1MDP1

Refined structures of two insertion(slash)deletion mutants probe function of the maltodextrin binding protein
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPDPGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Refined structures of two insertion/deletion mutants probe function of the maltodextrin binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar transport
source organism Escherichia coli
molecule keywords MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
total genus 108
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence 2
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mdp102
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mdp101
4GLIA 4KQPA 3B6QA 3KEIA 4NWDA 3IORA 4PFTA 5LOMA 2UVGA 1SW1A 1J1NA 4H8IA 3T96B 2BJJX 4ZEDA 2DYXA 1B40A 1MY0A 4IO7A 4GQOA 4DXCA 4QFLA 4G8NA 3HHGA 1KWHA 1Y3NA 2O7IA 2AL5A 2ZYOA 5H8FA 3C33A 3TYHA 3OXNA 1LBBA 4HTGA 5DVFA 2F36A 5CRYA 4BDRA 1IXIA 3RTWB 3JYRA 1ATGA 3V89B 3LSWA 4KR5A 4ZEBA 2ONKE 4C1UA 4ZE9A 4JWYA 5CMMA 4QFOA 4IY5A 1YCJA 3HHFA 1NH7A 2H9BA 2I0BA 3QXMA 2R6GE 4R73A 4EQBA 3G3GA 2RF1A 2UYEA 2FNCA 1MXUA 1QUKA 1B7UA 4DZ1A 1JNFA 1SI0A 1DPEA 5J1DA 2B3FA 3OENA 1PB8A 5FTIA 1Z7ME 4RY1A 3S9NC 5AA4B 3FZVA 4XIGQ 1SI1A 1FTLA 1B58A 2NWJA 1Y4TA 3BFUA 2GRVA 1N3WA 3DP6A 2X7PA 3IX1A 3SETA 3C31A 1LAGE 3U94A 4GL8A 1B5HA 4ISUA 4M4GA 5TPAA 4JSOA 1NNFA 1M5FA 1YAEA 2IEEA 4OHNA 2VD2A 3TELA 1S7YA 3K6XA 4JWXA 3V8XB 2ZNTA 2QL3A 2GH9A 1OVTA 4KHZE 1ZBMA 5ELVA 1QW0A 2F8DA 1MXYA 5DVIA 5TP9A 3PUZE 1SYIA 2Q88A 1IITA 1OIBA 1MPBA 1MXVA 1Y20A 1FQFA 4X48A 2DVCA 1B32A 3SERA 4WEDA 2DXYA 2NOOA 4G68A 4QFPA 4PE5B 3MUQA 5H8FB 4QFNA 1UIVA 1MXWA 2XXRA 1P1OA 3IOVA 2RC8A 3QK6A 5B7DA 2XXVA 1USYE 4F2OA 1SD3A 3RTFB 2X7QA 1NL5A 4ELOA 1LLSA 4O3CA 1SW5A 3VVDA 4EQ9A 1MQHA 4XKNA 2Y84A 5A5XA 4KPTA 3H3GA 1QULA 5H8NA 1A55A 1MPDA 4OFOA 5F1QA 3EF7A 5BWJA 4DXBA 3HO7A 4YICA 3H03A 2Z22A 4FJPA 3OSQA 3PU5A 1PB7A 4IB2A 2F34A 2DE4A 3CVGA 4TLMB 4GVOA 2H98A 4EXLA 