1OQGA

Crystal structure of the d63e mutant of the n-lobe human transferrin
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLEAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Serotransferrin
publication title Structural and functional consequences of binding site mutations in transferrin: crystal structures of the Asp63Glu and Arg124Ala mutants of the N-lobe of human transferrin
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqgA02
5FTHA 4OHNA 3N5LA 3MZ9A 2QS4A 3T9VA 2W7YA 5I57A 4EUOA 5LOMA 4AB5A 1Y1MA 1MY4A 2Y7PA 1B7HA 2IEEA 4KCCA 1NNFA 2RKMA 4I8CA 4GD5A 5ICQA 4BDLA 3GLBA 3H06B 3UN6A 5DVJA 4QFLA 4NF4B 2CMOA 2Y84A 2DOJA 3I5OA 4FORA 4FE8A 4FIMA 5ISUA 2WKYA 3K0VA 4OTEA 3SEWA 2O7UA 1R9LA 5HPQA 4Q0CA 4O3BA 1FTJA 3TZAA 4KYDA 3MWBA 3SEUA 3K4UA 3QUFA 4EQ9A 2DWAA 5CM6A 1JETA 3I6VA 4ZEFA 4IO7A 1MG1A 3O9PA 5CBRA 1B7ZA 4DXUA 2HEUA 2ANJA 1S7YA 4OFJA 2ONRA 4H67A 2H99A 2NXOA 1N84A 2Q9TA 3WAFA 5K2YA 4KPTA 4RK9A 1LBCA 5CRYA 1SW5A 4R74A 1HSJA 3C35A 3FJGA 1B4HA 4NMYA 4LONB 4KYSA 4O3AA 4QFKA 5DEXA 3MZBA 2XD2A 4F3PA 5DT6A 4H1XA 5I56A 1Q1KA 1LFIA 3EHSA 3A3CA 4U21A 4PFTA 4OQOA 3K01A 3OD7A 1B58A 3FASA 2F34A 3IK6B 4IB2A 1MQJA 4FAJA 1LAHE 4ZZEA 1URSA 1YPNA 4H8JA 3M3FA 5CMBA 3GXAA 1Y4TA 3UIFA 3TTNA 1P1OA 1NNPA 2QRYA 3FXQA 4ISUA 1Z7ME 2XXIA 3VLVA 1PB8A 3CG3A 5AA2A 3T9UA 1I6QA 3H4ZA 2OZZA 1B0HA 3CR9A 3FD3A 3MAMA 2VHAA 3JZJA 5H8FB 1M5DA 2XX9A 3W15C 4H65A 2NVUB 4F39A 5B70A 1M5EA 3HHFA 3IX1A 4N07A 3RTWB 2QS3A 1UTBA 2D3IA 3VFJA 2CZLA 2B3BA 2F7AA 4KQPA 3PPPA 1MY2A 4Z0IA 1JNFA 4OYVA 2XHDA 4NWCA 2DP8A 3VV5A 4BDRA 4GQOA 1P1QA 3MVZA 5K2XA 5FHMA 1H44A 1ZU0A 1USYH 2UVIA 1AL3A 1ZTYA 3KZGA 4GFRA 5JEIA 3N94A 4IO5A 3PMXA 1I69A 3PMWA 4TQUQ 3LR1A 3FV1A 4RXLA 3CI8A 3KN7A 3IB0A 4LZ5A 3R7XA 3PUWE 2IA4A 5H8QA 2I0CA 1MXVA 2O84X 3G3GA 4NF6A 4NF8B 3PD8A 1RYXA 1MY0A 2OBGA 3KEIA 2V3UA 1HSLA 3IO4A 2Q2CA 3K6UA 4PE5B 2I6EA 4X48A 4YU0A 3FVNA 3PUYE 3IOUA 3SDFA 2XXPA 1GR2A 