1N84A

Human serum transferrin, n-lobe
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Serotransferrin
publication title THE POSITION OF ARGININE 124 CONTROLS THE RATE OF IRON RELEASE FROM THE N-LOBE OF HUMAN SERUM TRANSFERRIN. A STRUCTURAL STUDY
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n84A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n84A02
3EQ1A 4NF6A 3H06B 4YICA 5I2KB 1MY2A 2XD3A 4JB7A 1IUDA 1UIUA 2QRYA 4GFRA 3MW0A 3H6VA 3PPOA 1Y9UA 1JNFA 3O6HA 3K1MA 3CRBA 4WXJA 4H0WA 2F78A 1BIYA 3OENA 4XKPA 1MS7A 3EN3A 1FTMA 3QSLA 4WKMA 4FECA 1JEUA 2XX8A 4LUBA 3PPNA 1Q1KA 3RUMA 3B6WA 3MWBA 4OFLA 4EF2A 3SEXA 2LAOA 1P99A 2VP1A 4OWDA 5ITPA 2ANJA 1SYHA 4EDPA 1EZPA 4OMBA 4GQOA 2XHDA 1LGBC 1B0LA 4NF8A 1A40A 4ZZEA 1EZOA 3FVGA 3OEKA 2RC8A 4BDQA 3TAJA 1Y1ZA 1Y4TA 1PBPA 3T9VA 3TYHA 4NWCA 3KG2A 1NH7A 3IR1A 2PVUA 3PUXE 5A5XB 2A5TB 2F7CA 4NMYA 4IGTA 4DCXA 2O84X 3TCGA 4F29A 1B3EA 1MG1A 1GR2A 1VFDA 2B3FA 3OSQA 2G29A 4ELQA 2DE4A 5FHNA 4M4GA 1B52A 5I59A 1CB6A 4ECFA 4G68C 4R6HA 1IZ1A 1XHYA 2XXWA 3H6UA 3W9VA 2VGQA 2V3TA 2DWIA 3R6UA 4OERA 1VFEA 1FQEA 1DPPA 5H8FA 4KQPA 3TTMA 1FQDA 3B7DA 2R71A 3VLWA 2XD2A 2Y7RA 1B3FA 3S9MC 2DWHA 1DTZA 3G3JA 3VLVA 4MFIA 1UQWA 3OO9A 3FXUA 3MZ1A 3KZGA 2Y7PA 2ZNTA 3KN7A 2I48A 3TTKA 3FASA 4ZEDA 1PEBA 3LSFB 4MH5A 4KPTA 2QMXA 2OWTA 1MPBA 3PUZE 4QSDA 3MZ9A 3KOTA 1DTGA 4KCDA 4QSCA 4EQ7A 2ABHA 5AE4A 1AMFA 5CI5A 2XXUA 2ESNA 1LB9A 3ZKKA 2HFBA 4XIGQ 3HHFA 2ZYKA 3TUSA 4KI0E 5CBSA 5L9SA 3ZKLA 2IEEA 3K00A 3PU5A 1H3DA 2UXAA 1N84A 4F31B 4GIZA 4E0XA 5DYHA 1P1OA 1P1NA 4GWOA 1QVSA 1ANFA 1USYH 5H8NB 4KYDA 4G2ZA 1LFHA 1IEJA 1R9LA 5A5XA 1NNKA 2A5TA 4ZEFA 4MBPA 5L8DA 1GV8A 1XT8A 3MC2A 3IO4A 4JSDA 5B7DA 2B3BA 