1POY1

Spermidine/putrescine-binding protein complexed with spermidine (dimer form)
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
NNTLYFYNWTEYVPPGLLEQFTKETGIKVIYSTYESNETMYAKLKTYKDGAYDLVVPSTYYVDKMRKEGMIQKIDKSKLTNFSNLDPDMLNKPFDPNNDYSIPYIWGATAIGVNGDAVDPKSVTSWADLWKPEYKGSLLLTDDAREVFQMALRKLGYSGNTTDPKEIEAAYNELKKLMPNVAAFNSDNPANPYMEGEVNLGMIWNGSAFVARQAGTPIDVVWPKEGGIFWMDSLAIPANAKNKEGALKLINFLLRPDVAKQVAETIGYPTPNLAARKLLSPEVANDKTLYPDAETIKNGEWQNDVGAASSIYEEYYQKLKAGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of PotD, the primary receptor of the polyamine transport system in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
molecule keywords SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
total genus 98
structure length 323
sequence length 323
chains with identical sequence 2, 3, 4
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1poy101
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1poy102
3IOWA 1LFGA 1SDXA 3VV5A 1MQIA 1PB8A 2ZNUA 3MZ9A 1N3WA 4ELOA 2GHBA 1DSNA 2PBWA 1SVXB 4QFNA 3RTWB 1M5DA 2FYIA 4JSOA 2QRYA 3ZSFA 4NF4B 1JETA 4NF5B 4FEBA 2F6GA 4G68B 5I59A 1MM7A 3PPOA 5ITOA 4G8MA 5TP9A 4YB7A 1LSTA 2FNCA 2A5TB 2NOOA 1Q1KA 2QMWA 1YTVA 2YLNA 4NMYA 3TEPA 4NF6A 5DVJA 2QPQA 4ONYA 4WKMA 4ISUA 3GBAA 4X1BA 3VLVA 1Z7NE 3U72A 2GFEA 3N94A 3U8QA 3E9XA 3PMWA 1LBBA 1RKMA 4JDFA 2F97A 3QSLA 4OWDA 4U2RA 5EHMA 1M5EA 3UGWA 4ELQA 3O29A 3C36A 1MY1A 3OO9A 4FE8A 1A99A 3G3KA 4MH5A 3RQTA 3PPPA 4GL8A 3CFXA 3LBSA 1TXFA 4OERA 4Q30B 4OEUA 2XXTA 1POTA 4YAHX 4WXJA 2ZNSA 3KJTA 3VE1B 2I4CA 2B65A 2UVHA 3GLBA 3DP4A 1LFHA 3RT8A 2DXRA 5CMKA 4KHZE 4R75A 2HAVA 3MWBA 3RLFE 1UIVA 1GR2A 1DTGA 3CSBA 3O6IA 4EQ7A 3RPWA 4ZEDA 5A5XA 1QVSA 2VD2A 1QUIA 5K2YA 1MY3A 4KR5A 1A55A 2LAOA 1OVBA 1P1WA 1LB9A 3PUVE 4I9DA 4YU0A 1WVJA 4DLDA 1HSLA 1ZKBA 1MXXA 1P1UA 1URGA 4KYDA 4QSCA 4TQUQ 4KQPA 1B51A 1H76A 1QKAA 3RNNA 3TQLA 1SW2A 4EUOA 4G4PA 1YAEA 4KFQA 2W7YA 2B3FA 1SI1A 1MPCA 1XOCA 2HFBA 2WKYA 5CMCA 4GOTA 3KZGA 4LATA 3FVKA 3FZVA 1I69A 1B3LA 4U4SA 1B1HA 3E4RA 3OMBA 