KN8A 3KZGA 2VD2A 1Y3QA 2XXWA 1POY1 4ESXA 2O68A 3CG3A 3S2VA 1JW1A 1XS5A 1GGGA 3U94A 3TQLA 3IO4A 4I1DA 3DP6A 5DYHA 2FYIA 4ZE8A 2XHDA 4U22A 4KYSA 1DMBA 4DCYA 2QJEA 1B1HA 4KYEA 1A54A 1B51A 2PBWA 1Y9UA 5TU0A 3TPAA 1FTMA 3T9UA 5JK4A 4HCYA 4G68C 3N94A 3KFMA 2I4BA 1YTVA 1A99A 2YPNA 3HN0A 3V89B 4NF4B 3IB1A 5H8NB 1B7ZA 3IAZA 1R1NA 1B3GA 3C4MA 3G3IA 5CBSA 4KYDA 4EF2A 3BBRA 1A40A 5JTYA 3MW0A 1KWHA 3B6QA 1FTKA 3PV0E 3T66A 1T0KA 3H6UA 3RGYA 1B5IA 2R6GE 4YKJA 2O84X 1PB9A 3U92A 1LFGA 2ZYOA 3O29A 3SESA 4GQOA 4XKQA 4M4GA 3PUXE 3MUQA 4G4PA 2Q9TA 1NH7A 5HPQA 3OEKA 4YKKA 4GXAA 5L8DA 3G3HA 4QF9A 1MY0A 1R9LA 5I2NA 4O3BA 3MPLA 5H8FB 4XIGQ 2VD3A 4YMBA 4IO5A 1F9BA 4XKNA 4LVQA 3ZSFA 3G3KA 2DE3A 1MXYA 1LAXA 4XTCQ 1SI1A 4XXUA 2R71A 4F19A 3PMWA 3K1PA 3MBPA 2G93A 1PBQA 4YICA 4IO6A 2F6PA 3RTWB 1UIVA 1M5EA 3LBSA 5H8QA 1B2HA 2XXIA 4LA9A 5DVJA 4DE8A 3I3VA 5DT6A 1PDAA 3C9HA 4KR5A 1POTA 1I6AA 2O7IA 3SEXA 4H0WA 4ESWA 3U8QA 4PFYA 2I0CA 1MPCA 1WDNA 3FV2A 1R6ZA 4P0IA 4EXKA 1LGBC 1HSJA 3UK4A 3DP8A 2V84A 1FQDA 5KDTB 3S9EA 3P7IA 4GRKA 2XXYA 3V5AA 4R2FA 3H7MA 3OO8A 4JXIA 4AQ4A 3PU5A 3H3GA 3VV5A 1LLSA 1SBPA 2Z22A 3TCGA 3USDA 3QYTA 5F1QA 4OHNA 4F1YA 3H03A 1B5HA 3T96B 1H45A 3OSRA 1QUKA 4OFJA 2DVZA 4OERA 2I49A 4R73A 4YB6A 2UVIA 5CBRA 3FXQA 5I59B 4OVJA 3N6TA 5ICQA 2Z23A 1J1NA 4H5GA 4G68A 1JVYA 3SETA 1AIVA 4KPTA 1B3LA 2DOJA 4ZEIA 3O97A 3KG2A 1OQGA 4DCXA 2V3QA 2Y7IA 4H5FA 5FTIA 5CMBA 4Q0CA 1MG1A 1N84A 2ZNUA 3FV1A 4JDFA 4ZE9A 4QFKA 3FASA 4GFRA 3GZGA 3K02A 2NVUB 3T22A 1ZIUA 1JETA 5I56A 3VLWA 2ABHA 1OIBA 3G3JA 3SEUA 3EHSA 1FW0A 4GVOA 4EF1A 4RXLA 1SW1A 1FQCA 3TAJA 4RYAA 1PB7A 4UACA 4X1DA 2HZKA 3G3GA 4GL8A 1BIYA 5JTYB 4X48A 2ANJA 5CI5A 3CG1A 3G7WA 1LCTA 1M5FA 3M8UA 1OVTA 3BKIB 4ECFA 1OLAA 3KJTA 1IUDA 2RC8A 1QVSA 5B70A 4RPOA 3B7DA 3ILTB 2XD3A 3K6UA 4IO2A 4AB5A 1QJMA 2PT2A 2QS4A 4U1OA 3FVGA 3D4GA 4NWCA 3TTMA 3LSFB 1B58A 4LATA 1B40A 5EYFA 2XXRA 4R6KA 3C31A 3N5LA 1MXUA 1MXWA 1HSEA 3CSGA 3IL1B 3T93B 3PPOA 3W9VA 3ONMA 1MY2A 1I69A 2I0BA 5DEXA 3OXNA 1IITA 2ZXTA 