1JW1A

Crystallization and structure determination of goat lactoferrin at 4.0 resolution: a new form of packing in lactoferrins with a high solvent content in crystals
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKNVRWCAISLPEWSKCYQWQRRMRKLGAPSITCVRRTSVLECIRAIAGKNADAVTLDDGMVFEAGRDPYKLRPVAAEIYGTEKSPQTHYYAVAVVKKGSNFKLDQLQGQKSCHMGLGRSAGWNIPVGILRPPLSWTESAEPLQGAVARFFSASCVPCVDGKAYPNLCQLCKGVGENKCACSSQEPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKETTVFENLPEKADRDQYELLCLNNTRAPVDAFKECHLAQVPSHAVVARSVDGKENLIWELLRKAQEKFGKNKSQRFQLFGSPEGRRDLLFKDSALGFLRIPSKVDSALYLGSRYLTALKNLRETAEEVKARCTRVVWCAVGPEEQSKCQQWSEQSGQNVTCATASTTDDCIALVLKGEADALSLDGGYIYTAGKCGLVPVMAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIANQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSSLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESSADWAKNLNREDFRLLCLDGTTKPVTEAQSCYLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEKYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallization and structure determonation of goat lactoferrin at 4.0A resolution: A new form of packing in lactoferrins with a high solvent content in crystals
pubmed rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords LACTOFERRIN
total genus 99
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A03
1B5IA 1NNFA 4DXUA 5EHMA 1XC1A 5H8NA 3RQTA 2QS2A 4C0RA 4FAJA 5I2NA 4P0GA 3C31A 1NH7A 1JQFA 4XKNA 3G3HA 2XX8A 4IO3A 5M2VA 3KZGA 3DP6A 3DM0A 3T66A 4X48A 4ZECA 2V84A 2Y7KA 3W9WA 4GD5A 3PGFA 4NF8A 3PUVE 4YB7A 5DVFA 1SBPA 5F7VA 1P1WA 2REJA 1B3LA 3KN7A 1P1NA 3K1MA 4GRKA 3GLBA 4QFOA 3FJGA 1GVCA 2R6GE 1XS5A 5FHNA 3OENA 1H76A 2ZYOA 3ECRA 3R7XA 3SETA 2V25A 3MQ9A 2WKYA 1TWYA 3LSXA 1F9BA 4KHZE 3MZ1A 3TDJA 1LBCA 1R9LA 3EQ1A 1SYHA 3O6IA 4JWYA 4U1ZA 3KGCA 4O3BA 4R2BA 4F2OA 5DYHA 4I8CA 1LBBA 2ZMBA 3MPKA 3PD9A 2Q8JA 4I62A 3TCGA 1US4A 5I56B 4U4XA 2HZKA 1ZBMA 1UTHA 2QRYA 4F2QA 3OMBA 1H43A 2Z8FA 4ND9A 2XXVA 1OQHA 3PPQA 4R6HA 4Z7EA 1H3DA 2DSFA 4LATA 1VE4A 1URDA 5H8FB 2QMXA 1FQAA 3DP8A 2W7YA 5ISUA 3KOTA 3L6HA 3FVOA 3LSLA 3FATA 4NMYA 5ITPA 4OEUA 4OVJA 4RXLA 