1Y1MA

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with cycloleucine
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
281
structure length
271
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of Partial Agonist Action at the NR1 Subunit of NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta 1
total genus 80
structure length 271
sequence length 281
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y1mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y1mA02
1A99A 1MXUA 4QFLA 4BDOA 3CFLA 1QKAA 4FEDA 2DVCA 1XT8A 5LOMA 5BWJA 2XXIA 1OQGA 1VE4A 1JW4A 4NMYA 1B51A 5DVFA 1B0HA 4ONYA 1JVXA 4U4SA 3OSRA 4YKJA 1NNPA 3TKDA 1M5BA 3Q26A 1DPPA 4JWOA 1SYIA 4Q5TA 3T22A 1GV8A 3CFZA 3MJNA 4G8NA 3PU5A 4MFIA 1IITA 1FTOA 2HZLA 3THIA 1RKMA 4PETA 2DXRA 5I59B 1IZ1A 2IA4A 5IAIA 5DT6A 4OHNA 4RYAA 3ZS6A 1B40A 4X1DA 1D3KA 2XD2A 4UACA 4IO5A 4DXUA 1XOCA 3UORA 4G68B 3N6UA 1H43A 3IOWA 4GIZA 4THIA 1TXFA 2UXAA 2RF1A 1JW5A 3TCHA 2M8CA 4EQ7A 1B3EA 1MM7A 3T9XB 4F3GA 1N76A 5TP9B 4O3BA 1WVJA 5I57B 5H8NA 1ATGA 2PYYA 3TTNA 4F2QA 1Y3NA 1B3FA 4ZEBA 4YB5A 3VLUA 3FJGA 2ANJA 2RC8A 3T66A 3PPOA 3FATA 1IUDA 3SEUA 4RK9A 1B5HA 3G3KA 1AOVA 2F7BA 2UYFA 3MP8A 4BDLA 1CE2A 3WAFA 3EQ1A 5K2XA 2P1SA 2DYXA 5AA4B 3IO6A 1ELJA 1PB7A 3IO4A 1GR2A 4F18A 3PD8A 1LB9A 4PFYA 5ELVA 4OYVA 1OIBA 1UTBB 1XHYA 1YAEA 1N04A 4OVJA 4OETA 2WKYA 1DSNA 4U1ZA 4IGRA 2FA7A 3O28A 4EXLA 3MWBA 3KJTA 2I0BA 5FHNA 2F97A 4RXLA 4DCXA 4IY6A 3S9EA 3K6WA 1M5CA 4QFOA 3KOTA 3HSTA 1FCKA 1VFEA 1LGBC 4H8IA 4ELPA 1SVXB 4LQ2A 1A54A 4JSDA 1II5A 1N0TA 2HCAA 3K1PA 4P0GA 1FTMA 4DXCA 1B7ZA 4E0XA 4RA1A 4OFOA 3SEWA 5I84A 3R7XA 1TFAA 2NXOA 3S9NC 1MPDA 4MLQA 3TMGA 2Z8FA 5HBCA 1CB6A 3TPAA 4XTCQ 4YKKA 2H25A 4DZ1A 3H3GA 