1TFAA

Ovotransferrin, n-terminal lobe, apo form
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
KSVIRWCTVSSPEEKKCNNLRDLTQQERISLTCVQKATYLDCIKAIANNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYEHTEGSTTSYYAVAVVKKGTEFTVNDLQGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHRGAIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDPKTKCARNAPYSGYSGAFHCLKDGKGDVAFVKHTTVNENAPDQKDEYELLCLDGSRQPVDNYKTCNWARVAAHAVVARDDNKVEDIWSFLSKAQSDFGVDTKSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPSLMDSQLYLGFEYYSAIQSMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Alternative structural state of transferrin. The crystallographic analysis of iron-loaded but domain-opened ovotransferrin N-lobe.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
molecule keywords PROTEIN (OVOTRANSFERRIN)
total genus 100
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1tfaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1tfaA02
3KN8A 4OENA 4OWDA 1SW1A 2UVHA 3FGSA 3QIMA 2CMOA 1H43A 4OEUA 3FZVA 1WVJA 4MH5A 2H5YA 5I57A 1XVXA 1BTJA 3TMGA 3FJMA 4QSCA 1A99A 1RYOA 1XC1A 3EF7A 3RLFE 5DVJA 2QMWA 1LGBC 1SYIA 2ONRA 4FECA 5FTHA 3A3UA 4IO4A 3RQTA 5DVFA 2I4CA 1B3FA 3PMWA 4IO7A 5I2NB 4YMBA 4P0IA 5AA2A 3K1NA 1I6QA 4EXLA 1MPDA 3H06B 4EUOA 1B3GA 4LATA 4F29A 4YB7A 4HW8A 4RYAA 1MS7A 1LAFE 3TCGA 2O69A 2P2AA 2F35A 4WEPA 1IIWA 4YB6A 3HHFA 4UA8A 3LSWA 4C1TA 4NF8B 4DXBA 4YICA 2DE4A 3MVZA 3O6GA 4PFTA 3QK6A 5CMCA 4WKMA 1QUJA 1OVTA 4ZEKA 2NUVA 4FE8A 3LSXA 2I48A 1D9VA 1LLSA 2QSXA 1Y1MA 2OCUA 4M4GA 1LAHE 3KEIA 1QKAA 4BLAA 4RXLA 3CSGA 3TPAA 4U23A 1A8FA 2ZYOA 3OEKA 3BFUA 5CBSA 2UYEA 1JNFA 3MJNA 1N76A 1OLAA 5JEIA 3K6VA 1LBBA 3PUWE 3EN3A 2Y7PA 1I69A 5HM4B 4KYDA 1PEBA 1JVXA 3SEUA 3TTNA 1MQDA 3USDA 4GXAA 4IY6A 1IXIA 1PC3A 2PBWA 3VV5A 2NOOA 3T93B 3CI8A 2GRVA 