3KOSA 1A8EA 2PX1A 5AA2A 2O6AA 1NKXA 1HSEA 2QS1A 4F3GA 5I59B 3CI8A 1MQHA 3HHGA 3OD7A 1R1NA 1FQEA 4LZ5A 1BTJA 4RA1A 5H8HA 4R9GA 1LLSA 4OZ9A 1ZTYA 1JEVA 5CMCA 4Q8RA 1PBQA 3FIRA 3HHFA 4ECFA 3SKPA 3TTLA 4ELPA 1MY1A 1ZLQA 1N3XA 5CRYA 4IGRA 2D21A 4R73A 3BKIB 3OO7A 5JTYA 4H8JA 4R9FA 1IXGA 4RK2A 1SI0A 3M3FA 5CBRA 4BLAA 3EHUA 3GZGA 1SW5A 1LFIA 4LP2B 3MZBA 3SEWA 1IEJA 4XTCQ 4P0IA 4ZEKA 3IOVA 4MBPA 3G3KA 2Z8EA 4F29A 1B32A 3TCHA 3K6UA 1D9YA 1Y3QA 3TELA 1POY1 1Y4TA 4THIA 3CSGA 3FASA 1DTGA 3MUQA 3ZSFA 2ZNUA 5DT6A 3VLUA 3OEMA 4YB5A 5TP9A 3LR1A 1LCFA 5FTHA 2YPNA 3SESA 2XHDA 2O84X 1R6ZA 4OTEA 4YKKA 1A8FA 2UVGA 4QFPA 3S9EA 1VFEA 1HSJA 1EZOA 2XX7A 1A7LA 2AL4A 1IIWA 3IL1B 4RNSA 3JYRA 3SEXA 3N6TA 3DP4A 4DE8A 1D3KA 1NNTA 1OVTA 1S50A 1Z7ME 4RK9A 2PMSA 3LSFB 2I0BA 4DDDA 4JXIA 2HAVA 4XKPA 1NH8A 4NWCA 4PFYA 3W15C 3EF7A 3GBBA 1UIUA 1LCTA 4RPNA 1UTBA 4PFTA 3CFLA 3O9PA 1EU8A 1IXIA 1QUJA 1QUIA 2HXWA 4HTGA 3TMGA 4DXCA 1N0TA 3DELB 4TQUQ 3RPWA 1P1UA 3VXBA 3CIJA 3S9MC 3IO4A 3C9HA 3OSRA 1B4HA 4GFRA 3HCQA 1IUDA 2XD2A 5IAIA 4X1DA 4FE8A 4EQ7A 1SQYA 4ONYA 1N7WA 1LAHE 2XXUA 4L17A 4H1XA 4RYAA 3S9NC 2XXRA 5KDTB 3F11A 1LFGA 3U94A 1M5EA 1QJMA 3KN8A 2F7CA 4YMAA 1FTMA 4ELQA 3PMWA 1S7YA 3K01A 5CBSA 5A5XB 3C4MA 1MM7A 5KCJB 4F3PA 3TZAA 1PDAA 3D4GA 3N26A 4DIGA 2HCAA 4NF4B 2X26A 3G3FA 4BDQA 3PMVA 3H7MA 1DPPA 3T9XB 4ZS9A 4BDRA 1DPEA 4MLQA 5FHMA 4YZZA 3T22A 4NWDA 4R75A 4EUOA 3Q25A 4OQOA 5HBCA 1ZKBA 3O6HA 5DEXB 4XKRA 4OWDA 4G68C 4PFWA 3U72A 2I49A 2Y7WA 2ONKE 3V83A 1B9JA 2XXQA 3LC8A 2Y84A 3FXQA 1JETA 1PB9A 2ZNTA 4IO2A 3PUYE 4N13A 1NNPA 1MQDA 5I2KB 3RT6B 3TAJA 2F7BA 3EPEA 1CB6A 1Z7NE 4R74A 1CE2A 1N04A 2V3TA 2NOOA 3UK4A 2UYFA 4FJPA 1B58A 3K1PA 3FGSA 3VE1B 2Y7IA 4H5FA 1ZJLA 2AYSA 2F97A 3O66A 4EF2A 2F78A 3IO6A 1B5JA 1B3EA 3SEVA 1L5TA 2VD2A 1MRPA 3P7IA 1YTVA 1H44A 3PMXA 4NF6A 4KQPA 4ZZEA 2YJPA 3OOAA 3H03A 3SERA 3TYHA 1N76A 1Q1KA 4IGTA 4JWOA 2X7PA 2FA7A 2DWAA 4LQ2A 3EN3A 3RY3A 4U22A 1KWHA 4BDLA 3ZKLA 4POWA 3UIFA 3E4RA 2OWSA 5AA1A 2CZLA 4YICA 3UA8A 4NE4A 4RY1A 1A99A 5KZTA 1MXYA 1OQGA 1B7UA 4N6PA 1LAXA 1MY3A 1ANFA 1N84A 3L6GA 3O2AA 1Y1MA 3MP1A 5IKBA 