4R2FA 1LFHA 2D5WA 4R73A 4H8JA 1YPNA 3VDFA 1B0LA 4N6PA 3O2AA 3R26A 4R72A 2A5TB 1IXCA 5H8QA 2XX9A 3Q29A 3MAMA 3DP8A 3MUQA 1OMPA 1SI0A 1URSA 5I58A 2VD2A 3Q25A 2O68A 4LATA 2F34A 3CSBA 4OWDA 2I0CA 5I2KB 4QRZA 3IK6B 4DLDA 5FHOA 1SW5A 2QS1A 4X1BA 1B3GA 4XIGQ 3O6IA 2A5SA 2X26A 2VOZA 1NKXA 2Z8EA 4MF3A 4X9TA 4YKIA 1LBCA 3VLVA 4H5GA 4JDFA 2O51A 4TLLB 3GLBA 1Y9UA 1Y3QA 4OESA 2I48A 3KJ7A 3H6WA 1JNFA 1Q35A 4NF4B 4IO2A 1N3WA 1Y1MA 2DVZA 1B52A 1O64A 1Y4TA 1IIWA 5ITPA 3HN0A 3KSJA 5H8HB 1XS5A 5AA2B 1FQDA 2GRVA 1Q1KA 3OOAA 5FHMA 4MLVA 4GLIA 2QPQA 3S9MC 3Q27A 3SESA 3GXAA 1B05A 5FTIA 1F9BA 1TFDA 3UGWA 4ELRA 3H6TA 1LAXA 2RKMA 1UTHA 1B1XA 4YB6A 3RT6B 1B6HA 4POXA 2F6PA 1OLCA 3GBAA 2Y7IA 1FQAA 2Y7PA 4XXUA 1LAHE 3OO6A 3C36A 1NNKA 4ZEIA 3K1MA 1BP5A 1MY3A 2H98A 2ESNA 1QUJA 5CMCA 5TPAA 2CMOA 3L6HA 4YMBA 3C32A 5L9OA 3RQTA 1IQ7A 3OO9A 3T9HB 1NL5A 3PPQA 1VFDA 3E9XA 5JK4A 3FXRA 4NTLA 1MQIA 1B7UA 2OZZA 4KD5A 4N13A 5FTHA 3QXMA 3K4UA 3T96B 4KI0E 3FVKA 3RLFE 3T9VA 2O69A 1NMUA 4FATA 2DOJA 2F8DA 1R9QA 1NH8A 1YCJA 3JV9A 1J1NA 4GFRA 3HPIA 3PPNA 4NWCA 5AE4A 4OFJA 3JYRA 2QRYA 1YTVA 2PT1A 3O6HA 1Y3PA 5TP9A 1USYE 2G29A 5CMKA 2XXYA 3H03A 3UA8A 3IR1A 1JVYA 3T9UA 2XXQA 4IO6A 1IEJA 1P1QA 3B6WA 1M5FA 1BIYA 4PFWA 5H8FB 5I56A 4ZECA 5CI5A 4OEUA 1SDXA 1FTKA 4C1TA 3QAXA 3CG1A 3PUVE 4YKPA 4I9DA 2DS9A 3MVXA 5I2NB 4GVOA 1NH7A 3UIFA 1ANFA 4JSOA 4DIGA 3MPKA 1QJMA 4I1DA 2X7PA 2Y84A 2Z22A 2VHAA 5J1DA 3IOVA 3RN8A 2HFBA 2HEUA 1I69A 3M3LA 3U92A 3LC8A 3CIJA 3FUZA 3G3FA 3TFLA 2IEEA 3LSFB 2ZNTA 3FASA 3HO7A 4ESWA 4YMAA 4ECFA 1RYOA 2DSFA 4G77A 4JBZA 1B3LA 1B46A 4Z7EA 4G8MA 2NWJA 2ZXTA 3OSQA 2OJTA 4X48A 3IJOB 3HCQA 3PUYE 3MQ9A 3O66A 3I5OA 3PUWE 3TYHA 4U23A 3V8XB 1ZMGA 3VV5A 5KZTA 5F7VA 1MRPA 2REGA 