1URDA

X-ray structures of the maltose-maltodextrin binding protein of the thermoacidophilic bacterium alicyclobacillus acidocaldarius provide insight into acid stability of proteins
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
QTITVWSWQTGPELQDVKQIAAQWAKAHGDKVIVVDQSSNPKGFQFYATAARTGKGPDVVFGMPHDNNGVFAEEGLMAPVPSGVLNTGLYAPNTIDAIKVNGTMYSVPVSVQVAAIYYNKKLVPQPPQTWAEFVKDANAHGFMYDQANLYFDYAIIGGYGGYVFKDNNGTLDPNNIGLDTPGAVQAYTLMRDMVSKYHWMTPSTNGSIAKAEFLAGKIGMYVSGPWDTADIEKAKIDFGVTPWPTLPNGKHATPFLGVITAFVNKESKTQAADWSLVQALTSAQAQQMYFRDSQQIPALLSVQRSSAVQSSPTFKAFVEQLRYAVPMPNIPQMQAVWQAMSILQNIIAGKVSPEQGAKDFVQNIQKGIMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-Ray Structures of the Maltose-Maltodextrin-Binding Protein of the Thermoacidophilic Bacterium Alicyclobacillus Acidocaldarius Provide Insight Into Acid Stability of Proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Maltose-binding protein
molecule keywords MALTOSE-BINDING PROTEIN
total genus 119
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1urdA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1urdA01
3IB1A 3BFTA 2PMSA 3LUYA 3U72A 3TTRA 1IXCA 2ONKE 1D9VA 4GL8A 3PUXE 2F6GA 4F1UA 3PUVE 4BDLA 1PBPA 1H3DA 4XTCQ 5LOMA 3UIFA 2Q89A 3BBRA 3CSBA 4K3FA 4KYDA 4EQBA 3R26A 5DVJA 1B0LA 2GFEA 3W9WA 2UVJA 1IXHA 4PFTA 3H6WA 2Y7IA 3D4CA 1IXGA 5L9OA 5FTHA 1Y9UA 2UVIA 1TFAA 4EQ7A 2HXWA 2P1SA 3SESA 3IJXB 3MQ9A 2Z22A 3OO6A 4G8HA 2XX8A 2O84X 3H4ZA 4O3CA 1PB9A 1WODA 3B6WA 4OFLA 1NL5A 2ONSA 3PD9A 1OLCA 2UYFA 1MQJA 3RN8A 4F2OA 5JTYB 3PMWA 2UYEA 5IKBA 1DMBA 3T93B 1MRPA 2V93A 4ZE9A 4OERA 3ILTB 3MZBA 3V83A 1NFTA 1SD3A 1A55A 1AL3A 3K6VA 2OCUA 4P0GA 2FA7A 4HW8A 2VHAA 3FZVA 3PPQA 2I4CA 4Z7EA 5AA2A 1MXXA 1B52A 5CMBA 4ZEKA 3C34A 1MM6A 5CC2A 1UIUA 1YAEA 1POY1 3K00A 3FV2A 5ITPA 3UA8A 3EF7A 2P2AA 2AIXA 4RPOA 1GV8A 3M3FA 