1MXZA 3KEIA 3N94A 3IX1A 1JNFA 4EXKA 5CC2A 3UORA 4DCYA 5L9SA 1ATGA 3O6GA 1POTA 1B4ZA 2OBGA 2I3WA 3N5LA 3PPNA 4ZDMA 3H6UA 3VV5A 2RCAA 4OERA 1WVJA 4WEPA 2PT2A 4OFOA 4MLVA 4QFLA 3MP6A 5CMBA 3A3CA 3FZVA 5I56A 4AB5A 2QJEA 1B05A 3C34A 4EF1A 1XVYA 4G4PA 3C33A 5AA3A 5TPAB 4QFKA 1II5A 2O69A 1TFDA 1D4NA 3E13X 4KPTA 4ESXA 1M5CA 4HCYA 2XXHA 2H4IA 1SW2A 2OZZA 1B0HA 4G68B 3IOUA 4YKJA 5H8FA 5ELVA 1O7TA 1Y3PA 4YMBA 4FEBA 1DSNA 2QPQA 1GR2A 1RYOA 3Q26A 4PETA 2GHAA 4GLIA 2PBWA 1IITA 3V89B 2O1MA 3R6UA 1NMUA 2UXAA 1VFDA 3B6TA 1OLAA 1PB8A 4OETA 5BWJA 4IO7A 3O28A 2OJTA 4H0WA 1LFHA 3CFZA 4F1UA 4IO4A 1I6AA 4ZEFA 3EHTA 2CMOA 3B6QA 3TUSA 1AIVA 3KJ7A 5H8QB 4N07A 4C1TA 1XVXA 4KR5A 3H06B 1IZ1A 4NF5B 4PE5B 3Q28A 2DWJA 4K3FA 3SEUA 3RTFB 3Q27A 5FTIA 4H67A 2DVCA 3M8UA 1B3HA 1MXVA 2Q2AA 2UVJA 2E0SA 3K2DA 2F35A 4EDPA 3PUWE 1UQWA 3PV0E 5L9OA 5LOMA 1LSTA 2B3BA 3FD3A 5AA4B 5I57B 4YAHX 3I6VA 2V3QA 1DOTA 4I1DA 3OO6A 1OVBA 4TOZA 2HZLA 1SVXB 4BDMA 2H25A 1BKAA 3V5AA 5EHSA 3G3JA 1Y20A 2O1LA 1ZMGA 1SI1A 2LAOA 1JVYA 4KFQA 4TLMB 3VLVA 4H65A 1JW4A 4E0WA 2ONRA 3FJMA 3ZS6A 1MY4A 2DXRA 4FORA 2O7IA 4O3AA 3K6VA 5CI5A 4Q5TA 3TTKA 5K2XA 4KI0E 2ANJA 3K6WA 1LB8A 3VVEA 2DS9A 3U92A 2XD3A 5HPQA 2A5TB 1B1XA 4GIZA 3RNNA 2HAUA 2DYXA 3Q29A 3MJNA 3KFMA 4ISUA 1FCKA 3TTRA 4GVOA 2GH9A 5KDTA 1MXUA 4BDNA 5JEIA 4U23A 2QMWA 3ILTB 4FECA 3K02A 4F1VA 3QYTA 5CMMA 2PT1A 2G93A 2F34A 4HCWA 4O3CA 2NWJA 3CVGA 4ESWA 5A5XA 2ZYKA 3MWBA 2I4BA 1GV8A 1FTJA 2F5XA 3T9VA 5KCJA 4KCDA 1LGBC 3G3IA 3MVZA 1P1QA 1B46A 4MFIA 4OFJA 2KLFA 5F1QA 3RT8A 4GXSB 4NF4A 2VOZA 2X7QA 1XHYA 2DP8A 1I69A 1IXCA 4Z0IA 1FQFA 2RC8A 1MS7A 2P1SA 4F39A 3A3UA 4C1UA 2QS4A 3A09A 3K1NA 2Y7PA 5DEXA 3W9VA 2AL5A 1N3WA 3MZ9A 2B3FA 3BFTA 3TKDA 3FXRA 2DWHA 2NVUB 1QKBA 4YKPA 4ZEDA 1EZ9A 4AQ4A 3E3KA 3LBSA 4PQJA 5I2KA 3IOWA 2M8CA 2OLBA 1Q35A 1FTLA 1MM6A 1A40A 2OCUA 1SD3A 3VVFA 3CG3A 2DXYA 2H99A 3KSJA 1JVXA 1QKAA 4U2RA 1S9TA 4M4GA 3JV9A 1O64A 2AIXA 1USYE 3S2VA 3VLWA 2PYYA 2ONSA 1JW1A 4U1OA 1FW0A 4OESA 4ELRA 1B7ZA 3MAMA 4F19A 2DOJA 1B1HA 3H6TA 5I58B 4ZE8A 1O63A 4PP0A 1MQJA 3CR9A 4KYEA 1SDXA 3PPOA 4G77A 3RLFE 4LZ8A 3WAEA 2F6GA 