1R9QA

Structure analysis of prox in complex with proline betaine
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
ADLPGKGITVNPVQSTITEETFQTLLVSRALEKLGYTVNKPSEVDYNVGYTSLASGDATFTAVNWTPLHDNMYEAAGGDKKFYREGVFVNGAAQGYLIDKKTADQYKITNIAQLKDPKIAKLFDTNGDGKADLTGCNPGWGCEGAINHQLAAYELTNTVTHNQGNYAAMMADTISRYKEGKPVFYYTWTPYWVSNELKPGKDVVWLQVPFSALPGDKNADTKLPNGANYGFPVSTMHIVANKAWAEKNPAAAKLFAIMQLPVADINAQNAIMHDGKASEGDIQGHVDGWIKAHQQQFDGWVNEALAAQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Cation-pi Interactions as Determinants for Binding of the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine by the Periplasmic Ligand-binding Protein ProX from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
molecule keywords Glycine betaine-binding periplasmic protein
total genus 112
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r9qA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 1r9qA02
1MH4A 1OVTA 1ZIUA 3RY3A 3CFXA 1NMUA 3RLFE 5JK4A 1ZMGA 3EPEA 5J1DA 1B1XA 1SW1A 2OBGA 4F2OA 1IQ7A 3M3FA 1VSOA 4U23A 4OEUA 2I6EA 3U94A 4KI0E 2VD3A 4ZECA 3HCQA 5I58A 3HO7A 1SBPA 3IO6A 1B5HA 1B4HA 2QS1A 2PT2A 3IAZA 2XXHA 1T0KA 4DZ1A 4C1TA 2G29A 3FVOA 5AE4A 3KG2A 3VXCA 1HSEA 4I8CA 4XTCQ 1URGA 2Z8FA 3M3LA 3K6UA 1EZ9A 3OEMA 1SYHA 3G7WA 3IJOB 4GIZA 1B7HA 3N6TA 2DE2A 4GF8A 4DLDA 2AYSA 3R7XA 2OWTA 1OLAA 4C0RA 5FTHA 5I2KB 2PYYA 3Q27A 1NNPA 4EUOA 1B7UA 2BJJX 3E9XA 4G68C 4NF6A 1ELJA 4XKPA 1I69A 1RYOA 3IB0A 1N3XA 1D9YA 4QRZA 2XXIA 1R1NA 4ESXA 5H8FA 3C35A 2F36A 1OVBA 3B6WA 5KCJB 1XOCA 3G3IA 5EYFA 3KOTA 3TELA 3UORA 5IAIA 4RK9A 1IXHA 2V3TA 2RCBA 3MQ9A 3SEUA 1SI1A 4IGTA 4U1ZA 4YMBA 4ELPA 1JEUA 1FW0A 4DIGA 1H43A 4JXIA 1B6HA 1AMFA 3UIFA 1NNKA 5M2VA 1SW2A 4TQUQ 1EZOA 3O66A 4BDRA 1Y3QA 4U4XA 5H8NB 3DP8A 1LBBA 3P7IA 2OK2A 4PFWA 1VFEA 3I6VA 3S4UA 3RN8A 1IEJA 4KYDA 4GL8A 1I6AA 4QHQA 1CE2A 5EHSA 2I49A 2RC7A 4YMAA 3Q29A 3PPRA 3A3UA 1Y1MA 4HCWA 1PEBA 4BDLA 3QAXA 4LUBA 3PMVA 4BDNA 2HFBA 5FHMA 2XXPA 3TKDA 3IJXB 3TDJA 4FE8A 4AB5A 4GWOA 1US4A 1D4NA 3T22A 3RTWB 3CIJA 