1M5EA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) in complex with acpa at 1.46 a resolution
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 87
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA01
2O1LA 4HW8A 3VE1B 2XXRA 3M8UA 1VFDA 4NF8B 4IO3A 2RCAA 4TQUQ 1Y4TA 1XS5A 1SDXA 3K01A 3K4UA 3Q29A 4ELOA 3MPLA 1FTLA 3JV9A 3RNNA 3HCQA 4G4PA 4PFWA 4R6HA 3FASA 4IB2A 4H8IA 3DP4A 4F29A 3IL1B 1LAXA 3AXFA 3GBBA 3B6QA 3PPPA 2NVUB 1HSEA 4O3BA 1OVTA 3K0VA 4IGTA 1Z7NE 3P7IA 4F39A 4U22A 2XHDA 4ECFA 4NMYA 3CVGA 1MH3A 2E0SA 3T9HB 5CMKA 4ZEDA 4R9FA 1JVYA 1N3WA 1B6HA 1N84A 4OERA 3VVDA 2Y7WA 4OYVA 2NOOA 3TEPA 3PV0E 3SKPA 5H8SA 4UA8A 4QFNA 3RTFB 4H1XA 4ELPA 3TKDA 2REGA 1Y20A 1IZ1A 1D4NA 1JNFA 5TP9B 2GHAA 1P1WA 4DCXA 2V25A 1MXVA 1URDA 4F1VA 3THIA 3VXCA 3MVYA 1FQFA 4IO6A 1QUKA 2AYSA 1ZTYA 1AL3A 2GFEA 5ICQA 2ZYOA 3EPEA 1B3EA 3B7DA 3FVKA 4EF1A 4C0RA 3QUFA 3IOUA 3EQ1A 5I2KB 1XVYA 4IY5A 4RK2A 3SEUA 3TTLA 4GXAA 3CI8A 3EHUA 5DEXB 3DM0A 4U4SA 4NF8A 5AA2A 2QSXA 3B6WA 3OXNA 3K02A 4QHQA 5EHSA 3UA8A 2XXYA 1R9LA 3KBRA 3SEWA 2E1SA 4YAHX 2XXQA 2DSFA 2XX7A 1MY4A 4RYAA 2QS3A 2D3IA 4OHNA 4NF6B 3SEXA 1NNKA 4OVJA 2ZYMA 3E3KA 4KR5A 4QF9A 3CRBA 3PU5A 3S9NC 1B2HA 1PEBA 4AB6A 4P0GA 4ZS9A 1UIUA 3QK6A 4QFKA 2Z23A 5CMBA 4LUBA 1MPDA 5F7VA 3T9XB 1BIYA 1USYE 3QXMA 5DVJA 1A7LA 4OENA 3HHGA 2ZYNA 3O28A 4QRZA 1B7UA 1LBBA 3IK6B 4HS7A 2XXTA 4FE8A 1B5IA 5AA2D 1YTVA 4H65A 1L5TA 1H76A 5TP9A 4N07A 1SVXB 4FEBA 3PUZE 4Q5TA 4QSEA 3N26A 4EF2A 5DVFA 1Q35A 3K00A 3FVOA 3LUYA 3VLWA 4ESXA 3IOTA 2OJTA 4ZZAA 5I2KA 4G2ZA 4KI0E 3FXQA 3R26A 3TDJA 4GVOA 4ELQA 1FCKA 4ND9A 3TTRA 1OLCA 4GL8A 5I59B 4NF4B 1B3GA 1PBQA 4E0WA 4NWDA 3HN0A 5FTHA 1PC3A 2O1MA 1I6QA 2WKYA 3IO4A 3LBSA 5CM6A 4YB7A 5DTBA 1QULA 3ODBA 1JVXA 4ZEKA 4ZE9A 1B4ZA 3QUJA 4DXUA 2I6EA 2ONRA 4HCYA 1RYXA 1IQ7A 1F9BA 1SYIA 2F7CA 2UYFA 4U2RA 3LSWA 1B1XA 5I2NA 3I3VA 4MBPA 2NWJA 2Q9TA 4PFTA 1NKXA 2D21A 3OEKA 2ZNUA 1EZOA 2I0BA 1R9QA 4M4GA 4EQ7A 4P11A 2VD2A 3TCHA 4PQJA 2PT1A 3ECRA 2QL3A 3G3FA 1MXXA 3DP8A 1MM7A 1P1NA 5LOMA 4PE5B 1M5FA 1R6ZA 2F6PA 4JWXA 4P0IA 5HBCA 2Q88A 1SW2A 2XX8A 