1M5FA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j-y702f) in complex with acpa at 1.95 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 85
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5fA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5fA01
1YPNA 4G68B 1FTOA 1S50A 1H45A 4NWDA 4DXUA 3BBRA 4QSDA 4G2ZA 2ANJA 1GTKA 1ELJA 4F1UA 2QS2A 3FZVA 3LUYA 4MLVA 1JQFA 4OHNA 1NNKA 2D21A 1AMFA 2Y7IA 2W7YA 2O7IA 1EU8A 1Q35A 1LB9A 4LP2B 1N3WA 1FQBA 3TQLA 1IXIA 1MPBA 4IO7A 3TFLA 4LUBA 1EH3A 4MFIA 2Q88A 3CI8A 3VLVA 1JW5A 5I2KB 3E9XA 4JWXA 2ZYNA 2OCUA 4OYVA 1S9TA 4E0XA 2X7PA 2H98A 3PUZE 4RJZA 2OLBA 1SI1A 3HV1A 1OIBA 1Y1MA 2Q8JA 3JV9A 4QFOA 4DXBA 4GL0A 2I49A 3MAMA 1M5BA 2O1MA 4QRZA 3KJ7A 4LZ7A 5M2VA 1QKAA 1B5IA 2DSFA 2XXXA 1LCTA 1UQWA 2ESNA 3IO4A 4YMBA 2QSXA 2X26A 1XVXA 3PMWA 3LSXA 3W9WA 4NF5A 3K00A 2ZYMA 2AIXA 2PX1A 4ZZAA 2O84X 4YKJA 3IJXB 3H6VA 1I6QA 4QSEA 2UVJA 3U8QA 1AH5A 4IO6A 2KLFA 4JB7A 2I4CA 3IB1A 4FORA 1SW1A 3GLBA 4POWA 5CC2A 3TPAA 3H3GA 4NE4A 4ZZEA 3I5OA 2OK2A 1LAHE 4Q8RA 4XXUA 4ZS9A 4IY6A 3V83A 3N26A 4KQPA 1MM6A 4F1YA 4OENA 1QVSA 3HHGA 4NWCA 2F34A 3E4RA 1UTBB 4YB5A 2V84A 2FNCA 4H5GA 3M8UA 1URSA 1Y4TA 1BP5A 1B3FA 5AA4A 3PU5A 2D3IA 2VGQA 4DCYA 3T96B 3KBRA 3TCHA 2AYSA 1MY4A 1SD3A 2V3TA 3F11A 1B4ZA 4I1DA 3SKPA 1B4HA 3PPRA 4N6PA 2QL3A 2ONRA 1LBCA 1LSTA 4H0WA 3MVYA 1T0KA 2P1SA 2OWSA 5JTYB 4KPTA 4MH5A 1N0TA 4OMBA 3RY3A 3T9VA 1IITA 1OMPA 3TTMA 5H8NB 1XVYA 1EZPA 3O6HA 3KG2A 5AA3A 3IJOB 1Y4CA 3RUMA 3IK6B 4BDOA 5HPQA 5KCJB 3SETA 1F9BA 1JVYA 4H6DA 1IXHA 4BLAA 3PPNA 3KZGA 4OERA 1NNFA 4GL8A 4QF9A 2D5WA 5FHNA 5TPAB 4HCWA 2XXQA 5TU0A 4KHZE 3M3KA 2F35A 4X48A 3VV5A 3QIMA 5I56B 3IL1B 1BLFA 1LFGA 3K01A 1GVCA 3C36A 3JYRA 5CMKA 1MXWA 4TQUQ 3H06B 3UIFA 1EZOA 2RF1A 3U92A 3Q28A 5TP9B 1BTJA 1N76A 4F1VA 2XHDA 4F3SA 4JSOA 5DVFA 5AA2B 2HAUA 5CM6A 3A3CA 1Y20A 4N13A 3V5AA 3ECRA 4NF4B 4R75A 3VVDA 3T9XB 3FD3A 4P11A 3K6VA 5F7VA 5IKBA 4NTLA 3OEKA 5DVJA 1O63A 1N7WA 3EQ1A 3EHUA 5CI5A 4XKPA 1VE4A 4HW8A 1WODA 2F97A 1UIUA 5H8SA 4PQJA 4ISUA 4OXVA 4RK9A 4FE8A 4ESWA 2H25A 1PBPA 1MH3A 5AE4A 5H8FB 2Z8FA 4YU0A 