2AL4A 5I59A 2LAOA 3MUQA 2RINA 3C4MA 3IB1A 3LUYA 1N7WA 5TP9B 5ITOA 2VGQA 2GHBA 2O1LA 4BLAA 1LAFE 3IOVA 3ZSFA 3LR1A 2Q88A 3D4CA 1FQFA 2Y84A 3VV5A 3MP6A 3BFTA 5DVIA 2F8DA 2HAVA 1DTZA 1JVXA 1LAGE 2UVGA 1R6ZA 1LB9A 4F39A 3MPKA 1DPPA 1URSA 1B46A 1H3DA 4I62A 4F2QA 1Y9UA 3CVGA 4IO6A 4NTLA 5I56A 4NMYA 4HCYA 4OZ9A 4R73A 4F3SA 2XXRA 3MVYA 2ZYNA 2QS4A 1H45A 2HCAA 1WODA 5L9SA 1MQIA 4L17A 3O6IA 1JNFA 1RYXA 3D4GA 3RUMA 4F18A 3OENA 4OQOA 3LSFB 4O3BA 3TCGA 4IO7A 4KQPA 2DXYA 4O3CA 1Z7NE 1PC3A 1F9BA 4N07A 3C31A 1FTMA 4LZ7A 2B3BA 2THIA 4PFYA 1MPBA 4XIGQ 1HSLA 4F3BA 2F5XA 4QFLA 3HPIA 1SI0A 3FGSA 2I48A 4GXAA 2RKMA 1GR2A 4XKNA 5KZTA 3LSLA 1LAXA 1LSTA 5L9MA 1SQYA 4M1VA 1M5DA 4DCXA 1MXZA 4N13A 2ZMBA 4ZZEA 1MDP1 2Z23A 1US5A 2OWSA 2XXYA 4NF6B 3MP1A 2O7IA 1MRPA 3K01A 5DEXB 5KDTA 1S7YA 3IOTA 4H8JA 4FEBA 1BLFA 3EHUA 3S9EA 3HSTA 4LP2B 5CMBA 1II5A 3PD8A 2Y7IA 3KSJA 2DOJA 3QXMA 3IR1A 5ITPA 2F6PA 3O28A 1FTJA 1FTOA 1QKAA 3JYRA 3CFZA 4X48A 4ELOA 3SEXA 4QFKA 1QJMA 3K6VA 4FAJA 1B3LA 2OLBA 3ECRA 4JWXA 3EF7A 4IGRA 1FCKA 2F7CA 4G2ZA 2DE4A 4LZ8A 2B65A 4QSCA 4NEDA 4OVJA 2B3FA 1PB7A 1YAEA 2DXRA 4OESA 1NNFA 4G4PA 3H6VA 4PETA 2E1SA 5B70A 2F7BA 1MXYA 4ZEKA 3C36A 2XHDA 2QMXA 5H8QA 1BKAA 4PQJA 3TUSA 1MY3A 2Q8JA 2ZYOA 3O9PA 3T9UA 4ZEFA 3PD9A 3C34A 1P1QA 2VOZA 1A8EA 2O1MA 3DELB 4RA1A 4G68B 1AH5A 3FIRA 2QRYA 3TPAA 5JTYB 4G8NA 3MP8A 1R9QA 2UVJA 3H6TA 1IXIA 3CG1A 5AA4A 2ZYMA 4FECA 3FVKA 3WAFA 1LB8A 2R71A 4F19A 2M8CA 4QSDA 3TTRA 2OJTA 4YB7A 1TXFA 1OMPA 4FATA 1N76A 2XXWA 5H8HA 2FYIA 3FV1A 2Z8DA 1B0HA 2PVUA 2V25A 4YKPA 2UYFA 3PPOA 3QSLA 3C32A 4ND9A 4OTEA 2X26A 3K6XA 4FJPA 4EF2A 1NL5A 4ZZAA 1GTKA 4EXLA 4MF3A 3MVZA 1B40A 3HHFA 1UTHA 3EHSA 1IIWA 1MXUA 4F3PA 2FA7A 2ABHA 1JETA 2QS3A 1H76A 1SVXB 4NF4B 4H1XA 1MM6A 2F7AA 2DWIA 5CRYA 5BWJA 4DE8A 3IO4A 4LVQA 2IEEA 2XD2A 4Q0CA 2O68A 1PBQA 1O63A 4NE4A 1B05A 1EH3A 5I84A 3I5OA 3K1MA 4RPNA 2GH9A 4GXSB 3TTKA 4GVOA 3C33A 4THIA 1B4ZA 3KN8A 1MQDA 5AA2A 4LA9A 2P1SA 3KFMA 3MVXA 4GLIA 2YLNA 3CSBA 3E13X 3VDFA 4RK2A 4ZE9A 3Q28A 5F7VA 5FTIA 2VP1A 