4IO7A 2RF1A 3HPIA 4F19A 4IO4A 2NXOA 5FTIA 1B3FA 3WAFA 2Y7RA 3MWBA 1N04A 3PPQA 4LQ2A 3MUQA 4Q0CA 1A40A 4GD5A 5M2VA 3D4GA 1B1HA 1FTKA 4L17A 5TPAB 1D9VA 4C1UA 1B05A 4K3FA 3ZKLA 1OLAA 4GRKA 2F5XA 3KN8A 1MXUA 1B51A 1H43A 2O69A 4OFLA 5I59A 1FW0A 1UTHA 3L6GA 4N13A 3MZ9A 2F35A 3HO7A 3PMVA 2IEEA 2RC9A 2XXIA 1MRPA 4EQBA 4NF5B 3FJGA 1EH3A 1B0LA 1ZBMA 3VLUA 2HXWA 4FATA 4ZE8A 2PT2A 5BUUA 3FVGA 3BFUA 3W9WA 4E0XA 1ZLQA 1M5CA 3S9LC 3K6XA 3TMGA 4FAJA 4OFOA 3MW0A 2OWTA 4WXJA 4RK9A 3K1NA 5F1QA 3S2VA 4ZDMA 1CE2A 3QYTA 1D3KA 3GZGA 2Y84A 4OETA 3CG1A 1POTA 1SD3A 3Q28A 2DOJA 3IOWA 2XXVA 4POXA 4X9TA 4YZZA 3GBAA 4QFOA 3QIMA 4H6DA 1FTOA 4ESWA 2F36A 3KN7A 3CFXA 3TCFA 1USYH 1URSA 2XD3A 1LLSA 2X26A 2P2AA 1B4HA 4YKKA 5ITPA 4DIGA 3S9EA 4O3AA 4GL0A 4DLDA 1MY2A 3IJOB 1YAEA 3SEVA 4BDNA 1D9YA 4LP2B 4R6YA 5B70A 3FJ7A 4THIA 4NF5A 4AB5A 3PMXA 2THIA 3TQLA 4C1TA 5FHNA 5AA2B 4R74A 4Q8RA 3EN3A 1TWYA 4EXKA 4OEVA 3IJXB 3UIFA 2I3VA 2W7YA 3RGYA 4EDPA 1OVBA 2AL4A 1JETA 1YCJA 1BP5A 3KSXA 3OSQA 2BJJX 1LAGE 2F78A 3C31A 2DQVA 2QS1A 3KEIA 3PPRA 1RYOA 3ZS6A 3RTWB 3VFJA 1P99A 5AA1A 3QSLA 1LFHA 3UK4A 1DPPA 1P1OA 5JTYA 2F7BA 4BLAA 3H6UA 1S50A 3OO8A 1T0KA 4I1DA 3A3CA 1NNFA 2ONSA 4GLIA 1MXZA 1MXYA 1VR5A 4IY6A 2CMOA 4AQ4A 5CMCA 3TUSA 3K6VA 3RN8A 1GVCA 1FQDA 1QJMA 2VOZA 4OZ9A 3TELA 5I57B 1P1QA 4F22A 2DE3A 3MC2A 4WKMA 1Q1KA 1GTKA 4ELRA 2H25A 3CSGA 3T9VA 1HSJA 1LCFA 2H4IA 3A09A 2H99A 3C32A 1B0HA 4DCYA 1QW0A 4U23A 1ZIUA 4H5FA 2Z8DA 2VD3A 2ONKE 1BTJA 1VFEA 2O7IA 3IR1A 4RXLA 2ZMBA 2Y7PA 4DZ1A 5K2YA 3SERA 2AL5A 2GRVA 3B6TA 4R2FA 3D4CA 4LATA 3V89B 3H6WA 3K6WA 4LONB 1NH7A 5I2NB 3H06B 2A5SA 3Q25A 3G7WA 3O29A 4I62A 3FD3A 1JW5A 2O6AA 3W15C 3PPNA 3JYRA 1NL5A 5HM4B 1N7WA 2R71A 2RKMA 5CI5A 2XXUA 4RY1A 1SBPA 4GQOA 1A54A 1DPEA 4U1OA 3U8QA 5H8NB 3OO6A 2G93A 2ABHA 2O84X 2XXWA 3IB0A 1H3DA 3MP8A 1NFTA 3O2AA 2QMXA 3EF7A 4KYSA 1NH8A 3O6GA 1P1UA 4X1DA 3I6VA 3N94A 2Z8FA 5I57A 3KGCA 1QUJA 4BDMA 3MVZA 2I48A 2HEUA 2ZYKA 5AE4A 1B5HA 4Q30B 2I58A 3LSXA 3MJNA 3MZ1A 1JEUA 5J1DA 5H8QB 3IORA 4YU0A 3LC8A 2V93A 1UIVA 4MLVA 1UTHB 1AOVA 1FQCA 1MPCA 3SEYA 3K1PA 3TTMA 