1ZJLA 1NNKA 3ILTB 4MBPA 4U1ZA 3FXUA 3T9XB 3PMVA 3QAXA 4OEUA 1S9TA 4OESA 1T0KA 3ILUB 4KCDA 3G3FA 3SEYA 2OK2A 1PDAA 1NNTA 4R9GA 3MVXA 2D5WA 4HCWA 2RINA 4I1DA 2F7CA 3T9HB 3MZ1A 4NF5A 2DXYA 2O69A 4IGTA 2F36A 1NKXA 1FQEA 3GBBA 5ELVA 2AIXA 4G2ZA 1OLAA 1PEBA 1XVYA 3KSJA 5BUUA 1PB9A 2M8CA 1I6BA 4HS7A 5DTBA 4GVOA 1SQYA 1PBPA 1JEVA 3RLFE 1WVJA 2F7BA 3RN8A 3C32A 1QUIA 1B5JA 4GXAA 4AB6A 1A99A 4QFNA 1N04A 3M3LA 5FTIA 2F97A 3QUJA 3C36A 3OSRA 1QW0A 1TFAA 4EXKA 3SEVA 1B1HA 2I3WA 1WODA 4YKIA 1ELJA 1DTGA 4ZE9A 4X9TA 3TDJA 1A40A 3EPEA 2F6PA 2ZYMA 1A7LA 2AL4A 2XXWA 4OVJA 3HCQA 2YJPA 4RK2A 2QSXA 2V3QA 5L8DA 3MC2A 3PUVE 2H25A 2PVUA 4R2FA 1CB6A 2QS1A 1AIVA 1GTKA 1JW5A 2HXWA 4OWDA 4BLAA 2XX8A 3AXFA 3ZKLA 1SBPA 2ZXTA 4QF9A 4R73A 1A55A 5AE4A 3FVKA 4TOZA 4MF3A 3SKPA 4O3CA 2AL5A 4TLLB 2GHBA 4NF4A 2V3TA 4ZEKA 4Z7EA 3ODBA 1URGA 3H6VA 4PETA 4G4PA 3E3KA 4OEVA 5F7VA 3M8UA 5AA1A 4YKJA 4H8IA 2DYXA 3O28A 3KG2A 2DWHA 5KCJB 4P11A 3U72A 3KJ7A 5EYFA 3PPNA 1N7WA 4IY6A 4RY1A 4PFUA 1EZOA 4E0XA 1SYHA 1D3KA 3TYHA 3E13X 5FHOA 1LB8A 3RY3A 1O64A 3F11A 3B6TA 2F5XA 3FIRA 3TMGA 1IITA 2AYSA 4YICA 4XXUA 3Q29A 2Q89A 4EQ7A 5TP9B 3VVDA 3V89B 1S50A 4G68B 2GFEA 1B52A 4ND9A 3CVGA 5FHNA 1ZLQA 1IXIA 2REGA 2RC9A 1OQGA 1XT8A 4GIZA 5KDTA 5I2KB 2RCAA 4C1UA 4MFIA 3T66A 3U94A 5L9SA 1B32A 5A5XB 2I0BA 3IOVA 4YMBA 3SESA 1TFDA 3GBAA 4YKKA 5JTYB 3KOTA 3OO9A 3RNNA 5ITPA 2OJTA 4MH5A 3PPQA 1PB7A 1DPPA 5H8HA 2XXHA 4JB7A 3TTLA 3H7MA 3P7IA 4NEDA 1M5BA 4JWXA 1AH5A 4POWA 3TTMA 3QSLA 4PQJA 3S9LC 2I48A 2ESNA 4Q8RA 1L5TA 3MVWA 3IJXB 5EHMA 3RUMA 3VE1B 1RYOA 4XTCQ 3FUZA 2UYFA 4PFWA 4R6HA 2PT2A 1YTVA 4ZZAA 1MXXA 4NTLA 1VSOA 1UTHB 5L9MA 1N7XA 5ICTA 1IXHA 1IQ7A 3WAEA 1Y4CA 1EZPA 3ZSFA 4GXSB 1NH7A 3PPOA 1OQHA 2I3VA 1II5A 1POTA 4U1OA 1USYE 2ZYOA 3IL1B 4GRKA 3IR1A 4KHZE 1DSNA 2ZNTA 1OVBA 3EF7A 1Y20A 3RPWA 2DXRA 4F31B 3HN0A 1AOVA 4JWYA 4M1VA 2HAUA 3Q25A 3CFZA 2HZKA 4N13A 4DXCA 2PYYA 3IOWA 3FATA 1Q35A 1JEUA 5IAIA 