2XD3A 1MH4A 3KSXA 4NF5A 1B5IA 3RUMA 1R9LA 3IOWA 3TTLA 2RINA 3V8XB 1LAXA 2CZLA 2DWJA 3PUXE 3Q29A 5L9SA 2Z8FA 1MM6A 1P1NA 2DYXA 1MXUA 1VR5A 4G68B 3V83A 3TKDA 1NNFA 3KN7A 3PPOA 1R1NA 2ZYNA 3H4ZA 3O29A 3B6QA 2QS4A 3EHUA 2I0CA 5ITOA 4ZE8A 2OWTA 1IXCA 4ZE9A 3K4UA 2D5WA 2I49A 2Q89A 3B7DA 4YU0A 1MDP1 3TZAA 1FW0A 1D9YA 1CB6A 2HZLA 4TLLB 3MP8A 2M8CA 1N3WA 4JXIA 2QS1A 4H5FA 3QUJA 3K00A 4F2QA 2XHDA 3S9LC 5KCJB 4EXKA 4ND9A 3H3GA 3MW0A 4NF6A 1NL5A 1CE2A 4LVQA 3N26A 4JWOA 3Q28A 1XS5A 2V25A 3PMVA 3KGCA 3TQLA 1N04A 3N6TA 2GHBA 1LCFA 4DZ1A 2QS3A 4PFUA 4K3FA 2UVGA 4MLVA 4H1XA 3DP4A 2LAOA 2VHAA 2O51A 1VE4A 2R9JA 3KOSA 2HCAA 1IITA 5A5XB 1BLFA 3SETA 3OEMA 4G68C 1IXGA 3TFLA 5FHMA 3S9MC 1EZ9A 2E0SA 3ILTB 3JV9A 2ALUA 3LBSA 4L17A 1P1OA 1SBPA 4RK2A 1MXZA 2OJTA 4YAHX 3VFJA 2VP1A 4R72A 3C9HA 1FQDA 1QULA 3TELA 4AB6A 1JEUA 4ELPA 2ABHA 3O2AA 1LBCA 4ZEBA 3T9VA 4NMYA 4F39A 4Z0IA 3FIRA 1FTLA 1DMBA 3W9WA 3PMXA 1P1UA 2FNCA 3TQWA 5KZTA 2BJJX 1A55A 4ELOA 3O9PA 1OQGA 1UIVA 4QHQA 5AA2D 4N07A 1FTOA 3G7WA 1SI1A 3IB2A 2UYFA 4U4XA 5KDTA 3FXUA 1LB9A 4AQ4A 4XIGQ 3M8UA 1YCJA 3T66A 1I6AA 3PPNA 3KOTA 1O7TA 1TXFA 4PFWA 4DE8A 4EF2A 4QRZA 1MG1A 3PUVE 3U93A 4XKPA 1D3KA 4F3PA 1GVCA 2Z23A 4IGRA 2F7AA 3MVXA 1M5FA 5ITPA 1AIVA 3AXFA 3RY3A 1Y4CA 3FATA 1MY4A 3GXAA 2Y84A 1QJMA 1NNPA 2O6AA 4OFJA 4JWYA 2UVIA 4EDPA 1N0TA 2Q88A 4R9FA 4ZZAA 1M5BA 2REJA 2B3BA 3K6WA 3WAEA 5AA1A 3PPPA 1PBQA 3U94A 4THIA 5AE4A 1B3EA 4ZEIA 1M5DA 4C0RA 3IK6B 1NFTA 1O64A 4PE5B 1N84A 1B6HA 1D4NA 2H9BA 1HSLA 3C32A 1B3HA 2F36A 3T9UA 2ZNUA 3MZBA 5AA2B 2RKMA 1QKBA 2V84A 4KYSA 1URDA 2ESNA 4OYVA 4IY5A 2IEEA 4BDOA 5I2KB 4I62A 1XT8A 5CBRA 3G3JA 3EPEA 4OHNA 5IAIA 4HS7A 1B5HA 2VD2A 1LAGE 5ICQA 5I59A 3MPLA 2O1MA 5H8QA 1NNKA 2Y7KA 4QFKA 4KCCA 4FIMA 3K01A 4G8HA 2RF1A 4FEDA 3RPWA 4OEVA 1P1QA 1URGA 3SEXA 3E13X 3K02A 4JSOA 