1OQGA

Crystal structure of the d63e mutant of the n-lobe human transferrin
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLEAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional consequences of binding site mutations in transferrin: crystal structures of the Asp63Glu and Arg124Ala mutants of the N-lobe of human transferrin
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Serotransferrin
total genus 106
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqgA02
2VHAA 3MBPA 3S2VA 3FASA 4EUOA 3K00A 4YKJA 3FJMA 3M3FA 4DZ1A 4LZ7A 4F19A 3RTWB 4PFTA 2QS3A 2ZYMA 3CSGA 3CSBA 4GRKA 3OMBA 4KYDA 4GF8A 4U4XA 1XOCA 4YICA 3TTMA 4QFOA 3K6XA 1ATGA 1FTOA 4GWOA 3FVGA 1URGA 3D4CA 4ZECA 1MQDA 2XX8A 3IJXB 3MZ1A 3Q28A 4H6DA 4ZEBA 3A3UA 2PMSA 2O51A 3TUSA 3KG2A 2RCBA 3UA8A 3R7XA 3TAJA 1SW5A 2M8CA 3DP4A 3N5LA 4DE8A 4Q5TA 2GHAA 4I8CA 3KOSA 4F3PA 3C34A 3HSTA 4YKKA 5BUUA 3S9EA 4F3SA 1DPEA 3MP6A 1BLFA 2F6GA 3PPPA 3SEVA 2XHDA 1IXGA 3G3IA 3HV1A 2XXXA 3KGCA 2Y7RA 3IL1B 1P1UA 2XXTA 3K2DA 2Y7IA 4JWOA 1M5CA 3SESA 4IY5A 2F7BA 4ISUA 2NUVA 2I0BA 1TWYA 4YB7A 1MY4A 1B40A 2DSFA 4PQJA 1MPCA 1PB9A 5CMBA 1LCTA 4O3BA 1ZKBA 5EHSA 1SQYA 1N76A 3KN8A 4FE8A 3QSLA 3I5OA 2CZLA 2QS2A 4OTEA 2AIXA 4XKNA 5TU0A 4QFPA 3BFUA 3FZVA 4JDFA 2O7UA 4N07A 3M8UA 2Z8FA 4ND9A 2ZMBA 1WDNA 2Y7PA 3T9XB 3W15C 1H45A 3KSXA 5M2VA 5KCJB 5HM4B 3OO6A 1B46A 2FNCA 4E0WA 1VFEA 3CR9A 5HPQA 4NE4A 1R9LA 1B6HA 5EHMA 3KN3A 3IK6B 3PUZE 3BBRA 5I56A 4U22A 4JB7A 1MRPA 3HO7A 3O9PA 3LUYA 5DYHA 1B1HA 4XKPA 3FXRA 2XXWA 4NF5A 3MVZA 4RXLA 1AMFA 3EHTA 1TT1A 3U8QA 5DEXA 4KCCA 4GVOA 3GZGA 1AH5A 2A5TB 2YJPA 3SDFA 5B70A 1PB8A 1HSEA 3SKPA 5AA3A 3PUYE 2I58A 1P1OA 3VFJA 5CBSA 1B3HA 3OENA 1UIVA 3DM0A 3E13X 1B5JA 2REGA 