5H8HB 3PPOA 2IA4A 2OWTA 1Y1ZA 4UACA 3DP6A 2QS1A 3CFLA 3O6GA 4JSDA 5TU0A 1MG1A 4R9FA 5L9MA 1LAFE 1MQDA 4WEDA 3RQTA 1VFDA 2H5YA 3CG1A 1FTLA 1T0KA 1OVBA 4GXSB 3Q26A 4E0XA 4EF2A 3RLFE 1B3LA 4KI0E 1IEJA 1QKAA 3K1MA 3PV0E 2B3FA 5DT6A 5TP9B 3V89B 1WDNA 3PGFA 1ZMGA 4C1TA 4H67A 4F19A 3C36A 3ZKLA 5CM6A 3TTLA 3KOTA 2YJPA 3TCGA 3EHSA 4YKKA 3MVYA 2ABHA 3UN6A 2REJA 2QJEA 4DE8A 3HN0A 3I5OA 3E13X 4JSOA 2XXTA 1B7ZA 4IO7A 2DWIA 2O1MA 2O1LA 2Z23A 3KSXA 2H4IA 2FNCA 5EHSA 2HFBA 2XXRA 1S9TA 1BTJA 4IY6A 4H1XA 3N5LA 4F3PA 2YLNA 3SEVA 4ELRA 1A8FA 4QSEA 4ESWA 1VSOA 2ZXTA 4I1DA 4XXUA 1NNKA 1P1NA 1SW4A 3MVXA 3TAJA 3FATA 3HO7A 4GFRA 2V25A 5TPAB 2Y7RA 3G3IA 4GIZA 4X1BA 3CFZA 2QMXA 1SW2A 3CG3A 3OSRA 1SYIA 4TQUQ 3K01A 2XXYA 3A3UA 2F8DA 4KQPA 1SBPA 4PP0A 3V5AA 3FVNA 2ZYOA 4EXKA 1TWYA 1QW0A 4I62A 4DCYA 4H5FA 4XKNA 1EZOA 4DZ1A 3OENA 2AL5A 1Z7ME 4N13A 4QFNA 3PD8A 2V3TA 1B05A 2NOOA 5JTYA 2B65A 2QS2A 4PETA 4R9GA 1USYH 2R6GE 2DE3A 4Z0IA 4ELOA 1DSNA 3CFXA 3T96B 5HPQA 3VLUA 5H8QB 1M5BA 2Y84A 5K2YA 2XXPA 2DYXA 1TXFA 1BKAA 1MDP1 2XXXA 4MF3A 1LLSA 4KD5A 3UORA 2H25A 3QYTA 4AB5A 3FD3A 3CSGA 1CB6A 2QPQA 3MPLA 2ZYMA 1SW1A 1NKXA 3TCHA 2Y7KA 2XXUA 3VE1B 5A5XB 3KN7A 5B7DA 4GVOA 1N7XA 5H8HA 4FORA 3KJTA 4TLMB 1FW0A 4H8JA 1A54A 4WXJA 1I6QA 3OXNA 3ODBA 4JWOA 2ZNUA 2E0SA 2ZMBA 1UTBB 1B4ZA 3KOSA 1SDXA 4NF5A 4WKMA 4JBZA 1ZKBA 2RC9A 3GBBA 1ZTYA 4FEDA 4NWCA 2I6EA 3QUFA 4F3GA 3W15C 4ND9A 4ZZAA 1D9YA 4RY1A 4YZZA 3HHGA 1LCTA 4OWDA 4OTEA 1MY0A 1JEVA 2Z8DA 2ZYNA 4KCCA 3W9VA 3VFJA 5AA3A 5TP9A 2OK2A 3VLWA 2XX9A 3E3KA 3K6WA 2F35A 2OJTA 1TFDA 3K6XA 4OHNA 2XXIA 4ELQA 1LFHA 1NH7A 3N94A 1EU8A 2QRYA 1QVSA 3FXRA 4OEUA 3MP8A 4POWA 1B3GA 1AH5A 1FQBA 2RC7A 4BDQA 4RNSA 4BDNA 3VVFA 4C0RA 1MY1A 1PC3A 5FHMA 3UK4A 2XX7A 4JXIA 3FXUA 2GH9A 2O7UA 4ZEDA 3RGYA 3TUSA 3H6TA 4LZ8A 3T9HB 3FGSA 3ONMA 5H8SA 2ONRA 1O64A 4YB5A 4GRKA 3THIA 