3W9WA 2E0SA 3B7DA 1FQCA 5I2NB 4KPTA 3ZKLA 3RGYA 2XXQA 1B5IA 1MXVA 1QVSA 4G8HA 3VXBA 4U2RA 4EQBA 2R9JA 4H5FA 3ZS6A 2RCAA 4F1UA 2XX9A 1MXXA 4F31B 4IY5A 3H4ZA 1GV8A 3CFLA 1XT8A 4DDDA 4ONYA 4U22A 1CB6A 1AL3A 3TYHA 1TFDA 3SDFA 1HSJA 3PPQA 5CBSA 1BTJA 1SYIA 3LSWA 2UVHA 1LFIA 2ZNUA 1FTLA 3S2VA 3T9XB 4MLQA 2H5YA 1TFAA 4JBZA 4NF8A 1OQHA 4WEDA 1MQJA 2Q2AA 4RJZA 5TPAA 3W9VA 3W15C 2RF1A 3RT8A 3LSXA 3EHTA 1YTVA 3MW0A 3HV1A 4F1VA 3PU5A 3TODA 2DVCA 4NF5A 4ISUA 2UYEA 5ISUA 3DP6A 2FNCA 2VHAA 1B3EA 3FD3A 3L6GA 1USYH 4N6PA 5A5XA 1B0LA 2Y7RA 1Y3NA 3Q26A 3V8XB 3VLUA 3I3VA 2PX1A 4KYEA 3K2DA 3KJTA 1QUKA 1IXCA 3O97A 4R9FA 5AA4B 4HS7A 3H3GA 4OHNA 4FEDA 1JVYA 4DXUA 1Y20A 2I0BA 1XHYA 1QUJA 2HZLA 2H25A 3EQ1A 2PT1A 2WKYA 4KD5A 4H65A 3PPPA 5B7DA 1MQHA 3SKPA 1JEVA 5HM4B 3FZVA 4JSDA 5IKBA 4UA8A 2KLFA 3IK6B 3KN3A 5ELVA 1LFGA 4ZS9A 2DP8A 1UTHB 1LLSA 1PBPA 3OO7A 1IZ1A 4LQ2A 1B51A 3MJNA 3KGCA 3SETA 4R2BA 1L5TA 1B7ZA 4ZEBA 2P2AA 1MM7A 2NUVA 3ILUB 4OFLA 4I1DA 5ICQA 3DLNA 3IL1B 3SEWA 3S9LC 3R6UA 5I58B 4R72A 4E0XA 2F97A 1N3WA 4XXUA 3H6UA 1WDNA 5I57A 2ZNSA 5AA2B 4LZ5A 3PV0E 1YCJA 4ZEIA 3MAMA 3JV9A 2DE3A 1WVJA 1IXGA 2GHAA 4G8MA 4KHZE 2H9BA 4OXVA 1B52A 2O84X 4JB7A 4JWOA 2F78A 4M4GA 4RNSA 2D21A 3EN3A 3OXNA 1SD3A 1IITA 2O6AA 1NKXA 4XKRA 1AOVA 4PFTA 1Y4TA 3U8QA 3L6HA 1M5EA 1Y1ZA 2DWAA 3G3FA 5F1QA 3GBAA 4OFJA 4P0IA 4YKIA 2QJEA 2DYXA 4H0WA 5K2YA 4X1DA 4PE5B 1OIBA 3OSRA 3FASA 5H8FB 1DTGA 5BUUA 2DQVA 1QW0A 4Q5TA 3HN0A 1FQEA 1Y4CA 3PMXA 3VVEA 4ESWA 2A5SA 1DPEA 3U92A 2ANJA 3MWBA 3TMGA 1MDQA 1S9TA 3JZJA 1NH7A 3UN6A 3OD7A 5TPAB 4H67A 2HZKA 5HBCA 4GOTA 4KCCA 2PMSA 4OENA 4AQ4A 4X9TA 3VLWA 1B58A 3H03A 3VVDA 1POTA 3IX1A 3UGWA 2XX8A 5A5XB 1XVXA 4MLVA 2NVUB 1B3HA 3H6WA 3G3GA 2P0SA 3SESA 4ZE8A 5L9OA 4Z0IA 3GXAA 4YICA 5I59B 5H8NA 2NXOA 1NNTA 4RY1A 3CG3A 2A5TA 3TTNA 4RXLA 4PFUA 2CMOA 1BIYA 4OERA 3PUWE 4GFRA 4TLLB 1LBCA 3V89B 1A40A 2Z8EA 1MPCA 2I4CA 1IUDA 1LAHE 4YB6A 3MZBA 4U21A 4MBPA 4H6DA 3ODBA 2ZNTA 3USDA 1MG1A 5FHNA 1O64A 4AB6A 4U4SA 3PMWA 3OO6A 3TQWA 4ECFA 5I56B 4IO2A 