1N76A

Crystal structure of human seminal lactoferrin at 3.4 a resolution
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
690
structure length
690
Chain Sequence
RRRSVQWCTVSQPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSEEEVAARRARVVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDGGYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNLCALCIGDEQGENKCVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNDAWAKDLKLADFALLCLDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQSETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of human seminal lactoferrin at 3.4A resolution
pubmed rcsb
molecule tags Antimicrobial protein
molecule keywords LACTOFERRIN
total genus 193
structure length 690
sequence length 690
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A03
1BIYA 2ANJA 4EQBA 2BJJX 2UVHA 4G77A 4NF4A 3MVYA 4O3BA 5DVIA 3WAFA 5F1QA 3QYTA 1CE2A 3OEKA 5DEXB 3KFMA 3UORA 1OIBA 4JDFA 3E3KA 4QFLA 2D3IA 1WODA 2RCBA 3SEYA 3VLVA 1DTGA 1Z7ME 4GFRA 5I59B 1AMFA 4MFIA 2QS2A 4BDLA 3VV5A 4GVOA 4M1VA 2RCAA 3CI8A 2O1LA 2XD3A 3WAEA 2F78A 4OHNA 4G68A 1R6ZA 1ZU0A 3CSGA 3V83A 2H99A 3TEPA 3CG3A 4KHZE 5I56B 2AYSA 4N07A 2I0CA 2QL3A 2OK2A 3BKIB 3T22A 5L8DA 2ZYNA 1I69A 4TLMB 1P1QA 3FATA 2XXUA 3H6UA 4Q0CA 3T9HB 4ELPA 1B46A 3O97A 1SBPA 3G3KA 4H65A 3FIRA 4O3CA 4KD5A 3TKDA 1Y4CA 4QFNA 1MXUA 4HS7A 2HEUA 2ZNTA 1ZKBA 5L9OA 1FTOA 1QUJA 2H9BA 3TDJA 4RJZA 4TQUQ 1FW0A 1ZIUA 2HAUA 1LLSA 1UIUA 2LAOA 4LA9A 4OZ9A 3TZAA 3IL1B 3SEXA 1TXFA 3U72A 3PUYE 1GV8A 1RKMA 3K0VA 3ONMA 1P1NA 2G29A 4WEPA 3A3UA 1LAFE 4OXVA 3USDA 1NFTA 3UP9A 1OQGA 1B51A 3TQWA 4PE5B 3OMBA 2F6GA 2YLNA 3SKPA 1Y3QA 4RYAA 2CZLA 3TPAA 1FQFA 1POTA 1FQDA 4THIA 3IX1A 4E0WA 4WXJA 2WKYA 1B05A 1ZLQA 2QSXA 3FUZA 2RINA 2V3QA 1SYIA 1FTLA 3QSLA 3MP8A 3VVFA 5KDTA 5ITPA 3TYHA 3MAMA 3U92A 2OCUA 2V25A 3O6HA 3LSXA 1LCFA 5JEIA 2NUVA 3QUFA 2FNCA 2X7QA 3EHSA 1MXWA 3H7MA 3U8QA 3CSBA 3SDFA 4R6HA 3S2VA 3P7IA 2B3FA 2W7YA 1EZ9A 4YKJA 1PBPA 1GGGA 1HSLA 2Z8FA 1P1WA 3CVGA 3PMXA 