4NF6B 3C34A 3LSWA 4LZ8A 1JQFA 3PMXA 4EDPA 1O7TA 3M3FA 2OK2A 3KBRA 2QSXA 5L8DA 5CM6A 4U21A 1MM6A 4R75A 4GXAA 1N3XA 4AB5A 3BFUA 4H5FA 5CMBA 4OFLA 1MPBA 4F3BA 2O1MA 4GRKA 2R9JA 1SQYA 3K0VA 2FNCA 1SW2A 2O6AA 2YJPA 1OQHA 2HQ0A 2REJA 2V25A 3O29A 5M2VA 1UQWA 2DE3A 1ZIUA 3U93A 3H6VA 4F1UA 3FVNA 1URDA 4MH5A 2YPNA 4R9GA 3MBPA 4AQ4A 3TCGA 2B65A 1LBBA 3CFXA 1AH5A 5JTYB 4QF9A 1FTLA 2BJJX 3TTMA 4OENA 4GOTA 4YB7A 3RY3A 4F31B 3ILTB 1LAFE 2RC9A 4XKNA 1US4A 2P2AA 1JEUA 4IO4A 3PPPA 1ZKBA 4MBPA 4NF4A 4NE4A 4QFKA 1M5DA 4ND9A 1WODA 2I6EA 1QUIA 3RT8A 3KN3A 5AA2A 2V3UA 3KZGA 5ICTA 3PUZE 5A5XA 1JETA 2B3FA 2Q2CA 1US5A 1POY1 1HSLA 2I58A 3A3CA 4R6HA 2X7QA 3IB1A 4G4PA 2UVJA 3IORA 1AIVA 2HXWA 5ISUA 3W9WA 4OXVA 3LSLA 2D21A 3WAEA 4L17A 1B7HA 4I62A 3O97A 1OVTA 1S7YA 3RUMA 3N26A 1BTJA 3A09A 4LZ7A 3RPWA 4FAJA 4H0WA 3SERA 4OEVA 2DXYA 2THIA 2R6GE 1EZOA 1IXGA 3VFJA 2R71A 3PGFA 1PDAA 3FVGA 3F11A 2H4IA 4NF8A 3HHGA 3SKPA 4R2BA 1MS7A 4KCCA 2HZKA 3C35A 3KEIA 5JEIA 2D3IA 4M4GA 4KCDA 3K00A 2PX1A 3AXFA 3OO7A 5KDTA 4DCYA 1VR5A 3DM0A 2F6GA 2F36A 3H4ZA 4WEDA 3Q28A 3TTKA 4I8CA 3LBSA 5KCJA 3RNNA 3IX1A 2H99A 1AL3A 2G93A 1MXYA 1BKAA 1MXZA 4R6KA 4NF5A 4ZE8A 2AL5A 4BDMA 4WXJA 2I4BA 3PD9A 2Q2AA 3QUFA 3SEVA 1OLAA 5H8NB 1H44A 2I3VA 4EUOA 4GXSB 4OMBA 4JWYA 3TEPA 3K6VA 4EXKA 4EQBA 3G3IA 5I2NA 2ZYNA 4RNSA 4IB2A 4IGTA 4TOZA 3EHSA 4KYDA 4RPNA 2VD3A 3ILUB 1SI1A 2ONKE 3QUJA 1ZU0A 3U72A 2Z23A 1TT1A 2Q9TA 5IKBA 3DP6A 3ODBA 2XXRA 1H76A 2DWHA 1A8FA 1XVXA 2H5YA 5B70A 3BFTA 1SBPA 1A7LA 5DVJA 4QHQA 1TWYA 4ELOA 3K01A 3TUSA 4KR5A 3MZ9A 3M8UA 4BLAA 1GTKA 1MY2A 3O9PA 3VVDA 4BDNA 1GGGA 4KPTA 1VSOA 4P11A 5ITOA 2PBWA 1QKBA 2V3TA 1B5IA 4IY5A 3LR1A 4F29A 1PB9A 3U94A 2V84A 3K1NA 3SETA 1MQJA 3QK6A 1MH4A 3EF7A 