5TP9A 5DVJA 2I3WA 4JDFA 1A8FA 3G3KA 1TWYA 3FXRA 5K2XA 1GGGA 4HW8A 1QULA 1MXWA 3M3KA 1JW4A 3GLBA 5LOMA 1Q1KA 3ONMA 2I3VA 3T93B 4OWDA 4QFNA 4DCYA 3TZAA 4NWCA 3O6HA 2ZXTA 2Q89A 3HHGA 3V83A 3MBPA 1BP5A 2RC8A 1Z7ME 3H7MA 2QPQA 5DYHA 2DWJA 2RC9A 1PB9A 3K02A 4QFOA 4FORA 4JWYA 3IOWA 1MY2A 2IA4A 2Y7PA 4EQ9A 2DVZA 4YB5A 1UTBA 2X7QA 1TT1A 3U72A 1EU8A 1P1UA 3LBSA 5AA2D 3KSXA 4OYVA 3B6TA 2I0CA 4H5GA 5JEIA 3PUXE 2NOOA 2NWJA 1B3FA 3TCFA 4ELQA 1ZJLA 1J1NA 3A09A 1B5JA 5KDTB 1GVCA 4U1OA 3RPWA 4TOZA 3CI8A 1PB8A 4F3GA 1DOTA 2D3IA 1P1WA 3TTMA 3MC2A 1UQWA 2XD3A 2V93A 3VLVA 4R75A 3QUJA 3DP4A 1FTKA 4DXCA 1MY4A 3T66A 3U1OA 3A3CA 4Z7EA 3BBRA 3OELA 3UA8A 1O7TA 4GQOA 1N7XA 1USYE 4IB2A 1VFDA 2XXXA 3MZ9A 3N5LA 1JQFA 1LCTA 2REJA 3H06B 3QK6A 5DEXA 5CMCA 5CI5A 4OMBA 4R74A 4ZEDA 2AL5A 4YAHX 4PP0A 4F29A 1MQGA 4Q8RA 3U93A 4EQ7A 4MFIA 1QKBA 3CSGA 4E0WA 1JW5A 4BDOA 3C9HA 1B3GA 4XKQA 3MPLA 4R6YA 4G77A 4POXA 2Z22A 5H8QB 3OO9A 5DT6A 1SDXA 3FATA 3O6GA 4IO5A 1ZKBA 3G3JA 3F11A 1MPDA 2R6GE 3DM0A 4KR5A 1UIVA 2CZLA 2G93A 4I9DA 3WAEA 1M5FA 2VD2A 3QIMA 1I6QA 3FUZA 4K3FA 3N26A 3RQTA 1D3KA 2A5TB 2Q9TA 3FXUA 3IORA 1N84A 3AXFA 2QSXA 3UP9A 1B32A 2ESNA 3N94A 3GZGA 3N6UA 2Y7WA 1DSNA 1FQAA 3PPNA 1Y3PA 1NH8A 2OCUA 2ONRA 4GRKA 1NFTA 1H44A 2UXAA 4EF1A 3K1PA 4KYSA 3ILTB 5H8HB 4QSEA 3E4RA 1YPNA 3K0VA 3VFJA 3KN7A 1P1NA 4NWDA 4G68A 1ZBMA 5JTYA 3TAJA 3THIA 5CBRA 1B1HA 2OZZA 1VR5A 2AIXA 5AA1A 3TEPA 1XC1A 1MY1A 2DWHA 2PBWA 4F22A 3OEKA 3FJGA 3BKIB 3T9VA 3RT6B 4LQ5A 4F1YA 3PUVE 4ELRA 2QMWA 2O7UA 2HXWA 2ONKE 5CC2A 1UTBB 4MH5A 1B2HA 3GBBA 4YKJA 3T96B 5TU0A 2I58A 3E3KA 4R2FA 3QYTA 4TLMB 2F35A 1POY1 4NF4A 5ICTA 2HEUA 3TCHA 2O69A 4R9GA 3O2AA 3QUFA 3KJ7A 3SEVA 2YJPA 2ZYKA 1UIUA 3M8UA 3OO8A 5L8DA 3FVGA 3FXQA 1M5CA 4UACA 3KEIA 5CM6A 2YPNA 3VE1B 1A54A 3FJMA 4WXJA 3OSQA 3SERA 4RPOA 2F6GA 2XXVA 1XS5A 4IO4A 4WKMA 1ZTYA 1DMBA 4EDPA 1EZPA 2F34A 3IB2A 5CMMA 2UVIA 4P0GA 1KWHA 3K4UA 2Y7KA 5I2NA 3FVNA 4KCDA 4IO3A 3CR9A 2H98A 1I6BA 3T9HB 1LFHA 2V3UA 5DVFA 1URDA 4DXBA 4POWA 2V3QA 3V5AA 3RTFB 4OEVA 2XXTA 