1T0KA

Joint x-ray and nmr refinement of yeast l30e-mrna complex
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Joint X-Ray and NMR Refinement of the Yeast L30e-mRNA Complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
source organism Escherichia coli
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*C)-3'
total genus 104
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA01
1MXXA 3Q26A 2F7CA 3C32A 1SI1A 1URDA 3K6UA 4I9DA 2F97A 2QPQA 3T9UA 1CB6A 1MY0A 1TT1A 5FHOA 4KHZE 1B4ZA 3DM0A 3IJXB 4P0IA 2Q9TA 3R6UA 3T96B 1S9TA 1P1UA 3S9MC 2NOOA 3PGFA 5EHSA 1O63A 2NVUB 4OXVA 4PFUA 3IJOB 1QUKA 3LR1A 4RXLA 3MVXA 3PV0E 1DPPA 1MPDA 1ATGA 2Z8DA 3FXUA 3HV1A 5I59B 5TP9A 5CBRA 3SDFA 3ECRA 3ONMA 3RQTA 4Z7EA 4RPNA 5JTYA 1FQBA 2P0SA 3H6TA 5CC2A 2Q2AA 4F22A 3TZAA 4OEUA 3H6UA 4LATA 4DE8A 1JETA 1P1NA 3U94A 2RC7A 4F39A 2Y7KA 3IAZA 3KN7A 4L17A 4F29A 2F35A 2XXIA 3UN6A 2VHAA 3PD9A 4G8HA 1VFDA 4ZE9A 3MP1A 2Z8FA 3Q28A 1MXZA 2VOZA 2BJJX 3AXFA 4HW8A 4TOZA 4ELRA 2FYIA 4GL8A 1VFEA 2O69A 1LCTA 2B65A 2R6GE 4ND9A 1SYHA 3T93B 4KR5A 3V83A 4IO2A 4ZS9A 4GQOA 2DE3A 3VVDA 3GXAA 5I56A 1B7ZA 4H5GA 1S50A 3C35A 3CSBA 3M3KA 1JEUA 1FW0A 1R1NA 4QFNA 3IO6A 3JYRA 4M4GA 1JW4A 5DEXA 1N0TA 1H3DA 3WAFA 4ZEBA 3JV9A 3B7DA 4EXKA 2H99A 2ALUA 3FUZA 1Y3PA 3A3CA 1B1HA 1MH3A 3RTFB 4U23A 5KDTB 4G8MA 1M5CA 4QSEA 2ONRA 4XXUA 5DTBA 4NEDA 3PMWA 3UGWA 2G93A 1LLSA 4H8IA 1ZJLA 4E0XA 3OO8A 5KCJB 4DDDA 1Z7NE 2PBWA 1ZIUA 4YKKA 1NNTA 1XS5A 3OSRA 1TFAA 3MJNA 4G68A 3RLFE 3O29A 1IXGA 4YKJA 2H98A 2Y7IA 4OEVA 1FQCA 2HZLA 2V84A 1O64A 3K1PA 4IO3A 2F78A 4OWDA 4WEPA 5I58A 3MVZA 2AL5A 1MXUA 5CMBA 3FGSA 1MY4A 3LSLA 2O68A 5H8QA 4O3BA 1JVXA 1LB9A 4EQ7A 1NMUA 4POXA 1SYIA 2XX9A 4NF4B 1MQJA 4YB7A 1R6ZA 1PB9A 3FXRA 5H8HB 1LAHE 5CBSA 3TKDA 1POY1 3O2AA 1LAFE 4R9GA 3PMVA 2H9BA 5H8FB 3B6WA 3O66A 5DVJA 2QS2A 2XX8A 1LAGE 1NNKA 3G3HA 4WXJA 1CE2A 2ZYKA 1Y20A 3PUVE 4I62A 1NKXA 2ZXTA 1POTA 3FV2A 2QJEA 