1OQGA

Crystal structure of the d63e mutant of the n-lobe human transferrin
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLEAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional consequences of binding site mutations in transferrin: crystal structures of the Asp63Glu and Arg124Ala mutants of the N-lobe of human transferrin
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Serotransferrin
total genus 106
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqgA02
1RYXA 4DZ1A 1Q35A 4H8JA 3HN0A 2ESNA 5CM6A 3N94A 3RGYA 3DELB 2GH9A 5DVIA 4RK9A 3E4RA 3KZGA 1GTKA 3OSRA 4IY5A 4F39A 1NH8A 3IOWA 1B40A 3K01A 3OEKA 3CFZA 3MWBA 4ESWA 5I2KB 5H8FB 4R73A 1MPBA 1IXGA 4BDOA 2M8CA 3H6WA 2DWIA 3ZKLA 4YB5A 1MXWA 3U72A 4XKQA 4OENA 1MXZA 2DQVA 4DIGA 2PT1A 4OTEA 2PYYA 2AIXA 2Y7PA 1B51A 1VFDA 3MC2A 5H8NB 1MDQA 3K02A 3R26A 4C1UA 1B3LA 2F8DA 4GVOA 4RY1A 4F19A 3L6GA 4XKPA 4K3FA 4UA8A 3PD8A 4FIMA 4H67A 3U8QA 3IX1A 2ZYKA 3WAFA 3MVXA 4HS7A 2I4CA 3BFUA 1RKMA 3QIMA 1GVCA 1MG1A 1PB8A 1MQIA 4QRZA 5AA2D 4DXCA 1SI1A 4NTLA 3O28A 4GFRA 1SW1A 3SERA 2DOJA 1FTLA 3TCGA 3I3VA 4JWOA 1POTA 3OEMA 1S9TA 3TEPA 4YMBA 3IB2A 5TPAB 1D9YA 2NWJA 4YZZA 3W9WA 3UIFA 1MM6A 1A55A 4R75A 3RPWA 3B7DA 3K1NA 1R9LA 1Y4TA 2DYXA 1MY4A 4OFOA 5KCJA 2YPNA 2RKMA 5FHNA 2X7QA 1B9JA 3IB0A 3RT6B 3MJNA 3FD3A 1URSA 3IORA 4QFLA 5I58B 3IO6A 4DCYA 1LSTA 4ECFA 1EZOA 3V8XB 1VE4A 2H99A 4RXLA 1YCJA 3QAXA 4F18A 4MF3A 1MY2A 1NNFA 1SBPA 5I2NB 4NE4A 1B3GA 2F5XA 2QS3A 1B1XA 1NNTA 3MBPA 3SEYA 4ELRA 4QHQA 1YPNA 1XVYA 2FA7A 1OMPA 1Y9UA 1J1NA 3UN6A 3E9XA 3CG3A 4OFLA 1EZPA 1PB7A 3U93A 3U94A 2RINA 3CRBA 4OHNA 4DCXA 1LAGE 2LAOA 4AQ4A 4R74A 2GFEA 4LUBA 5FTIA 1LCFA 1FQEA 2F97A 2O1MA 3KJ7A 3T9HB 3LSXA 4EDPA 3O6HA 1S7YA 4GIZA 4N07A 3O66A 4R6HA 3VLUA 2VHAA 1SQYA 3VV5A 3N6UA 3HV1A 1MQHA 4GL0A 1I6BA 1ATGA 4JB7A 1IXIA 1PB9A 3PUZE 4OYVA 4P11A 3OO7A 2XXPA 5AA2B 4GL8A 1MXVA 2UVJA 1N84A 1DMBA 2CZLA 3PMVA 1B58A 1ZJLA 1MRPA 