4ZZEA 4NTLA 3HV1A 2Q89A 2VD3A 3S9NC 5EYFA 3PGFA 4IB2A 2OWSA 1M5EA 3MJNA 4TLLB 1PC3A 2I6EA 1JEUA 3IJOB 1YCJA 2XXIA 3SETA 2AL5A 4RK2A 3G3GA 4ECFA 4AB6A 5TU0A 2Q88A 4F29A 3UGWA 3VLUA 4F3BA 2H25A 4QSEA 5BWJA 1Y9UA 4IGTA 2HZLA 3G3HA 5CMCA 2I49A 2ZYKA 3GZGA 2V93A 5FHMA 3MBPA 3FVNA 1DPEA 2ONRA 1A54A 5H8QB 1MPDA 3ZKKA 2ONSA 4DZ1A 5I58B 4YU0A 1H44A 3JZJA 3CIJA 5DVJA 1VSOA 2ABHA 4UACA 3CFLA 3B6QA 3OO6A 3C31A 1NKXA 3H6WA 5TPAB 1I6BA 1CB6A 3RUMA 2DXRA 4LONB 1PBQA 4PFWA 3SEVA 3E4RA 1LFHA 3MUQA 3FV2A 4F1UA 2OLBA 2Q2AA 4R74A 4N6PA 3IOWA 1B32A 2V3UA 3U94A 3C4MA 1Y3PA 1YPNA 2IA4A 4JBZA 2GH9A 3Q27A 3KZGA 5CMBA 1TT1A 3ODBA 4H6DA 4FAJA 1NNTA 2QS1A 3FVKA 2AIXA 2PT2A 4JB7A 4U22A 1LAHE 1ZMGA 3QIMA 1IIWA 3DP6A 1Y3NA 2F7AA 5JTYB 1R1NA 3LC8A 3MVZA 1QULA 2UVIA 4R6YA 4KYDA 1PB9A 1MG1A 1URGA 3GBAA 4LZ5A 1IXGA 1OVTA 1NL5A 2REJA 2ZYOA 5H8FB 2Q8JA 2R6GE 5ISUA 4MH5A 3PPRA 1FQEA 2XD2A 2R71A 3OENA 3RLFE 3FXUA 1B5HA 5H8HA 5IAIA 1OLAA 4OFOA 2O84X 1R9LA 1MM6A 4R2FA 1Y20A 4U21A 2OJTA 3BFTA 4POXA 4IO6A 4KR5A 3N5LA 4UA8A 4XIGQ 2QPQA 4DXBA 1N3XA 1UQWA 1LCTA 4QF9A 3K4UA 3FASA 1Y1ZA 3QAXA 3KJ7A 1A8EA 4ND9A 3VDFA 1P99A 4ZEIA 3OO7A 1JW1A 3RTFB 3IJXB 4Q8RA 4DCYA 4NF8B 2DOJA 4DXUA 3K02A 4EQ7A 5CBRA 5CM6A 1JW5A 1QKAA 4YB7A 4OWDA 5DEXA 1BTJA 1LB9A 3IOTA 3TELA 1QW0A 1SW5A 1IZ1A 5DTBA 3FVGA 2HCAA 4LQ5A 5ELVA 1M5DA 1JQFA 1POY1 5AE4A 1D3KA 1B6HA 5I59A 2CMOA 4EUOA 4LP2B 4WEDA 3LUYA 4PQJA 3FXRA 1MXVA 2DQVA 4EF1A 3TTLA 5CC2A 5LOMA 4RNSA 4ZE9A 5I56A 1AH5A 5A5XB 2P0SA 4HW8A 4G8MA 4PFTA 4IY6A 2DYXA 1GVCA 4ELOA 1MXZA 4BDNA 3QXMA 3G3JA 3RGYA 3H3GA 4G8NA 4R9GA 4G4PA 2F34A 1USYH 2DWIA 3W15C 2RKMA 4OTEA 1QUIA 3KN7A 3RTWB 5ICTA 3OO9A 1B3EA 4F2QA 1MQJA 1M5BA 4LZ7A 3M3FA 3TODA 1A40A 3DP4A 4R75A 3OEMA 1ZJLA 4H0WA 3RN8A 2GRVA 3MVXA 2QMXA 1JETA 4KYEA 4NF5B 1N0TA 2FYIA 1BP5A 4ELRA 3C32A 3PPNA 2XXYA 1URSA 1R9QA 5ICQA 3T9UA 1H45A 4MBPA 1HSJA 1MH4A 3K1MA 3RT6B 3TUSA 3CRBA 4ZEFA 5BUUA 3O29A 3HHFA 4F1VA 3IR1A 3KOTA 5J1DA 4DIGA 3H6VA 2Q2CA 4KI0E 2Y84A 4EXLA 3DP8A 3K2DA 