1POTA

Spermidine/putrescine-binding protein complexed with spermidine (monomer form)
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
NNTLYFYNWTEYVPPGLLEQFTKETGIKVIYSTYESNETMYAKLKTYKDGAYDLVVPSTYYVDKMRKEGMIQKIDKSKLTNFSNLDPDMLNKPFDPNNDYSIPYIWGATAIGVNGDAVDPKSVTSWADLWKPEYKGSLLLTDDAREVFQMALRKLGYSGNTTDPKEIEAAYNELKKLMPNVAAFNSDNPANPYMEGEVNLGMIWNGSAFVARQAGTPIDVVWPKEGGIFWMDSLAIPANAKNKEGALKLINFLLRPDVAKQVAETIGYPTPNLAARKLLSPEVANDKTLYPDAETIKNGEWQNDVGAASSIYEEYYQKLKAG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The 1.8-A X-ray structure of the Escherichia coli PotD protein complexed with spermidine and the mechanism of polyamine binding.
pubmed rcsb
molecule tags Binding protein
molecule keywords SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
total genus 106
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1potA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1potA02
3KBRA 2F8DA 4F39A 3JZJA 1JW5A 3H7MA 1Z7NE 1Q35A 2O6AA 4OEUA 3LUYA 4DCXA 3T22A 1B3GA 2XX9A 5LOMA 4JWOA 2RKMA 3VLWA 1A40A 2O1LA 1AIVA 4WEDA 5K2XA 3PMWA 4G68C 3RQTA 3K6VA 3DM0A 3CG3A 4NMYA 2F7BA 1UIVA 1TT1A 3IB2A 2XXRA 3RNNA 4BDNA 1SYIA 4KPTA 1JETA 4F31B 4KYSA 3Q27A 1JEUA 1CB6A 2VP1A 2OZZA 4WXJA 4QFKA 1MXVA 1WVJA 1UTBB 3O66A 1MQDA 2AYSA 4MFIA 1Y4CA 3S2VA 2AIXA 2X7PA 2CMOA 1POY1 3PMXA 3Q29A 1LAHE 4PP0A 3OEMA 2THIA 2D5WA 4U2RA 3LSLA 3U93A 1Y9UA 1UTHB 3G3HA 1DSNA 1B3EA 3V83A 4IO5A 3CG1A 4U1ZA 5HM4B 2PX1A 4U4XA 3O9PA 2NWJA 5HPQA 5FTIA 4U21A 3VVDA 1B7ZA 1B4HA 4HTGA 4EQ7A 1LCFA 3U72A 1MXUA 3HPIA 1URDA 4I1DA 5EHSA 3OENA 1D4NA 1VFEA 1OMPA 3H06B 4YB7A 3LR1A 1HSJA 1IXCA 3OXNA 4E0WA 4F1UA 4JSOA 3KG2A 1KWHA 3TMGA 3TDJA 1D3KA 1MY4A 4G68B 2Q2AA 3LBSA 2Q2CA 5ELVA 4WEPA 3PUVE 3BFTA 2A5SA 4OESA 4DZ1A 3GXAA 3HHFA 4QSDA 2PMSA 3L6HA 4NF6A 4YMBA 1AH5A 2FA7A 