2QS3A 3ILUB 5L9MA 2O7UA 4LVQA 1US5A 2P1SA 3FD3A 1WDNA 3N6TA 3UK4A 4DCXA 4ZEIA 1DMBA 3GBBA 2XXPA 4O3BA 1M5CA 4XXUA 4WEDA 5I58A 1A40A 2Y7PA 2UVGA 3SEUA 2DP8A 3T9VA 4ZE9A 1FW0A 3O97A 4I8CA 3PGFA 2YJPA 2R9JA 1SYHA 3IX1A 1D4NA 2XXQA 3FV2A 5H8NA 1QUJA 3FASA 1UTHA 1H43A 5AA3A 1FQFA 3K1MA 4IGRA 2B3BA 1SW1A 1Y20A 4QSDA 5I2KA 1S50A 1B9JA 3KN8A 3MVYA 2DSFA 1SW5A 1N84A 1FTLA 4OESA 5EYFA 1OQGA 4Z0IA 5FTHA 4IO6A 2I3WA 3PV0E 5FHMA 4ZZEA 3M3LA 5CMMA 4IY5A 3MVZA 2ONKE 4QHQA 1LFIA 5B7DA 4DE8A 5KDTB 2ZMBA 5BWJA 3K0VA 3OD7A 4KPTA 4GQOA 3S9MC 1FTKA 1TFDA 3M8UA 4LQ2A 5AA1A 4KCDA 2O68A 3ILTB 1GGGA 3K4UA 4JWYA 3M3KA 3PUZE 3M3FA 1JW5A 2H25A 2QL3A 1AIVA 3TYHA 1MQJA 1POY1 3R6UA 3OELA 4U21A 3DLNA 3PU5A 2YPNA 1GTKA 3CSGA 4XTCQ 4MLQA 1MY4A 1UTBB 1BIYA 1VE4A 2F7AA 4RK2A 4Q8RA 3E13X 2XXWA 2O1LA 3VDFA 2XXIA 2F78A 2G93A 3EF7A 5AA2B 4DDDA 4ZEBA 1NMUA 2UVJA 2F7BA 2GHAA 3LR1A 1B52A 1SI0A 2Z8DA 4ELPA 4R74A 1NNKA 3HCQA 4Q0CA 2F35A 1EZ9A 1OLCA 3VVDA 3TCGA 3KBRA 1B0LA 2Q2AA 1PDAA 2ESNA 4MLVA 4P0IA 1Y4CA 3T96B 2UYEA 3Q27A 2QSXA 5JTYB 3TUSA 2CMOA 3S4UA 2RF1A 3DM0A 2I49A 1O7TA 3T9HB 4JB7A 4ZECA 4DXCA 4DIGA 3F11A 3OSRA 3V5AA 3RTFB 3VFJA 5I57A 4BDOA 3EHSA 5DEXB 2I0BA 3IJOB 3C34A 3MPLA 2O69A 3RT6B 1ELJA 1FTJA 2H98A 2VD3A 2O6AA 4QFKA 1URDA 4EF1A 2R6GE 1UIUA 3Q25A 2D21A 3IOTA 2Q2CA 3O6GA 2DE2A 1TWYA 3C9HA 3K2DA 2DE4A 5AA4B 2REJA 4OTEA 3MJNA 3TCFA 3U94A 1Y3PA 4TLLB 5BUUA 1IITA 1A7LA 4GRKA 1JW1A 1YPNA 4IO4A 3IB1A 3UA8A 3TTLA 4U22A 3HO7A 3IK6B 3MZ1A 3K01A 5FHNA 4FORA 3H06B 1S9TA 5L9OA 5KZTA 1B5IA 3VVEA 3PD8A 5TP9B 1A54A 4HCYA 1I6QA 4OFJA 5M2VA 1EH3A 4NF6B 2Y7WA 3MZBA 3FXRA 1VFEA 3Q26A 4XKRA 4R2BA 4H1XA 4NE4A 2E0SA 2PYYA 2RINA 2DE3A 4X1DA 4UACA 3MBPA 4F19A 1H45A 1LLSA 1XVXA 3QIMA 4XKPA 3LUYA 4FEDA 3WAFA 3EQ1A 1D9YA 4H0WA 1I6BA 5TPAA 1NNPA 4C0RA 3IL1B 3O6HA 3FV1A 2H4IA 4LA9A 3PUWE 2DVCA 3D4GA 1MDP1 1MH3A 2PX1A 3OENA 4G2ZA 2V93A 5AE4A 4GIZA 3O66A 2XXUA 1JW4A 4E0XA 4KYSA 1O63A 3BKIB 4YB5A 4ZDMA 1DOTA 2X7PA 4EXKA 2AL4A 4U1OA 3EPEA 4GL0A 3I3VA 3MVWA 5FTIA 5DT6A 4G8HA 5A5XB 