4RYAA 1MPDA 1IUDA 1ZIUA 5IKBA 2QL3A 4U21A 5CC2A 2HZKA 5HPQA 2OWSA 3N26A 2F78A 4YB7A 1P99A 3MVZA 3OOAA 5KDTA 2G29A 2OWTA 4F3BA 3K1PA 1TFAA 1B32A 5EYFA 1H76A 3PPPA 2ZNTA 2DXYA 3V89B 3RY3A 1AOVA 2QMXA 1B3FA 1LAXA 4IGRA 1ANFA 3FV1A 1B5HA 1SI0A 3K6WA 1S50A 3HHFA 2H9BA 2F35A 5CRYA 5ICTA 4HCYA 3SEVA 4IB2A 1UTHA 4F1UA 5H8QB 1B3HA 2XD3A 3O97A 1IZ1A 4G8HA 1JVYA 4IO3A 4BDQA 3FIRA 1QUJA 3RQTA 2YLNA 5JK4A 3MZBA 3G3HA 3RN8A 3TZAA 2BJJX 4RA1A 3FXRA 4LP2B 4NF6B 4HTGA 2XXUA 3H3GA 5H8HA 1FQBA 3B6TA 3FASA 3RNNA 1N7WA 3MAMA 5L9SA 3LR1A 4R6KA 3CIJA 2ZYOA 4H5GA 4OFJA 2DE2A 3EF7A 1B3EA 2VGQA 1NNPA 3C33A 3IO4A 4JSOA 3KGCA 5ICQA 2O6AA 3SETA 3HCQA 3FJ7A 2UYEA 2V3TA 1JW5A 1BLFA 1R1NA 4R72A 5L9OA 5I59B 1A54A 3OO8A 1OLCA 4IO5A 5DVFA 3TELA 1OVBA 4FJPA 2HAUA 1SYIA 1MS7A 1MPCA 3C32A 1HSLA 5H8NA 1ELJA 2F36A 2HCAA 3PPQA 4R6YA 3IK6B 3L6HA 5I57B 2B65A 1MY0A 2F7AA 4DDDA 4OXVA 4G2ZA 1FTMA 1MQGA 1MQDA 2OK2A 1CE2A 3MUQA 5AA4A 2HQ0A 4EF1A 4GXAA 4QSCA 4Q5TA 2DP8A 2V25A 2D3IA 3MVWA 4DLDA 1A7LA 3TMGA 2PMSA 3EHSA 4TLLB 4ELOA 2IEEA 5DYHA 2FNCA 5A5XB 3R6UA 1SW4A 1P1OA 5I56A 1M5DA 4IGTA 4OETA 4P0IA 2VOZA 3K6XA 3VXBA 3PPNA 3OMBA 5F7VA 2R9JA 4LVQA 3THIA 1ZTYA 4IY6A 4C1TA 2YJPA 3PU5A 5ITPA 3I5OA 3TFLA 2H98A 4BLAA 1FQCA 3A3UA 1H3DA 2R71A 3FVOA 3S9MC 1LGBC 1A8EA 4X48A 2XX8A 4NEDA 3T66A 1B4HA 2V93A 3V5AA 3ZKKA 4EUOA 4G68A 1SYHA 3QSLA 4EXKA 1FTOA 5I58A 4YKJA 2Y7IA 2Y7RA 4HW8A 3Q26A 1ZKBA 1Y20A 2W7YA 2Z23A 4TOZA 4WKMA 4EQBA 4F1VA 1XVXA 3GBBA 3TTMA 2XXVA 4OESA 5TU0A 1TXFA 4Q0CA 3PMXA 1LFHA 5JTYB 3O29A 4GF8A 2I4BA 1IEJA 1PBQA 3SESA 1FQFA 2VD2A 4AB5A 5K2YA 2ANJA 5L8DA 1N7XA 1M5BA 4U4SA 1IIWA 1O7TA 4E0WA 4RK2A 4F22A 3O6IA 2ONSA 2OCUA 4LZ8A 4U22A 2OJTA 3KN7A 1AL3A 1OIBA 2AYSA 2QS1A 2F34A 2AL5A 2H5YA 1LBBA 4ZECA 1R6ZA 2B3FA 2ONKE 4YKIA 3PUVE 3OD7A 3FXUA 2DE4A 1OLAA 1USYE 2PX1A 1MDP1 4ZE9A 3UGWA 1NMUA 4BDMA 3RUMA 4BDLA 4Z0IA 3C35A 3HSTA 3K4UA 3FVNA 3V83A 2R6GE 1MY1A 1IQ7A 4XKRA 1FQDA 1T0KA 4IO2A 