1PB8A

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with d-serine at 1.45 angstroms resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
289
structure length
282
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINTERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
total genus 78
structure length 282
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb8A02
3S4UA 4O3CA 2XXWA 3K2DA 2XXVA 4KR5A 2DE2A 3M3KA 3MP8A 4EXLA 1QKAA 3T22A 2FNCA 2VGQA 2RCBA 1NNKA 1XOCA 2V3QA 5KCJB 3TCGA 1UTBB 2DOJA 3KG2A 5AA2B 4IO6A 1B0LA 1DMBA 1HSLA 1IUDA 4PP0A 4O3AA 5DTBA 1WVJA 4HCWA 3MZ9A 3G3IA 3FVGA 4X48A 2XXXA 4X1DA 2H98A 4N13A 4EQ9A 2Y7IA 3THIA 1CB6A 4YICA 1DSNA 3O2AA 2DYXA 1LLSA 4H1XA 1S9TA 1NKXA 4F22A 3FXRA 4JWYA 3ZKLA 4NF8B 1YTVA 4EXKA 2DE4A 3T9UA 5I2KB 2Q2AA 3CFZA 2XD3A 3SEUA 3AXFA 2NUVA 4QFNA 3IAZA 4NF6B 1USYE 5I59B 2Q8JA 1SQYA 2FYIA 2PMSA 3GZGA 2QS3A 1A8FA 4U1ZA 2V3UA 3OMBA 1MG1A 4KQPA 1I6BA 1Y9UA 3MVZA 4IB2A 1SI0A 1DOTA 3CSBA 1URSA 5ICTA 2NWJA 1LB8A 2O51A 4JSDA 4N07A 1PBQA 3KN3A 1SDXA 4NF5A 4NF4A 3RTWB 3QUJA 2ZNUA 2DE3A 1UTHA 3RT6B 1Z7ME 1BKAA 4U23A 3DM0A 3MP6A 2X7QA 5K2XA 2F7BA 5JTYB 3VVDA 4ZEKA 1FQCA 1JNFA 4BDNA 2IEEA 3MC2A 3QUFA 2XX8A 4EDPA 4RPNA 1EZOA 3L6HA 3MVYA 3LSXA 1H45A 2HFBA 1HSEA 2Q2CA 3LC8A 1LCFA 1POTA 1ZLQA 4H0WA 3MVXA 1B9JA 2Y7WA 3FGSA 2XX7A 1LAFE 1B46A 2Y7KA 4F1VA 2F8DA 1QJMA 1ANFA 5DEXB 2GFEA 1MPDA 3SEXA 1DTGA 1IIWA 2O69A 1OLAA 3UP9A 2D5WA 3S9NC 3SEVA 3FV2A 3O29A 2O1LA 4GF8A 3KSXA 2QRYA 4PE5B 2XX9A 4OZ9A 4WXJA 2CMOA 1UQWA 4HW8A 4X1BA 3M3FA 4AQ4A 3UA8A 3CVGA 4MF3A 1II5A 4QSDA 1SVXB 2DS9A 3H3GA 5CMCA 1MDQA 4OXVA 4DXCA 1B3GA 4R9GA 3MQ9A 1N76A 3IJOB 4POXA 5DVFA 3PPQA 1FQAA 4G8MA 3MZ1A 4LZ8A 3ZS6A 1NNPA 2I58A 1MRPA 5AE4A 3QXMA 2ANJA 1N84A 4WEPA 1ZKBA 2OWTA 3TZAA 4M4GA 1B51A 3OEKA 2Z8DA 1OLCA 4BDRA 1M5EA 3PD8A 1VFEA 3RY3A 4FAJA 1O63A 3FUZA 4IO5A 3N94A 5LOMA 1NH8A 4Q0CA 1ATGA 3HO7A 2Z22A 1O7TA 3C4MA 5HPQA 2Y7PA 2F36A 1B40A 1JVYA 1YCJA 4GLIA 5KDTA 1EZ9A 4UACA 3TPAA 3CSGA 4ND9A 1RKMA 3H06B 3EHUA 5CMMA 4IGRA 3USDA 2F6GA 3RT8A 3G3KA 4RNSA 3DP4A 1MQGA 1N04A 2I6EA 1OIBA 2XXHA 2P0SA 3OEMA 4R73A 3KZGA 