4GXAA 2AL4A 4ONYA 4ELRA 3T9UA 1MXXA 1A40A 2HZLA 1HSEA 4OMBA 1MDQA 1FTJA 2V3TA 3IR1A 3EQ1A 4Q5TA 4YKJA 2Q8JA 1XT8A 1MG1A 3RGYA 1JEUA 5TPAB 3K6UA 4YU0A 3IK6B 2XX7A 3MP8A 2D5WA 1OQHA 3VFJA 4K3FA 2I6EA 2I58A 4JWOA 1H43A 3N5LA 3E4RA 3O66A 2G29A 4QSCA 1AOVA 1ZIUA 3ZS6A 2ZXTA 2E1SA 1ZTYA 3O2AA 1AIVA 3EHSA 3M3FA 5TP9B 4BDMA 5KCJA 5TU0A 4F1UA 2DP8A 2IA4A 3TTMA 2HZKA 3GZGA 2RC7A 3A3CA 1XHYA 3K6VA 1O64A 2D21A 4KCCA 3MZ9A 1MS7A 2DVZA 3K0VA 1Y1MA 2NXOA 4O3AA 2ZYMA 2F6GA 4IY6A 1N3XA 4GXSB 1QKBA 1RYOA 1PEBA 3K02A 4HS7A 4LVQA 3Q26A 3MP6A 3TFLA 3H7MA 4EDPA 3IB1A 4R75A 3T66A 3WAFA 4OQOA 3VVEA 3Q28A 5CI5A 1F9BA 2OK2A 5AA3A 3RY3A 3CG1A 1LFGA 4KCDA 2DOJA 5I59A 5DT6A 3LUYA 2ANJA 5A5XB 3T9XB 1SQYA 1FQBA 5H8NB 4POWA 1ANFA 4LP2B 4IO4A 3FV1A 3OO9A 3OO7A 1JW5A 3E13X 4C0RA 1QUJA 3RPWA 1BLFA 1LB8A 3OEKA 1N7WA 3G3FA 4F22A 1YPNA 2OLBA 4N13A 3K2DA 3L6HA 4I8CA 4NF8A 4OVJA 3SEUA 1XVXA 1EZOA 2I49A 2O7UA 2VHAA 4OETA 4F1YA 2REGA 3A09A 4U4SA 3MJNA 3KN8A 1B5IA 1CB6A 1IXHA 1FW0A 1R1NA 4RA1A 3KFMA 4X1DA 3T22A 4GD5A 3V83A 3Q27A 2P2AA 1D4NA 2LAOA 2I3VA 5I58B 4H1XA 4RK9A 2FA7A 3OMBA 4QSDA 4F18A 3PD9A 4F2QA 2THIA 2XHDA 3H6UA 2QS1A 1SDXA 2REJA 4ELQA 1MY2A 4PETA 2ZYNA 3QAXA 4OFJA 1URGA 2XD2A 3N26A 1PBPA 2B3BA 4P0GA 3TTNA 4R9FA 3HV1A 4FEDA 1BTJA 1UTHA 1Y4CA 4QHQA 4P0IA 4FEBA 3IL1B 5DEXA 2RCBA 4RPNA 5AA2A 1VFEA 1JETA 3MQ9A 1CE2A 5DTBA 3N6UA 3PUYE 4LQ2A 4DIGA 3KJ7A 4OZ9A 3ZSFA 4JSDA 4E0WA 2ZMBA 4OENA 4YMBA 2FYIA 2QS3A 1VE4A 4NWCA 1JEVA 5AA1A 1NKXA 2DXRA 3FJ7A 1I6AA 2DE3A 1USYH 3KBRA 1Z7NE 1B9JA 4YB6A 3UA8A 1L5TA 1M5BA 3FXQA 3WAEA 1A54A 3SESA 1WDNA 3IOWA 3C9HA 3PPQA 5IKBA 3CFXA 3TUSA 4TOZA 1ZKBA 4Q8RA 5L9MA 3TTLA 1B0HA 1TWYA 2ESNA 4UA8A 5CMBA 4BDOA 3FXRA 2V3QA 5L8DA 1MQJA 3FJGA 4NF8B 5H8HA 4NF5B 2ALUA 1OMPA 1ELJA 4NEDA 4X1BA 2QMXA 4BDQA 2VOZA 3MPLA 3Q25A 3FUZA 1MPCA 4F39A 2O68A 3F11A 2Q89A 5EYFA 3IO4A 3U72A 4NTLA 2VGQA 2F7AA 4R9GA 1FTMA 1FCKA 4ZS9A 3PPPA 2HXWA 4Z7EA 1P1NA 3RUMA 2KLFA 1MY1A 3UGWA 3DM0A 2F35A 3ILTB 3B7DA 4G4PA 