3HO7A 1OIBA 4RJZA 1B3EA 3ZKKA 4RPNA 4JWOA 2X7QA 2QMXA 1LFHA 2FNCA 3MPKA 3KGCA 4DXBA 2B65A 2OCUA 2DVCA 1Y1ZA 4R6YA 3E4RA 3LUYA 4YKPA 4ZEDA 3PGFA 3RTFB 5I59B 3SERA 3OXNA 1SW2A 2Y7RA 4ZEIA 1KWHA 3DP6A 4F18A 5DVFA 3QYTA 3BFTA 4OZ9A 1FTMA 3UP9A 4MLQA 1MH3A 3M3KA 4BDNA 3JYRA 2HCAA 1QUKA 4F3SA 1B3LA 2O1LA 1MQHA 4YZZA 2REJA 5M2VA 1OMPA 4JSOA 4UACA 2X7PA 4OMBA 3TCFA 1FQAA 3JV9A 1B46A 2I49A 5DYHA 4ELQA 1H76A 2RF1A 1LFGA 4G8HA 4LP2B 1B51A 3EN3A 2HQ0A 4DIGA 2HFBA 1BIYA 3H6TA 4I62A 4U4SA 2G29A 3R26A 2YPNA 1MY1A 2DE4A 2UYEA 3B6QA 3VLUA 3KN3A 4R72A 3Q28A 4FEBA 2XXVA 3MBPA 1QULA 1MQDA 4BDOA 5I2NA 1QKAA 2RC8A 3MUQA 2QJEA 1MQIA 4X1DA 5H8NA 2QMWA 3CG1A 2D21A 2OWSA 1EZ9A 1MM6A 3D4CA 3UK4A 4KD5A 4F1UA 1B3HA 3PD9A 5CMCA 1PBQA 1A8FA 4DZ1A 3EQ1A 3IJOB 3K6VA 3QIMA 1LCTA 4RYAA 4KI0E 3TELA 2ZYKA 4C1TA 5EHSA 4ZEBA 4RA1A 3L6HA 3VVFA 3O66A 4IO4A 4G77A 1B0LA 3ONMA 3PPRA 2Y7WA 4LVQA 3G7WA 4C0RA 3BBRA 3S9MC 3U1OA 4EF2A 4F1YA 1SD3A 3PUZE 2A5TA 1H3DA 4PFYA 1TT1A 1ZBMA 1LB9A 4P0IA 3HV1A 3K1MA 4NE4A 2XD3A 3DELB 5AA2B 3CSGA 3ZS6A 1P1UA 4N6PA 4R9FA 3U8QA 5KZTA 3G3IA 1RKMA 1URDA 1TWYA 1UTBB 4LA9A 1SI0A 4LZ7A 1MXZA 1MRPA 3UGWA 3TCHA 1JVYA 1ATGA 3VLWA 2DE2A 1JW1A 1R6ZA 1FCKA 5TPAB 4FEDA 4RPOA 3KOSA 5AA4A 4OXVA 3VXCA 4YMAA 1CE2A 3VDFA 1Y3QA 3T93B 3FVOA 2G93A 3RQTA 4OETA 3S2VA 2R9JA 1MQGA 4ECFA 3QK6A 1LAGE 5DVIA 3N6UA 1F9BA 1LAFE 1GGGA 3K6XA 5CBSA 3TAJA 3OENA 5L9OA 1M5FA 4DDDA 1TXFA 5H8QB 3HSTA 4JBZA 3O97A 4IO2A 4DCXA 1LBBA 1B9JA 3K2DA 3TCGA 3A09A 2XXQA 3EHTA 4RNSA 4EDPA 5CI5A 3V83A 1MDQA 4LATA 3LSWA 2H9BA 2VD2A 2Y7KA 2XXUA 4XKPA 2PX1A 1NL5A 1MDP1 2VD3A 4G68C 2P1SA 4OFOA 3TTKA 1DPEA 3MPLA 1LLSA 1D9YA 3D4GA 4GL0A 3S4UA 1ZKBA 4ESXA 3FVGA 1N3XA 2H98A 2NUVA 1HSEA 3DM0A 1Z7NE 4F19A 4ESWA 1MPDA 1ANFA 1US4A 2Z23A 1OLCA 3TEPA 4POXA 5AA2D 3TQWA 1H43A 4Q30B 4XIGQ 1MXWA 3KSXA 4LUBA 3OSQA 1MM7A 4R2BA 2Z22A 3GZGA 4U23A 1JW4A 4G8MA 4QSEA 5J1DA 4X1BA 3RT6B 4ZE8A 4HCYA 2DE3A 5CC2A 2PBWA 