1US5A 1XHYA 1N7XA 3GLBA 1FCKA 4FEDA 4TOZA 4HCYA 2HAVA 1QUKA 3A09A 4G68C 1YAEA 1LFIA 4OVJA 5AA3A 2GFEA 3AXFA 4RY1A 3N26A 1PB8A 4GLIA 3QK6A 4JSOA 2XXWA 3OSQA 3MP1A 3EHUA 1N04A 1TFAA 4U2RA 3B7DA 3MC2A 5ITOA 1ELJA 3LSWA 4ISUA 1MDP1 5TP9B 1IEJA 2I3WA 4DDDA 3EQ1A 2ONKE 4YICA 1S7YA 1JEVA 3IO6A 2PYYA 4P0GA 3DM0A 1B3GA 1Y4TA 1D4NA 2XXVA 5CMKA 4MLVA 3LSFB 1ZBMA 4OQOA 4ZEBA 2GHAA 3KG2A 3EF7A 2YJPA 1DSNA 1SI1A 2DXYA 3M8UA 3DELB 4RK9A 1Q35A 4OEUA 3EPEA 4OYVA 3TFLA 1IQ7A 4F31B 2G93A 4RPOA 5AA2D 3FZVA 5AA2B 1Y1MA 3OSRA 4PFUA 1JVXA 3PUWE 1MH3A 2F6PA 2XXRA 4G2ZA 1S9TA 2B65A 4MF3A 4IGRA 3MPKA 3V89B 3CFZA 5H8QA 5B70A 1A7LA 3F11A 5I2KB 4GRKA 2VOZA 1UTHB 3RY3A 2F8DA 5I58A 1BKAA 1H43A 2YPNA 4QHQA 1FTJA 4YKPA 2F7CA 1LFGA 3HPIA 1UTBB 1EZOA 3PV0E 3PD9A 1QVSA 2UYEA 5TPAA 5FTHA 4EQ9A 4KFQA 3RQTA 4BDMA 4NEDA 1DTZA 3PPOA 3C36A 3E9XA 1B1HA 3ECRA 1B3LA 1B0LA 1SQYA 3PU5A 1BLFA 2ESNA 2Y7WA 4GL0A 4F1YA 3ZSFA 4GF8A 4OENA 3K6WA 3SEUA 2PBWA 2PVUA 3FJMA 3R6UA 4NF6B 1A8FA 4WKMA 2A5TB 4LVQA 4MLQA 4KPTA 1O63A 3MVWA 2KLFA 1I6AA 4H5GA 3GBBA 3PMVA 5I2NB 1UIVA 4P11A 4XKQA 1IXHA 5JTYA 3KN3A 1ANFA 3T93B 1LBCA 1MRPA 4U4XA 4F39A 2DWAA 3IAZA 5HBCA 2Y7PA 3JYRA 2NWJA 3IOVA 2DE4A 5H8FA 5K2XA 4E0XA 4QSDA 3HCQA 3L6GA 4U1OA 4OFLA 3UK4A 5M2VA 4H1XA 4NE4A 2XHDA 1B2HA 3TQLA 3PUVE 3UN6A 4OETA 4ZECA 4X1BA 1XVYA 1N7WA 2VP1A 2UVJA 4DE8A 5F7VA 1VFEA 5KZTA 3UIFA 1VE4A 3S9EA 2V3TA 3KBRA 4YAHX 4NF8A 1EU8A 3GXAA 4QFPA 3BFUA 5DVFA 2VGQA 2RF1A 1SW2A 2DVZA 3D4GA 4I9DA 3OXNA 4R9FA 2E1SA 1SVXB 4FECA 3C35A 1NH8A 1B58A 1USYE 3O6GA 4FATA 4YMBA 3I5OA 1NNKA 2VHAA 4M4GA 3U1OA 5CBSA 3FJGA 3Q28A 1OVBA 2DVCA 3C34A 4GD5A 2UVGA 4GXSB 4DCXA 5A5XA 3CR9A 1PEBA 2DS9A 2V84A 4Z0IA 2XXQA 4Z7EA 3OO8A 3OELA 2AL4A 2O1MA 4X9TA 4KCCA 1HSEA 2OWTA 3LSLA 3H6TA 3TCGA 2THIA 3ILTB 4KYSA 3UA8A 4X48A 4IO2A 4NWCA 2XXPA 1S50A 2OBGA 1B3HA 4KCDA 4NMYA 4ZZAA 4YMAA 4QRZA 4EXKA 1B5JA 1B5IA 4YB6A 4F18A 4LUBA 3KSJA 3Q29A 2Q9TA 1L5TA 4HCWA 2P1SA 4YKKA 3I3VA 1B4ZA 2P2AA 2XXHA 3KJTA 1GTKA 1URDA 4NF5A 3O28A 