1KWHA

Structure analysis algq2, a macromolecule(alginate)-binding periplasmic protein of sphingomonas sp. a1.
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKAKAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1 at 2.0A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Sphingomonas sp.
molecule keywords Macromolecule-Binding Periplasmic Protein
total genus 175
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA02
1ANFA 5H8SA 1QVSA 3KN8A 1B05A 3FIRA 2ONSA 1LCTA 4OFJA 1F9BA 2ONRA 3RLFE 3KZGA 3KG2A 5L8DA 3PUZE 2XXUA 1XS5A 5KDTB 1YCJA 1MRPA 3TCFA 4LZ8A 1SQYA 1JW1A 2NOOA 3FZVA 1N0TA 5KDTA 5K2XA 3H3GA 4F18A 5LOMA 3LR1A 1JETA 1P1UA 2YLNA 1NH7A 2I3VA 1IIWA 3W9WA 2H4IA 1BLFA 3O6HA 4BDLA 4YB7A 3O29A 4JB7A 4EQ9A 1JW5A 3R6UA 4P0IA 2AYSA 3FV2A 2Q8JA 3MP6A 4RJZA 2DE4A 5CRYA 3DP8A 3IOUA 4ISUA 3SESA 3MUQA 4GRKA 1J1NA 2HEUA 4XXUA 1MH3A 3MVXA 1SYIA 5JTYB 1B4ZA 4RNSA 2H9BA 4DZ1A 3A09A 4G68C 1TT1A 4GXSB 5EYFA 4NTLA 3WAFA 5JTYA 4OENA 1JEVA 2V3UA 4RA1A 1B1XA 3FVKA 4RPOA 3TDJA 2Q88A 4R74A 1GTKA 1US5A 3CRBA 1JQFA 1O63A 2F5XA 3K1PA 4DLDA 5JEIA 1B40A 3OEKA 1FTMA 3C36A 4HCYA 1EZ9A 2FNCA 3PD9A 4GF8A 1OQHA 2XXXA 1UTHB 3M3KA 3Q28A 2XXYA 3O9PA 1USYE 3V89B 3TTRA 4IO7A 3MBPA 4FATA 2D3IA 3S4UA 1B0HA 5CMKA 1JEUA 4ZZAA 4FIMA 3MP8A 4H1XA 1PC3A 3SKPA 1B7UA 1DMBA 3SERA 2KLFA 1Y3NA 4RPNA 1R6ZA 3N5LA 1ZBMA 2Y7PA 4ZEKA 2DWIA 4AQ4A 1TWYA 1LB8A 2DP8A 2YJPA 2REGA 3VDFA 4EXLA 3P7IA 4NF6B 4K3FA 5J1DA 3IORA 4OFOA 4LA9A 3VXCA 3LSXA 4OMBA 5IAIA 2ZMBA 4NF6A 5H8HB 3K1NA 2F6GA 3TTKA 2QS2A 2XXQA 3MVYA 5AA2B 5H8HA 3O66A 4FE8A 3DELB 4IO5A 5TPAB 1DPEA 4YB5A 2GFEA 3RQTA 5AA2A 3QUJA 1CB6A 4OVJA 3V5AA 3EHSA 1Z7NE 5TPAA 1IEJA 5L9OA 4GOTA 2X7PA 2W7YA 4MBPA 3TAJA 