1O7TA

Metal nanoclusters bound to the ferric binding protein from neisseria gonorrhoeae.
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEVDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel protein-mineral interface.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
source organism Neisseria gonorrhoeae
molecule keywords IRON BINDING PROTEIN
total genus 111
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1o7tA01
4YZZA 4TLLB 2VGQA 3JYRA 3N6TA 3O66A 5H8FA 4PFWA 1O63A 3S4UA 1SBPA 1PDAA 2XXWA 2RINA 4DXBA 4FIMA 1XC1A 1A8EA 3UN6A 4ZDMA 2X26A 2I0BA 3R6UA 3H06B 4F2QA 3N5LA 3TTRA 2I3WA 3S2VA 4U1OA 2RF1A 2XXPA 1B1HA 4RXLA 5JTYA 3FGSA 2I4CA 1P1OA 1P1QA 3KBRA 2O69A 4LUBA 3N94A 1IQ7A 2ZYNA 4O3CA 1B5IA 1B1XA 1OVBA 1B0LA 3MBPA 4YKKA 3U8QA 2P0SA 2Y7IA 4FJPA 4N6PA 4ZEBA 4RJZA 5JK4A 3ECRA 1IUDA 3K6VA 3MVZA 4IO7A 1MQGA 2F36A 4GWOA 3V5AA 4R6YA 3OENA 1VSOA 3K01A 5IAIA 2HZLA 1AIVA 1LFHA 4G68A 4BDRA 1NNKA 4H65A 1NNPA 1B2HA 1I6AA 4DCYA 4ZE9A 2OK2A 3ILTB 3RUMA 4H1XA 1B7UA 4YICA 1MDQA 3BKIB 4NF5B 3ZKKA 4GL8A 1MM6A 4ZEIA 4LZ5A 2XXYA 3KEIA 3RTFB 4H0WA 3B7DA 3PPNA 4JWOA 4ZECA 3FVNA 2LAOA 2PVUA 4K3FA 3H4ZA 3K0VA 3MUQA 1B3FA 3OO6A 5AA1A 3KOTA 4ECFA 3C4MA 5CMKA 2UYFA 2DE4A 3GZGA 3TZAA 4Q8RA 1SD3A 3HV1A 4JWYA 5I2NA 2PT2A 1XHYA 2B3BA 1VE4A 3PGFA 4DIGA 2A5TA 3KGCA 1XOCA 4F3PA 4G8HA 3HN0A 1SW4A 1JNFA 1SYIA 4LQ2A 5DTBA 4RNSA 3V83A 2QS2A 3TTMA 1FTMA 1MXZA 4NF4B 2OBGA 5K2XA 5HM4B 2V25A 1R9LA 3C35A 3B6QA 1CB6A 2F78A 1UTHA 3PMXA 4R75A 3EF7A 3PV0E 3LSLA 4GQOA 1LSTA 5CRYA 2O68A 3QAXA 5I84A 1M5BA 2DE3A 1J1NA 3VVEA 3M3LA 4ZZEA 3VE1B 5DT6A 1USYE 3CI8A 4NMYA 4FE8A 3ZSFA 4KD5A 4Q30B 2D21A 4XXUA 4POXA 1MS7A 5I2KA 1QJMA 4PFYA 4F19A 4H6DA 3PPPA 1EZOA 