3MVXA 4G68A 4XKNA 4OFJA 4BDOA 3CFZA 5HPQA 1IUDA 1PBPA 1OIBA 4KD5A 2P1SA 3O9PA 4Z0IA 4RJZA 2H9BA 2ZXTA 2F7AA 4GIZA 2O51A 1B7HA 3U72A 3W9VA 1O7TA 2FNCA 3ONMA 5CBSA 4PETA 4ONYA 1DSNA 4YKJA 3SDFA 2PX1A 5JEIA 4X1BA 3ZKKA 1NNPA 2PMSA 5H8NA 4ZZEA 4OMBA 1B7ZA 2RC7A 1US4A 1EU8A 1B32A 4JSDA 1US5A 5I56B 2F97A 1ELJA 3M3KA 2QS4A 1M5BA 4OESA 1WODA 4YICA 3RY3A 1MS7A 3FATA 5A5XB 5CRYA 2UVGA 2ANJA 1S7YA 1PB8A 2ESNA 3EHTA 2DXRA 2OLBA 1O63A 1BLFA 2QPQA 1NMUA 5DT6A 1UQWA 3VDFA 2HZLA 3O6IA 1B58A 1Y1MA 1JW4A 4JWYA 3OO9A 1KWHA 3FGSA 1OQGA 2UVIA 1Y9UA 3G3GA 5H8QA 4I9DA 2QJEA 1SI0A 3R7XA 3LR1A 4F2QA 2F8DA 1H45A 1TXFA 1IEJA 2OBGA 5H8FB 3L6HA 3H4ZA 4ZEIA 3ZSFA 4FECA 2B3FA 3T96B 3H3GA 3MPKA 4LZ5A 1MQDA 3OEMA 4NE4A 1LFGA 3CR9A 3KN3A 3VLVA 2UYEA 1J1NA 4H8JA 1BKAA 3H03A 2RINA 3ILUB 3V83A 4MH5A 1IXIA 3SESA 3KOTA 4RA1A 3GLBA 2D5WA 1DMBA 5L8DA 3UORA 1SW1A 3FVNA 2Z22A 3TAJA 4RPOA 4KFQA 2I4CA 3MP1A 4ISUA 1MY1A 3IB2A 3M3LA 4GXSB 1IIWA 2YJPA 3UN6A 1ZKBA 3S4UA 2VP1A 1EZPA 2PBWA 4YB6A 5I56A 2V84A 3G3KA 1LB9A 1TFDA 2Q2CA 4KQPA 5JTYB 1N7XA 4BDRA 4F31B 5A5XA 1QVSA 1JQFA 1MQJA 1B46A 5CBRA 4G8HA 4R72A 1QKBA 3PUYE 3RUMA 3UGWA 1PDAA 2I0CA 2Q89A 5L9OA 2HFBA 2REJA 2XXPA 3GXAA 1Y4CA 1FTJA 2OCUA 2YPNA 4DXBA 3RT6B 1PB7A 5L9MA 3OO7A 2G29A 5CC2A 1I6BA 2GHBA 5AA4A 5I58B 3OMBA 4G8NA 1Y3QA 2DVCA 5KCJB 2O7UA 4JXIA 3RT8A 1ATGA 3FV1A 1URGA 5H8FA 5L9SA 2ALUA 4JBZA 1XC1A 4TOZA 1LB8A 4ZECA 2UXAA 4OWDA 2DE4A 3FUZA 2DWAA 3QAXA 1SI1A 4MFIA 1VSOA 1FQEA 1H44A 4FORA 4RPNA 3TFLA 2UVHA 1ZJLA 2Q8JA 5IKBA 2GH9A 1AH5A 3K2DA 1LCTA 3G3HA 4OEUA 2HAVA 3G3JA 5EYFA 1MM6A 2OWSA 4NEDA 3PPOA 3KG2A 3PMWA 3KOSA 4NWCA 2FA7A 4LZ8A 1I6AA 2V3UA 3FZVA 3MVWA 2UVJA 1A55A 4F3BA 5KZTA 1MG1A 3N6UA 2O68A 3ILTB 4F3GA 1LGBC 4DXCA 3JZJA 4XXUA 3A3UA 4GOTA 4M1VA 3PUVE 3BFTA 4H0WA 3M3FA 2HAUA 1MPBA 2HZKA 1SW5A 4XKRA 1GV8A 3PD9A 2YLNA 4LA9A 3N5LA 3Q26A 3OOAA 1B40A 4HTGA 4EQ9A 2I3WA 3PGFA 1XT8A 3TTNA 5KDTB 2RC8A 2A5TB 4X48A 1B5JA 5CMMA 1MDP1 1WVJA 3KJ7A 5I58A 4R73A 3KSJA 4YMAA 3C4MA 3T9UA 4EXLA 5KCJA 3K1MA 1TFAA 2DWIA 1A8EA 3MZBA 4YMBA 3C9HA 4JSOA 4KHZE 2V3TA 4QFPA 