3EPEA 2OJTA 2AL4A 2VHAA 3GBBA 4PFUA 4GIZA 3QXMA 4M4GA 3PPRA 4O3BA 3UGWA 3TFLA 4LONB 1FQCA 3WAEA 2H98A 4PFWA 3MJNA 3C33A 4PETA 1MY1A 1XVYA 1P1OA 2P1SA 2DS9A 1FTOA 3USDA 4I1DA 3N26A 2Z8EA 1IITA 1B7ZA 3FVNA 1MQIA 4GLIA 2DVZA 5FTHA 3G3IA 2OZZA 4KQPA 2NUVA 1QKBA 4LP2B 1MG1A 4G8MA 2VGQA 5DVIA 1Q35A 3DLNA 1EZPA 2THIA 1NFTA 4ZEBA 4YU0A 3CR9A 3ILUB 3RNNA 4ZECA 1GV8A 2D5WA 3EHUA 3OENA 1D4NA 3V83A 2ABHA 1OVBA 1B32A 2PVUA 3FXRA 2DE3A 3W15C 1B3GA 1NNKA 2DE2A 2XXIA 3T9HB 1HSJA 2I0BA 4U1OA 1IZ1A 5DVFA 1LB9A 4JXIA 2F6PA 1I6BA 3T96B 2Y7IA 3FJMA 5L9SA 4YICA 1OQGA 4ELOA 3IB2A 3RT6B 4NF8B 3G3FA 2I3WA 1Y3PA 3HO7A 4XKQA 1PB9A 4RXLA 3CG1A 4NF8A 3GLBA 1OLCA 1ZU0A 2PT1A 3OO8A 4ESXA 2RCBA 3I6VA 1GGGA 5B7DA 2PX1A 5CMCA 3PV0E 1II5A 4H0WA 1Z7ME 1I6AA 2F97A 1IQ7A 4QFNA 2I4CA 1Y4TA 2NVUB 3KJ7A 2O7UA 3D4GA 1LAXA 1LSTA 2VP1A 1B51A 2F34A 3K6WA 2QRYA 3MZBA 3KOTA 3PGFA 3JZJA 4TOZA 2V84A 2XXRA 3K0VA 1O64A 4OQOA 3FGSA 3RY3A 5AA2D 4O3AA 3CSGA 3E4RA 3N6UA 3RN8A 3U93A 2I0CA 5CMMA 4F3GA 1MXYA 2ZNUA 3KGCA 4YB6A 1A54A 4ZEFA 3LBSA 4IGTA 4OEVA 1ATGA 4O3CA 2HZKA 3B6QA 3M3LA 4YKIA 1VFDA 4XIGQ 2V25A 4NE4A 3QYTA 2VOZA 4KFQA 5CBRA 4E0XA 3MVZA 1AL3A 4R73A 3HCQA 2XXVA 3RPWA 1M5CA 2PYYA 5ITPA 3OO6A 4F19A 3VLVA 4X9TA 4H5FA 5FTIA 2XD3A 3Q26A 2B3BA 1DTZA 4IY5A 4QRZA 2B65A 4C0RA 3MAMA 3O6GA 2RINA 4XKNA 3DP6A 3VVFA 4EQ7A 5HM4B 4OTEA 4JWXA 4F29A 2OCUA 2QMWA 1NNTA 3LC8A 3LSWA 1MS7A 1XOCA 1PDAA 2H5YA 4NF4B 3THIA 4YKPA 2ALUA 4G68B 3H6UA 3IB0A 2H99A 3HHGA 4R6KA 4U1ZA 4F2OA 1UTBB 4NF4A 4LATA 4YKKA 4G68A 4F1YA 2O7IA 3TUSA 4KYDA 1MPCA 4C1TA 2Q89A 3AXFA 3FJGA 3SEVA 1UTBA 2IEEA 3S2VA 4HS7A 3K4UA 3GXAA 4PQJA 2RF1A 3SDFA 1MQHA 4OWDA 4IO2A 1RYXA 4KD5A 4PP0A 2Y7KA 2HFBA 4ND9A 5CBSA 4ONYA 