1JVXA

Maltodextrin-binding protein variant d207c/a301gs/p316c cross-linked in crystal
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNACTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGGSVALKSYEEELAKDCRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystine: Fibrous Biomolecular Material from Protein Crystals Cross-linked in a Specific Geometry
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords maltodextrin-binding protein
total genus 116
structure length 371
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA01
2PVUA 1M5BA 4NTLA 4ECFA 2THIA 1UTHB 4F3BA 3E9XA 1B1XA 1MG1A 3N6UA 3IB2A 3S2VA 3DP4A 5DEXB 1OQHA 3KOSA 4OESA 5H8NB 3C9HA 4U4SA 4AB6A 3O6GA 4FEDA 4WKMA 1FQFA 5EYFA 1MS7A 4Q8RA 2I0CA 1GV8A 3C35A 1JW5A 4I62A 2XD3A 4MLVA 4RYAA 5IAIA 3FZVA 3N6TA 5FTIA 5JEIA 2RC9A 4F2QA 4DXBA 1T0KA 3ILUB 1B51A 3TQWA 2W7YA 3LUYA 4NF4A 5B7DA 2Z22A 1NKXA 3U94A 1MM6A 1LB9A 2O1LA 5CI5A 4TLMB 2H98A 1OIBA 5DVIA 4KD5A 1LAGE 3ONMA 5AA4A 2Q2AA 4DLDA 1MQHA 1LFHA 4OXVA 1HSEA 3DLNA 1MRPA 1OVTA 3FJGA 2DWIA 5I2NA 2CZLA 3LSWA 5H8HB 3SEYA 4ZE9A 3ZSFA 2B3FA 4YKPA 5CBSA 4OTEA 2AL5A 4Q5TA 3O2AA 2DWJA 3ILTB 3WAEA 4YB5A 4LONB 3G3GA 3IL1B 3MVYA 2Z8DA 1B1HA 1UTBA 2DXRA 2I3WA 4G4PA 4Q0CA 4GL8A 4IY6A 4PFYA 2PBWA 1LCTA 3MAMA 4XKNA 2ZNSA 4MBPA 1M5DA 5AA2D 2V84A 5A5XB 5TP9A 4PFTA 1SVXB 1Y4CA 3SEVA 2RKMA 3LSLA 3PUWE 4MH5A 5KZTA 1MPBA 3VLUA 3HPIA 3CFZA 5I59B 1MY3A 3CSGA 3TUSA 3Q29A 3N26A 2GFEA 3PUZE 3SETA 3VLVA 1R9LA 5H8FA 3TTRA 2XXRA 4OFLA 4K3FA 2Q2CA 5I57B 5J1DA 3R26A 3OSRA 4Z7EA 3TTNA 5FTHA 1B6HA 3SESA 3MJNA 2PYYA 1Z7NE 3DELB 3T9VA 2O69A 4JB7A 1AOVA 3A3UA 4OZ9A 5CMKA 3H3GA 3SERA 1P99A 5L9SA 4PFUA 1Y3QA 1Y9UA 4DXUA 4KPTA 2REGA 2HQ0A 1M5EA 4PFWA 2F97A 4F3PA 4LUBA 1LGBC 4G8HA 3TMGA 3PUVE 1S50A 4R74A 4Z0IA 3KN3A 1CE2A 3FGSA 4YU0A 5FHOA 4AB5A 2ZYNA 4RA1A 4FECA 2YLNA 2D5WA 4DZ1A 4G68A 3JZJA 3JYRA 3USDA 5H8QA 3CSBA 3SKPA 1MY0A 3RT6B 2ONKE 3PPOA 4G77A 3TAJA 3MP8A 4POWA 