1PB7A

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with glycine at 1.35 angstroms resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
289
structure length
281
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
total genus 78
structure length 281
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb7A02
4H65A 2Y7WA 3DELB 1RYXA 4ZEIA 4F3BA 1NFTA 5AE4A 2YJPA 5DEXA 1B4ZA 3FXRA 3W9VA 3PUYE 4EF1A 1YCJA 5TPAA 2PX1A 2X7QA 1D9YA 1XOCA 2VP1A 1B6HA 4E0WA 2O7IA 2DWIA 4KCDA 3IB1A 1MG1A 4IY6A 1NH8A 4F18A 3C31A 2HEUA 4F3GA 3FZVA 1A8EA 1Q1KA 5H8FA 5F7VA 2D21A 3CFXA 1PC3A 4N6PA 3JZJA 3RLFE 4DCYA 3PUWE 3MZ9A 1T0KA 2AL4A 1O64A 1QVSA 2DE4A 3TAJA 2ESNA 2XXRA 5CC2A 2ONSA 3MUQA 1ZIUA 2QS2A 2I0BA 1B46A 4H0WA 4XXUA 2D3IA 1FTKA 2F7AA 2W7YA 5HBCA 4KYEA 1LFHA 5CMMA 1FQFA 4JSDA 4X1DA 4TQUQ 2O1LA 1JETA 2RCAA 4OWDA 2DE3A 1BLFA 4C1UA 3TQWA 4PP0A 3ZKKA 4UACA 1FCKA 2YLNA 1MXVA 1S9TA 4XKPA 2F6GA 4R6YA 2P0SA 3I3VA 1P1UA 4YKPA 5JTYA 5FHMA 3U8QA 5DVFA 1MQGA 3VXBA 3RQTA 2B3BA 3ZKLA 2OZZA 5H8QA 4OZ9A 4PFWA 3VVFA 3T93B 4NMYA 1AMFA 4QF9A 2UVIA 3RY3A 4NF5A 4G2ZA 2DXYA 3K1MA 3EF7A 3FJGA 3SEVA 1MXZA 4ZEBA 3HSTA 1LAHE 3Q25A 2Z22A 1MXUA 3LBSA 1O7TA 2F35A 3E3KA 2I49A 1A55A 2RINA 3W9WA 3CVGA 1MXXA 3OEMA 1Y4CA 1PB7A 4GXAA 1YAEA 4OFJA 5K2YA 2R71A 3L6HA 3MVZA 1JQFA 1B2HA 4IO3A 4RK2A 4YB6A 3TTKA 2UYFA 3VFJA 5F1QA 4LQ5A 3FJ7A 5CMBA 1QUKA 5L9SA 3GXAA 3FV2A 2F7CA 3FD3A 2OWSA 1NL5A 4DLDA 4LA9A 1BKAA 1P1QA 2H4IA 1RYOA 2H25A 3M3KA 4Q5TA 1B3GA 3IORA 2V84A 2BJJX 1BTJA 1POTA 3TCHA 3KSJA 1N3WA 1R1NA 3TUSA 2GFEA 4ZZEA 3SDFA 3CSGA 1M5FA 2XXHA 3UP9A 3P7IA 2I4CA 1IXIA 1XHYA 4HTGA 5AA4A 1UIUA 1HSJA 3K02A 1LGBC 4FATA 4QHQA 4OFOA 3IB0A 3C4MA 1II5A 4P11A 1UTBA 3A3CA 1PB8A 3MQ9A 1SDXA 4OTEA 3PD8A 4ZZAA 2ZNSA 3PMVA 4QFNA 3OELA 3HHGA 1H3DA 4H6DA 1IXCA 1N7XA 2OLBA 5DEXB 1Y20A 1MM7A 1Y3NA 1XVXA 5A5XB 3QIMA 4ZDMA 4LZ7A 3KJTA 1MDQA 4R74A 1GGGA 4MBPA 4EXLA 3C32A 2ONKE 4NTLA 4C0RA 1VE4A 1URGA 3N6TA 5JEIA 4ELRA 2FA7A 3MBPA 1VFDA 5EHSA 4F2QA 3WAEA 1USYH 3SETA 1ZBMA 5H8HB 3VVDA 3D4CA 1DTZA 3OO6A 1B51A 3FIRA 1LCTA 4WXJA 1QJMA 1RKMA 2OWTA 3IO4A 5I2NB 1N0TA 5KDTB 