3CVGA 4LZ5A 1IXGA 2GHBA 4DE8A 1S9TA 1MY3A 3DM0A 3MWBA 3PPOA 4HTGA 3S9LC 3LUYA 4FAJA 4LUBA 3H6TA 4R2FA 3GZGA 4YKJA 3SETA 1PBQA 1SVXB 1Y3QA 3C31A 4H5GA 4U4SA 1MQGA 1WDNA 3QAXA 4KR5A 3OSRA 3ZS6A 3IX1A 1EU8A 4H8IA 1FQDA 4F39A 1P1QA 3U72A 4NF5B 2Z8FA 4YZZA 3R7XA 3IAZA 3MZ9A 5L9MA 3PPPA 1OMPA 4NF5A 4F1UA 3ONMA 4UA8A 2OBGA 3EQ1A 3IR1A 1B1HA 2F36A 3KOSA 2XX7A 1LCFA 3UA8A 3H7MA 2DVCA 1A7LA 2DXYA 3IOTA 1D9YA 3U92A 4KCCA 2V93A 1DTGA 4WKMA 1UTHA 5ICQA 2DQVA 4I9DA 4OZ9A 2P2AA 4NWCA 4WEPA 3O97A 3PD8A 5FHOA 5AA4B 2Z23A 2Q2CA 4H8JA 5AA4A 3JV9A 1B2HA 4GL0A 2V3TA 1UIUA 1B46A 1FQBA 2O1LA 5FHNA 1N04A 2AIXA 5BWJA 4U23A 4H67A 1QJMA 3MPKA 2ANJA 2A5TB 1LAHE 1M5BA 2HCAA 4X1DA 2O6AA 4R72A 5TU0A 2Y7WA 2A5TA 1B5JA 3VXBA 1BTJA 2QS4A 1B5IA 4OEUA 3F11A 3OO9A 1SYHA 1Y4CA 1ELJA 4R2BA 4JSDA 1B6HA 3HN0A 3PMVA 4LQ5A 1FQFA 2P0SA 2RKMA 3BBRA 4ZEIA 4FORA 3N94A 2O84X 2FYIA 1A40A 3CI8A 1H76A 2ZYNA 2ONKE 2F8DA 2DSFA 1PEBA 4QHQA 1P99A 3QUFA 4U4XA 3SEXA 3KEIA 2E1SA 3T22A 4GVOA 4FEDA 5CM6A 1Y1ZA 5BUUA 4OYVA 4AB6A 2Q9TA 1VSOA 3UK4A 5K2YA 2F7BA 1CE2A 3PUYE 4NEDA 5M2VA 4R6HA 1A99A 5DTBA 1A55A 1MM7A 1N7WA 3QSLA 4ZE9A 4DXBA 3KFMA 1N7XA 3PUXE 4EXKA 1P1WA 2V3QA 1MY2A 3MQ9A 1VFEA 3T93B 2CMOA 4QF9A 4JWYA 4BDRA 3CG3A 4Z0IA 4U22A 4P11A 3M3FA 3MPLA 1IUDA 4ZS9A 2G29A 1MXZA 3A3CA 5KZTA 3H06B 4QFOA 4Q8RA 2X7QA 1IXHA 4OERA 3C34A 4RYAA 3OSQA 3HPIA 3MW0A 3RTWB 1YTVA 1SDXA 1MM6A 3E9XA 2HAUA 3IB1A 3T9UA 4IO6A 4Q0CA 3SEUA 5KCJB 1ZTYA 4I62A 1OLAA 5H8QB 3O2AA 3A3UA 1B7HA 3I5OA 3TCHA 4F2QA 5KCJA 2O1MA 3D4CA 5H8QA 1MDP1 2X26A 5CC2A 3C9HA 5ELVA 3UN6A 5H8NB 5CI5A 2B3FA 2DWHA 4FJPA 2O69A 4OETA 3PMWA 3Q29A 3BKIB 1Y9UA 1ZLQA 3FVOA 1HSEA 3K6VA 3ODBA 3B6WA 4KHZE 2QS1A 4DIGA 1USYH 1JVYA 1XHYA 1WVJA 