1OMPA

Crystallographic evidence of a large ligand-induced hinge-twist motion between the two domains of the maltodextrin-binding protein involved in active transport and chemotaxis
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic evidence of a large ligand-induced hinge-twist motion between the two domains of the maltodextrin binding protein involved in active transport and chemotaxis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Periplasmic binding protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords D-MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
total genus 124
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 1992-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ompA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ompA01
3C35A 3FJMA 3TFLA 2I48A 3ILTB 1P1UA 1UTBA 4O3BA 4AB6A 3H06B 1MXWA 5I2KA 1IIWA 2Y7PA 2XXVA 1JEVA 3TQWA 3PU5A 3G7WA 5B7DA 2ZYOA 1UTHB 2XHDA 3ONMA 2XXRA 4NF4A 3RPWA 1BP5A 3C36A 2OWSA 4R2FA 2H25A 1QULA 2RCBA 3E9XA 2UVGA 1B40A 4RNSA 3VFJA 3S9EA 4R9FA 3PMVA 3RLFE 1LAFE 3EHTA 4THIA 1B5IA 1MM6A 3SEUA 1Y3QA 4H1XA 1P1WA 4KHZE 1Y20A 1PB8A 3T22A 4FATA 1VFEA 1VR5A 3ZSFA 4F1UA 1UQWA 4JDFA 2IEEA 2VP1A 4E0WA 1FQFA 3GLBA 2GHAA 2UVHA 3TODA 3QYTA 3FVGA 2HZKA 4F29A 1P99A 5CBRA 5H8QB 1B3FA 5KCJB 1JVXA 1UTHA 2O1LA 4DCYA 5FHMA 3T66A 2X7QA 1R9QA 5TU0A 1O64A 3G3IA 2UXAA 3MBPA 3BFTA 4R6KA 4N07A 5L9OA 2V93A 2Z22A 2I0BA 4QFLA 1MY3A 2XD3A 2QPQA 4BDOA 3ZS6A 4F22A 1NNKA 4GXSB 3SEWA 2XX9A 1MDP1 2O51A 2OCUA 2ZYNA 2FA7A 1NL5A 1EH3A 1OMPA 1FTJA 1B7HA 1PB9A 3BFUA 1M5BA 1XOCA 3QXMA 2ZNTA 5H8QA 4H6DA 5KCJA 3VLVA 4TLLB 2XX7A 5FHOA 5IKBA 4BDRA 2F7BA 2ZNUA 1B5JA 2PT2A 3U8QA 1I6AA 1NH7A 1LCTA 3B6TA 1MY0A 4EUOA 4JB7A 3FIRA 1UIUA 2FNCA 1B1XA 4EDPA 1B2HA 1VE4A 1DSNA 