3K0VA 3Q27A 1MY1A 2F5XA 3W9VA 2H98A 5L8DA 1OLCA 2THIA 2A5TA 1UTBB 4KYEA 4JBZA 4DCYA 4OVJA 3V89B 3V5AA 2DWAA 2AYSA 4ZEFA 3U72A 4ISUA 1DTGA 2QRYA 5EHSA 1S9TA 3GBBA 4EQ9A 3BKIB 1UIUA 1WDNA 2I0BA 3I5OA 1MDQA 4LQ5A 3C31A 3FVNA 1Y3NA 5TU0A 4ZECA 3CG1A 1DPPA 3HV1A 3RTWB 2KLFA 3Q26A 1A8EA 5I2KA 3KJTA 3PUYE 4NF4B 4NF5B 2XXPA 3OELA 1Y1ZA 2DE3A 2O1LA 1ELJA 4GWOA 3MP6A 5CM6A 1PDAA 1EU8A 1FCKA 4DXCA 2XX8A 1US5A 1BIYA 2P1SA 3IJXB 4I8CA 2OWSA 4BDLA 3MBPA 1XOCA 4U4SA 5H8SA 2PX1A 1WODA 4GIZA 3FUZA 2AL5A 1SW5A 3D4CA 3SESA 4N6PA 4GXSB 3H6UA 4QFNA 1UTBA 2IA4A 5CRYA 1UTHA 4DIGA 2Q8JA 3OO9A 1MXWA 4LQ2A 1ZBMA 4G8MA 4OESA 3O66A 2OZZA 3N5LA 4M1VA 1B51A 4JB7A 3C4MA 3E4RA 2G29A 4BDQA 1MRPA 2Y7WA 4H5GA 4OTEA 4BDNA 5FHNA 5DEXA 3TODA 4NF6B 4GF8A 1IQ7A 4GD5A 5AA3A 3G3KA 4NF4A 4Z7EA 1DPEA 2HXWA 2PT1A 3G3IA 2PVUA 3CFXA 3CFZA 4NWDA 3SDFA 1A40A 5I58B 1IXHA 1MXXA 4O3CA 1YAEA 3KZGA 3TTKA 3MPKA 3PD9A 3IOTA 1FQBA 2DOJA 3PV0E 2XXUA 3UP9A 1B9JA 4X9TA 3FD3A 4DLDA 2QS2A 1NH8A 1YTVA 3VDFA 4F22A 1AOVA 1SD3A 1ZTYA 5B70A 3VLUA 3I6VA 4H0WA 4ONYA 1SYHA 1R9QA 4G8NA 1EZPA 1LCTA 1MH3A 2NXOA 3C33A 4ZDMA 3A3CA 3T9XB 4MBPA 1B32A 1N7WA 1SDXA 4N13A 5JTYA 3CRBA 4BDRA 4ESWA 2XXHA 5ICTA 2ZXTA 1SW4A 1QUIA 3OOAA 3G3FA 1HSEA 5BUUA 5ISUA 4F1YA 2I6EA 2HEUA 1B46A 1B3LA 2XXYA 1USYE 1LFHA 2F8DA 3FJ7A 4R74A 4QFPA 2O7UA 1ZU0A 2DS9A 3CG3A 1IZ1A 2PT2A 4F1UA 5I58A 3KG2A 4NE4A 5KDTB 3MP1A 4GLIA 1LFGA 3SKPA 3O6IA 3FXQA 1MQHA 1JW5A 2Y7IA 2I3VA 4KCDA 4YKKA 1QW0A 2X26A 1ZIUA 1KWHA 3RGYA 1BKAA 1H76A 3IB0A 1IEJA 3TTRA 4OXVA 3DELB 2RC7A 1B5JA 2DVZA 2NVUB 2R6GE 4XTCQ 4GRKA 2XXWA 3MQ9A 4F18A 2UXAA 1UQWA 1F9BA 3ONMA 3QAXA 5J1DA 1AMFA 1B1XA 5ELVA 2I58A 4MLQA 2G93A 5AA4B 3HSTA 3QYTA 3VVFA 1GTKA 2X7PA 4HCWA 1B7ZA 1Y3PA 3VVEA 2ANJA 4YZZA 3PUZE 4ZEDA 4OFOA 2DVCA 5TPAA 3MWBA 4ECFA 1JQFA 4H6DA 2HAVA 3O6HA 