1NMUA

Mbp-l30
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
368
structure length
368
Chain Sequence
EEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Inherent Protein Structural Flexibility at the RNA-binding Interface of L30e
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein/ribosome
source organism Escherichia coli
molecule keywords maltose-binding periplasmic protein
total genus 122
structure length 368
sequence length 368
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1nmuA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1nmuA01
4C1UA 3SEUA 4RY1A 3W9VA 4DCXA 1QULA 1MY1A 5H8HB 1MQGA 2F8DA 4Q5TA 1ZU0A 2I3VA 1M5EA 3K00A 3JZJA 2Q9TA 1S9TA 3T9UA 1EH3A 1IZ1A 3IB1A 1NNFA 5B70A 2DE4A 1SYIA 3CSBA 3DP8A 3DM0A 4AB5A 4LZ8A 1B0HA 2G93A 1POY1 4JXIA 4XXUA 3MPKA 3P7IA 3Q27A 1NH7A 3FZVA 1EU8A 3TTMA 1XC1A 5HBCA 1MQIA 1TT1A 4EQ9A 2BJJX 1MXYA 1M5FA 5JK4A 3ZKLA 4NF5B 2Y7PA 2V84A 4KCCA 2Y7RA 2QSXA 4GFRA 5ITOA 3Q25A 4QFNA 1MPDA 3ONMA 3A09A 2B3BA 3FJ7A 3GBBA 3OSRA 1LAFE 4QRZA 1B3EA 3UP9A 4DIGA 1H44A 1A40A 2E1SA 1MG1A 2O6AA 2O1LA 1ELJA 1LB9A 4RYAA 3OENA 4IO3A 4MH5A 1B7UA 1LCTA 3U8QA 5H8FA 3GBAA 5FTIA 3VLVA 4OERA 1F9BA 4Z7EA 2Z23A 2FA7A 3N5LA 2GH9A 1CB6A 4OETA 3ECRA 4GF8A 4MLVA 5A5XA 3IB0A 1MH3A 3VE1B 4I9DA 2Q88A 4R75A 3OO8A 4G68B 1GV8A 4WKMA 1AH5A 1NL5A 2GRVA 4ELRA 3EPEA 3TPAA 5LOMA 4G2ZA 5FTHA 3VDFA 4RA1A 4YICA 1XS5A 1URDA 4OQOA 2W7YA 4YB6A 3VLWA 2HFBA 4QFLA 2F35A 1B32A 3MBPA 1M5BA 1FQFA 1P99A 4OYVA 2D21A 4QFKA 5KCJB 4QF9A 4ZE9A 5H8NA 4KYEA 3CFZA 1FW0A 1FTKA 3S9MC 3D4GA 5EHMA 3EF7A 1L5TA 4POWA 4U22A 5CRYA 5KZTA 4OWDA 3KSJA 4R73A 5I56B 3OEKA 1OVBA 2ALUA 4FORA 3MUQA 2ZNSA 5K2XA 2VHAA 4H67A 4F29A 3I5OA 3ILUB 2QMXA 1LFHA 4POXA 1N7WA 3ILTB 1B51A 3CG1A 1POTA 2R9JA 1IXCA 2ONKE 3FATA 4H8JA 4QHQA 1NNTA 5H8HA 3OO9A 2ZXTA 1UTBB 2O84X 3C34A 5AA4A 1IXHA 4YKIA 4ONYA 3PPQA 3H03A 4RNSA 4LUBA 3T96B 1B40A 1LAGE 4PFWA 2I3WA 2OWTA 3BFUA 3KZGA 2XD2A 3TCGA 4YMAA 