4H5FA 3IX1A 3KSJA 3V89B 3O97A 3MZ9A 2B3BA 4KFQA 1M5EA 2Q88A 3T66A 2DQVA 2QSXA 2AL4A 2XXRA 4Q30B 3VXCA 5L9OA 4OVJA 3EF7A 2UVJA 1UIVA 2A5TA 2RCAA 4MBPA 4C1TA 5JK4A 4ECFA 1PB7A 3M8UA 2ANJA 3VLUA 3VE1B 3W9VA 3G3IA 1Y3NA 1PDAA 1LBBA 2DYXA 4XKPA 4YMBA 3VVFA 1SBPA 2DWIA 3K1NA 3EPEA 4Q5TA 5IKBA 3A3UA 4OYVA 1M5FA 4FJPA 2PT1A 1IEJA 2GHAA 3C9HA 3M3LA 4RPOA 3HCQA 1AIVA 4FIMA 1SI0A 1A7LA 3EHSA 4QSCA 4THIA 1Y4CA 3ODBA 5J1DA 5H8NB 1URGA 3TCHA 3HO7A 2AIXA 3E3KA 5CM6A 1F9BA 2F34A 4G68C 4ZDMA 5FTHA 1JQFA 4R73A 3E4RA 5EYFA 1A55A 3V5AA 3MPLA 1NFTA 1UTHA 1YTVA 3H7MA 1N84A 2I4BA 1O7TA 4RJZA 3TTMA 4ELOA 4YB5A 4ISUA 5ICTA 2V93A 5FHNA 4ZEFA 4NWCA 3QYTA 3SESA 2ZYNA 1QUIA 2REGA 3EHTA 3M3FA 1A99A 3LC8A 1H44A 1MY3A 3CG3A 3FZVA 2OCUA 4MH5A 4Q8RA 4QSDA 3BBRA 1NNPA 2OWTA 4R74A 5F7VA 1ZTYA 3CI8A 3D4CA 4DCYA 4FAJA 5L8DA 1EZOA 3FIRA 3KGCA 4GXSB 4QFOA 1LSTA 2XHDA 3U8QA 2AYSA 2HFBA 2P2AA 5FTIA 1B05A 3IB1A 1IZ1A 1IIWA 5I2NB 1B32A 1N04A 4ZZAA 1AH5A 2XXWA 3IR1A 2CZLA 4NF6A 4XTCQ 1LFGA 1B0LA 1B7UA 1LBCA 3CG1A 1IQ7A 3FJ7A 3PUZE 4OTEA 5I57A 2HAVA 1YCJA 4F3PA 2YJPA 3PUYE 3RUMA 1KWHA 2M8CA 3B6QA 2I0CA 4BDNA 4RYAA 4HS7A 3SETA 1P99A 3U72A 3TODA 3WAEA 2GFEA 5ELVA 4NF8A 3OENA 4BDLA 1OQGA 3P7IA 5ICQA 5ITPA 2HCAA 4LONB 4ESXA 4R2BA 3VXBA 2XD2A 3G7WA 2ZMBA 1A8EA 2E0SA 3IB0A 2Y7PA 3Q27A 1RKMA 1A8FA 3UORA 1OQHA 3THIA 4P11A 2I3WA 1N7XA 4N6PA 4U4SA 2X7QA 3ZKLA 1B40A 3TDJA 4H8JA 3HPIA 3VDFA 4GXAA 3R26A 4IO4A 4BDRA 1M5BA 3TPAA 1H45A 1VSOA 4WKMA 5KZTA 5AA1A 4FATA 1LB8A 4WEDA 4U1ZA 1Y3QA 2W7YA 2Q8JA 5TP9B 2D5WA 3S4UA 3MZBA 1OVBA 1LFHA 3OO6A 5JTYB 1XC1A 4RNSA 3TMGA 4JXIA 3H3GA 3A09A 2G29A 3MP6A 4LZ7A 3MAMA 4ELQA 5CMCA 5AA2A 4RK9A 1SVXB 2V3QA 4YB6A 2OBGA 4QFKA 3CRBA 3D4GA 4LZ5A 3PUWE 1AL3A 3H03A 2A5SA 2QS4A 4QHQA 3KOTA 4F3BA 4NWDA 2O7UA 2ZYOA 5BWJA 1EZ9A 5TPAA 5FHMA 3VLWA 1GVCA 4G4PA 1WDNA 4U1OA 3T9HB 2R9JA 3L6GA 3SEWA 5CMKA 1XVYA 4DXUA 2F36A 1ELJA 2RF1A 4ONYA 2HZKA 1Y1ZA 4KYSA 