3PPQA 3Q25A 4H5GA 4FECA 2P1SA 4LATA 2QS1A 1B5HA 3ZS6A 1ZU0A 5ICQA 1QUJA 2QJEA 5H8NA 1EH3A 5KDTA 3IB2A 1A54A 4HTGA 5I56B 5J1DA 2QMXA 3N26A 4BDLA 1B3EA 2UYFA 2F8DA 2H5YA 3CIJA 1O64A 2LAOA 3MVWA 2QSXA 4GD5A 1O63A 1MM6A 4H67A 4IGTA 1H3DA 4BDRA 3C9HA 3O28A 1ZJLA 4IO5A 2ONSA 5K2YA 3D4GA 4YKIA 1IEJA 4UACA 5JK4A 3S9MC 3S9NC 3HN0A 4P0GA 1MH3A 4JXIA 5IAIA 2VD3A 3ZSFA 1MH4A 3K1NA 3IOVA 2NWJA 2I49A 4EQ7A 2O1LA 3FIRA 5KDTB 4ELRA 1MQIA 3TFLA 1ZIUA 1R1NA 2Z23A 4KQPA 1QUIA 2XXRA 5DT6A 3LBSA 1SDXA 1AIVA 2ANJA 4POXA 2UYEA 4TLLB 4QFKA 1DTZA 2X7PA 4KYEA 4Q30B 4JBZA 4TOZA 3M3LA 2REJA 3E4RA 4R6YA 3TMGA 1LBCA 3U94A 2NOOA 2I4BA 3PD9A 1LCFA 3C33A 1MY2A 3FATA 3VXCA 3G3KA 3IB1A 3TTLA 5AA4B 1QKAA 3PPRA 1N7XA 3JYRA 3FVNA 5K2XA 1A8EA 2P0SA 5DVFA 3KJ7A 2Z22A 1GGGA 2QL3A 5H8QA 3TELA 1MPBA 3E3KA 1YPNA 2UVHA 1CE2A 1MPDA 3T9VA 3CI8A 3N6TA 3T66A 1R9QA 3DP6A 2KLFA 3CFZA 5AA2A 1B3LA 3F11A 2DXRA 3TCGA 4X1DA 2A5SA 3TZAA 3OOAA 4DIGA 3IAZA 3ODBA 4U2RA 3VVEA 3OD7A 2D5WA 3IO6A 2OBGA 2PVUA 4G4PA 2RC7A 2XX7A 4GOTA 4YU0A 2F5XA 4U4SA 3OEKA 4PE5B 3VLVA 1GV8A 2OLBA 4F22A 3G3GA 4OVJA 4F18A 2DWAA 3TPAA 3RTFB 1URSA 3MPKA 1NNTA 5A5XB 4F39A 2THIA 1L5TA 1N84A 1MXXA 5H8QB 4U21A 2HQ0A 3MW0A 3K6UA 1J1NA 2DE3A 2QS4A 3IOUA 3ILUB 4O3AA 4KD5A 1EZPA 3HCQA 3UORA 1LAXA 3LSLA 2Z8DA 4RY1A 4EQ9A 3LSFB 3QUJA 3KEIA 1Y3QA 1IIWA 4M1VA 2DE4A 3SEXA 3OO7A 2VD2A 1P1NA 5ELVA 4PETA 1MXVA 2ZYKA 3VLWA 3SEUA 2E1SA 1M5DA 3H6UA 1B58A 5I2NA 2DE2A 1NNFA 3ZKKA 4R2FA 4OQOA 4ZEDA 1Y3NA 4C1TA 1B0HA 3VDFA 2YPNA 4ONYA 3UIFA 1YTVA 3ECRA 2Y84A 2HZKA 3A3CA 2GHBA 4OZ9A 4G8MA 3GBAA 3TYHA 4YZZA 5FTIA 1A99A 3O29A 4H1XA 2RF1A 3TTRA 1B32A 3EPEA 4R6HA 1MQJA 2GH9A 2VGQA 3FD3A 5FHMA 2DYXA 1P1WA 3RY3A 4FJPA 2F97A 1TFAA 2I6EA 4R73A 