1OQGA

Crystal structure of the d63e mutant of the n-lobe human transferrin
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLEAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional consequences of binding site mutations in transferrin: crystal structures of the Asp63Glu and Arg124Ala mutants of the N-lobe of human transferrin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqgA02
3R7XA 1GTKA 2ZYNA 1NFTA 4PFWA 5K2XA 4U2RA 4YB6A 5CMCA 2H5YA 3MP6A 1B5JA 3MPKA 3MZ1A 2GFEA 4OTEA 5I2KB 2ZNTA 3KN7A 3LSFB 1RYOA 5CI5A 1A8EA 1OLCA 3THIA 2X26A 1QW0A 2DE4A 1OLAA 1OVBA 2DS9A 2DXYA 2VOZA 3KZGA 5L8DA 2B65A 4XIGQ 4GRKA 2HFBA 3HN0A 3B6TA 5CRYA 2OWTA 3MZ9A 4F3SA 1B7UA 2XXPA 2DSFA 5I58A 1B1XA 2VHAA 3N26A 3FV1A 4KYDA 4IO3A 1B7ZA 1QVSA 2OLBA 3H6VA 3QXMA 4F29A 3KJTA 1LAFE 1N0TA 2CMOA 2I4BA 3TUSA 5H8NA 3OD7A 1B51A 2I48A 3BBRA 4YB5A 5I57B 1BLFA 4YMBA 2Z22A 4N6PA 4JSOA 2ZMBA 1O64A 4JBZA 2RCBA 1QJMA 1A7LA 2QL3A 3K1NA 1SI1A 1R1NA 4HTGA 3IJOB 4FECA 5DVJA 3FD3A 3DM0A 3QK6A 4R6HA 5HBCA 1AL3A 2P0SA 4GLIA 1MY4A 2F8DA 4K3FA 2G29A 1PBQA 1BTJA 2DWHA 3QUJA 4R2BA 2THIA 2QS2A 2AYSA 2ONRA 1LFHA 3O6IA 4OYVA 5KZTA 3O6HA 3K6UA 5AA2B 3H6TA 4TLLB 1B05A 1N3WA 3T9UA 2V93A 4RYAA 1PB7A 1XVYA 2M8CA 4KCDA 3GZGA 3PD9A 2XXIA 4JDFA 4PFUA 4O3AA 3KGCA 4H5GA 3LBSA 2D5WA 3KEIA 1BKAA 4F1VA 3ILUB 1QULA 1RKMA 3TTKA 1I6AA 3OO9A 3SDFA 2Y84A 4QFLA 4KHZE 4NF5B 3TZAA 2HEUA 3C31A 1UIUA 1JW1A 1SI0A 2HQ0A 3O28A 3C35A 1FQEA 4IGTA 3PUVE 1QUKA 4ZE8A 1S50A 3PMXA 1B3FA 2HAUA 3TKDA 5AA4A 4OQOA 1MXUA 3FXUA 3VVFA 1DSNA 4C1UA 1PDAA 3A3UA 3Q29A 4GOTA 4IO4A 4FAJA 4L17A 1FQBA 1SW1A 2UYEA 5CM6A 1UTHA 1MQIA 3IX1A 3OELA 2UVIA 3TFLA 1FTKA 4OFOA 5TU0A 1ZKBA 2PT2A 3TTLA 2O84X 2P1SA 