2XX9A 3I3VA 2YJPA 2THIA 3M3LA 3FXUA 4ZZAA 2GFEA 2P0SA 2HAVA 5H8QB 3K6XA 4OENA 1TWYA 2A5TB 1PB9A 3TEPA 3FXQA 2O51A 3IORA 4YMBA 3OSQA 1MRPA 4PP0A 1N3WA 3K2DA 2DVCA 4MBPA 4ELQA 1RYXA 1US4A 1Y3NA 3PPOA 1GTKA 3U92A 3L6HA 3HSTA 4EDPA 2XXPA 3EHUA 4HCWA 4O3AA 3IR1A 4F18A 1Y3QA 1ATGA 3E9XA 3K1NA 3MVWA 1LBCA 2H99A 2VP1A 2DSFA 3UA8A 1MQHA 2F7CA 3SERA 1A54A 3MVZA 4UA8A 1LBBA 1ZTYA 2OLBA 3LSLA 5ICQA 3TDJA 4TQUQ 2D5WA 2RKMA 3TZAA 2B65A 4U23A 2GHAA 2NUVA 1UQWA 3RT8A 4R6HA 3O6GA 1IEJA 3TTRA 2Q2AA 2UYEA 4YU0A 3OOAA 4ESWA 2HQ0A 2XXRA 3K1PA 4K3FA 5AA2A 2REJA 3MW0A 1QVSA 3H06B 4NWCA 4ESXA 1Q35A 4G8HA 4ELOA 4NF6A 4TLMB 3RUMA 3H7MA 1QW0A 2XXWA 5H8FB 4LP2B 2P2AA 2RC9A 2X7PA 4RPOA 3T9XB 2H4IA 4FJPA 2HZLA 2XXTA 4JWYA 4RK2A 4XIGQ 2F7BA 3ZSFA 3G3JA 4PE5B 4F3GA 3RT6B 3SDFA 3N26A 3H6WA 2O68A 4G77A 4DXCA 4BLAA 1JETA 5IKBA 4KR5A 1XVYA 2QRYA 3O29A 4KYSA 4O3BA 3KBRA 5I2NA 1Y20A 1TXFA 4EUOA 3JV9A 2RCBA 2UVHA 4KQPA 4X1DA 1ZLQA 4KFQA 3LUYA 1SQYA 2F6PA 1JW1A 1VSOA 1AIVA 5DVFA 4THIA 1H45A 5DVIA 1MDQA 4LZ5A 1DOTA 2OBGA 1JVYA 4U1ZA 4U4XA 4KD5A 4R2BA 1R6ZA 4OFJA 1BIYA 4H8IA 2UVJA 3HHFA 2QJEA 3FVOA 4LQ5A 3IO6A 4R6YA 5H8QA 1Y3PA 4KI0E 1ZKBA 2F6GA 1GR2A 3TQLA 1PB7A 4NWDA 3G3HA 4FAJA 2AL5A 2HEUA 1I6BA 5I57A 3O9PA 2OWSA 1N3XA 5AA4B 4H1XA 4PFYA 2HAUA 3VFJA 1MXXA 2A5SA 2F7AA 3MZ9A 3V8XB 1MXZA 1ZBMA 4DLDA 2RCAA 2RC7A 1GGGA 1OLCA 3VV5A 4YAHX 5EYFA 3KOTA 3PUYE 2DWHA 1A99A 4LVQA 1I6AA 3S4UA 1LB8A 2IEEA 3QYTA 3S9LC 1MXUA 4U4SA 2HXWA 3S9EA 3PUWE 4LZ7A 4C0RA 3CG3A 1I6QA 2KLFA 3C35A 2I58A 1MQDA 4EQ7A 3ZS6A 3OXNA 3CI8A 4ZECA 2CZLA 3H6UA 1SW5A 1MM6A 4I8CA 1YAEA 3U93A 5BWJA 5TPAA 2V93A 5J1DA 1WVJA 4NTLA 3THIA 3KN7A 5FHMA 2F5XA 3B6WA 3SEVA 2DS9A 4ZZEA 4R9FA 3Q28A 4GQOA 5TU0A 1MY2A 3IO4A 4NEDA 1PBQA 1QUIA 1H76A 5I59A 4C1TA 2Q89A 3U72A 2B3FA 1QJMA 1I69A 2YLNA 3CFLA 4LQ2A 3C4MA 3Q26A 2XXYA 5K2YA 5F7VA 4M1VA 4KPTA 5AA2D 4M4GA 2DE3A 2V3UA 4XKQA 3IOTA 3CR9A 1Y4TA 4F3PA 2PVUA 4YKKA 3C31A 1EZOA 5ISUA 3FGSA 5JTYB 