1XS5A

The crystal structure of lipoprotein tp32 from treponema pallidum
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
KDETVGVGVLSEPHARLLEIAKEEVKKQHIELRIVEFTNYVALNEAVMRGDILMNFFQHVPHMQQFNQEHNGDLVSVGNVHVEPLALYSRTYRHVSDFPAGAVIAIPNDSSNEARALRLLEAAGFIRMRAGSGLFATVEDVQQNVRNVVLQEVESALLPRVFDQVDGAVINGNYAIMAGLSARRDGLAVEPDASAYANVLVVKRGNEADARVQAVLRALCGGRVRTYLKERYKGGEVAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural evidence that the 32-kilodalton lipoprotein (Tp32) of Treponema pallidum is an L-methionine-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Treponema pallidum
molecule keywords Membrane lipoprotein TpN32
total genus 82
structure length 240
sequence length 240
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xs5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xs5A02
2R71A 4NWDA 4OTEA 5AA1A 1POY1 2XXYA 4YB6A 3F11A 1B7ZA 4N13A 5AA2D 4EQ7A 5TP9A 5ICQA 3VXBA 1N0TA 4F22A 4R75A 4TQUQ 4F39A 3S9MC 5I59B 3ODBA 4I62A 3V83A 5ICTA 3FJ7A 4RPNA 3ZS6A 4DIGA 1VSOA 3MUQA 4WXJA 4C1TA 2V3QA 2FNCA 3TFLA 2A5TA 1IXCA 1QW0A 2H4IA 1ZIUA 3VFJA 3SEXA 4PFWA 1DTZA 1MY3A 3H6WA 3CSGA 4GF8A 4U4SA 2Y7WA 3QAXA 1A54A 4IO3A 3V5AA 3MVXA 3KZGA 1MM7A 3TTMA 1F9BA 1SW2A 4QFOA 1LLSA 3IAZA 1MM6A 2DSFA 2I48A 5KZTA 1MG1A 4ZS9A 3ZSFA 3TODA 1II5A 3S2VA 4E0XA 2O68A 1B3FA 1D9VA 3D4GA 3MVYA 1EH3A 3TCGA 4FEDA 4JBZA 4G8NA 1DPPA 4DXBA 3QK6A 1B4HA 2PT2A 4ZEIA 2V93A 4U23A 4ZEFA 3IX1A 3KSXA 4KPTA 1AMFA 1SI0A 4GQOA 3M3FA 4OEVA 1ZTYA 1JVYA 2PMSA 3CR9A 2H25A 3TUSA 1N3WA 2Z23A 5CM6A 2YJPA 3H7MA 3OENA 5J1DA 4OETA 4FEBA 4G68C 5ISUA 1ZKBA 3OO6A 3LUYA 1FQDA 1DSNA 3CRBA 2QS3A 4O3CA 3LSWA 5ITPA 3C32A 2NVUB 3PGFA 3L6HA 2M8CA 1Y1MA 5DEXB 1MDQA 3RNNA 1H45A 3K1MA 3O9PA 3PUVE 4OFLA 1PB7A 4ZECA 3TCHA 4WEPA 2F7CA 2QS1A 4H8IA 1Y3PA 4N07A 