1UTBA

Dntr from burkholderia sp. strain dnt
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
SFDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription regulation
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
publication title Development of a Bacterial Biosensor for Nitrotoluenes: The Crystal Structure of the Transcriptional Regulator Dntr
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia sp.
total genus 60
structure length 214
sequence length 214
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1utbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1utbA02
2Z8EA 3AXFA 3D4GA 3HHFA 3R7XA 1D4NA 4OQOA 2ESNA 4PFUA 3C36A 4ISUA 1A54A 4H6DA 1R6ZA 1PDAA 5DTBA 1LGBC 4EQ9A 2WKYA 5H8FB 4RPOA 1GR2A 3MWBA 4POWA 4H1XA 3B7DA 4DXBA 3MP1A 1MY3A 1B6HA 2B3BA 2F7AA 3IORA 3IAZA 1I6AA 4G77A 1ZIUA 4KYEA 5FTHA 1F9BA 2QSXA 3VDFA 1TWYA 1ANFA 3FVKA 3RN8A 2XXQA 1QKBA 2NWJA 1FQEA 1J1NA 4NMYA 1USYE 1I69A 3PUXE 1PB7A 4DZ1A 3G3GA 2Y7RA 4U4SA 5DEXA 3U93A 3K01A 4R72A 3KN3A 3QUFA 2DE4A 3MPLA 4WEDA 3M3KA 3I6VA 2Y84A 3H3GA 4QFPA 3LC8A 4LZ7A 1B32A 3G3IA 1L5TA 5CC2A 1UTBA 5KCJA 3RNNA 1QULA 1TFAA 4NF5B 4IB2A 3TCFA 3HSTA 3ZS6A 1ATGA 2R71A 3S4UA 3EHTA 2O1MA 3S2VA 5I59A 4XKPA 3H6UA 2OJTA 4KR5A 1PBPA 2F5XA 2AL4A 3TKDA 3H06B 4GXSB 1IXCA 4ZEFA 1Y20A 3OXNA 4RY1A 1M5DA 2F97A 2XXWA 2XXRA 4LP2B 1I6QA 1MPDA 1B5IA 3RQTA 4WXJA 1B3FA 1OIBA 1SYHA 1B7HA 3C32A 3RTFB 2VOZA 2R6GE 4ELOA 5L9SA 1MXZA 1VFDA 1URGA 1UTHB 4L17A 4ELQA 3TTRA 1A40A 1YAEA 2RKMA 2ZNSA 4X9TA 2O68A 4HCYA 1OLAA 3FVNA 1P1UA 2AIXA 3MVYA 2O51A 2Y7PA 3IB0A 2RF1A 2RINA 1S7YA 2ONKE 1MH4A 3KGCA 3FXUA 4NF6A 1CE2A 2ZNTA 3UORA 2NUVA 1WDNA 3LR1A 2M8CA 1N3XA 4MH5A 1JVXA 5JEIA 1JNFA 5AA3A 3EN3A 2PT1A 3PU5A 1MG1A 3M8UA 