2D21A 4POWA 1ZLQA 1FQEA 3FVOA 3MP1A 1CB6A 4BDOA 1FQBA 1VFDA 2RC8A 2F36A 3TQLA 4N13A 1NKXA 3RLFE 4ELQA 2HEUA 3OO9A 1R6ZA 3H7MA 1LSTA 4L17A 3WAEA 1PEBA 1OVTA 1HSJA 1Y4TA 2I48A 4HCYA 5AA1A 2AL5A 2Q2CA 3USDA 4H8JA 2F78A 3K01A 3K6VA 1P99A 1LFIA 2PT1A 4G77A 4OXVA 3S4UA 4Z7EA 1ANFA 1H44A 1MXWA 1SW1A 4TQUQ 3VV5A 1B4ZA 4IO7A 3T93B 1Q35A 1Y9UA 3HHGA 1VR5A 3K1MA 3JV9A 4KPTA 4ZZEA 2D3IA 2B3BA 3FV1A 2NXOA 4QFNA 2OWSA 2RKMA 3KZGA 4ZEKA 1I6BA 2UXAA 1MM7A 5L8DA 3C31A 5I84A 4GL0A 3H6TA 4JWYA 1QUKA 4DXBA 4OWDA 1ZTYA 4WXJA 1PB7A 5B7DA 5CMCA 4RNSA 4N6PA 5TPAA 2DXYA 4QSCA 2AYSA 4MFIA 2PT2A 2G29A 4OHNA 3FXQA 5H8FA 1EU8A 4BDQA 1XT8A 4LP2B 1I6AA 1D9YA 3W9WA 3MAMA 4YB6A 4FAJA 3IR1A 3IORA 5I57A 1A40A 1TFDA 1A55A 1ELJA 4ZZAA 1M5EA 1MG1A 4NEDA 4NTLA 4HW8A 2F6PA 1JETA 2F7CA 4Z0IA 5FTHA 3IOTA 4OETA 4K3FA 1URDA 1NL5A 2O1MA 3CG1A 4KYSA 1GR2A 4ECFA 2XD3A 4R9FA 4X1BA 1B1XA 5TPAB 1Y1ZA 4ELOA 3OSQA 4RK9A 3SEYA 4NWDA 5CI5A 5H8SA 3GLBA 4F1YA 4G68A 3O66A 1FTKA 4GXSB 2Q89A 5H8FB 4KHZE 2Q9TA 4NF5B 4Q8RA 2Y7KA 5DEXB 5I57B 3H06B 1T0KA 4I1DA 4NF8A 5EYFA 1UTHA 2DS9A 3RN8A 3JZJA 1JVXA 1IITA 2H4IA 4IO3A 2O84X 1N7WA 3QK6A 1UTBA 3SETA 3O2AA 3H03A 3MZ9A 3PPOA 1II5A 1Q1KA 2UVIA 3QUFA 1JNFA 1US5A 1BKAA 3ZKLA 4H5FA 3H6VA 4OEVA 4ZE9A 1DMBA 1PDAA 2DQVA 3PUVE 4UA8A 5H8NB 3H6WA 1DTGA 3FJ7A 4XXUA 3RNNA 4U23A 2H98A 3H4ZA 5JTYA 1S50A 1XVXA 4EF1A 2ONKE 1MDQA 3T22A 4M4GA 4X48A 1OMPA 1B2HA 3DELB 5DTBA 4F1UA 4F2QA 1I69A 4AQ4A 4DLDA 4R74A 1OQHA 3T9UA 1XC1A 5I58A 1MXYA 4NF8B 4NF6A 3T96B 3TEPA 3O97A 1UTBB 1QVSA 3TODA 2X7QA 3UK4A 1USYH 2QMWA 4Q0CA 1FQDA 2Q2AA 2Q88A 3RUMA 5AE4A 4G8NA 4G68C 1LFGA 4F2OA 5LOMA 5TP9A 5I2KA 4PFUA 5JEIA 3I6VA 4ZS9A 4EQBA 1OQGA 1IXCA 1LGBC 1FTJA 1MY0A 4GLIA 2OK2A 3EHSA 