3A3CA 2Z8EA 3MVWA 3T93B 3TTKA 1OQGA 3U92A 4IY5A 4ZEDA 4OFLA 3O6GA 3VLWA 2XXUA 3QYTA 4LATA 2ONSA 3RQTA 1B3GA 5H8FB 4PFUA 1OMPA 5KDTA 1JQFA 1I6QA 4Q0CA 5H8NA 4NWCA 5BWJA 3OO7A 3TCFA 5H8QA 1IXIA 4JXIA 2Q9TA 2AL5A 1EZ9A 1YCJA 4GRKA 3SEVA 3TQWA 3M8UA 4PFTA 3S9NC 5JTYB 3FV2A 4NWDA 5ISUA 1N0TA 4LA9A 2M8CA 3KOSA 2I3VA 1P1UA 4BLAA 1MPCA 1FTKA 3PUZE 3USDA 4FEBA 1NNFA 4ONYA 2QRYA 1O7TA 4X1DA 4NE4A 3MPKA 3OXNA 2O7IA 2DOJA 3VVDA 2D5WA 3E3KA 3N6UA 2H99A 3RT6B 1VFEA 2PBWA 4O3BA 3IJXB 3T9HB 1RYOA 5I59A 5ELVA 1MM7A 3LSFB 1US5A 1SYHA 3KJTA 4TLMB 4KYEA 3T9VA 1A40A 2Y7PA 3HO7A 3MP1A 1SW5A 3O97A 4R6HA 1SQYA 3PD8A 2ZYMA 3RNNA 2E0SA 1D9YA 4OFJA 3Q29A 4ESXA 2H5YA 4E0XA 3M3KA 1ZKBA 1N3XA 2DE2A 3C9HA 1QVSA 1HSEA 3IAZA 4OZ9A 2O1MA 4MBPA 4PE5B 3K1NA 1ZJLA 4DLDA 4ND9A 5HBCA 5L9SA 4KHZE 3FXQA 4G8MA 3SEUA 3U72A 1UQWA 4X48A 5FHNA 4OEUA 3TAJA 3T22A 4WXJA 1SW1A 1A54A 3VDFA 4P11A 1M5DA 5I2NB 3H7MA 2HCAA 4I1DA 2O1LA 2XX9A 2Z23A 1M5CA 3RT8A 2A5TB 3ILUB 3VXBA 4WKMA 1A7LA 3G3HA 1FCKA 2Q88A 3UA8A 2I4BA 2DVCA 3LSXA 3PU5A 3PPQA 5AA3A 3E13X 1P1NA 4FEDA 3MQ9A 3PUYE 1ATGA 1UTHB 1USYH 4F2OA 3SEYA 3HSTA 2Y7WA 2HXWA 2I58A 2I48A 2DWHA 1H76A 4IO4A 1MY2A 1KWHA 1MG1A 3O6IA 3IORA 3G3IA 1XT8A 1FQCA 4QFLA 1QUIA 1QULA 2QS3A 3GBBA 5I2KB 3HHGA 2RC9A 1A8FA 2R6GE 1SI1A 1B6HA 4LZ8A 3C33A 1MY0A 1B58A 2HAUA 1RYXA 1ZIUA 1MDP1 4Z0IA 4N07A 1QUKA 3S9LC 3GLBA 4LVQA 3OEKA 4OERA 1A55A 3C34A 5CI5A 5KCJB 2GHBA 5KDTB 3FUZA 4ZEFA 3T96B 4EQ9A 3UGWA 4GLIA 4OFOA 1LCTA 5H8QB 2QPQA 4XKNA 2PYYA 2O7UA 2OZZA 4THIA 1DPPA 3SERA 5FHMA 1YAEA 4F3GA 2D3IA 3H03A 2OCUA 3IO4A 2HAVA 2H98A 3FJGA 1Y3PA 5H8SA 3K1PA 3MC2A 4R9FA 1F9BA 3W9WA 3GXAA 5IKBA 1IITA 2R9JA 5I57A 2QMWA 1IEJA 3QUFA 3VVFA 4GXAA 4KCDA 1H43A 