1M5CA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) in complex with br-hibo at 1.65 a resolution
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 84
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5cA01
3UA8A 1B4ZA 4NE4A 3SEYA 1VR5A 2G29A 3Q27A 5AA4A 4IGTA 5FHOA 1N0TA 4U4SA 5CBSA 3IB0A 1B5JA 4ZEIA 4N13A 1N7XA 4NTLA 2A5TB 1USYE 4GRKA 1ZLQA 1XHYA 2ZYOA 1JVXA 3EF7A 1ZKBA 1MPBA 4PE5B 1GGGA 3OO9A 3R7XA 3GBAA 1MH4A 5J1DA 1MRPA 5I2NB 3KJTA 4XXUA 1A7LA 1JETA 5K2XA 1B4HA 2X7PA 2YPNA 2A5SA 2RC7A 1ZTYA 4ELPA 4OXVA 2UVHA 3TODA 1H3DA 3PMVA 2UVIA 2F78A 5I2KB 3IR1A 2HAVA 4RNSA 1N3WA 4FEBA 1Z7ME 5HPQA 4IY5A 4FORA 4P11A 4Q30B 3RTWB 4L17A 3IB2A 2XXHA 4EXLA 2DYXA 1H43A 3CFLA 4F2QA 2DSFA 3C35A 2XXYA 2H98A 5B70A 1QULA 2O6AA 3TTLA 3I6VA 4QHQA 4LONB 4ELQA 3L6GA 2QS4A 3O6HA 1SI1A 4ZE8A 4YKPA 4GFRA 4KCCA 2YJPA 3HV1A 2B65A 4U2RA 3SEUA 4QFPA 1MS7A 3K6XA 5JEIA 3PGFA 2AIXA 3DP4A 3BFTA 3G3HA 3SDFA 3TZAA 2V93A 4R6HA 3CSBA 3LBSA 2O7UA 1USYH 3PMXA 2Z23A 1CE2A 1B5IA 2XXUA 4JSOA 1II5A 4EF2A 1MQIA 1M5FA 3PUYE 3IOWA 1FCKA 1M5DA 3HCQA 2DWHA 2HZLA 1DPEA 2ZNSA 3W15C 2XXWA 5ISUA 5ITPA 4OQOA 1BIYA 2CMOA 1UTBA 1P99A 2GRVA 3RNNA 4GQOA 4I9DA 4G8NA 2QJEA 4R75A 1LSTA 1FQEA 5BWJA 3KSJA 3KN7A 3UN6A 2Q2CA 4KCDA 4G2ZA 1A55A 1ATGA 1IXCA 5I58A 3VFJA 3FIRA 1R1NA 1SW5A 2QPQA 1ANFA 4Z7EA 3MQ9A 1B3EA 4JB7A 1AH5A 2D3IA 3K02A 4EQ9A 3MVZA 3G3KA 5TPAB 4G4PA 4ESWA 3U1OA 2X26A 3TFLA 4H1XA 2PBWA 3V5AA 2R9JA 4WEDA 2CZLA 2F7AA 1NMUA 4R6KA 4NF4A 2OZZA 3LC8A 2XD3A 1Y20A 3T22A 2REGA 3GZGA 4M4GA 1IITA 4RK2A 4QRZA 4IY6A 3K00A 3PD9A 1Y3PA 3GBBA 4YKKA 1ZMGA 2HFBA 4DXUA 2DQVA 4KHZE 3IX1A 3ONMA 1MXVA 2QMXA 3VLUA 3S9LC 4EQ7A 3OO8A 3FATA 3OO7A 3SESA 3E9XA 4QSEA 3IO6A 3O66A 4FATA 1QUKA 3E4RA 5AA4B 4YU0A 5DTBA 4UA8A 3KOSA 4R2BA 3M8UA 1Z7NE 4R9FA 1ZIUA 2XXXA 4G77A 2OLBA 5AE4A 3VVFA 1P1NA 4TLMB 4ELOA 5KDTA 1O64A 1T0KA 1M5BA 1SBPA 3H6WA 3FXRA 4WXJA 3OOAA 1EU8A 3TQWA 4GXSB 1MY0A 3O6GA 1DOTA 5DVFA 1MH3A 1A99A 3A3UA 5AA1A 4X1BA 5I56A 5CI5A 2DE2A 3HSTA 1H45A 2QS2A 4MH5A 1WVJA 4N07A 2OJTA 1B40A 1J1NA 3M3LA 3TCGA 2DE4A 1P1OA 4F3GA 5L9OA 