3GBBA 2NVUB 1Y3NA 1ZBMA 3C9HA 1B3EA 4F1VA 5I59B 2PYYA 3OO7A 4HS7A 3I6VA 1OVTA 2DVCA 1L5TA 3MP6A 2QRYA 4IGTA 2Q9TA 3GZGA 1AMFA 4O3AA 3CFLA 4ZS9A 4BDNA 2PT1A 3S9MC 2HCAA 5AA3A 2CZLA 2XXXA 4NEDA 2D5WA 5TP9B 4H5GA 2B3FA 3C31A 5FTHA 1TXFA 1JVYA 4RJZA 2O7IA 5IAIA 3IAZA 1A40A 1NNFA 3DELB 3S9LC 2HAUA 4XKNA 3QUFA 2ANJA 3V83A 3O28A 2ABHA 2DS9A 4DXCA 3UA8A 1A7LA 1H76A 5I59A 1FW0A 4R73A 1DTZA 3PD8A 1YAEA 3HPIA 4ZEIA 4G4PA 2DYXA 4YKJA 1JW5A 2RINA 5BUUA 3TELA 3KBRA 1II5A 3PV0E 4PP0A 4NWCA 1SW4A 5K2XA 5TP9A 5EHMA 3U94A 2HAVA 1S50A 4LONB 3K01A 4ESWA 3E4RA 4LP2B 1ZTYA 3G3HA 4ZE9A 3KG2A 2VD2A 2Y84A 4TOZA 1SBPA 2RC7A 3U92A 2Q2AA 2RF1A 4YAHX 1IXHA 4FAJA 1LAHE 4YICA 1H44A 3WAFA 3PUVE 2RCAA 3FV1A 2D3IA 2F7AA 4DLDA 3T9HB 5I58B 3VLUA 3B6QA 1HSEA 4OTEA 3HHFA 2XD2A 4MH5A 4LZ7A 4IB2A 1D9VA 4POWA 5FHNA 3SEVA 3FATA 1VSOA 2DWJA 2XXTA 2YPNA 1WDNA 4OXVA 4H0WA 2V3TA 1SI1A 1PDAA 3RTWB 2V25A 1LGBC 1MXZA 2A5SA 4NWDA 2QS1A 1MM7A 1IQ7A 3FXRA 4Q30B 3O6GA 3UK4A 3N6UA 2REJA 1RYOA 2ZYMA 1XS5A 5F1QA 5I58A 3M3FA 1GGGA 1B3GA 2RC9A 2UYFA 4I8CA 1LBCA 4DCXA 2A5TB 1B0HA 3OOAA 4HCYA 4IO3A 4GFRA 2QS3A 4OESA 4LVQA 1QW0A 5JK4A 2I6EA 3CVGA 5A5XA 2DWAA 4UA8A 1Y3PA 2I4BA 1B32A 1PC3A 3RY3A 3QIMA 4U21A 1CE2A 2O69A 5KDTB 3LSXA 4OVJA 4QSEA 3IOUA 1QUKA 3EN3A 2W7YA 3TEPA 3MJNA 1B46A 1B5HA 2M8CA 2ZMBA 4JWXA 1QJMA 4QFOA 4P0IA 2Q2CA 2REGA 1MPCA 1A99A 3IB0A 4YKIA 2AIXA 3PPRA 4NMYA 2QS2A 3PGFA 4JXIA 2RKMA 2O7UA 3V89B 1PBPA 1MXUA 2H4IA 1GVCA 3TTNA 4JSOA 3W9VA 3K0VA 1TFAA 1FQEA 2ESNA 3FUZA 4YMBA 3LSWA 4R6YA 4PFWA 3U72A 4WEPA 1TWYA 4FEBA 3IB2A 5KDTA 5CMCA 5JEIA 4F1YA 2WKYA 5BWJA 5HPQA 3GBAA 2DOJA 1ZIUA 2R71A 3O97A 3S9NC 1A8FA 2D21A 1H43A 3E13X 4WXJA 2THIA 2QS4A 1S9TA 1USYH 3FXQA 4PFTA 5F7VA 1MQHA 5AA1A 4X1DA 5CMMA 4IO5A 3VVEA 4HW8A 1N04A 2GH9A 4YB6A 1LB8A 