1T0KA

Joint x-ray and nmr refinement of yeast l30e-mrna complex
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*C)-3'
publication title Joint X-Ray and NMR Refinement of the Yeast L30e-mRNA Complex
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 104
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA01
2UVIA 3IOVA 2H5YA 3V83A 4GL8A 4KYDA 3M8UA 1UTHA 5H8HB 2QMXA 4HCYA 1P1WA 3V8XB 3GXAA 1FW0A 1BKAA 1UQWA 3TDJA 4TLMB 3A3CA 1B3GA 3O28A 4H67A 2RC8A 3C31A 3F11A 4U21A 4DDDA 2X7QA 1QKBA 3FUZA 3MBPA 3OO9A 5J1DA 4ESXA 1NFTA 1POY1 2W7YA 1B6HA 5I2NB 3H7MA 1MQGA 2WKYA 3RQTA 3BBRA 2XX8A 1HSJA 3PMXA 4TQUQ 4LQ5A 2F6PA 4XTCQ 1O7TA 2VD3A 4AQ4A 3HHGA 1H44A 1YCJA 1MY1A 2QS3A 4RA1A 3TUSA 4YKPA 4RXLA 4OFJA 4DZ1A 2DE3A 4KD5A 3ZKKA 2I49A 1M5CA 3I5OA 3CRBA 4JSDA 1Z7ME 1SDXA 4JWXA 4ZEIA 2F78A 1NH8A 5FHNA 2Q89A 3U94A 1B3HA 3OO6A 2R9JA 3R26A 4YZZA 4RPNA 3H06B 3UP9A 3MZBA 2XX7A 3RY3A 2Q9TA 3K4UA 3FV2A 1WVJA 3C32A 1A8FA 1MXVA 3C36A 4EQBA 4F1YA 4ELOA 4OYVA 4ZEBA 1MQIA 2XXYA 3SESA 4EUOA 1Y9UA 4QSEA 2ZYMA 4QFNA 3G3FA 1Y1MA 1Q35A 4OZ9A 2PVUA 2I48A 1UTBB 3O6IA 4U4XA 4L17A 1NNKA 2HEUA 1US5A 1B5JA 2ABHA 3IL1B 4JBZA 2PBWA 2REGA 3TKDA 3K02A 4H6DA 1YTVA 2Z8EA 3CG3A 3IORA 1OLAA 1N7XA 2O51A 4ZS9A 3PD9A 4RNSA 3DLNA 1SQYA 3K1PA 2OCUA 1B5HA 4QFPA 2O7UA 4E0WA 2D5WA 4GL0A 1B40A 2AL5A 1B2HA 3H4ZA 1P99A 2Q8JA 4TOZA 1FTMA 4HTGA 1B46A 4H0WA 4LZ7A 1LB8A 1BIYA 2ESNA 5I2KB 3HSTA 3E9XA 3FJGA 4ONYA 4OFOA 1B7HA 4M1VA 2QMWA 2UYEA 2OZZA 2XD2A 4GOTA 5DVIA 1Z7NE 1D9YA 1N0TA 3CVGA 1S50A 2Y7RA 5CRYA 4M4GA 4Q5TA 1A54A 4MLQA 5K2YA 4IO5A 4FAJA 2AYSA 1J1NA 3VE1B 2D3IA 1B5IA 3QSLA 3R7XA 1TFDA 5TP9B 4JWYA 4IO7A 4DIGA 4G68B 4BDLA 3G3KA 1A7LA 5KCJB 1L5TA 3K2DA 3IB0A 3P7IA 3MP6A 5CMMA 4N13A 2FYIA 2RCBA 1Y4TA 2B3BA 4ELQA 3KOSA 4BDRA 2F6GA 5H8QA 1LFHA 1PBQA 1FQAA 1XT8A 4IO4A 3K01A 2O1LA 4P0GA 1LGBC 4N07A 1SW1A 2ZNTA 1QJMA 3Q25A 2VP1A 1PC3A 2PX1A 3SETA 5CMCA 