3IR1A 4QHQA 2HEUA 2GRVA 1PEBA 1VR5A 2A5SA 1QUKA 3LUYA 4YU0A 3N6UA 4F3SA 2DE2A 4H5GA 2V93A 5ICTA 3JZJA 2ZYMA 5DVIA 5J1DA 3VFJA 1OMPA 1MPBA 1P99A 4U4SA 3HSTA 1B6HA 1B0LA 4GOTA 4R2FA 4GF8A 3UN6A 1US5A 1URSA 3B7DA 1FQCA 2HFBA 4ELOA 3M3KA 1QVSA 4XIGQ 3S9LC 1NFTA 3T93B 3CRBA 4EXLA 4F31B 1LAGE 1FTOA 1SYIA 1M5BA 3CG1A 3IK6B 2Z22A 3UGWA 3MC2A 4LQ5A 4G2ZA 2QS3A 5H8NB 5I2NB 2O51A 3TQWA 1NL5A 5H8SA 4F18A 5EYFA 3VVDA 2VP1A 5TPAA 3PD8A 3RUMA 4MH5A 1B40A 3H3GA 2O7UA 1OLCA 2NUVA 2O68A 3WAFA 2XXTA 1MY2A 3MP8A 4NF8B 4R72A 4G68A 3IAZA 1WDNA 1B51A 3IOTA 3BFUA 2P2AA 3G7WA 1B3GA 4QRZA 3MVWA 1GGGA 2R9JA 1B52A 1GTKA 5AA2D 1SW1A 1H45A 2BJJX 1MDP1 3OO9A 4TLLB 4HS7A 4F3BA 3G3GA 3KBRA 1ZIUA 1RYXA 4IY6A 3ODBA 2I58A 1P1OA 2E1SA 1N7XA 2NXOA 2VHAA 5DTBA 3HN0A 5I59A 2ZXTA 2VD3A 3THIA 4WEDA 4JBZA 3BBRA 4POXA 3QK6A 1AH5A 2YLNA 1RKMA 1DTZA 3OXNA 2XXIA 5AE4A 2P0SA 3QAXA 4NTLA 3QSLA 3FV2A 1EZPA 4OENA 4Q0CA 4QFNA 1UTHB 1XT8A 1AMFA 3CFXA 5H8QA 1MQIA 3RGYA 3RN8A 4LZ7A 4LA9A 4F1YA 2DE3A 4NF5A 2RC9A 4I9DA 1NNKA 2REGA 2OK2A 1MQGA 1TT1A 2I4CA 1TFAA 5HM4B 1B3FA 1T0KA 4YB6A 3EHSA 1B5HA 4E0XA 2THIA 1TXFA 2ZNSA 2UYEA 1ELJA 2Q89A 4FIMA 5AA2B 1PC3A 3IORA 1FQDA 2HQ0A 2Q88A 4NEDA 3FVGA 4G8HA 3U93A 3TTNA 3TQLA 5H8HB 1A55A 1YPNA 5BUUA 4GXAA 1FTKA 3FUZA 1IXHA 4JSOA 2XXXA 3I5OA 5AA4A 3O29A 5I57A 3FVKA 4DZ1A 4ZE9A 3MVXA 1LAFE 1M5DA 1I6QA 2Q9TA 3SDFA 1YAEA 2UVHA 3IB0A 1Y1ZA 3C35A 1LB9A 3TCFA 2GHBA 5JTYB 3TPAA 4H6DA 1JW5A 1USYH 3I3VA 3K6XA 2IA4A 2RC7A 3T9UA 3IB1A 4EQ9A 3PU5A 4WXJA 3QIMA 1XOCA 3PUZE 2GFEA 2RKMA 5ICQA 1Y4CA 5CM6A 2B65A 4JSDA 1MDQA 4LONB 4U21A 3TEPA 4AB6A 1URGA 3GBAA 4YKIA 1BLFA 2I48A 1PBPA 1MXXA 4EQBA 4OEVA 4DXBA 4OFLA 4G8MA 4FEDA 4Q30B 2V3UA 2H5YA 3KSXA 4IO5A 3IJOB 4F22A 4QSDA 4IO6A 5B70A 4ZEBA 4UACA 1R9QA 1MH3A 3VXCA 2A5TA 4FATA 4XXUA 4GL0A 3UP9A 4DCXA 2FNCA 4JDFA 2XXYA 4BDOA 2I0CA 5TU0A 1IQ7A 3OELA 4JB7A 3MPLA 4ZEIA 5TP9B 4OMBA 2ESNA 2QL3A 3T9HB 5CMKA 1AL3A 3H6WA 2DQVA 4X1BA 3FVNA 2QSXA 2DVZA 1QW0A 2Z23A 3H6VA 3IJXB 1Y9UA 1MXWA 3MVYA 3AXFA 3SEYA 1HSLA 5DVJA 1I6BA 5JK4A 3ONMA 3C36A 4RPOA 4GWOA 2OWTA 3TODA 1UTBB 3E9XA 5L8DA 3ZKKA 