3W15C 4IGTA 2OZZA 5I57B 2LAOA 3SERA 5EYFA 2RC9A 2OLBA 4BDMA 3QK6A 5AA4A 4GOTA 2AL5A 3TTNA 4JBZA 3RPWA 2RC7A 2ZXTA 4P0IA 1IZ1A 2OCUA 5AA1A 3S2VA 4G68B 1FW0A 4FECA 1IXCA 3TCFA 1OQHA 1LFIA 4BDOA 2PT2A 1FQFA 3D4CA 3N6TA 3TCHA 3Q29A 1NNFA 4KYEA 5KCJA 1UTBA 1B7HA 5AA2A 3HPIA 4XKQA 2D3IA 4IY5A 4U21A 1P1OA 5CBRA 5CMKA 2I3WA 1B3HA 1CE2A 4GQOA 1Q1KA 2V25A 4LZ5A 1L5TA 1NL5A 5H8NB 3KN8A 4H5GA 3Q28A 3VLVA 2DSFA 1ZJLA 2OK2A 1S50A 4EQBA 3GBBA 3K02A 1UIVA 2KLFA 4JXIA 3RNNA 4F2OA 4LATA 1VFDA 5DT6A 2UYFA 4WKMA 4FEBA 3TODA 3RN8A 3OD7A 4DCXA 4G2ZA 4GFRA 3U93A 1GR2A 2DWAA 1NMUA 2R6GE 5DVIA 1A7LA 3C36A 2I49A 2ZYNA 3H6VA 4NF6A 2NVUB 4H8IA 2UVJA 3WAFA 5I59A 1B3EA 2HZKA 2CZLA 5J1DA 1MDP1 1MPCA 3VV5A 2Q89A 4NEDA 3ONMA 1B05A 4IY6A 3IJXB 3C33A 1I69A 1Q35A 1PC3A 1GTKA 2UYEA 3PPRA 4XKPA 3E4RA 3SDFA 4LUBA 1XHYA 4H5FA 3K0VA 1QVSA 4ZS9A 1MXUA 4ZEFA 5I56B 4MH5A 4QFKA 4RK2A 3E13X 3R26A 1PBPA 3S9MC 3VE1B 4G8HA 3OENA 4PFTA 3ECRA 5I84A 4RY1A 3TTLA 1R9LA 4HCYA 1I6QA 1LB9A 3MZBA 5A5XB 4MLVA 2IA4A 4DDDA 2A5SA 5JTYA 2GHAA 4I62A 3PUWE 2O1MA 2HAUA 5B70A 3K6UA 4XKNA 4BDQA 2V3TA 4R6HA 1O64A 4JB7A 3M8UA 2Z8EA 3CI8A 2VP1A 3GLBA 4ZZAA 4F39A 2ZYMA 3OELA 4F3SA 4E0WA 4ISUA 5TP9B 4LONB 3TTKA 1LAXA 1ELJA 3E3KA 2G29A 3TDJA 4ZE9A 2GHBA 2QMWA 2XXTA 4OERA 4TLMB 4IO3A 3SESA 4OTEA 2I4BA 3HHFA 4DLDA 2XXQA 3DLNA 1M5CA 4GL8A 1A8EA 3A3UA 4FEDA 5I58A 3PMWA 4JDFA 4YU0A 1MM6A 3BKIB 3P7IA 5H8FB 1M5BA 1MS7A 2GH9A 3EHTA 3LBSA 2ONRA 1OMPA 3UIFA 2A5TB 4YAHX 1MXWA 2DQVA 5CI5A 4I9DA 5TPAA 4ZEIA 1A99A 1B1XA 4EQ7A 5AA2D 4DXUA 1VSOA 3H03A 3C9HA 2REJA 5HM4B 1DTZA 1MM7A 3RLFE 3ILTB 4YB6A 5H8HB 3O66A 2PX1A 3O6IA 3T93B 1SW5A 1I6AA 2I3VA 4OVJA 4ZZEA 4DE8A 1XS5A 2V93A 4ONYA 3PMVA 4KYSA 1PB9A 1J1NA 3TKDA 2X7PA 4Z7EA 1URDA 4EF2A 3UK4A 1PB8A 5DYHA 1DPPA 5JEIA 4YMAA 1MQHA 2AL4A 2F7AA 3Q25A 2Y7RA 3MVWA 1IQ7A 3PMXA 3G3JA 3TYHA 1POY1 3VVFA 1ZIUA 1AH5A 1MY3A 1GVCA 4NTLA 2F5XA 4F18A 2O68A 4E0XA 4Q5TA 2HZLA 2DWIA 1R9QA 4QSEA 1AIVA 1MPBA 5H8QB 1TXFA 4Q8RA 3IOTA 1IITA 2RC8A 4GRKA 1XVXA 3H6WA 5I2NB 4XTCQ 3W9WA 3FASA 4PETA 2PYYA 1LBBA 3K00A 1P99A 3TELA 5ELVA 2YPNA 1ZBMA 3I6VA 1M5DA 1TFAA 4OFOA 4POWA 4ELOA 