3BKIB 1DTZA 1YCJA 2Y7WA 4IO4A 1B6HA 1NNPA 4ZDMA 2DQVA 4BDMA 4G8MA 1JQFA 3RN8A 3RGYA 5AA2B 1A55A 3FD3A 1USYH 4DXUA 3A3UA 4JB7A 4GL8A 2G29A 3I6VA 1LSTA 2VOZA 5L9MA 5DVJA 4E0XA 4NF6B 5L9OA 3V89B 1B4ZA 3UN6A 2I4BA 3CSGA 1IIWA 1BTJA 1B05A 5CMMA 1N0TA 3RTWB 3N6TA 4RPNA 5CI5A 5DEXB 3RY3A 4F31B 4GVOA 3PD9A 3PV0E 3AXFA 4XTCQ 4OVJA 3WAEA 4NE4A 3CIJA 3MP6A 2QS2A 2FYIA 5I2NB 1JW4A 2OK2A 3K1MA 2XHDA 3CVGA 5IAIA 1SI1A 4L17A 3R6UA 1OQHA 4Z0IA 2ZYNA 4OEUA 4PFUA 1SDXA 2H5YA 5FHOA 3H4ZA 3C32A 1N04A 3MC2A 2XXQA 2ZYMA 3T22A 2VGQA 3GXAA 3SETA 3DP6A 3G3GA 3LSXA 4IY5A 5HM4B 3LR1A 2X26A 2P1SA 4F1VA 5ITPA 3K6VA 4GLIA 1P1QA 4AQ4A 4R9GA 1UTHB 3GZGA 4G4PA 1GVCA 4TLLB 2PX1A 5M2VA 4ZEKA 2QMWA 5F1QA 2F78A 4R74A 3TFLA 3MVYA 1P1NA 2DWAA 1LCFA 4XKPA 1B58A 4H5FA 2VD3A 3S9NC 2PT2A 2PMSA 4FECA 3K4UA 3HCQA 2O69A 2LAOA 2Z8FA 3RLFE 4ZEBA 4ZEFA 4EF1A 5I57B 4N6PA 1PB8A 5ELVA 4NF8B 5HPQA 2DWJA 4F2OA 3C9HA 1SW1A 1QKBA 4GRKA 4DE8A 4JWXA 1OVTA 1NKXA 1B7HA 1B1XA 3SESA 3BFTA 3EQ1A 2QPQA 1TFDA 3PU5A 3RNNA 2RF1A 5DT6A 2DE2A 3DELB 1S50A 3G3FA 5TP9A 3M3KA 3M8UA 1JNFA 1US5A 3TAJA 3KN3A 5I84A 5AE4A 3PUZE 3OO7A 1DTGA 1QKAA 1S7YA 5H8SA 2ZNTA 1YTVA 1R9LA 3IJOB 5JTYA 4OESA 2Z8DA 2ZYOA 1MXVA 4ZE8A 1ZIUA 1FTJA 1HSJA 3FIRA 3FXRA 2AIXA 4OXVA 1A8EA 3O6IA 4GWOA 4AB6A 1AL3A 2R71A 1B52A 3MZ1A 2XX7A 2OCUA 5TPAB 4XKRA 1SI0A 2O7UA 2Y7KA 3MVXA 1IQ7A 3R7XA 1FQCA 1EZPA 1Y9UA 3H6VA 4IY6A 2PBWA 1MPCA 4F39A 2XX8A 1MQJA 5DEXA 3O2AA 3TKDA 5I59B 1M5CA 3TELA 2REGA 4F3SA 3PMVA 1OMPA 1FQBA 3VVFA 1B4HA 4ND9A 3OO6A 2I0CA 1QUJA 4GOTA 4OMBA 4PQJA 1XHYA 3JYRA 2Q2CA 3KEIA 3K0VA 4F2QA 2Z22A 4R2FA 3UK4A 3TCFA 3TMGA 1B5JA 4Q0CA 2V3QA 3EHTA 1DPPA 3G3KA 3LSFB 5CBRA 4RXLA 1O7TA 2NXOA 4BDOA 3TCHA 2F34A 4Q30B 4NF4A 3RQTA 3D4CA 4OZ9A 1UTHA 3IB2A 3VVEA 1SD3A 5I58A 4MFIA 1A8FA 3O66A 1Y4CA 2QS1A 3O97A 4FE8A 2DYXA 3HV1A 3TODA 3QUFA 3GLBA 4P11A 4FEBA 1A7LA 1IITA 4H0WA 1JVXA 2I48A 5AA1A 5AA3A 1OLAA 2NVUB 1FQAA 4QSEA 1NMUA 4XKNA 4F1YA 4TOZA 2QS3A 4ECFA 