1RYXA 4BDRA 4EQ9A 5I59A 1Y20A 5CMMA 3V89B 4F3SA 5AA2D 4ZEFA 3VVEA 3ZSFA 2GFEA 1BLFA 1P99A 3MZ1A 4U4XA 4G68A 2F5XA 1WDNA 3TZAA 3KG2A 3PPRA 5L9MA 3KSXA 3KGCA 4H1XA 3MVWA 4GWOA 4PFUA 3PMVA 4QSEA 3VLWA 5H8QB 2OLBA 5I57A 3W15C 4KHZE 3D4GA 3RTFB 3B6TA 3IOUA 1MQGA 5EHMA 5I58B 1A55A 5JTYA 2F78A 5K2YA 3N94A 4KYSA 4F22A 3LUYA 1Z7NE 3G3GA 2RINA 3TODA 4OTEA 1MXXA 5B7DA 1B5JA 3FJ7A 1LFGA 5TU0A 2GH9A 3HV1A 1MDQA 1L5TA 1N84A 1HSEA 4PP0A 5AA4A 3V5AA 3B6QA 1A40A 3DELB 1D9VA 1KWHA 5EYFA 1P1UA 1LSTA 1UTBA 5DEXB 4Q30B 3IB0A 1PB8A 1PC3A 4GL0A 2NVUB 2O7UA 3C4MA 4HS7A 4C1UA 1P1OA 4HTGA 4Z0IA 1A8EA 2I49A 2UVHA 1MY0A 2QS3A 3B7DA 4GQOA 2DWJA 2QJEA 3MW0A 4EF2A 3EHUA 4UA8A 2F7CA 5CBRA 2ZYMA 4OERA 1POTA 2E0SA 1EH3A 3KOSA 4LZ5A 4ZEDA 2UVGA 4RJZA 3KN8A 3C31A 3MVZA 3HHFA 4ZS9A 2W7YA 1UTHB 4FORA 3I3VA 1MDP1 3MP1A 3VXBA 4ZEKA 3N6TA 4R6YA 1NFTA 1OVBA 5CBSA 3K6XA 1D9YA 3TQLA 1NNFA 5TPAB 3PUXE 3TCFA 2DQVA 2V3QA 3FGSA 1XVYA 3EN3A 3TDJA 2ZNSA 3TQWA 2A5TA 1QW0A 2ZMBA 2OWSA 5BUUA 2NOOA 2ONRA 2E1SA 1MQDA 1PBQA 3EHTA 2XX7A 2XHDA 5DYHA 3PV0E 2Q89A 1URGA 4XKPA 3CSGA 3DP4A 1JEVA 1DOTA 3FD3A 5I2KA 4G8HA 4PE5B 5L9SA 4YAHX 1UIVA 4HCWA 2VGQA 4FIMA 4AB6A 3W9VA 4F1VA 4H67A 4KYEA 3MC2A 3SEXA 2UVIA 2I3WA 4F3PA 1XC1A 2V93A 5CC2A 1MY4A 2DP8A 1FQCA 4GL8A 1H3DA 1USYH 2Q8JA 3P7IA 3ECRA 2XXUA 4M1VA 3H7MA 3V83A 4ZDMA 4ZZEA 3U1OA 4DE8A 3TTLA 1MXWA 3H6UA 1B1HA 1LB8A 4U22A 3L6GA 1B3HA 1ZJLA 4RK2A 1O63A 2QS4A 5I56B 1MG1A 4H6DA 3IOTA 4LA9A 3OEMA 2Q88A 4TQUQ 4LVQA 3SEYA 5H8HA 3OXNA 2ZNUA 4Q0CA 4ELQA 3ONMA 4JB7A 4JWXA 4N07A 1LLSA 2F35A 4FECA 2YLNA 4E0WA 1EZPA 2QL3A 1MH3A 2AIXA 4Q8RA 4G2ZA 1R6ZA 4O3CA 4TLMB 3MVYA 4F39A 3OMBA 4QSDA 5DTBA 2XXVA 3K2DA 3R6UA 4FEBA 2O84X 1B2HA 1IXHA 4XKQA 4YZZA 3C33A 