2RINA 3IB2A 2DSFA 1MXXA 2HCAA 1Q35A 3T93B 1A8EA 2QMWA 2XXYA 1Y3PA 2NUVA 5F1QA 1O7TA 4BDOA 1ZLQA 4OFJA 4U23A 5KCJB 4NF5B 2GRVA 1ZJLA 4QSEA 2QSXA 5ELVA 2THIA 3WAFA 4GXAA 2GHBA 4YB5A 1Y3NA 1B4HA 4F39A 1LSTA 3VXBA 2Y84A 2I0BA 3ZSFA 4XTCQ 4UA8A 1B3HA 3LSWA 4IB2A 3SDFA 4Z0IA 3O6GA 3SKPA 4OHNA 1EU8A 1H43A 4IY5A 3GLBA 3ILUB 1UTBB 1IXCA 1ZBMA 4AB5A 1B32A 3TCHA 3FJGA 1OLAA 1QUIA 1ATGA 2I0CA 1MDP1 4G8NA 3FZVA 3BKIB 4ONYA 5CBRA 2D21A 4LP2B 3RN8A 3CSGA 4PE5B 3K1PA 3TQLA 3PV0E 1FTJA 3RGYA 1URDA 2I58A 1B3GA 3S2VA 2RC7A 3R7XA 4FORA 2OK2A 1B1XA 1B4ZA 1MQDA 3QAXA 3IL1B 1SDXA 3LSLA 5FTHA 4I1DA 3IOUA 4I9DA 2QS3A 5CRYA 4I62A 1FW0A 5H8NA 3DP4A 2F6PA 3FIRA 4E0WA 3R26A 1POTA 1OLCA 3IAZA 4OETA 4XXUA 2DE3A 2I6EA 1SQYA 3L6HA 4RY1A 3CG3A 4UACA 3PPRA 4YMBA 2PT1A 3C34A 5FTIA 4ZZAA 5J1DA 3Q29A 1B6HA 1QKAA 1EH3A 4LA9A 1S7YA 4YKPA 3MQ9A 1OQGA 3K01A 3UA8A 4R9FA 3OSRA 3N94A 5FHMA 5KCJA 4PQJA 2RKMA 2ZYOA 2R9JA 3IO6A 4NF5A 3RT6B 3C35A 3PMXA 3TTLA 4LQ2A 5CMCA 4F22A 3M8UA 2DXRA 4JSOA 4MF3A 4LZ8A 4RA1A 3EHTA 1OIBA 4LZ7A 4LQ5A 1LAHE 4EXLA 2O7IA 4H67A 5JK4A 5H8QB 1JVYA 2HAVA 1UTBA 1IXIA 4G8MA 3MPKA 4H8IA 5H8HB 3F11A 4R74A 1URGA 2RF1A 2NWJA 1Y1MA 1Y4CA 2H5YA 3H6WA 4IO3A 1IITA 1UTHB 1ZIUA 3KFMA 1TFAA 4YB6A 3KBRA 1O63A 2VOZA 4EF1A 4F3PA 1TXFA 1B2HA 1POY1 3U1OA 2I3VA 3PPPA 3RNNA 2NVUB 1NNFA 2UVJA 2F36A 2RC9A 4PFUA 3A09A 2DWAA 4R75A 5BUUA 3K6WA 2D5WA 3HO7A 4R2BA 5HBCA 1NMUA 5CC2A 4H65A 4FIMA 4BDRA 1I6QA 3EHSA 1KWHA 2X7QA 3N6TA 1NNPA 3GBBA 3SEYA 3JYRA 2CZLA 1B7ZA 1PBQA 4HCYA 3K6VA 4O3CA 3FGSA 1RKMA 2CMOA 5CMMA 5I2NB 5HPQA 3DM0A 3FJMA 3A3CA 3DELB 2QPQA 3L6GA 3PPQA 3UGWA 4YB7A 3CFXA 3K6XA 4OZ9A 4XKNA 3U92A 4QRZA 4OQOA 3GXAA 3OXNA 3EHUA 2PYYA 3VVEA 2XX9A 