3IK6B 1MPDA 4PFUA 1J1NA 1Y3QA 4GD5A 3TTKA 5TPAA 1IITA 1LB8A 3EN3A 2F7BA 1URGA 5CBSA 4LZ5A 4R75A 3H6VA 4OQOA 4FECA 1LSTA 2HAVA 1LB9A 4FIMA 1YCJA 3U8QA 3KN8A 1R6ZA 4OVJA 2Q8JA 1FQFA 3USDA 5JK4A 1ZIUA 2UVGA 1US5A 4ZECA 5H8QA 2RC8A 4F1VA 1ANFA 1JQFA 3EQ1A 4XIGQ 1XOCA 4PE5B 2QS3A 2HZLA 2A5TB 4YU0A 3H03A 4PFWA 4C1UA 3VVEA 2CMOA 4ZEFA 2O51A 1B5IA 2R71A 4GXAA 3VXCA 2H99A 2I58A 3O29A 1N3WA 5CMCA 5CI5A 5A5XA 2DOJA 3PPRA 3O6IA 4OYVA 4Q30B 1P1QA 4MBPA 3IO4A 4G68A 4RYAA 1B7HA 4YB6A 3KFMA 5FHOA 4ZS9A 3FV1A 3N6TA 3SETA 5KZTA 3MZ1A 1GTKA 5I58B 3E9XA 1GVCA 3RY3A 4IO5A 2HQ0A 3TQLA 1UTBA 1ZU0A 4POXA 4U23A 4I8CA 4G8NA 3G3KA 3MP1A 4R2FA 3RPWA 1JW4A 3PPNA 2AYSA 4X1DA 2OWSA 1QUKA 1AMFA 1QUIA 1S50A 1B3HA 4XKQA 3PU5A 2VGQA 4NF5B 3FJMA 4BDOA 1R9QA 4X48A 3I3VA 1XS5A 3LSXA 3WAEA 4EF1A 1PEBA 5JEIA 5DVIA 3N26A 2WKYA 3O2AA 5ISUA 1DPEA 4BDRA 2VP1A 5FTIA 1F9BA 3IOUA 1N84A 1Y3NA 4R2BA 4ZZEA 1SI1A 5ICTA 4GL0A 3C31A 3FVKA 4JWXA 2RKMA 2HCAA 4YICA 1Y4CA 5DTBA 1ELJA 4DXUA 3H6UA 3MAMA 1NNTA 4RJZA 2A5SA 1LAGE 2Q88A 2PBWA 3C33A 3PUWE 3TFLA 1QUJA 2XXQA 3IORA 3GXAA 2DWJA 2OLBA 3TQWA 2F5XA 4KFQA 2X7PA 4ZEBA 1B3FA 3K4UA 3KEIA 3S9MC 5EYFA 1IXIA 2RINA 4EXLA 5BWJA 4LZ7A 2OBGA 1OLAA 3VDFA 3K02A 3O6HA 4F1YA 3S9LC 3VLVA 3RTWB 1M5FA 4QRZA 3QUJA 3LBSA 3TELA 4FAJA 3QK6A 4F39A 1MPCA 3TTNA 1B4HA 3IB2A 1I6BA 3KGCA 1EH3A 3Q29A 2H9BA 3RTFB 3KJ7A 3MP6A 5CRYA 4H65A 3GZGA 3EHTA 3CRBA 1XVXA 3F11A 4M1VA 1B1XA 1D3KA 5HBCA 5AA4B 4R6KA 1A40A 3BKIB 1IQ7A 4OMBA 3SEXA 5CBRA 3GBAA 1H44A 1OVTA 1H43A 3CIJA 2A5TA 4YKJA 4JB7A 1MXYA 3T9VA 3TODA 1XHYA 2G29A 4TLLB 1MQHA 3N6UA 3PUZE 3U94A 1UQWA 1MH3A 3O97A 2FYIA 1B58A 1PB8A 1JNFA 3T9XB 4LP2B 3SEUA 3TKDA 4F2QA 1LGBC 3JYRA 3OO9A 3OO8A 3KSJA 3TDJA 5J1DA 5DEXB 1EZ9A 3FVOA 4X9TA 2THIA 4QFOA 5I58A 1MXVA 1P1OA 3TTMA 4F22A 3KG2A 2F7CA 3S2VA 2HEUA 3IAZA 1BIYA 2F34A 4AB6A 1UTHB 