1BP5A 3KSXA 5DVJA 3IOTA 3MZ9A 4FE8A 3S4UA 4M4GA 4RPNA 3IJOB 4GQOA 1UIUA 3KFMA 3KOTA 2Q89A 1FW0A 1XHYA 3RLFE 1URGA 5AA2A 1N76A 5KZTA 1DPEA 2KLFA 1I69A 1Y3NA 3H06B 5AA1A 1MQJA 1H45A 3M3FA 4OERA 3VE1B 1B6HA 3DP8A 5BWJA 3K0VA 2XX9A 5H8SA 3IR1A 4LZ5A 3A3CA 3DP4A 1ZMGA 1N3XA 4QFNA 3B6QA 3MPLA 3TQLA 3K1MA 3PV0E 1A40A 3D4GA 3VLVA 1XS5A 3PD9A 3UK4A 3FV2A 4ZEKA 2PT2A 4KPTA 3PMWA 2QS4A 1Y1ZA 3UORA 5ISUA 5EHMA 1NFTA 4PETA 3T9VA 1CB6A 4DXUA 4EQ7A 2HFBA 5DEXA 4YB6A 2ZMBA 3LC8A 3O6GA 5H8QA 3VVDA 3FJGA 4GRKA 3O2AA 4X1DA 2DSFA 3G3FA 3KEIA 3ILTB 4XIGQ 1N04A 4KYDA 4P0GA 1Y3PA 4JXIA 2IA4A 4H0WA 1B52A 3KSJA 4YKKA 1NKXA 2REJA 4ZZAA 5B70A 3IOVA 3CVGA 5DT6A 3FGSA 5FHOA 3EPEA 2HXWA 3C34A 3UP9A 2V3UA 1JNFA 4ZEDA 1MM7A 1UTBB 1TWYA 1JW1A 4Z7EA 1NL5A 3W9VA 4QSEA 2XXQA 1L5TA 4QFOA 3GLBA 4PE5B 1EZ9A 3O9PA 1P1WA 2OBGA 4RJZA 4FORA 4H6DA 1USYH 4F1YA 4H65A 4IO4A 3FATA 4WXJA 4KQPA 5IAIA 3C9HA 3Q29A 2I0CA 2UYFA 5J1DA 4DE8A 1B7ZA 1EU8A 1BTJA 4LQ5A 2A5TA 2P0SA 3CR9A 4NF8A 3G3KA 1SD3A 4PP0A 3T96B 2XD2A 2QSXA 3MPKA 5ELVA 2E1SA 3PUYE 2GHBA 5HM4B 5ITOA 2RC7A 4ESXA 3MZ1A 1DTGA 3DLNA 4YICA 1UIVA 4FEDA 4NF5A 2D21A 1SW5A 3TUSA 4G8MA 4PFWA 4POWA 4RNSA 3FVGA 3C4MA 3IB1A 3CSGA 3OO9A 3JYRA 4U4XA 2I48A 1MH3A 3S2VA 4KCCA 1B46A 4F3PA 2I3WA 3H7MA 3H4ZA 4I1DA 3T22A 3JV9A 3K6UA 3BBRA 2QMWA 4F2OA 1B2HA 4RPOA 3FXQA 5I2KA 1LLSA 5H8FA 2NVUB 3EQ1A 2UVIA 3Q25A 1AIVA 4L17A 1JEUA 2Q2CA 4OVJA 3OSQA 3CFLA 3QUFA 5KDTB 2ZNUA 3ONMA 1OQHA 1POY1 3R7XA 2ZYNA 4YAHX 5K2XA 4QFKA 1B7HA 3BFTA 3SEXA 2Y84A 2ZNSA 1YAEA 4QF9A 2P1SA 2UVHA 4GXSB 1VR5A 3U92A 2Z8DA 5AE4A 3K2DA 2GRVA 1M5CA 3PPRA 3IAZA 1LAHE 3PUWE 2QRYA 4U23A 1UTHB 1R9QA 1QVSA 4PQJA 2O84X 1YTVA 4OEVA 4BDNA 1SDXA 4KFQA 2ABHA 4C0RA 4XKNA 4O3BA 3QXMA 2Z8FA 4ZS9A 4ZEIA 3C31A 2Y7WA 2I49A 2VD3A 1B7UA 4IO7A 3H6VA 5B7DA 3TTRA 2NOOA 2ONRA 1LB9A 4MFIA 1NH7A 5TPAA 4NWCA 2CMOA 4M1VA 1URDA 5M2VA 2PBWA 4XXUA 4JBZA 1OVTA 3LSLA 3TODA 2O51A 3LSFB 1O64A 1FQAA 3PUXE 2RC9A 