3KOSA 3VXCA 1OQGA 3FGSA 1MH4A 1B0LA 5EHMA 2F78A 3QYTA 4IO6A 3HN0A 1Q35A 1NNTA 4Z0IA 1B3FA 4I9DA 3RQTA 4FE8A 1BIYA 1H76A 1IQ7A 4F3SA 5DEXB 5CM6A 1B5JA 4U1OA 4XKQA 3QUFA 2XXTA 4JB7A 2Z8DA 3TTKA 3K6WA 1DTGA 5FTHA 1FTKA 1XOCA 1DOTA 4F3GA 4ECFA 5DVJA 4U21A 1P1UA 5AE4A 2OBGA 1MM6A 1B51A 1R9QA 3R6UA 3U92A 4QRZA 2I48A 1GR2A 4ZZAA 1B4ZA 1D9VA 3GXAA 3CIJA 4H65A 1A99A 3MPKA 3O29A 5M2VA 2W7YA 2F7BA 2Y7KA 1AH5A 2PMSA 3KSJA 3TAJA 2DE2A 2O1LA 3D4GA 2QPQA 1VR5A 5L9SA 3PD8A 4OXVA 1PB9A 3OEMA 4I62A 3IB2A 5B70A 2OJTA 2O1MA 2H25A 2G93A 3OO8A 4R6YA 1GGGA 1UIUA 3QSLA 3VLVA 1N7XA 5H8HB 3PPOA 5F7VA 1H44A 4IO5A 4ZDMA 4KFQA 4R72A 5EHSA 4C1TA 5KDTA 5L9OA 2F7CA 1US5A 4KYEA 3OOAA 3LSXA 3R7XA 1O63A 1FQEA 2OWTA 2ZYKA 3ZKLA 2Y7WA 3PV0E 1URDA 5H8QA 2H5YA 2GHAA 4RPOA 3G3IA 2QSXA 3LR1A 2PT2A 4U22A 4RK2A 1B3HA 1QVSA 1GVCA 3RT8A 1XC1A 3RLFE 3CI8A 3TCHA 1B7ZA 4IO2A 3G3JA 2QS4A 2H4IA 4XKPA 2O84X 3IB0A 4TLLB 5HBCA 1EZPA 5CC2A 3MVWA 3UP9A 1SW2A 1URSA 3MW0A 5FHMA 1FTOA 2XX8A 1N76A 4G8MA 4YZZA 4AQ4A 2Q2AA 3E9XA 4Q0CA 3MWBA 5FHOA 5I2KA 2ZNUA 3PMVA 3S9LC 4N07A 1B3LA 2XXUA 3JV9A 2A5TA 3IOUA 4FATA 3BBRA 1WODA 2GHBA 3SEYA 3KOTA 4G68B 4L17A 1EZ9A 3VVFA 4POXA 4PQJA 2QRYA 4TQUQ 4LZ8A 4AB6A 4F3BA 1QJMA 4R2BA 3A3UA 4THIA 4PFWA 3TDJA 1Y9UA 4Q30B 4XXUA 4F19A 3CFLA 4HCWA 5JK4A 5IAIA 2F6PA 1MQDA 1N04A 4R74A 2UVHA 3R26A 4LATA 4KYSA 1HSLA 1LGBC 2YLNA 1B3GA 2Y7IA 4H5GA 1RKMA 2V3UA 2DWHA 3FV2A 3I6VA 5ICQA 4LZ7A 3DP4A 3PGFA 2XXPA 3UK4A 4ZEFA 3HSTA 5CMKA 1SBPA 3O6IA 3UIFA 3FXUA 3Q29A 4WXJA 5I2NA 1DTZA 2XX9A 3V5AA 2WKYA 2XD3A 4WEPA 5ICTA 1IUDA 1R9LA 2M8CA 3VLUA 4GF8A 1MY3A 2Y7RA 1LSTA 4ESXA 2RINA 1XS5A 5CMCA 3G3HA 4H6DA 4X9TA 2ABHA 4OEVA 1AMFA 4LUBA 1UQWA 3KG2A 4LQ5A 2XXXA 3SEXA 1H45A 4FECA 4PFYA 4QF9A 1OVBA 1S9TA 1TXFA 3O9PA 3IAZA 3M3KA 3N6TA 5KCJB 2Q2CA 4ND9A 3GBBA 1D9YA 1LAXA 5ISUA 5I2KB 3K1MA 4NF6A 1FQDA 3VE1B 1MY4A 2HFBA 3CG3A 1IZ1A 3HPIA 4XKRA 2A5TB 3KGCA 4ELPA 1MRPA 3TPAA 2UVJA 3FVKA 3EHTA 2OWSA 2QJEA 2PX1A 1T0KA 1M5EA 3ECRA 