3TYHA 3PMXA 3V8XB 2V84A 1MXZA 3HPIA 4GOTA 3MPKA 4OFJA 5I2KB 1JW5A 2OZZA 4OEVA 1SQYA 2CZLA 1Y3PA 3VV5A 1QKBA 1XC1A 4G68B 4UA8A 5CMKA 4QFLA 2DWHA 1NNFA 4F18A 1WVJA 4ECFA 3TCFA 3Q28A 2D21A 2DE4A 4FATA 4H8IA 4G2ZA 4LATA 1KWHA 3EPEA 3L6HA 1LFGA 2DVZA 4KPTA 2RF1A 3G3HA 1NH8A 1MH4A 4OFOA 5H8NB 3O66A 1B0HA 2V3UA 3TPAA 1LBBA 1B2HA 5I57B 3G3FA 4RK9A 4DIGA 1I69A 3OO7A 2PX1A 1IZ1A 2RCAA 3ILUB 1AIVA 2ALUA 3H3GA 3HCQA 3S9NC 4R6YA 1B3EA 4EQ9A 5FHNA 4U21A 1Y1MA 3C32A 5F1QA 3T9UA 4G77A 2DWAA 2I0CA 2QS4A 3L6GA 1EZPA 1XVYA 2D3IA 3SEYA 3PUYE 1HSJA 3O28A 5I59A 1URDA 4AQ4A 5KDTB 3LSLA 2UXAA 2IEEA 3FUZA 5IAIA 3Q27A 1IIWA 1FTKA 4KHZE 4G68C 4ZDMA 3T66A 3K2DA 3ZSFA 4DCXA 3IO6A 1R1NA 1NMUA 1A7LA 1LAXA 4XKRA 2LAOA 1MQIA 3K6UA 4IY5A 2HAUA 4ONYA 4NF4B 2D5WA 4QF9A 2DXRA 3AXFA 3RUMA 5ITOA 1MY3A 3ZKKA 2XXVA 4Q5TA 4H5GA 3FIRA 2F97A 1P1WA 1MDQA 1GGGA 4BDMA 2I3VA 3G3GA 2DVCA 5DVFA 4I9DA 3LSFB 5AA4A 4MLVA 4P0IA 4GLIA 5KCJB 5AA2D 1CE2A 4OESA 2HZKA 4JWYA 4YMAA 2AL4A 2I48A 1ATGA 3KN3A 1LCFA 4QSCA 3M3KA 5H8FB 4GWOA 3C35A 3IOTA 3B6TA 2I49A 3H7MA 1B7UA 2DQVA 3IX1A 1PB7A 4ELPA 4FJPA 5EHMA 4RPNA 1OIBA 4NF6B 2QSXA 1SVXB 4HTGA 1DPPA 5DEXA 4ESXA 5L9SA 3MBPA 2X26A 3SDFA 1BLFA 2QL3A 4LQ5A 5K2XA 1A99A 2F36A 2YPNA 1DTZA 1MXUA 1UTHA 3K1NA 2Z8EA 4YKPA 3PMVA 3ECRA 4NTLA 3OOAA 4OXVA 5I2KA 4U1OA 2B3BA 3OD7A 2W7YA 3DP4A 1LFIA 3H06B 3R6UA 1N0TA 1PDAA 4QHQA 4KCDA 1LAHE 3FJGA 4TOZA 3IOWA 3RT6B 2VD3A 2VOZA 3JV9A 2XD3A 1TT1A 1MY4A 1Y4TA 5AE4A 1US4A 1LBCA 2NXOA 4R6HA 1B1HA 4IO2A 4R73A 3D4GA 4H0WA 2M8CA 4G8MA 5CMMA 4QSDA 1OMPA 3G7WA 4XKPA 5H8NA 3U92A 4F31B 1NNPA 2GHBA 2Q9TA 2PYYA 2RCBA 2ZNTA 5I57A 1YTVA 1RYOA 3BFUA 2GHAA 3QAXA 4P11A 4IGRA 2V3QA 3MZ9A 4KR5A 2XD2A 1JEUA 2DSFA 4IB2A 4DLDA 1FQAA 1OQHA 4H6DA 3MVZA 4QFPA 3FXQA 2XXWA 4ISUA 2UVHA 5I2NB 3MW0A 3RT8A 3TZAA 4OZ9A 3G3JA 4F3SA 3CI8A 4Q8RA 3TEPA 1M5DA 1II5A 