1MPCA 4GVOA 3UA8A 4ESXA 1I6AA 2PYYA 4ONYA 5FTIA 5DVJA 2D3IA 2B65A 1NL5A 3CG3A 4L17A 2DE3A 1O63A 1RYXA 1LCFA 1B40A 2OJTA 4BDRA 2ZXTA 2IA4A 5EHSA 5TPAA 2V84A 2ZYOA 3KOTA 4RK2A 2AL4A 1S50A 2ZYMA 1MY0A 4GXAA 4KFQA 3K6UA 4GD5A 4MLVA 4DCYA 3P7IA 1SW5A 4LZ7A 4AQ4A 4NF8B 3CI8A 3RLFE 2ONKE 2UXAA 1L5TA 4EQ9A 1P99A 4FATA 1MPDA 4NF4A 2ABHA 3MJNA 2XX8A 4H8JA 2H9BA 3FIRA 4JWXA 4MH5A 2XX7A 1M5DA 1MXVA 1D4NA 4U1OA 1NKXA 3IOVA 3VVEA 2F34A 4YU0A 5ITOA 3HHGA 4POWA 4OENA 2RCAA 4F3SA 1SI1A 1A7LA 3O2AA 2PX1A 3TEPA 2OWTA 5L9OA 4AB6A 1B6HA 1LBCA 2RC8A 1J1NA 3FD3A 3HPIA 2DWJA 3LC8A 2XD2A 2AL5A 2QMXA 2QS4A 4R6KA 1Y4CA 4BDOA 4IO4A 2UYFA 1Y3QA 5H8HA 3S4UA 4YB5A 2XXWA 3FXQA 1BIYA 1B05A 1I6QA 3OOAA 5I56B 2RCBA 2NWJA 4HCWA 5DYHA 3N6UA 1SQYA 3N5LA 2PT1A 3UP9A 3IOTA 3I5OA 5FHOA 4KCDA 3BFTA 5FHNA 2NUVA 3KJ7A 1CE2A 2W7YA 4NWCA 3GLBA 2Y7RA 1FQBA 4G4PA 1R9LA 3K6WA 3HHFA 1T0KA 1Z7ME 4H0WA 2UVHA 2H98A 1OMPA 1OQGA 2Q9TA 4PFYA 4XKRA 3G3JA 3W15C 4IGRA 3IL1B 4N6PA 4PFUA 3U8QA 5L8DA 3TAJA 1JEUA 2THIA 4GFRA 2V3TA 2GHBA 1H44A 1OLCA 3L6GA 3R26A 3K00A 2A5TB 2XXRA 1N76A 1MY2A 2AYSA 2Q8JA 4GXSB 3E4RA 3FZVA 4OMBA 4IO7A 5ELVA 4C1UA 1D9YA 2DWAA 1A8EA 3TTNA 2CZLA 3B6WA 3T9UA 3Q27A 1BTJA 5HM4B 3WAEA 3IOWA 4HTGA 2QSXA 1MQJA 1N04A 1P1OA 3IK6B 2DVZA 1OLAA 2ONRA 3PMWA 4MLQA 4RY1A 2I6EA 3E9XA 1JQFA 3PD8A 1M5BA 3KN3A 1DOTA 1OQHA 1M5EA 4Q5TA 2VP1A 3C36A 2Q2AA 3H3GA 1NH7A 1IXIA 3H03A 3JZJA 4FE8A 1CB6A 1JW4A 3PPQA 1ZJLA 3LSLA 1EU8A 1SDXA 4XTCQ 4YKPA 3O29A 4R2BA 5IKBA 1S7YA 1AOVA 4TLMB 3TCFA 1PEBA 3FUZA 1B0HA 3ONMA 4F29A 2NXOA 3EHUA 1IZ1A 3PMXA 5F1QA 2HAUA 4POXA 1XC1A 3O66A 1Y4TA 4EF2A 4KQPA 3RPWA 3FVNA 3HV1A 3RQTA 3VLVA 3A3UA 3HO7A 1MH3A 1MQIA 3M8UA 3MPLA 4OFOA 3VXCA 4DLDA 3TZAA 4HCYA 4H5FA 1XVYA 3OEMA 2Q88A 1XHYA 2X7PA 4KI0E 3PD9A 1NFTA 2O1LA 4EF1A 