2ZYMA 3R7XA 2I48A 3E9XA 3VVEA 5I56B 2RINA 1B3HA 3G3KA 1BIYA 1DOTA 5K2YA 2F8DA 4G2ZA 4IO5A 1Z7ME 5HBCA 2HAUA 3TQLA 3U93A 1VE4A 5DEXB 1BLFA 3F11A 4ZECA 1UTBA 4R6HA 1B46A 4KI0E 2O84X 4I1DA 3KZGA 1FTOA 3CR9A 3C34A 1II5A 3MP8A 4YZZA 3N94A 1MXYA 3KG2A 2DXYA 1DMBA 1FTMA 1LAXA 3KN8A 4O3AA 2DVZA 2X7PA 4MLQA 1B58A 1TXFA 3V8XB 5BUUA 4NMYA 1FQFA 4Q0CA 1YPNA 2ESNA 4OFJA 2FA7A 2V25A 1ZU0A 3LSWA 3FJMA 3TEPA 2CMOA 3TYHA 2DSFA 4F2QA 4G68B 3IL1B 3PPQA 4HTGA 4QFPA 2VD3A 3FXQA 3UP9A 5I58B 2XXVA 1M5DA 1B3LA 5H8QB 3TFLA 5KCJA 5DVIA 5IAIA 4LA9A 3VFJA 4F3GA 3OMBA 3KJ7A 1IXCA 1AOVA 2H4IA 4G8NA 2V3UA 2F7AA 2DOJA 1SQYA 3IOVA 2F6PA 3H6VA 3FJGA 3KN3A 1B9JA 4EDPA 5HPQA 3SERA 1QW0A 3K0VA 4DCXA 1B2HA 1LFIA 1MXVA 2A5TB 1NL5A 3ZKKA 4YAHX 3OEMA 3RGYA 4G77A 4ZE8A 4JWYA 1PEBA 2B3FA 3K02A 2THIA 3IORA 1Y9UA 5H8SA 4LQ2A 2UYFA 1SW1A 4MF3A 4KD5A 5K2XA 3IB2A 1B51A 4IO7A 3BFUA 1MQHA 2NUVA 4P0GA 3SEXA 4E0WA 4RA1A 1B3EA 3KEIA 1USYH 4X1BA 4R75A 1ZKBA 2OWSA 4ELPA 1OVTA 5A5XB 2DS9A 1A40A 2XXQA 4FORA 4EQBA 1URSA 2PYYA 3I3VA 3GBBA 2HQ0A 4DZ1A 1MM7A 3N5LA 3ZSFA 1D9VA 3RNNA 1PB8A 4R9FA 3QIMA 1SW5A 4XIGQ 3U1OA 5JEIA 2Y84A 1I69A 3LUYA 1B7HA 1FTJA 1MM6A 2O1LA 1MH4A 3HHGA 2Y7RA 1H76A 1JW5A 4F31B 1JVYA 3T22A 5H8NA 4QRZA 1GGGA 5I84A 3RN8A 4YU0A 2XD3A 3G3FA 1PBPA 1FQDA 4OMBA 4NF5A 4KPTA 3SKPA 1Q35A 4KQPA 1B6HA 1NH8A 4KYDA 1WODA 4XKRA 1A54A 1B4HA 4PFYA 4DLDA 4JB7A 4PQJA 1MS7A 1QKBA 2VP1A 5TU0A 5I2KA 4O3CA 4FE8A 3FVOA 3IOTA 2QS1A 3LSFB 3N6TA 3MWBA 4NF6B 5B70A 2DVCA 3UIFA 3TCGA 4H67A 3K6XA 1UQWA 1OMPA 3KSXA 1MQDA 4BDOA 3RT8A 3O6HA 3DELB 2I0BA 1I6QA 3IO4A 5CRYA 1QULA 3PPOA 3IOWA 1ZBMA 3KJTA 2Q2CA 4OHNA 5I57B 2LAOA 1EZPA 4JBZA 1EU8A 4OENA 3CSGA 5F1QA 5L9SA 2ZNSA 3TCFA 4OZ9A 3ILTB 4EF1A 5I2NA 1LCFA 3TTNA 1BKAA 2V3TA 3PU5A 4GLIA 3JZJA 4DIGA 5LOMA 2DP8A 4POWA 3SEYA 1JNFA 3K1MA 3U92A 4NF8B 1UIUA 1Y4TA 1MRPA 1PBQA 4GF8A 3K2DA 1RYXA 3MVYA 5HM4B 1GV8A 2ZNTA 3CFLA 2F5XA 4LUBA 1B5JA 3GBAA 