3CSGA 4L17A 1LLSA 2DP8A 1D4NA 3P7IA 3OSRA 5J1DA 2F6GA 3VV5A 4IO2A 1WVJA 4FORA 3MWBA 1B3HA 4BDMA 2LAOA 2F35A 3WAEA 5H8SA 1MRPA 4MLQA 4XIGQ 5TPAB 2P0SA 1I6BA 1NNTA 3K02A 1H45A 1SQYA 4FEDA 4O3CA 1XHYA 3PUZE 3KGCA 2HZLA 2ZYKA 3CSBA 2V84A 3A09A 1BLFA 4M4GA 1JETA 4U23A 4ELPA 4LATA 1O63A 4U4XA 4GL0A 1PBQA 3O6IA 4Z0IA 4PE5B 2HXWA 4Q5TA 4X48A 3PUWE 1B0LA 1B05A 1Y1MA 2Z8EA 3HV1A 3PUXE 4G68B 4BLAA 1QUIA 4RK9A 3R26A 3OO8A 5FTIA 1XVYA 3MP8A 5ITOA 4XXUA 3O6HA 1DMBA 4IGRA 4QFPA 4RK2A 2FYIA 4ZZAA 3H6WA 3TPAA 3VXBA 1N3WA 1DOTA 1B4ZA 1SD3A 1B6HA 2PMSA 5HBCA 5TPAA 1OVBA 3MP1A 3KN3A 4QSCA 4LZ8A 3FV2A 1VFDA 3OEKA 4FIMA 4OWDA 2O1MA 3KN7A 3CIJA 3HSTA 2QMWA 4MFIA 3RGYA 2DXRA 3UORA 1UIVA 3GXAA 4ZEBA 3IOVA 3MUQA 4ZECA 1OQGA 3LSLA 1B4HA 1Y1ZA 4Z7EA 3PPQA 4NE4A 3PMXA 4ZDMA 2DSFA 4R2BA 4RPOA 2ONSA 4RXLA 2RC8A 4G68A 4GXAA 3ZKLA 3ILUB 2XXIA 1AL3A 2OLBA 3MVXA 2VD3A 1MS7A 1US4A 4PFYA 3TZAA 1NNPA 3B7DA 4LA9A 2QJEA 3LUYA 2H9BA 4G68C 4G8NA 3FD3A 1LAGE 4GL8A 3MVYA 3S4UA 4H67A 4GIZA 1IXGA 3VDFA 2V3QA 1IXIA 4DIGA 1OLCA 1MDQA 5ITPA 1B1HA 3KFMA 1CB6A 4LZ5A 5ELVA 3OMBA 5DVIA 2VHAA 4NTLA 1MH4A 4F2QA 1GTKA 3IORA 5AA2B 1TT1A 1POY1 3QAXA 3FZVA 3DP6A 4ECFA 1NH8A 2GHBA 2E0SA 4DZ1A 5AA4B 4LQ5A 3MZ9A 3IOWA 4PETA 4F2OA 4OETA 3FGSA 2AYSA 2Y7RA 5JTYB 3H3GA 3H6VA 3PPNA 5CM6A 4KYEA 3C33A 2H98A 4NF8B 3O29A 1IXCA 3IR1A 3QSLA 3VXCA 1JQFA 5L9MA 4G8HA 4EQ7A 3QUJA 3MZBA 3W9WA 1JEUA 4EQBA 4OMBA 2OWTA 2X26A 3HN0A 3N94A 3PPPA 2I0CA 1IZ1A 5AA2A 3L6GA 1Z7NE 1B9JA 3S2VA 4BDQA 1AOVA 2XXUA 3I5OA 4F3BA 3R7XA 4YKPA 3THIA 5AA4A 1EU8A 4QHQA 3F11A 2Z23A 3K1NA 3OENA 1NMUA 2ONKE 3V8XB 3IX1A 3CRBA 3PD9A 5DVFA 5JTYA 4E0XA 4ZEFA 2YJPA 3Q27A 4YB5A 5CRYA 4NF8A 3M8UA 3C4MA 1XC1A 1FCKA 3RT8A 2DE2A 5H8NB 4YZZA 3EF7A 4WEDA 5M2VA 1OQHA 4H65A 2P2AA 1QKAA 3MZ1A 4ESXA 3G3JA 