4NWCA 2RC9A 3LSXA 1IXCA 4GVOA 5I84A 3MP1A 3K1PA 5F7VA 3TTRA 1B6HA 4L17A 3A09A 4GWOA 1MXZA 4R6KA 4PP0A 5I56B 2V84A 2XXXA 3C31A 4JWOA 3KSJA 5IAIA 4H5GA 1BTJA 3VLWA 4GXAA 2ZNTA 1USYE 1UQWA 2Q89A 4KYEA 3O28A 2OWTA 1B2HA 4NF5A 2NXOA 4LP2B 4QFLA 3G3GA 1TFAA 1LAXA 1OIBA 4BDQA 3KOTA 2DWJA 1P1OA 2VP1A 2I4BA 1MQDA 4YMBA 4MFIA 1SW4A 3FJMA 3SKPA 1ZU0A 3BFTA 2NWJA 4IO7A 1OMPA 3K00A 3IB0A 4N13A 1LBCA 2HCAA 4C1UA 4EXLA 4H5FA 1SBPA 1FQEA 3FIRA 3W9WA 1MPDA 2ANJA 3S9NC 1EZPA 4XIGQ 1PB7A 3UORA 5I58B 1MXVA 4F22A 3HV1A 3OXNA 1MPBA 3PD9A 1LAFE 4DZ1A 3PPNA 4LQ5A 4Z7EA 4RYAA 4NTLA 1IZ1A 4F18A 3C32A 1PEBA 3KEIA 4THIA 3FGSA 3MP6A 4ZS9A 5DTBA 4OENA 2UVIA 2H9BA 2I48A 1LGBC 2Q9TA 4IO5A 4NF8B 1AOVA 3T93B 1EZOA 5H8HB 5HBCA 4OVJA 4F2OA 1P99A 3KOSA 3SESA 4FAJA 1QW0A 2ABHA 4LZ8A 4AB6A 2RC8A 3TELA 3C33A 2P2AA 4AQ4A 4KD5A 4QF9A 4R9FA 2XXYA 3ECRA 4F2QA 3CRBA 1BP5A 1QJMA 4HW8A 4F1UA 4HTGA 3N26A 2DS9A 2Z22A 1MY0A 3KN3A 4OYVA 4F3BA 1F9BA 4YKKA 1R6ZA 2PMSA 1IXGA 4FJPA 3KFMA 5CMBA 3LC8A 3SETA 3FXQA 1B05A 3MAMA 1SD3A 3G3IA 3V83A 5JEIA 1B4HA 4AB5A 3AXFA 2ZXTA 2OK2A 3LSLA 2QMXA 4PFUA 4MF3A 4P11A 3O2AA 3DP6A 2THIA 3KGCA 2RCAA 2E1SA 5H8FB 1D3KA 3MP8A 4HCWA 3U92A 4OFOA 1R9QA 1FTOA 2DYXA 4DCYA 1NKXA 4IO2A 2I3VA 3ZS6A 4LONB 1L5TA 2UYFA 1N7XA 3TMGA 2ZYOA 2REGA 5DVFA 3CI8A 5ELVA 3VXCA 1MQHA 1SQYA 2O7IA 4RA1A 4O3AA 3H6TA 4POWA 3TZAA 5FHOA 2XXVA 2Y7KA 1DPEA 5H8QB 2DOJA 4Q5TA 1BLFA 2FA7A 3CVGA 4IO3A 3CG1A 4BDLA 4UA8A 2XD2A 4F3SA 2HQ0A 3OO8A 3T9UA 2OCUA 5KDTA 4JSDA 5F1QA 4ESWA 3SERA 1MXUA 4EF2A 3FUZA 4PFYA 2V3TA 3FJ7A 3FJGA 2VHAA 4TOZA 3W9VA 3T9XB 2H99A 4JBZA 1FQCA 3USDA 3GZGA 3OEKA 2Q8JA 1FQDA 4IB2A 4KCCA 2HXWA 1XVYA 2HZLA 4I62A 3L6HA 3SEXA 1B3HA 2XX9A 2ZYNA 1NNFA 3IOUA 3Q28A 3B7DA 3S2VA 2F6PA 2DWAA 4RY1A 4FECA 1ATGA 3QXMA 3OEMA 4PFWA 1S7YA 1UTBA 3U1OA 3TODA 3PUXE 3CIJA 3PPRA 4DXBA 4F31B 1H44A 5LOMA 2ALUA 5AA2A 4R72A 2OJTA 2F34A 4JWXA 1JQFA 4XKQA 4LZ5A 2F8DA 2RCBA 3B6TA 1T0KA 3K6WA 1XC1A 3Q29A 2VOZA 5CBRA 1I6AA 4RK9A 3BBRA 1FQAA 3V8XB 1R9LA 2XHDA 2D5WA 3HPIA 5KCJA 4LUBA 2OWSA 