1R1NA 5AA2A 3W15C 4DXUA 5L9OA 4HS7A 3FZVA 3FJ7A 4YKPA 3R7XA 4ZS9A 5DVIA 1QW0A 5I59B 3SEWA 2Z8DA 4PQJA 3T66A 3LR1A 4Z7EA 3A3UA 4EXKA 1JVXA 4AB6A 4ZEKA 3BBRA 4QFNA 2DS9A 2I0CA 3CVGA 2VHAA 3H6TA 4XTCQ 1Y1MA 1TXFA 4NF8A 5KZTA 1Q1KA 3TFLA 3CFLA 4R74A 1N7XA 2H25A 4YB6A 1FW0A 5H8HA 4GD5A 1FQAA 4KR5A 5EYFA 1B3HA 4N13A 1MY3A 1TT1A 3O6HA 1Q35A 1POY1 1FTJA 2RKMA 1MXUA 1DOTA 5CMBA 1OLAA 2V3QA 3KSXA 1LLSA 1LBCA 2O84X 3MP6A 4ELPA 1AMFA 1DPEA 5TU0A 4AQ4A 3KJ7A 5J1DA 1POTA 3IJOB 4F29A 1D9VA 4RA1A 2PMSA 3RLFE 5DEXB 2YJPA 1MXYA 3U1OA 4IGTA 2REGA 1US4A 2UYEA 4UACA 1TFDA 4H67A 2XD3A 1URGA 1SVXB 5A5XA 5I56A 5CBSA 1HSLA 2P1SA 1VR5A 5CM6A 2V3TA 3TDJA 4YB5A 3WAFA 3IO6A 4FECA 2F7CA 3I5OA 4GXSB 4ISUA 4C1TA 4G4PA 2F97A 3TKDA 2Y7RA 2Q89A 1VFDA 2ZMBA 2ONRA 1XS5A 4OEVA 3MP8A 1UTBA 3S9MC 4IO3A 1Y20A 1S50A 3UIFA 2DYXA 3AXFA 1B32A 5M2VA 3PPRA 4TQUQ 3OMBA 4ZZAA 2NVUB 4QSDA 1URDA 3KZGA 1D3KA 4JB7A 1CE2A 4MLVA 2CMOA 3ZKLA 4JSDA 1R9QA 4TOZA 3TCGA 4H8IA 3MVXA 4IY6A 1PB8A 2DWAA 3PMWA 1FQEA 1PB7A 2PT1A 2ANJA 1AOVA 3MWBA 2F7BA 4HW8A 1N76A 1SDXA 2QL3A 1QKAA 2FNCA 4R6KA 4RY1A 3SKPA 3FVKA 3QUJA 1B52A 2UVHA 2BJJX 4X9TA 4EQ7A 4EXLA 4C0RA 1B05A 4XKRA 3KSJA 3OD7A 3TQLA 1FQBA 1PEBA 3O2AA 2ZXTA 4F3BA 5I58A 3O9PA 2VP1A 5I57B 1PBQA 4KYSA 1DMBA 4IO6A 2QJEA 4QF9A 4YB7A 1NFTA 5AA2B 1URSA 5ITPA 3H3GA 3H6WA 2OWTA 4L17A 3PPOA 1MPDA 4GL0A 5EHMA 1RKMA 3PUXE 4G68B 3DM0A 2GHAA 1QUJA 4RK2A 4F1YA 2OWSA 4U4SA 3KN7A 1B5JA 1NNTA 5LOMA 3T9UA 2XX7A 4QFPA 1LB9A 1B40A 2VD3A 1FTLA 4FATA 4OWDA 4O3AA 1MQDA 4NF8B 4MF3A 4BDNA 1MY1A 2NOOA 2ZNUA 1MQIA 1EH3A 3OSRA 5AA4A 2H4IA 5H8HB 2OLBA 1TWYA 3MZBA 5K2YA 1ZBMA 4GOTA 4OTEA 1LAFE 2FYIA 2Y84A 3MW0A 3IOUA 3CR9A 2NXOA 3B6TA 5L9MA 4P0GA 1Y1ZA 4XKQA 4QRZA 