5TPAA 4X9TA 1JVXA 2PX1A 1B46A 1B3LA 3SEUA 4ONYA 3GXAA 4NEDA 3O66A 1QKBA 3C32A 3UK4A 1ATGA 4U4XA 3GZGA 3IX1A 2DWHA 1A40A 4LZ5A 4UACA 1N0TA 3RNNA 3LBSA 1O63A 5I2KB 3L6GA 3S9EA 3TCHA 1LBBA 1L5TA 1HSLA 3OO6A 1I69A 1NNTA 5DTBA 1ANFA 1SI0A 3CIJA 3FVOA 2DSFA 4LP2B 2IA4A 1B3GA 3V5AA 3KZGA 5I84A 4F1VA 4RJZA 3DM0A 3MPKA 1DOTA 1AMFA 4QSCA 4P11A 3KN7A 5I58B 5F1QA 1QUKA 1LSTA 2FNCA 1FTJA 3K02A 3VXBA 1H3DA 2HCAA 4DCYA 5FHNA 3FVNA 3H4ZA 2V3QA 4U22A 3KJ7A 4N13A 4F1UA 4GIZA 4LQ2A 2Z8FA 1SW2A 3TTLA 4HCYA 1OLCA 3HHFA 4YB7A 4U21A 3PMXA 4RK2A 5DYHA 1A55A 4YMBA 3LSXA 2F7AA 4RK9A 4ZEFA 1Y1MA 1EZOA 2GRVA 2O68A 1NL5A 3BFUA 2V3TA 1IQ7A 1B4ZA 3EHSA 4KYSA 1SBPA 4H65A 4IO6A 5I56A 3OEKA 4TLLB 4ESXA 4EXLA 2VD2A 2ZYMA 3HCQA 1ELJA 1ZU0A 5BUUA 5CBRA 4P0GA 4ELPA 4RXLA 3VVFA 5F7VA 1II5A 4RPNA 3U8QA 3FV2A 3OELA 4F22A 3WAFA 4R75A 1MXVA 3CR9A 4H67A 1NNPA 4BDNA 3KG2A 3K1MA 1MQIA 2DOJA 1VE4A 2NWJA 2UYEA 3MQ9A 4PQJA 3C33A 3CFLA 2DS9A 4YMAA 4XKPA 3PPPA 3QUFA 3OXNA 1P1WA 2F8DA 3RTWB 4NF8A 3B6WA 4MLQA 3VVEA 2R6GE 1IXGA 1PB9A 1URGA 1I6AA 2FA7A 5KCJA 4NF4B 1MPCA 3Q28A 4ELQA 2DP8A 2CMOA 2I58A 5KDTB 1ZMGA 3G3KA 3RQTA 3TFLA 4N6PA 1XC1A 1MY1A 2REJA 1FCKA 2KLFA 1B5JA 2UYFA 1LAXA 2X7PA 4LZ8A 2Y84A 2AYSA 2R71A 3K2DA 3Q27A 3FVKA 5AA2A 3FV1A 4YKIA 1PEBA 3TTKA 5DT6A 3KOTA 3DP8A 2UVJA 2XXHA 2ONSA 1LFIA 4KCCA 4ISUA 1MH4A 1FQCA 4GFRA 2F6GA 5CMMA 1HSJA 3TKDA 4QSDA 2ESNA 4QFNA 2QRYA 1B7ZA 3TQLA 1LAFE 4XTCQ 5CC2A 1ZTYA 1QUIA 2D21A 2Z8EA 4H5GA 2A5TA 3PUYE 1NH8A 5JTYB 2ZXTA 3UA8A 2QMXA 3B6TA 4MF3A 3IORA 3V83A 4YAHX 1OQGA 4R9GA 5L8DA 1CB6A 1FQEA 3VDFA 1N3XA 5ITOA 2XXUA 1DTZA 3T9HB 2OZZA 2I4CA 3V8XB 1SW5A 4C1TA 2AIXA 1UTHA 3IO6A 2YPNA 4JWYA 3OO8A 3MW0A 1VFDA 4FIMA 1D9VA 2XHDA 2O51A 5DEXA 4TQUQ 4H8JA 1WVJA 5H8NA 4PP0A 2IEEA 1B3FA 3RTFB 4EQ7A 2ONRA 2XXPA 4ZECA 1MXXA 1RKMA 3OO7A 2XXTA 3PPRA 4F19A 3K6UA 4DE8A 4OETA 1US4A 3KBRA 4BLAA 3QXMA 1B58A 3GBAA 4Q30B 4FORA 2G29A 4BDQA 3PMVA 3G3FA 2NOOA 4F39A 5BWJA 1MM7A 2RC8A 