5EHSA 5H8QA 3PD8A 4XKQA 4HCWA 5H8HA 3FD3A 2Y7KA 1BLFA 3ODBA 4OESA 3TPAA 3MPLA 3RT8A 1QUKA 3IJOB 1I6BA 1A7LA 4JWYA 1D9VA 1UTHA 4BLAA 1L5TA 3C36A 2H9BA 3MVZA 5TU0A 4KYEA 1MQIA 1P1UA 3I6VA 4F2OA 3U72A 1A54A 1ZMGA 2P0SA 3LBSA 1VR5A 1GGGA 1LB8A 4IO7A 1M5BA 4RK2A 4ZEBA 3T22A 5EYFA 1MDQA 5L9MA 3VV5A 3PD9A 1XOCA 1NFTA 3CIJA 5DEXB 2ZNUA 1LFGA 5L9OA 3HHGA 1MQHA 5HM4B 2ZXTA 1RYOA 3K1NA 1YCJA 4PETA 4Q30B 4G68B 1BP5A 1SW4A 1IXHA 3A3UA 2UVHA 1B7HA 1S50A 1MY3A 4LVQA 1N76A 2HZKA 1LAXA 4P0GA 3OMBA 1AL3A 4HW8A 1PDAA 3I5OA 4FEBA 2NXOA 4QFPA 5AA3A 2OLBA 2VHAA 4GRKA 2KLFA 2XXQA 4R2FA 3ONMA 1XVYA 1M5CA 1O64A 4NWDA 5I2NA 1XC1A 4U1ZA 1R6ZA 1B7UA 1D3KA 4X48A 3USDA 5I58B 2QJEA 2BJJX 3GBAA 4GF8A 2XXPA 3OO6A 5AA2D 1JW1A 3O2AA 3IOWA 1NKXA 1HSJA 3QUFA 4NTLA 5KDTB 4PFTA 1MPCA 1B0HA 4DXUA 2I3WA 4ZE8A 4C0RA 4THIA 4HTGA 3MP8A 2AL5A 1T0KA 3VVDA 1TFDA 3O9PA 4R72A 4IGRA 2ALUA 5ITOA 2W7YA 2PBWA 2UVIA 4RK9A 4ZE9A 1RYXA 1MXZA 1H44A 1MPDA 4NE4A 1DOTA 4DLDA 3BFTA 3B6QA 1DPEA 4LATA 1LFIA 4AB6A 2XXXA 2OJTA 3K6UA 3IB0A 3OOAA 3U8QA 1D4NA 3MVYA 1NNTA 2XX7A 4R6KA 1SBPA 3VFJA 5DEXA 2Z8DA 1SYIA 3M3KA 2GHAA 3UK4A 4ZDMA 4KYSA 3KSJA 3SESA 3HPIA 3IORA 4BDLA 4DXBA 1IQ7A 4ND9A 4G68A 2ONRA 1HSEA 5FHOA 4PP0A 3OELA 1B9JA 1WDNA 3TQWA 2Q9TA 3RPWA 1JW4A 3CSBA 3FXRA 1NL5A 1B40A 5M2VA 2UVGA 4KR5A 3QYTA 1ELJA 2Q8JA 5DVFA 2HXWA 1J1NA 3MJNA 1JQFA 3H4ZA 4ESWA 2O6AA 4JDFA 2Q2CA 3RY3A 1B46A 2F35A 1M5DA 4H1XA 2NOOA 1DSNA 4GXSB 4RYAA 5I58A 2X7PA 1II5A 5JEIA 1SW5A 1ZTYA 1F9BA 2AIXA 2UYFA 4H8JA 3H7MA 2DYXA 4Q8RA 4O3AA 1OMPA 1R9QA 3THIA 1XVXA 4R9GA 1JVXA 1URSA 5KDTA 3VE1B 2V25A 2F6GA 2DOJA 3DP6A 3TODA 1USYE 2O1MA 5AA2B 3FVNA 3Q28A 4L17A 4U2RA 4RNSA 1LBBA 2V84A 1SI0A 4FEDA 1B51A 