4NF8A 3E4RA 2UXAA 4JWOA 2DOJA 1B9JA 2ONRA 1Y1MA 3MP8A 2NOOA 5CBSA 4YB7A 3SEWA 3E13X 4OFLA 2R6GE 4YB5A 1VFEA 1MY4A 1MXWA 2UYFA 1II5A 1SW4A 1BKAA 2DXRA 1PEBA 1HSLA 3MAMA 4RK9A 1FCKA 4QSDA 1T0KA 3MPLA 1Z7ME 1WODA 2ANJA 2AL4A 4FEDA 3T9VA 1H3DA 2Y84A 1OQGA 3FJMA 3PMXA 4IGRA 5DTBA 1USYE 4U21A 4I1DA 1TFAA 3IOUA 2DP8A 1D3KA 2O1MA 5CMBA 1LAHE 3FVGA 3KG2A 1R1NA 3KN8A 3MQ9A 3QIMA 5CMCA 1FTOA 4BDRA 1KWHA 3FASA 3MWBA 3H6TA 3OD7A 1Z7NE 3EN3A 2I0BA 1R9QA 3T93B 2I4CA 1SBPA 2M8CA 4LATA 1Q1KA 1SVXB 3C36A 2E0SA 3TYHA 1ZJLA 3O28A 1VE4A 5TP9B 3IOWA 5I2KB 1LFIA 3VVDA 4HCYA 4F19A 2XXHA 1FQEA 5CC2A 1CE2A 3MJNA 1HSEA 2ZNUA 3QK6A 3OELA 4P0GA 1IXGA 4OFOA 1AMFA 3MZBA 3LSWA 3UIFA 1D9YA 4IO7A 3KSXA 1NH8A 2IA4A 3Q29A 5L9SA 2CMOA 3PPNA 1N76A 3TUSA 3BBRA 2GHBA 4OHNA 4I62A 5B7DA 1B2HA 4FATA 1J1NA 4R6KA 3B6QA 3QSLA 1XVXA 4E0WA 3W9WA 1N84A 1D4NA 3ODBA 5KDTA 4N13A 3SKPA 3T66A 1XT8A 4QFOA 2XXVA 1FTMA 3KGCA 2H9BA 1NFTA 4ZS9A 4MLQA 4ELPA 1PBPA 1SYHA 4IO5A 3E3KA 4HW8A 4IO2A 3QXMA 1EZ9A 5DYHA 3R26A 1AOVA 3TQWA 3WAFA 3V83A 4IB2A 2DXYA 2Q8JA 3U94A 1B3FA 4BDLA 3K02A 2O7IA 1UIVA 4YKJA 1LFGA 2UVGA 1IUDA 3FV2A 3FJGA 4JDFA 4U1OA 4H65A 4Q8RA 2HCAA 1VR5A 2F36A 4OEVA 2V25A 2DVZA 1MDP1 3LC8A 4IO6A 3K01A 2I6EA 1OIBA 4F3BA 2VD2A 4ZEDA 1JW5A 3PMWA 2YPNA 4NF4B 3FV1A 4UACA 3T9HB 3C33A 1NNKA 1B3HA 1ZMGA 4QSCA 5I58B 3G3IA 4F1UA 2ESNA 4U2RA 3EHSA 4X48A 1YPNA 4F22A 3FVNA 1D9VA 3TTNA 4JSOA 2PT1A 5L8DA 1WDNA 2OJTA 4JSDA 4WXJA 4GD5A 4NF5A 4EF2A 5BUUA 2RC8A 1URGA 3IK6B 3IJXB 1P1OA 4WEPA 3RPWA 3CRBA 3W15C 4G8NA 2QS4A 4JBZA 4DDDA 3PGFA 4KCDA 4BDQA 3TTKA 3KOSA 4EQBA 3IL1B 4LA9A 3HN0A 5ICTA 1SW2A 1BP5A 3H3GA 5EHSA 4G68C 1Y1ZA 2HZKA 2XXUA 5CM6A 5I2KA 3LBSA 3KFMA 3OMBA 4O3CA 3DP4A 1ANFA 3QUJA 3B6TA 3K6UA 3PUXE 3IOVA 3KJ7A 1PDAA 3N94A 4R72A 1O64A 3PD8A 3PPRA 3IAZA 1JEUA 1DPEA 3DLNA 4NMYA 3O6HA 1UIUA 2FNCA 4KYDA 4P0IA 2D3IA 2H98A 4GIZA 1LGBC 2ONSA 2OZZA 4G68A 3S2VA 1B3LA 4MF3A 4H6DA 3UGWA 1LAXA 2F97A 2I49A 3FUZA 1MS7A 4WEDA 