3CSGA 1A8FA 2ABHA 5AA1A 4U2RA 3CFZA 1R9QA 4NEDA 4KHZE 5I56A 5IKBA 1SDXA 1N0TA 4Q5TA 1JW1A 2E0SA 1BP5A 4GL8A 1Q35A 1H76A 5L9OA 3B6QA 1MPBA 3U72A 4AB5A 4GRKA 5FTIA 4R2BA 3U1OA 3LSWA 4NF4B 5AA2D 4ZEBA 3E4RA 4M1VA 2UYFA 3E13X 3V8XB 4YMBA 2E1SA 3HN0A 3MJNA 3PPOA 1LCFA 3VLWA 2V93A 5KZTA 1N7WA 1A7LA 5I57B 3N94A 1H3DA 2H4IA 5L9MA 2DXRA 3IB2A 3SEVA 4IO6A 4JBZA 4IO4A 4F1UA 3D4CA 1NFTA 3IOVA 2HZLA 2Q8JA 1UIVA 4PFWA 1Y3QA 4O3BA 3PD9A 1SQYA 4H5GA 3GBBA 5CBRA 3T9HB 4BDQA 3FIRA 3V83A 4HW8A 4G68B 3O29A 3OOAA 3O9PA 5H8SA 3C9HA 2A5TA 3V89B 2X7QA 2ZYNA 4F22A 4NWDA 1SW2A 3K6VA 4IO7A 5I58B 3I5OA 3CG3A 2F8DA 4ESXA 4RXLA 2XX9A 5CMMA 1LAHE 4P0IA 3T9XB 1Z7NE 1DPPA 3OELA 3DELB 3UP9A 4YU0A 1ZBMA 3MVWA 5H8HA 1B1HA 3HCQA 2Z8FA 2DQVA 1QUIA 4NWCA 4Q30B 3FJ7A 1O7TA 4GXAA 4BDMA 5AE4A 2O69A 5BUUA 3IJOB 1B3LA 3DP8A 2ONRA 4YICA 4EQ7A 4G4PA 2CMOA 1MQIA 3V5AA 2QS1A 3MBPA 2OCUA 3MZ9A 1JEVA 3G3HA 1GVCA 4IO2A 5LOMA 1KWHA 2B3FA 3PPNA 3TUSA 1DTZA 1H44A 1SW1A 1LAXA 3IO6A 5ELVA 4YB7A 2DSFA 2O7IA 1LAFE 3OSRA 3HV1A 3OENA 4QSDA 5HBCA 1HSEA 4GWOA 1B1XA 3SDFA 1IQ7A 2RC7A 3UGWA 1I6BA 3OMBA 1ZLQA 1DMBA 4BDOA 4GD5A 2OK2A 2PT2A 4JSOA 2DVZA 4X1DA 1YPNA 1TT1A 3PUVE 3VV5A 3ILUB 1HSLA 2RCAA 5FHMA 1MXXA 3OO8A 1WODA 4G8HA 3R6UA 5FHNA 4EXKA 5ITOA 2DWHA 3BFUA 1MDP1 5DEXB 1AIVA 1B05A 1B4HA 2QMWA 1N84A 4EDPA 3M3LA 2B65A 5HM4B 1MM7A 1LB9A 4OFLA 1QVSA 2I48A 2V3TA 3K6WA 4E0XA 1IEJA 3SEUA 3TCGA 3IL1B 5TP9A 4RK9A 3Q26A 4GL0A 2PX1A 3IX1A 4G2ZA 2QS4A 4FORA 2XX7A 1PC3A 4DLDA 5KCJB 4I8CA 4IY5A 2DS9A 3SEXA 3Q25A 2LAOA 3IOWA 2QRYA 3C33A 5I59B 1CB6A 1DTGA 1OVTA 1URSA 1LBBA 2XXIA 2I6EA 3HPIA 1LFHA 4F31B 1PBQA 2XD3A 1MXVA 1MXUA 3K2DA 4Z7EA 3ILTB 1USYH 3JYRA 4H5FA 2XXYA 2HFBA 3B6TA 2UXAA 3L6GA 3T22A 3A09A 4JDFA 2RC8A 4G8NA 4UA8A 