1POY1 2LAOA 2XX9A 4NTLA 4F18A 3UP9A 2F6GA 1M5EA 4BDQA 1DOTA 3HHFA 1IXGA 4R2BA 2DXYA 4G68B 4PFYA 4TLLB 3VV5A 4H67A 2V3QA 3PD8A 3U1OA 1O64A 1XVXA 1CB6A 3BBRA 2X7QA 1HSLA 2OK2A 1LAHE 5IAIA 3G3IA 2QRYA 3VVEA 4WEDA 3T66A 3CIJA 4TLMB 5JK4A 2DYXA 4POWA 3FJMA 4YKPA 5ICTA 4F2OA 5ELVA 1MY0A 1XHYA 2H5YA 1GR2A 1I69A 4F3PA 1B9JA 3C36A 4RNSA 2XXHA 4EUOA 3FXUA 3H6TA 3KJTA 4JDFA 4IO2A 3CG3A 3DLNA 4O3CA 4HCWA 2HCAA 1MQHA 4ZEFA 5ITOA 3U93A 2Y7KA 1MH4A 1N3XA 2DE2A 3DELB 4ZEBA 5K2XA 2DVZA 2AIXA 1M5DA 5KDTA 2A5TA 1II5A 3PUXE 3I5OA 3E9XA 5EHMA 3T93B 4WEPA 4QFLA 1OQHA 5FHMA 4IO5A 2Z8EA 3H6VA 3TQWA 1Y3NA 4R6KA 3OD7A 3FXRA 1B3LA 3U92A 5BWJA 4KYDA 1VE4A 2F34A 3KZGA 4F1UA 3WAEA 2PYYA 4DDDA 1Y1ZA 4KPTA 1IXHA 3BKIB 4OXVA 4I8CA 2QS2A 4IGRA 5DEXA 1QUIA 2HQ0A 3F11A 4QSDA 5DYHA 3Q27A 1DTZA 4FIMA 4XIGQ 1QKAA 4MLQA 1WDNA 5B7DA 2VHAA 2KLFA 3C34A 4F1YA 4DE8A 1LAFE 2I49A 4JB7A 4NF6A 3VVFA 3MAMA 3R6UA 3TZAA 3TPAA 3MQ9A 1SW4A 3HSTA 1Y3PA 4LQ5A 4LVQA 1B3HA 1PB9A 1R1NA 4JWOA 3H7MA 4YB5A 3VXBA 2R6GE 1EZ9A 1MXWA 3FV2A 4U4XA 4G8MA 5H8HB 3C33A 3RLFE 1N76A 3E13X 5AA3A 2DS9A 3N6TA 3T22A 1DTGA 3CSBA 4FEDA 3OENA 3MP6A 3EHSA 2XD2A 3OSRA 4BDLA 3IOVA 3TCGA 1UTBB 1AIVA 4GWOA 5AA4B 4QSCA 4U21A 4G77A 4KCCA 3O66A 1MY3A 1Z7ME 4MF3A 1TT1A 3CFLA 1JEVA 1IITA 4GFRA 4OTEA 4GF8A 4OQOA 1RKMA 3IB1A 2XXXA 3O6HA 4R9GA 1SQYA 4NF4A 1NNTA 4FJPA 2OZZA 3LSLA 4PFUA 3IO6A 1FTMA 2VGQA 3C35A 3RQTA 4N6PA 1S9TA 3S9MC 1SYHA 2RCBA 3TYHA 3RPWA 2ZNSA 3V5AA 4XKQA 3U94A 3USDA 4YKIA 3TODA 1MDQA 3DP6A 3PUWE 3K6UA 1LBCA 1XOCA 4Z7EA 1LSTA 5I84A 5ISUA 1YPNA 3LSFB 5H8HA 3IX1A 3FIRA 1A8FA 3V8XB 2DWHA 4UACA 1FQBA 1FQAA 1ANFA 5FHOA 3SETA 3TTKA 2B3BA 1LFIA 5DVIA 2DWJA 2H98A 4LZ7A 2X7PA 2P0SA 1N0TA 4R75A 2I4BA 3E4RA 3OELA 4PP0A 1UTBA 1A99A 4KYEA 2R9JA 1B52A 4U1ZA 5TU0A 2QMWA 2PVUA 3MBPA 3IAZA 4H5GA 5TPAA 4F3SA 1JW1A 3KFMA 2Y7IA 2DP8A 2NUVA 2CZLA 3O97A 2M8CA 2B65A 4XKPA 1OMPA 1IXCA 2IA4A 2Q2AA 1ZU0A 1ZMGA 1MQGA 1GGGA 3HV1A 1MQIA 4G68C 2ZNTA 4XTCQ 2FYIA 4KCDA 1AMFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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