4PQJA 1H3DA 4LQ5A 1LBBA 3Q29A 4MF3A 3O6GA 1A8FA 2KLFA 5B70A 4I1DA 1XOCA 4ND9A 4Q8RA 1UTHA 5BUUA 2VOZA 4RYAA 1P1NA 3DP4A 3RN8A 2HXWA 2XD3A 5AA4B 4AB5A 5L9MA 4LQ2A 1FTJA 4PFTA 2IEEA 3RY3A 3R6UA 2DE2A 2XXUA 2GRVA 1B3GA 2ANJA 3ZKLA 3I6VA 3VDFA 4EXKA 4ISUA 5H8QA 4NF4B 2F97A 3G3GA 1Y3NA 1IXGA 4G8MA 5H8SA 1Q35A 4TOZA 4M4GA 4MBPA 2OWSA 5CI5A 4R72A 3TQLA 2DWIA 1PBQA 2DWHA 1PB8A 4F31B 5BWJA 3CG1A 4F3PA 3O97A 1B3HA 4R73A 1QULA 3C35A 2O84X 1QVSA 4U1ZA 3N26A 3MWBA 1MXZA 2VD3A 5H8NB 4X9TA 4FORA 4JWOA 1B4ZA 1UIVA 3FV2A 1AIVA 1B3EA 3USDA 4LZ5A 1QJMA 2HAVA 4R2FA 5CMBA 4KYEA 1UTBB 5KCJA 2RC9A 1JW1A 2QJEA 3K02A 4Q0CA 3K6VA 1POTA 4R6HA 3VLUA 4LZ8A 1B7HA 5DVIA 2OK2A 5IAIA 1FQEA 2BJJX 3MAMA 4WEDA 4U2RA 3K1NA 3BFUA 3OELA 2XXVA 1XS5A 3FGSA 1GR2A 3T22A 1B0LA 5JTYA 4DXCA 2H99A 1GVCA 1MPBA 1FQAA 3R7XA 1D3KA 4Z0IA 4JDFA 2QPQA 3Q26A 2DXRA 4NF6B 1QUIA 1LSTA 3TQWA 3RGYA 4F1YA 4OYVA 1LFHA 4BDMA 4O3AA 1P1WA 4R74A 4ZEDA 4ESWA 2XXXA 4XKQA 2V25A 4LUBA 2DXYA 5I58B 4R9FA 3MC2A 2B3FA 3IO4A 3MQ9A 4ELOA 1N7WA 3K4UA 5I59A 2HFBA 3UK4A 2ZNUA 1Y20A 2F35A 3M3KA 4PP0A 3VLWA 4LATA 1TXFA 3LBSA 1R9QA 3QSLA 4YKKA 4F19A 3KN7A 3MZ1A 1JW5A 4X1BA 2Q2CA 4IB2A 1YAEA 3PPRA 3KEIA 2ZYKA 1EZPA 1KWHA 4XXUA 3C34A 3PPPA 2GHAA 3IR1A 1P1QA 4BLAA 1B32A 1SYHA 4H6DA 2HZKA 4P11A 3WAFA 2PVUA 4NF5A 5JEIA 4Q30B 5FHMA 2Z22A 5B7DA 3PV0E 3LSXA 4C0RA 3SESA 4YAHX 3MW0A 1MS7A 2XX9A 3MP1A 1B5HA 5A5XA 4ZEBA 1SW1A 1OVTA 3VVFA 3TDJA 1M5FA 1USYH 2Y7IA 3JV9A 5I84A 1B2HA 4FJPA 3W9WA 4X48A 1I6BA 1B1XA 4LVQA 1JEVA 2ZNTA 1MQDA 4FECA 3U93A 3PPOA 2I0BA 3ECRA 3ILUB 1O7TA 4U22A 2Q89A 1BKAA 5I57A 4OEUA 4OFJA 3E13X 3G7WA 5JK4A 2R6GE 1S9TA 3FVKA 5CRYA 5DVFA 3IO6A 3MZ9A 1XVXA 1XT8A 1QUKA 2OLBA 5DEXA 3DLNA 1FTLA 4G2ZA 4GIZA 4QSEA 2V3UA 1RKMA 1UTHB 5HPQA 4OWDA 2I3WA 5TP9B 4ECFA 2XXIA 4RJZA 