3PD8A 1FQAA 3FD3A 2UVHA 4IO5A 1FTOA 1P1QA 1H44A 2H4IA 4NF6A 1EU8A 2O1MA 4IO2A 3UGWA 3H6UA 2H99A 1DPPA 3T9UA 4ZS9A 2GHBA 2HFBA 3CG1A 1NMUA 4M1VA 5H8HA 3DP6A 1B3HA 4KI0E 1MQDA 1IXIA 1FTKA 1XS5A 4YKKA 4OVJA 4G68C 4NF5B 4F2OA 2XXIA 1N76A 3IB1A 4LATA 4GF8A 4ESWA 2XX9A 3CRBA 4IB2A 2OCUA 2I6EA 3HSTA 4YZZA 4RY1A 1Y20A 4WEPA 2I49A 4OERA 4GWOA 3TEPA 4GD5A 3S9MC 2Q9TA 3EN3A 4EQBA 3RLFE 3V89B 5A5XA 3TELA 2F34A 3B6QA 1DMBA 1LLSA 4M4GA 4ZEKA 3S9NC 3E3KA 3KGCA 3KSXA 3Q26A 5EHSA 4U23A 5JK4A 5L9MA 3HN0A 1IUDA 3T93B 5I59A 3U92A 1BIYA 2VGQA 3T22A 1MXUA 4GQOA 1FTLA 1XVYA 4DXCA 3MUQA 4ZZAA 1SYHA 1USYH 4OEVA 5I57A 4G8NA 3C34A 3VXCA 4GRKA 2HXWA 1KWHA 4R73A 3CVGA 3K01A 2F36A 2I3VA 1OMPA 3K4UA 2OBGA 2UVGA 1VFEA 2V3UA 2Q89A 1D4NA 5HBCA 4IO4A 2DVCA 3W15C 5AA3A 3I5OA 4BDRA 2HEUA 4HW8A 1QULA 3IO4A 3O28A 3TTMA 3I3VA 3PUXE 1SI1A 4O3CA 1NFTA 3MZ1A 4I8CA 5ITPA 3TZAA 4H6DA 2F6PA 3E13X 4KCDA 4FEBA 4ELRA 4JWOA 1VR5A 4WEDA 3H7MA 3K1NA 1MY2A 3QAXA 4WXJA 2OWSA 4C1UA 4RPOA 2LAOA 4PE5B 1LAHE 1UIUA 3OMBA 1QW0A 1ZLQA 3M3FA 2ANJA 1O7TA 2F78A 3RN8A 4FATA 2QS3A 3KEIA 4I1DA 3C36A 5K2XA 2DE3A 3KFMA 1Y1ZA 4ZE8A 4GXSB 2P2AA 3W9WA 1O64A 5HPQA 2ZYOA 4R2FA 3EF7A 3A3CA 3TODA 2F7CA 4LZ7A 4IO7A 2R9JA 1GR2A 2DQVA 3LR1A 5I2KA 3TCFA 1IIWA 1ZIUA 2ABHA 4KHZE 1SD3A 2XX8A 4FAJA 4XKRA 3M8UA 4IY5A 4MFIA 3HO7A 4U1ZA 2OLBA 3VVDA 1YTVA 4U1OA 2ZYKA 2Y7RA 4N07A 1A99A 4EDPA 5FHMA 4KYEA 3BBRA 2OWTA 2Q88A 3T96B 2X7QA 4R9FA 3C4MA 3IB0A 4E0WA 4ZEDA 3QK6A 4YKJA 5I58A 2E1SA 4OWDA 3SEXA 1H76A 1N3WA 2AL4A 4TOZA 2A5SA 1MQGA 4BDMA 1N7WA 1M5CA 4ZEBA 4GVOA 4F3SA 2Z23A 3O6HA 1DSNA 1IXHA 3U72A 1TT1A 2V25A 5LOMA 3RY3A 3GBBA 3IR1A 1P1NA 1H45A 1Q1KA 5TU0A 1USYE 4F29A 1WDNA 2QS1A 2WKYA 4QHQA 3G3JA 4H5FA 1GTKA 1EH3A 5H8SA 2Q8JA 4IO3A 4QRZA 3FUZA 2HAVA 2B3BA 1BTJA 4P0IA 3K1PA 4DIGA 3U93A 4NWCA 4PETA 3IJOB 5AA4B 1TXFA 4AQ4A 3FIRA 5IKBA 2PT1A 3FATA 2QSXA 1A7LA 1Y3NA 1R9QA 5I2NB 1AH5A 4F1YA 3SEWA 1N04A 3ZS6A 3FXUA 1S9TA 3K6XA 4R72A 3OOAA 