4U21A 3MBPA 4NE4A 4H65A 3C4MA 2UVHA 3CFXA 2DXRA 2HXWA 4GWOA 3QUJA 3CFZA 4OFLA 1BTJA 1B3GA 2DE2A 3IK6B 4NTLA 4UACA 5AA4A 3W15C 2H5YA 5M2VA 5EHMA 1FCKA 3MUQA 5B7DA 2REJA 4IGRA 2XX7A 2O51A 3ZS6A 3UA8A 2IEEA 2XXUA 2VGQA 2HEUA 1P1OA 2X26A 4ZEKA 1FTLA 5AA2B 4AQ4A 4Z0IA 2E1SA 4H1XA 1NH7A 3E13X 2D21A 2Z23A 4IB2A 3G3JA 3K6WA 3SEUA 3N26A 1SDXA 3HN0A 2Z22A 3OO9A 2PVUA 1MPCA 3QK6A 1MY1A 2D3IA 5TPAB 3QUFA 1IUDA 1ZLQA 3MC2A 3L6HA 4GFRA 5I59A 3MQ9A 3FD3A 4EUOA 2DWJA 3PPRA 3T9VA 3O6GA 1T0KA 1B1XA 3O9PA 4N13A 3O6IA 4HCWA 3OEKA 3DP6A 1WVJA 4PFTA 4BDMA 2DWAA 1HSEA 2I4CA 2UXAA 2P1SA 1TWYA 1B52A 2Y7WA 2NXOA 4X9TA 4JSDA 3QAXA 3VLVA 4U4XA 3TTKA 1UTBB 4FEDA 2OLBA 4JSOA 4BDQA 1VR5A 1TFDA 4IGTA 3UK4A 2PX1A 4FECA 3HSTA 2IA4A 4F1VA 1N3XA 5ISUA 3RPWA 2YPNA 2XXXA 3OSQA 4I8CA 3LSXA 3Q25A 4QF9A 4JWOA 1B5HA 1S7YA 4F18A 1D9YA 1MQGA 2KLFA 3DP8A 4IY5A 1DSNA 3TUSA 1ANFA 1MY2A 1USYE 2GH9A 4OESA 3OXNA 4YKIA 1IITA 4GIZA 4F2OA 3FV1A 5KDTA 4LQ5A 4DXBA 3FVNA 2UVGA 4C0RA 1Q1KA 4K3FA 4ZZEA 1FTKA 4ZEIA 2QMWA 4F3SA 4TLMB 4TQUQ 4N07A 1MG1A 4YMAA 4M1VA 4QFLA 2ZNUA 4EXLA 2XXYA 2DWHA 1OLCA 2I3VA 3EQ1A 1P1QA 2ONKE 1QVSA 3BKIB 3QSLA 2OK2A 4R72A 3H06B 2GRVA 1SW2A 3MPKA 1L5TA 3T9XB 1SD3A 3GZGA 2Q89A 3DP4A 4GRKA 4DXCA 3IOUA 3ILUB 1OIBA 4NF4A 1B3FA 4PFWA 1EH3A 4PETA 3K01A 5H8HA 1JEVA 3S9EA 3HHFA 1XVXA 1J1NA 3MZ1A 4JWXA 1MXWA 5H8FA 4OFOA 4EF2A 3FVGA 3K6VA 1US4A 1BP5A 2O7IA 1YAEA 2Z8EA 4PP0A 4YKPA 4F1UA 5CMMA 3QXMA 4ZEDA 2XXPA 2PMSA 4GL0A 3OELA 4FEBA 1HSJA 2YLNA 4JDFA 2RC9A 5DYHA 1PC3A 3C33A 3RY3A 3RTWB 1DPEA 3PUXE 1Y1MA 1D3KA 3B6TA 2H25A 2ABHA 3TQWA 2I58A 1AMFA 4YICA 2OZZA 3S9NC 1GTKA 2WKYA 3CVGA 4H0WA 3W9WA 3I6VA 4IY6A 1B5IA 4GOTA 2XXHA 1DTGA 3PD8A 4OETA 3H4ZA 1I6AA 3C31A 2F7BA 2O1MA 4H6DA 4F1YA 2DE4A 4R6KA 1UTHB 4OQOA 3PMXA 4R6YA 3OOAA 3MW0A 5L9MA 4X1DA 1QUJA 5A5XA 4LZ8A 4NF5B 3KOSA 2GHBA 3TELA 3EN3A 1FQEA 1MQIA 4BLAA 1N3WA 3FATA 4OERA 1P1WA 1IXHA 2UYEA 4RY1A 5AA3A 4C1UA 