1B51A 4MBPA 5A5XB 4N6PA 3QK6A 2O68A 3VE1B 4ELQA 1T0KA 3SEXA 3K00A 5B70A 4K3FA 4KQPA 2QMXA 1LAXA 4AQ4A 2UYEA 1SDXA 3VVFA 4R72A 3LC8A 3PMWA 2XXPA 4NF6B 4LUBA 3OO9A 1TFDA 2BJJX 2ZXTA 3RQTA 5AE4A 4HTGA 5LOMA 3K6UA 2DVZA 5CMKA 1URGA 3L6HA 1YCJA 5H8NA 3FASA 3Q28A 1LFHA 4U1OA 2NXOA 2KLFA 2F6PA 4GOTA 3UGWA 4C0RA 4QRZA 5HM4B 4I9DA 2GRVA 2DQVA 4QSDA 2DE3A 4C1TA 3T9UA 1D3KA 3O66A 3RT6B 1US5A 1IEJA 5DYHA 1MY1A 4NF6A 2NWJA 4OZ9A 1GV8A 5CMBA 2UVJA 3LBSA 4PQJA 4GLIA 2R6GE 3C34A 1A55A 1USYE 1LB9A 2QL3A 3K4UA 1DTGA 3UP9A 2H99A 1SW2A 1B7ZA 1B3LA 3H7MA 3RNNA 3DP4A 5KZTA 4FE8A 1AH5A 4F19A 4KFQA 1N3XA 2I58A 1N84A 4P11A 2Z8FA 1EZPA 4ZEDA 1FQDA 3N26A 5I57B 2XXQA 2AL4A 5I2NB 4KYDA 2ONRA 3TKDA 5ICTA 2YLNA 3M3LA 4XKRA 4KD5A 4MF3A 3R6UA 4H8IA 4XKPA 1Y4TA 1ZMGA 2GFEA 3IL1B 1SW5A 5DT6A 1NFTA 3Q29A 4HCWA 3FXUA 3JYRA 4IO6A 1FTKA 2QSXA 4OERA 1SVXB 3K2DA 2PX1A 2OJTA 2F36A 1FTOA 3CG1A 5CI5A 5K2YA 3SDFA 4OENA 3MPKA 1FQBA 3TTRA 4G77A 5I57A 4R9GA 3U1OA 5I2NA 4DXBA 3TTLA 3RTFB 3HO7A 1Z7ME 2X7PA 2I49A 5L9SA 3IOTA 2F97A 3CR9A 3MPLA 4F18A 1ANFA 4GD5A 1MG1A 2DE4A 2F8DA 3T93B 1HSLA 4OFOA 3ZKKA 2PVUA 2B65A 4DXUA 4OYVA 1OLAA 4OEVA 1A8EA 2Q89A 2DWHA 2I3VA 3T9XB 1BKAA 3SETA 3FJGA 1MQJA 2ZNSA 4F3GA 1RKMA 1BIYA 4LQ2A 3DP8A 3TTKA 1JNFA 1JW4A 2HEUA 1QVSA 3T9VA 4GVOA 3EHSA 3IJOB 1QKBA 3TUSA 1ATGA 2P1SA 2I3WA 2Y7KA 3EQ1A 3D4CA 1Y9UA 3EHUA 3Q25A 4FJPA 2XXWA 3RN8A 2F7CA 4F3PA 1URSA 4KR5A 4ELRA 4BDLA 2V3UA 4RY1A 3H03A 3RUMA 3KJTA 3KN8A 1FQAA 2CMOA 2Q88A 3OD7A 1ZKBA 1KWHA 1R1NA 3B6WA 5EYFA 4IY6A 2IA4A 4F3SA 3SESA 1P1QA 3OO6A 4EF2A 1N76A 4IO7A 3LR1A 4ONYA 2XXHA 3E3KA 4U2RA 3HHGA 1MXXA 5DEXB 3PPOA 3KOSA 4KCCA 4RA1A 3OELA 1MQDA 3K1PA 4POXA 3CI8A 3K1MA 3OEMA 3VVDA 1S7YA 1P1NA 4EQ9A 5AA2D 3K6XA 2R9JA 4NF5B 2Y7IA 1IITA 3H6TA 2Y7WA 3V5AA 4QFKA 