2DXYA 3K1PA 1AOVA 4ELRA 1NKXA 3EF7A 1SI1A 4R9GA 3N26A 3GZGA 3PGFA 3TTLA 3OSQA 1D9YA 4OETA 1MY2A 2I4BA 3OO7A 4ZECA 2HZKA 3ZKKA 5A5XB 1Y1MA 4KI0E 3FVGA 3KJ7A 2KLFA 2GH9A 1LLSA 4NF6B 4YAHX 3O6IA 5I2NA 4THIA 3L6HA 3ONMA 1QW0A 4X1BA 3CR9A 4ZE8A 1OMPA 3GBAA 4OYVA 4LUBA 4C1TA 1P1OA 4OWDA 3H6VA 4MF3A 2W7YA 4KCDA 5AA4A 3TMGA 1NNTA 1LB8A 1SW4A 4F3SA 4F18A 2O84X 3K6XA 4EF2A 5ICQA 3H6TA 4ZEDA 2DE3A 4YZZA 2HCAA 4YKPA 2NVUB 4U23A 4NE4A 2YJPA 3VVDA 4N13A 3VXBA 1MM6A 4DXCA 3MZBA 1NH7A 1Y3NA 3PUZE 5CBSA 3USDA 2V3QA 3QSLA 4FE8A 1A55A 1MS7A 3PD8A 4H0WA 4G68C 3TFLA 4QF9A 2I0CA 4LZ8A 4UACA 4HCWA 1M5BA 4QSEA 4C0RA 3MAMA 3KZGA 5KDTA 4EXLA 4ND9A 1XT8A 4GVOA 3PUWE 3QUJA 3MP6A 3RTWB 2OLBA 3MP8A 3UN6A 2CZLA 2VHAA 3MQ9A 4F3BA 1Q1KA 4EQBA 1P1NA 3C34A 4DIGA 4NF8B 4JXIA 1ELJA 3JV9A 4TQUQ 2GFEA 1US4A 3H6WA 3CIJA 2DP8A 4P0GA 3LSFB 2VD2A 4KFQA 1M5EA 2YLNA 3S9NC 4OFJA 1FTOA 4AB6A 1P1QA 5J1DA 2A5TB 1B0HA 3IO4A 1S50A 4YKJA 1POTA 4XTCQ 4R75A 4F2OA 4KYSA 5BWJA 5HPQA 2OZZA 3IK6B 5DVIA 2THIA 3FJMA 3DP6A 4OEUA 2FYIA 5ITPA 1ZKBA 2RC9A 4GOTA 1SI0A 2PMSA 1Y1ZA 5I2KB 4BDRA 4PE5B 4RYAA 3KG2A 4YKKA 3OO9A 3W15C 3DLNA 3VLUA 5DT6A 4F29A 1B3GA 1ZJLA 5AA2B 1XS5A 2BJJX 2ZYMA 5CM6A 3KBRA 3JZJA 3O66A 3N5LA 1EU8A 2REGA 3MPKA 2UVJA 4JWYA 3E3KA 2I3WA 5I84A 1IITA 5EHMA 1N04A 1BLFA 1N7XA 4AQ4A 5CRYA 1MXYA 2DYXA 2I58A 3CVGA 5JTYB 1NNPA 1PB8A 2NOOA 3KOTA 2RCBA 4KQPA 1O64A 2P0SA 1M5CA 2ZNUA 2HAUA 1N76A 2H5YA 3OO6A 4JWXA 1FQBA 1GV8A 3H03A 3U8QA 3K0VA 3VVEA 4ZE9A 4ZZAA 3DM0A 3TTMA 1MXWA 3CFXA 3EPEA 3KN8A 4PQJA 4ZEKA 1IIWA 4LQ5A 3TPAA 3MVZA 1OLCA 5F7VA 4IGRA 2Z23A 4M4GA 3Q27A 3TYHA 1QUKA 1FQDA 4R2FA 1EZPA 1FQFA 2P1SA 3FXRA 2Q9TA 2F7BA 4IGTA 4Q0CA 4LZ5A 1AH5A 4N07A 4DDDA 4OMBA 4OERA 2QPQA 1EZOA 3FD3A 4LONB 1Y9UA 2A5SA 