1XVYA 2DWHA 3LR1A 4U1ZA 4QHQA 4LUBA 3PMWA 3HPIA 3VVFA 1JEUA 1SW2A 3CFXA 1NNKA 1NNPA 2V3QA 1KWHA 5I58B 1NFTA 1SI1A 4LA9A 1S7YA 2F35A 4XKQA 4H0WA 4PFYA 1SI0A 2XXUA 2V93A 4I9DA 2V84A 5CM6A 4NF4A 3TCHA 4O3CA 2HAVA 4ESWA 4GXAA 4I62A 2QPQA 2ESNA 1YAEA 1VE4A 4DXCA 1M5FA 1MXZA 4P11A 2ZNTA 3R26A 3TDJA 3WAFA 2FYIA 1OLAA 2Y7WA 3B6WA 3MZBA 4YMAA 1PBQA 4LVQA 4AB5A 1UIUA 4YB5A 2OZZA 3PV0E 4NWCA 3DP8A 2XXIA 4MLQA 5L9MA 4AB6A 2YLNA 3TQWA 3AXFA 4R2BA 3SEWA 5AA2B 2QRYA 3K1PA 4LQ5A 3QXMA 3SERA 4G2ZA 4FEBA 4QRZA 2UVGA 4DCXA 2XXYA 4BDNA 3R6UA 3CVGA 2ZYOA 1SW4A 4YAHX 1B7UA 1BTJA 3G3JA 4QSEA 3KN7A 2HZLA 4F3BA 4OEUA 4FORA 3EQ1A 1LB9A 3K0VA 3G3HA 3PD8A 4ESXA 1B3FA 3IO4A 1TXFA 4OYVA 4G8HA 1B3GA 4JWXA 4E0XA 2DWJA 3ILTB 1MQHA 4F3GA 3O6HA 5FHNA 1H43A 3H3GA 2OJTA 3GXAA 3MC2A 3RPWA 1MY3A 2ZNUA 4ZE8A 3RT6B 4MF3A 1OVBA 3KBRA 4YKPA 3N6UA 2F7AA 4KFQA 5AA2D 1AOVA 1JW1A 1O7TA 4IO6A 4BDMA 3PMVA 3U72A 3V8XB 3M3KA 4XIGQ 1SD3A 3KSJA 5ISUA 3G3FA 4JSOA 3S9LC 5I2NB 2V3TA 5DVIA 3GBBA 2H99A 1I6QA 3C4MA 4LZ5A 1B7ZA 4WKMA 1Y3PA 1NH7A 3FJGA 3BKIB 1FTMA 5KCJA 5DVJA 1N0TA 4U1OA 4C0RA 3U93A 4ZEFA 1QULA 2P2AA 2XXQA 3C35A 5H8HA 2VOZA 3KOTA 1LBBA 3MQ9A 2Z8EA 2HCAA 2RINA 4RA1A 3ONMA 4F31B 1UQWA 4EDPA 1DPPA 4X9TA 3IJOB 2E0SA 1D9VA 1MS7A 1BP5A 3THIA 1ZBMA 5ICTA 2ABHA 3T9HB 1Y4CA 1A8FA 1FQAA 1HSLA 2A5TA 3MUQA 3U92A 4WEPA 4MBPA 5ITPA 1Y20A 4HS7A 3B6TA 5I59A 4RPNA 3V83A 1MQGA 3OEMA 4FATA 3FGSA 4EXKA 3HHFA 4H65A 3U1OA 4OESA 4P0IA 2ZNSA 4FIMA 2WKYA 3FV2A 3IX1A 5IKBA 1B9JA 1D4NA 2XXVA 1USYE 1JW5A 1B4HA 1BIYA 4LONB 3V5AA 3Q26A 3EN3A 2XD2A 1QKBA 3OELA 2I3WA 1B0LA 4RJZA 4KI0E 4H8IA 4PFWA 3KJTA 3MVXA 3I3VA 1JW4A 5H8HB 3IOWA 1LFHA 1JEVA 2GRVA 1XHYA 2B65A 1DOTA 3K6WA 4R6KA 2H9BA 4MH5A 5CC2A 4OENA 