1II5A 4OEVA 1MG1A 1P1QA 4ZEFA 4X48A 3EN3A 4GF8A 2HAUA 1NH8A 3WAEA 4N07A 4LZ7A 2O84X 3FXUA 3UN6A 5JTYA 3R26A 4BDNA 1MY2A 5I59B 4BLAA 4HS7A 1LCFA 2G29A 3P7IA 4F39A 3THIA 1TT1A 2OZZA 3K6VA 2NVUB 4OZ9A 2QS2A 5IKBA 1B58A 3O9PA 4PQJA 4RNSA 4M4GA 4ZE8A 3LSFB 1B0HA 3H6UA 2PVUA 2RKMA 3G3HA 4EQ9A 1AL3A 4P0GA 2BJJX 1EU8A 4OQOA 4R9GA 1B1XA 5JK4A 2HEUA 4OMBA 3ZKKA 3JV9A 3PPQA 4K3FA 2D3IA 3B6QA 1MRPA 5L9SA 5AA4A 5I2NA 3SEVA 3FVOA 1QULA 1JVYA 1A8EA 3MUQA 2KLFA 3JYRA 1QKBA 1B7UA 1AH5A 2V25A 3DELB 3L6GA 3H03A 2XX7A 3TFLA 1B3FA 1LCTA 3ONMA 4O3CA 1B7HA 3FATA 1M5BA 1ZLQA 1Y3QA 2PT1A 3DP8A 4NEDA 2R71A 1DTZA 1RYXA 1J1NA 1ANFA 1LAHE 3T66A 3C4MA 3LSWA 1D9VA 1Y1MA 2IEEA 5J1DA 1IQ7A 3K1NA 1B3EA 1IXIA 1ZMGA 3IR1A 1Y9UA 2ZYMA 1NNTA 2V3UA 4G8NA 2DXYA 1Y4TA 4R6HA 4NF4A 4RJZA 4KI0E 1IIWA 3TTKA 1LB8A 1B5JA 2O51A 1P1NA 4ECFA 3TQWA 1JVXA 2VGQA 3RGYA 2AL5A 4G68A 5K2XA 3H6WA 1JEUA 1ZJLA 2XXHA 2DWIA 2A5TA 1IXHA 1Q35A 2F36A 1VSOA 3G3JA 2Y84A 1HSJA 4MBPA 3PMXA 4TLMB 1CB6A 3HN0A 1MS7A 4GXSB 3QUJA 1ZTYA 1IUDA 1JEVA 2Q88A 3W15C 2GH9A 3G7WA 1O64A 4QFPA 3RY3A 3IB2A 4N6PA 1YCJA 3FVGA 1MM6A 4H65A 3B6WA 3S9EA 2GRVA 2DVZA 5CI5A 3H3GA 4R2FA 5H8NB 1XHYA 4H67A 4ZZAA 1UTHB 3IAZA 3MPKA 2UXAA 5I56A 1FTMA 5I2KB 4BDMA 4OFLA 3HHGA 2QS4A 1A8FA 5CBSA 4OXVA 3I6VA 2ONSA 2IA4A 1MH4A 1B46A 1NH7A 1R1NA 1HSEA 3CFZA 3HSTA 1MDQA 3MQ9A 5ICTA 5HM4B 3OSQA 4OETA 2DWHA 3I5OA 2XXRA 3KN7A 2OBGA 1VFDA 1SYIA 4F3GA 1B4ZA 4NWDA 5TU0A 5L8DA 3KSXA 3TAJA 5AA2D 5B70A 1US4A 2H5YA 5ICQA 4YKIA 1FQBA 4H8IA 3OO6A 2A5SA 3EHTA 2O1MA 4G68C 1N7WA 2Y7RA 3QAXA 5CC2A 3CFLA 3CG3A 3ZKLA 1XS5A 1GVCA 3K6XA 2ZYKA 2F5XA 4H8JA 2QS1A 2I6EA 4RXLA 3BFUA 4OHNA 4QFOA 4FATA 3D4CA 1NL5A 4XKNA 4X9TA 1IEJA 2P0SA 3MVXA 1NFTA 3UIFA 1B32A 3T22A 2I58A 3IO4A 3VXBA 4F1YA 1Y1ZA 3ODBA 4BDRA 4YMAA 2AYSA 4G77A 4EDPA 5H8SA 3IOVA 4F1VA 4PETA 4NF8A 1BKAA 3U93A 5H8HA 4ZEKA 4EQBA 3PMVA 3IO6A 3UP9A 3EHUA 5HPQA 3C35A 2OLBA 1OLAA 1PB9A 3KJ7A 5ISUA 1PBQA 4JXIA 2ONRA 3R7XA 3JZJA 3S9LC 4IY6A 1PC3A 1DPPA 1H3DA 1USYH 4C1TA 2F7CA 1RYOA 3VVFA 1XT8A 