1H45A 1BP5A 2V93A 3KJ7A 4EF1A 1TFAA 4H65A 4FORA 1MXVA 3K6UA 4EQ7A 5JK4A 3T96B 1FQAA 5K2YA 5LOMA 2R71A 2A5SA 3OENA 5I59B 1JW4A 5TP9B 5H8QB 3IB1A 4XKRA 1FQFA 3H7MA 4JDFA 3LUYA 3TTMA 4Q8RA 5K2XA 4O3BA 4HTGA 2XXTA 2V3QA 2H99A 5H8HB 3CFLA 3R6UA 1US4A 5CC2A 2O68A 4OZ9A 3B6TA 4G2ZA 1EZOA 1EH3A 2GH9A 3PPQA 3FV1A 2F7BA 5AA4A 1QUKA 2A5TB 1OIBA 5B7DA 4G77A 3EHTA 4R9GA 1OVBA 5CMMA 5L9MA 1S50A 3HPIA 4R2BA 3RN8A 3A09A 4WEDA 1Z7ME 2OLBA 3HN0A 2DWHA 3MZ1A 2F78A 4OQOA 4R73A 4PETA 3E3KA 4X48A 4NTLA 2VD3A 2QL3A 4RY1A 3IOUA 1DSNA 4YKPA 4MF3A 3N94A 3OMBA 1LSTA 1ZMGA 2DWIA 3HHGA 3M3FA 1Q35A 4FAJA 2DXYA 5TP9A 3DP6A 1FQCA 3THIA 3IOVA 4H67A 1NMUA 2Z8DA 4PQJA 3ZKLA 4I9DA 4ESXA 5H8HA 3ZKKA 3S9EA 1HSJA 1USYH 5CMKA 1XVYA 2OK2A 4R75A 1M5EA 1MXYA 2RCBA 1UTHB 5H8FB 1LFIA 1H44A 1SW2A 3UK4A 3IJOB 4H8JA 3TCHA 4I1DA 4KFQA 4ELRA 1NNTA 4U1OA 2FA7A 4Q5TA 2DSFA 3MVYA 4ZS9A 2QMXA 4RA1A 2B3FA 2F6GA 3FV2A 4U22A 3VLWA 2E1SA 2DXRA 3FASA 5DEXB 3WAFA 4NEDA 3B6WA 1B4HA 3CSBA 5CI5A 1DOTA 1OQHA 4ZZEA 3OO6A 1VFDA 1DTZA 4LUBA 1MPCA 4KHZE 3IL1B 3QUFA 3N6UA 2W7YA 4TQUQ 3F11A 4G4PA 3S9NC 1N3XA 1JEVA 3KFMA 3MAMA 4F3BA 3MUQA 3KBRA 2I4BA 1PB9A 5CMBA 1VFEA 4Q0CA 4QSEA 1MPBA 1MY0A 4X1DA 1URSA 1TT1A 3O97A 3IR1A 1TWYA 3VXBA 2GHAA 4POWA 5H8NB 4LA9A 2PMSA 3JZJA 3OO7A 3SEYA 1Y9UA 1AH5A 3UA8A 3FVOA 5H8FA 4YKJA 1B52A 1YPNA 4LZ8A 2O7IA 3PU5A 3OO8A 3H6TA 4P0GA 3CR9A 4UACA 4JSDA 4RJZA 1Z7NE 3UN6A 1B7HA 4OFLA 2F7CA 3RT8A 4F3SA 3QSLA 5JTYB 4RPOA 3R7XA 3K1PA 4POXA 1PB7A 5I2NA 3IAZA 1B05A 5DVIA 1B40A 3RNNA 3H6WA 3U92A 3K6XA 2V3UA 3EHSA 3K1MA 4JWXA 4NWCA 2DP8A 4GL8A 1FTKA 1PBPA 4RPNA 2REGA 1SVXB 1XHYA 4KPTA 2B65A 4OETA 3VXCA 4FATA 3T9HB 3H03A 1R6ZA 5I84A 1MY2A 4R6KA 3BFTA 3FVKA 3VLVA 2GFEA 1MQGA 4YKIA 1OMPA 1ANFA 4QF9A 4NF8A 3KN3A 4IO6A 3IX1A 4LONB 3U8QA 3ECRA 1NKXA 4YB5A 3M3LA 4DCXA 4IO5A 