1LBCA 4OENA 4QFLA 2HZLA 1OVBA 3TPAA 3MC2A 2XXWA 1UTBB 4HS7A 2O7UA 1XVXA 2NUVA 1QVSA 4L17A 1A8FA 1TFAA 2XXYA 3KSJA 3QUJA 3D4CA 4R6HA 3PPQA 3PPNA 4KR5A 2V93A 3MVWA 3FJ7A 2NVUB 2YJPA 4LVQA 1YPNA 1N7XA 1SW1A 1URSA 1AIVA 1B0HA 1VSOA 3MPLA 5TP9B 3ZKLA 1JETA 4OEUA 4R6KA 2DVZA 2DWAA 4EF2A 1TFDA 3G3HA 2G93A 2O84X 3N94A 3UORA 2OK2A 4IGTA 2UVIA 3AXFA 1MDQA 2E0SA 1SQYA 5H8FB 3P7IA 4OQOA 3M3KA 1J1NA 5KDTA 4QFOA 1A8EA 5AE4A 4XKQA 2DYXA 4THIA 3EHTA 4XIGQ 5L9OA 1JQFA 3IOTA 4JWXA 2F7BA 5DVJA 2QS2A 4U2RA 2ZMBA 1Y4TA 4NF6B 3S9LC 5ICTA 5HM4B 3K6VA 4OYVA 3FVGA 1ZBMA 3VE1B 4XXUA 4OMBA 2XX7A 4QFKA 1R6ZA 4I9DA 4LA9A 5ICQA 4E0XA 2RCAA 4GLIA 1I6BA 1B52A 4DDDA 5AA1A 3B7DA 1MDP1 3IAZA 2DE4A 3N5LA 3UP9A 2Y7KA 5CRYA 1M5FA 2H25A 4X1DA 4YB6A 3HHGA 1MY4A 2XXQA 4G68B 4EF1A 3EQ1A 4ZZEA 1UIVA 5CMCA 1PDAA 3THIA 5H8QB 3IOWA 2OJTA 3D4GA 4FE8A 3PV0E 4GOTA 5JTYA 1B05A 5TPAB 3K00A 5K2YA 1XOCA 1DPEA 3RGYA 5CM6A 1NH7A 3ZKKA 1B32A 3K6WA 4G2ZA 2GHAA 2BJJX 1LB8A 2X26A 1B4HA 4IGRA 2RF1A 1P1OA 5B70A 3O9PA 1B5HA 1BKAA 1MQJA 1URDA 1PC3A 4LQ5A 4H8IA 2P0SA 1QKAA 3VV5A 1GGGA 1SDXA 4YICA 2Y7WA 1MPDA 1Q35A 3E4RA 4O3BA 1B40A 3OD7A 1JW4A 3G3IA 4QSEA 1XT8A 4JDFA 1QUJA 1SYIA 4UA8A 1JEVA 3T9XB 1POTA 4ZEIA 1AL3A 3W9VA 3PU5A 3IK6B 3ECRA 3IOVA 3QIMA 1JVYA 4GXAA 4NWDA 3T66A 2Y7IA 1SW4A 3KN8A 2QMWA 3SDFA 2HZKA 4ELOA 3R7XA 1UQWA 3QYTA 4KFQA 1NNFA 3OO9A 2P1SA 1R1NA 1EZ9A 1B7UA 4H1XA 3TYHA 1Y3PA 3G7WA 2VD3A 3BFTA 3GLBA 3OSQA 3VLWA 1FTMA 3F11A 1LFGA 4X48A 3H6VA 2D3IA 3ODBA 1N84A 3CFXA 4OHNA 4NF5A 5I56B 1B2HA 5EHMA 1US5A 1YAEA 1PB7A 1YCJA 3PMWA 4R6YA 1GVCA 1OLAA 1JNFA 3PD9A 1S7YA 2VP1A 1EZPA 2I48A 2Y7PA 3I6VA 2ALUA 3IJXB 2B65A 2UXAA 1A54A 2RC7A 1IXCA 2XXXA 3H6WA 3LSFB 3FXQA 4JSOA 1XHYA 4NMYA 2RCBA 3MZ9A 1Z7ME 2RINA 2PMSA 1D3KA 3EHUA 2QL3A 4JBZA 1FW0A 1B3EA 2PT2A 1MXWA 4JSDA 4O3AA 3MWBA 4DCXA 2QS4A 2O7IA 1PBQA 2XD2A 3FJMA 3MVXA 1B5IA 4NE4A 3U1OA 4POXA 3EPEA 3QSLA 4OFJA 3MBPA 3BKIB 4NF8B 1LCFA 3CG3A 4KYDA 3JV9A 4EQ9A 