3CFXA 3V5AA 2ABHA 2ZYKA 1B3GA 1B1HA 1LLSA 4HTGA 3G7WA 4DCYA 4YZZA 3N6UA 1O63A 2QL3A 3K6WA 3QAXA 1RYOA 4LONB 4GL0A 4QFPA 3HO7A 3USDA 4FIMA 2X7QA 5KCJA 4DZ1A 3B7DA 1B5HA 1B5IA 4ZEIA 1B0LA 2H25A 2NWJA 4RJZA 3HHGA 1P1UA 1QUKA 2XXIA 4H5GA 3TTLA 4HS7A 1M5DA 2Y7IA 3UORA 3SEXA 1FTLA 3KJTA 5I56A 5JEIA 3PUVE 4N07A 1RKMA 4IGTA 5A5XB 2UVIA 1JEVA 4OTEA 2WKYA 3VXBA 4GXSB 4ISUA 4KHZE 1B46A 3VXCA 2Z8EA 2XXXA 1IXIA 5FHNA 3VLUA 4EXLA 3ZKKA 1DSNA 1MM7A 2ZMBA 3F11A 2AYSA 1UTBA 1MPBA 5KDTB 1BLFA 1DMBA 2DWIA 1N7XA 5CMKA 1H43A 3A3CA 1MY0A 1FQDA 4PFTA 3HPIA 3U1OA 3L6GA 4YKPA 3PPPA 4X9TA 5H8NB 3OEMA 3FVKA 1P1WA 1PC3A 3RTFB 3IX1A 2PYYA 1B7ZA 4PETA 4BDNA 4GXAA 4DXBA 2XD3A 1VFDA 1MY3A 4X1BA 3SEYA 1MH4A 2RINA 3M3FA 3MP1A 2A5TA 1URSA 4EXKA 1XOCA 2V3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C1UA 3SEUA 4RY1A 3W9VA 4DCXA 4GBWA 1RDXA 1QULA 1MY1A 4P1LA 5H8HB 1MQGA 2F8DA 4Q5TA 1ZU0A 2I3VA 1M5EA 3K00A 3JZJA 2Q9TA 1FRPA 1S9TA 3T9UA 1EH3A 1IZ1A 3IB1A 1LBYA 1NNFA 1NV7A 2DE4A 5B70A 2FBPA 1SYIA 3CSBA 3FXBA 3DP8A 4NHBA 4P47A 2Y5LA 3DM0A 4AB5A 4LZ8A 1B0HA 2G93A 1POY1 4JXIA 4XXUA 3MPKA 3P7IA 5ET6A 3Q27A 1NH7A 3FZVA 1EU8A 4PCDA 1XC1A 5HBCA 3TTMA 1MQIA 1TT1A 4EQ9A 2HXRA 2BJJX 1VDWA 1MXYA 1M5FA 5JK4A 3ZKLA 4NF5B 2Y7PA 2V84A 4KCCA 2Y7RA 2QSXA 4GFRA 5IGAA 5ITOA 3Q25A 4QFNA 1MPDA 3ONMA 4MHFA 3A09A 1LBXA 2B3BA 3FJ7A 3GBBA 3OSRA 1FPKA 1LAFE 4X04A 4QRZA 1B3EA 3UP9A 4DIGA 1FJ6A 1A40A 1H44A 2E1SA 1MG1A 2O6AA 2O1LA 1NV6A 1ELJA 3A29A 2Y5KA 1LB9A 4RYAA 3OENA 4IO3A 4MH5A 1B7UA 1LCTA 3U8QA 5H8FA 3GBAA 1FBCA 5FTIA 3VLVA 4OERA 1F9BA 4Z7EA 2Z23A 2P3VA 2FA7A 3N5LA 2GH9A 1CB6A 4OETA 3ECRA 4GF8A 3RYDA 4MLVA 5A5XA 3IB0A 1MH3A 1EYKA 3VE1B 5T3JA 4I9DA 2Q88A 4R75A 4MEVA 2DDKA 4GWYA 1NUZA 3OO8A 4G68B 1GV8A 4WKMA 1AH5A 1NL5A 2GRVA 4ELRA 3EPEA 3TPAA 5LOMA 4G2ZA 5FTHA 5IZ1A 3VDFA 4RA1A 4YICA 1XS5A 2JJKA 1URDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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