5H8SA 1B7ZA 1HSEA 2Q2CA 4G8NA 1TT1A 4GXSB 1I6AA 3OD7A 3OO8A 2KLFA 1NMUA 1B5IA 1B5JA 3IJOB 3H4ZA 2UXAA 3T9VA 4GQOA 3CI8A 4YB7A 1ZJLA 3IL1B 2ABHA 2OJTA 4YB5A 3FXUA 1A8FA 3SEXA 2XXTA 3GZGA 3IB2A 3BFUA 3K01A 4POWA 4G4PA 3DLNA 5IAIA 3JYRA 3CIJA 5CBRA 3ZS6A 3CG3A 3T9HB 1CB6A 1Y1MA 2B3FA 4GVOA 3Q26A 3LSWA 2F7BA 3THIA 3VLUA 4U22A 4ESWA 4YZZA 2B65A 4YU0A 2HCAA 4THIA 2O69A 5CI5A 3MVWA 1SQYA 3OEKA 4IY5A 2F97A 5I57A 3U1OA 5ELVA 3TYHA 1N76A 2O6AA 1R9LA 4U1ZA 3PMXA 3DP6A 3N5LA 3IOTA 2DVCA 3T96B 3TCFA 1ZLQA 4TLMB 4KFQA 2O84X 3H6VA 3R7XA 3KG2A 1B0HA 2LAOA 2Q9TA 4KYDA 1LB8A 3Q29A 3CFZA 3OSQA 4FAJA 2PVUA 2DYXA 3MPLA 4NF5B 4X1BA 1H76A 3K4UA 1P1WA 4PFYA 3JV9A 2ZYOA 3MAMA 4G77A 4ZECA 2AIXA 3RN8A 3B6WA 3TCGA 3IOWA 3TQLA 3E4RA 2PT1A 2VOZA 5CM6A 1AH5A 5I59B 1JEUA 1B58A 4F29A 3C35A 3MVXA 2ZYMA 2E1SA 1JNFA 1Y9UA 1XS5A 3H7MA 1LFGA 2Q8JA 1USYE 1IXHA 5L9MA 4WEPA 4HCYA 4JWOA 1TFAA 4N13A 5FTHA 1FQDA 2XHDA 4AQ4A 1JW5A 3EHTA 4QRZA 4F2OA 3G3KA 3LSXA 1DTGA 4YMAA 3A09A 1HSLA 1MY1A 4BDQA 5J1DA 2I3WA 3ONMA 2V93A 5TP9B 4O3BA 4EXKA 4IO4A 2QMXA 3USDA 4G68A 2HXWA 2OBGA 4NF6A 4IGTA 1FTLA 1D3KA 2ANJA 2XXWA 3RPWA 4IO2A 1TXFA 1Q35A 1M5BA 1B05A 3M3FA 2QJEA 1URSA 3TTLA 4GRKA 4KD5A 3O9PA 4MFIA 2AYSA 3G3IA 3H6WA 4F3SA 1SBPA 4OETA 2Q2AA 3RT8A 1B1HA 3O2AA 3TTRA 4JBZA 5EYFA 3E13X 2PT2A 3O28A 3PU5A 5I56A 3K6XA 2QSXA 3PMWA 2H99A 1MY4A 1B40A 4OXVA 5KCJA 5ITOA 5I58A 4EQ7A 4Q0CA 1MH4A 3B6TA 4FEBA 3I5OA 3FVNA 2RC9A 1M5EA 3SEYA 1PBPA 4LATA 3T9XB 2UYEA 3OXNA 3U93A 4R9FA 3FVKA 2HZKA 1PBQA 2OK2A 3KZGA 3RNNA 4PQJA 3UK4A 5DYHA 3K1NA 2IA4A 5K2XA 3OMBA 2XXXA 4R6KA 1BIYA 2R9JA 4ECFA 3HV1A 3N94A 1Y4TA 3PD9A 4YMBA 3S9LC 1A54A 3TFLA 4NF8A 1N7WA 1UTHA 5H8NA 2ALUA 4L17A 1OQHA 4U1OA 1YTVA 4E0XA 1LB9A 1R6ZA 4LONB 1Y3PA 1FQBA 3K6VA 5HPQA 3FVGA 2XX8A 3CSBA 2UVJA 4YAHX 4U4XA 2QPQA 4JWXA 3UGWA 5LOMA 3M3LA 3VDFA 2F6PA 1I6QA 3LC8A 3KOTA 1POY1 3H03A 3MVYA 4PFTA 1CE2A 5AA2B 5I57B 3E9XA 4ZEFA 2AL5A 1OQGA 2DSFA 4EQ9A 1JVXA 3QSLA 3MP1A 2VGQA 4JWYA 4QFOA 3HO7A 1UIVA 2ZYKA 5I2KB 3HCQA 1I69A 2NOOA 2XXPA 4R9GA 4M1VA 4KR5A 2HFBA 3PPQA 3S2VA 1P1NA 1MPBA 4DE8A 4LUBA 1DPPA 3ZSFA 4OQOA 