1B05A 4OESA 3MVWA 1B52A 3L6HA 1ANFA 3WAEA 2ZMBA 4HS7A 2XXQA 1MXXA 1GV8A 1LLSA 5JTYA 1JW5A 5CM6A 1PB9A 4PFYA 1I6QA 1MPDA 3RNNA 2I0BA 4ISUA 1TXFA 1XVXA 3FV1A 4OFLA 4IB2A 3MP1A 1LCTA 5ICTA 5EHMA 4I8CA 2O7IA 5BWJA 2XXVA 3BKIB 5H8SA 5CBRA 4O3BA 4R6YA 5ITPA 1IEJA 1EZ9A 1SD3A 1XC1A 3D4GA 2G29A 2RKMA 3K0VA 3OD7A 4F1VA 1Y3NA 5AA2B 1EU8A 2PMSA 3OMBA 4ZE9A 1JQFA 3H6WA 1Q1KA 4NF5A 4XKQA 4KPTA 2DVCA 1P1QA 1AH5A 1Y20A 2RC7A 2HXWA 4WXJA 1XHYA 4GD5A 4YB5A 4XIGQ 5DTBA 4G4PA 5F7VA 4YB6A 3FVNA 2NXOA 3KBRA 4KCCA 1D3KA 4PP0A 4NF8A 4GLIA 1A99A 4BDNA 2F34A 4LVQA 4DXBA 3FASA 4PFUA 3TODA 4G2ZA 2I3WA 4P0IA 1AMFA 5H8HA 4ZZAA 3TMGA 1N04A 4OHNA 4POXA 2DOJA 5HBCA 2F97A 3T93B 5KDTA 4GF8A 2I3VA 4P11A 5H8FB 5FTIA 3O29A 2Q2CA 4PETA 3KG2A 4MH5A 1MRPA 3SEWA 5CBSA 5I2NA 4EXKA 4BDMA 2BJJX 1ELJA 3C4MA 3VXBA 1IXGA 4F22A 4XKPA 2REJA 1WODA 2Z23A 5EYFA 4IY5A 3USDA 4THIA 4U4SA 3RLFE 5I56B 4NF4B 1MH3A 2NVUB 3EHUA 3TAJA 2THIA 1BTJA 2IA4A 3H6TA 4QRZA 4ZZEA 3PUVE 4KCDA 5I59B 3DELB 4EF2A 3MP8A 2DQVA 2NWJA 2GHBA 3Q28A 5I57B 4FEBA 1VFDA 1UIUA 2IEEA 3LSWA 1MH4A 1LBCA 3FZVA 3IJOB 5BUUA 1VR5A 3B7DA 2XXHA 3VVDA 3EHTA 1BLFA 1ZKBA 4R2BA 4R2FA 3KFMA 2X7PA 3UN6A 3DP4A 3K6UA 4WEDA 3SEYA 4F3BA 4BDQA 1MXUA 3SKPA 3IOTA 3CFXA 1UTBA 5DT6A 1ATGA 3TYHA 3ILTB 4G8NA 1P1UA 2P2AA 2Z22A 2Z8FA 3C33A 4Z0IA 4GRKA 2DXRA 3EN3A 3LBSA 3PPQA 1FTLA 2AIXA 3A09A 3MW0A 1Y4CA 2B3FA 5AA4B 4Q8RA 3TZAA 4QF9A 1GTKA 3TQLA 4O3CA 4DE8A 2DWJA 3RGYA 4LONB 1A8EA 1WDNA 1M5FA 4UACA 3FGSA 1GGGA 4LQ2A 2PT1A 3UORA 1DOTA 2XXUA 5ISUA 5I2KA 1LAGE 2GFEA 1URSA 1MPCA 3FD3A 4O3AA 4F1UA 5HM4B 1OQHA 4EQ7A 2P0SA 2XXIA 4LATA 4G77A 2QRYA 3U72A 4ND9A 1PEBA 5L9MA 4AB5A 1OVTA 1PDAA 1II5A 3KOTA 4H1XA 1JETA 1FTKA 3I3VA 4H5FA 2AL4A 3TTLA 5TP9A 3IOWA 1PB8A 2F7BA 4G68A 3OOAA 5KCJA 2DXYA 3MJNA 3BFTA 1O63A 2O69A 3O6HA 1NNTA 1S7YA 2OWSA 4OXVA 4MF3A 5B70A 2HCAA 4C1TA 1IXHA 3JV9A 2DSFA 1P1NA 3LUYA 2RINA 2YPNA 2Y7PA 3U8QA 4JWOA 