3OSQA 5I56B 5ELVA 1SVXB 2Z23A 1SDXA 2G93A 3MVZA 1SW4A 1VSOA 4ESWA 1FQAA 2Q88A 4OMBA 1SW5A 2A5TB 2HXWA 3EHTA 1H3DA 3PPQA 2H4IA 3R6UA 3H3GA 3WAEA 4H5FA 2PYYA 3M3FA 4R75A 3TQWA 3O6GA 3TCGA 4N07A 1M5EA 1DOTA 3FJGA 3VDFA 4R9GA 1MXVA 1NNKA 4X1BA 4ELOA 4QFKA 2Q2CA 1MDP1 2XX7A 2PVUA 2RC8A 3MPLA 1CE2A 1ATGA 4H8IA 3D4GA 4U4XA 5H8NB 4OEUA 3KJ7A 1H44A 3UN6A 1LAGE 1MQJA 3JV9A 5TP9A 1VFEA 4YKKA 3JYRA 4O3BA 4DIGA 3MZBA 1N7WA 4GWOA 4I62A 4KQPA 1Q35A 2Q9TA 2V3UA 1A40A 1R9QA 4IO5A 1ZIUA 2GRVA 3UK4A 1O63A 2YPNA 3RTFB 1P99A 1JVYA 1UIVA 3FXRA 1VR5A 2DE3A 3EQ1A 3U8QA 4OFJA 1H45A 5CC2A 1FCKA 3HO7A 4ZEIA 3VXCA 4F3BA 4LQ5A 1ZMGA 3TTRA 1MQGA 4R73A 2XX9A 3FJ7A 2NUVA 3PD8A 1N76A 4ZS9A 5BWJA 1JETA 3HV1A 4YB7A 3LSXA 4OESA 4FEBA 3DELB 2OZZA 3CSGA 2E1SA 2I6EA 3PUXE 1UTBB 4XXUA 1YTVA 3K0VA 2RCAA 4RY1A 4I1DA 5ITPA 1F9BA 3TEPA 3QIMA 4ZEKA 1B32A 3MJNA 2BJJX 3K6VA 1T0KA 5I2NA 2I0CA 1VFDA 4G68A 4M1VA 3O97A 4KR5A 3L6GA 1UTHB 3E13X 4QRZA 4DCYA 1IZ1A 1M5DA 1RYXA 3H6WA 4LQ2A 1IQ7A 3K01A 3DP4A 3HPIA 3TDJA 1LFGA 3U93A 3LC8A 2RC9A 1HSEA 3I5OA 3V83A 4FORA 3ONMA 3S9EA 3SEXA 1Y20A 2I4CA 2Q89A 4KPTA 4YMAA 3O2AA 4DDDA 1LFIA 3FVKA 3MAMA 3OEKA 4NMYA 1NL5A 4OHNA 4WKMA 4EDPA 1TT1A 3ZSFA 1MM7A 1QKAA 3CR9A 1B1HA 5DYHA 3GLBA 5CBSA 3V5AA 2F7CA 4FJPA 4G2ZA 4GQOA 4PFYA 3G3FA 1J1NA 1MDQA 4ZDMA 3S9LC 4F3GA 2DVZA 2DYXA 5DEXA 2F36A 3VLUA 2XXUA 3KBRA 3HHFA 4LZ7A 4MLVA 1N7XA 2ANJA 3CG3A 4FATA 1A55A 2Q2AA 1EZ9A 4FEDA 5M2VA 4XKPA 3K2DA 5H8HA 4TQUQ 1AH5A 1D9YA 1ZTYA 1LSTA 5H8SA 4ND9A 1SW2A 2Z8DA 4I9DA 1ANFA 1FW0A 1FQFA 1B5IA 1FQDA 3AXFA 4EQBA 3RUMA 1P1NA 3ZKLA 3K6XA 2F7AA 4FE8A 1PEBA 3KFMA 1AIVA 5BUUA 3T93B 4R6KA 3IB1A 1S7YA 1Y3QA 1PB8A 4ELRA 4MFIA 4U23A 2O51A 3QAXA 2B3FA 4NF4B 