1TFDA 1B3LA 1Y3PA 1YAEA 4OFOA 3P7IA 2I6EA 2RINA 3H4ZA 3FXUA 2DWIA 3HPIA 3N6TA 3MVWA 1NFTA 3DM0A 1FTMA 4FEDA 4MF3A 3VLWA 3V89B 3IOWA 2I4BA 3R26A 2PVUA 4YZZA 3LBSA 1SYIA 3IX1A 4H8IA 3EHTA 3Q29A 3FASA 4NMYA 3KFMA 4F19A 3MUQA 1QULA 1PBQA 1ZIUA 5BUUA 5H8QA 2XXHA 3QUJA 4Z7EA 2FA7A 3FVOA 1SW2A 1B0LA 3MP6A 3KJTA 1SW4A 1P99A 1POY1 3OELA 4K3FA 2V93A 2XXYA 3RLFE 3FATA 4YKPA 3PUVE 4I9DA 5B7DA 3PMXA 3PUYE 4R74A 1IUDA 1B0HA 5HBCA 2B3FA 4PE5B 3PV0E 2F7CA 1LGBC 2I3VA 3OO7A 3H6UA 3MP1A 1LFIA 3SEXA 3OMBA 1AL3A 4X9TA 5B70A 3MW0A 1MDQA 3ILUB 2B65A 3MZ1A 4GIZA 4BDNA 2M8CA 2OBGA 3SEUA 3QK6A 4RYAA 4GQOA 3RT6B 2V3UA 4OFLA 5BWJA 3O6IA 3EF7A 4PFWA 1WVJA 4FAJA 3MZ9A 3ZKKA 1HSJA 2GFEA 3U1OA 3D4GA 3CG1A 4ZEKA 4L17A 2HFBA 2QS4A 1SYHA 3OOAA 2OJTA 3IR1A 1NKXA 4DDDA 3QXMA 4JXIA 1B7UA 1XS5A 3KOSA 1L5TA 4C1UA 1OQHA 2ZYKA 5AA1A 2VHAA 3RTFB 4FJPA 3MP8A 4LQ5A 1US4A 4ELOA 2XXVA 1NNPA 1B1XA 1B58A 2ZXTA 3THIA 4U23A 1FQAA 3MJNA 4EXLA 2GHAA 1JVXA 2PBWA 2XX7A 1Y9UA 3PPPA 4GLIA 2VP1A 4U1OA 3KN7A 5I2NB 4YMAA 1MXVA 4JDFA 5AA4B 3K1MA 1I6AA 4R2FA 3IB2A 3K6WA 3TYHA 1B32A 4GWOA 4QHQA 1O64A 2QMWA 1MY1A 3ONMA 4F31B 3FV2A 2A5TB 5DEXA 2H9BA 4O3BA 4G77A 2DQVA 3SEWA 4YB7A 3HSTA 2P2AA 3TTKA 3A09A 2DWAA 1WDNA 4NF6A 3E3KA 1LLSA 3S9MC 3SERA 2RC8A 5CMBA 2UVHA 1H44A 4KI0E 4I62A 4G8MA 2DWHA 3TKDA 4IO2A 1MQJA 4YAHX 4R2BA 5IAIA 4QFNA 4R6YA 3M3LA 2IEEA 3KSJA 2DE2A 3VVEA 3FXQA 4KD5A 1MQDA 4AB5A 4NF8A 5A5XB 2XXUA 5KDTA 5ITOA 3H7MA 1A99A 3BFTA 4PFTA 3K02A 4M4GA 4AB6A 3IOTA 2V25A 5K2XA 1MS7A 1POTA 1ZLQA 1FQDA 3PGFA 4X1BA 1P1QA 3A3UA 2O7UA 2DXRA 5ISUA 5FTHA 3R7XA 4G68A 3FJGA 3TTNA 3TEPA 3MPKA 3OSRA 1DTZA 3I3VA 2WKYA 2NOOA 1MDP1 4IO3A 5I59A 3AXFA 1LCFA 2UYEA 3M3FA 3B6WA 1HSEA 3LSWA 1JETA 2FYIA 4AQ4A 1DOTA 1MPDA 3IOUA 3MVZA 4THIA 4KR5A 4RPOA 3G3FA 4U22A 2Y84A 3TTRA 1B52A 2HQ0A 3DELB 3C4MA 1A8EA 3OO8A 3QAXA 2Z23A 2UVGA 2Q9TA 2THIA 3MPLA 4KFQA 3SESA 4DE8A 2UXAA 1MQGA 1MY3A 2DVCA 1ANFA 4EDPA 5FTIA 2Y7KA 3OD7A 2YJPA 3GXAA 3GZGA 4R9GA 1PDAA 4ND9A 1LAXA 4U4SA 3Q25A 3IAZA 4ECFA 2XXPA 1B05A 3S9LC 4ELQA 3G3KA 1P1OA 4ZE8A 1SW5A 4E0WA 2H4IA 1HSLA 1A7LA 1QUKA 2QS1A 