5HM4B 2Z8DA 4ZEKA 1QKAA 3FVGA 3P7IA 1LBCA 2ONKE 3H3GA 3U8QA 4BDRA 1UQWA 3MVWA 4X48A 3SEXA 3T9XB 3IJOB 1B7UA 1SVXB 4OFJA 1H44A 2Y7RA 3FD3A 3M3FA 3CG1A 5KCJA 4F3SA 1PB9A 3KSXA 1XOCA 1MY2A 3ECRA 4H8IA 4MLQA 4H67A 1OVBA 3N6TA 3PD8A 4AQ4A 3VV5A 4XKQA 1XVXA 5JTYA 4G8MA 2I3WA 2RC9A 4YAHX 4TOZA 3H06B 4NWCA 3Q28A 5TP9A 5L9SA 3TKDA 2RKMA 3VLVA 5ITOA 5FTHA 3ILTB 2ZYKA 3OO6A 3RPWA 4ZEDA 2H9BA 3K1NA 2DVCA 3C36A 3FXUA 3K01A 5CMCA 2O69A 2ZMBA 2Q88A 3IOTA 3G3GA 3B6WA 3OEKA 4FIMA 1US5A 1Q1KA 3FVOA 5I57A 4F1YA 4KYEA 3IAZA 4KD5A 1B5HA 2FA7A 1I6QA 4F29A 2B3BA 4QFKA 1LAFE 1UTBB 4BDNA 1HSEA 2GFEA 3TTMA 2UVJA 4I62A 3CIJA 1UTHB 5AA2D 5I58B 3TYHA 5H8HA 1POTA 5H8QB 2M8CA 3CFXA 2AL4A 2H5YA 2YLNA 4GIZA 1AOVA 4PP0A 4R2FA 1FTOA 1AL3A 3SERA 3H03A 4G8HA 2I0BA 3G3FA 3K0VA 3T66A 4NF4B 4N6PA 4O3CA 3FJGA 1POY1 3QUFA 3RLFE 2VGQA 1H76A 5DVJA 2F7CA 3QXMA 3VXCA 2V25A 4MF3A 2DVZA 4R6YA 1UIVA 2QL3A 1OQGA 3USDA 2LAOA 1Q35A 1A8FA 2DXRA 3FV2A 2XXQA 1RKMA 4IO5A 3RT8A 2RF1A 3D4GA 3Q26A 2DWAA 4F19A 1B9JA 3KGCA 2XX7A 4ZEFA 2F7BA 4MLVA 4MBPA 3O9PA 2Z22A 4OENA 4ZS9A 5H8FA 4RJZA 3TDJA 1I6BA 1B3HA 5KDTB 3C32A 2FYIA 2UXAA 1PC3A 2VD2A 2R6GE 4OMBA 2G93A 4I1DA 4DCXA 1SYIA 1OMPA 3D4CA 4KYDA 1MQHA 4NF8A 1JQFA 1TT1A 1JW4A 4IO3A 3MP8A 3MVXA 3BFUA 3KBRA 3OMBA 5EYFA 4E0XA 1PBPA 2I4CA 2PVUA 2QMWA 3U93A 1IEJA 4YICA 5CMKA 1DPPA 4U1ZA 5I56B 3G3IA 5IAIA 4OETA 4GWOA 1XS5A 1Y3NA 1URSA 3ILUB 4IB2A 2ZYMA 3JZJA 4KFQA 4PFYA 1OLCA 2NOOA 4POXA 1MXZA 5KCJB 1QVSA 1IUDA 4HCWA 4R9GA 3QSLA 4AB5A 5JTYB 4X1DA 3TTNA 1A8EA 1ZJLA 3RT6B 5TP9B 2O7IA 1GTKA 1Y3QA 4GLIA 4R74A 4C1UA 1B0LA 1SW2A 4H6DA 1KWHA 3T9UA 2O1MA 1URGA 4JWXA 1JEUA 4IO2A 2H4IA 1LAHE 1D9YA 3F11A 1O7TA 2F6GA 4H5FA 1M5EA 5AA3A 4IGRA 4RPNA 3TELA 1UTHA 3DLNA 4G68A 3C34A 1GR2A 5CRYA 4EQBA 5I57B 2VD3A 3Q25A 4IO7A 5H8QA 3FJMA 4RY1A 5DEXA 2Y84A 1NNKA 1OQHA 2HZKA 2GHBA 4OEUA 2P0SA 1Y9UA 1B1XA 4C0RA 3MWBA 4BLAA 1ZU0A 1YPNA 2I48A 2Y7WA 2ALUA 2AL5A 3FXQA 3K6UA 2XXTA 3HN0A 5ICQA 4BDLA 3O2AA 4NMYA 4LATA 5H8HB 2Q9TA 3RTFB 3KG2A 3SEVA 1MXYA 4ZE9A 1DTGA 1LCFA 1MDP1 3N6UA 3MC2A 4O3BA 1P1WA 1PB7A 4NF5A 3OD7A 