3RTFB 4UA8A 3E13X 5I59A 1II5A 5TPAB 1A8FA 3IAZA 1RYXA 3GBBA 1IEJA 3AXFA 2XXVA 3O28A 2UXAA 1DPPA 1B7UA 1NH7A 2H9BA 3MZBA 4F2QA 3N6TA 4ISUA 3MPKA 2V93A 3THIA 3PV0E 3SEUA 3PGFA 2DWIA 4OFLA 4HCYA 4XTCQ 5FTHA 3V5AA 1XC1A 1JVXA 4GVOA 4PETA 3G7WA 3TQWA 2NVUB 1DPEA 1QUKA 3G3GA 3K1MA 4ZEBA 3SKPA 4LATA 4X1BA 4YU0A 3MW0A 3TFLA 3EN3A 1R1NA 1BKAA 4O3AA 2DE3A 2REJA 3CIJA 2YLNA 4OMBA 2CZLA 3CR9A 4YKPA 3LSWA 4G77A 1FTKA 3TPAA 4HCWA 1ZMGA 3S9NC 5CRYA 3D4GA 2VHAA 2DQVA 2V3QA 5DTBA 1B1HA 1B0LA 2H4IA 1MY1A 1LFHA 3QUJA 2F7CA 4POXA 2XXPA 3MP1A 3HSTA 4ZEFA 3G3JA 3EPEA 4GLIA 3H4ZA 3R6UA 3B6WA 1N3XA 1MQHA 1UQWA 3MP8A 5ITPA 1ANFA 4RK2A 4DLDA 2V3UA 3RPWA 1MH3A 2ZYMA 3V89B 2ZNSA 3PPRA 2I3VA 3DP8A 3UK4A 2WKYA 5M2VA 5AA2A 4RA1A 5K2YA 3FXRA 1EZOA 1LFIA 2A5TA 2P1SA 4RXLA 3K02A 3B6QA 4JWYA 1LAFE 4FECA 4LQ2A 1A7LA 3K4UA 1B6HA 4LQ5A 3CFXA 2H99A 2H25A 3TCGA 2GHAA 3K01A 4R2BA 5H8FA 1ZKBA 5A5XA 3CRBA 4BDOA 3M3LA 3UGWA 1JEVA 3M3KA 4QFOA 3KOSA 3BKIB 1Q1KA 3A3CA 3TUSA 3MVXA 4F3BA 4GQOA 3VDFA 2B3BA 3TTRA 3DP6A 5B7DA 1MXZA 1WDNA 4PE5B 4IB2A 3KJTA 2QMWA 4GWOA 4X9TA 3MZ9A 1R9LA 1NFTA 1P1UA 2DWHA 2F78A 1UTBA 2NUVA 2F7AA 1QUIA 3MWBA 3TCFA 4Z0IA 2R9JA 4AB6A 2O51A 3MQ9A 4U23A 1IXHA 2O1MA 1RKMA 3HHGA 4JBZA 3KOTA 1B46A 4F29A 2OJTA 3IOUA 3WAEA 4KFQA 5KCJB 2R71A 3TELA 1B05A 4PFTA 5H8HB 4Q0CA 3PD8A 4X48A 3JYRA 1OVBA 2OWSA 1FTMA 2DE2A 3LSFB 4EDPA 3U1OA 5FHNA 1WODA 4OEVA 2YPNA 5CI5A 1ZLQA 2XXHA 3TYHA 1NNTA 1M5DA 1MM7A 2PT1A 3MUQA 2KLFA 2UYFA 2Q88A 1NL5A 4MBPA 5TP9B 3ZS6A 1UIUA 4K3FA 3T9XB 1N0TA 2XXUA 4F1VA 3FATA 2DS9A 1XVYA 3K0VA 3N94A 1I6QA 1MQJA 1B3LA 1NNKA 3R7XA 4DXUA 2AL5A 3MPLA 5FHMA 4Q8RA 1I6BA 3TQLA 4PFUA 1USYE 4G8NA 1Y3PA 1N7WA 1SVXB 1P1WA 3IR1A 4H5GA 1PBQA 3D4CA 3IOVA 5BWJA 4POWA 2I3WA 1FTLA 4XIGQ 3F11A 3QUFA 5JTYA 2O7UA 1Y20A 3OO9A 4R72A 3I5OA 1JQFA 