1B3LA 3FUZA 3O66A 2HZLA 5EYFA 1XHYA 1LGBC 1POTA 3OEMA 4EUOA 4QSEA 2I3WA 4Q8RA 1GGGA 3OMBA 4KD5A 4GL8A 2DOJA 1KWHA 2IA4A 1Q1KA 1PC3A 4F22A 5L9OA 5A5XA 4XTCQ 1MG1A 3TELA 2GH9A 2QS3A 5DVIA 4YKIA 4GF8A 4ZZEA 1EZPA 3TCHA 4UA8A 1H76A 4E0WA 3ODBA 3RY3A 1XS5A 1FTMA 2E0SA 3OXNA 4HCWA 1A8FA 3V89B 1LB8A 1XOCA 3FVOA 1LLSA 1B40A 1CB6A 3FZVA 3M3KA 1JNFA 5KDTB 4QFPA 4KYSA 2QPQA 2DWAA 3PPRA 1XVXA 4G4PA 2ZYMA 3RN8A 2Y7RA 4R6YA 3TQLA 1I69A 4JXIA 5FHNA 1LCFA 4THIA 4JWXA 1B2HA 3VLVA 4H8JA 4HCYA 3PPPA 5H8QA 4POXA 2Z8FA 3G3GA 2X7PA 3FXQA 3TCFA 5EHMA 2ALUA 4OVJA 4NF8A 4F31B 3N94A 4DXUA 3FIRA 2DWJA 1NNPA 1TXFA 4RA1A 1SQYA 3PMVA 4U4SA 2OCUA 2XD2A 2WKYA 3H6UA 3MUQA 1ZBMA 3RPWA 3K1PA 3S9MC 2Y7KA 5H8FA 1P1QA 1B7HA 3IL1B 3B7DA 4LZ8A 3V8XB 3OO7A 5HM4B 1IXHA 3S9NC 3W9VA 1N3XA 3OSRA 1JVXA 4TLMB 1ZLQA 1MQHA 4X1DA 3PPNA 2PBWA 1NNTA 4MLQA 1I6QA 1Z7NE 4P11A 3Q26A 4IO7A 3PUWE 4WEPA 3KSJA 3C33A 3W9WA 2NVUB 2YLNA 3PUYE 1MPCA 2F6GA 4Q30B 4RPOA 4YICA 1MXXA 3CFLA 3KN8A 1XT8A 1HSJA 1LAHE 2LAOA 1D3KA 3LR1A 5FHOA 3CRBA 3QYTA 3G7WA 5I58B 3G3HA 4Q0CA 1BIYA 3S2VA 4BLAA 2QJEA 2ONKE 1EZOA 4RJZA 3UP9A 1JW4A 2QMWA 3E3KA 4EXLA 2DE2A 4EXKA 1AMFA 3MQ9A 2D3IA 1Y9UA 2RINA 4H1XA 2I0BA 4JWOA 1FTOA 4DE8A 3F11A 1LAXA 3TTMA 3SESA 3LSWA 4YAHX 2VGQA 2F7BA 2ONSA 2P2AA 3CSBA 2XXQA 3HHGA 3DP6A 4H0WA 2DQVA 3VLWA 2DWIA 3IO6A 2PX1A 2ZXTA 4GIZA 4R74A 1AOVA 5I2KA 3FGSA 1B3GA 2V84A 4PQJA 2QMXA 1OQGA 2F78A 3RT6B 4PP0A 5FHMA 1DMBA 5IKBA 1MXZA 1IITA 4G77A 1B3HA 1MXWA 3KOSA 1P1OA 1SYIA 2R6GE 4ESXA 3JZJA 4WXJA 3E9XA 1YCJA 1A99A 1Y4TA 4U1OA 3SEWA 4IY5A 2AL4A 1LBBA 4JB7A 1USYH 5AE4A 3A09A 4C0RA 2H99A 5CMBA 3MVWA 1Z7ME 1IXGA 4F2OA 3TPAA 2Q8JA 2V3QA 2O1LA 4NWCA 4QSCA 2W7YA 1O7TA 3A3CA 3GXAA 