1ZU0A 4GF8A 3TTMA 3SEYA 1LFIA 1LSTA 3BKIB 3EPEA 2VOZA 3CFZA 1MH3A 3C32A 1MQGA 4U1ZA 3VLWA 4GRKA 4Q0CA 3M3KA 4GWOA 3SKPA 1MXYA 1YPNA 4KPTA 3JZJA 3KOTA 3AXFA 1MY2A 1I6QA 3W15C 1R9LA 5DEXA 2NOOA 4ZE8A 3MQ9A 4TQUQ 4G8MA 3MVZA 4I1DA 5I84A 4R74A 1M5EA 4N13A 1MY4A 2O84X 2VGQA 3DM0A 4UACA 4ND9A 3USDA 3UN6A 2F34A 4OQOA 1M5CA 4NF5A 5I56B 2O6AA 3IO6A 3KEIA 2E1SA 1HSJA 1SYIA 1URDA 4F31B 5H8HB 2NUVA 1PB7A 1JW1A 2PBWA 1DPPA 1FTLA 1MPBA 3K6WA 1EZOA 5H8FB 1LBBA 1YTVA 3KSXA 2UVIA 3LSFB 1BTJA 4H8JA 1EZ9A 3TAJA 3U93A 3H6UA 3SERA 4M1VA 4WKMA 1POTA 1B7UA 4EXKA 3TCFA 4F39A 5ICQA 2HQ0A 1LCFA 4IY5A 4PFUA 2G29A 4KI0E 1Q35A 1Y4CA 3FVNA 3TCGA 3KJ7A 5ISUA 4ISUA 4R6HA 1ELJA 1OIBA 4R75A 5I56A 1MQIA 5EHSA 1AIVA 1B52A 4ZEKA 4P0GA 2B3BA 5H8HA 3H4ZA 3KZGA 3TQLA 3MVWA 1MXVA 3JV9A 3G3FA 3MC2A 1Q1KA 2I4CA 5H8FA 3T96B 1M5DA 3TMGA 1SI0A 3A3UA 4JSDA 1DPEA 5DTBA 1XT8A 4X9TA 4I62A 4RPNA 1WODA 4TLMB 3TYHA 4KCDA 3CG3A 3TCHA 5L8DA 4X1BA 1ZLQA 2OZZA 3TDJA 4U4SA 4XKQA 4H5FA 3I3VA 3N6TA 3IK6B 1XVXA 4EXLA 3CFXA 2HFBA 3UIFA 1I69A 4KYSA 3N5LA 3HCQA 4EF1A 4G2ZA 1LFGA 2DWIA 1QUJA 3BBRA 4IO4A 4YB7A 1P1OA 1PEBA 4FECA 4OFLA 2XX8A 2DXYA 1J1NA 4OFJA 3O2AA 3G3KA 4QFNA 3DLNA 4RYAA 3IO4A 4XTCQ 3K6VA 1D9YA 1FTMA 1NKXA 2OK2A 4JBZA 2OBGA 4ZZEA 3MW0A 1FQCA 3FJ7A 4YKKA 3ECRA 3Q26A 1O7TA 1UTBB 2H5YA 2XXYA 3OSQA 5I2KB 4MLVA 4JWYA 1B58A 1F9BA 3G3GA 3FVOA 2AL5A 1RYXA 4QF9A 4YU0A 1R6ZA 1SW1A 2Q8JA 4ELOA 4GQOA 4Q8RA 2ALUA 3IJXB 3D4GA 4YMAA 1IUDA 1GR2A 4OHNA 4NF4B 4JWOA 1N7WA 3KSJA 3MAMA 2F78A 3O9PA 3ODBA 4OEUA 4U22A 1ZJLA 3OXNA 5CC2A 2A5TA 4AB5A 3IB1A 4C1UA 1N7XA 5DVJA 1MPDA 1SYHA 2F5XA 1H3DA 3PUYE 1A54A 1M5FA 1N0TA 3FVKA 4DE8A 3A3CA 5CBSA 2G93A 2Z8DA 4DDDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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