2RCBA 4GL8A 5HM4B 1O7TA 4IO6A 1N0TA 3RT8A 2H5YA 2H4IA 1GV8A 3OEMA 4BDQA 4KR5A 3TODA 2THIA 3H6UA 4ZECA 3S9EA 4F1VA 5I58B 1MS7A 2DQVA 5I59A 1B05A 1DTZA 1SW4A 5H8FA 1FQDA 5AA3A 1SVXB 1US5A 2E0SA 1IUDA 2UXAA 1BP5A 1YCJA 1UIUA 4EF1A 3FV2A 1B3FA 2FYIA 3FXRA 3FJ7A 3CRBA 4LZ8A 3DP4A 2O6AA 1LAXA 4XKNA 2GRVA 1JQFA 2UVJA 1A54A 3THIA 2V25A 2B3FA 2OLBA 4DE8A 1NFTA 1WDNA 1P1WA 3K6WA 4U4XA 1IEJA 3LSXA 4U22A 4QRZA 4G8NA 3RGYA 2QL3A 3OOAA 2P0SA 4FJPA 3A3UA 1ZMGA 5ITOA 1B6HA 3SETA 3DP8A 5TU0A 2DWIA 2Z8FA 1MY3A 1FQFA 4NF8A 3C31A 1NH8A 1BTJA 3H6WA 4KFQA 4K3FA 4M4GA 3T22A 3SEXA 3QXMA 5CMKA 4EQBA 3G3KA 3OEKA 3KJTA 3MP8A 4YAHX 1FTLA 3H03A 3G3JA 1MXYA 4DCYA 3B7DA 4OERA 1GVCA 2I4BA 2ZNSA 3ECRA 4BDMA 2Y7IA 2HZLA 2DWJA 1EH3A 5KDTB 3TQLA 3OO7A 2QPQA 2YLNA 2X26A 1D4NA 3O6HA 3N26A 5CMMA 5I57B 4FECA 2VGQA 1M5CA 2Q88A 2BJJX 3CIJA 3LSLA 4GWOA 3VXBA 3KFMA 3K02A 1BKAA 4ELPA 2O68A 2GHAA 1N3WA 3O29A 4ELOA 2VOZA 5H8HB 3IOTA 1SW1A 1JVXA 3KBRA 2I58A 4TLMB 3PV0E 2DVZA 5HBCA 3Q26A 1FTOA 2DSFA 1B5HA 3MP1A 3N6TA 1XS5A 2F6GA 2O1MA 2XXXA 4ELRA 1MPCA 5I84A 3USDA 4ZS9A 1J1NA 1FW0A 3K1PA 5TPAA 2V93A 4MLVA 1P1NA 3DLNA 2ALUA 2ONKE 3E9XA 1B3GA 2LAOA 1A8EA 5BWJA 1P99A 2ABHA 2E1SA 3VVEA 2O51A 2Q8JA 2XX7A 1LGBC 1N76A 3O6GA 1XOCA 1B4ZA 1D9VA 1H45A 1B1XA 2XXYA 1LSTA 1O63A 4ZDMA 4IO3A 2Z8EA 1QKBA 4F2QA 3FZVA 3TPAA 4F29A 4YB5A 1POY1 3UA8A 3G3HA 4H0WA 1IZ1A 4WEDA 1SDXA 1PC3A 5DEXB 5B7DA 4YB6A 3C33A 4HTGA 3TUSA 4U2RA 1MPBA 5I56B 2A5SA 3MQ9A 5H8SA 4P0GA 1YAEA 4QHQA 4WXJA 4IGRA 4H5GA 1NMUA 1AMFA 3MJNA 3CFLA 1B7UA 2QS2A 1XVXA 3O2AA 2XXTA 3C9HA 4HW8A 2XXRA 2OWTA 3O6IA 4GF8A 5KCJA 3Q27A 2VP1A 1B5IA 3CFXA 1QUJA 4ONYA 2HAVA 4L17A 3R6UA 2V84A 1OVTA 4OFLA 2ONSA 4R75A 4LQ5A 3TTRA 1Y3NA 3IO6A 1IXGA 1MXUA 3KN8A 4I9DA 4JDFA 4DLDA 4XKQA 3OO6A 3IB1A 2KLFA 3OO8A 5TP9A 3PU5A 2PMSA 4G68A 2DS9A 3U92A 3V5AA 2ZNUA 4GLIA 1FQBA 1I6AA 3FJMA 2UVHA 4QSCA 1LCFA 1BLFA 5I2KA 4JXIA 4H6DA 2F8DA 1IIWA 3MP6A 4WKMA 2Q2AA 