4ZEFA 3R26A 1XC1A 3H6WA 4YMAA 2AYSA 5KCJA 3OEMA 4NF8B 4ELOA 1MQGA 4MLVA 4R6HA 1QKAA 1TT1A 1PEBA 3DELB 1AMFA 2ZMBA 5H8QB 4ELRA 1GV8A 4KQPA 3M3KA 2HZLA 4IO7A 3FJMA 5ICTA 2I4CA 2BJJX 1MXVA 4EQ7A 3CRBA 4ZS9A 4F3PA 2QS2A 3RY3A 3OELA 4GOTA 4JBZA 1FQEA 1YAEA 4YKIA 4FATA 2QSXA 3MQ9A 1JEVA 1S7YA 1B7HA 4ELPA 4GIZA 1II5A 2REGA 3IOTA 4R9FA 3EHTA 4TLMB 3E13X 1EU8A 5DVIA 3O6GA 1MY3A 4HW8A 2GHBA 3O28A 3FATA 2THIA 1B4ZA 3FUZA 2UYFA 1XHYA 4LQ2A 4GWOA 1VFDA 4X1BA 4FJPA 5AE4A 5L9MA 3PPNA 1BTJA 1H43A 3HSTA 4AB6A 4MH5A 1URDA 2DWIA 1N76A 3O6HA 4GL0A 2OWSA 4IO4A 4LONB 2YJPA 5L9SA 3KGCA 4GF8A 3MWBA 3TTRA 1B7UA 1ZTYA 4EQBA 1N04A 3W9WA 2PX1A 1LFIA 1UTHB 3LSXA 2E1SA 2F78A 3OO9A 3LSLA 4EUOA 1B0HA 4BDRA 4U21A 4I9DA 2DSFA 2GH9A 1B3EA 1DPEA 4FE8A 4NWDA 2ESNA 5I2KA 4JWOA 5I58A 1MY1A 4OWDA 3K6WA 2LAOA 4YZZA 1WODA 3ZS6A 5M2VA 3H6VA 1P1NA 5I57A 4DXBA 1P1QA 2Z8DA 2QMXA 1UQWA 4R6YA 2XXVA 1UTBA 2GRVA 4Q30B 2OZZA 2UVHA 4GD5A 1PC3A 3F11A 2F34A 4BDQA 5EHSA 3JV9A 5FHOA 2V3UA 5FHMA 3M3FA 1EH3A 3LR1A 4WEPA 1B32A 3PMVA 4DIGA 4XKPA 3EHUA 2NUVA 4BDOA 4F31B 1CE2A 2UYEA 3TEPA 4G8MA 1UIUA 1N7XA 4THIA 3IB2A 4X9TA 3PPRA 4G77A 3MZ1A 4POXA 3R7XA 1SVXB 2F6GA 1A8EA 5H8HB 4U2RA 3K4UA 4R74A 1DTZA 4QFNA 3VVFA 2F97A 3UP9A 3TQWA 2QPQA 5BUUA 2O69A 1IZ1A 2HCAA 3O9PA 2PT1A 4DXUA 5DEXB 3CI8A 2X7QA 4YB5A 3Q26A 4OESA 2F7BA 3O6IA 1L5TA 1VFEA 3MP1A 3QK6A 1MQJA 3MZBA 1US5A 3PMXA 3OD7A 4ZEBA 4N6PA 3OO7A 1P1UA 1B1XA 3CVGA 4ZZEA 2P1SA 5A5XB 3H06B 4F29A 5AA2A 3DP4A 4OQOA 4BDNA 3K01A 3BFTA 5AA2D 3RTFB 3GBBA 2ZYMA 4U23A 2OLBA 2ZNTA 2UVJA 3C36A 5DVFA 3K0VA 4F2QA 3PGFA 3K2DA 2I6EA 2G29A 1D9VA 5AA4B 2RCAA 1NKXA 5LOMA 4FEDA 1JEUA 5H8SA 1B05A 4E0WA 3U1OA 3T9HB 1NMUA 2Q88A 1LBBA 1QUIA 1M5CA 3LSWA 2F35A 3K1NA 2X7PA 3IB0A 4R2BA 1LB8A 4L17A 3IOUA 1LAFE 4JWYA 3PPPA 3H6TA 1IQ7A 4GLIA 5IAIA 3VXCA 2V25A 3PUWE 1USYH 5TPAA 1O63A 1EZ9A 1QW0A 4ELQA 2F36A 4Z7EA 1MM7A 5AA3A 2ZNSA 3EF7A 3TZAA 3OO6A 3FJGA 1I6QA 4PQJA 1P99A 2ONRA 5HM4B 3FD3A 3O66A 4NMYA 2PMSA 3EN3A 4RNSA 1SYIA 1QULA 3S9NC 2D21A 