3UA8A 1MH3A 4F3PA 3C9HA 1AOVA 4QSEA 4M4GA 3IJXB 4I62A 1ZU0A 2Z23A 4HS7A 2Z8FA 1TFDA 1KWHA 4PE5B 5L9OA 2NWJA 3ECRA 2Y7IA 4OESA 4F1YA 2DOJA 3R6UA 2DVZA 1LAGE 4O3CA 4GWOA 3R26A 2G29A 2DWHA 4G8HA 1SW2A 1UQWA 4H1XA 3QK6A 4JXIA 1B3FA 1MXWA 3QYTA 2RC8A 2VD3A 1FTJA 3TPAA 4KQPA 4QSDA 1SD3A 4OHNA 3TODA 1ELJA 2GRVA 4Z0IA 1JW1A 2THIA 5TPAB 3BKIB 2REJA 3W15C 2RC7A 4EDPA 3FGSA 3HHFA 4FE8A 2PBWA 1FQEA 1GR2A 3DP8A 3RT6B 1SVXB 3L6GA 1IIWA 2FYIA 1H45A 3WAFA 4F1UA 4QSCA 1H44A 4XIGQ 4U4SA 2XXIA 5ISUA 1Z7ME 3OO9A 3K00A 2WKYA 4JB7A 4ZEKA 5H8FB 5FHOA 4RY1A 3EN3A 1EZOA 1SYIA 4DDDA 4R75A 1LAFE 1DMBA 5DVJA 1B1XA 3G3JA 1QKBA 3M8UA 3IX1A 3KN7A 2ZYNA 2O7UA 1TWYA 2G93A 2H9BA 3VVEA 4H67A 5JK4A 3N26A 4RPOA 1FTMA 3RGYA 3TEPA 1FW0A 2O68A 5ITPA 4GIZA 1QULA 4OFLA 1GV8A 3FATA 1M5DA 4Q30B 2DWJA 1B32A 2DS9A 2Z8DA 5B7DA 4X9TA 2XD2A 2R6GE 4H8JA 3FV1A 2O1MA 5I58B 1GTKA 3S4UA 1PDAA 4OMBA 5EHMA 3O29A 3SEUA 4XKQA 1ZMGA 5KZTA 5JTYB 4BDMA 1DOTA 2HAUA 4QFPA 4U21A 1WODA 1A99A 4GFRA 4DXBA 4Q8RA 3VLWA 5H8QB 2Z8EA 2ZNUA 4KHZE 4I8CA 3I6VA 2XD3A 4HCWA 2QS4A 1IUDA 2QS1A 1MQIA 4U2RA 4ZEDA 5FHNA 3IOVA 3PPPA 4R6HA 2I48A 2I6EA 2F36A 5CRYA 2ZXTA 3H6UA 1EZPA 1ATGA 2F8DA 1B4HA 4EUOA 5CBSA 4POXA 1H43A 3FXQA 2XXUA 3S9MC 3H06B 1F9BA 2D5WA 1AL3A 4MH5A 2HZLA 1IXGA 4TLLB 3Q28A 4FORA 3O6IA 3K6WA 3TELA 4AB6A 3HPIA 3H6TA 1US4A 2DWAA 3VV5A 2QS3A 4Z7EA 3LSLA 1LSTA 4OYVA 4RPNA 2QL3A 3KN8A 3VE1B 1SW1A 5HM4B 1SW5A 2F5XA 5AA2D 3IR1A 3N6UA 2E0SA 3OOAA 2A5TA 2DXRA 3PUXE 3C33A 2GH9A 2NVUB 3K1PA 1QUJA 4O3AA 5A5XA 3GBAA 3K2DA 4ND9A 1DSNA 3V83A 4ELPA 1D4NA 3K0VA 5ICTA 4I1DA 3V8XB 5I84A 4R73A 1WDNA 1AIVA 1B5HA 4FJPA 4DZ1A 2I4BA 3OENA 4GD5A 5H8HA 2X26A 2Y7RA 4ELQA 1US5A 3F11A 3KN3A 4WEDA 3KGCA 4RK9A 3CG1A 3MPKA 4JSOA 3KJ7A 1QUIA 5AA4B 5I2NA 5KDTA 2V3TA 1UTBB 3RUMA 4OEVA 4N07A 1OIBA 1MQHA 1XVYA 2CMOA 3KSXA 3B7DA 4UA8A 2Y7KA 2XXVA 4OERA 4NWCA 3TMGA 1NNKA 4R2BA 4NF4A 2DQVA 4KYSA 3T22A 2OCUA 4DCXA 1MQJA 1SI1A 2NUVA 1BP5A 4F39A 5AA1A 4WKMA 2XXQA 3QUJA 1B7UA 1VFEA 4IO7A 2V25A 2XX9A 4ONYA 3KOSA 2Q88A 1MM6A 4YKKA 1Y1ZA 5AA3A 4NEDA 4KI0E 4OEUA 3V89B 3KBRA 1FQAA 3ILTB 5IKBA 3BBRA 1D9VA 