3ZKKA 1SD3A 4EDPA 2I58A 1FW0A 3TZAA 1SI0A 2NWJA 5FHMA 4PFYA 1N3XA 4F3BA 1B3FA 2OK2A 3H4ZA 4BLAA 1FTKA 3LSLA 3VE1B 4FEBA 4QSDA 2Z8DA 4Q30B 1MY0A 5AE4A 1SI1A 1POTA 2YPNA 4TLMB 3FXQA 4C1UA 4DCYA 4QFPA 1LFGA 2NXOA 1D9VA 3MP1A 2M8CA 1IXIA 3IO6A 1B52A 4N6PA 4G4PA 4KPTA 3R26A 4TQUQ 3OEMA 2HAVA 4NMYA 4EF1A 3EHTA 3RT8A 2RC9A 4F31B 1DSNA 3RUMA 3G3HA 3MVWA 2XXHA 4L17A 1EZOA 1H44A 1B0LA 4YMAA 3Q25A 1FTJA 2UXAA 2O68A 5A5XB 2I49A 1FQEA 3VVEA 1WODA 5I56B 4G77A 5DT6A 3OOAA 2XXWA 4KYEA 2FA7A 4QFLA 5I56A 5HPQA 3IJXB 4JWOA 3FASA 3U94A 4HW8A 4X1BA 4MF3A 2O51A 4Z7EA 1KWHA 2IA4A 1LBCA 3SEYA 1PB8A 1I6QA 3N6TA 1SW5A 1VE4A 3T9VA 3K1MA 4AB5A 4M1VA 1FTLA 4LZ7A 3CSBA 2GRVA 4ESWA 1PBPA 1PB7A 2UYEA 3S9EA 1NL5A 2PMSA 1QKAA 5TP9B 2XX8A 5ICTA 4OFLA 1LAFE 3MC2A 3K6XA 3VV5A 4YAHX 3KBRA 5H8FB 5TP9A 3PUWE 4KCDA 3UORA 4QFKA 1MQJA 3K2DA 2DXRA 1JW4A 1URSA 5H8FA 4XKRA 3M8UA 3UP9A 1LFIA 1RYOA 3RTFB 4BDOA 4EF2A 3PPQA 1MQDA 2DOJA 2F35A 4BDNA 3PUVE 3U1OA 1B5HA 3PU5A 4JSOA 2I48A 2DWJA 1ZMGA 2OLBA 2RCAA 3ZSFA 3OELA 2XXTA 3VLUA 4GD5A 1QW0A 1MY4A 1NH8A 1N84A 4LQ2A 1H43A 1M5FA 3B7DA 4DCXA 1FQAA 2ZYKA 2RC8A 2BJJX 4IGRA 4H65A 3C4MA 4F22A 1URGA 1NNPA 1I69A 2Q2AA 2REJA 2UVIA 3SEWA 2VD3A 2QS3A 3EF7A 4GL8A 5F1QA 1BIYA 3GBAA 4I8CA 1IXCA 4F1VA 2VD2A 3PPNA 1Y1MA 3TELA 1JVXA 1LBBA 3TPAA 3S9NC 3O6IA 1UQWA 1YAEA 2ZYOA 2G93A 1AOVA 2QPQA 3BFUA 5IKBA 1A8EA 3S9MC 1YPNA 1B3EA 2QMXA 2Z22A 3IO4A 2XX9A 3CFXA 2Y84A 1TFAA 1XVXA 5EHMA 2R71A 2HXWA 1R9QA 1DOTA 3H03A 2QSXA 4G8HA 3KSXA 1QUKA 3RGYA 4F3PA 3K01A 3TTLA 1N76A 5I2NB 3FJ7A 5I59B 3FD3A 3TKDA 2XD2A 1M5DA 4G8NA 1URDA 5I84A 4EQBA 5I2NA 3IOVA 1AIVA 3PMXA 4POXA 3V8XB 4E0WA 5I59A 4DDDA 2ZNSA 4N07A 4JBZA 3E3KA 3IOWA 1LGBC 2F78A 2H25A 2RC7A 