1N0TA 2PT2A 3TKDA 3N6UA 1QUKA 1Y3NA 3N5LA 4GFRA 5EHSA 5ITPA 1JNFA 4H6DA 5I57B 3IJXB 3SEYA 4R73A 2QJEA 3FVNA 2V3QA 4M1VA 1MXYA 1B40A 4GD5A 1MXWA 4U4XA 1FCKA 1OQHA 1PBPA 4YKJA 3TCHA 3H4ZA 1URSA 5DVIA 2NUVA 3MC2A 3A3CA 2X26A 1B7ZA 4FIMA 5H8FA 3GXAA 3G3FA 2DQVA 3QUFA 3H7MA 4QSEA 3QYTA 4YKPA 4QRZA 1N3XA 4WEPA 3A3UA 5KCJB 3K02A 3TTNA 3OO7A 1ZIUA 4YZZA 4ELRA 2X7QA 2I0CA 4GLIA 4U1ZA 4ESXA 1N76A 3PUYE 3SEWA 3QK6A 1B5HA 2HZKA 4E0WA 3CR9A 4PE5B 4DXUA 2M8CA 4PFTA 2Z8FA 5H8QA 4ND9A 4IGTA 1LAGE 3SDFA 1Z7ME 4YB6A 4R6YA 3K6UA 2RC7A 1CE2A 3OOAA 5DYHA 1KWHA 3TDJA 2CZLA 1AMFA 4RPNA 3TTMA 4POXA 1ZBMA 4F3PA 3E3KA 4F29A 4YICA 1M5FA 1B3GA 2XX8A 3RN8A 3V89B 5CRYA 5TPAB 1OVTA 4U23A 3VLUA 5CM6A 4RPOA 5I2NB 2AIXA 1N04A 1VR5A 3H6VA 2XD3A 4I1DA 3HHFA 2Y7IA 1MQGA 3MW0A 1WODA 2Z23A 3RUMA 2Z8EA 3IORA 3KG2A 5DEXA 1GV8A 3TPAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4DLDA 1HSLA 1ZKBA 1MXXA 1P1UA 4HXVA 1URGA 4KYDA 2FIXA 4QSCA 1FBPA 4TQUQ 4KQPA 1B51A 1H76A 1QKAA 4GWZA 3RNNA 3TQLA 1SW2A 4EUOA 4G4PA 1YAEA 4KFQA 2W7YA 2B3FA 1DCUA 1SI1A 1MPCA 1XOCA 2HFBA 2WKYA 5CMCA 4GOTA 3KZGA 4LATA 3FVKA 3FZVA 1I69A 1B3LA 4OANA 4U4SA 1B1HA 3E4RA 3OMBA 2QS3A 3ILUB 5L9MA 2O7UA 4LVQA 1US5A 2P1SA 1FBHA 5EQ8A 3FD3A 1FBEA 1WDNA 3N6TA 3UK4A 4DCXA 4ZEIA 3IFCA 1DMBA 3GBBA 2XXPA 4O3BA 2ZZXA 1M5CA 4XXUA 4WEDA 5I58A 1A40A 2Y7PA 2F3DA 1FSAA 2UVGA 3SEUA 4DI4B 2DP8A 2DDKA 3T9VA 4ZE9A 1FW0A 3O97A 4I8CA 3PGFA 2YJPA 2R9JA 1SYHA 3IX1A 1D4NA 2XXQA 3FV2A 5H8NA 1QUJA 3FASA 1UTHA 1H43A 5AA3A 1LBZA 1FQFA 5A5LA 3K1MA 4IGRA 1FPLA 1SW1A 1Y20A 2B3BA 4QSDA 5I2KA 1S50A 1B9JA 4NG7A 3KN8A 3MVYA 2DSFA 1SW5A 1N84A 2B4LA 1FTLA 4OESA 5EYFA 1OQGA 4Z0IA 5FTHA 4IO6A 4PFIA 2I3WA 3PV0E 5FHMA 4ZZEA 3M3LA 5CMMA 1KZ8A 4IY5A 1FBGA 3MVZA 2ONKE 4P3LA 4QHQA 1LFIA 5B7DA 4DE8A 5KDTB 2ZMBA 2JJKA 5BWJA 3K0VA 3OD7A 4KPTA 4MJOA 4GQOA 3S9MC 1FTKA 4PC9A 1TFDA 3M8UA 4LQ2A 5AA1A 4KCDA 2O68A 3ILTB 1GGGA 3K4UA 4JWYA 3M3KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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