4GXSB 3C4MA 2XHDA 4NF8B 4BDQA 3B6QA 1IUDA 4GXAA 1B58A 1OQHA 3EN3A 1MPDA 4OENA 4IB2A 3C36A 4EQ9A 3UORA 1GR2A 1II5A 4HW8A 3VVEA 1JW5A 4R72A 1MH4A 3MP1A 5ICQA 4QSDA 4I8CA 5AA4B 4KI0E 4ZE9A 1ZJLA 3IOUA 1YPNA 4OETA 3MBPA 1B46A 5H8FB 2ABHA 3P7IA 5AA2A 2R9JA 1Y3PA 1MH3A 1US5A 4OZ9A 4NTLA 2Y7WA 3TAJA 2AL5A 1NNFA 1P1WA 4DCXA 1JQFA 4Z0IA 2REGA 4G68C 4F1YA 2HZKA 5TPAA 4LUBA 4C1TA 4DZ1A 1TFDA 1MY3A 3T66A 4QHQA 5AA2D 2A5SA 3LUYA 4LZ5A 3HSTA 3C32A 4NF5A 3I3VA 1IIWA 2KLFA 3U1OA 4GVOA 5DT6A 2NOOA 4OWDA 3IR1A 1SYHA 1MM6A 3FJMA 3IO4A 1FTLA 4E0XA 2XXRA 4LVQA 3MVYA 3W15C 4POWA 4FIMA 3ECRA 3TMGA 3DLNA 2O7UA 4RXLA 5CBRA 4EF2A 2V3TA 4ZECA 3N5LA 5JEIA 2F97A 4GL0A 4ECFA 1GV8A 4G8NA 2O1MA 3G3KA 4RK2A 5TP9B 4MH5A 4HS7A 2H98A 3IB2A 2QSXA 5CMKA 4NWDA 3SETA 5ISUA 4ISUA 3IOWA 3Q27A 2VP1A 1US4A 3G3IA 4LATA 1B52A 5I56A 1XC1A 4U22A 1UQWA 3T96B 3T22A 4F39A 3KN3A 4QFNA 3VVDA 3OENA 3IB0A 1D9VA 2VD3A 5DTBA 2RC7A 2A5TA 1B6HA 3OO8A 4U21A 4F2QA 3TTNA 3UIFA 2FA7A 1ZU0A 1M5BA 3KSXA 1Y4CA 3H4ZA 5ICTA 3CG1A 3N6TA 3LSLA 1I6BA 3EPEA 5B7DA 1OIBA 3OOAA 4R9FA 4YU0A 4OEVA 3FVGA 4YKPA 2O69A 4DLDA 2OBGA 3K00A 3SERA 4BDNA 2ZYKA 5FTHA 5JTYA 4TOZA 3IAZA 4OXVA 2QS1A 5I59A 3N6UA 5KCJA 3SKPA 3R26A 3ZKKA 1MS7A 3T9VA 5L9MA 2XX8A 2O7IA 4IY6A 2IEEA 3FVNA 4WEDA 3CFXA 4QFOA 1M5CA 4NE4A 3BKIB 4RK9A 4PE5B 2NXOA 2REJA 3K4UA 1N84A 2RKMA 2O68A 2H9BA 4X48A 1DPPA 4ONYA 1IEJA 3H06B 2UYFA 2I49A 1WODA 3KG2A 2OK2A 4X9TA 2QRYA 1BP5A 2GHAA 5I2NB 1LB9A 3I6VA 4NEDA 2QS4A 3L6HA 1IXCA 1PBPA 3FV2A 4G68B 4MF3A 3PPOA 4ELPA 4F1UA 2F35A 5I84A 4LP2B 3PUZE 3T9XB 5FTIA 2I3VA 1JEVA 4ZEBA 1DTGA 1POY1 1Y1MA 2PT1A 2I58A 1NMUA 4F19A 1TWYA 1VE4A 1MY2A 5TPAB 3RGYA 2R71A 3HCQA 4XKNA 4O3CA 3MVXA 3M8UA 4ZEFA 