3HO7A 3K2DA 1LAGE 4ELPA 3ODBA 3O66A 2NWJA 5I57A 3MQ9A 2H99A 2R6GE 3TMGA 3SEYA 1RYXA 3KN3A 3H6TA 3QYTA 4ONYA 1IXCA 3OSQA 4PFYA 1MXYA 3QUFA 2QJEA 3VE1B 1KWHA 2PMSA 2Q2AA 3BFUA 1JEVA 3B7DA 3MZBA 2Q89A 4HTGA 5K2YA 1OQGA 1P1WA 3HHFA 2E0SA 4WKMA 5H8QB 4FIMA 3UP9A 1MY0A 1IIWA 2Y7RA 4RNSA 1IZ1A 2AL4A 1TXFA 1OLCA 3VFJA 4QFKA 5ELVA 3O97A 3JZJA 4H1XA 5F1QA 1B7HA 1JNFA 3C34A 5I84A 4ZEIA 3QSLA 3K1PA 2QMXA 3OXNA 1MXZA 2PT1A 2ZNSA 3W15C 4ZEFA 3MVXA 3PPOA 1PB8A 1SQYA 4TLMB 4Q30B 4UA8A 1GR2A 2NUVA 3KN8A 3TAJA 1B2HA 1UTHB 1UIVA 4G4PA 1MH4A 3HCQA 1IXGA 3PD8A 3V8XB 3PD9A 1XT8A 1DPEA 1QKBA 2F6GA 3OENA 1TFAA 2DS9A 1Y3QA 5HM4B 2X7QA 5DVIA 3S9NC 1B3GA 5ICQA 3Q26A 2O69A 4FEBA 2XXWA 2VOZA 5CBSA 1O7TA 3CFXA 4M1VA 4H5FA 4EF2A 1AOVA 4R6KA 3G7WA 2F36A 3W9VA 4LZ5A 3KSXA 4XKQA 1USYE 2XX8A 4U2RA 1JW4A 1BKAA 4FATA 3RTWB 3EHSA 5DYHA 4ZEBA 4IO5A 4G68C 3T9UA 1FTLA 2RCBA 3WAEA 1MRPA 2F5XA 1ATGA 2F6PA 2Q2CA 3S4UA 1B7ZA 1NMUA 5H8HA 4R9FA 1PB9A 4EQ7A 4RPNA 5TPAA 3C31A 4YICA 3VVFA 5DT6A 3UA8A 3G3HA 3G3IA 4ZEDA 1TT1A 4XKNA 3U72A 2ZNUA 3S9EA 2V3QA 4MBPA 3TTLA 2DOJA 2DWJA 1B46A 2ABHA 2R71A 3FVNA 4OESA 1MQHA 2E1SA 1M5FA 3MWBA 2HCAA 2YPNA 3K6XA 2HXWA 5DEXB 1DSNA 1B3EA 3O29A 4N07A 3LSFB 2B3BA 1N84A 1ZU0A 1FTKA 4NF6B 1DMBA 2RKMA 1I6BA 2DVZA 3C32A 3T9HB 2XD3A 4QSCA 2ONSA 1NH8A 1MXUA 1FQCA 3S2VA 3FXRA 4O3CA 4R72A 1A40A 3PPQA 3FJ7A 3UORA 4ELRA 2G93A 4KCDA 2DYXA 3PMVA 2QS3A 5L9OA 1VR5A 4DCXA 2OWTA 4NF8B 3O6GA 4NF5B 4GVOA 4LQ2A 2P0SA 5EHSA 2Z8EA 2NVUB 4QFLA 4OETA 1FQFA 4ZE9A 1FCKA 4Q5TA 5H8FA 5FHOA 1SVXB 4IGTA 3T93B 4F3BA 1CB6A 5L9MA 4F22A 3C9HA 3HN0A 3CSGA 1DTGA 3IOVA 5ICTA 2HEUA 4PETA 5I59B 4Z0IA 3KGCA 4LA9A 3K4UA 1A8FA 3ZKLA 4YB6A 1OLAA 3N6UA 3IORA 2F7AA 3U93A 2Y7WA 4OWDA 5AA2D 2I3WA 3CIJA 1II5A 3N5LA 2HZKA 2DE4A 2UVIA 4EF1A 1D9YA 3O9PA 1NL5A 3FVGA 2RC9A 4LONB 1N3XA 1B51A 4F18A 1D9VA 1URGA 3K1NA 3USDA 1Z7NE 2XXRA 4HS7A 2HAVA 1IQ7A 1TWYA 4GD5A 3E13X 4OVJA 2O68A 5I57B 4U1ZA 3IB0A 1ZTYA 1URDA 3LR1A 3G3JA 1MXXA 2XXIA 1EZ9A 1RYOA 5I58A 4GOTA 1H3DA 3BKIB 3DP4A 2QRYA 3H03A 3TCGA 4OTEA 4RK2A 1P1NA 2I58A 1A55A 1D3KA 2GRVA 1ZJLA 3UGWA 2QPQA 