4QFPA 4R2FA 2Q9TA 4U2RA 2FYIA 3RTWB 4R2BA 3VFJA 2O69A 3MP6A 2I58A 3H03A 3EHTA 4WEPA 4EQ9A 3G3IA 1LCTA 4BDRA 2F6GA 3P7IA 3TYHA 5FTHA 3VVFA 2OZZA 1A99A 1H44A 3TAJA 1QULA 1US5A 3PGFA 4TQUQ 3KN3A 2OLBA 3VXCA 3E3KA 2XXYA 4F3SA 3S9NC 1P1UA 3B6WA 4U1ZA 2F6PA 1BKAA 1MXYA 3UA8A 1JETA 2NUVA 3OENA 1PBPA 2QJEA 2I6EA 4F2QA 3ZS6A 4NF4B 1D9VA 1QUKA 3D4CA 5I2NA 1JVXA 2DVZA 2XXWA 3M3KA 1UQWA 3H6TA 1GR2A 4QSDA 4HCWA 1XOCA 1ZU0A 1VSOA 3USDA 5AA4B 1QJMA 3SKPA 3FVKA 1B05A 1B0HA 3TKDA 3CFXA 4F3GA 3HPIA 5CBSA 4KD5A 3KG2A 1PDAA 4NMYA 4OQOA 4R9GA 3TTKA 4FEBA 4ELPA 3GXAA 5AA3A 4KCDA 5TP9B 3DM0A 2RC8A 2NXOA 3SDFA 3F11A 1FTKA 3IOUA 3G7WA 3TQWA 1MY3A 4KI0E 1QUIA 1TFDA 4PFTA 2HZLA 4H8IA 1WDNA 4LZ7A 5I56B 2F7CA 1II5A 1D4NA 2O1LA 3GZGA 1QKBA 5CMCA 3MW0A 4O3CA 3K00A 3LSWA 4YKPA 2REGA 1IXCA 3DP6A 5FHMA 3LBSA 3SEWA 3M8UA 1LFGA 3T93B 4GOTA 1VFEA 1B0LA 4JDFA 1AH5A 2X7PA 3TTNA 4I62A 4G68B 2GHAA 3MP8A 4TLMB 2XXHA 3TCFA 2WKYA 1O63A 2V3QA 2B3BA 2HEUA 1Y3QA 4O3AA 1US4A 3SEUA 4X9TA 1UTBA 2H25A 2Q88A 1B1HA 4YU0A 4EXLA 1JEVA 5LOMA 3T9UA 2A5SA 4GWOA 3CI8A 3TCHA 2Y7KA 4THIA 2ZXTA 3WAEA 3RT8A 3FZVA 5CMMA 5F1QA 4MH5A 4Q8RA 5BUUA 2UXAA 2VP1A 3W15C 3S9LC 3U1OA 3MP1A 1LAFE 3ILUB 4XTCQ 3E13X 1IITA 5L9MA 1GGGA 4MLVA 3KOSA 3T9XB 1Z7NE 2XXIA 2DWJA 1TT1A 3OO6A 2Z22A 3C36A 2RF1A 3IL1B 4ELQA 3QUJA 2DWHA 4MBPA 2D5WA 4ONYA 1Y4CA 4KR5A 1A8FA 2XXRA 4MLQA 4I8CA 2AL4A 4Q30B 4NWDA 4LATA 4DXBA 2THIA 1MXUA 4NF6A 4UACA 4YMAA 1RYOA 4X1BA 1QKAA 2QPQA 1IXHA 1DOTA 3CG1A 5KCJB 3OXNA 4G8NA 5EHSA 3FUZA 2UVGA 5CMBA 1F9BA 1ZBMA 4G4PA 3ECRA 3EHUA 4OZ9A 4ZDMA 3M3LA 1LBCA 3VVEA 3KN8A 3IJXB 2ZYMA 5JEIA 2Q8JA 2O7IA 1N0TA 1P1QA 2O7UA 3A09A 3G3JA 2XHDA 2XX7A 3BKIB 4F31B 3HHGA 5I59A 4FAJA 2E0SA 4JWYA 1H43A 1Q1KA 1M5FA 4LA9A 1Y1MA 2X26A 3MVYA 4ND9A 4U1OA 4N13A 5DTBA 4AB6A 2PVUA 3G3GA 3EN3A 3TPAA 4PFYA 4G68C 4KYEA 5I57A 3PPOA 4N6PA 3JZJA 5CI5A 2RCBA 5DEXB 3TDJA 3RTFB 1I6AA 3H6UA 4OEUA 2G93A 5I84A 1HSJA 1XC1A 4E0XA 4IO6A 