4Q5TA 2AYSA 2XXHA 2E0SA 4DE8A 1N0TA 4FATA 3FV2A 4BDMA 3TELA 1AH5A 4OXVA 4GOTA 3JV9A 3ZS6A 5TPAB 3MBPA 1QUJA 4OTEA 2VD2A 4YMAA 3G3HA 3I3VA 3C4MA 1AOVA 4JBZA 2PMSA 2HEUA 4G8HA 4TOZA 4P0IA 3H6TA 1Y20A 2RCAA 4YKIA 1B05A 3N26A 4RXLA 3FVKA 1FQCA 2V3UA 2DE2A 4ISUA 4RPNA 3PGFA 3ILTB 1CE2A 1HSLA 2GFEA 1QULA 5CMKA 1MY4A 2H25A 2A5SA 5ISUA 3H03A 2RCBA 2V93A 4F1UA 3V5AA 2ZMBA 1MH4A 5ICTA 5CMBA 4IY6A 4KHZE 1MY1A 3TTNA 5F7VA 1AIVA 2V3QA 4R6YA 4F3GA 3KOSA 2X26A 1N3XA 3FJ7A 3IOVA 2F34A 3V89B 4QFOA 3M3FA 1MXVA 2ONKE 4JWOA 5AA4B 4POXA 1H76A 3OEMA 2H99A 4EQ9A 3O66A 2F7BA 5AA2A 3EF7A 3HCQA 1SVXB 1QJMA 3PUYE 2FA7A 2YLNA 2Z22A 1MXUA 2DXYA 3W9WA 2O69A 2OCUA 3C33A 3TMGA 3O28A 3T9XB 4QHQA 1MQGA 5TP9B 3RLFE 3WAEA 3UORA 2YJPA 1B5HA 4LZ5A 5TPAA 4WEPA 1UIVA 1GVCA 4MLQA 1P1QA 1MXWA 4PFYA 5DVJA 1LCTA 1PB8A 2H4IA 2IA4A 3TKDA 4WEDA 4H5GA 3C31A 4ZEIA 1N3WA 5JTYB 3DLNA 5H8SA 2F97A 1EZ9A 4OYVA 1MM7A 1Z7NE 4ELPA 1PB7A 4OVJA 3IX1A 1SD3A 1B58A 1FQBA 2YPNA 5K2XA 3V8XB 1LBCA 3FV1A 3OO7A 3VXCA 4OENA 1MM6A 2OZZA 1FTKA 4IO6A 3O29A 3QXMA 2XXVA 3ECRA 1MY0A 4RPOA 2O68A 3T9UA 2HQ0A 2DVZA 4LONB 3O6IA 4PFWA 3SETA 4C1TA 1WVJA 1VSOA 3BBRA 1IIWA 1P1WA 5ICQA 4EUOA 4NF4B 2O7UA 3P7IA 1LAGE 4O3BA 2D3IA 3IB1A 3JZJA 3PUWE 1MXYA 3M3LA 3MAMA 4EQBA 3SERA 3LC8A 1M5EA 3FUZA 4DIGA 2ZYMA 3EPEA 4ESXA 1LLSA 5AA4A 5I2KA 4TLLB 5I57B 2DVCA 2B65A 1Z7ME 2REGA 2G93A 3TFLA 1FQFA 4HS7A 1WODA 3E13X 2XXRA 3RQTA 1R1NA 2Q2AA 5K2YA 2QL3A 1VE4A 3Q27A 3H3GA 1US4A 2E1SA 3KN8A 3RTWB 4ELOA 4FAJA 4M1VA 5TP9A 1FTLA 1YTVA 1I69A 4GD5A 1PC3A 5DVIA 4NEDA 3SEWA 2P1SA 3MVWA 3G3KA 3KN3A 3OD7A 1SI1A 1YAEA 4R73A 3U93A 4GL0A 4C1UA 4YAHX 5DT6A 1BTJA 4IO5A 3FATA 3VLUA 3CFLA 4X1DA 1BKAA 1LCFA 3O97A 5JTYA 