1ZLQA 2I3VA 3VE1B 2X7QA 3N6TA 3SKPA 3HSTA 2XXQA 3HN0A 1HSEA 1ZBMA 4DXUA 4G68A 3T9HB 3BKIB 2FYIA 1IUDA 1DMBA 4GL0A 1ELJA 4QFNA 5H8QB 2X26A 5CC2A 4UACA 3VV5A 2UYEA 3MVZA 5F7VA 4EQBA 1ANFA 1B58A 1B3LA 2OCUA 4KCCA 4QFKA 3FVOA 3LSFB 3PPNA 3QXMA 2DS9A 4NMYA 2Y7KA 4GLIA 3ILTB 3B6QA 3LR1A 2OBGA 1B5IA 2I4BA 1B9JA 4NEDA 2ESNA 3OO8A 4G8HA 3VVDA 3B6TA 2RKMA 2DYXA 4F3BA 1ZU0A 5M2VA 3QIMA 1MQGA 1FQCA 3K6XA 2I4CA 1ATGA 1N7XA 1URSA 2XXPA 3IJOB 3HCQA 1QKBA 5EYFA 3A3CA 2R9JA 4JSOA 4ZDMA 1MXWA 3MPKA 4LONB 3CVGA 2VGQA 3FXRA 1FTMA 5H8FA 3I3VA 5KCJB 3PUZE 1US4A 5CMKA 5LOMA 4NTLA 1OIBA 3MBPA 3B7DA 1A99A 1MXYA 1URDA 3AXFA 4ELRA 4KYDA 2F6PA 2B3BA 4R9GA 2GFEA 2D21A 3ZKKA 1I69A 1HSJA 1SD3A 1A55A 1LAGE 3RT8A 2QMWA 1VR5A 3D4CA 5I56A 5JTYB 1IEJA 2F7BA 4IY5A 1WVJA 2YPNA 1IITA 3FXUA 2P0SA 3GXAA 4XIGQ 3FJMA 3O6HA 4EUOA 1B51A 2DVCA 2XXHA 3H6VA 2ZMBA 5TPAB 3H4ZA 1MDP1 1H76A 3CSBA 2O51A 3FJGA 3W9VA 2HCAA 3FV1A 2VD2A 3SEUA 3DM0A 4WKMA 1JVXA 4JB7A 1QKAA 2QS2A 4LA9A 5AA2A 1LAHE 1MY4A 3JYRA 1NNKA 4LP2B 1FCKA 2I0CA 2XXTA 4K3FA 2I49A 1N3XA 5K2XA 1VFEA 2WKYA 1FTOA 3IOUA 3PMVA 2P2AA 2E0SA 1EZOA 3EHSA 1SYIA 5DT6A 1NMUA 4YMAA 2DP8A 1YPNA 4JWYA 2O1MA 1MH4A 1TFAA 1MY1A 3C4MA 3S9EA 2O7IA 4QFPA 4F18A 2DQVA 4EXLA 2F6GA 3T93B 1IQ7A 4MFIA 4YKIA 1FW0A 3EHTA 4BDQA 2HZLA 4NF5B 1O64A 3G3FA 3M3LA 2REJA 4QFLA 3V8XB 3OXNA 5AA3A 5KDTA 4DCXA 1PC3A 1GV8A 1RYOA 4OXVA 1B52A 1BP5A 1IIWA 4H67A 1NNTA 4QRZA 5A5XB 1YTVA 5H8HB 3KGCA 2F7AA 5I2NA 2OZZA 5I2KA 3C33A 2Z8DA 5DTBA 2XHDA 2G29A 4DZ1A 4KYSA 4ZZEA 2VHAA 3A09A 3OMBA 1UQWA 1LGBC 2Z8FA 1AL3A 1JETA 1MXUA 5HBCA 1IXHA 4ELQA 3UN6A 5I57B 1Y9UA 4HS7A 3DP8A 3CFLA 4P0GA 3O28A 4RPOA 3PUYE 1ZMGA 5TU0A 4Z7EA 4YKJA 1MQHA 4JSDA 1JNFA 4H65A 1WODA 5K2YA 2GH9A 2Z8EA 1DTGA 5CMMA 1LAFE 5CBRA 4F2QA 1SBPA 1MRPA 4IO2A 2G93A 4YMBA 