2G93A 3EQ1A 1PB9A 4LATA 2DWIA 1MQGA 4I1DA 4RK2A 2IEEA 1JQFA 2D5WA 2XXPA 5IAIA 5K2XA 4WKMA 2FNCA 4BDLA 4TOZA 1QKAA 3RY3A 3A3UA 4YKIA 4O3CA 1ZMGA 5H8NA 4XKQA 2F34A 3ECRA 4PETA 1B0LA 5CMCA 3A3CA 2V25A 4U4XA 3G3FA 3TEPA 1GTKA 3EHSA 3F11A 3H7MA 3BFTA 3W9WA 2O7UA 4IO5A 1FQCA 2QS3A 1H45A 1NNKA 3KJTA 3RLFE 4OZ9A 5EYFA 1JVYA 5DVFA 1B40A 1POY1 1IZ1A 1VFEA 4E0WA 4XKNA 1O63A 4R6YA 3O28A 1JW4A 5EHSA 3G3KA 3U94A 2AL5A 3FV2A 3GXAA 3SESA 1WVJA 3VLVA 1FTLA 3UIFA 3LSXA 2ALUA 1P99A 3U92A 3CSBA 2UVGA 1FTMA 4I9DA 3SERA 1B9JA 1DSNA 2OWSA 4FEDA 3T93B 3EHUA 1Z7ME 5DVJA 3MUQA 3WAFA 4WEPA 2XX8A 1TXFA 4OTEA 1ZU0A 1UTBB 4JB7A 4QHQA 4I62A 5H8QA 5AA4B 2X7PA 3SKPA 4QRZA 1B52A 2HXWA 1MQJA 3KN7A 1LFGA 1S9TA 4MFIA 2DWJA 3TZAA 2F35A 2VP1A 1IXGA 4FATA 3QK6A 2OBGA 4KPTA 3OD7A 2D21A 1VSOA 3S9LC 4LA9A 4KYDA 3MW0A 3K6UA 4DE8A 5TPAA 4HTGA 4QSCA 4F1YA 1T0KA 4KCCA 3G7WA 4EF1A 4K3FA 2DWAA 2Q2CA 4H8JA 2F6GA 5KDTB 3LSLA 2I4CA 2REJA 4LQ2A 2F7CA 1UIUA 3O6GA 2DOJA 1B7ZA 3UA8A 1SVXB 4YB5A 3Q28A 2O1LA 3TTKA 2I0BA 5M2VA 4YB6A 1YTVA 4RA1A 3WAEA 3RT8A 4LVQA 4GQOA 4GFRA 4POXA 3T9UA 3TQWA 4F19A 5JK4A 1FW0A 1VR5A 3TDJA 2Y7IA 1B51A 3THIA 3M3FA 3TAJA 2Y7WA 2HEUA 1TFDA 3OEKA 1A99A 1URDA 2OWTA 2QMXA 3KSXA 4QFLA 4DXUA 3B6WA 4OXVA 4FEBA 3PMWA 3SEWA 2PYYA 5K2YA 5I56B 2DVCA 4OESA 3HO7A 1PEBA 1R1NA 3PPQA 4OENA 3IOTA 4TLMB 1GGGA 2H99A 3PPRA 3TELA 3I3VA 2QL3A 2P2AA 5ISUA 2XXHA 4H67A 3TQLA 5CMBA 1MY0A 1SW5A 4TLLB 1RYOA 3T66A 4N6PA 1UQWA 1B3EA 1XHYA 2I3VA 2ZXTA 3KEIA 2F78A 2QJEA 3MVXA 4Z0IA 2PBWA 4MBPA 2NXOA 5CI5A 2VGQA 2ANJA 5H8FA 1DPEA 5DYHA 3C31A 1ZTYA 1FQAA 4DCXA 3S9MC 1B46A 1MDQA 4RPNA 5TU0A 4QFKA 1MQHA 1OVBA 3ZKLA 2ZYKA 2ONSA 2Y7KA 4H65A 3QXMA 4PFYA 4G8MA 4GIZA 3C4MA 3W9VA 1RKMA 4U22A 4ECFA 4R6HA 4OEVA 2XHDA 3IR1A 