4QSCA 2UVJA 2IEEA 3IOVA 3HHFA 3ONMA 4JSOA 3MPLA 4M1VA 1JETA 1NH7A 3EN3A 3MJNA 2ZYKA 2O6AA 1WODA 2CZLA 1MRPA 5A5XB 5I56B 1ZMGA 3HCQA 2H9BA 1H45A 5EHSA 4R9GA 3KG2A 5B7DA 4C1UA 1OVTA 4DZ1A 3LC8A 1M5EA 4LZ7A 3V8XB 4H5FA 3K6WA 3QIMA 1FQFA 3K6UA 2XXRA 4KQPA 2KLFA 3VV5A 2O51A 3IK6B 1UTBB 4F18A 4OMBA 3N26A 1BLFA 5TP9A 3MAMA 4JWXA 4NF4A 4BDMA 3K2DA 2XD2A 2WKYA 1ZTYA 3VLUA 4NEDA 4WEPA 4F22A 2XXVA 5FTIA 2DWJA 1BTJA 1GVCA 3TTLA 3A09A 3VXCA 3UP9A 2X7PA 3I6VA 5L8DA 1YTVA 5TPAA 1H44A 4GIZA 1SI0A 3IOWA 3TYHA 4YMBA 4JBZA 3FVOA 3CG1A 3JV9A 2DSFA 4JDFA 3DELB 1Y3QA 3P7IA 4HCYA 2QS1A 1I69A 2Q2AA 3RPWA 1ZU0A 4KYDA 4EQBA 4U23A 5H8NB 1AL3A 2RCBA 3E9XA 1QKBA 2OJTA 1PB9A 3G3KA 2RC8A 4R72A 2W7YA 3Q26A 2R71A 1N7WA 4X1BA 3CSBA 5I58B 1MY4A 4BDOA 1XVXA 3PMVA 4GFRA 2VOZA 2RCAA 3CFXA 4DXCA 4OETA 1UIUA 3D4GA 4ELQA 3LUYA 3TPAA 1HSJA 3C36A 2P2AA 3LBSA 3IOTA 2A5SA 1AH5A 3Q28A 1IXCA 1GTKA 4KFQA 4IO2A 4OHNA 3IB1A 1B4ZA 3SESA 3SETA 3G3JA 1LCFA 1MQJA 4I62A 1BKAA 2F5XA 2Z22A 3LSWA 3TTNA 3FD3A 3FATA 1JEVA 2AIXA 5ICTA 2ALUA 1YPNA 1LBBA 2F35A 2NWJA 5AA4B 1IXHA 1ELJA 1B7ZA 5CBRA 1S9TA 1GR2A 4E0WA 4GVOA 4EF1A 1B46A 3EPEA 5F7VA 1JW1A 4KI0E 4UA8A 4ESWA 1MXWA 3SDFA 1NMUA 3S9EA 3VFJA 4U2RA 2F6GA 4MFIA 2HFBA 3FVGA 1EZPA 3MZ9A 1LB8A 3FXUA 5AE4A 1N84A 2NUVA 1MQHA 1Z7ME 4NF6A 5AA2D 1LFIA 2ABHA 3FASA 4DE8A 2XXIA 1FQDA 4KPTA 5DVFA 3OEMA 2QSXA 3KFMA 3K1MA 2ONKE 3O28A 3TCHA 3U94A 1BP5A 3VLVA 1IIWA 4BDLA 4F31B 1OIBA 4YAHX 4ZE8A 4OYVA 1H3DA 3C32A 1FTOA 1B3LA 3IL1B 4RYAA 3G3GA 2V3UA 3FV1A 4ELRA 2GRVA 2XXTA 4YKJA 4FAJA 1UIVA 4WEDA 5TP9B 5FHOA 1LAGE 3UORA 3CIJA 2HQ0A 4GF8A 3DP8A 4I8CA 3K02A 4OXVA 2RC7A 3GBAA 5HPQA 3H6UA 3DLNA 2YPNA 1Y4CA 5CMCA 3K00A 4XIGQ 1WDNA 2XHDA 3F11A 1B51A 