3C33A 3VLWA 4H5FA 5H8NB 3DLNA 1YTVA 2DE3A 3O2AA 5I57B 1MY1A 4ESWA 4FEBA 1N76A 5AA1A 4ELQA 1MS7A 2I0BA 2QS4A 4ONYA 1FQCA 1MY4A 4ZEDA 3ILUB 2Y7KA 1XT8A 4ZS9A 3EHTA 2ZYMA 3G3IA 1JNFA 5AA4B 2XX8A 4C1TA 1MQIA 1B4HA 5HPQA 3MWBA 3IK6B 3O66A 3THIA 4I1DA 3M3KA 3MP6A 3QUJA 1MM7A 1VR5A 3K6UA 2DWJA 4F3PA 1MXXA 4IY5A 1OQHA 4R73A 4FE8A 2DSFA 5CMMA 2ZNSA 5FTIA 2Z22A 5TP9A 1IUDA 1KWHA 3R26A 3MZ1A 4PP0A 1B9JA 1OLCA 2Z23A 2O7UA 3SEWA 4POWA 3R7XA 1FQAA 3K1PA 1PB7A 2F35A 1TWYA 2O68A 2O7IA 4ZE8A 3I6VA 1JW4A 3CFXA 2VD2A 3PUXE 1D9VA 5AA2A 1MY0A 5FHNA 4ZEKA 2PT1A 3H03A 3SERA 2PMSA 5KCJB 1N3WA 4GQOA 3VE1B 4GOTA 3W9WA 3T9XB 4NF4B 4R2BA 1XC1A 2XX9A 3S9LC 4DXCA 1JVYA 1PDAA 4IO3A 1O7TA 2B3BA 4XKNA 3BBRA 3IOUA 4F19A 5CI5A 3RNNA 2Z8DA 5I2KA 4C0RA 4IO4A 2XX7A 1UTHA 3G3FA 4OERA 4G68B 1UTBA 2HZKA 4IO5A 1I6QA 1T0KA 4H67A 1LB8A 2F97A 1QJMA 1GR2A 2O69A 5JK4A 1EH3A 4OFJA 3ZS6A 2E0SA 2NVUB 1TFDA 3L6HA 3D4CA 1MDQA 4P0IA 1LSTA 2F7BA 3B6TA 2R9JA 3RPWA 4YKIA 3OOAA 2OZZA 1DPPA 2DE2A 3MPLA 3IB2A 5K2YA 2ZXTA 3LBSA 5EHSA 3V5AA 4HTGA 5H8SA 3T66A 3FV1A 3TCHA 5FHOA 3MW0A 3TAJA 3FXQA 4NF6A 1MXYA 1SI0A 3FGSA 2A5TA 3S4UA 1M5CA 2UXAA 2RC8A 1FTKA 4X1DA 2IEEA 5B7DA 3ZKLA 5I2NA 4R6KA 3PPPA 3TTMA 4JXIA 4YB5A 3FJ7A 3T9VA 1NNFA 1B7UA 1FQBA 4GWOA 4QFOA 4EDPA 4OMBA 3MQ9A 3PMWA 5CRYA 1Q1KA 2QS3A 3K6XA 2D21A 3T96B 3A3CA 4OESA 2QMWA 4XKRA 3Q26A 2H4IA 4DLDA 3IORA 2Y7IA 1P1UA 4U23A 3PUZE 3VVEA 1IXCA 1MPCA 2O6AA 2I58A 4QSCA 1NNPA 4K3FA 1H3DA 2A5SA 1Z7NE 1LGBC 4YZZA 3U93A 5KDTB 3TCFA 3LR1A 4PFYA 1O64A 1MQHA 4I8CA 2NXOA 2RC7A 2XXTA 1F9BA 1XVXA 3S9MC 3VXBA 2F5XA 2Z8EA 1N84A 2PX1A 2ZNUA 3VXCA 4FJPA 3VFJA 3HN0A 2HQ0A 4BDOA 2ZMBA 1B40A 4XKPA 4L17A 4U4SA 4ESXA 4GXAA 1QKBA 2M8CA 1DMBA 1A55A 2DWHA 2H5YA 2F36A 2I4BA 4N13A 2HXWA 4XTCQ 1M5FA 4IO7A 3EN3A 5DYHA 1MQDA 2UYFA 4BDQA 1SD3A 3TTKA 2QJEA 4ZDMA 3HSTA 3E13X 3HO7A 3V8XB 4JWYA 1B3FA 3CG1A 4LQ2A 4O3AA 2NOOA 1IITA 3OD7A 1H76A 4KQPA 3MZBA 2ALUA 4AQ4A 3B6WA 1RYOA 3O6IA 3IB0A 2I3VA 3IB1A 3N6UA 1US4A 4FIMA 4H8JA 1SDXA 1IXIA 