4F22A 5A5XA 2UVGA 3LC8A 4R6KA 5F1QA 2GH9A 4F2OA 1QJMA 1DOTA 5JTYA 1EU8A 1B40A 3CSBA 1VFEA 4F3BA 3MW0A 2I4CA 3MVYA 3LSFB 5I58A 3IORA 4KYEA 4FATA 5I2NB 4NF6B 5IKBA 3BKIB 2P2AA 1DMBA 3OMBA 2NOOA 3HHGA 3I3VA 4UA8A 5H8NB 3TFLA 1SYIA 4OENA 4QFPA 1XHYA 1UIVA 3U93A 4GOTA 1QVSA 1Y9UA 3L6GA 3V8XB 3TKDA 2ZMBA 4IY5A 2F35A 1Y3PA 1VR5A 3PUXE 2R71A 3OELA 2FA7A 1UTHA 3BFUA 4XKRA 4YB7A 3UORA 4F3GA 1ZIUA 3S9NC 4NF5B 3T96B 4QSDA 4THIA 4QFOA 2A5TB 2O7IA 4PP0A 3H3GA 1B2HA 3LBSA 3W9WA 4NWDA 5JK4A 1IXCA 1UQWA 2R6GE 4JSDA 2RC7A 3C34A 4WEPA 1R1NA 2PT1A 3EHUA 1XC1A 1FTKA 4H5FA 3K1NA 3W9VA 3FGSA 2ZYNA 1VFDA 3B6WA 4LQ2A 1SI1A 1FQCA 1VE4A 3C4MA 1MH4A 3IAZA 3HPIA 2Z8DA 2F78A 1R9QA 3IB2A 4E0WA 4Q5TA 4AQ4A 4EXLA 3K00A 2NWJA 5AA4B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FTHA 4OHNA 3RYDA 2XWVA 3N5LA 2PFZA 3BIHA 3MZ9A 2QS4A 3T9VA 2W7YA 5I57A 4EUOA 5LOMA 4AB5A 1FBCA 1Y1MA 1MY4A 2Q8MA 3PTYA 1FBDA 2Y7PA 1B7HA 2IEEA 4KCCA 1NNFA 2RKMA 4I8CA 4GD5A 5ICQA 4BDLA 3GLBA 3H06B 3UN6A 5DVJA 1FBHA 4QFLA 4NF4B 2CMOA 2Y84A 2DOJA 3I5OA 4FORA 1FBFA 1LBVA 4FE8A 5IZZA 4FIMA 5ISUA 2WKYA 3K0VA 1AWBA 4OTEA 4PDDA 4JVCA 2O7UA 3SEWA 2CZIA 1R9LA 5HPQA 4Q0CA 4GWSA 4O3BA 1FTJA 3TZAA 4KYDA 3MWBA 3SEUA 3K4UA 3QUFA 4EQ9A 2DWAA 4NQ8A 5CM6A 1JETA 3I6VA 4ZEFA 4DI4B 4IO7A 1MG1A 3O9PA 5CBRA 1FPBA 1B7ZA 4DXUA 2HEUA 2ANJA 4MAGA 1S7YA 1FPGA 4OFJA 2ONRA 4H67A 4P1LA 2H99A 2NXOA 1N84A 2Q9TA 3WAFA 5K2YA 4KPTA 4RK9A 1LBCA 5CRYA 1SW5A 4R74A 1HSJA 3C35A 5I3SA 3FJGA 1B4HA 4NMYA 4LONB 4KYSA 4JVDA 4O3AA 4QFKA 5DEXA 3MZBA 2XD2A 4F3PA 5DT6A 4H1XA 5I56A 1Q1KA 5IZ3B 1LFIA 3EHSA 4HE2A 4P1EA 3A3CA 4U21A 4PFTA 4OQOA 3K01A 3OD7A 1B58A 3FASA 2F34A 2PFYA 3IK6B 4IB2A 1MQJA 4FAJA 1LAHE 4ZZEA 1URSA 1YPNA 4N8GA 4H8JA 3M3FA 5CMBA 3GXAA 1Y4TA 3UIFA 3TTNA 1FRPA 1P1OA 1NNPA 2QRYA 2XA5A 3FXQA 4ISUA 5ET5A 1Z7ME 2XXIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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