2OWTA 2H25A 4R9GA 2FA7A 1D3KA 3EF7A 1B7HA 1QW0A 4R75A 4GQOA 1RYXA 2V3UA 2V25A 4PP0A 1B52A 2O69A 4IY6A 5KZTA 1OLCA 3L6HA 3IB0A 3PGFA 2R6GE 3PMXA 1Z7NE 5I59B 3MWBA 2W7YA 4OERA 5L9SA 5CBRA 4LQ2A 2NVUB 1LLSA 2GFEA 1NH8A 3EHUA 3VVDA 2O7IA 3MVYA 2AL4A 2R9JA 3VXBA 3G7WA 3FVKA 4WEDA 3CG3A 1SVXB 2RCAA 3TTKA 4MLVA 2PBWA 2B3FA 2RC9A 1M5BA 1P1QA 3DLNA 4TLMB 4ZEIA 4XTCQ 1GTKA 3QAXA 3MPLA 2CMOA 3VLUA 3B6QA 1LAHE 1IXIA 4JSDA 1GVCA 4IO2A 1N04A 1US4A 3LSWA 1FTLA 4OFLA 2VP1A 3TCFA 1MY1A 2ONRA 3TTNA 5BWJA 1EZOA 1PC3A 2IEEA 2BJJX 1LAGE 4BLAA 2DOJA 1IZ1A 2O68A 3TKDA 1F9BA 3FXUA 2PX1A 5HBCA 2I4CA 4C1UA 3N94A 4F1VA 1B51A 4IO4A 1Z7ME 1FW0A 1LB8A 1FCKA 3Q29A 5AA4A 4EF2A 3O6IA 4FEDA 2DVCA 4G68B 4EXLA 4KCDA 1MDP1 1JVYA 4QFLA 5ITOA 2G93A 3C32A 2ZXTA 3Q27A 1Y1MA 3UGWA 2I3VA 1SYIA 2HXWA 4RK2A 1ZMGA 4GL8A 1AL3A 1IXHA 2DWIA 3PUWE 3O6GA 5CMKA 3KFMA 2I0CA 1UTHB 2HFBA 4R72A 5FHOA 3LSXA 1IUDA 4KR5A 1WVJA 2O6AA 3PU5A 1A7LA 1EZ9A 1RYOA 3B7DA 1JQFA 3K4UA 3P7IA 2DVZA 1PBPA 5CMMA 5L9OA 3CRBA 3OO8A 3QIMA 1WODA 2R71A 4F29A 2XXPA 5JTYB 4DCYA 3MJNA 1QJMA 4THIA 1SBPA 1H76A 5A5XA 4QSDA 4NMYA 3FUZA 4IB2A 3LC8A 3K02A 4YMBA 1NMUA 4IGRA 1N3XA 4NF6B 2X26A 3OXNA 3PPNA 1FQFA 5F7VA 1POTA 1RKMA 4RYAA 4OFJA 3VE1B 1N3WA 4GFRA 4DDDA 4DXUA 3W9VA 4GIZA 1S9TA 2XX9A 4QF9A 1MXUA 2HAUA 1LAFE 2F34A 3A09A 2IA4A 2OCUA 5TP9B 2XXHA 3QYTA 5I2KB 2ALUA 3MP8A 1YCJA 2PYYA 4ZDMA 5CRYA 2UVJA 1B5IA 3PUXE 3CFLA 3UP9A 1XS5A 3RT8A 1IQ7A 1FQCA 4XKRA 2ZYNA 4OMBA 1VSOA 2Q8JA 4HCWA 3L6GA 5F1QA 3C36A 3E9XA 1DSNA 3RQTA 4LZ8A 2DP8A 3RGYA 1B05A 3OSRA 3UN6A 4RPOA 3BFTA 1OIBA 3V89B 4ELPA 1SYHA 4OFOA 4NF4B 1POY1
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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