3OELA 1MH4A 1AMFA 3TTLA 2H4IA 3K6VA 4WEDA 4OMBA 1FTJA 1MXXA 4ISUA 5CBRA 1BIYA 3AXFA 1NNKA 2F7BA 2Z8EA 5A5XA 3KBRA 4ZEFA 3HO7A 5HBCA 1SW2A 4KHZE 1JW4A 3VLWA 3N5LA 4FATA 2I0BA 1GV8A 1FCKA 1B4ZA 5CMKA 2DVCA 2I3VA 1LB8A 1N3WA 3N6TA 4GLIA 3FJMA 3MQ9A 4LONB 2XXTA 4PFUA 1DTZA 1EH3A 3ODBA 2DWAA 1SVXB 1PEBA 2QS2A 4GD5A 2P2AA 1B5JA 2Q2AA 4JWXA 3QYTA 4JSDA 3KJTA 2HAVA 1XT8A 4FECA 1ZLQA 3I6VA 1DPPA 1M5EA 1KWHA 1QW0A 3CSBA 4NF4A 4I9DA 1DSNA 3VDFA 2A5TB 2DXRA 1OQGA 2RCAA 1PC3A 4NF8B 2XXXA 3GBAA 4H1XA 5JTYA 4KYSA 1B5IA 1P1NA 3Q27A 2V84A 3ZSFA 4OWDA 4R9FA 1Z7ME 3S9EA 1WODA 3QK6A 4ZE8A 4H5FA 2ALUA 1I6QA 5H8HB 3Q28A 3LUYA 4NF5B 1HSEA 2DE3A 4G77A 4ZEBA 1D3KA 4LQ2A 2DS9A 1LFIA 4ZZEA 4EF2A 4F29A 4POXA 2O68A 5TP9A 1JQFA 1WVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RYXA 4H45A 4DZ1A 1Q35A 4H8JA 3HN0A 2ESNA 2HHMA 5CM6A 2PFZA 3N94A 3RGYA 3DELB 4H46A 2GH9A 5DVIA 4RK9A 3E4RA 3KZGA 1GTKA 3OSRA 4IY5A 5IZZA 4F39A 1NH8A 3IOWA 1B40A 3K01A 2WBBA 3OEKA 3CFZA 3MWBA 4ESWA 5I2KB 5H8FB 3LV0A 4R73A 1MPBA 1IXGA 4BDOA 2M8CA 5ET6A 5IGAA 3H6WA 2DWIA 3ZKLA 4YB5A 1MXWA 3U72A 4XKQA 4OENA 1MXZA 2DQVA 5EQAA 4DIGA 2PT1A 4OTEA 2PYYA 2AIXA 2Y7PA 1B51A 1VFDA 2QFLA 3MC2A 5H8NB 1MDQA 3K02A 3R26A 4C1UA 5IZ1A 1B3LA 2F8DA 4GVOA 4RY1A 4F19A 1IMFA 3L6GA 4XKPA 4K3FA 4OVQA 4UA8A 3PD8A 4FIMA 4H67A 3U8QA 3IX1A 4PBQA 2ZYKA 3WAFA 3MVXA 4HS7A 2I4CA 3BFUA 1RKMA 3QIMA 1GVCA 1MG1A 1PB8A 4NN3A 1MQIA 4QRZA 1NV5A 5AA2D 4DXCA 4O7MA 1SI1A 4NTLA 3O28A 4GFRA 1SW1A 3SERA 2DOJA 1FTLA 3TCGA 3I3VA 4JWOA 1POTA 3GYYA 3OEMA 1S9TA 4I3YA 4MHFA 1IMDA 3TEPA 4YMBA 2PFYA 3IB2A 4PE3A 5TPAB 1D9YA 2NWJA 4YZZA 3W9WA 4HXVA 4MIJA 3UIFA 1MM6A 1A55A 4R75A 3RPWA 3B7DA 3K1NA 1R9LA 4OVPA 1Y4TA 4GBVA 4JVIA 5IZ3B 2DYXA 1MY4A 4PF8A 4KXPA 4OFOA 5KCJA 2YPNA 2RKMA 5FHNA 2X7QA 1B9JA 3IB0A 3RT6B 3MJNA 3FD3A 1URSA 2XWIA 3IORA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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