1PBPA 4HW8A 4R75A 1FQAA 1OLAA 4RPOA 2O69A 3IJOB 1B7HA 1VR5A 4OERA 2NOOA 3N6UA 1YTVA 3UA8A 2O68A 1FCKA 1MDP1 4NF8B 4DDDA 2HQ0A 4ESWA 2IA4A 3UN6A 2XXTA 4DCYA 1PB9A 3V8XB 1FQDA 3PUXE 2D21A 2HXWA 2RC9A 2YJPA 4EUOA 4NF4A 3E9XA 4NWDA 3E3KA 5F1QA 5AA4B 5I58B 1YCJA 3QIMA 3KSXA 5L9OA 3ILTB 4FJPA 5AA3A 3C33A 3G3IA 3FV1A 4DE8A 2GH9A 2GHBA 2F34A 1LSTA 4ZZAA 4KD5A 1EZ9A 3JV9A 4R74A 4LONB 3C32A 2QJEA 1EU8A 3DP4A 1MXWA 3TTMA 2XX7A 4OXVA 2XX8A 3IB1A 2Q8JA 2H98A 4XKRA 3MJNA 3PPQA 5CBSA 2ZYOA 4OQOA 2RINA 4FORA 5DEXB 4YMAA 1ZIUA 1T0KA 3A3UA 4BDRA 3SDFA 3IO4A 3FJMA 1P1QA 1SI1A 2D3IA 4EF2A 3Q25A 1LAGE 1MG1A 1MPBA 1A54A 4LZ8A 3SEXA 1B4ZA 4EQ9A 2I0BA 2F35A 4JB7A 2O7IA 2F36A 4TLMB 5JK4A 3PPPA 2I4CA 1S9TA 3TKDA 1N76A 3S9LC 5KDTA 5H8NB 3ZSFA 4P11A 3H6UA 1SW2A 2P2AA 5H8QB 3FZVA 1MQIA 3LC8A 3TTKA 2I0CA 3DELB 5AA2D 5DVIA 5JEIA 5DT6A 4ZEIA 4GRKA 4DXBA 5I57A 1L5TA 4MLQA 2Y7KA 5AA1A 2LAOA 4F3SA 1IZ1A 1XT8A 2QL3A 3U92A 4KQPA 5ITOA 4LZ7A 1MY0A 2M8CA 3FVGA 2G93A 1USYH 1Y1MA 2QMXA 2UVJA 5CMBA 4GD5A 1QVSA 4R6YA 3C35A 3M3FA 1S7YA 5I2KB 3HN0A 4GL8A 4BDQA 2XXWA 3FVNA 1A55A 1MY2A 4LUBA 2RF1A 3C36A 2OBGA 1IUDA 4R2FA 5I56A 1B5IA 4WKMA 1MXXA 2X7QA 2UYEA 3T9VA 1IXIA 4F22A 1B1XA 1MDQA 2Y7PA 1AOVA 1IQ7A 1DOTA 3FVOA 1MRPA 3UP9A 3I6VA 4ONYA 4OFOA 4FE8A 3IORA 2I58A 3MC2A 3PUWE 3USDA 3VLUA 1BTJA 4TLLB 4XKPA 3TAJA 1URGA 2Y7WA 1ZBMA 2NXOA 4FEBA 5TU0A 4TQUQ 1B5JA 3FXQA 2OLBA 3VXCA 1Y1ZA 2H5YA 1AMFA 1O64A 2DWJA 4NF5A 5CMKA 1SI0A 2I6EA 1JW4A 3KEIA 4IO2A 4E0XA 4QSCA 5ICQA 4GXAA 3TCHA 1LB9A 1ELJA 1M5BA 4OYVA 1N7XA 3FVKA 4FATA 4IO6A 2XXIA 1NMUA 3VVFA 1Y3NA 3EHUA 4R9FA 3CFZA 3GBAA 4ESXA 3I3VA 3FGSA 3L6GA 1GR2A 1B5HA 2VD3A 4F2OA 4X1DA 5FHOA 4G2ZA 4P0GA 2VD2A 2I48A 4IY6A 1AL3A 2V3TA 3K2DA 4H0WA 1IITA 3RT6B 5J1DA 3IOTA 3EHTA 1RYOA 4DIGA 3CVGA 4M1VA 2DWAA 2ABHA 1P1OA 2PT2A 