3Q29A 2RCBA 3RT6B 2O6AA 3GLBA 1QKAA 5DVFA 5I2KB 1QJMA 4UA8A 1XHYA 3H6WA 4AB5A 4KYEA 4KCDA 4F19A 2FNCA 4MFIA 4LP2B 3OO7A 3N6UA 4RK2A 1XT8A 1JW1A 4GVOA 4KCCA 3FASA 2OJTA 4R2FA 3TAJA 2XXTA 3PPPA 3SEVA 3KBRA 2UVIA 3I5OA 3S2VA 3K00A 3MVWA 4XKQA 2QL3A 4U2RA 3VV5A 1NNFA 1R9QA 1DTZA 3USDA 2RC8A 1N76A 4ESWA 4HCYA 5AA2D 4TLLB 3O28A 1MPBA 1GR2A 1US5A 4MLVA 2ONSA 2VD2A 1IXIA 1XOCA 2QS3A 2NWJA 2RKMA 1N7WA 1OLAA 5ITOA 5DT6A 2QMXA 1HSLA 1I6BA 1LGBC 1B0HA 3G3GA 2F6GA 3TTRA 3BFTA 3EHUA 3CIJA 3C36A 4IO6A 3OD7A 2PT2A 3KFMA 5AA4B 4X48A 3K4UA 3TTLA 3PPNA 1ZMGA 3S9LC 4LVQA 4EQ9A 1R9LA 4AB6A 4XKNA 1D4NA 2QRYA 4GD5A 5CI5A 1MDP1 4PE5B 2I6EA 3FVKA 2R71A 1FQAA 1H43A 1SW4A 2I49A 1RYOA 1MDQA 3LBSA 4U22A 5AE4A 3DLNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K9ZA 1MXXA 3Q26A 2F7CA 3C32A 1SI1A 1URDA 3K6UA 4OANA 4I9DA 1FPBA 5T3JA 2F97A 2QPQA 3T9UA 1CB6A 1MY0A 5F24A 1TT1A 5FHOA 4KHZE 3E79A 1B4ZA 3DM0A 3IJXB 4P0IA 2Q9TA 3R6UA 4NG7A 4JVCA 3T96B 1S9TA 1P1UA 3S9MC 2NOOA 3PGFA 5EHSA 1O63A 2NVUB 4OXVA 4PFUA 3IJOB 3NOHA 1QUKA 3LR1A 4UABA 4RXLA 3MVXA 3PV0E 1DPPA 1MPDA 1ATGA 2Z8DA 3FXUA 3HV1A 5I59B 5TP9A 5CBRA 3SDFA 1FJ6A 1EYJA 3ECRA 3ONMA 3RQTA 4Z7EA 4RPNA 5JTYA 1FQBA 2P0SA 2P3VA 3H6TA 3IFCA 5CC2A 2Q2AA 4F22A 3TZAA 4OEUA 3H6UA 4LATA 4DE8A 1JETA 1P1NA 3U94A 2RC7A 4F39A 4N17A 2Y7KA 3IAZA 3KN7A 4L17A 4F29A 2F35A 2XXIA 3UN6A 4MNCA 4IR8A 5ET6A 4NX1A 2VHAA 3PD9A 4G8HA 1VFDA 4ZE9A 3BIHA 3MP1A 2Z8FA 1FTAA 3Q28A 2OX3A 2VT5A 5LTCA 1MXZA 2VOZA 2BJJX 3AXFA 4HW8A 4TOZA 4ELRA 2FYIA 4GL8A 1VFEA 2O69A 1LCTA 2B65A 2R6GE 4ND9A 1SYHA 3T93B 4KR5A 3V83A 4IO2A 4ZS9A 4GQOA 2DE3A 3VVDA 3GXAA 5I56A 1B7ZA 4H5GA 1S50A 3C35A 3CSBA 3M3KA 1FBFA 3IFAA 1JEUA 1FW0A 1R1NA 4MJOA 4QFNA 3IO6A 3JYRA 4M4GA 1JW4A 5DEXA 2MKZA 3SZPA 1N0TA 1H3DA 3WAFA 4ZEBA 1DBZA 1BK4A 3JV9A 3B7DA 4EXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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