2I0BA 3GBBA 1M5DA 1JEUA 1B6HA 1USYH 3VXCA 5CMCA 2A5SA 2VD2A 4KYEA 1H43A 4BDLA 4BDQA 3DP6A 2OZZA 2I48A 4KYSA 2IA4A 4G8HA 4H8JA 4IO4A 1QUJA 4KYDA 3VLUA 4LZ8A 1ZBMA 3Q27A 1N7XA 3KOTA 4R73A 1J1NA 3TUSA 2RCAA 3FJMA 5KZTA 2NXOA 3RPWA 4GXSB 3OO6A 3LC8A 1MQIA 2XD2A 5I2NA 1RKMA 3TZAA 1R9LA 3ILTB 4TLLB 2Z22A 1SI0A 1SBPA 3TQWA 3ZS6A 1FQEA 4OFJA 5ITPA 4ZECA 3GBAA 3OEMA 3PUXE 3RNNA 2A5TA 1R9QA 3OO9A 3O28A 1QJMA 4MLQA 3UK4A 4YKKA 3T22A 5I2KA 3TDJA 4ESXA 1ZKBA 5CMMA 3MC2A 4DZ1A 1BIYA 4GRKA 4XKRA 3CR9A 1I69A 3CSBA 2H5YA 4JWYA 3FVKA 2G29A 4OEVA 3L6GA 4DIGA 4OZ9A 1QW0A 4DLDA 2O51A 4H65A 1PC3A 1XC1A 3D4CA 2Z8DA 4X1DA 3G3GA 4HCYA 2PYYA 3PUWE 5A5XA 2ZMBA 2RC7A 2DE3A 2AL5A 1PEBA 2F78A 4GXAA 1FTJA 5H8HB 5CBRA 2I0CA 4U4XA 3O2AA 4RY1A 2ZNTA 5DTBA 3SDFA 4F3PA 4C0RA 4WEDA 1GGGA 4I8CA 1MPCA 3B6TA 4BDRA 4RXLA 1FW0A 4PP0A 3RGYA 1R1NA 1Z7ME 4FECA 2VD3A 1ZMGA 1UTBA 4BDMA 3VDFA 3WAFA 4G8NA 3L6HA 2UYFA 2ONKE 1SDXA 4IGRA 3T66A 4EUOA 1Q1KA 2REGA 4GFRA 2GHBA 4POXA 4QFPA 1LFHA 1CE2A 4KCCA 5L9SA 2O6AA 1M5EA 5EHMA 4LVQA 1NH7A 1XHYA 1B3HA 3MBPA 5FHMA 1XOCA 5CRYA 1US5A 3TELA 2LAOA 1A54A 1PB7A 4RA1A 4F2OA 1B9JA 3C35A 3RN8A 1B5JA 1GV8A 3FUZA 4OQOA 3K0VA 3R6UA 1VFEA 4DXCA 1P1UA 4F2QA 4P0GA 5JTYA 3C33A 4EQ9A 5J1DA 1N04A 4GF8A 3ZSFA 3TCFA 2HZLA 5H8NA 3RQTA 4WXJA 1OVBA 2DP8A 3K6UA 4XIGQ 2F8DA 5KCJA 1YCJA 2XXTA 1B1HA 4IY5A 3FIRA 3B6QA 4UACA 5EYFA 2DXYA 1AIVA 1H76A 1MM7A 1Y3NA 1B40A 2R9JA 1LBBA 3N94A 1DPPA 1VFDA 1JW1A 1B5HA 3U94A 4ZDMA 1MY2A 4JSDA 4F3GA 2ALUA 5I56A 3CFLA 3H6WA 3SEVA 1YTVA 4R6HA 2O1LA 3FGSA 4P0IA 4XTCQ 4JBZA 2BJJX 4YKIA 3I6VA 2XX9A 5TP9A 2CZLA 4F29A 1MG1A 4Q0CA 4OEUA 3KEIA 4C1TA 1S7YA 4H67A 5AA2A 4EQBA 1OVTA 4IB2A 1Y1ZA 3TODA 1NNTA 3CRBA 4F39A 4NF4A 3CFZA 5JEIA 1QUIA 4LATA 5JK4A 1VSOA 2YLNA 2ZYOA 3FV1A 5L8DA 4PFUA 1R6ZA 3LSLA 3CVGA 2GH9A 1D4NA 3RT8A 3VXBA 4O3AA 4EXKA 2Y7PA 1IEJA 1UTHA 3EN3A 5KDTB 1LB8A 4NEDA 3DP8A 1LAFE 5LOMA 2PT2A 3CG3A 4TOZA 3EPEA 1M5CA 3DLNA 5I58B 2CMOA 2F7BA 3IO6A 4WEPA 2REJA 4JWOA 3UN6A 4U21A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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