4YKKA 4YU0A 5DTBA 5I2KA 1B9JA 1MS7A 3OOAA 4IY6A 4NF8B 3TQLA 1P1OA 4EXKA 2GRVA 1Q35A 2D5WA 3KOSA 1ZU0A 1RKMA 3UK4A 4NF5B 3PGFA 2HAUA 3ZKKA 5KCJA 1ANFA 3TTLA 1QUIA 4GD5A 3CRBA 1LGBC 1JW1A 3O29A 1N04A 3K1NA 4O3AA 4WEPA 1OQGA 1MY0A 3MZ1A 1VE4A 3FJ7A 4C1UA 1AIVA 4FIMA 4P11A 4QFPA 2GFEA 4JSOA 3LC8A 4H8IA 4R6HA 2DSFA 2H99A 5CMKA 2XX7A 5EHMA 2REGA 3R26A 1P99A 4BDMA 4OETA 3S9MC 2W7YA 4OFOA 4RYAA 4HTGA 2DS9A 2HQ0A 3RNNA 4Q30B 1OLCA 3MVWA 3FV2A 1PDAA 1SW4A 2X7PA 1FQBA 1LCFA 1A55A 2QS2A 2ONSA 1ATGA 1R9LA 1FQDA 4KFQA 5H8SA 4ZDMA 1A99A 2V84A 1A7LA 4X1BA 3K6WA 1MH3A 1M5BA 5AA3A 2Q2CA 1S50A 4QF9A 1XVYA 3OMBA 4R6KA 3Q25A 3PUZE 2QL3A 1N0TA 5HPQA 3KZGA 2H4IA 3SEYA 1D9VA 3K00A 3KBRA 2I4BA 4LATA 3G3HA 2O51A 1SW5A 4YZZA 4LONB 3TFLA 4BDQA 3BFUA 1ZLQA 3S9NC 3IOUA 3PUYE 3B6QA 5I57B 2ALUA 4GL0A 3VVFA 5FHOA 2XXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MH4A 1OVTA 1ZIUA 3RY3A 4N6DA 5LDZA 3CFXA 1NMUA 3RLFE 5JK4A 1ZMGA 4P1LA 3EPEA 5J1DA 1B1XA 1SW1A 2B4LA 2OBGA 1NV1A 4F2OA 4P56A 1IQ7A 3M3FA 1VSOA 4U23A 4NN3A 4OEUA 2I6EA 3U94A 4KI0E 2VD3A 5EQ7A 4ZECA 4P47A 1NV0A 3HCQA 4PAKA 3D1RA 5I58A 2KQZA 3HO7A 1SBPA 3IO6A 1B5HA 1B4HA 2QS1A 2PT2A 3IAZA 2XXHA 1T0KA 4DZ1A 4C1TA 2G29A 3FVOA 5AE4A 3KG2A 4PAFA 3RPLB 3VXCA 1HSEA 4X8RA 4I8CA 4XTCQ 1URGA 5IZ3A 2Z8FA 3M3LA 3K6UA 1EZ9A 3OEMA 1SYHA 3G7WA 2XWVA 3IJOB 4GIZA 1B7HA 3N6TA 2DE2A 4GF8A 4DLDA 2AYSA 3R7XA 2OWTA 1OLAA 4C0RA 1CNQA 5FTHA 4NQ8A 5I2KB 2PYYA 3Q27A 1JP4A 1NNPA 4EUOA 1B7UA 5ET8A 2Q74A 2BJJX 5J16A 3E9XA 4G68C 4NF6A 1ELJA 4XKPA 1I69A 1RYOA 3IB0A 1N3XA 1D9YA 4QRZA 2XXIA 1R1NA 5IZZA 4ESXA 5H8FA 3C35A 2F36A 1OVBA 3B6WA 5KCJB 1XOCA 3G3IA 5EYFA 1LBWA 3KOTA 3TELA 3UORA 5IAIA 4RK9A 1IXHA 2V3TA 2RCBA 2V4CA 3MQ9A 3SEUA 1SI1A 4IGTA 4U1ZA 4YMBA 4ELPA 2P3NA 3EKIA 1JEUA 1FW0A 4DIGA 1H43A 4JXIA 1B6HA 1AMFA 3UIFA 1NNKA 4N91A 5M2VA 1SW2A 2WYPA 4TQUQ 1EZOA 3O66A 4BDRA 1Y3QA 4U4XA 5H8NB 3DP8A 1LBBA 3P7IA 2OK2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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