2VOZA 3MZBA 5KCJB 2F35A 2ZNTA 4BDOA 3KJTA 2QPQA 4X1BA 4ND9A 4F31B 1MXYA 4R2BA 3MVZA 2QJEA 4OFOA 4QF9A 1FQDA 1IITA 4EXKA 2VHAA 1RYOA 1POY1 2M8CA 3K0VA 4RNSA 3TDJA 3UN6A 5ISUA 3TCGA 3H06B 5M2VA 4JXIA 1TWYA 3RUMA 3UIFA 1RYXA 2DXYA 2ZNUA 2H5YA 3Q25A 4C0RA 5ELVA 1FQBA 3LC8A 4G8MA 3OEMA 1IEJA 5AA2B 2FYIA 1P1UA 1BP5A 1PBPA 1I6QA 2DE2A 4HTGA 4GL0A 1ZJLA 2I4BA 5DVFA 2GH9A 2I0BA 1WODA 3H03A 1IZ1A 1B9JA 1NNKA 2H9BA 3C31A 3RT8A 1B0LA 1JEUA 1MH3A 4QFPA 3O6IA 2XXVA 3MP1A 1D9YA 4EUOA 4HCWA 1QJMA 3RPWA 4F18A 3R6UA 1PB8A 1H43A 3VFJA 1ZKBA 2F5XA 3O29A 2HAUA 2O6AA 1B7HA 2A5TB 1BLFA 3CI8A 3FXRA 4F3GA 3OENA 4FJPA 1JW1A 3IOUA 3A09A 4H0WA 5CMBA 3S4UA 2NXOA 3M3LA 1MXZA 1F9BA 3O97A 3H6TA 3PGFA 4ZDMA 4BDLA 3HV1A 4KQPA 3L6HA 1DTGA 3MP6A 3FASA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PVUA 1M5BA 4NTLA 4ECFA 2THIA 1UTHB 4GX4A 2MKZA 4F3BA 3E9XA 1B1XA 1MG1A 3N6UA 4PFRA 3IB2A 3S2VA 3DP4A 4MNPA 2XWKA 5DEXB 1OQHA 3KOSA 2FIXA 4OESA 5H8NB 3C9HA 4U4SA 4H45A 4AB6A 3O6GA 4FEDA 4WKMA 1FQFA 5EYFA 1MS7A 4Q8RA 2I0CA 1GV8A 3C35A 1JW5A 4I62A 1FPDA 2XD3A 4MLVA 4N6KA 4RYAA 5IAIA 4PAIA 3FZVA 3N6TA 5FTIA 5JEIA 2RC9A 2F3BA 4F2QA 4DXBA 1T0KA 3ILUB 1B51A 3TQWA 2W7YA 3LUYA 2P3NA 4NF4A 2PFZA 5B7DA 3D1RA 5IZZA 2Z22A 3E78A 2XWIA 1NKXA 3U94A 1MM6A 3MSTA 1LB9A 2O1LA 5CI5A 4TLMB 2H98A 1OIBA 5DVIA 4KD5A 1LAGE 3ONMA 1FJ6A 5AA4A 3KC0A 2Q2AA 4DLDA 1MQHA 2ZZXA 4OXVA 2WBDA 5IM2A 1LFHA 1HSEA 3DLNA 1MRPA 1FBDA 1OVTA 3FJGA 2DWIA 5I2NA 2CZLA 3LSWA 1RDXA 5H8HB 3SEYA 4ZE9A 3ZSFA 2B3FA 4YKPA 4AS5A 5CBSA 4OTEA 2AL5A 4Q5TA 3O2AA 2DWJA 3ILTB 3WAEA 4P1EA 1G0IA 4YB5A 4LONB 3G3GA 3IL1B 3MVYA 2Z8DA 1B1HA 1UTBA 4MJOA 2DXRA 2I3WA 4G4PA 4Q0CA 4GL8A 4IY6A 4PFYA 2PBWA 1LCTA 3MAMA 4XKNA 2ZNSA 4MBPA 3ROJA 1M5DA 5AA2D 2V84A 2XA5A 4UABA 3IFAA 5A5XB 2KR0A 5TP9A 4PFTA 1SVXB 1Y4CA 3SEVA 2RKMA 3LSLA 3PUWE 2DDKA 4MH5A 2WX9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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