2NUVA 3MZBA 3USDA 1R1NA 1I6AA 2QMWA 1SW1A 2QMXA 1R9LA 1SD3A 1DMBA 4RPOA 1M5EA 4DDDA 3VVFA 1B58A 4NWDA 3CRBA 1B4ZA 4ESXA 4IO3A 3UK4A 1UIUA 2ZYOA 3A3UA 2AYSA 1PBPA 3SDFA 3OENA 2FYIA 1DTGA 5F1QA 3VE1B 2UYEA 1ZLQA 4F2OA 1QUKA 3E3KA 4ZE9A 4K3FA 3JZJA 3M3KA 3TELA 4NEDA 1MXVA 3FV2A 4YICA 2OWTA 4HCYA 4ISUA 1LCTA 2GHAA 1AMFA 4O3AA 4FJPA 1QVSA 4OZ9A 1Y4CA 5H8FA 3CR9A 2CZLA 3H06B 4RY1A 3IB2A 5AA1A 3OELA 4JXIA 2PVUA 3GZGA 4F19A 4BDQA 3KFMA 2Y7KA 2F7AA 3FXQA 2P0SA 3D4CA 3I6VA 2KLFA 1H45A 3CI8A 1S50A 2RCBA 1FW0A 4ZZAA 4EF1A 4C0RA 4U2RA 4R9FA 1FQEA 1EZ9A 3C9HA 2O7IA 5CRYA 4U1OA 5DEXA 3G3HA 1N7WA 3IAZA 3T93B 1FQFA 4LUBA 2B3BA 3PMWA 3VXCA 1S9TA 4H65A 1DPEA 5EHSA 5DVIA 1FQBA 5HM4B 3G7WA 4KQPA 2ALUA 2OCUA 1T0KA 5A5XB 3FZVA 4XKRA 3MPLA 4LQ5A 3RTWB 1MQHA 4PFTA 1ZTYA 5ICQA 3OO8A 4GF8A 4LP2B 3TTRA 2XX8A 1GVCA 3E13X 4LONB 1B9JA 2PMSA 3OD7A 3UN6A 4NF6A 3O6GA 1I6QA 4R74A 3E4RA 2XXXA 2O1LA 1MY1A 2ZYKA 1EU8A 2XXWA 3QYTA 4GD5A 3RGYA 3BBRA 1DTZA 2DE2A 2LAOA 2PT2A 3S2VA 4QSCA 3QSLA 3TAJA 3FXUA 1Y1ZA 1N7XA 2VP1A 3MP6A 3EPEA 5AA3A 3K6UA 4QFPA 1PEBA 5HPQA 4F1YA 3FV1A 4NF8B 4P0IA 3S4UA 3CVGA 1IXIA 1D4NA 3QIMA 2XXHA 3DLNA 3FVOA 3BKIB 3ZKLA 1HSJA 3FJMA 3IJXB 2Z8DA 3KN7A 4IO7A 3GBBA 1QULA 4KFQA 2XD3A 3S9LC 5KDTB 1LFIA 4YU0A 2XXPA 2DWIA 3N5LA 1JW1A 1LCFA 2RC7A 3LSXA 1B4HA 2GHBA 2OBGA 3G3JA 2QS2A 2DE4A 5KCJB 2ONSA 1LAGE 1SW4A 2Y7RA 2RCAA 3K02A 3U8QA 1I6BA 2HAUA 3UP9A 1Z7ME 1P1WA 1MPCA 2I4CA 4NF5B 1ZBMA 1P1NA 3CG3A 4QFNA 3ZKKA 5H8SA 2H9BA 4WKMA 2AL4A 2HAVA 3OEKA 3IL1B 1FTJA 1B32A 4FE8A 4DXBA 4WEPA 4G68C 4POWA 4HW8A 1SYHA 4OQOA 4PQJA 2Y7WA 2XXTA 2DWAA 1NNTA 3FIRA 2ABHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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