5K2YA 3D4CA 3KN7A 1SI0A 4JSOA 1B3HA 1XVXA 3TELA 1ZJLA 1GVCA 3TMGA 3CFLA 4DLDA 5CMKA 5CM6A 1NNTA 3THIA 3S9LC 2A5TA 2M8CA 2RCBA 2RINA 2Y7PA 2CMOA 3VLUA 1IXCA 1AH5A 4LUBA 1B4HA 1DSNA 1MH3A 1MDP1 5ISUA 1B9JA 1Y3PA 4HTGA 2B3FA 4IGTA 5BWJA 4WXJA 2QL3A 2CZLA 4NF4A 1AL3A 4NF5A 3VVDA 3N26A 1O64A 4P0GA 1JVXA 5H8NA 3H4ZA 2GFEA 4IY5A 3TKDA 1TFAA 1D3KA 3HPIA 4ONYA 3UORA 1Y20A 1B6HA 5L9OA 2KLFA 3E9XA 4LP2B 4O3CA 3K6VA 1GTKA 3IOWA 2NXOA 2Q8JA 5FHNA 1SW5A 1FQFA 4KI0E 2HEUA 3QXMA 3KSXA 1TWYA 4QFLA 3FVKA 3MP6A 3IORA 2UVGA 3EQ1A 1MRPA 2DWAA 5I2NB 1LCFA 2H9BA 4MLQA 2DVCA 2R9JA 3MVZA 2REJA 3MJNA 4QFOA 4WKMA 2H98A 3MVXA 3JYRA 3UGWA 2QMWA 4ND9A 3MVWA 4OMBA 4BLAA 2DYXA 4UA8A 3HV1A 2ZYNA 4PETA 4EDPA 5FTHA 3OMBA 4G8HA 1R9QA 1NFTA 2DXYA 4YU0A 4ZEKA 3IJXB 4RJZA 1SW4A 1MY4A 4P11A 1URGA 2QRYA 4O3AA 3T9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GBAA 4KHZE 4MFIA 5IZ3B 2XX8A 2XXQA 4H8IA 3S9MC 1BLFA 4PTKA 2O7UA 1MQIA 4GWUA 4N4UA 4ZECA 2Y5LA 4FAJA 3C33A 1MQHA 4N17A 3QUJA 4PFTA 1ZU0A 4H67A 4F3GA 4JVCA 2QS1A 1NNPA 4UABA 2VHAA 4KXPA 3E4RA 4M1VA 5AA1A 1A8FA 4MF3A 1RKMA 4F1VA 1QKBA 2CEYA 2WEFA 4N6DA 1ZMGA 2Q2CA 1CB6A 4IB2A 1OLCA 2O1LA 1IIWA 1KZ8A 1OMPA 3R6UA 1URSA 4JSDA 4IY6A 1A7LA 2I48A 4FORA 3U72A 4C0RA 5KDTA 1LAGE 4RA1A 1JQFA 1IMAA 4NEDA 4LZ8A 2XXHA 2DE2A 3RYDA 1JW4A 2Y7RA 3SERA 3O2AA 3T9XB 4RY1A 3SEYA 1BP5A 1PBPA 1FRPA 2OX3A 1Q1KA 4YKPA 2OJTA 1ANFA 4Z0IA 2IEEA 2QVUA 4NF6A 3K00A 3TTLA 2RC7A 1YYZA 4DZ1A 4H8JA 1MDQA 2A5SA 5LDZA 2DS9A 1DPPA 1MPBA 3FVNA 4OFLA 3CFXA 1FQBA 2UXAA 4PAIA 2V3TA 3G3FA 1Y3NA 3TTKA 1RYOA 4RK9A 4G68B 1Z7ME 4MIJA 4EQ9A 3D1RA 4JWXA 5KZTA 3IR1A 5K2XA 4OEVA 4QFPA 4C1TA 5I59A 4I3EA 1RYXA 4H45A 4OZ9A 3CIJA 5EQ8A 4O7MA 3FXUA 2BJIA 2A5TB 3V83A 1MXXA 3NOHA 3PD9A 1XVYA 4G61A 1LEVA 5I56B 2H5YA 1P1OA 2RKMA 2OK2A 2WYKA 1B52A 4N8YA 4XKRA 2D3IA 3KJ7A 1EZOA 1BKAA 4P9KA 2PCRA 1IMFA 2NWJA 5IZZA 1Q35A 3KEIA 4U1ZA 1CNQA 2ONSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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