1H44A 2GFEA 3SESA 1FQBA 3PPOA 2UVIA 1SW4A 4IY5A 1QUJA 2ZNTA 4N13A 1SYHA 4GF8A 4RYAA 1US4A 2DP8A 3PD9A 2DVZA 3RY3A 4YKIA 1QJMA 5I59B 3TODA 3FJGA 4YB6A 1B40A 1UTHA 4ZS9A 3QSLA 1PC3A 5EYFA 2V84A 1H76A 1SDXA 1S50A 1P99A 3K1PA 4HS7A 2ZMBA 2ANJA 3DLNA 2F97A 1DMBA 3KFMA 3UIFA 1XVXA 3RGYA 1M5EA 3SETA 3QAXA 4GOTA 5F7VA 2BJJX 1BP5A 1VFDA 3KN7A 5CC2A 1FW0A 4G68A 4QFPA 3MZ1A 1NNPA 1H43A 1H3DA 3OSQA 1FTJA 4M4GA 4ZZEA 4ELQA 4KYEA 4YAHX 3T9HB 3KZGA 1LCTA 3TTLA 2G29A 5DYHA 5TPAA 3VLVA 4PFWA 5ICTA 2ONSA 4KCDA 1DTZA 1MH4A 2ESNA 4QFNA 5DVJA 1B2HA 4F18A 2AL4A 3W15C 3SERA 3G3KA 3UORA 2XXQA 3C4MA 2F5XA 1MPDA 4RNSA 5L9SA 4YB5A 3IJXB 2XXYA 2OWTA 3C9HA 1J1NA 1FTOA 2HZKA 3OEKA 1F9BA 3T96B 1N04A 5AA2B 1O63A 3H6VA 1MQGA 1OLCA 2A5TB 1OQGA 3H6WA 4ELRA 4YZZA 2RCAA 3MP6A 1B0HA 1B51A 4PFYA 5I2NB 3OELA 4KI0E 1PDAA 4H5FA 4ELPA 2R6GE 2OK2A 5H8FB 5A5XB 2XD2A 2W7YA 2ZYKA 5B70A 4EF1A 3EF7A 3B6TA 5HBCA 3IOWA 3O2AA 5L8DA 2DSFA 3RUMA 3ONMA 4IGRA 3Q28A 1IXGA 3KN8A 1LB8A 3RN8A 4JDFA 2X26A 3RTWB 5EHMA 5L9MA 2RC7A 2VOZA 2IEEA 3T66A 3R26A 1QW0A 2Z8EA 1BIYA 5DVFA 3HCQA 1SD3A 4F19A 1DTGA 3B7DA 1JNFA 1SBPA 4IO3A 4U1OA 5H8SA 3H6TA 1GTKA 4YKKA 3RLFE 1OVTA 4KHZE 2ALUA 3U94A 3CSGA 4OHNA 4OFJA 3O6HA 3MAMA 1TXFA 2O84X 1D9YA 3VFJA 3M8UA 1A99A 4QSEA 4KYDA 1TWYA 3MVWA 1B32A 1B52A 1CE2A 5CMCA 3S9EA 2E1SA 3FASA 2ZXTA 3S4UA 4RJZA 3VVEA 2Y84A 3PPNA 4H67A 4ZEDA 2Y7IA 2HAVA 4RK9A 4LVQA 3OO6A 1NKXA 3BFUA 4H65A 5KZTA 3FIRA 3OOAA 4U4SA 2Y7RA 1FQEA 2UVHA 3ECRA 3KJ7A 1JVYA 2RCBA 4N6PA 4R6HA 3P7IA 1SW1A 3N5LA 1YPNA 4LZ5A 4OVJA 1M5FA 3OMBA 1QKBA 3OSRA 3CSBA 4ZE8A 1TFDA 4XKQA 4KR5A 5I84A 3MBPA 1I69A 4QRZA 1ZU0A 4BDLA 1FQFA 4EXKA 1Z7ME 2P0SA 1SQYA 1ZTYA 1IIWA 5KCJA 1A8EA 1LBBA 2DXYA 5H8HA 4F1YA 4GIZA 1XS5A 4EXLA 2PYYA 2F6GA 4LP2B 1OIBA 4G4PA 4FEDA 2Q89A 3PUYE 2QS4A 3MVYA 4MF3A 5JTYB 