1MPDA 3EPEA 4BDLA 3Q27A 2PMSA 1ZKBA 4GL8A 2I3VA 4RA1A 1SI0A 1SW4A 2REGA 1B3LA 3O6HA 4K3FA 4P0IA 4EQBA 3ODBA 2VHAA 4KPTA 4YKIA 4MLVA 3KFMA 3U94A 4GF8A 3GBBA 1LBBA 2P1SA 4YKJA 1PB9A 1OLCA 4BLAA 4DIGA 1MPCA 4RXLA 1O63A 3PPOA 4IO6A 1PEBA 4YICA 3UORA 3O66A 2Y84A 4RYAA 3QAXA 4F22A 2XX7A 1JVYA 5ICQA 3LSFB 2DP8A 1N04A 4FECA 3CFLA 4QFKA 3MP6A 3G7WA 4H5GA 2XXYA 5I59A 1IITA 2RKMA 1VSOA 4NE4A 4FEDA 4PETA 1EH3A 1XT8A 3AXFA 3HN0A 2O51A 4IB2A 1IEJA 1XC1A 2PYYA 3RTFB 3S9EA 2CZLA 4U23A 1EU8A 2DE2A 3MWBA 4NWDA 1OMPA 4DXCA 2I58A 1MY3A 2P2AA 5DT6A 1ZTYA 4LZ8A 1FQCA 3G3GA 2Y7PA 1R9QA 4BDNA 4R72A 5TP9A 2Q89A 4XTCQ 3TTMA 4MF3A 1FTOA 3A3UA 3OSRA 1M5CA 2A5SA 4XKNA 1A40A 3U92A 3TDJA 4RJZA 3OO7A 2IEEA 3FVOA 1GVCA 4H8IA 3G3FA 1IZ1A 3LR1A 3B6QA 3IO6A 3LUYA 4BDOA 1P99A 3PUVE 4F1VA 2F34A 1OLAA 3PPNA 1MDP1 3O97A 4FIMA 3BFTA 3UIFA 3PGFA 3MJNA 4ISUA 3O6GA 1B0LA 1Z7NE 3FUZA 4QFLA 4GL0A 5B70A 1N84A 3MW0A 3U72A 4ELOA 3C34A 4XKRA 3VLVA 3IK6B 1S7YA 3H3GA 4GLIA 2A5TB 1P1OA 4HW8A 3FJMA 3PUZE 5BWJA 4LZ5A 2F78A 3CR9A 1LCFA 4ZE9A 3PPRA 4G68B 4IO5A 4PFUA 4NF6B 1QKAA 1S50A 2X7PA 2H5YA 4JDFA 2V3QA 3TZAA 3QUFA 1MXYA 1NNTA 2UVHA 3ILUB 1B7HA 4ZS9A 3S9NC 4H5FA 2I0CA 1LBCA 3PV0E 1WVJA 4KCCA 1B3HA 4I9DA 2FNCA 3K6UA 3MZBA 1A7LA 4GOTA 1LFIA 1J1NA 1EZ9A 3SERA 4IGRA 4OVJA 3IOUA 3TKDA 1MQDA 4F31B 1NH7A 2ONRA 2HQ0A 5I56B 4P0GA 3T66A 4LVQA 1L5TA 4TOZA 3EQ1A 4NF4B 1B3EA 5KCJB 3C36A 3T9UA 1ANFA 3UN6A 2QRYA 2NXOA 1LLSA 3DM0A 1MS7A 4MLQA 4OENA 1NNFA 3EHUA 2ZNTA 1YPNA 4LQ2A 3D4GA 3QXMA 3CRBA 4ESXA 3TTNA 3FASA 3GLBA 1B9JA 4F19A 2V3UA 3MP8A 5M2VA 2M8CA 5AA2A 1QW0A 4G68C 2RF1A 5DVIA 5FTIA 1N3XA 3EHSA 1OVBA 1JW4A 4BDRA 2ZMBA 1MY0A 4DXUA 1NKXA 5CMKA 1Y3QA 4NF8B 5I2KA 1DPEA 3G3HA 4RNSA 2GHAA 5L8DA 1NNPA 1UTHB 5H8NB 1SYHA 3SEWA 3MC2A 1URDA 3V5AA 1I6BA 5BUUA 2QMWA 1JEVA 2H98A 3IAZA 3KEIA 3MZ1A 4AB5A 2GHBA 3DP4A 1MY2A 4R2FA 1B52A 3SKPA 3RTWB 2UVGA 4C1TA 1VR5A 4X48A 5TU0A 4G8MA 1LAXA 1OVTA 4ZE8A 5CMCA 3VXCA 4EF2A 2YPNA 2RCBA 1IQ7A 2VD2A 5DTBA 2HAVA 1MRPA 4LP2B 3SESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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