4PQJA 2O7UA 3KJTA 4KYDA 1R1NA 2R71A 4AB6A 3KJ7A 4OEUA 3G7WA 2Q9TA 1SW2A 1B7ZA 4GVOA 1Z7NE 4EUOA 4JWXA 5ITOA 4R74A 4ESXA 4KPTA 4HTGA 2RINA 2XHDA 2ZNSA 3T9XB 1SYHA 3S9LC 2Z8FA 1US5A 1FTJA 4ZE8A 2PVUA 1BLFA 4G68A 3IOUA 4QFPA 3C35A 3FIRA 2VOZA 1OVTA 4KD5A 4XKRA 4LP2B 1QUKA 1B3FA 3HN0A 4H67A 3K1NA 2ZYOA 4NE4A 3K01A 4IO7A 5L9SA 4QFLA 1IXGA 1ZMGA 5KZTA 4UA8A 1B52A 3TTRA 4OHNA 2V84A 4TLLB 1WODA 3CIJA 4KCDA 3KFMA 3KEIA 3B7DA 1SD3A 4FJPA 4ELRA 1H3DA 4Q30B 2H9BA 3VXBA 5L9OA 4YKKA 4GWOA 3EPEA 3W9VA 3DP8A 5DVJA 1JVXA 2THIA 3VFJA 4RYAA 3PGFA 4R2BA 2HEUA 4I1DA 4LZ7A 3T9VA 1P1UA 5ITPA 2D21A 1IEJA 5B7DA 1FQBA 3FV1A 1D9YA 2HCAA 3I5OA 3VLWA 1FTMA 2XXRA 2XD2A 4ZEBA 1H76A 4PFUA 1AOVA 2X26A 2RKMA 1D9VA 4ESWA 2DXRA 1JQFA 4OEVA 4ZDMA 3IOVA 3SEWA 4OFLA 3QAXA 4H6DA 4G77A 1T0KA 3QYTA 4FIMA 4JSOA 3U1OA 3T66A 3ODBA 1M5FA 3JYRA 1PDAA 4TQUQ 1IXIA 3PPOA 1F9BA 2OWSA 1XVYA 3MPLA 3O6GA 1FCKA 1AL3A 3MWBA 4U4SA 3D4GA 4XXUA 3FJMA 2P1SA 4X9TA 2H5YA 2FA7A 2OBGA 1N0TA 5A5XA 2F7CA 4LQ2A 3IK6B 4C1TA 1XC1A 1A40A 5M2VA 3TFLA 3Q27A 4MFIA 1B7UA 2QS4A 3MW0A 2DWHA 4QFOA 1MXZA 4ECFA 4G68C 1MQIA 4XIGQ 1JW5A 2BJJX 1LFHA 1Y20A 5TP9A 1DPEA 3OSRA 3BFUA 1MY4A 4JWOA 1NNTA 4MBPA 4NF8A 4NWDA 3HCQA 5I2KA 2OJTA 3TUSA 4ZEDA 3U8QA 1MQJA 1MQDA 3MJNA 3CG1A 3HSTA 3WAEA 2DWJA 1Y4CA 1FQDA 1MY1A 1P1WA 4L17A 4DCYA 4U22A 5EHSA 3RTFB 3CFXA 3MP1A 5FTIA 4IO4A 5H8FA 3V5AA 5FHMA 2GRVA 3EHSA 2I0BA 4U1OA 1B3LA 3TQLA 1N7WA 4FATA 5CM6A 4HS7A 3G3FA 3ZKKA 1VR5A 3KGCA 4U2RA 3GXAA 1SYIA 4O3BA 3FJGA 2UXAA 1FTKA 4YB7A 1ZU0A 4LVQA 1Y1MA 5BWJA 1GGGA 1BP5A 2HXWA 3K4UA 3K6WA 2VHAA 1YPNA 3EQ1A 3QSLA 5H8HA 2HAVA 3LSFB 2XXPA 3KBRA 3CG3A 2F34A 1Y3PA 2UVHA 2H4IA 1WDNA 1FTOA 4R72A 2VD3A 4KCCA 2HQ0A 3ZSFA 1N3XA 1SBPA 3A3CA 1GV8A 5DEXA 2DVZA 1B0HA 3VXCA 3CRBA 4F3GA 3TMGA 4F31B 3RUMA 1TFDA 1OVBA 4RJZA 3G3GA 4OYVA 3HV1A 2RCAA 3OSQA 5H8QA 4YKIA 3PU5A 5BUUA 4GXAA 5I2NA 3V8XB 3PUYE 4M1VA 4N6PA 5L8DA 4F29A 1LAGE 3TQWA 1MY2A 1NH7A 3IO4A 2O7IA 1MXVA 3O97A 4IO2A 1QUIA 3H4ZA 4YB5A 2P2AA 2ONKE 1S7YA 2R9JA 4QSCA 4YKPA 2ZMBA 2PBWA 4AB5A 1JW4A 4QF9A 2H99A 5FHNA 1PB7A 2XXIA 3O6HA 1RYOA 1Y3NA 4RK9A 2ZNTA 3CR9A 3FVKA 5IKBA 