3FATA 3UGWA 4OERA 1GTKA 3TTRA 3RTWB 2HQ0A 1AH5A 1B46A 3K1PA 4G68B 2ALUA 3U72A 4KHZE 3QUFA 4DDDA 4OZ9A 3H06B 4F1UA 5AA4A 1TT1A 1URGA 2RF1A 3S9LC 4IGTA 2NOOA 4F3GA 3IB0A 3SETA 3BBRA 3KOSA 3T66A 1LB8A 3KSJA 3OO9A 4NE4A 1QUJA 1US5A 3CIJA 4BDNA 3O6IA 2CMOA 3QYTA 3KBRA 1FQFA 3U92A 1OVBA 3C9HA 4THIA 1Z7NE 3CFXA 2QRYA 2UVIA 2DOJA 3TPAA 2F5XA 4I8CA 2O6AA 4OQOA 1LAXA 4GRKA 4ZZAA 2F8DA 3TKDA 1M5CA 1TFDA 1NNFA 3PUWE 1LFIA 3IB2A 3V89B 1Q1KA 3TMGA 4F1VA 3KG2A 4ZE9A 5H8FB 5H8NA 2F36A 4O3BA 1NNPA 3EQ1A 1B1HA 3Q25A 1VFDA 2DE4A 3TYHA 3T96B 4RA1A 1A40A 1UTBA 3KJTA 3H6UA 2P1SA 3N94A 3OEKA 3RTFB 2Y7PA 3FVGA 2REGA 3IB1A 4G77A 1USYE 2ZYNA 1Y1ZA 2O7UA 3UORA 2RC7A 4DE8A 1YCJA 3KN8A 4RNSA 3MZBA 2F78A 1P1UA 3K2DA 1DPEA 4GL8A 3PUXE 3IORA 4X1DA 4YICA 2D5WA 4I9DA 4RXLA 3C31A 2QL3A 3GBBA 5CMCA 4QSCA 3SEWA 2YLNA 3H6TA 1BLFA 3E3KA 5L9SA 3DELB 4NF6A 3TTLA 1B7UA 2ONSA 3G3KA 1SW4A 4F2OA 4OHNA 5AA2B 4IY6A 4XKPA 4PETA 3GZGA 3OD7A 3UIFA 5I58A 4ZEKA 4KR5A 3SEYA 4P0IA 1UIUA 1N84A 1GGGA 4NF8A 4TLLB 3T9VA 1PDAA 3S9NC 1FTKA 4FAJA 2Y84A 3QUJA 4QF9A 4XKNA 4GWOA 1MXXA 4UA8A 4GOTA 4R6YA 1R6ZA 4IO5A 3DP6A 4H5GA 1B5JA 3G3IA 3EF7A 1PBPA 2O69A 2A5SA 3SEVA 4YB7A 2FA7A 4IO6A 3PU5A 4U4XA 5AE4A 4JXIA 4BDLA 3U1OA 4YZZA 3FASA 1HSLA 2AIXA 4OVJA 1H43A 1R1NA 2ZNSA 1VE4A 2PBWA 3MP8A 5FTHA 3TELA 5KDTB 4QSDA 1LCTA 1SVXB 3CFZA 3EPEA 4E0WA 2E1SA 3OO7A 1LFGA 3THIA 3TTKA 1NH8A 2RINA 5I2NB 5I2KB 3K0VA 3OSQA 4OESA 3OSRA 3EN3A 3IJXB 1LB9A 1WDNA 4FIMA 1EZ9A 4KD5A 3MP6A 2UVGA 4U21A 4EDPA 3MVWA 3SERA 2UVJA 4HW8A 3U94A 1TWYA 4ZE8A 4M1VA 3T9XB 4H1XA 5CBSA 3GBAA 3K01A 4PE5B 3RUMA 3RT6B 3KFMA 5EHMA 4RK9A 2H5YA 1PB9A 4QHQA 2HEUA 2LAOA 3G3HA 2I58A 3Q28A 4ELPA 3SDFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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