1JNFA 1MDQA 5HBCA 3G3KA 3T9XB 1B58A 1DPPA 4OXVA 3BFTA 2ESNA 2PT2A 2UYFA 4NWDA 2OWSA 4FECA 3LSFB 3TTNA 5I58B 2UVGA 1L5TA 2A5SA 3FATA 4MH5A 4HCWA 4BDMA 4F3SA 5DVJA 1AH5A 1ZKBA 1R9LA 2R9JA 5I58A 4UACA 4ELRA 4LVQA 1HSLA 1R1NA 1GR2A 1BP5A 4GQOA 1AMFA 1MXXA 2ZYMA 3CFLA 3K00A 3C35A 3L6HA 2OWTA 4YMBA 2R6GE 4ECFA 4POWA 2AL5A 1O7TA 3OXNA 1OVTA 1Q1KA 4R6YA 4U21A 4IY6A 3L6GA 5CMBA 1OIBA 2E0SA 4N13A 1BKAA 3TQLA 1H3DA 3KN3A 4XKPA 4ZZEA 3K02A 3TCGA 4GWOA 4PE5B 5AA1A 1EH3A 2DYXA 1NKXA 2GH9A 3ILTB 3FUZA 4Q5TA 4H6DA 4GFRA 3FV1A 2PBWA 4IO4A 3TEPA 1B4HA 1QULA 5JK4A 2F7CA 1B3HA 3OD7A 1H45A 4U2RA 1B3LA 3EN3A 5I57B 4BDQA 1QUIA 2CZLA 1MPBA 4JDFA 5ITOA 3JYRA 3TMGA 5I57A 4WEDA 5EHSA 4RK2A 4R75A 2XHDA 3IL1B 1N3WA 5AA3A 1S50A 1XT8A 2HZLA 1MXVA 3OO7A 2ZXTA 5H8NA 3TQWA 4P0GA 5I2KB 1RKMA 3W9VA 1ZJLA 3CFZA 1SW4A 5I2KA 1SBPA 2I6EA 3G7WA 5ISUA 1FCKA 2QJEA 3H6WA 4QSEA 4ELPA 3ZKLA 1P1NA 4ZEDA 2Y7RA 4R9FA 3K6UA 4DXCA 1US4A 1TFDA 3UIFA 2I4BA 2XXPA 3KJTA 1MXUA 1MPDA 2UVJA 3IK6B 1MH4A 3OMBA 2HQ0A 4KI0E 1S7YA 4R9GA 1XC1A 2F7AA 1T0KA 3U8QA 2D21A 3H6VA 1SW2A 4RY1A 2QL3A 3I3VA 2ZNTA 1TXFA 4G2ZA 1VR5A 3TODA 4DXUA 3KSJA 3FXUA 1MXWA 3QK6A 3HV1A 4X48A 4OESA 5DYHA 3HHFA 3TTMA 1NNFA 2GHAA 1QUJA 4KYSA 1LFHA 2WKYA 5DEXB 4RK9A 3HSTA 4ZDMA 3FVGA 4OHNA 1GVCA 4WXJA 1M5EA 3IJOB 5F7VA 3ECRA 4PFTA 1UIVA 5DEXA 4IO3A 3C32A 3TYHA 1Y20A 3E13X 3G3JA 4MFIA 4MLQA 4QSCA 1SW1A 1LLSA 3Q27A 4IB2A 3B6TA 3KN7A 5A5XA 4EUOA 4THIA 2DWAA 3T66A 4ELQA 3VLWA 1LAGE 4GXAA 1B9JA 1POY1 4TLLB 1NMUA 3DP4A 2LAOA 3O28A 4MLVA 5B70A 3VVDA 1D3KA 1A8FA 1ZIUA 3VFJA 3QIMA 4ZE8A 3MZ1A 3G3GA 2UVHA 3CIJA 4XTCQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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