4RPOA 2ALUA 3JZJA 4LA9A 1PEBA 3DELB 2B65A 3FXUA 5CRYA 2WKYA 3IO6A 3MPKA 1QW0A 3EF7A 2E1SA 3UGWA 3TAJA 1ZTYA 1US4A 2QL3A 4U4XA 1SI1A 1URGA 3ILUB 4OMBA 3C34A 1P1NA 3LSLA 4LQ5A 3EN3A 2F97A 1QUJA 4C0RA 2Z23A 5F7VA 3B6QA 4GL0A 4GD5A 2B3FA 4H65A 3FD3A 3OO7A 2ONSA 4BLAA 2M8CA 3E9XA 1JETA 3SEYA 2XXUA 3GBAA 1D4NA 4OENA 1EZPA 3I3VA 4C1UA 5K2YA 1RYXA 5AA3A 5IAIA 3RGYA 1FQEA 3KOSA 1KWHA 2Y84A 5I58B 3DP6A 3KOTA 3C31A 1AMFA 3UORA 1BIYA 3OO8A 3R7XA 4DIGA 3IORA 4PFWA 2E0SA 2QSXA 2F78A 3PD9A 4R75A 3MBPA 5I57A 1YAEA 3VLUA 2AYSA 3U92A 3BBRA 3R6UA 4R2FA 1LFGA 5TPAB 3MAMA 1MXYA 3CFLA 3N6UA 3K1MA 3FVNA 1HSJA 4NF5B 2PT1A 4NF4B 2NXOA 1MY0A 1SW4A 4MLQA 1UTHB 2F35A 3LR1A 1B6HA 3V89B 4R6KA 3HHGA 3K6VA 2UVIA 4RXLA 3U72A 2YJPA 1JW1A 1TWYA 3IOWA 5JK4A 2H25A 1BTJA 3PPPA 3FVOA 3PUZE 1QKBA 4F2QA 4GIZA 4PFYA 4TOZA 3C32A 1JEUA 3IB2A 1MXXA 2B3BA 3G3HA 5CBSA 4YKJA 1LCTA 4OETA 1N3WA 3SETA 2O6AA 2F6PA 4YMBA 5H8NA 2ZYKA 3BFTA 2I0CA 3VVEA 4RA1A 3O28A 4GXSB 1B58A 2QMXA 1N7XA 4R6YA 1A54A 1MH3A 2Q88A 2XXYA 2UVGA 5CC2A 4FE8A 3FZVA 1B32A 5ISUA 5EHMA 3F11A 1B1HA 4OQOA 1IXHA 4R9FA 3LSWA 1H43A 1B5JA 2G93A 3TTMA 2QPQA 1JEVA 1SW1A 1B5HA 5FHOA 5ICQA 1B4HA 3OO6A 5H8SA 3S9EA 3IB0A 3FXQA 4H8JA 4F19A 1EH3A 1LGBC 4KI0E 5TU0A 2I48A 3Q26A 4I8CA 4F1UA 3KN7A 1MH4A 3V83A 3PUXE 4EF1A 5F1QA 5L9MA 3IR1A 3IL1B 2ABHA 1LSTA 5CMBA 4KFQA 4OWDA 4YZZA 3H6TA 3FJ7A 2VD2A 1R6ZA 3IB1A 3RQTA 4ELPA 2ESNA 3PUVE 5I56A 3KSJA 2I4CA 4P11A 1TT1A 3T9HB 1B2HA 4P0GA 1A55A 4THIA 3QIMA 1Y4TA 1B5IA 3L6GA 1P1QA 2QS1A 2QS2A 3TEPA 4ELQA 2W7YA 4K3FA 4F3PA 3K1PA 4F1YA 1LBCA 2DP8A 5FTHA 4Z0IA 4QRZA 1EU8A 1D3KA 3FATA 1FTLA 3B6TA 3PPNA 2QJEA 2AIXA 3OO9A 4DZ1A 3O9PA 4QHQA 1Y3QA 3M3LA 3U94A 1XT8A 2REGA 1QULA 1OQGA 4NMYA 4BDLA 5KDTB 4OESA 1Y1ZA 3JV9A 3PV0E 4FORA 3B6WA 2O84X 3VDFA 2RF1A 2DXYA 4DXBA 4KHZE 2NOOA 3SKPA 1NFTA 1H44A 3UN6A 4G4PA 3IX1A 3MUQA 3H7MA 3N5LA 1UIUA 1VE4A 1LAHE 3H6UA 3A09A 3OXNA 4G8NA 3OOAA 3N26A 4WEDA 1USYH 3T96B 3LUYA 4ZECA 2A5TA 2DVCA 4NWCA 5AA4B 5HBCA 2YLNA 4F3BA 1B4ZA 4OFJA 3K6XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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