5H8NA 3C36A 3H6VA 5EHMA 4LP2B 4MFIA 1POTA 4E0WA 3UGWA 4C1UA 1QVSA 1Y20A 4RK9A 4R6YA 2XXQA 4IB2A 1Y4TA 4YMAA 4HCYA 2FYIA 3G3HA 4FJPA 3ZS6A 3SEVA 3D4GA 2ONSA 2UVJA 4QFLA 3TYHA 4F19A 2DQVA 1LB8A 2XX7A 3L6GA 3QXMA 1I6BA 3O28A 2RC8A 4H8IA 3VVDA 3IO6A 3GLBA 1M5CA 3DLNA 2VOZA 2ZNTA 3OD7A 2XXXA 3ZSFA 5FTIA 1A7LA 3S4UA 5TPAB 2HFBA 1ZKBA 4U2RA 1Q1KA 1B1HA 4U21A 4GVOA 3TEPA 3CVGA 2O84X 4TLMB 4LZ5A 3LR1A 1ZJLA 3LSFB 4F31B 1SI0A 5HBCA 5DYHA 4G68A 1IUDA 4ELQA 2YLNA 4IGTA 4X1BA 1B7UA 2HAUA 3KSJA 1MY3A 2P0SA 4R6HA 2XD2A 1MQJA 2DE2A 3EQ1A 3BBRA 1H3DA 2AIXA 4EQBA 3GBAA 4F1VA 1NH7A 3PGFA 2H25A 1JETA 3JYRA 2ZYKA 3HCQA 3FXRA 1VSOA 5BWJA 4GL0A 5FHOA 3G3GA 3OSQA 3IO4A 2WKYA 4P11A 2RC9A 5L9OA 4GQOA 3I3VA 1JW1A 5F1QA 3W15C 3TCFA 4IO2A 2F97A 4U1ZA 1L5TA 2Q2CA 1P1WA 4OMBA 3K2DA 3TUSA 3UIFA 2YPNA 4FEBA 4GOTA 3TDJA 1FQEA 1II5A 4DDDA 3DP8A 3R26A 5KCJA 1AL3A 3MZ9A 3ILUB 4KI0E 2Z8EA 1GR2A 4QSDA 2Q9TA 1B2HA 3HO7A 2HZKA 3T22A 5M2VA 3IORA 1ATGA 4XKQA 1POY1 4BDMA 1SQYA 1FTMA 1T0KA 4XXUA 2ZMBA 3OSRA 2I3WA 4PP0A 5F7VA 3VE1B 3CIJA 2Y7RA 5I56B 4QFOA 5HPQA 1N7XA 1ZLQA 2D3IA 2ZNSA 2F6PA 3RT6B 5A5XA 2QPQA 1GGGA 1B58A 4XKNA 3SEWA 3S2VA 2Q2AA 5DT6A 2QJEA 1JVYA 2ONKE 4R2FA 3MVWA 1TFDA 4LZ7A 3C35A 1B4ZA 2D21A 1P99A 2VGQA 2XXIA 2YJPA 4Q30B 2H4IA 3TAJA 4RNSA 4GFRA 4KQPA 1B0HA 3GZGA 2V3TA 4OERA 4IO3A 3P7IA 5I57B 1MQIA 4O3AA 1O63A 4DXUA 3Q25A 4E0XA 3PD8A 4F3GA 3RTFB 4TOZA 3M3KA 3LC8A 2AL4A 2XX9A 1Y3QA 5IKBA 1FTJA 1PB8A 1MM7A 3L6HA 3DM0A 2F34A 2Z22A 3LSLA 1GV8A 1J1NA 2OBGA 3SERA 3MC2A 1RYXA 3FVGA 2PYYA 4WXJA 1A54A 3C34A 5EYFA 4F2OA 1S7YA 3UORA 2RCAA 5DTBA 3E9XA 3ODBA 2ZYMA 3OXNA 5I56A 2X7QA 1RKMA 4PFYA 4KR5A 4AB5A 2NWJA 2HQ0A 1B0LA 2XXVA 3U1OA 2XXRA 3PPRA 4KD5A 3FJGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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