3GLBA 2XHDA 1PB7A 2Z8FA 4QHQA 4H6DA 4THIA 4C0RA 1EZPA 4BDMA 3IK6B 2ONRA 3K6XA 2E0SA 1MM6A 3OD7A 1XHYA 3MVZA 4UACA 1JW1A 5TP9A 4Q5TA 2HZLA 3TEPA 2UVGA 2Q9TA 4YKJA 2HAUA 4QF9A 4LA9A 3HV1A 4ZE9A 2ZNUA 1R6ZA 1LFGA 1MS7A 4ZECA 4ZDMA 4BLAA 1VE4A 4NWCA 3OO7A 4TOZA 1H45A 1B3FA 4RY1A 1OQHA 1N84A 3H03A 4IGTA 2DVCA 4NF4B 3QK6A 4F3GA 4I62A 3Q26A 3C34A 5IAIA 1MPCA 4Q30B 3GZGA 3O6GA 3IL1B 3SEVA 3SEWA 4MLVA 3BBRA 2ZYNA 1XOCA 3CFLA 5CMMA 3G3FA 4ZEKA 4FAJA 2HCAA 4JWXA 4C1TA 4JSDA 1Y3QA 4IO7A 3PU5A 2ONKE 1VSOA 2RC8A 4AB5A 3EQ1A 4NF8A 1SW5A 4OWDA 3KGCA 2QRYA 3VV5A 4DXCA 3SEYA 1LAXA 2VGQA 1I6AA 3K6WA 5I2NA 3ZKLA 4P0IA 4NTLA 2FNCA 1O7TA 3S9MC 4I9DA 3O6IA 2FYIA 2QS2A 1PB8A 2QSXA 2DYXA 2B3FA 3H3GA 4EQBA 4R9GA 2XXXA 2QS1A 3VE1B 3TZAA 5AA4A 5IKBA 5I58A 1GGGA 3FUZA 2GRVA 1FQCA 5KDTB 3C31A 3WAFA 2OCUA 4R73A 1POTA 2F6PA 4L17A 4G8HA 3LSXA 1LLSA 4NF6B 3FJ7A 1P1NA 1D9VA 1QULA 1HSEA 1PEBA 3RT8A 1MXYA 4U22A 4GXSB 5I57B 5DEXA 3A09A 4H8IA 3K00A 4C1UA 4XXUA 3U8QA 2XD3A 4G8MA 4R6KA 3PMVA 4O3CA 1MY3A 2QPQA 4H8JA 3N26A 1YAEA 4I8CA 4NE4A 3ZKKA 3IX1A 3O29A 4YICA 3PUZE 1LBCA 3ODBA 3IO6A 4IO4A 3W9WA 3CI8A 2HFBA 4O3BA 2B65A 2QS3A 4FIMA 3VXBA 2DE4A 4GL0A 3ILUB 1B3HA 2Z23A 1ZJLA 1QKAA 4OZ9A 1B9JA 2REGA 5H8NA 4ECFA 4OETA 5I56B 2Z8DA 3K1NA 4MH5A 4KCCA 5H8QA 1GVCA 1TFAA 3EHSA 5ISUA 5BUUA 1R9QA 1US5A 4QFLA 1N3WA 3FXUA 3HO7A 3T93B 3K6UA 1HSLA 3OO8A 4GFRA 4Z7EA 2PBWA 3QXMA 3IB0A 1LGBC 3FD3A 4XKNA 4F3PA 4NF5B 4N07A 5CBRA 1Y4TA 1B58A 4OTEA 3O97A 3E4RA 4PQJA 4ELOA 4RPNA 4NEDA 5CM6A 5I2KA 1URSA 1NH8A 3KN3A 1ATGA 3QYTA 4H1XA 2PVUA 3T9UA 5AE4A 2DOJA 2I4BA 1NNFA 4ND9A 4AQ4A 2DXRA 3KSJA 1BLFA 2Z22A 4JXIA 2I49A 3TTNA 1M5CA 3FV2A 4OENA 1EH3A 3W9VA 1GV8A 2V25A 2HEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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