1DTGA 5TPAB 4IB2A 4QFKA 4R2FA 4M4GA 3THIA 3ODBA 4KCCA 4P0IA 4FORA 1SW2A 3L6HA 3CFZA 3KN3A 4IGRA 4I9DA 2F6PA 2B65A 2UVGA 3JZJA 3BFTA 2Z8FA 2GH9A 1WVJA 1ZLQA 2GFEA 3DP4A 3PD9A 5JEIA 1GV8A 2F7AA 1OQHA 1OLCA 1M5FA 2DXYA 3FIRA 4RPNA 4R73A 5ITOA 4G2ZA 3KN8A 1PBPA 4MLQA 3T9XB 1Y4TA 1NL5A 1MPBA 3TELA 5KCJA 4EUOA 1Y9UA 2DWIA 4YKIA 3I3VA 4U21A 4EDPA 1B3EA 3CG3A 4MH5A 3IR1A 2F8DA 3QK6A 2X7QA 2F34A 1JW4A 1XVYA 3W9VA 1TFAA 3EHTA 4LQ5A 1MXVA 3V89B 3FJMA 4YMAA 2XXXA 1LFGA 3RTWB 1B7HA 5F1QA 1EU8A 4HCWA 1B4HA 5CC2A 2IA4A 2ZNSA 1T0KA 1B0HA 1BIYA 1O64A 4DDDA 4PETA 4LP2B 3H6VA 4R2BA 3CRBA 4DCXA 1JVYA 2THIA 2HEUA 5FTHA 1NH8A 3FXRA 1P99A 3QSLA 3K4UA 2E1SA 2QMXA 3UK4A 3R26A 3Q27A 2FA7A 2ZNTA 2DQVA 1PC3A 3CSGA 1DTZA 3IB2A 2Q2CA 2DVZA 4G8NA 4OVJA 5ICQA 4RK9A 4YU0A 3K6XA 3OELA 2XXHA 1JW5A 4NF5A 3QXMA 4ELOA 2DP8A 1MXXA 3OOAA 4QFOA 1R6ZA 2XX8A 3Q25A 3D4CA 1N3WA 1LAHE 1D4NA 2B3FA 3TMGA 4QSEA 4NF6B 2UVIA 3RY3A 3OO8A 4OQOA 2VD2A 1IZ1A 3MVYA 1DSNA 2Q8JA 5CMMA 3E4RA 2I6EA 4F1UA 1IXGA 1ANFA 3O29A 4OENA 5DEXA 2UXAA 1B9JA 2V93A 3B6WA 5DVJA 1Y3NA 3OSQA 4QHQA 3IB0A 3ZS6A 2QS4A 4G77A 3U93A 4F39A 2YLNA 3EQ1A 1Z7NE 2ZYOA 2XXQA 4BDQA 1MH4A 2V84A 1I6BA 4G68C 2G29A 4IO5A 3DP6A 2DXRA 3HPIA 2AL4A 3RN8A 3PUWE 2REJA 3G3FA 4XKPA 4POWA 1L5TA 1P1WA 3PUVE 3C31A 3BFUA 1JEUA 3MZ1A 4H8JA 2Y7KA 2PX1A 4F1VA 1A99A 3TUSA 2G93A 4U4XA 3EHUA 1II5A 3TEPA 1N04A 1S7YA 3OO9A 3L6GA 4U1ZA 4Q5TA 5B70A 4U22A 1B5HA 1LAXA 2HZKA 1NKXA 3M3FA 3EHSA 2I49A 4EF2A 4NTLA 3WAEA 4H5GA 4PP0A 5DYHA 2AYSA 3IX1A 4HTGA 4RPOA 4OESA 3SEXA 4AB5A 2ESNA 5BUUA 4LONB 3G7WA 3RGYA 3TODA 4F3SA 1MH3A 1GGGA 1LGBC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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