1OQGA 4LUBA 4YKKA 4R75A 5TU0A 4ELRA 3KN8A 3N6UA 4R72A 2I58A 1TWYA 4OWDA 1QUJA 4GFRA 3O66A 2OWTA 4Q0CA 4H8IA 4G68C 3MZ9A 1M5EA 2CZLA 5AA3A 1QUKA 5EHSA 3CI8A 2NOOA 4RK2A 1SVXB 3CIJA 1ZTYA 3CSBA 3EPEA 4G8HA 3PPOA 2ANJA 3KSXA 4GVOA 1AIVA 1LSTA 2VD2A 1SYIA 1B0LA 2E0SA 1B0HA 1US4A 3KEIA 3G3IA 1MQDA 4X9TA 3IO6A 4X1DA 4PE5B 1RKMA 4YICA 4QSCA 3VLVA 4OERA 1MPBA 2QPQA 1JW4A 2PYYA 1USYH 3FVKA 4DXCA 1FQEA 4MLVA 3FJMA 3ZSFA 2UVHA 3K1NA 1D4NA 3T9XB 3ECRA 3OEKA 4F31B 2E1SA 1Y3QA 3A3UA 5CC2A 2LAOA 4KR5A 1R1NA 3GBBA 3QUJA 4YAHX 1P1OA 3OO8A 2OK2A 4ZEDA 1QKAA 5L8DA 2A5SA 3M3KA 1ZU0A 1XVYA 4YMAA 1M5DA 4Z7EA 4IGRA 1MM6A 3IAZA 1B9JA 3RTFB 2V3TA 3PGFA 3TELA 1POTA 1OIBA 4POWA 2F8DA 3LSXA 1FQCA 1I6BA 3TQWA 5A5XA 4MBPA 4PQJA 4IO2A 2V3QA 3U1OA 2UYFA 5LOMA 1OLCA 4FJPA 4EDPA 1LFGA 4KYSA 3M3LA 1NL5A 4R74A 3S9NC 4R9FA 1R9QA 1SBPA 3CG1A 5H8FA 2H25A 3LR1A 1D9VA 5JK4A 1GVCA 3DP8A 3GLBA 3CFLA 1QULA 2RF1A 2Y7KA 2XXXA 2H98A 3PUYE 2QS4A 1XS5A 5I56A 4RJZA 1NH7A 2HAUA 2I0CA 4U2RA 4NF4A 3IO4A 4JXIA 1IUDA 4RY1A 2OLBA 4YB7A 3OSRA 1ZIUA 5K2XA 3RPWA 3SEUA 1SI0A 4JDFA 2D21A 3S9MC 3KSJA 3JYRA 3W9WA 3FVGA 4C1UA 5I59A 1USYE 3FJ7A 2FA7A 3C34A 1MM7A 4GXAA 4NTLA 4I1DA 3TTRA 5H8NB 4EXLA 5I57A 4F3GA 1IQ7A 1B4ZA 2Y84A 4KYEA 3T22A 1JEVA 2XD3A 5DEXB 4ESWA 3HHFA 1PB7A 1MXZA 4R6HA 3PUXE 4WEPA 1N3WA 1S9TA 1TFAA 3B6TA 3O9PA 5FTHA 5CI5A 4TLLB 2DYXA 3VVFA 2QJEA 4KHZE 1ZMGA 3K6XA 3THIA 4HW8A 2XXTA 2ALUA 2V84A 4OEUA 3IK6B 4LP2B 4U1ZA 1B1XA 1SW2A 2M8CA 1MY4A 2DWAA 2A5TB 3VXCA 1AOVA 1MY2A 4OMBA 4FECA 2O6AA 3AXFA 3Q26A 3E3KA 1EH3A 1LAFE 5AA4A 3SEXA 4ZDMA 3H03A 4R6KA 5HPQA 2HZKA 5DYHA 2HFBA 1A55A 1B3FA 4DXUA 2QL3A 2UVGA 3S2VA 4U23A 3ZKLA 4OEVA 1OMPA 4IGTA 5I58B 5DVJA 2QS2A 1F9BA 1JVYA 3GBAA 1Y3PA 5IKBA 2Y7IA 5KZTA 4RPOA 4QHQA 3MPLA 2ZNSA 3VDFA 1ZLQA 2XXWA 2FNCA 1N3XA 1SW4A 3UK4A 2F5XA 2ZXTA 4N6PA 1A40A 4YKJA 1RYOA 3L6GA 4GIZA 3T96B 5B7DA 1VSOA 4G8MA 1FQBA 2F36A 4NWDA 