4AB5A 3HHGA 1J1NA 1LAXA 3O9PA 2O51A 3H06B 3FVOA 1FTMA 4F3GA 4F3SA 3KGCA 1SYHA 1B0HA 2XXXA 1NMUA 3K6VA 1B7ZA 3MZ9A 4H8IA 3RT8A 3TMGA 5I84A 1LAGE 4G8HA 1OMPA 1NH7A 3KEIA 5L9SA 4PETA 1XS5A 5H8NA 4BDRA 2D5WA 4GL8A 4GIZA 1XOCA 2H98A 3TTRA 1P1OA 5I57A 4F22A 3PPQA 4R72A 1SW4A 2DP8A 3C9HA 4XXUA 3FD3A 2FA7A 3G7WA 4C1UA 3KN8A 3IO4A 2QRYA 5IKBA 4RA1A 4JSDA 3H4ZA 3M3LA 5AA4A 2GHBA 1B1XA 4BLAA 4OEVA 3N94A 3SESA 4Q30B 2HFBA 2I4CA 3KOSA 4I62A 4LATA 1ZTYA 3PD8A 3JV9A 3KSXA 5DT6A 1B7HA 1B52A 1AIVA 1AL3A 2X7PA 1EZPA 1MPBA 4FORA 4RXLA 3TTNA 2Y7RA 1VFDA 3K01A 5L9MA 4NWDA 3N6TA 1MY3A 4JWXA 1ATGA 2RC9A 5H8HB 1WDNA 5EHMA 4LZ8A 1D9YA 1RYXA 1SW1A 3K1NA 4JWOA 1DOTA 1AOVA 1MY2A 3W9VA 4U1ZA 5HM4B 3Q25A 3VVDA 1II5A 4EF2A 3K00A 2I48A 1LBBA 4Q5TA 2REGA 1MQGA 1A99A 2X26A 1WVJA 4RPNA 5KCJA 4F2OA 4QFKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BIYA 2ANJA 4EQBA 2BJJX 2UVHA 4G77A 4NF4A 3MVYA 4O3BA 5DVIA 3WAFA 5F1QA 3QYTA 1CE2A 3OEKA 5DEXB 3KFMA 3UORA 1OIBA 4JDFA 3E3KA 4QFLA 1DBZA 2D3IA 1WODA 2RCBA 3SEYA 3VLVA 1DTGA 1Z7ME 4GFRA 5I59B 1AMFA 4MFIA 4MMPA 2QS2A 4BDLA 1IMEA 3VV5A 4GVOA 4M1VA 2RCAA 3CI8A 2O1LA 2XD3A 3WAEA 2F78A 2QVVA 4OHNA 4G68A 1R6ZA 1ZU0A 3CSGA 3V83A 2H99A 3TEPA 3CG3A 4KHZE 5I56B 2AYSA 1KA0A 4N07A 2I0CA 2QL3A 2OK2A 4NQ8A 1QGXA 3BKIB 3T22A 2F3DA 2ZYNA 5L8DA 1I69A 4TLMB 1P1QA 3FATA 2XXUA 2FBPA 4GBVA 1NUYA 3H6UA 4Q0CA 5ET6A 3T9HB 4ELPA 1B46A 3O97A 1SBPA 3G3KA 4H65A 3FIRA 4O3CA 1NI9A 4KD5A 3TKDA 3RPLA 5I5PA 1Y4CA 4QFNA 1MXUA 4HS7A 2HEUA 2ZNTA 1ZKBA 5L9OA 1NV5A 1FTOA 1QUJA 3KBZA 2H9BA 3TDJA 4RJZA 4TQUQ 1FW0A 1ZIUA 2HAUA 1LLSA 1UIUA 2LAOA 4LA9A 4P9KA 4OZ9A 3TZAA 3IL1B 3SEXA 4O94A 1TXFA 3U72A 3PUYE 1GV8A 1RKMA 3K0VA 4MAGA 3ONMA 1P1NA 2G29A 4WEPA 4NN3A 3A3UA 1LAFE 1FBFA 4OXVA 3USDA 1NFTA 4PBHA 3UP9A 1OQGA 2PFZA 1B51A 2MKZA 3TQWA 4PE5B 3KC0A 4LN5A 3OMBA 2F6GA 2YLNA 3SKPA 1Y3QA 4RYAA 2CZLA 3TPAA 1FQFA 4PF6A 1POTA 1FQDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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