1FQCA 3TQLA 3S4UA 3FVOA 1BKAA 1MDP1 3O6GA 3KSXA 1US4A 4G68C 5I59B 2UVIA 3EPEA 3K1NA 4E0XA 1ZU0A 2V84A 4MBPA 2QS2A 1LFIA 1Y3PA 3PUWE 3W9WA 1B2HA 1B4HA 2DWJA 2I0CA 1JW4A 4DE8A 3TTRA 4MF3A 3ZKKA 4UACA 3KJTA 4GWOA 5I2NB 1DSNA 1TFAA 1VSOA 2Z8EA 1IXCA 3TEPA 4HCYA 4ESWA 2VP1A 4BDLA 1B3EA 4JBZA 2F5XA 2XXYA 4DXUA 1MXZA 1P1WA 1P1QA 2GFEA 3THIA 1JW1A 1I6QA 1PDAA 1LCTA 4QFKA 2V25A 4KD5A 1RYXA 4OFLA 1B1HA 3CFZA 4MLQA 1MQIA 3O97A 1M5CA 4YB5A 3P7IA 3FATA 1B6HA 2CZLA 4OEUA 4IGRA 3PMWA 3H4ZA 4YB7A 2O6AA 3H06B 2HCAA 1XVYA 4DCXA 5CBSA 3DP8A 2NVUB 5KZTA 4NF6B 4EXKA 2RKMA 1LCFA 4KYDA 4F29A 4R6HA 5FHNA 3FD3A 4RYAA 1ZLQA 1UTHB 1A8FA 3G3KA 3K1PA 2R9JA 2ONSA 2H99A 4EF2A 2R71A 4PP0A 5AA2B 4RXLA 1A8EA 4BDNA 3PPNA 2DWAA 4FORA 3RT6B 1B05A 3UN6A 3S2VA 5JTYA 4G2ZA 1QUIA 3MVZA 4N6PA 3MZ1A 3FJMA 4I1DA 3BKIB 1YTVA 4MH5A 3RN8A 3TKDA 4YKKA 1M5DA 4GOTA 4EQ7A 1POTA 2Z8FA 2XXQA 5I57A 4YKPA 4OTEA 3M3LA 4DDDA 1BP5A 1POY1 1AL3A 5BUUA 5HPQA 3FIRA 2XXHA 3MC2A 1JQFA 1SYHA 3MZBA 4MFIA 4LA9A 5AA2D 2AIXA 3W15C 1DMBA 3K00A 2B65A 3VXBA 1IEJA 2DSFA 1MQGA 3OSRA 2CMOA 4U4XA 1B1XA 1N0TA 1MM7A 4BLAA 3TODA 3EN3A 2O51A 2VD3A 3L6GA 4P11A 3DELB 3W9VA 1OLAA 4U23A 2P1SA 4F31B 3TCGA 3MAMA 3BFTA 1NNKA 4JXIA 3FVGA 1B52A 2HAUA 3CSGA 1I6BA 1UTBA 3G7WA 3MP1A 1VFDA 2ONRA 2P0SA 3KZGA 1PBQA 3N94A 3HCQA 4GL0A 1D3KA 2V93A 3E3KA 1ZJLA 2Z23A 1B46A 3PUXE 4ZECA 4U2RA 3D4CA 3USDA 3C32A 3U93A 4IGTA 3FVNA 2PBWA 1GTKA 1LBCA 1IXGA 2A5SA 4IO3A 3SEWA 3H6TA 3B6WA 3S9MC 4MLVA 1PC3A 4RNSA 4OESA 2RC9A 3T93B 2XXWA 4R6KA 2NUVA 3EHUA 1MH3A 4DLDA 5I84A 4XTCQ 3ODBA 3LC8A 1P99A 1TFDA 3O28A 3M8UA 3OD7A 1EU8A 1QKAA 1R6ZA 4FAJA 2UYFA 1Y1ZA 4NF4A 5K2XA 4YMAA 5H8SA 3MVXA 4H67A 5K2YA 4GIZA 4YKIA 5JTYB 5I56A 4H0WA 1A7LA 3KN7A 5I58A 4F3PA 1B7HA 4H5FA 3TZAA 1SVXB 3GBAA 4OYVA 4DCYA 3ILUB 5I57B 2Q9TA 1ZMGA 4G8HA 1OLCA 3SEVA 2HEUA 4PFUA 4OERA 3MVYA 4ZEKA 1LB9A 3JZJA 3VLWA 4LZ5A 4QSEA 4U1ZA 3LSFB 1O7TA 1WVJA 3LSLA 2QMWA 4NMYA 3IJOB 3H6VA 1LAFE 4GFRA 2F97A 3UORA 4ZEIA 1JVXA 4M1VA 