5ITOA 1YCJA 1BP5A 2D5WA 4LUBA 1Y3NA 5FHOA 2XX9A 3QUFA 1ZU0A 2F7AA 3TFLA 4R6KA 3T96B 2F36A 2R71A 3FV1A 3K4UA 2UVIA 2XXPA 1SW4A 5B7DA 3HV1A 3IB2A 3PUXE 3H4ZA 3USDA 3GXAA 3QUJA 3OSQA 2ALUA 2RF1A 3KJTA 3OO8A 3ILUB 2I6EA 4UA8A 4GQOA 5I84A 5L9MA 4JWXA 4PFUA 4R6YA 2RINA 4KYSA 2IEEA 4GL8A 4QF9A 3K0VA 4H8IA 4P11A 4KYDA 4WKMA 3C32A 4IB2A 4XKQA 2FYIA 2H9BA 3KN3A 1MH4A 3OEKA 3KG2A 5I58A 2VGQA 4OYVA 1VSOA 1B7HA 4HW8A 3QXMA 1PB7A 3PPPA 2Y7RA 1A54A 1UIVA 3TTMA 2D3IA 1D9VA 1J1NA 3HO7A 4MF3A 4DLDA 4OXVA 1MY0A 1MG1A 1WODA 3U1OA 4OHNA 3O97A 1JEUA 3D4CA 3FXUA 1BIYA 3U8QA 3B6WA 3HPIA 3S4UA 2XXWA 4G8NA 5K2YA 1M5FA 2DWIA 4KCCA 3CSBA 2Z8DA 2ZYNA 2Q2CA 1AOVA 1B2HA 3PPRA 4X9TA 4M1VA 4QSEA 3RTWB 2PVUA 2F8DA 4QSCA 3M3LA 1MPDA 3R26A 2H98A 1FQBA 3VDFA 2RCBA 3MBPA 1DMBA 2F6PA 3FJ7A 1EH3A 4LVQA 1MPCA 2G29A 4RJZA 3DLNA 4ZZAA 3LSWA 3V8XB 4IY5A 2DE4A 3MW0A 3K00A 2ABHA 2I3VA 4NF6B 1OIBA 1QULA 4KD5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5IA 1NNFA 4PCDA 1FBEA 4DXUA 5EHMA 1XC1A 1LEVA 5H8NA 3RQTA 2QS2A 4C0RA 4FAJA 5I2NA 4P0GA 3C31A 1NUYA 1NH7A 1JQFA 1FPDA 4NN3A 4XKNA 3G3HA 2XX8A 4IO3A 5M2VA 3IFCA 3KZGA 3DP6A 3DM0A 2XXKA 3T66A 1NI9A 4X48A 1LBXA 4ZECA 2FBPA 2V84A 2Y7KA 3W9WA 4GD5A 3PGFA 4NF8A 3PUVE 4YB7A 5DVFA 1SBPA 5F7VA 1P1WA 2REJA 1B3LA 3KN7A 1P1NA 3K1MA 4GRKA 3GLBA 2R8TA 4QFOA 3FJGA 1GVCA 2R6GE 1XS5A 5FHNA 3OENA 1H76A 2ZYOA 3ECRA 3R7XA 4I40A 3SETA 2V25A 3MQ9A 2WKYA 2BJIA 1TWYA 3LSXA 1F9BA 4KHZE 3MZ1A 3TDJA 1LBCA 1R9LA 3EQ1A 1SYHA 3O6IA 4JWYA 4U1ZA 3KGCA 4O3BA 4R2BA 4F2OA 5DYHA 4PF8A 4I8CA 1LBBA 2ZMBA 3MPKA 3PD9A 2Q8JA 4I62A 3TCGA 1US4A 5I56B 4U4XA 1IMAA 1NV5A 2HZKA 1ZBMA 1UTHA 2QRYA 4F2QA 3OMBA 1H43A 2Z8FA 2FHYA 4ND9A 2XXVA 1OQHA 3PPQA 4R6HA 4Z7EA 4KXPA 1H3DA 2DSFA 4LATA 1VE4A 1URDA 5H8FB 2QMXA 1FQAA 3DP8A 2W7YA 5ISUA 3KOTA 1FPLA 3L6HA 3FVOA 3LSLA 3FATA 4NMYA 5ITPA 4OEUA 4NG7A 4OVJA 4RXLA 3KOSA 1A8EA 2PX1A 5AA2A 2O6AA 3RYDA 1NKXA 1HSEA 2QS1A 4F3GA 5I59B 3CI8A 1MQHA 3HHGA 3OD7A 4P1LA 1R1NA 2PFZA 1FQEA 4XEQA 4LZ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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