1MQHA 4ZE8A 2DVZA 3FATA 2H4IA 2O68A 4H5GA 5TPAB 2XXRA 2XX9A 4H65A 4R9GA 3KN3A 3OENA 3O97A 4EF1A 3FXRA 3PPPA 4F29A 4GXSB 1VE4A 1DSNA 4RYAA 5KDTB 3PMVA 4GQOA 3RTWB 3B6WA 4UA8A 4YMBA 5AA2D 4F39A 4NF6B 3G3GA 1IZ1A 1LAXA 5I84A 1LAHE 3K1MA 1RYXA 1MY3A 4QSDA 1B7UA 1AL3A 3CFZA 2O84X 1SW5A 3MVXA 2ZYNA 3QXMA 3MQ9A 5FHOA 4OETA 2YJPA 1SYHA 4X1BA 5CMKA 4LZ8A 4IO3A 4ZEKA 2VHAA 1LBBA 1IXCA 1MDP1 4KFQA 2KLFA 3M3FA 5L9SA 2ZYOA 3Q29A 1N7WA 4DCXA 3SERA 2DP8A 1JW1A 2OBGA 1ZJLA 1EZPA 4YKIA 2YLNA 3VLUA 4NE4A 4EQ9A 3G3HA 3HO7A 3S9EA 1JEUA 1YAEA 3FXQA 1R6ZA 2CMOA 1DMBA 3K6WA 2GH9A 2Y7WA 2I6EA 4I62A 3TCHA 4NEDA 4C0RA 3UGWA 5L9OA 1N76A 3PUZE 1UTHB 4F3PA 2VGQA 3R6UA 3U93A 3O6GA 3N94A 1B4HA 4GWOA 1NMUA 3H6UA 2B65A 4DCYA 2Q88A 3V89B 3KJTA 1DTZA 2QSXA 5IAIA 3RT8A 4FE8A 3MZ1A 4AB6A 2G93A 3FVOA 3G3JA 1B58A 3ILUB 4ZECA 3H3GA 1FTJA 4I9DA 2F7AA 2UXAA 2H99A 4XKNA 4KI0E 2HAVA 3OO7A 3CSGA 3C35A 3VV5A 3U92A 1PBPA 4U1OA 3C9HA 2ZYKA 1QVSA 3FIRA 4IY6A 5ELVA 3TFLA 1H43A 4PFTA 3JZJA 3WAFA 2Z8DA 4H8JA 2DE4A 4DLDA 4ELPA 1VFEA 3UIFA 2DWIA 3QUFA 3N26A 1MXWA 1MY0A 1I6AA 2ZNUA 4X48A 2XXPA 1XOCA 4MFIA 3O2AA 2RC9A 4F2OA 1B51A 1T0KA 2O1MA 1OVBA 2GRVA 1KWHA 3H6VA 5ICQA 3N6TA 4F18A 3ODBA 4IO6A 4OENA 3PMWA 4LA9A 1N84A 4U22A 4PFWA 5AA2A 1HSEA 2I4BA 3TTNA 1DTGA 3FXUA 3G7WA 4JSOA 2F7CA 2V25A 3W15C 1FCKA 1QW0A 2H9BA 2QS1A 2ONSA 2V93A 3PU5A 1B3EA 1TT1A 4FIMA 2HZLA 3I6VA 3KJ7A 3VFJA 5AA1A 1MDQA 4K3FA 5H8NA 4YU0A 3IR1A 3OEMA 4QFOA 3SEVA 5DEXA 3OELA 1IXIA 2DS9A 5JEIA 1M5BA 4FORA 1NKXA 3QIMA 3QYTA 3IOUA 3E4RA 3K6VA 3B6QA 4BLAA 3CR9A 3BFUA 2F35A 3W9VA 2OJTA 3IB2A 1LB9A 2HQ0A 3MAMA 1IIWA 2NUVA 3PD8A 2A5TA 3LSLA 2UVJA 3K00A 3VVEA 2ONRA 3TCGA 1LFIA 4KQPA 3TTMA 3TPAA 3MVYA 3LSFB 3MWBA 1GR2A 3T9VA 1HSLA 3S4UA 3HV1A 3Q27A 3KZGA 3E13X 4XXUA 3UA8A 1Y1ZA 1B1HA 1MS7A 4OQOA 4NWCA 4RK9A 1H3DA 5CMBA 1LCFA 3QK6A 2P1SA 5FHMA 2DWHA 2ONKE 5I58A 2R6GE 3SDFA 5H8QB 3QAXA 3MPKA 2X26A 