4KI0E 3VVEA 3EHTA 3W9WA 1VE4A 3FVNA 4GL0A 2QRYA 2OWSA 4OEVA 4NF6A 3TAJA 3ZSFA 1Y1MA 3K1PA 5IKBA 1GVCA 3OENA 1SW4A 4TQUQ 3MVYA 2RC8A 3K6WA 3O28A 3S9NC 3PMWA 4OYVA 2GH9A 3I5OA 1BKAA 2O1LA 1MG1A 4Q5TA 3UGWA 1B46A 3VDFA 3TCFA 3ZS6A 1MDQA 4F1UA 4GL8A 1AMFA 3R26A 1FTJA 3IOVA 2PX1A 3QYTA 3M3KA 1R6ZA 4OZ9A 1MY1A 2ANJA 1EZOA 2I3VA 5AA2A 1JNFA 3MAMA 3A3CA 4GVOA 5H8FB 2P1SA 1B32A 4AB6A 4QFOA 1PEBA 3C33A 5L9MA 1D9VA 4U4XA 4R72A 4OTEA 2DXYA 2HEUA 4ZEBA 1IIWA 2D5WA 1R9LA 4F31B 5CBRA 1S50A 3CG3A 1LCTA 4NF8B 4F2OA 4YB7A 4Q8RA 3KZGA 4BDQA 2F6PA 3LR1A 1B1HA 3N94A 3THIA 3MPKA 4KR5A 2KLFA 4ZZAA 4GXAA 4U22A 3FV1A 3PUZE 2UYFA 3O29A 3K1MA 4F18A 3JV9A 1SW1A 3QAXA 3PPRA 4ISUA 1I69A 4ELRA 1FW0A 3PUWE 5HBCA 1R9QA 1FQAA 1N76A 4F3BA 3H6UA 3CRBA 2XX9A 1SI0A 1JEVA 3BKIB 5TU0A 4HCYA 2AYSA 3Q29A 4I8CA 2OCUA 5DVIA 1VFEA 1MXWA 4RXLA 1P1UA 1IZ1A 3W9VA 4HW8A 3UORA 1LFHA 1RYOA 1JVYA 1F9BA 3BBRA 4ZECA 3RY3A 3LSXA 1B52A 5FTIA 1LB9A 3B6QA 3RGYA 3KOTA 1OIBA 3ZKLA 5DT6A 2Q2AA 1SDXA 1NH7A 4OFLA 4DIGA 2DP8A 3V83A 3MJNA 2QS1A 3MPLA 3E13X 1US4A 5H8NA 4YMBA 1YCJA 3FUZA 4ONYA 2ESNA 3HHFA 1I6AA 1MXXA 5B7DA 5JK4A 5A5XA 3MZ9A 3FZVA 4G68B 4KPTA 1FQCA 4ECFA 1VSOA 1BTJA 4G68C 5M2VA 1S7YA 1LLSA 3IL1B 1A40A 1NNTA 5DEXB 3U72A 4PETA 1LBBA 1MXUA 4FEDA 2ABHA 2RINA 1SQYA 3S2VA 4IO4A 2Y7IA 1N04A 1LB8A 3UK4A 3AXFA 4QFNA 3GLBA 1QUIA 3G3JA 3U94A 2DOJA 4OVJA 3KN3A 4P0GA 4XKRA 1NFTA 4HTGA 4U23A 3QIMA 2F97A 1M5CA 3PU5A 4NF5B 4WEPA 3MZ1A 1MY4A 4E0WA 4Q0CA 1B0HA 1XVYA 3R6UA 3N5LA 4NF6B 1PB8A 3O97A 5EHSA 3H7MA 5I84A 5I59A 2VHAA 1MQJA 2R71A 4GOTA 1B6HA 3MW0A 4JWYA 5CMMA 4O3AA 5H8SA 2XX8A 1B58A 2PMSA 3IORA 4PFTA 5KZTA 3SETA 2DWIA 4POWA 4DXCA 3KN8A 4LZ5A 4LP2B 3V89B 5K2YA 3B6TA 2O68A 3K2DA 1JW5A 2ZNTA 4BDOA 1NNPA 4LUBA 3B7DA 3CR9A 3I3VA 3DELB 4P0IA 4XKPA 5FHNA 3GXAA 2DS9A 2PT2A 1B3LA 2E0SA 5AA2B 1DSNA 4KQPA 1SD3A 4H8JA 4FJPA 1HSJA 2I6EA 3TMGA 4LZ7A 5ICTA 1IXHA 1N3XA 4U1OA 2XXIA 3H6VA 3ZKKA 3CI8A 1FQFA 2HAUA 3PUVE 3PPPA 4R73A 1MQDA 3RQTA 3V8XB 4H65A 1EH3A 1PBQA 4JXIA 1Y4TA 2W7YA 2Y7PA 5F7VA 1QUJA 1B2HA 4FAJA 1YTVA 4JBZA 1DMBA 1LAGE 3RN8A 2F36A 