1BKAA 4O3AA 4U1OA 2GHBA 3VVFA 1D3KA 4H8IA 5L8DA 1US5A 4IY6A 2QS2A 4BDNA 1XVXA 5A5XA 3KOSA 2Z22A 3PMXA 3DP4A 3QYTA 1MY1A 4X48A 1QJMA 4JWOA 4GF8A 2FA7A 4PP0A 3T96B 4F3GA 2HAVA 3CG1A 3T9VA 1JEUA 4JSDA 4QFOA 1FTKA 2X26A 3R26A 1B3HA 3ZSFA 5H8HB 4NF5A 3QAXA 5F1QA 2XXVA 4FJPA 3HHGA 1AL3A 3K02A 1BTJA 1OQGA 2F6PA 3N6UA 1IXIA 3O6HA 2I49A 3FV1A 3VXCA 1LBCA 4F3PA 3SETA 4ESWA 3G3JA 4C1UA 1B2HA 5H8NB 1R9LA 4ZDMA 1SYIA 3TODA 4RNSA 4HS7A 2PVUA 3RGYA 3TTNA 3CI8A 4XIGQ 3K00A 2UVHA 3MC2A 3RPWA 1AMFA 1XVYA 3GLBA 3IOUA 5B7DA 3CRBA 3E9XA 3PUYE 5ICTA 1XC1A 3IJXB 1B58A 2UYEA 2ZYOA 1UTHA 2UVIA 2GRVA 2XXUA 2F36A 2HQ0A 4XKRA 1JETA 4MLQA 5CMKA 1MQDA 3FASA 4FIMA 4NF8A 4Q8RA 3FXQA 4OVJA 1JW5A 4XXUA 1HSJA 4EUOA 1Y4TA 4OHNA 1OQHA 3TCHA 2G29A 3KFMA 3FVOA 2H25A 1EZ9A 2H9BA 2XXXA 4MLVA 3LBSA 2DE2A 3O97A 2V3UA 4YMAA 4KD5A 3Q29A 2XD2A 1IXHA 4ZS9A 4ZEIA 4ONYA 1LSTA 1B7UA 3FJGA 3VFJA 3PMVA 4ELPA 1II5A 5FHOA 2ZMBA 5TP9B 4F1VA 4ZZEA 4F2QA 1MY4A 2Q89A 2YPNA 1RYXA 1Y4CA 3BBRA 4PFTA 3N6TA 4QFNA 3UK4A 5H8QB 1A8EA 1QUJA 3C35A 3K1NA 3ODBA 4P11A 4R6KA 3OEMA 2VD3A 1P1WA 1NNFA 3P7IA 5I2KA 1B5HA 3CFLA 3KSJA 4NF4A 4R9FA 3RT6B 1B4ZA 1LCTA 2R9JA 4NTLA 3RUMA 1SBPA 1M5FA 1MPCA 5AA2A 3FATA 5TPAB 3S9EA 1VE4A 1BIYA 5I57A 3FGSA 3FUZA 5B70A 1Y3PA 1MRPA 5JTYA 1EH3A 1B5JA 1NMUA 1NH8A 4FAJA 1NL5A 1IUDA 1LAGE 1YCJA 3PPPA 4DCYA 2D3IA 3BKIB 2V84A 2XXTA 4U21A 3IB1A 2O6AA 3SEYA 4G68A 1DOTA 3PV0E 3VE1B 4U1ZA 1D9VA 1N3WA 5I2NB 4F39A 5I58A 1SD3A 4R74A 2IA4A 1FCKA 2AYSA 3K1MA 4RJZA 1FTJA 3QIMA 4OFOA 1MH3A 1XOCA 3LUYA 3H4ZA 4BLAA 1LFIA 3K4UA 4GLIA 1H43A 2H98A 4FECA 2Q88A 3MZ1A 3FZVA 4IO3A 3O2AA 4R73A 2Z8DA 2GHAA 2Q2AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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