2I4CA 1NNFA 3N5LA 1URDA 2RCAA 4QFLA 5DVFA 4F19A 4F2QA 1H45A 4WKMA 4FEDA 1H76A 4NMYA 1SI1A 2DE2A 5JTYB 4Q30B 4BDOA 3MVZA 1IITA 5A5XB 5TPAA 1R9LA 3RUMA 1EZOA 5ITOA 1UIVA 5AE4A 2Q2AA 3RN8A 4R73A 5F1QA 3EF7A 3IB1A 3PPRA 4JB7A 3DM0A 3T66A 1BP5A 3D4CA 3PPNA 3HPIA 1NNPA 1JVXA 3TEPA 1ZBMA 3MUQA 2GHAA 4NF6A 4E0XA 3LC8A 1CE2A 3GZGA 1URGA 1CB6A 1MG1A 3EHSA 2XHDA 1FTOA 4XKRA 3MC2A 3VLWA 3T9UA 1FQDA 3IJXB 1O64A 3IX1A 3S9LC 4ZEFA 3TTKA 1JNFA 4F3SA 4OVJA 5M2VA 4FATA 4HCWA 3EQ1A 1QUIA 1DPEA 3HN0A 2PT2A 4QFKA 4OTEA 3KGCA 3DP6A 1YPNA 4NF5B 1DPPA 3TCFA 3V5AA 3PUWE 3HCQA 2V3UA 1B32A 4ECFA 3RT6B 2R71A 4LZ5A 1B7ZA 1MXYA 3PV0E 3OXNA 1FQFA 3KN7A 1MQJA 3OSQA 4NF8B 1I69A 1B3LA 2VOZA 3ONMA 3ZS6A 3T9HB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UVIA 1INPA 2BJIA 3IOVA 3IFAA 2H5YA 3V83A 4GL8A 4KYDA 4PAFA 3M8UA 4NX1A 1UTHA 5H8HB 2QMXA 4HCYA 1P1WA 1FBEA 4FBPA 3V8XB 3GXAA 1FW0A 1BKAA 1FPJA 1UQWA 3TDJA 4TLMB 3A3CA 1B3GA 3O28A 4H67A 2RC8A 3C31A 3F11A 4U21A 4DDDA 2X7QA 3E78A 1QKBA 3FUZA 3MBPA 3OO9A 5J1DA 4ESXA 1NFTA 1POY1 2W7YA 1B6HA 5I2NB 4N8GA 3H7MA 1MQGA 4NG7A 2WKYA 3RQTA 3BBRA 2XX8A 1HSJA 3PMXA 4TQUQ 4LQ5A 2F6PA 4XTCQ 3D1RA 1O7TA 5IZZA 4KXPA 2VD3A 4AQ4A 3HHGA 1H44A 1YCJA 1MY1A 2QS3A 4RA1A 3TUSA 4YKPA 4RXLA 4OFJA 4DZ1A 1NV7A 2DE3A 4KD5A 3ZKKA 4MIJA 2I49A 1M5CA 3I5OA 3CRBA 4JSDA 2DDKA 1NV2A 4JWXA 1SDXA 1FPFA 1Z7ME 2F78A 4ZEIA 1NH8A 5FHNA 2Q89A 3U94A 1B3HA 3OO6A 2R9JA 3R26A 2GQ1A 5IZ3A 4YZZA 4RPNA 3H06B 3UP9A 3MZBA 2XX7A 4MX6A 3RY3A 2Q9TA 3K4UA 3FV2A 1WVJA 3C32A 1A8FA 1MXVA 3C36A 2XWOA 4OVQA 4EQBA 4F1YA 4ELOA 4OYVA 4ZEBA 1MQIA 2XXYA 3SESA 4EUOA 1Y9UA 4QSEA 2ZYMA 4QFNA 3G3FA 1Y1MA 1Q35A 4OZ9A 4MCOA 2PVUA 2I48A 5EQ8A 1UTBB 3O6IA 4U4XA 1FTAA 1YZ0A 4L17A 2P3NA 1NNKA 2HEUA 1US5A 1B5JA 2ABHA 2CZKA 3IL1B 5ET6A 4JBZA 2PBWA 2REGA 3TKDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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