2I3WA 2X26A 2E0SA 5HM4B 4ZE8A 2OZZA 3LBSA 3OO6A 3IJXB 3TCFA 3U8QA 3SDFA 1LAHE 1GV8A 2PYYA 3QUJA 4KI0E 4F1VA 4EUOA 1S50A 4WKMA 2OCUA 2DS9A 5KDTB 2PT1A 4OWDA 3OELA 1UTBB 5JEIA 4ZZEA 5ITPA 2I4BA 3AXFA 1Y3QA 3C34A 3IO6A 3MBPA 2D3IA 4RJZA 3B6TA 1SW4A 2O69A 4G77A 5H8QB 3T9VA 1H3DA 3TMGA 4YAHX 2UXAA 1IIWA 3C35A 1II5A 1HSJA 3CRBA 4R2FA 2YJPA 4AB5A 4NF5A 3S9EA 3CSBA 3I5OA 1FQAA 2DQVA 3FASA 4O3BA 4H8JA 2AYSA 3H6WA 1TT1A 4LONB 1NNPA 4NF4B 3GLBA 3K01A 3VDFA 3C4MA 2I4CA 3O6HA 5AA4A 4EF1A 1DPPA 3IOTA 4HW8A 2YPNA 3C36A 3VV5A 1NH8A 3PUVE 5I56B 4NE4A 1JVYA 2XXIA 1NFTA 1NMUA 3K4UA 3DLNA 2DWIA 3U1OA 3RNNA 5ITOA 2ZNSA 3T9HB 1I69A 1Q1KA 2Y7PA 3PMXA 4JDFA 1N84A 5CBRA 3I3VA 3CR9A 5DYHA 3TQWA 3QIMA 3ONMA 2HQ0A 1LFHA 1EH3A 4FIMA 4GRKA 3KN3A 3PPRA 2HAVA 2PVUA 2RCAA 3SKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NUXA 4GLIA 4KQPA 3B6QA 3KEIA 4NWDA 3IORA 1FTAA 4PFTA 5LOMA 4MHFA 2UVGA 1SW1A 1J1NA 4H8IA 3T96B 2BJJX 4ZEDA 2DYXA 1FRPA 1B40A 1MY0A 4IO7A 4GQOA 4DXCA 4QFLA 2B4LA 4G8NA 4MNPA 3HHGA 1XI6A 1KWHA 1Y3NA 2O7IA 2AL5A 2ZYOA 5H8FA 2VT5A 3C33A 3TYHA 1IMBA 3OXNA 1LBBA 4HTGA 4JVCA 5DVFA 1IMDA 2F36A 1G0IA 5CRYA 4BDRA 1IXIA 3RTWB 3JYRA 1ATGA 3V89B 3LSWA 3EKIA 4KR5A 4ZEBA 2ONKE 4C1UA 4ZE9A 4PFRA 4JWYA 2ZZVA 5CMMA 4PC9A 4QFOA 4IY5A 1YCJA 3HHFA 1NH7A 1FBHA 2H9BA 2I0BA 5EQ8A 3QXMA 2R6GE 4R73A 4EQBA 3G3GA 2RF1A 2UYEA 2FNCA 3QMFA 1MXUA 1QUKA 1B7UA 2MKZA 4DZ1A 1JNFA 1SI0A 5LTCA 1DPEA 5J1DA 2B3FA 3OENA 1PB8A 5FTIA 1Z7ME 4RY1A 3S9NC 5AA4B 3FZVA 4XIGQ 1SI1A 1FTLA 1B58A 2NWJA 1Y4TA 3BFUA 1AWBA 2GRVA 1N3WA 3DP6A 2X7PA 3IX1A 3SETA 3C31A 1LAGE 3U94A 4GL8A 3MYUA 1B5HA 4PF6A 3D1RA 4ISUA 1FJ9A 4M4GA 5TPAA 4JSOA 4N91A 1NNFA 1M5FA 4P1LA 1YAEA 2IEEA 4OHNA 2VD2A 4P9KA 3TELA 1S7YA 3K6XA 4JWXA 1DK4A 3V8XB 2ZNTA 2QL3A 2GH9A 1OVTA 4N6KA 4KHZE 1ZBMA 5ELVA 1QW0A 3FXBA 2F8DA 1MXYA 5DVIA 5TP9A 3PUZE 1SYIA 2Q88A 1IITA 1OIBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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