2X7QA 3FASA 1NKXA 1TFAA 4RYAA 3OEMA 3JYRA 4C1TA 4JSDA 1B3FA 4OWDA 1LFGA 1ELJA 4OESA 3HO7A 1EZPA 3SEWA 3EN3A 3IK6B 1QKBA 3O6IA 1UIUA 1B05A 2GHAA 4QSDA 2E1SA 2XXVA 2F34A 4EDPA 4LQ5A 4KYSA 2F5XA 1JW1A 2I4BA 2H99A 4BDMA 3RUMA 4DE8A 1TXFA 1IXIA 3LSFB 2NWJA 1GV8A 3CVGA 1RYXA 2Y7KA 5FHMA 4F22A 1XC1A 3PPQA 4DZ1A 3MP6A 1TWYA 1LFIA 2XHDA 3PUXE 1B7HA 4XIGQ 1DTZA 2OK2A 2PYYA 3KFMA 3TCHA 5H8NB 3OSQA 2F8DA 2WKYA 1EZ9A 4GF8A 2VOZA 1A54A 3K6VA 3T96B 3N26A 5A5XB 3C4MA 2ZXTA 1MM6A 3S9MC 4LZ8A 1XT8A 3DM0A 3MP1A 3EHUA 1MPDA 4UACA 3L6HA 2THIA 3A09A 4YB5A 1LGBC 1MM7A 4M1VA 1N7WA 2XD2A 3DP8A 1Y1ZA 4IO6A 1CB6A 5CC2A 1IQ7A 3T93B 2OBGA 3OSRA 4H0WA 2OWTA 3C31A 4QF9A 1BP5A 3IO4A 3TQLA 2HQ0A 4HS7A 1L5TA 2A5TA 3IB1A 4ZDMA 3HHGA 1QW0A 4PQJA 2BJJX 4DLDA 1NNFA 3VXBA 1URDA 4GD5A 4F3PA 2NVUB 3LUYA 2Q89A 5CM6A 3T9HB 1Y4CA 2QSXA 1S9TA 1NL5A 1O63A 5I59B 5I2NA 4PFUA 4F1VA 4DXBA 3EPEA 3S4UA 1WODA 1OLAA 4X9TA 4EUOA 2I0CA 3QK6A 1MPCA 2H25A 2RCAA 4FECA 2ONRA 1HSLA 2Z8EA 2O51A 1ZBMA 2B3FA 2XXRA 4EF1A 2D21A 2Q8JA 5I2KA 1MQGA 1IXGA 3EHSA 1D4NA 2XXPA 4JDFA 1TFDA 5ELVA 4ESXA 3G7WA 5EHMA 4WKMA 3U92A 1AIVA 3FGSA 4LA9A 1FTLA 3OELA 3SKPA 2F35A 4U21A 4Z0IA 2VP1A 1BLFA 1FQBA 5L8DA 4ZZEA 3H6TA 3MBPA 1YAEA 4QSCA 2IA4A 2DE3A 2FNCA 2O84X 3H4ZA 2ZYNA 1B51A 3EQ1A 2IEEA 3ODBA 3QUJA 3KJ7A 3T9VA 4DDDA 4QFLA 5F1QA 3TTRA 4YZZA 4RK9A 2HCAA 4LVQA 3S9EA 3TUSA 3VE1B 4RA1A 2PT1A 2ZNUA 4EXKA 2V84A 1P1QA 2V3UA 3UP9A 3CSGA 3IOUA 3TPAA 4FE8A 1QJMA 2V3QA 2HXWA 4DCYA 1MY3A 4YKJA 2RCBA 1B3GA 2ONSA 4MFIA 4OERA 3FVKA 1SYHA 4H5GA 4TLLB 3HPIA 4NEDA 3VLWA 4YB6A 3LSWA 5LOMA 3PPNA 3IJXB 1FTMA 2QS3A 4THIA 1FQDA 5TPAA 3TEPA 2UVGA 4PFWA 3OXNA 3CFZA 2Z8FA 4LQ2A 1N84A 4XTCQ 1PDAA 5DYHA 3E3KA 3WAEA 5BUUA 2REJA 2UYEA 4YKIA 3C9HA 3VVDA 3FJ7A 3MUQA 4XKNA 3DP6A 2DWJA 2NXOA 1OVTA 4RPOA 1FTKA 2I49A 4YMAA 3WAFA 2NUVA 4ND9A 4JWOA 1NH8A 1D3KA 1B7ZA 3KEIA 2P2AA 4OFOA 3PV0E 3LSLA 4F39A 1LAXA 5CMBA 3TTKA 4K3FA 2V3TA 3K4UA 1WDNA 4NWDA 3PPOA 4OHNA 1VFDA 2I58A 3UIFA 3MZBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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