3Q25A 4KYEA 1USYE 4ZEDA 3CVGA 4NF6A 3UA8A 1LBCA 3VFJA 1NKXA 3PMWA 1UTBA 4M4GA 5DEXB 2XXTA 3FASA 3M3LA 3RT8A 3MC2A 4KFQA 2D21A 2ZNSA 3K6WA 2GHBA 1B9JA 1MRPA 3TYHA 4PFTA 3C34A 3H7MA 1FTJA 5H8HB 1H43A 4LONB 3G3JA 1Y1ZA 2XXHA 4G8MA 2CZLA 5J1DA 3VV5A 1FQCA 1B4HA 3CIJA 3IK6B 3EHSA 4H67A 3MWBA 5ITOA 3T9HB 2F6PA 4P0GA 2XXYA 1R6ZA 1PB9A 3RLFE 3E4RA 3IOVA 1Y3NA 3IJXB 2OJTA 4XKRA 4IGRA 1P1UA 3EF7A 5L9SA 3IOTA 3WAFA 3UGWA 2HAVA 1B0HA 1ELJA 2O6AA 4G8HA 5F7VA 4N13A 1MPBA 4GFRA 4BDLA 5B70A 4YKJA 3Q28A 4P0IA 4BDMA 3SEYA 2UVJA 1SBPA 4RPNA 2DP8A 1WDNA 3BFTA 4YZZA 5JTYB 3PV0E 5HPQA 5I59B 5KCJB 4LA9A 5A5XB 1EH3A 1HSLA 2XXVA 2Y7PA 4DXBA 4Q5TA 5F1QA 4GD5A 4UACA 1OMPA 1TFAA 3K02A 4AB6A 4PETA 2YJPA 4IO6A 4F3PA 3SEVA 2OWSA 1URSA 2FNCA 1YAEA 3FATA 4AB5A 2V25A 3S4UA 4MBPA 2F34A 3OO6A 2UXAA 3EHUA 4BDOA 4IO2A 2B3BA 1R9LA 1IXIA 2ZYOA 1URGA 3ILTB 1LCTA 3CI8A 4ZZAA 1NH8A 3C9HA 3QSLA 2VD2A 3USDA 4BDRA 5H8QB 3VE1B 4R2FA 4NF4A 1JEUA 1B3EA 1SD3A 5IAIA 3PGFA 3RNNA 1GVCA 1MXYA 5I57A 1L5TA 3IORA 2HCAA 3TODA 3O9PA 3H03A 1MY0A 2DXRA 1A54A 1QUIA 3GBBA 4Z7EA 2Z8EA 3KOTA 3VXBA 4XKQA 5EHSA 4H65A 2FYIA 3BFUA 4ELQA 1N04A 1MY1A 3U94A 3D4CA 4JSDA 1B4ZA 1DPEA 5LOMA 4NF6B 2XXXA 3MW0A 2H25A 4OFLA 3SEUA 1URDA 3RQTA 2UVHA 2AIXA 3MP8A 4EQ7A 5KDTA 2X7QA 1B5HA 1OVTA 4KCCA 4QF9A 4H6DA 2PMSA 1M5FA 5JK4A 3O29A 3GBAA 3PU5A 4OERA 5AA1A 1MQDA 1WVJA 2RF1A 4RNSA 4EF1A 2XD3A 1D4NA 3K1MA 2XXWA 1QUJA 2DVCA 1QKBA 4F18A 1DTZA 3CFZA 1EU8A 5DVFA 2F5XA 4AQ4A 3RTWB 3U72A 4JWYA 2ESNA 3ZS6A 2Y7IA 3B6WA 4U1ZA 1B0LA 5AA3A 3QUFA 2ZNUA 1S9TA 4DXCA 5K2YA 2UVGA 5CMMA 3U92A 2NWJA 1NH7A 3DP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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