3LR1A 4GF8A 5KDTA 1VE4A 1MPBA 4LUBA 2O6AA 4IO4A 3S4UA 5M2VA 5L8DA 2F6PA 4M4GA 3DELB 4R72A 3B7DA 1P1UA 1B5JA 1ZJLA 1B40A 1M5EA 4THIA 3SEWA 4U2RA 4KYSA 4ZE8A 3IR1A 4IGTA 2NUVA 1RYXA 4OENA 1O7TA 3OMBA 1JVXA 3EHUA 4MLQA 4LONB 1RKMA 3UGWA 1DOTA 4LQ2A 2NWJA 3U93A 4NMYA 4NF4A 4N07A 3M3LA 3CR9A 5I59B 1N76A 4NF8B 5I56B 1FTMA 3OSQA 3B6QA 2ANJA 3K1PA 2DXYA 5HM4B 1HSEA 2REGA 1N7WA 5KCJA 1B5HA 3I6VA 1UIVA 1FTJA 4R74A 1I6AA 1MY2A 2ZNSA 4RK2A 1XT8A 2XHDA 2GRVA 2I0BA 1B46A 5H8FA 4MH5A 2DP8A 1JETA 4LVQA 3M8UA 3E4RA 4NEDA 3U1OA 2O68A 4LA9A 1B6HA 2PT2A 5F7VA 1L5TA 1QJMA 4U1ZA 5ELVA 4MFIA 4NF6A 3QXMA 4U22A 1JW1A 3JZJA 3O9PA 3MVWA 1ZLQA 1IUDA 4E0WA 1YPNA 3UP9A 5DYHA 2F7AA 5I84A 2P0SA 2G93A 1GR2A 4HS7A 2O7IA 4NE4A 3FVGA 1VR5A 3OEMA 3DM0A 4DXBA 4HCWA 2Z8FA 3PPPA 4IO3A 3RNNA 2PVUA 3CVGA 4Q0CA 2Y7PA 4BLAA 4N6PA 3P7IA 4FEBA 2Q2AA 1VFEA 3VVDA 1MM7A 2I3WA 2Y7WA 2DS9A 5AA1A 1S7YA 1B32A 1FQDA 2R9JA 1MXWA 1N3XA 1POTA 1Y20A 2ESNA 4DDDA 3KBRA 2O69A 4JDFA 1H76A 2Q2CA 3MC2A 3S9EA 4O3AA 1B9JA 2DE2A 1JVYA 4KYEA 1Q35A 4G4PA 2KLFA 4RA1A 1DTGA 2I4BA 3OEKA 4NWDA 3OELA 3K0VA 1Q1KA 4QFKA 3VXBA 1O63A 4HCYA 1USYE 3HV1A 1Z7NE 1AOVA 1SI0A 3DP8A 2ZYKA 3C9HA 1URSA 2BJJX 4YB7A 3WAFA 1B51A 4YKIA 1SW5A 4L17A 5I2NA 4WEPA 3SERA 4GQOA 3IL1B 3HHFA 4IO6A 3IB0A 5AA2B 1QULA 3GLBA 3R7XA 4OETA 1FQCA 4RXLA 2X7QA 3TMGA 4PFYA 4F3BA 3T22A 4EDPA 3MWBA 4EUOA 1N04A 1FQEA 1R9LA 3MJNA 3LSWA 1MS7A 2H98A 5BUUA 4PQJA 3FASA 3IJOB 2XXHA 1PBQA 3ZS6A 3C4MA 3A09A 4DXCA 4YAHX 3SKPA 4NF8A 5I56A 3A3CA 1D4NA 1FTOA 3IOVA 3QIMA 1A8EA 4U4SA 3QSLA 3HSTA 5B70A 1P99A 1ZBMA 3FJ7A 4U4XA 5ICQA 3Q25A 4YMBA 2QMWA 4FE8A 1M5CA 4O3BA 1BP5A 4ZEIA 2NVUB 1SYHA 3DLNA 3MUQA 1MQGA 1OQGA 3LC8A 1FCKA 1H45A 1HSLA 2PT1A 4F29A 2E1SA 3KZGA 2F78A 2VD2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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