3LR1A 3G3FA 4QF9A 2ZYNA 1YPNA 3K2DA 4U22A 3OO8A 3UIFA 1PB9A 2XXTA 4GL8A 3QUJA 1A8FA 1A99A 3S9NC 1QW0A 4F2QA 3G3IA 4GLIA 1JW5A 4KD5A 3T66A 2ONSA 2I4BA 3KJ7A 3UP9A 4N13A 3G3GA 4F3BA 4NF4A 2OWSA 2O1LA 3IJXB 4F1VA 5AA1A 2F8DA 3CFZA 1XS5A 4P11A 3RTFB 1A55A 4JXIA 4RJZA 3SEUA 1MQJA 1US5A 2FNCA 1M5FA 3N6UA 4POWA 2GH9A 1MH3A 4ZEKA 3C9HA 4U21A 3HSTA 4Z7EA 4N6PA 3BFUA 3FVOA 5CM6A 3S9LC 5I57A 4QFKA 1OQHA 3W15C 1FCKA 4BDNA 2REJA 3N5LA 4K3FA 1NH8A 1S9TA 1TWYA 4IO2A 3E3KA 4H6DA 3V83A 4X9TA 4QFLA 2I49A 3TTRA 3TDJA 3K4UA 3QIMA 4F18A 2PT2A 2F7AA 2UYEA 4YKJA 2VD3A 5LOMA 4FJPA 1N04A 4DDDA 3QK6A 3MUQA 4OFOA 1N7WA 1SW1A 5DTBA 3K0VA 3CI8A 3VVFA 3UN6A 3HV1A 4Q0CA 2FYIA 3KJTA 4KFQA 2DQVA 2AL4A 4DZ1A 5KZTA 1I6AA 4TLMB 1OVTA 2HZLA 3T9HB 4U4XA 3MP6A 4G77A 5I56B 3KEIA 1JETA 3C32A 4X1BA 2P2AA 4OEUA 4U4SA 4QFNA 5IKBA 2O51A 4DCYA 2Z8EA 3GZGA 3HN0A 2DP8A 2I4CA 1B5IA 4NF6B 3MP1A 2QS4A 5IAIA 4G4PA 4IO4A 3LSXA 2M8CA 1MRPA 4YU0A 1FQAA 2DS9A 3SEVA 3LUYA 3DP8A 3Q26A 5I84A 4TQUQ 3IK6B 3TEPA 3CG1A 4ZECA 1IXGA 2H98A 3PUVE 4ELRA 1ZKBA 4F19A 1OVBA 2DWJA 5B70A 2PX1A 3VDFA 1ZU0A 4H5FA 3D4GA 5BWJA 2OBGA 3S9EA 4DXCA 2ZNSA 3K02A 3D4CA 1H45A 4MLVA 1D9YA 2Z8FA 4I8CA 3MZBA 3PMVA 4NF8B 1JEVA 3PMWA 4YZZA 5EHMA 4KCCA 3IOTA 1B1HA 2Z23A 3CVGA 1Y3QA 3KGCA 1TT1A 2QS2A 1N7XA 4OEVA 3Q25A 4F1YA 3T96B 1B3LA 3G7WA 1QKBA 3U94A 1LAFE 1GTKA 3FXQA 4GVOA 2XXIA 2WKYA 3TCFA 3B6TA 2F5XA 1SW2A 3MVXA 2HAUA 4N07A 5I59B 1DMBA 4YKKA 4JWXA 4EXKA 1FTOA 2Q89A 3S4UA 4U1OA 4FE8A 2Y7WA 1B5JA 4F3SA 2Q88A 3E9XA 4ZS9A 5I56A 3TZAA 4AQ4A 3CR9A 2R6GE 2Y7IA 3AXFA 2QS1A 3E4RA 4XKRA 3KSXA 5H8FB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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